1UIBA

Analysis of the stabilization of hen lysozyme with the helix dipole and charged side chains
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Fluctuations in free or substrate-complexed lysozyme and a mutant of it detected on x-ray crystallography and comparison with those detected on NMR.
pubmed rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
total genus 49
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1uibA00
2LHMA 5I4WA 5LVJA 4LYMA 3ATNA 1AM7A 4G4BA 1CJ8A 4XJDA 1BVXA 3J4GA 3WU8A 4H93A 4HSFA 1JITA 5K7OA 1MLCE 1JKBA 4RLNA 3ATOA 1REMA 1GE0A 4FDYA 1FKQA 1HNLA 4OWEA 2MEAA 1LJ4A 4DWXA 2BQMA 4NHQA 3VWOA 1GFEA 1WQPA 1HEOA 4HJZA 1GBZA 3WPKA 4NSHA 4ZIXA 2DKVA 1BB7A 3W6AA 1CKFA 2ZILA 3EO5A 5L3HA 2MEDA 3WPLA 2C8PA 4LFXA 4WM1A 4J1BA 1F6RA 4YOPA 1DXJA 5APFA 1HC0A 2CWIA 5LVKA 3AGIA 5ILCA 1IWYA 1JIYA 1JSFA 4YF2A 4H94A 1B7OA 4I0CA 1D9UA 1UIDA 1LMOA 2LYOA 4ETCA 1UUZC 153LA 2YBMA 3ZVQB 4HV1A 4OOTA 3A6CY 4G4HA 4OWHA 1VDPA 5LYZA 2MECA 5B05A 4NGWA 4J1AA 1IWXA 1IEEA 2BQIA 3RU5A 4C5FA 5LXWA 1VDQA 4WOAA 1G7IC 1BHZA 1LZDA 1UIGA 4B4EA 2BLXA 5KKJA 154LA 1B7LA 5FDJA 1HEWA 1LZ5A 2W1LA 3W6EA 1OUHA 2IHLA 2D4JA 4H9CA 3AW6A 2MEFA 1YKXX 1IR7A 4IJ4A 4WL7A 1ZVYB 1H87A 4DDAA 1UC0A 1YKZX 1IP7A 2YDGA 4IATA 4EOFA 4WM2A 5F81A 1REXA 4G49A 1EQ4A 5JENB 3IWRA 1CJ9A 5M1YA 1REZA 5FHWA 2DQCY 1J1OY 2BQEA 1IP3A 3LYMA 2I25L 2BPUA 1KXWA 4GCCA 2XTHA 4NWHA 4DD0A 2W1YA 2YBLA 1D6PA 1LMAA 4GLAA 1LZRA 4XJFA 8LYZA 1B7QA 3TMVA 1D6QA 5AMYA 1H6MA 4XJHA 1FLYA 4BAPA 1E8LA 4O34A 1UACY 3LZTA 1FN5A 1GBWA 1LZ8A 3E3DA 4HP0A 4PRUA 4ZEEA 1CJ6A 1QSAA 1GXV2 1LJEA 5LVHA 3AZ4A 4WLTA 1LSPA 3A6BY 3RW8A 5I4XA 4ETEA 1GPQC 4H92A 4ML7A 5KXXA 4OW1A 4ETBA 3WU7A 1UIHA 4OOOA 2BQNA 3P64A 2FBBA 1EQEA 4NGYA 1JSEA 1IOCA 1NF5A 3OJPA 1I56A 1OUFA 4NWEA 1LYYA 2PC2A 1YANA 3WYHA 1JUGA 4J7VA 1J1PY 1YAMA 5F14A 1IC5Y 1EQ5A 1GF0A 4H9IA 1JTTL 1T6VL 5KXOA 1IP1A 2B5ZA 4I8SA 1W6ZA 1NDMC 1WQOA 1WVVA 4GN3A 2F4GA 3EBAB 3A8ZA 5LAFA 4QY9A 1LJGA 1LTMA 1GFAA 2HEEA 3WU9A 2VB1A 1C10A 1KIPC 1GFTA 3J6KA 2Q0MX 4NEBA 5B07A 4GN4A 3TXIA 1LMPA 3B6LA 1CJ7A 1OUDA 1BQLY 5I4YA 4ET8A 1B7PA 1LZNA 3G3AB 5LVIA 3MGWA 3WUNA 1FLUA 4TTDA 5HMVA 5C6IA 1LHHA 1B5ZA 1YQVY 4GCFA 4J0LA 5E9RA 5II3A 2A7FA 4R6CA 1BB3A 1DQJC 4QGZA 4A7DA 1G7JC 2HU3A 4L41A 2I26L 4XJIA 1GDWA 1LSEA 5KXTA 2DQGY 1B0DA 1XGTC 5HMJA 3RZ4A 1LZBA 4WM3A 1BGIA 4HTKA 5A3EA 1JTPL 3EXDA 1B7RA 1IO5A 4X3BA 1GE3A 4H8ZA 5DN5A 1HEPA 1SQ2L 1XEKA 2A7DA 4BS7A 1G7LC 1B5VA 1JKCA 2G4QA 1NBZC 1IY4A 3QE8A 4WLYA 3D3DA 1NMMA 4GCBA 4NHTA 1LJJA 3HBDA 2MEHA 4M4OA 4UWNA 1LJFA 1VDSA 1LJIA 1A4VA 4NY5A 4Z98A 1HERA 3W6DA 4NGJA 1ZMYL 2DQDY 1UCOA 2F30A 2XJWA 2ZWBA 1VFBC 3WUMA 3D9AC 5A3ZA 4DD1A 3W3EA 2YVBA 1QQYA 1LZGA 3CSQA 3P65A 5B1GA 1KXXA 1YAPA 4DDCA 1IOSA 3B0OA 3W6FA 2BQFA 4DD2A 1GFVA 2BQKA 4II8A 4KT3A 4N1CC 5LIOA 4NSJA 1GF8A 1RE2A 2ZYPA 5HNLA 4XYYA 5D5CA 1JHLA 5I5QA 5LAGA 3B0KA 4H1PA 2ZIKA 1XEJA 1LHIA 1V7SA 4LYZA 1B2KA 2F2NA 5KXKA 2BAAA 1YILA 3A96A 3AW7A 3A3RX 3LN2A 1YL1X 2F4AA 1QUTA 4BADA 1IR8A 4KPMA 4WMGA 2BQGA 5APCA 1IOTA 3QY4A 3IJUA 3A90A 1GFGA 1QDRA 1TEWA 1IORA 3LHMA 3LYOA 1LSMA 4KL7A 1UIBA 4DD7A 1LJHA 3QNGA 1OUCA 3T6UA 1GFUA 1LSFA 4NGOA 5KXNA 5KY1A 2BQLA 1TAYA 2IFFY 3N9EA 1XGQC 4B49A 1GFHA 2BQDA 2LZ2A 2ZYCA 3IJVA 1LJKA 3BKHA 4H91A 5J7CA 1OUEA 1DZBX 1LZSA 1EL1A 4UWUA 1ALCA 1LPIA 3FI7A 1LYOA 1TBYA 2D4KA 4OWCA 1LZCA 3M18B 7LYZA 1JJ1A 5FSTA 4D9ZA 1FLWA 1LZ9A 1OQMA 4YEOA 4QDNA 1GF5A 5KXMA 1IWZA 1GEZA 1XGPC 2Z2EA 5IDDA 2FBDA 2YBJA 4DC4A 1CKGA 1KXYA 1GB2A 3CSZA 1QTEA 1UBZA 2Y8PA 4R0FA 4YENA 5DM9A 1YIKA 4RLMA 2X0AA 1DKJA 1LHJA 3SP3A 1CNSA 3WL2A 1YL0X 4WO9A 3TXJA 2XBSA 1HSWA 1P2CC 1DKKA 1YKYX 1LCNA 1IP2A 3AZ7A 1F6SA 2Z19A 4HTQA 4DT3A 4LYTA 1GDXA 3WXUA 134LA 3BKVA 5KXZA 1JEFA 3AGGG 4B1AA 1YAQA 4TWSA 5F16A 1D0LA 1JKAA 4MCKA 1IWWA 3P4ZA 1G7MC 2ZIJA 1BB4A 1PZYA 1IP5A 4GLVA 4OWAA 3TXFA 2BQBA 1QSWA 4NGKA 1DI3A 1GB0A 1C43A 1GF3A 2Z39A 1GXXA 1LSYA 5C6JA 1JKDA 1JJ0A 1GD6A 4H9BA 4TX7A 4WL6A 3TXGA 1HMLA 1T3PA 1LYZA 1J1XY 4UWVA 2CDSA 2G4PA 1ZV5L 3TMWA 2FYCA 4RW2A 4XN6A 1BWIA 3EMSA 3AZ6A 3ZVQA 2W1XA 1HF4A 2MEIA 4DDBA 1BVKC 3HFMY 1INUA 1LZTA 1LJNA 1AT5A 1TCYA 1HEQA 3A92A 2LYMA 1AT6A 4TSBA 2DQHY 5DL9A 1RJCB 4ETAA 1D0MA 1JJ3A 1IP4A 2BQOA 2N5ZA 4OWBA 5B1FA 4CHXA 3GXKA 132LA 1OUJA 4GCDA 1IC4Y 1LYSA 5KXRA 2W1MA 4H9FA 3WW6A 1LZAA 1SLYA 4H8XA 1YROA 208LA 4Z46A 3HBHA 3AJNA 1UIAA 1LKRA 4NGIA 4M6DA 6LYTA 4LFPA 1OUGA 1A2YC 2CGIA 3KAMA 1IR9A 3B72A 4DD3A 5KXWA 1XGUC 1LZ1A 3WULA 3FE0A 1RCMA 4LYOA 1FKVA 4WLXA 1G7HC 4B0DA 1OUBA 1BB5A 1NWGA 2D4IA 2ZNXY 3LYZA 2Z12A 1F10A 1NKHA 1I1ZA 1GB3A 1DPXA 1B5UA 5ILFA 1GB7A 4NIJA 2EQLA 1CKDA 1DI5A 1HFZA 4NGVA 9LYZA 4W94A 3A93A 2DQFC 4DYGA 2HTXA 4ZFPA 4XADA 1VDTA 1IWUA 4U3XB 1B7MA 1AZFA 4H8YA 2MEBA 3ULRA 4DD9A 4G9SA 5B06A 1WTNA 4PGJB 2RSCA 4XENA 4BAFA 3A67Y 3AZ5A 4NG1A 4NGLA 4NHSA 1GB5A 3TMUA 1LHMA 3CT0A 1JWRA 5F9UA 2HUBA 1HENA 2BQAA 5FELA 1F0WA 1IOQA 1OP9B 2DQIY 1OUAA 3TXKA 4N9RA 4WM6A 1BB6A 1ZVHL 3A91A 5IELA 1IVMA 1UA6Y 1FDLY 2H9JA 2YBNA 4WG7A 2YBIA 4B4IA 2D91A 3WVXA 4MR1A 1GAZA 4ETDA 5HLLA 2EPEA 4TSCA 3T36A 5DLAA 1QTKA 1UICA 2BQHA 4NFVA 1GEVA 2EKSC 4GCEA 2ZNWY 4HTNA 2Z2FA 5KXPA 3HBEX 1NHEA 1XGRC 1IWVA 1QDTA 1JPOA 3CQLA 4IASA 4H9HA 1XFPL 4NSIA 4PJ2C 4WM5A 1HEMA 5IHGA 1TDYA 5KJ9A 4LT2A 1NQIA 2BLYA 1GE4A 1IX0A 194LA 1GBYA 4QEQA 6LYZA 4HPEA 4CGEA 1LSDA 5HQ1A 3M3UA 1GHLA 1WQRA 3TXEA 1LHKA 1XSFA 4ANRA 1LZ6A 2D6BA 1FLQA 2WARA 3LYTA 4LT3A 5B59A 1LOZA 1IC7Y 1LZ4A 1IP6A 4FJRA 2C8OA 1LMNA 2DBTA 3N9AA 1RFPA 1NDGC 1GB6A 1B7NA 1XEIA 2DQAA 2H9KA 1UIEA 3A95A 3CT1A 4NSGA 4RDSA 2Z38A 5DN4A 1OUIA 1YAOA 1BWJA 2DQJY 3A3QA 5D5FA 3AB6A 3WW5A 4N8ZA 1VATA 4GN5C 4H9AA 4N5RA 4HJYA 1C08C 3WH1A 1B9OA 4PRQA 4ET9A 2HEFA 4NG8A 1LMQA 4YEMA 2AUBA 1GWDA 4CFOA 5KKIA 4LZTA 5LA8A 2HEBA 1KIRC 5APDA 2YSSC 1Z55A 4WM4A 4EMNA 5LYMA 5L9JA 1WVUA 2BQCA 4LYCA 1LSZA 1PS5A 1UIFA 2FYDA 1D0KA 4LT1A 2BQJA 4TUNA 3WMKA 1GAYA 1GF7A 5LYTA 5KXLA 2LZTA 4LGKA 2LYZA 1V7TA 3WPJA 3CSRA 4MSTA 3WVYA 1LSAA 4PHIA 4B4JA 5T3FA 1IY3A 1RI8B 4PPOA 5C6LA 1LKSA 2DQEY 1LMCA 1WTMA 1HFYA 1LAAA 1LSGA 1REYA 1DPWA 1CKHA 5E4PA 4C3WA 5L3IA 5LA5A 4HV2A 1WQNA 1C45A 1GFRA 1W08A 4Z41A 4CFPA 1B5XA 4HJVA 1BWHA 1NBYC 1QIOA 4HPIA 1HSXA 1HHLA 1KIQC 4CJ2A 3WXTA 133LA 1LSNA 5HNCA 1WQQA 3TXDA 1O23A 1LZEA 135LA 1GB9A 1VAUA 2HEDA 2YBHA 4AXTA 5I54A 1IWTA 3A94A 5LVGA 2Z18A 4LT0A 1LHLA 1QUSA 1WQMA 2ZQ3A 193LA 4WO6A 1B5WA 5EBHA 1IIZA 1GB8A 1GFKA 5F9XA 3TXHA 5FCPA 1JTOL 2NWDX 4H90A 1DI4A 1B7SA 3A34A 3LZ2A 1GF9A 3P68A 4P2EA 2GV0A 3RT5X 5LINA 4Z3MA 2ZQ4A 1LSCA 2MEGA 4N1EI 4XJBA 5FEKA 3W6BA 4YM8A 1GBOA 1MELL 1C7PA 1LZYA 1HELA 3N9CA 4WG1A 4E3UA 1AKIA 3OK0A 4LYBA 3CB7A 1JISA 1GE2A 5KXYA 3W6CA 1GFJA 3F6ZA 207LA 1LSBA 2CJLA 1FBIX 1CKCA 4WLDA 5KXSA 1VEDA 4N0JA 3B0IA 1B5YA 4RW1A 1I20A 3RNXA 2Z37A 3GXRA 4NHPA 1LMTA 4G4CA 4XJGA 4NHIA 4W96A 3TXBA 3AGHA 1GE1A 1HMKA 1GF6A 3AYQA 2HECA 2HEAA 1GBXA 2EIZC 2HU1A 2XBRA 5I53A 3K3TA 5APEA 3TMXA 3ZEKA 4NGZA 1GBSA 2I6ZA 2MEEA 3CT5A 3G3BB 4KXIA 1C46A 1HFXA 3WUAA 3P66A 4H9EA 2G4NA 2H5ZA 1N4FA 1LJ3A 4AGAA 1GF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L89A 4LYMA 1L13A 1LYJA 3ATOA 1REMA 4FDYA 4ARMA 2MEAA 1LJ4A 3HUKA 1GBZA 1BB7A 2RBQA 3SN6R 1HC0A 5ILCA 1IWYA 1CV1A 1JSFA 4H94A 1UIDA 4OOTA 5LYZA 4J1AA 1IWXA 3RU5A 4WOAA 3HH6A 4B4EA 3K2RA 154LA 5FDJA 1HEWA 1T8AA 1OUHA 4H9CA 3AW6A 4IJ4A 1IR7A 253LA 1ZVYB 1YKZX 1IP7A 1C65A 5JENB 1REZA 2DQCY 2BQEA 1C6GA 220LA 1KXWA 1L65A 4NWHA 2W1YA 1LMAA 1LZRA 4XJFA 1D6QA 5AMYA 2Q9EA 1H6MA 4XJHA 4BAPA 1UACY 1FN5A 4ZEEA 1CJ6A 1KY1A 189LA 3RW8A 1GPQC 5KXXA 175LA 205LA 1UIHA 1C6QA 3P64A 2FBBA 1L24A 1B6IA 1JSEA 3CDTA 3WYHA 3C7ZA 1J1PY 1IC5Y 1EQ5A 1JTTL 1IP1A 243LA 1KW5A 125LA 1WQOA 1NDMC 1WVVA 1LJGA 2HEEA 1CV4A 2VB1A 1KIPC 4NEBA 1L62A 4W59A 5I4YA 1B7PA 1LZNA 1OVJA 5LVIA 217LA 1FLUA 5C6IA 3OE6A 4QGZA 2HU3A 4L41A 1LSEA 2DQGY 1B0DA 1XGTC 4W56A 1LZBA 192LA 1GE3A 5DN5A 2A7DA 1XEKA 2B6WA 109LA 4WLYA 1NMMA 234LA 4UWNA 1LJFA 1HERA 1KW7A 1ZMYL 2XJWA 2ZWBA 197LA 4DD1A 1DYBA 2YVBA 1QQYA 3CSQA 1DYGA 257LA 4KT3A 3RUNA 4NSJA 177LA 5I5QA 3DN2A 3B0KA 1V7SA 2F2NA 5KXKA 1YILA 3AW7A 1IORA 3LHMA 1WTHA 1LSMA 1ZURA 4KL7A 3QNGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2LHM A;  5I4W A;  5LVJ A;  4LYM A;  3ATN A;  1AM7 A;  4G4B A;  1CJ8 A;  4XJD A;  1BVX A;  3J4G A;  3WU8 A;  4H93 A;  4HSF A;  1JIT A;  5K7O A;  1MLC E;  1JKB A;  4RLN A;  3ATO A;  1REM A;  1GE0 A;  4FDY A;  1FKQ A;  1HNL A;  4OWE A;  2MEA A;  1LJ4 A;  4DWX A;  2BQM A;  4NHQ A;  3VWO A;  1GFE A;  1WQP A;  1HEO A;  4HJZ A;  1GBZ A;  3WPK A;  4NSH A;  4ZIX A;  2DKV A;  1BB7 A;  3W6A A;  1CKF A;  2ZIL A;  3EO5 A;  5L3H A;  2MED A;  3WPL A;  2C8P A;  4LFX A;  4WM1 A;  4J1B A;  1F6R A;  4YOP A;  1DXJ A;  5APF A;  1HC0 A;  2CWI A;  5LVK A;  3AGI A;  5ILC A;  1IWY A;  1JIY A;  1JSF A;  4YF2 A;  4H94 A;  1B7O A;  4I0C A;  1D9U A;  1UID A;  1LMO A;  2LYO A;  4ETC A;  1UUZ C;  153L A;  2YBM A;  3ZVQ B;  4HV1 A;  4OOT A;  3A6C Y;  4G4H A;  4OWH A;  1VDP A;  5LYZ A;  2MEC A;  5B05 A;  4NGW A;  4J1A A;  1IWX A;  1IEE A;  2BQI A;  3RU5 A;  4C5F A;  5LXW A;  1VDQ A;  4WOA A;  1G7I C;  1BHZ A;  1LZD A;  1UIG A;  4B4E A;  2BLX A;  5KKJ A;  154L A;  1B7L A;  5FDJ A;  1HEW A;  1LZ5 A;  2W1L A;  3W6E A;  1OUH A; 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 1FLQ A;  2WAR A;  3LYT A;  4LT3 A;  5B59 A;  1LOZ A;  1IC7 Y;  1LZ4 A;  1IP6 A;  4FJR A;  2C8O A;  1LMN A;  2DBT A;  3N9A A;  1RFP A;  1NDG C;  1GB6 A;  1B7N A;  1XEI A;  2DQA A;  2H9K A;  1UIE A;  3A95 A;  3CT1 A;  4NSG A;  4RDS A;  2Z38 A;  5DN4 A;  1OUI A;  1YAO A;  1BWJ A;  2DQJ Y;  3A3Q A;  5D5F A;  3AB6 A;  3WW5 A;  4N8Z A;  1VAT A;  4GN5 C;  4H9A A;  4N5R A;  4HJY A;  1C08 C;  3WH1 A;  1B9O A;  4PRQ A;  4ET9 A;  2HEF A;  4NG8 A;  1LMQ A;  4YEM A;  2AUB A;  1GWD A;  4CFO A;  5KKI A;  4LZT A;  5LA8 A;  2HEB A;  1KIR C;  5APD A;  2YSS C;  1Z55 A;  4WM4 A;  4EMN A;  5LYM A;  5L9J A;  1WVU A;  2BQC A;  4LYC A;  1LSZ A;  1PS5 A;  1UIF A;  2FYD A;  1D0K A;  4LT1 A;  2BQJ A;  4TUN A;  3WMK A;  1GAY A;  1GF7 A;  5LYT A;  5KXL A;  2LZT A;  4LGK A;  2LYZ A;  1V7T A;  3WPJ A;  3CSR A;  4MST A;  3WVY A;  1LSA A;  4PHI A;  4B4J A;  5T3F A;  1IY3 A;  1RI8 B;  4PPO A;  5C6L A;  1LKS A;  2DQE Y;  1LMC A;  1WTM A;  1HFY A;  1LAA A;  1LSG A;  1REY A;  1DPW A;  1CKH A;  5E4P A;  4C3W A;  5L3I A;  5LA5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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