1VDQA

The crystal structure of the orthorhombic form of hen egg white lysozyme at 1.5 angstroms resolution
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the orthorhombic form of hen egg white lysozyme at 1.5 angstroms resolution
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1vdqA00
1KXXA 1UACY 1OUJA 2G4QA 2Z18A 3AB6A 9LYZA 1E8LA 1YL1X 3ATNA 3J6KA 5F14A 132LA 5KXXA 3CQLA 4TX7A 1IWTA 5F9XA 5I4YA 4DDBA 1GF7A 2MEBA 4LZTA 1IP4A 5C6JA 3KAMA 2F2NA 1YANA 1LZCA 5FSTA 2BQOA 2EKSC 4A7DA 1YKYX 2XTHA 2G4PA 2BQMA 1HMLA 5KKJA 4DWXA 1LHHA 5F16A 3B0KA 2BAAA 3LZTA 1WTMA 3G3BB 1LMAA 4N1EI 3A94A 2BQHA 3EBAB 1IC5Y 2I26L 1IIZA 1DZBX 1LJGA 1GF0A 3QY4A 4XJIA 1GFAA 1I1ZA 1LMNA 4N8ZA 4HTQA 3TMVA 3P64A 1IP6A 1JTTL 1JTPL 4NWHA 1TCYA 1LZGA 1FN5A 2X0AA 2Z39A 1ZV5L 3W6AA 4Z3MA 2DBTA 5IELA 1C46A 4GLAA 3AZ6A 2BLXA 1JEFA 4AXTA 4EOFA 5LVIA 1LSAA 3RW8A 2D6BA 1IO5A 1BB7A 4XJHA 1D0LA 4DDAA 1XEIA 1HFZA 4NFVA 1SQ2L 2ZNXY 1LZAA 3D9AC 3W3EA 4NEBA 1HF4A 2IHLA 1UIGA 2ZYCA 3HBEX 1LTMA 4TSBA 4CFPA 4NHTA 3TXBA 1LKRA 4DYGA 1YILA 4H91A 1IOTA 3A8ZA 3A92A 1BVXA 1JJ1A 2CWIA 1KIQC 3W6BA 1GB2A 2F30A 2ZQ4A 1NKHA 3A95A 2AUBA 2MEDA 3FE0A 5KXYA 1T3PA 4BS7A 1DKJA 2ZNWY 4H92A 2DQIY 4EMNA 4XJFA 1LSBA 5LXWA 2Z2EA 5LVHA 1LOZA 4ZEEA 4OWCA 1HEQA 1QSAA 2BQNA 1JWRA 4NGOA 4WG1A 1JPOA 1KXWA 4NGJA 1G7HC 3WW6A 133LA 1B7MA 5HNCA 1GB7A 1IEEA 1IP5A 1KIPC 3TMWA 1NWGA 1OUIA 1YAMA 3HFMY 1PZYA 2YBLA 1B0DA 2HU1A 1GBOA 3K3TA 1GFUA 1LAAA 1WQMA 1VDSA 4GN3A 5I5QA 4C5FA 1OUEA 1IP7A 1BWJA 1V7SA 2FYCA 4OWEA 1ZVYB 1B7RA 1DPXA 1LJNA 5IHGA 5LA5A 2N5ZA 1WQPA 1VEDA 3B6LA 3WPKA 3WPJA 5ILFA 1QSWA 1NQIA 1P2CC 2HU3A 2LZ2A 4E3UA 4RW1A 4DD3A 4ET9A 2F4AA 5F9UA 4ET8A 1GFHA 2BQLA 4YENA 3WUNA 4R0FA 1B5ZA 1GBZA 2RSCA 1EL1A 4B4IA 4NIJA 1ALCA 1GBXA 1BB3A 1I56A 2MECA 3WXUA 4QY9A 4ZFPA 1LZYA 1GAYA 1OUFA 4KL7A 1LZSA 1JSFA 5KXZA 5LVGA 3RT5X 5T3FA 2D4JA 134LA 1XFPL 4GN5C 4HJZA 1LMPA 2DQGY 1GDWA 4NGYA 1TDYA 4G4CA 4XENA 2MEIA 194LA 4B0DA 1JTOL 3GXRA 4G4BA 1LSFA 3A91A 1A2YC 1IWZA 1IWYA 1C7PA 2XBSA 4WG7A 1BQLY 1GHLA 3AW7A 2GV0A 3TXHA 1EQ5A 4WM1A 5D5FA 4M4OA 1LJJA 1W6ZA 1LSYA 2BQBA 2DQCY 1W08A 1GXV2 1QIOA 1LSDA 4H9EA 4NWEA 1XGPC 3A6BY 2IFFY 3TXFA 2A7DA 1GEVA 4CJ2A 1C08C 1EQEA 4N5RA 1IY4A 1LPIA 3OJPA 1UIAA 4L41A 2BQJA 2F4GA 3EMSA 1IWXA 1GB3A 2PC2A 4D9ZA 4ETBA 1BGIA 1C43A 1GAZA 4GCEA 3ZVQB 1HEWA 3IWRA 1BHZA 4GCCA 4WM4A 5DLAA 193LA 1TEWA 1JSEA 3MGWA 4Z41A 2ZILA 5B1GA 3ZEKA 1LSEA 2CDSA 4PGJB 1N4FA 1LJ3A 1LZ8A 1QUTA 1DI5A 1GE4A 5D5CA 5F81A 5L3IA 1V7TA 1PS5A 4WO9A 4IATA 5LYMA 3A6CY 4DD9A 5E4PA 1FLUA 1LHLA 4R6CA 5HNLA 1LYYA 1DPWA 4XJBA 1YQVY 2XJWA 4KPMA 4HJVA 4YF2A 2XBRA 3AZ7A 1CKCA 4LT2A 4U3XB 1D6PA 4LYZA 3LHMA 2ZIKA 4LYTA 2BQCA 3TMXA 1GXXA 3EXDA 4XJDA 2BQKA 3W6CA 2I25L 2I6ZA 4XADA 3WU8A 4HTNA 3WPLA 1VFBC 1WQOA 3A3QA 1HEOA 2VB1A 4N9RA 5APCA 4G49A 4NGLA 1IR9A 1KXYA 5DL9A 1LSMA 1FLYA 2HEBA 2BQGA 4WM3A 3WMKA 3F6ZA 3W6DA 5KXRA 2FBDA 4YOPA 1FLQA 2YBNA 1IP1A 3CSZA 1UA6Y 5KXLA 3A3RX 2HEEA 2YBIA 4H9IA 3WW5A 1IORA 2DQHY 4WOAA 2HECA 2ZYPA 3QNGA 4HPIA 1IC7Y 3LYTA 4B49A 1IP2A 1QQYA 2BLYA 4BAPA 4LYMA 2FBBA 1OUBA 4HSFA 3AGHA 1B2KA 1LJEA 1NMMA 4LT0A 4P2EA 3M18B 1XGTC 3A93A 5KXWA 1GPQC 153LA 4LGKA 2Z12A 1IVMA 2ZQ3A 1F6SA 3SP3A 154LA 1MELL 3P66A 5APEA 4WL7A 4W96A 1WQQA 4J7VA 5B1FA 3WUMA 1I20A 2C8OA 3LYMA 2CGIA 1GF6A 2ZIJA 4OOOA 1LMCA 4PRUA 1NDMC 1YKZX 1AT6A 4NGWA 4RLNA 4WLDA 4HV2A 3CSQA 5FHWA 4H1PA 3A96A 3HBHA 3WULA 4O34A 1B5VA 2EIZC 2W1LA 2HEFA 1RJCB 4LFXA 1YAPA 1B7SA 1HFXA 4GCBA 1BWIA 5LINA 2W1XA 1OUHA 4NSHA 1AZFA 3ULRA 1O23A 1IOSA 4DD2A 5KXTA 3P65A 3AZ4A 4OOTA 4CGEA 2FYDA 1LZ5A 3TXJA 1QTKA 4OWHA 4YEOA 3TXIA 4TUNA 1LMQA 1YROA 1DI3A 1HEPA 1JHLA 2MEAA 3QE8A 1GB8A 1GF8A 1DXJA 1UC0A 4IJ4A 4NG8A 5FDJA 3WYHA 2BQIA 5HMJA 1WQNA 4WMGA 1FDLY 3RNXA 1UIDA 5EBHA 1BB4A 1C10A 1LZ6A 4ML7A 1GF4A 1J1OY 1LSGA 1HNLA 4TTDA 3FI7A 1GF9A 4KXIA 4B1AA 4PJ2C 1G7JC 1IWWA 4WLTA 5FELA 1HEMA 3ATOA 2BQFA 2YBJA 1QDRA 1YIKA 4B4JA 1LJ4A 2EQLA 1A4VA 3LYZA 1GB6A 1LKSA 2BQDA 4FJRA 3CT0A 3WH1A 4G4HA 3T6UA 4ETEA 1NHEA 5KY1A 1LHJA 1XGQC 2H5ZA 4YM8A 4GCFA 1LSCA 4HPEA 1LZDA 5KXKA 3WUAA 1JKBA 1LZ1A 1OQMA 4NY5A 5ILCA 2YVBA 1LZBA 2CJLA 3RU5A 1MLCE 3N9CA 3TXGA 1LYOA 4ETAA 2ZWBA 5LVJA 2HTXA 2D91A 6LYTA 4H8XA 4UWNA 3LZ2A 5KJ9A 1GFVA 2Y8PA 1JKDA 1OUGA 3GXKA 1LYZA 3D3DA 5KXOA 1BWHA 4DD1A 5LAFA 2G4NA 4J1AA 1GFTA 3CT1A 4HTKA 2W1YA 4NHQA 1Z55A 3AW6A 1BB5A 3W6FA 4NGIA 4RDSA 4UWUA 2MEFA 3LN2A 1EQ4A 1B5YA 1OP9B 3EO5A 1FLWA 2HEAA 1IR8A 2LZTA 1XGUC 4B4EA 1IX0A 1JJ3A 5LVKA 1WVUA 1GF5A 5I54A 1BB6A 1D0MA 1DQJC 1OUAA 2C8PA 1B9OA 4OWAA 3T36A 1REMA 1LMOA 3LYOA 1GFRA 3B0OA 5LA8A 4OW1A 1CJ9A 1XGRC 1YL0X 2B5ZA 5FCPA 1LJFA 3IJVA 2A7FA 5B07A 4MR1A 1REXA 1GFEA 4LYBA 1F0WA 1F6RA 1OUDA 1T6VL 4H9HA 4IASA 5B59A 2YBHA 3WL2A 4AGAA 1UBZA 2LYMA 4H8ZA 1F10A 4ETCA 1AKIA 1QTEA 1JUGA 1B5XA 1IWUA 1D6QA 1CNSA 3WU9A 1B7LA 4WLYA 1HFYA 1OUCA 1G7LC 1B5UA 1GBWA 2LHMA 1LZEA 1GFJA 1GE3A 3M3UA 4II8A 1REZA 1CJ6A 1DI4A 1GE1A 1KIRC 5A3ZA 5IDDA 5HMVA 1ZVHL 1JKCA 1AM7A 1UIBA 1LZ4A 2LYOA 1NF5A 1JKAA 1LJIA 4NGVA 3WU7A 4PHIA 2D4IA 4H94A 2MEHA 4NSGA 1HENA 5HQ1A 2BQAA 1H6MA 3AYQA 1YAOA 5APDA 3WVYA 4ZIXA 7LYZA 4GCDA 4G9SA 5B06A 4DT3A 4H9FA 1C45A 1LYSA 1J1XY 1JISA 4QDNA 5I4XA 5KXNA 4J1BA 4MCKA 3N9EA 1LMTA 2DQEY 3WXTA 3E3DA 1CKFA 1LJKA 5LYTA 1D9UA 1GE0A 2WARA 4GN4A 1B7PA 1HC0A 4XJGA 1TAYA 1G7MC 1GFGA 1CKGA 1ZMYL 1NDGC 1UIEA 2Z2FA 4XN6A 5LAGA 5II3A 4PRQA 5APFA 1AT5A 1DKKA 5LYZA 4WM2A 4WLXA 5L3HA 4Z46A 1GB9A 1RFPA 3CB7A 4M6DA 1HERA 1HHLA 3B72A 4DC4A 1IR7A 1RE2A 1CJ8A 4KT3A 5DM9A 1INUA 1H87A 1GB5A 1NBYC 1LZRA 4NHSA 3AGGG 4N0JA 1XEJA 1YKXX 1GBSA 3RZ4A 1LHKA 135LA 1UIFA 4BADA 4H93A 4RW2A 2Z19A 2H9KA 1YAQA 4QEQA 1UUZC 1IWVA 2Q0MX 4H9CA 1BVKC 3BKHA 2YDGA 3CSRA 3G3AB 3B0IA 4RLMA 5C6LA 1VDPA 4QGZA 3W6EA 5FEKA 3WVXA 2YSSC 3AJNA 1GWDA 4HP0A 3TXKA 1NBZC 2DQDY 3A67Y 4HJYA 2MEGA 4ANRA 1GEZA 1WQRA 1QDTA 1LHIA 4OWBA 2D4KA 2NWDX 5L9JA 1VDTA 3J4GA 1RI8B 4J0LA 3ZVQA 5JENB 1UIHA 4NG1A 5C6IA 1GB0A 1GDXA 1LSNA 1LJHA 1IOCA 1J1PY 1LHMA 4NSIA 1VDQA 208LA 4ETDA 1GBYA 3IJUA 1B7OA 3P4ZA 4WM5A 5E9RA 4HV1A 5KKIA 1GF3A 4N1CC 5M1YA 1SLYA 4NGZA 4LT1A 1JJ0A 5AMYA 1LZ9A 4DDCA 4H8YA 5KXMA 3N9AA 4NGKA 5KXSA 1IP3A 2Z38A 2LYZA 2HEDA 3TXEA 1TBYA 1FKVA 4H9BA 1IOQA 4WM6A 1LZTA 4NSJA 1WVVA 3A34A 4UWVA 1CJ7A 4W94A 4TSCA 1GFKA 4LYOA 1FBIX 1LZNA 5DN4A 5HLLA 4DD7A 1HSXA 1XEKA 1HSWA 4CFOA 1D0KA 4X3BA 4LT3A 2DKVA 4LYCA 4TWSA 1QUSA 3BKVA 2DQJY 3A90A 4WO6A 1GD6A 1HELA 4H9AA 4C3WA 2DQAA 1LSZA 5B05A 4YEMA 1REYA 3CT5A 1XSFA 2HUBA 3VWOA 3AGIA 5K7OA 1B7NA 1IC4Y 1VATA 4PPOA 6LYZA 2MEEA 1UCOA 2YBMA 4GLVA 5J7CA 3OK0A 1VAUA 3P68A 4LFPA 2BQEA 4NHIA 1LSPA 207LA 1CKDA 1G7IC 3TMUA 5DN5A 1B5WA 2Z37A 1UICA 2W1MA 4I8SA 3HBDA 4BAFA 1B7QA 1FKQA 1WTNA 4NHPA 4DD0A 1LCNA 8LYZA 4I0CA 1IY3A 1RCMA 4CHXA 1JITA 5KXPA 4WL6A 1CKHA 1JIYA 1GE2A 5I4WA 2DQFC 2H9JA 2BPUA 5I53A 4Z98A 4MSTA 4H90A 5LIOA 3TXDA 4FDYA 2EPEA 3AZ5A 5A3EA 4XYYA 1HMKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
9LYZA 246LA 1L46A 3HH6A 1IWTA 159LA 2OTZX 4I7SA 1L43A 142LA 5FSTA 1QTVA 1QT7A 103LA 1LHHA 1L96A 2RB0X 254LA 3B0KA 3LZTA 1L55A 1WTMA 1LMAA 4AQNA 1LJGA 3QY4A 1LMNA 1OV5A 2X0AA 2Z39A 1CU6A 2DBTA 3AZ6A 1L16A 3HH5A 1IO5A 1P36A 1HFZA 1G0PA 1SQ2L 3W3EA 3HDEA 4NEBA 244LA 2IHLA 233LA 2O7AA 4I7TA 1LYJA 1OVKA 1IOTA 1L02A 3DN6A 2HUKA 1OWZA 1GB2A 2F30A 3A95A 5KXYA 3HTGA 118LA 2Z2EA 1QSAA 1JWRA 4WG1A 226LA 4YXCA 3WW6A 1B7MA 205LA 3TMWA 1SWYA 4W59A 2IGCA 1NWGA 127LA 1OVHA 4LT1A 1GFUA 1LAAA 3G3WA 4I7NA 5LA5A 2RBSA 1VEDA 1NQIA 2HU3A 4RW1A 3RUNA 3DN0A 5F9UA 1GFHA 1LYDA 4YENA 1KY1A 3L64A 4R0FA 252LA 2RSCA 1ALCA 1BB3A 1LZYA 1GAYA 3HT7A 5KXZA 120LA 3RT5X 134LA 4XENA 1GDWA 4NGYA 242LA 4G4CA 126LA 4G4BA 1LSFA 260LA 1IWYA 3TXHA 4EKSA 5D5FA 2DQCY 2BQBA 1QTBA 4EJ4A 3A6BY 2IFFY 180LA 1C08C 1L58A 5I14A 1QT6A 1IY4A 3OJPA 2BQJA 3EMSA 2NTGA 4EKRA 214LA 1BGIA 1C43A 1L52A 3GUIA 4GCCA 1JSEA 3MGWA 1LSEA 2CDSA 4PGJB 1N4FA 175LA 5F81A 4IATA 3A6CY 4DD9A 5HNLA 1LYYA 4W53A 4U3XB 145LA 2BQCA 2BQKA 4XADA 4HTNA 3WPLA 1WQOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KXX A;  1UAC Y;  1OUJ A;  2G4Q A;  2Z18 A;  3AB6 A;  9LYZ A;  1E8L A;  1YL1 X;  3ATN A;  3J6K A;  5F14 A;  132L A;  5KXX A;  3CQL A;  4TX7 A;  1IWT A;  5F9X A;  5I4Y A;  4DDB A;  1GF7 A;  2MEB A;  4LZT A;  1IP4 A;  5C6J A;  3KAM A;  2F2N A;  1YAN A;  1LZC A;  5FST A;  2BQO A;  2EKS C;  4A7D A;  1YKY X;  2XTH A;  2G4P A;  2BQM A;  1HML A;  5KKJ A;  4DWX A;  1LHH A;  5F16 A;  3B0K A;  2BAA A;  3LZT A;  1WTM A;  3G3B B;  1LMA A;  4N1E I;  3A94 A;  2BQH A;  3EBA B;  1IC5 Y;  2I26 L;  1IIZ A;  1DZB X;  1LJG A;  1GF0 A;  3QY4 A;  4XJI A;  1GFA A;  1I1Z A;  1LMN A;  4N8Z A;  4HTQ A;  3TMV A;  3P64 A;  1IP6 A;  1JTT L;  1JTP L;  4NWH A;  1TCY A;  1LZG A;  1FN5 A;  2X0A A;  2Z39 A;  1ZV5 L;  3W6A A;  4Z3M A;  2DBT A;  5IEL A;  1C46 A;  4GLA A;  3AZ6 A;  2BLX A;  1JEF A;  4AXT A;  4EOF A;  5LVI A;  1LSA A;  3RW8 A;  2D6B A;  1IO5 A;  1BB7 A;  4XJH A;  1D0L A;  4DDA A;  1XEI A;  1HFZ A;  4NFV A;  1SQ2 L;  2ZNX Y;  1LZA A;  3D9A C;  3W3E A;  4NEB A;  1HF4 A;  2IHL A;  1UIG A;  2ZYC A;  3HBE X;  1LTM A; 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 1LJH A;  1IOC A;  1J1P Y;  1LHM A;  4NSI A;  1VDQ A;  208L A;  4ETD A;  1GBY A;  3IJU A;  1B7O A;  3P4Z A;  4WM5 A;  5E9R A;  4HV1 A;  5KKI A;  1GF3 A;  4N1C C;  5M1Y A;  1SLY A;  4NGZ A;  4LT1 A;  1JJ0 A;  5AMY A;  1LZ9 A;  4DDC A;  4H8Y A;  5KXM A;  3N9A A;  4NGK A;  5KXS A;  1IP3 A;  2Z38 A;  2LYZ A;  2HED A;  3TXE A;  1TBY A;  1FKV A;  4H9B A;  1IOQ A;  4WM6 A;  1LZT A;  4NSJ A;  1WVV A;  3A34 A;  4UWV A;  1CJ7 A;  4W94 A;  4TSC A;  1GFK A;  4LYO A;  1FBI X;  1LZN A;  5DN4 A;  5HLL A;  4DD7 A;  1HSX A;  1XEK A;  1HSW A;  4CFO A;  1D0K A;  4X3B A;  4LT3 A;  2DKV A;  4LYC A;  4TWS A;  1QUS A;  3BKV A;  2DQJ Y;  3A90 A;  4WO6 A;  1GD6 A;  1HEL A;  4H9A A;  4C3W A;  2DQA A;  1LSZ A;  5B05 A;  4YEM A;  1REY A;  3CT5 A;  1XSF A;  2HUB A;  3VWO A;  3AGI A;  5K7O A;  1B7N A;  1IC4 Y;  1VAT A;  4PPO A;  6LYZ A;  2MEE A;  1UCO A;  2YBM A;  4GLV A;  5J7C A;  3OK0 A;  1VAU A;  3P68 A;  4LFP A;  2BQE A;  4NHI A;  1LSP A;  207L A;  1CKD A;  1G7I C;  3TMU A;  5DN5 A;  1B5W A;  2Z37 A;  1UIC A;  2W1M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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