1VEDA

The crystal structure of the orthorhombic form of hen egg white lysozyme at 1.9 angstroms resolution in space
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the orthorhombic form of hen egg white lysozyme at 1.9 angstroms resolution in space
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1vedA00
2X0AA 1FLWA 193LA 1LKSA 3P64A 1GXXA 3WW6A 1G7HC 4BAFA 5KXMA 1IC5Y 1JKCA 4NHTA 1HELA 5A3EA 4HSFA 3WL2A 207LA 2Z37A 3A34A 1ZVHL 1JITA 1GE3A 2HEAA 1LZYA 4TTDA 5KXXA 2EQLA 1DPXA 2HEDA 1LHLA 4J7VA 4TWSA 3TXFA 3P66A 4NHQA 1XGUC 1H6MA 3N9AA 1P2CC 4WO6A 2XJWA 3WPJA 208LA 2BAAA 1LJIA 4G49A 4GCCA 4OWHA 1LZTA 3A94A 1J1PY 1OUAA 1QQYA 1KIRC 3AJNA 1BB5A 1WQRA 2HEFA 4KXIA 4XENA 4M6DA 1NHEA 3TXGA 1DI5A 4OWCA 2Z2EA 2W1YA 3WUAA 4AXTA 1GFGA 1YAQA 4ET9A 1YILA 2W1MA 4HJYA 5T3FA 1LZAA 1W08A 1DI4A 5KY1A 2YBHA 5B1GA 5LVIA 5DM9A 1I20A 1YL0X 3WUMA 1IC4Y 4GLVA 4ETCA 2Z39A 1JUGA 1LZDA 1J1OY 2BQGA 3GXRA 1T3PA 5LAFA 1IY4A 1FLQA 2HTXA 2Z12A 4G4BA 4NHIA 4NWEA 1LSMA 5D5FA 1XFPL 5KJ9A 1HENA 5F81A 1B5XA 1OUHA 3HBEX 3WU9A 3FI7A 4ML7A 4LZTA 4H93A 1D0KA 4ETBA 1CJ9A 1V7TA 2XTHA 1IP5A 4IJ4A 1D0LA 1GWDA 2NWDX 3B0KA 3LHMA 4ETDA 1B5VA 2BQOA 4NGJA 2W1XA 4KL7A 3W6EA 1IP3A 1IWTA 3A92A 4TUNA 5I5QA 1O23A 1G7JC 3RU5A 1TDYA 1UA6Y 4DDBA 2LYZA 4OWEA 4PRUA 5D5CA 5F9XA 1GBYA 3TMXA 5J7CA 1IORA 1FKVA 5A3ZA 1VDQA 1REMA 2ZNWY 1F0WA 1VDSA 1GFTA 1VFBC 3B72A 2MEHA 4WMGA 4NGLA 1LSCA 1IOTA 1GF5A 4ETAA 5KXNA 3GXKA 4C5FA 1LOZA 4YEMA 1AT6A 1LSFA 1GHLA 4DD0A 1B7LA 1BVKC 2HU1A 1REXA 1LMAA 2BQNA 1GFVA 4WM3A 4LT2A 4U3XB 2FBBA 153LA 4NY5A 4LYBA 4DC4A 5LVHA 2F30A 5LYMA 3M18B 4PRQA 1UIBA 4NSIA 1YAMA 1HEOA 4P2EA 5KXOA 1D6QA 1OUEA 1UIDA 4DD2A 1CJ7A 4H9IA 2YBIA 4QGZA 2MEBA 4GN3A 2C8OA 2HEBA 1BB6A 5HNCA 4NGWA 1GB2A 1YAOA 1KXWA 2ZQ4A 1WQOA 5B1FA 5LINA 5LVJA 2EIZC 5JENB 1Z55A 1BWJA 1GB3A 1IR8A 132LA 3TXKA 1TEWA 1RCMA 5AMYA 1GAZA 4ANRA 4NSHA 4DD3A 1LZCA 4NSJA 5I4XA 4H8ZA 4YM8A 4GCBA 2HUBA 4NWHA 1AT5A 5KXSA 4WO9A 1VDTA 5HQ1A 1XEKA 5FELA 5C6JA 4LYMA 1DKKA 1UIHA 3B0OA 1JJ3A 1IY3A 4LYTA 5C6IA 1GE2A 1LSDA 1TAYA 2LZ2A 3ATNA 5APFA 1T6VL 1IC7Y 4R0FA 3RNXA 2CWIA 2YBNA 1DPWA 1FLUA 1GFRA 3LN2A 1LSEA 4WL7A 1IR9A 1B5WA 4LT0A 3TMUA 5KXYA 1JSEA 4N0JA 4CFPA 2F4GA 4WLXA 3IJUA 3QE8A 133LA 1LZ1A 2ZIJA 1MLCE 4GN5C 1QDRA 1G7IC 3AZ7A 2MEDA 1C10A 2BQHA 2BQMA 1GEZA 3D3DA 1C43A 4W96A 1GFKA 3A67Y 1LSYA 3A93A 2MECA 5LVGA 1EQ4A 1LHJA 1QSWA 1GF3A 5HLLA 2LHMA 5L3HA 1LJ4A 2BPUA 2IHLA 9LYZA 1JKDA 1LZBA 1UICA 1LMPA 4BAPA 2BQLA 3AB6A 4ZIXA 1LJ3A 2YBMA 2GV0A 3A95A 3LZ2A 8LYZA 3LYZA 3W6BA 3WU7A 1NMMA 4LT3A 1I1ZA 1LSAA 5I54A 5M1YA 4NHPA 3LYTA 1LZSA 3RT5X 2MEGA 3WPKA 1LYYA 1HSWA 4WM6A 2D91A 1JSFA 2DQHY 1VDPA 5E4PA 1CKFA 4N9RA 4N1EI 3OK0A 4N8ZA 4TSBA 5C6LA 1REZA 1RE2A 1BB7A 1LMQA 1LAAA 1W6ZA 4QDNA 154LA 3J4GA 5LVKA 1YKZX 4XADA 4XYYA 3TMWA 1GBOA 1LYZA 3WMKA 1LJGA 4G4CA 2YBJA 5FSTA 1C7PA 1KIQC 2YSSC 4XJFA 1IO5A 1B7RA 3J6KA 3WPLA 1XEIA 1CKGA 1ZVYB 2F4AA 1J1XY 1LJJA 5ILCA 1DKJA 4H1PA 3EBAB 3B6LA 4J0LA 3CSZA 5K7OA 1BB3A 4E3UA 4WOAA 1JISA 3QNGA 4RW2A 5F9UA 3RZ4A 1CKHA 1GPQC 1C08C 1BB4A 1D6PA 2DQDY 2Z38A 5LYZA 2DQJY 3A6CY 3AZ5A 5KKJA 3ZVQA 1RJCB 2ZNXY 1DXJA 1JJ1A 1GB9A 1LMTA 1UBZA 4TX7A 3IWRA 4PHIA 5HNLA 1LTMA 1OUCA 5IELA 1E8LA 2DQGY 4NG8A 1B9OA 1D0MA 1GB6A 4DD1A 3AZ4A 1QUTA 1IWXA 4PJ2C 1A4VA 1GBZA 1OUDA 1QTEA 3P68A 1LSPA 1CKCA 2LYMA 4GCEA 4H8XA 4LYZA 4WLTA 4XJBA 1UUZC 4OWAA 1HMLA 3ATOA 1CNSA 4J1AA 1HEQA 2Z2FA 2Y8PA 3SP3A 1JTOL 4DD7A 3CB7A 3A3QA 1GB8A 1RI8B 5B06A 4B1AA 2I6ZA 4H94A 3TXIA 2VB1A 4GLAA 1GB0A 1JKAA 2HEEA 1B0DA 1UIGA 1YL1X 5APCA 4IASA 4H9BA 4LYCA 4DT3A 1GFEA 1AZFA 4FDYA 5KXLA 1WQMA 1V7SA 1JHLA 2ZILA 1B7QA 2LYOA 1IP2A 2LZTA 1CJ6A 2Z18A 3B0IA 1DI3A 1B7NA 1IX0A 3G3BB 1IP6A 1IOQA 1JTPL 3MGWA 4LFPA 1DZBX 3W6FA 1JPOA 4BADA 1GFJA 1GE0A 1LHIA 2BQFA 1QIOA 1REYA 2Q0MX 1IWZA 1KXYA 1CKDA 3WVYA 3K3TA 1LJKA 5KXPA 1QSAA 2DQFC 1ALCA 4H90A 1OUFA 1H87A 2CJLA 2DQEY 2CGIA 2EKSC 3P4ZA 1FLYA 1PS5A 4LGKA 4TSCA 3CT1A 1GE1A 4II8A 1LZ8A 1IOSA 1LZ4A 1NBYC 3AGGG 4QEQA 1GBSA 5B59A 4O34A 5B07A 6LYZA 4GN4A 1IP1A 5FDJA 1NDMC 4HP0A 3A90A 3TXJA 4B4JA 1GF7A 3IJVA 2BLXA 4C3WA 2ZWBA 1SLYA 1OUJA 1VEDA 3AW6A 1G7MC 2N5ZA 5FCPA 2CDSA 1GFUA 3A91A 3M3UA 4HJVA 1INUA 2A7DA 3AZ6A 2BQAA 2DQCY 4CHXA 3EO5A 3TMVA 1LYSA 3E3DA 1UACY 2FBDA 3AGHA 2D4JA 4G9SA 1JEFA 4DDCA 1GE4A 1GFAA 1NKHA 3P65A 3WXUA 1LKRA 2FYCA 2WARA 3LYMA 4ZFPA 4WG7A 1GF6A 4OOTA 5LIOA 2YVBA 2XBRA 2YBLA 6LYTA 1VAUA 5KKIA 1IVMA 5HMVA 1B2KA 1SQ2L 1YIKA 4WLDA 5DLAA 3W6CA 1QUSA 2XBSA 1G7LC 4I0CA 4OWBA 3BKVA 4WM1A 1B7MA 4H9FA 3KAMA 5KXTA 1OP9B 2IFFY 2BQDA 3FE0A 4NGVA 1NQIA 4WM4A 4QY9A 5B05A 1TCYA 4HTKA 5L9JA 5F16A 3AYQA 2ZYCA 1LHHA 1GDWA 2A7FA 3CT5A 3HBHA 1LSBA 2HU3A 4XN6A 4ZEEA 4XJGA 3WYHA 1LMNA 5I4WA 3W3EA 1GFHA 4HTQA 3EXDA 1YROA 1LJEA 4LFXA 4N1CC 5HMJA 3TXHA 1WQPA 1XGQC 1N4FA 1HSXA 1IEEA 1XSFA 3HBDA 4CJ2A 4WM5A 4HPEA 1IWUA 1GB7A 5KXRA 4MCKA 3TXEA 1ZMYL 1F10A 1QDTA 1GBWA 3RW8A 3N9EA 1OUBA 4MSTA 1LZRA 1AKIA 1WQNA 1GF4A 1GF8A 1YANA 4B4EA 1YAPA 4AGAA 4XJDA 4RW1A 2C8PA 1QTKA 2D4IA 1HEMA 4DWXA 5LXWA 1YQVY 2ZIKA 1BHZA 4YEOA 1GF0A 1OUGA 3A96A 1WQQA 1HNLA 3WU8A 1IWVA 134LA 1GBXA 2HECA 5LA5A 1GDXA 2H5ZA 1KXXA 3CSQA 1PZYA 4DYGA 3N9CA 3TXBA 3CQLA 4H92A 4UWNA 1BVXA 1EQEA 2ZYPA 4Z46A 4H9EA 2DKVA 1HMKA 2I25L 4NGOA 3ZEKA 4RLNA 4ETEA 4I8SA 1HFYA 2BQBA 1GEVA 1UIFA 4PPOA 2EPEA 1MELL 4BS7A 1JKBA 2PC2A 3AW7A 4CFOA 194LA 1BGIA 1FBIX 2DQAA 2I26L 1LZ6A 4Z41A 1IWWA 3TXDA 4NSGA 1LHKA 1HEWA 4X3BA 3LYOA 5APDA 4DD9A 1UC0A 2AUBA 1LJFA 4UWVA 2MEFA 1LJNA 1HC0A 4FJRA 1BWIA 3ULRA 3WXTA 1XEJA 1BQLY 4B49A 4YOPA 1LZNA 1RFPA 1F6RA 5LA8A 1HHLA 4LT1A 4WM2A 1WVVA 1LPIA 4NGZA 4A7DA 2G4NA 5FHWA 1DQJC 5DN5A 4WG1A 4EMNA 135LA 1FN5A 4OW1A 3EMSA 2BQKA 4WL6A 1UIEA 4NFVA 1KIPC 1IP7A 2BQJA 3OJPA 3CSRA 4D9ZA 2D4KA 5KXKA 2DBTA 1NDGC 4NGIA 3A6BY 2FYDA 4RLMA 1GD6A 1GXV2 4ET8A 5ILFA 1B7PA 3WULA 4UWUA 1LZ5A 1C46A 3A8ZA 1F6SA 2D6BA 5IHGA 1B7SA 4H9AA 2BQCA 4LYOA 1C45A 4H8YA 1OUIA 5FEKA 4EOFA 1B5YA 1I56A 2BQIA 4MR1A 4GCFA 4H91A 1A2YC 4DDAA 1LSZA 1VATA 1CJ8A 1UCOA 1LCNA 2B5ZA 2G4PA 3W6DA 4L41A 1IOCA 3T6UA 1HERA 4NG1A 5L3IA 1NBZC 1GB5A 4R6CA 3WUNA 4W94A 5LAGA 1D9UA 2ZQ3A 1LJHA 2G4QA 1IIZA 5II3A 5DN4A 4G4HA 5I4YA 4HTNA 3WW5A 4Z3MA 1AM7A 1LHMA 4B0DA 1LSGA 3A3RX 3WH1A 1BWHA 1XGPC 1JTTL 1IWYA 4YF2A 1HFXA 7LYZA 1EQ5A 1LZ9A 1IR7A 1JIYA 1EL1A 4M4OA 4XJHA 1JJ0A 5IDDA 1UIAA 3LZTA 1LZGA 1HEPA 4Z98A 1LZEA 4GCDA 2F2NA 3BKHA 1HF4A 5KXWA 1XGTC 1WTMA 2MEAA 3G3AB 4IATA 4NEBA 4RDSA 4H9HA 3F6ZA 1WTNA 1FKQA 4YENA 5LYTA 4HJZA 1FDLY 2RSCA 1IP4A 1LMCA 1NWGA 4J1BA 4PGJB 2H9JA 4NIJA 2YDGA 3T36A 3QY4A 3WVXA 1WVUA 4XJIA 1OQMA 5E9RA 4HV2A 4KT3A 4OOOA 1LSNA 5APEA 5EBHA 3ZVQB 4NGYA 1YKYX 2Z19A 4H9CA 4NHSA 4B4IA 5I53A 3AGIA 4WLYA 1HFZA 1ZV5L 1TBYA 1XGRC 2MEEA 1GF9A 1LMOA 1LYOA 4CGEA 3W6AA 3HFMY 4HV1A 2DQIY 2W1LA 1GAYA 4NGKA 2BLYA 5DL9A 1B7OA 1B5UA 3CT0A 1NF5A 2BQEA 3D9AC 1JWRA 5KXZA 3VWOA 4HPIA 4KPMA 4N5RA 5F14A 2H9KA 1YKXX 1B5ZA 2MEIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FLWA 1D3FA 1JKCA 1L39A 4NHTA 1HELA 5A3EA 1JTMA 207LA 2Z37A 178LA 1LZYA 4YXCA 3TXFA 4WO6A 1CTWA 1ZWNA 208LA 2BAAA 4G49A 1P56A 1OUAA 2OE9X 2HEFA 1NHEA 3DN6A 240LA 2RB2X 4AXTA 1GFGA 1DYCA 1YAQA 2W1MA 5T3FA 144LA 1JUGA 1LZDA 1L79A 1KY0A 2BQGA 1CU2A 5LAFA 2Z12A 252LA 3DNAA 5KJ9A 3WU9A 4ML7A 1L17A 7LZMA 1V7TA 4ETDA 1KW7A 2BQOA 216LA 3A92A 2LYZA 5D5CA 5F9XA 1GBYA 5J7CA 1PQKA 2ZNWY 1F0WA 1VDSA 1QSBA 2MEHA 4WMGA 1GF5A 180LA 3GXKA 4C5FA 1AT6A 1GHLA 1BVKC 3HWLA 1GFVA 153LA 4NY5A 5KXOA 1CJ7A 4W53A 4GN3A 1ZURA 1GB2A 3DMZA 1LLHA 1C6AA 2ZQ4A 5LINA 3OE0A 1C62A 3V2YA 1QUHA 5LVJA 3TXKA 1RCMA 1L90A 4EPFA 5KXSA 5FELA 1UIHA 4LYTA 1GE2A 1L98A 4DQ7A 3OE9A 4WL7A 103LA 1LSEA 1B5WA 4LT0A 3TMUA 2F4GA 4WLXA 3QE8A 133LA 1MLCE 1TLAA 1QDRA 1G7IC 1DYDA 2BQHA 3DKEX 1GEZA 1OVJA 3FA0A 1L0JA 1C43A 2O7AA 3A93A 1C67A 1GF3A 3GUKA 9LYZA 1P37A 1OWYA 2BQLA 1P2LA 1LJ3A 3LZ2A 8LYZA 119LA 3WU7A 1I1ZA 5I54A 1QTDA 4WM6A 3C82A 1L23A 1VDPA 1CKFA 4N9RA 1L00A 4TSBA 5C6LA 4QDNA 4XADA 172LA 2Q9EA 3C8RA 2YBJA 5FSTA 1C7PA 235LA 6LZMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2X0A A;  1FLW A;  193L A;  1LKS A;  3P64 A;  1GXX A;  3WW6 A;  1G7H C;  4BAF A;  5KXM A;  1IC5 Y;  1JKC A;  4NHT A;  1HEL A;  5A3E A;  4HSF A;  3WL2 A;  207L A;  2Z37 A;  3A34 A;  1ZVH L;  1JIT A;  1GE3 A;  2HEA A;  1LZY A;  4TTD A;  5KXX A;  2EQL A;  1DPX A;  2HED A;  1LHL A;  4J7V A;  4TWS A;  3TXF A;  3P66 A;  4NHQ A;  1XGU C;  1H6M A;  3N9A A;  1P2C C;  4WO6 A;  2XJW A;  3WPJ A;  208L A;  2BAA A;  1LJI A;  4G49 A;  4GCC A;  4OWH A;  1LZT A;  3A94 A;  1J1P Y;  1OUA A;  1QQY A;  1KIR C;  3AJN A;  1BB5 A;  1WQR A;  2HEF A;  4KXI A;  4XEN A;  4M6D A;  1NHE A;  3TXG A;  1DI5 A;  4OWC A;  2Z2E A;  2W1Y A;  3WUA A;  4AXT A;  1GFG A;  1YAQ A;  4ET9 A;  1YIL A;  2W1M A;  4HJY A;  5T3F A;  1LZA A;  1W08 A;  1DI4 A;  5KY1 A;  2YBH A;  5B1G A;  5LVI A;  5DM9 A;  1I20 A;  1YL0 X;  3WUM A;  1IC4 Y;  4GLV A;  4ETC A;  2Z39 A;  1JUG A;  1LZD A;  1J1O Y;  2BQG A;  3GXR A;  1T3P A;  5LAF A;  1IY4 A;  1FLQ A;  2HTX A;  2Z12 A;  4G4B A;  4NHI A;  4NWE A;  1LSM A;  5D5F A;  1XFP L;  5KJ9 A;  1HEN A;  5F81 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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