1VED | Genus

Total Genus 44

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	44
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__44511015636740314__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__44511015636740314__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1VED/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__44511015636740314__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"44511015636740314","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1VED/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__44511015636740314__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc44d560e22460896008ee/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc44d560e22460896008ee/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc44d560e22460896008ee/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc44d560e22460896008ee/pdb.gz): 1157 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 19 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	The crystal structure of the orthorhombic form of hen egg white lysozyme at 1.9 angstroms resolution in space rcsb
molecule keywords	Lysozyme C
total genus	44
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2004-03-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1vedA00

3WL2A 4XJIA 4CJ2A 1TAYA 2LHMA 3WMKA 5FCPA 1CJ8A 1IOTA 1OUBA 3A67Y 4XJBA 1J1PY 1NWGA 1LSZA 2BQDA 1LSNA 1LZ8A 1RI8B 1LKRA 1WQMA 2BQMA 2DQGY 1H6MA 1QSAA 1QUSA 4NGVA 1REZA 1GF7A 4N0JA 1QDRA 3J6KA 1GB3A 1VDQA 3TXJA 1SQ2L 1AT6A 1HFZA 1LZNA 2XBRA 4H1PA 4CGEA 1EL1A 1HF4A 2ZQ3A 1GBYA 2BQNA 2RSCA 5AMYA 1GFHA 1GFTA 4XADA 4O34A 4OOOA 3MGWA 4H9CA 4LT1A 1QTKA 4WG1A 1N4FA 2ZIKA 1GF0A 1HEPA 3TXEA 1A2YC 1JTOL 4ETAA 3BKVA 3CSQA 4H8YA 1LHMA 1LZEA 2H5ZA 3B0KA 3A3RX 5EBHA 1CJ9A 2ZIJA 1REYA 1IWTA 1UIEA 4G49A 4LYTA 1LYZA 1O23A 1B7PA 2YBMA 1GFJA 4NHSA 5HMVA 1JKCA 3TXKA 4H9BA 5DLAA 5ILFA 2DQIY 4NHIA 1BQLY 1GFEA 2FBBA 5KXZA 3D9AC 2MEAA 5FSTA 1GF3A 2EIZC 4WO9A 2ZILA 1G7IC 3N9EA 1JSFA 5L9JA 4XENA 3W6DA 2Q0MX 1LZTA 4XN6A 1IX0A 154LA 1YANA 4ZFPA 1B7QA 1REXA 1GE1A 2HTXA 1G7LC 1GF9A 1OUAA 1UIFA 1W6ZA 2I25L 4CHXA 1OUEA 5LVHA 4LFXA 5F16A 1LAAA 1XEKA 4WM2A 1LJNA 3LN2A 4NSIA 5I4YA 1WVVA 3IWRA 4LYMA 1HFYA 3ZVQA 2ZNWY 1GE3A 1IP2A 1AZFA 1CKCA 1VDSA 1YAMA 2LYZA 4NGKA 2Z12A 4H9AA 4LFPA 1GB6A 4NG8A 1LHJA 1CKHA 4UWUA 4MSTA 2BQEA 3CT5A 4DDAA 5KXWA 1JJ0A 2DQFC 1YIKA 1LMAA 1WQRA 3ULRA 1JTTL 1LKSA 1NDMC 4H91A 2HU1A 3A95A 4LT2A 4NGYA 2ZYCA 5KXTA 5APDA 2MEEA 1HNLA 3P65A 4NHPA 1B5ZA 3AB6A 2FYDA 1LJIA 1NF5A 1OP9B 2HEFA 3A96A 3TXBA 3GXRA 1IWYA 1LZ5A 5E4PA 3G3AB 2ZWBA 2DKVA 5B07A 5FDJA 4XJDA 4OWBA 3LZTA 4GCBA 4GLVA 1F6RA 3W6FA 5ILCA 3CSRA 4H92A 4KT3A 1UCOA 1JSEA 2G4QA 1F6SA 1RE2A 1HMLA 4NHQA 4NSJA 4H8XA 1KIQC 2HUBA 1J1OY 2MEDA 3TXDA 3WPJA 1GB8A 4DD1A 1QSWA 4GCFA 4N1CC 1OUDA 4R6CA 5APFA 3LHMA 2Z19A 4LYCA 4GCCA 1IEEA 4ETCA 3W6BA 1UIHA 3QY4A 2W1YA 1XGTC 1LCNA 5D5CA 3CT0A 3B6LA 1TDYA 3EO5A 4X3BA 4C3WA 2G4PA 1DQJC 4HJVA 3QNGA 1IP5A 1TBYA 1HHLA 2N5ZA 3TXHA 1LJGA 2X0AA 5T3FA 4QDNA 1G7HC 5B1GA 4RLNA 1UC0A 4H9IA 1DI5A 3P68A 4DT3A 1LSYA 2MEGA 4LGKA 5E9RA 1YKYX 2BQOA 2EPEA 5FELA 5I53A 3ZEKA 5B59A 1B7OA 1B7MA 1Z55A 4NGIA 4DWXA 5LIOA 4UWNA 1PS5A 3WUNA 3AJNA 3IJUA 5C6JA 3A8ZA 4QGZA 4II8A 4XJGA 4ZEEA 1YKXX 3D3DA 4NGWA 1GBWA 1JEFA 4TSCA 3AZ7A 2W1XA 1G7MC 4WOAA 5DN4A 1GB2A 1ZMYL 1GFVA 4G4BA 4M6DA 1AKIA 5KY1A 2WARA 1LOZA 1XEIA 2BQCA 4J1AA 4NFVA 5A3ZA 1HEOA 3WXUA 1LSFA 2BQBA 5DL9A 5APCA 1YQVY 3W6CA 1CKDA 1YL0X 4H9FA 4NWHA 1B7RA 4DC4A 1BGIA 1YROA 3A91A 1GEZA 4M4OA 4MCKA 1RFPA 1BB3A 1AT5A 3SP3A 3LYTA 1IORA 2CJLA 3HBEX 5HQ1A 1LZSA 1FLUA 4W96A 4WLDA 2D6BA 1C10A 1IOQA 1JKDA 1VFBC 4N1EI 1IIZA 4G4CA 1P2CC 135LA 2BQAA 3LYMA 1H87A 1LZDA 4FJRA 5KXLA 2C8OA 4DD9A 5LVIA 1NMMA 3WUMA 5F14A 1B5XA 4N8ZA 2YBLA 5J7CA 3T36A 2DQCY 4J0LA 4CFOA 1ZVHL 5I5QA 2D4JA 1BB7A 1CKGA 2BPUA 1IWZA 2MEFA 1JKAA 1EQEA 2I26L 2HECA 2LYOA 2Z2EA 4UWVA 1GE0A 3WU9A 5I4XA 5I4WA 5LVJA 2MEIA 1D0LA 1LHIA 3CQLA 3J4GA 4PPOA 4B4IA 4N5RA 1DI4A 4N9RA 3A3QA 4WM4A 1LZGA 3AZ4A 1BB4A 2MEHA 4GN3A 1GEVA 5II3A 1E8LA 2F2NA 3A6BY 4QEQA 4YEOA 3W6EA 4DD0A 1ALCA 2Z39A 4CFPA 5LVGA 5HNCA 1LYYA 3CB7A 1KXWA 1BB6A 3G3BB 3AGHA 4HP0A 4TTDA 1GXXA 4WLXA 3RU5A 4DYGA 4YOPA 1JUGA 1XGQC 1NKHA 3TMXA 4AGAA 2LZ2A 1LYOA 2DQEY 1DKJA 1D0KA 1LZAA 1XSFA 4NGLA 1UUZC 5B06A 2HU3A 3QE8A 4WL6A 1HEWA 3AZ5A 1B9OA 8LYZA 4HJZA 1FLYA 1LJ4A 1IY4A 1LHLA 1DPWA 4HV1A 4PJ2C 1B5VA 6LYTA 2BQIA 4NG1A 3TXFA 1LZCA 3A94A 3W6AA 1UICA 5IELA 5IHGA 1IWWA 4PRUA 3WU8A 1CJ7A 4EOFA 4RLMA 1LHHA 1XGUC 1JTPL 3FI7A 3P64A 2F4AA 4H94A 4WM1A 3P66A 5FEKA 4IATA 1B5YA 3AW6A 1YL1X 1FBIX 5F9UA 1GBSA 4LYBA 1I20A 1GFRA 1YILA 3TMWA 1GFGA 3CT1A 2A7DA 4W94A 3WH1A 4BS7A 4HPEA 2BQHA 4WM5A 2VB1A 1NHEA 3WPKA 4WM3A 5A3EA 3WW6A 3ZVQB 1CJ6A 1GDWA 1DPXA 1GAZA 4OWCA 1LTMA 4OWHA 1LJEA 4NGZA 1VATA 2Y8PA 1A4VA 3RT5X 1IP1A 3OK0A 2D91A 2LYMA 4HV2A 3WVXA 4G4HA 5L3IA 1VDTA 1B7NA 3EBAB 1BWHA 1GD6A 4C5FA 193LA 1HSWA 1NDGC 4J1BA 4YF2A 3TMVA 4Z46A 1IP7A 4I0CA 2BQJA 1WVUA 208LA 134LA 4NY5A 1IOSA 4TWSA 1OUIA 3A92A 5KXPA 4DD7A 3WU7A 4DDBA 2CGIA 1LJHA 1GE4A 1UBZA 4OW1A 4TX7A 1LSMA 1IP3A 1FDLY 2YVBA 3B72A 4WLYA 2D4KA 4A7DA 1DXJA 1LZ4A 1WQQA 4BAPA 5KXMA 1GF4A 2XJWA 9LYZA 1B2KA 2BQGA 2YDGA 5KXNA 1IC4Y 5LINA 4HSFA 2AUBA 5KXSA 1DZBX 1HSXA 1YAQA 3AYQA 6LYZA 5KXKA 1C7PA 1RCMA 4H8ZA 4NSGA 1JISA 4HTNA 1D0MA 1GDXA 1NQIA 5LXWA 1LMCA 1GB0A 1LSAA 2H9KA 1BWIA 1JWRA 1XGRC 3W3EA 4B1AA 3A93A 4Z41A 2F4GA 3ATNA 2GV0A 5LAFA 4PRQA 3TMUA 5K7OA 1BWJA 2PC2A 1INUA 4WL7A 1OUJA 2FBDA 1HENA 3VWOA 3WVYA 5JENB 4MR1A 2MECA 5KXXA 3GXKA 1BVXA 1B0DA 4OWAA 4Z3MA 1VEDA 1GAYA 4WLTA 4HTKA 4WG7A 4QY9A 3E3DA 5LYTA 1WQPA 4XJFA 1UIGA 3LYOA 1TCYA 1VAUA 1LZ9A 1LYSA 2I6ZA 5L3HA 3WXTA 1HC0A 1UIAA 1OUGA 1OUCA 3WW5A 1GFKA 1ZVYB 2DQJY 5F9XA 4DDCA 1GWDA 1CKFA 3AW7A 5I54A 1XEJA 1LZ1A 4BAFA 2Z18A 2CWIA 1LHKA 4TSBA 4RW2A 4HJYA 2BLXA 1DI3A 1MELL 2YBJA 1I1ZA 1G7JC 1GF5A 1SLYA 3OJPA 1IO5A 1D6QA 3CSZA 1LMOA 3M3UA 1LMTA 4WMGA 1B7SA 1QTEA 1HMKA 1GFUA 4P2EA 1WQOA 3AZ6A 133LA 2ZQ4A 1RJCB 5HLLA 1EQ4A 3RNXA 4WO6A 2IFFY 1LSGA 1OQMA 1GB7A 3B0IA 3LZ2A 4ETDA 132LA 1W08A 2HEDA 1LJ3A 4E3UA 5DN5A 1IOCA 4B4EA 2FYCA 2EKSC 2BAAA 1GPQC 1QQYA 4IJ4A 5C6LA 4KXIA 1UIDA 1IP6A 4GN5C 1LZ6A 1GXV2 5F81A 4AXTA 1PZYA 1LJJA 3ATOA 3B0OA 1B5WA 1JKBA 1LMQA 1UACY 1BVKC 1C43A 4WM6A 5KXRA 4RDSA 2XTHA 1JHLA 4DD2A 4DD3A 4ETBA 5LAGA 1FLQA 4GLAA 4LT3A 4RW1A 4NWEA 2Z38A 4OOTA 5LA5A 1HEQA 5DM9A 1LZYA 4B49A 5D5FA 4B4JA 4B0DA 1QUTA 3RZ4A 3T6UA 1GBXA 1B5UA 5FHWA 1F10A 1LSPA 1XFPL 3AGGG 4U3XB 4G9SA 1LJKA 1ZV5L 4NGOA 3EMSA 4NIJA 4H93A 2BQLA 4ZIXA 3WPLA 3HBHA 4ET8A 3LYZA 3RW8A 1IR9A 1JJ3A 1REMA 1V7TA 4YENA 7LYZA 3HFMY 2IHLA 1LSDA 4H9HA 3N9CA 4ANRA 5LYMA 2LZTA 2C8PA 2Z2FA 2D4IA 2YSSC 4PGJB 1C08C 1GF6A 2YBNA 1BB5A 4IASA 3WYHA 1UIBA 4LZTA 1FLWA 3K3TA 1LSEA 1IWXA 5KKIA 2HEBA 194LA 1NBYC 207LA 3AGIA 4HPIA 1GBOA 3HBDA 4R0FA 1YKZX 1LMPA 1UA6Y 3EXDA 3M18B 4HTQA 4ML7A 5M1YA 1IP4A 1HEMA 4D9ZA 1DKKA 3A90A 1QIOA 1T6VL 1HERA 1GB5A 2CDSA 2DBTA 4FDYA 3BKHA 5LYZA 1QDTA 5LVKA 3WULA 5B05A 1GF8A 4LYZA 4LT0A 1HFXA 1D6PA 2NWDX 1WTNA 2DQHY 1HELA 2YBHA 2YBIA 3WUAA 1IR8A 1WQNA 2DQDY 4NSHA 1GHLA 2HEAA 4KPMA 1J1XY 2A7FA 5KJ9A 4I8SA 1VDPA 1KXXA 1YAOA 1FKQA 4LYOA 1EQ5A 4NHTA 5C6IA 4GN4A 1YAPA 1KIPC 2B5ZA 1GB9A 4GCDA 4YM8A 1WTMA 5KKJA 1C46A 1NBZC 2EQLA 5LA8A 2H9JA 2HEEA 2W1LA 2G4NA 1LPIA 1T3PA 1KIRC 5HNLA 1JIYA 1LSCA 1IVMA 1IWVA 1B7LA 4KL7A 3KAMA 4H9EA 4L41A 1OUHA 4H90A 1JPOA 4ET9A 5KXYA 2XBSA 5KXOA 1JJ1A 4J7VA 153LA 4GCEA 1FN5A 2BQKA 2W1MA 4XJHA 5APEA 1IR7A 1AM7A 4NGJA 1I56A 1KXYA 2ZYPA 4Z98A 1XGPC 1OUFA 2Z37A 1C45A 1LJFA 2BQFA 4OWEA 1LMNA 4ETEA 1IWUA 4XYYA 1CNSA 4BADA 4EMNA 2BLYA 1GBZA 1JITA 3N9AA 1GE2A 3TXIA 4YEMA 1FKVA 1V7SA 2ZNXY 3A34A 3FE0A 1LSBA 3A6CY 2MEBA 3F6ZA 1BHZA 1TEWA 3IJVA 3P4ZA 1GFAA 2DQAA 5B1FA 1LZBA 5HMJA 4TUNA 1IC5Y 1IC7Y 4PHIA 5IDDA 2F30A 1F0WA 1IY3A 4NEBA 1LZRA 1MLCE 3TXGA 1D9UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WL2 A;  4XJI A;  4CJ2 A;  1TAY A;  2LHM A;  3WMK A;  5FCP A;  1CJ8 A;  1IOT A;  1OUB A;  3A67 Y;  4XJB A;  1J1P Y;  1NWG A;  1LSZ A;  2BQD A;  1LSN A;  1LZ8 A;  1RI8 B;  1LKR A;  1WQM A;  2BQM A;  2DQG Y;  1H6M A;  1QSA A;  1QUS A;  4NGV A;  1REZ A;  1GF7 A;  4N0J A;  1QDR A;  3J6K A;  1GB3 A;  1VDQ A;  3TXJ A;  1SQ2 L;  1AT6 A;  1HFZ A;  1LZN A;  2XBR A;  4H1P A;  4CGE A;  1EL1 A;  1HF4 A;  2ZQ3 A;  1GBY A;  2BQN A;  2RSC A;  5AMY A;  1GFH A;  1GFT A;  4XAD A;  4O34 A;  4OOO A;  3MGW A;  4H9C A;  4LT1 A;  1QTK A;  4WG1 A;  1N4F A;  2ZIK A;  1GF0 A;  1HEP A;  3TXE A;  1A2Y C;  1JTO L;  4ETA A;  3BKV A;  3CSQ A;  4H8Y A;  1LHM A;  1LZE A;  2H5Z A;  3B0K A;  3A3R X;  5EBH A;  1CJ9 A;  2ZIJ A;  1REY A;  1IWT A;  1UIE A;  4G49 A;  4LYT A;  1LYZ A;  1O23 A;  1B7P A;  2YBM A;  1GFJ A;  4NHS A;  5HMV A;  1JKC A;  3TXK A;  4H9B A;  5DLA A;  5ILF A;  2DQI Y;  4NHI A;  1BQL Y;  1GFE A;  2FBB A;  5KXZ A;  3D9A C;  2MEA A;  5FST A;  1GF3 A;  2EIZ C;  4WO9 A;  2ZIL A;  1G7I C;  3N9E A;  1JSF A;  5L9J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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