1W08A

Structure of t70n human lysozyme
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKNPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rationalising Lysozyme Amyloidosis: Insights from the Structure and Solution Dynamics of T70N Lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1w08A00
3T36A 1B7RA 2YVBA 2YBHA 3RZ4A 1BB7A 4OWBA 1HEPA 4XN6A 1D0KA 4WM2A 2G4PA 1OUDA 4OWHA 1ZMYL 2BQAA 1QUSA 1CKHA 2HU3A 2Z2EA 5L9JA 2HEBA 3TXDA 4E3UA 3QE8A 1LYSA 3A3QA 3LZTA 5LVIA 1INUA 4TX7A 1LCNA 1CJ7A 1HEQA 1LZ6A 4I8SA 1IWVA 1WQRA 1BVKC 1YKYX 2B5ZA 3A34A 5FHWA 5I54A 3WW5A 5KXKA 1JTPL 1PS5A 1VAUA 1AT6A 1GF3A 2Z2FA 4NWHA 5L3IA 4NG8A 1VDSA 4H9AA 4OWAA 1GDXA 1HFZA 1YKXX 3TMUA 1JJ3A 1RI8B 4LZTA 3AGGG 1IR8A 4H9FA 1CJ6A 1NBYC 1YILA 4RLMA 1W08A 1B7PA 4YENA 5I5QA 1LJKA 4ANRA 1DI3A 3AZ7A 1GAYA 4XJHA 2GV0A 1LSDA 1GBZA 5LAGA 5B06A 1OUEA 4CHXA 5KXLA 1TEWA 2Z18A 5KXTA 2BQFA 1P2CC 2BQCA 4CFOA 1VDPA 2AUBA 1LYOA 5DLAA 5F9UA 1IWZA 2HEEA 5EBHA 4YEMA 1B2KA 1QUTA 1MLCE 1EQ5A 1HFYA 2MEHA 1JEFA 4L41A 4NGVA 2BQDA 5HQ1A 3LYZA 4ML7A 5KKIA 5ILCA 1JKCA 1LHJA 4UWNA 5L3HA 1N4FA 4LFPA 4XADA 3A3RX 4HP0A 4NG1A 3TXFA 1DKKA 3A95A 1LSFA 1BWHA 3RNXA 1NDGC 1OUGA 1C46A 4IASA 1LHMA 1GBOA 1LZYA 1OP9B 1J1PY 1QSWA 4FJRA 1QSAA 1TBYA 4DDBA 3TXBA 5F14A 1LKSA 2BLXA 1LAAA 4NGJA 4PPOA 2Z19A 1SQ2L 1DPXA 4DD9A 2HU1A 1WQQA 3WXUA 3W6CA 4WO9A 1LMNA 3WVYA 4GN5C 5HMJA 4N1EI 1C43A 1GFHA 4H90A 4N9RA 2D6BA 5HNLA 1REMA 1LTMA 153LA 2ZIJA 1GBXA 1LZTA 5A3EA 1BWIA 1XGTC 1D6PA 1LJGA 2BAAA 2I25L 2LZ2A 4M4OA 1D0LA 1OUIA 5T3FA 5KXOA 1D0MA 5DN5A 2A7DA 5KXWA 1XSFA 2YBNA 2LHMA 4NSJA 1UIGA 1NKHA 193LA 1GFGA 5E4PA 1D6QA 8LYZA 1DPWA 7LYZA 1NDMC 2LYMA 2MEGA 1KXXA 2IFFY 1C10A 1HHLA 4I0CA 1GF9A 4NGLA 4TTDA 3WPJA 1LZBA 1XGQC 2DQGY 2CGIA 4KXIA 1B5VA 3AZ4A 3TXGA 2ZNXY 2HEFA 1LZEA 1YL0X 4WL6A 1FKQA 4LYCA 5LA8A 1IP6A 4ET9A 2W1LA 5B1FA 1GXV2 1LYZA 2BQHA 5HNCA 4GCBA 2YBIA 1HMKA 2YBJA 1GF5A 1G7LC 1LHHA 2DQIY 1IORA 2D4IA 1JKBA 1D9UA 1JKAA 1GHLA 1IWTA 2YBMA 4G49A 4J1BA 1XEJA 3WULA 1HFXA 1OQMA 1WTMA 2BQJA 2MECA 3A6CY 1LZAA 4KPMA 4NEBA 5LA5A 4LT2A 4WLXA 1B0DA 1LZRA 2F4AA 3ULRA 3WVXA 4HSFA 208LA 4NHIA 3QNGA 1CKGA 5B59A 1OUAA 1DI4A 4GN3A 4WM3A 3P4ZA 3CQLA 5B07A 1GBWA 2LZTA 2FYCA 4G9SA 1LMTA 4W94A 3P68A 3FI7A 1OUFA 4YM8A 2DKVA 3AYQA 1LZDA 2H9KA 3AGHA 4J1AA 1C45A 4WMGA 1IOTA 1EQ4A 1GFTA 1YAOA 4G4HA 4FDYA 4YF2A 1A4VA 4XENA 2FBBA 3A94A 4RDSA 4TSBA 5F81A 3WMKA 4KT3A 4DDAA 2N5ZA 1I20A 2DBTA 1AT5A 2MEAA 3EO5A 5DM9A 3LYTA 2FBDA 4WO6A 5E9RA 1UICA 1LSYA 1HEOA 4GLVA 4YOPA 1LMQA 1LSZA 4R0FA 4LYOA 1G7JC 2Z12A 1RJCB 2BQLA 2BQGA 4BS7A 4B0DA 3LHMA 1NF5A 4NY5A 3CT5A 3GXRA 2F4GA 5AMYA 1LMPA 3EXDA 2W1XA 1LZ4A 1E8LA 1DQJC 4EMNA 2ZWBA 1F6SA 1LZNA 3P66A 4QEQA 3W6EA 1O23A 5DN4A 3WU7A 1GB8A 4LYMA 1GWDA 1KXWA 4HJZA 5C6LA 1OUJA 1IIZA 1IC5Y 4G4BA 1CKDA 2CDSA 2YDGA 5I4WA 4RW1A 1XGRC 2C8PA 4O34A 4Z98A 3ZEKA 4ET8A 4WM6A 1XEIA 2H5ZA 1YQVY 2MEDA 3B0IA 3P65A 3ZVQA 4LGKA 2D91A 4MCKA 1JKDA 3B0KA 5ILFA 4TWSA 3TXJA 4LYBA 3BKHA 1IEEA 134LA 3B72A 1LHIA 5LVJA 1C08C 1BGIA 2ZNWY 4TUNA 5D5FA 1IWWA 3TMWA 1LSMA 2Z39A 1MELL 2XTHA 1GEVA 2ZIKA 3A6BY 1WQPA 1TAYA 1WQNA 3N9CA 4H93A 2ZQ4A 1XGPC 4NIJA 1B5YA 4NHTA 4EOFA 2HUBA 5APCA 3W6DA 3WUMA 1IC7Y 1VDQA 1BB3A 1GEZA 1LSGA 1FKVA 1HEWA 3WXTA 1LJ4A 4OOOA 4TSCA 4W96A 4WLTA 1IVMA 5FSTA 1HSXA 3CSQA 3W6BA 3LZ2A 1YANA 4II8A 3HBEX 1GE0A 1LSBA 5DL9A 1IP1A 4NGOA 4Z3MA 1B5XA 4N5RA 1XGUC 4CJ2A 1IP7A 1LZSA 3N9EA 4DDCA 1DXJA 1LJIA 4PJ2C 3AB6A 1CKFA 1JWRA 2D4JA 4WG7A 4PRQA 4WLYA 4D9ZA 1NHEA 4XYYA 2Z37A 5KXXA 1YAPA 3FE0A 2BQNA 4C3WA 5KJ9A 1V7SA 2IHLA 2RSCA 3TMXA 3WH1A 1IO5A 3N9AA 1B5UA 1B7OA 1EQEA 1JHLA 1GE2A 1NWGA 1JTTL 1FDLY 3EMSA 2YBLA 3ZVQB 1JSFA 4ETDA 1GXXA 1G7HC 1HELA 3MGWA 4LYZA 4GCCA 2Z38A 1LSAA 1YAQA 4HTQA 4NGZA 3TMVA 4NGKA 3VWOA 4KL7A 1B9OA 1LPIA 3CSRA 3IWRA 3BKVA 3CT1A 5F16A 4AGAA 4RLNA 1LSCA 1NQIA 133LA 4DYGA 1LSPA 3F6ZA 1G7MC 1LZ5A 3M18B 5HMVA 1LOZA 2DQHY 1NBZC 1CJ8A 1OUCA 2DQDY 3ATOA 2DQCY 4PHIA 3WPLA 3AW6A 1IOSA 4H92A 4B1AA 1GF8A 1HSWA 3OJPA 1CJ9A 4H9EA 2MEFA 4DC4A 1GFAA 4A7DA 5B05A 1DI5A 1J1OY 1WVVA 1QDTA 1VATA 1RFPA 4PRUA 1GFRA 4H8YA 2BQKA 2WARA 4IJ4A 3AZ6A 5LYTA 1GB5A 4H9IA 1LYYA 1DZBX 1J1XY 1ZVHL 3A91A 5KXNA 4CGEA 1A2YC 4N0JA 1KXYA 1LMCA 1JUGA 4IATA 4RW2A 3RT5X 1REZA 1CKCA 4GCDA 2CJLA 4H9BA 2F2NA 1BQLY 3TXHA 6LYZA 3CB7A 2XBSA 1QTEA 5A3ZA 1YROA 2LYOA 4DD1A 1VFBC 4LFXA 3AGIA 3LN2A 5B1GA 6LYTA 5LVGA 3AJNA 3WL2A 1LJHA 1IP5A 1IP4A 5JENB 1OUHA 2EPEA 5LIOA 4CFPA 1DKJA 4HV2A 4H9CA 2D4KA 4XJGA 3CSZA 5IELA 1F10A 4H94A 1HMLA 1CNSA 5KXYA 4B4EA 5KXPA 4NWEA 1GFKA 3W6FA 4J0LA 4NSHA 4DD3A 1B7NA 2HEAA 3WPKA 1LJJA 3TXKA 2HEDA 4XJBA 5LVHA 1LMAA 3EBAB 3HFMY 1UIBA 4LT1A 1KIRC 1FLWA 1HENA 1WTNA 1GF6A 3LYMA 3WU9A 2EKSC 5II3A 1ZVYB 3RU5A 3KAMA 5D5CA 1XFPL 1GF4A 1GE3A 1LJEA 1WQOA 1FLQA 3M3UA 2BQBA 5C6IA 1UCOA 5APDA 1UUZC 5KXRA 4DT3A 4MSTA 5I4XA 1IX0A 4B4IA 1JJ0A 4OWCA 1OUBA 4LT0A 4HPEA 4NGWA 1FLUA 1GE1A 3CT0A 2VB1A 3A8ZA 4QDNA 3A93A 1F0WA 1YAMA 4HTKA 3B0OA 4HV1A 1VDTA 1LHLA 1KIPC 1IY3A 1LKRA 3IJUA 1REYA 1IP3A 1IR9A 4BAFA 1LSEA 3LYOA 5C6JA 1GB6A 1GB2A 1QIOA 4H1PA 4ETCA 4ZEEA 1RE2A 3A96A 5KY1A 1GF0A 4NHSA 2ZILA 4GCEA 1FN5A 4NSGA 1IR7A 2HECA 5IDDA 4GLAA 5KKJA 1B7LA 1JIYA 2A7FA 4B49A 4NGIA 3W3EA 1NMMA 1GB9A 2BQIA 3D9AC 4WM1A 1WQMA 4DD0A 4ETBA 1B5WA 1ZV5L 2BPUA 3HBHA 3SP3A 2HTXA 5K7OA 1FLYA 1LHKA 3QY4A 4UWUA 4OWEA 3W6AA 2ZYPA 1LMOA 4N1CC 154LA 2Y8PA 4C5FA 2W1YA 5FDJA 1LJ3A 1UIEA 2BQMA 2H9JA 1ALCA 2C8OA 5FCPA 1WVUA 1GDWA 1GAZA 1YL1X 4UWVA 4OW1A 3OK0A 3RW8A 4NHPA 4XJIA 4WG1A 1UIFA 4DD7A 1IOQA 4XJDA 4J7VA 5APFA 5FELA 4NHQA 1BWJA 1IWUA 2W1MA 4H9HA 4BAPA 1H6MA 5FEKA 4PGJB 1V7TA 4GN4A 1UACY 2BLYA 1HERA 2BQOA 3AZ5A 1QQYA 1GFJA 4WM4A 1RCMA 4YEOA 2MEIA 1BB6A 4ZFPA 2G4QA 3A92A 1YIKA 2Q0MX 1GBSA 5M1YA 5LVKA 3GXKA 4U3XB 4XJFA 5IHGA 1JITA 5I53A 3ATNA 4HJVA 4H8XA 4NGYA 1B7MA 1B7SA 1B5ZA 1JSEA 1GBYA 3TXEA 1IWXA 2XJWA 2LYZA 3K3TA 4Z46A 1BB4A 1GE4A 3AW7A 4LT3A 4WL7A 2ZQ3A 4OOTA 4WLDA 5KXSA 1JISA 4BADA 1IC4Y 1TDYA 4G4CA 5LAFA 4ZIXA 4ETEA 1HC0A 1T6VL 2F30A 3WW6A 2I26L 1GB7A 4N8ZA 1XEKA 2DQJY 3A67Y 1EL1A 3G3AB 1I1ZA 3WUAA 4HJYA 3T6UA 194LA 1HF4A 1QDRA 1GPQC 3G3BB 3J6KA 1UC0A 1G7IC 3E3DA 2NWDX 5LYMA 1UIDA 2I6ZA 1LJNA 1BB5A 3D3DA 3J4GA 2YSSC 5LINA 1LZGA 1AM7A 5APEA 1GB0A 1JTOL 1AKIA 1W6ZA 1BVXA 4H8ZA 4QY9A 4HTNA 1AZFA 4Z41A 4H91A 4NSIA 1LJFA 4R6CA 1JJ1A 1IY4A 4B4JA 3TXIA 4P2EA 1FBIX 1F6RA 1GFVA 2DQAA 1PZYA 2ZYCA 1YKZX 3A90A 4X3BA 2CWIA 3HBDA 207LA 1H87A 1HEMA 1UBZA 1GFUA 1LZ1A 1UA6Y 1LZ9A 5I4YA 2DQEY 1UIHA 3B6LA 1REXA 4ETAA 4MR1A 1GF7A 3IJVA 2BQEA 4GCFA 1TCYA 4LYTA 4QGZA 5F9XA 2XBRA 5J7CA 3WUNA 1Z55A 2FYDA 5KXZA 1GD6A 4M6DA 4HPIA 3WYHA 9LYZA 1IOCA 3WU8A 1QTKA 1VEDA 4NFVA 5HLLA 1IP2A 1BHZA 4AXTA 135LA 1LZ8A 5KXMA 1C7PA 1SLYA 3P64A 1GFEA 1T3PA 5LXWA 1GB3A 4DWXA 1I56A 4WOAA 1KIQC 1LSNA 2MEEA 1B7QA 1HNLA 2DQFC 1JPOA 1IWYA 4DD2A 4WM5A 2X0AA 5LYZA 2PC2A 132LA 2EQLA 2MEBA 2G4NA 1LZCA 1UIAA 2EIZC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YVBA 139LA 173LA 1BB7A 1ZMYL 1LYFA 2BQAA 2HU3A 5L9JA 4E3UA 228LA 1L15A 3QE8A 1LYSA 1INUA 1G0KA 1IWVA 1WQRA 1BVKC 1L89A 1GF3A 2Z2FA 4I7LA 1YKXX 2ANVA 3TMUA 1L65A 2Q9EA 4LZTA 3AGGG 1IR8A 4ARQA 1L47A 1NBYC 1YILA 4RLMA 1B7PA 1L16A 1DI3A 3AZ7A 5LAGA 2Z18A 1P2CC 3HDEA 1VDPA 5DLAA 5F9UA 5EBHA 4YEMA 1QUTA 1EQ5A 1HFYA 4L41A 2BQDA 1L52A 3PBLA 1L41A 5KKIA 1C66A 1JKCA 1N4FA 2B72A 3TXFA 3A95A 1NDGC 1LHMA 3SB9A 1OP9B 1QSWA 1TBYA 3TXBA 2QB0B 3WXUA 3W6CA 1G0QA 1L74A 2B7XA 4GN5C 4N1EI 1L36A 107LA 4N9RA 2D6BA 5HNLA 1L23A 1REMA 153LA 162LA 1D6PA 1L42A 1LJGA 2I25L 103LA 147LA 1L50A 1L49A 1D0LA 1OUIA 5KXOA 5DN5A 2A7DA 3HDFA 181LA 3HT7A 1NKHA 1L68A 193LA 1GFGA 1NDMC 2LYMA 1KXXA 4TTDA 3WPJA 1XGQC 3TXGA 244LA 2CGIA 2DQGY 1B5VA 1C6TA 3AZ4A 148LE 4LYCA 1D2WA 5B1FA 175LA 1HMKA 1G7LC 1GHLA 4J1BA 1IWTA 201LA 1OQMA 1SX2A 2MECA 1DYEA 1L35A 1T6HA 2F4AA 141LA 1JTMA 4WM3A 3P4ZA 1OV7A 1G07A 5B07A 1OUFA 1L63A 3AYQA 4J1AA 2RH1A 1L27A 1EPYA 3C81A 1YAOA 4G4HA 4XENA 4RDSA 3WMKA 1G06A 2MEAA 1AT5A 4WO6A 126LA 114LA 168LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3T36 A;  1B7R A;  2YVB A;  2YBH A;  3RZ4 A;  1BB7 A;  4OWB A;  1HEP A;  4XN6 A;  1D0K A;  4WM2 A;  2G4P A;  1OUD A;  4OWH A;  1ZMY L;  2BQA A;  1QUS A;  1CKH A;  2HU3 A;  2Z2E A;  5L9J A;  2HEB A;  3TXD A;  4E3U A;  3QE8 A;  1LYS A;  3A3Q A;  3LZT A;  5LVI A;  1INU A;  4TX7 A;  1LCN A;  1CJ7 A;  1HEQ A;  1LZ6 A;  4I8S A;  1IWV A;  1WQR A;  1BVK C;  1YKY X;  2B5Z A;  3A34 A;  5FHW A;  5I54 A;  3WW5 A;  5KXK A;  1JTP L;  1PS5 A;  1VAU A;  1AT6 A;  1GF3 A;  2Z2F A;  4NWH A;  5L3I A;  4NG8 A;  1VDS A;  4H9A A;  4OWA A;  1GDX A;  1HFZ A;  1YKX X;  3TMU A;  1JJ3 A;  1RI8 B;  4LZT A;  3AGG G;  1IR8 A;  4H9F A;  1CJ6 A;  1NBY C;  1YIL A;  4RLM A;  1W08 A;  1B7P A;  4YEN A;  5I5Q A;  1LJK A;  4ANR A;  1DI3 A;  3AZ7 A;  1GAY A;  4XJH A;  2GV0 A;  1LSD A;  1GBZ A;  5LAG A;  5B06 A;  1OUE A;  4CHX A;  5KXL A;  1TEW A;  2Z18 A;  5KXT A;  2BQF A;  1P2C C;  2BQC A;  4CFO A;  1VDP A;  2AUB A;  1LYO A;  5DLA A;  5F9U A;  1IWZ A;  2HEE A;  5EBH A;  4YEM A;  1B2K A;  1QUT A;  1MLC E;  1EQ5 A;  1HFY A;  2MEH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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