1W6ZA

High energy tetragonal lysozyme x-ray structure
Total Genus 47

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TI'1 (36-39)3H4 (120-124)AH1 (5-15)TII4 (124-127)TII1 (17-20)O2 (6-127)AH3 (88-99)AH2 (25-36)AH4 (109-115)TI3 (54-57)TVIII1 (85-88)S1 (43-45)S2 (51-53)TI2 (46-49)S3 (58-59)TI4 (59-62)TIV1 (60-63)TII2 (69-72)TI5 (74-77)TIV2 (66-69)3H2 (80-83)TIV3 (101-104)3H3 (104-107)TII3 (115-118)O1 (118-120)3H1 (20-22)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title Anomalous Diffraction at Ultra-High Energy for Protein Crystallography.
doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1w6zA00
3EO5A 3W3EA 2MEGA 5B07A 2BQMA 4N5RA 1AZFA 1HFYA 1LZDA 4TWSA 1TBYA 3LYZA 1IR9A 3B72A 4TX7A 4WMGA 5LVIA 1GF6A 4TSCA 1FLQA 1YANA 3ZEKA 1DKKA 5B1GA 1GB2A 1LSDA 3T36A 2BAAA 5FEKA 2RSCA 1KIPC 4NGYA 1VAUA 3WH1A 3WL2A 4HPIA 4GCCA 3BKHA 1WVVA 1RCMA 2D91A 1PS5A 1LMCA 4HPEA 3WVYA 1LPIA 1REZA 1IWZA 1GB7A 1LZ9A 1P2CC 1B5ZA 2ZNWY 1XFPL 4NGZA 1GAYA 3A95A 1IP5A 5E4PA 3TMUA 1H87A 4M4OA 1B7RA 3TXJA 1JJ0A 4H1PA 3LHMA 2YBNA 2Z19A 1SQ2L 4LFXA 5LVHA 1WQOA 1FBIX 5B06A 4PRUA 1GF5A 5LVGA 1B7NA 1TCYA 1C7PA 4LFPA 1B7OA 1IOCA 1NDMC 1OP9B 1HEWA 2BQBA 2HUBA 1WTNA 4H91A 3WW6A 2F30A 1OUDA 4J1BA 3G3BB 1B9OA 5KY1A 5T3FA 2MEEA 1RJCB 4WLDA 208LA 2DQJY 3W6CA 1ZV5L 2CWIA 1GFKA 1GF3A 1OUGA 2A7FA 3LYMA 1LJ4A 1UA6Y 4EMNA 5KXMA 1UIFA 4BAFA 3WUMA 2YBIA 1V7SA 4G4BA 3BKVA 1DI5A 1IO5A 2BQIA 1JKAA 1JTOL 1VDPA 1B5WA 1GE0A 2XBRA 4NGWA 5LYTA 4E3UA 4GLVA 5E9RA 4NWHA 4OWCA 1IX0A 3VWOA 2BQGA 3A6BY 4DD7A 1GFVA 1IR8A 5A3EA 2W1YA 4ETBA 4XJBA 4ET9A 1T3PA 4GN4A 4ETAA 1LZ6A 1VEDA 4PRQA 5KXYA 3RU5A 193LA 133LA 3T6UA 4B49A 5HMVA 3N9EA 1QTKA 5DL9A 3B0OA 4HTKA 4KXIA 3P68A 4LT0A 1HMKA 4DD0A 4NEBA 1IOTA 1HFZA 2EKSC 2XTHA 1IWYA 1GXV2 2Z2FA 1LHJA 5F9XA 4DWXA 4XENA 1LZRA 2DQHY 1GBWA 4G9SA 1IORA 1JJ1A 3AZ5A 3HBHA 2PC2A 2BLXA 1LZ8A 4AXTA 1F0WA 1YROA 2HEBA 1GF0A 4NGVA 3SP3A 2BQEA 4ZFPA 2EIZC 1AT5A 3AZ7A 4OWEA 1HF4A 1BB6A 2NWDX 1KIQC 1CJ8A 4ETCA 4HP0A 4LYOA 2ZYCA 4QDNA 1JTPL 1YAQA 5FELA 5KJ9A 2CDSA 3GXKA 1O23A 1MLCE 4NG1A 1KIRC 1BWJA 2BQFA 1LJIA 7LYZA 1DQJC 1LHMA 3HBDA 2D4IA 5K7OA 1HELA 1LZBA 5F14A 1IVMA 1RI8B 5LA5A 5IHGA 4CFOA 4C3WA 4W94A 3P64A 2MECA 3LYOA 1GD6A 5I54A 1GWDA 1EQEA 4EOFA 4NGKA 8LYZA 2DKVA 4WG1A 4ETEA 3RZ4A 1FLYA 4NGJA 4NGIA 2YDGA 4OWBA 1LSZA 5KXLA 3EXDA 4N0JA 2DQDY 5LINA 1ALCA 2Z38A 4RDSA 3D3DA 2ZQ4A 2Z18A 3AW7A 1NBYC 1QIOA 5I4XA 1GE2A 2EQLA 1TEWA 1OUFA 2G4NA 2D4KA 5C6JA 3A92A 4ZEEA 3M18B 1C46A 4GN3A 4CGEA 1BWIA 5HQ1A 1UBZA 4TTDA 3W6DA 1IR7A 1F6RA 2HEFA 1DXJA 1G7MC 2FYDA 1DKJA 1LHHA 1QSWA 1LOZA 1UIEA 2BQNA 4CFPA 135LA 1J1OY 1GFGA 3WPLA 4YEMA 1NHEA 1KXYA 1LYZA 1BB4A 4RLMA 1LSBA 3WUNA 4LT2A 5KXOA 2BQOA 207LA 1QQYA 4PPOA 1YAMA 4QGZA 4DD1A 1GFEA 2F4GA 3A8ZA 3CSRA 3QY4A 2DQFC 4CJ2A 1CKGA 2I6ZA 4WL6A 4XJFA 1FN5A 1IP4A 1GBSA 1YKXX 3G3AB 1G7IC 4IATA 3TXEA 6LYTA 1C43A 1YILA 2W1XA 4IASA 4BADA 2XJWA 4WM4A 1HEPA 1LHLA 4LZTA 1JHLA 5M1YA 1LMTA 3IWRA 1IP6A 1QTEA 2D6BA 2DQIY 4J1AA 1LSEA 3WULA 1XGTC 1BVKC 1B7MA 1GF4A 4I8SA 1WQNA 2IFFY 4NHTA 3A93A 4J0LA 5HMJA 1YAOA 2YVBA 1OQMA 2H9KA 3LZTA 1BWHA 1GFTA 4MSTA 4H9IA 1D9UA 1XEIA 1XGPC 3A6CY 5L9JA 2N5ZA 3WPKA 5IELA 3A34A 4RLNA 1GF9A 1IC4Y 1GF8A 4NSJA 1LZ1A 3HBEX 5KXWA 5B1FA 1WQMA 4WLYA 1LSNA 4NSGA 132LA 1LSPA 4II8A 1GDXA 1QUTA 1E8LA 2Z12A 2I25L 1LJFA 4H90A 1HSXA 4DDCA 1FKQA 5LVKA 1NDGC 1LZAA 1UC0A 3WU7A 1CKDA 4XJDA 4U3XB 3TMWA 3W6EA 1JISA 4B4JA 1B0DA 3A90A 4H8YA 4Z3MA 4XN6A 1UIBA 3QE8A 4QEQA 4IJ4A 4XJHA 4OOOA 3OJPA 1LMNA 3FE0A 4HV1A 3E3DA 1LJJA 3FI7A 3RW8A 1CKFA 4DD3A 154LA 4DT3A 5C6LA 1XGRC 4I0CA 5KXXA 3MGWA 1C08C 4WG7A 5DM9A 1NWGA 2AUBA 4OWAA 5FDJA 5I5QA 5I4YA 5I4WA 1UACY 1DI4A 4KT3A 1GB9A 1NMMA 3TXBA 3CQLA 1FLWA 4TUNA 1JEFA 1FLUA 4WO9A 1TAYA 1UIDA 3A3QA 4N8ZA 1I56A 2BQAA 4RW2A 2FBDA 2D4JA 3TXKA 4HJVA 4WM5A 3WUAA 2EPEA 3W6AA 2HEEA 1IWVA 4N1EI 5KXRA 1ZVHL 3A91A 3WMKA 5B59A 1OUCA 4WLXA 3N9AA 4O34A 4H92A 1J1PY 1JIYA 1OUIA 4HJZA 4NGLA 1B7QA 4J7VA 5IDDA 5KXPA 1AT6A 4Z41A 3IJUA 1QDTA 2BQJA 1IY3A 3ZVQA 4GCBA 2HEAA 4UWUA 1N4FA 5APDA 4ANRA 3RNXA 5B05A 5KXKA 1DPXA 1B7LA 2LZTA 1W08A 4YF2A 1LHKA 3CT0A 4NHSA 5FCPA 3AZ6A 4D9ZA 1IWWA 2YBLA 2Z39A 1GEZA 4DC4A 1I20A 4UWVA 1GB8A 5II3A 3AYQA 2LYMA 1CJ7A 4NFVA 5EBHA 1B5UA 4GCEA 5J7CA 4HTQA 2W1LA 4N1CC 4WM2A 1LMAA 1LTMA 3QNGA 5I53A 2LYOA 4L41A 3CT1A 1B2KA 1LJGA 4H9EA 4LGKA 2G4PA 1HEMA 2XBSA 3AB6A 1LJEA 4MR1A 4NG8A 4NGOA 1JWRA 1VATA 3A96A 1IY4A 1GFAA 1QUSA 2FBBA 1CJ9A 4WM6A 4H9AA 1XEKA 2F2NA 4B4IA 2YBMA 4FJRA 1D0KA 5L3HA 1LJ3A 5LA8A 4H8XA 3EBAB 3GXRA 5KXZA 5HNCA 2F4AA 5KXSA 1QDRA 4YM8A 1B5VA 3CSQA 1CNSA 2FYCA 4BAPA 1HMLA 5LVJA 1LZSA 5D5CA 1IOSA 3B6LA 1LHIA 4GLAA 3W6BA 2MEAA 2Q0MX 1JSFA 1HC0A 3P4ZA 1NBZC 4RW1A 4LT3A 2ZIKA 2LHMA 1IIZA 3LZ2A 1HEOA 3WXTA 2HU1A 4DD9A 1OUAA 153LA 1LZNA 3F6ZA 1LZEA 4AGAA 5KXNA 4OOTA 2YBHA 4NHQA 2H5ZA 1TDYA 1D6QA 1XGUC 4G4HA 1AKIA 4DDAA 4LYBA 1GXXA 4ETDA 4A7DA 5LXWA 4P2EA 1VDSA 2ZNXY 2CJLA 4GCFA 1CKCA 1HENA 1LJHA 2DQEY 1SLYA 1UIGA 3D9AC 1I1ZA 1LSCA 1RE2A 4H93A 1LSYA 1GPQC 1C10A 4G49A 3ULRA 3TMXA 1OUHA 1JKCA 4NHPA 5LYZA 4B1AA 3AGHA 1LZ4A 4H94A 4B4EA 3P66A 2C8OA 2BQKA 4KL7A 1EQ5A 1WVUA 1LKSA 5F81A 1IP7A 1ZMYL 3M3UA 1INUA 1HSWA 2ZWBA 3WXUA 1D0LA 1B7PA 5L3IA 1DI3A 1JPOA 1LYYA 1VDTA 4BS7A 4DDBA 3CB7A 3B0KA 5APCA 3ATOA 1LYOA 1HFXA 1LYSA 5HNLA 1GDWA 1LZ5A 134LA 1HEQA 1LSFA 2BQLA 2H9JA 2HTXA 2W1MA 2GV0A 4GN5C 2MEHA 5C6IA 1V7TA 4H9BA 4R0FA 4NIJA 3AZ4A 4XADA 3AW6A 1BHZA 1OUJA 1LMOA 2ZIJA 3TXHA 1WQPA 4H9FA 3B0IA 3WVXA 3LN2A 4MCKA 1PZYA 4QY9A 1G7JC 2BQCA 2A7DA 3K3TA 1GB3A 1G7HC 2WARA 4OW1A 4HSFA 4TSBA 6LYZA 4XYYA 4XJGA 3ATNA 1XGQC 4B0DA 1A4VA 1BVXA 1LZYA 1RFPA 3TXIA 1F6SA 2VB1A 3WPJA 4DYGA 1DZBX 1IP1A 1JTTL 4NHIA 1LAAA 1LCNA 1YKYX 3OK0A 1JUGA 4NSHA 3TMVA 4H8ZA 2HU3A 1GBOA 1LSGA 1YKZX 4LYTA 3CSZA 1UUZC 5F9UA 1Z55A 3WU8A 4Z98A 4WO6A 1AM7A 4XJIA 1GF7A 1GBZA 2YBJA 4W96A 1LKRA 1WQRA 1IP2A 4LT1A 1LZTA 1IWXA 5AMYA 1BB3A 1OUBA 2DBTA 5LIOA 1J1XY 5LYMA 2DQAA 1KXWA 3TXDA 5KXTA 5D5FA 1XSFA 4H9CA 1IC7Y 1GFRA 3WYHA 1UIHA 1B5YA 3TXFA 3P65A 1QSAA 1GB6A 1VFBC 2MEBA 1LJKA 1BQLY 5DN4A 2IHLA 3LYTA 4M6DA 4ML7A 1C45A 1H6MA 1IWUA 1NQIA 1YIKA 1GBXA 2Z37A 3EMSA 1EL1A 2MEDA 4WM1A 1IP3A 3J4GA 4ET8A 1OUEA 5A3ZA 4OWHA 5FSTA 1WQQA 2MEIA 4PGJB 1T6VL 2LZ2A 1GFJA 1GEVA 3CT5A 4H9HA 2CGIA 1F10A 2ZILA 3IJVA 4G4CA 1FKVA 1GE4A 1BB7A 1GFHA 5DN5A 4NWEA 1REMA 9LYZA 2X0AA 2Z2EA 5JENB 4YEOA 1YL1X 4CHXA 1CJ6A 4WL7A 5KKIA 1XEJA 1MELL 1IC5Y 3A94A 3AGGG 1W6ZA 1YAPA 3A3RX 4HTNA 1GHLA 1IEEA 1KXXA 1JJ3A 5APFA 4PHIA 2BPUA 3AJNA 2MEFA 4LYMA 2YSSC 1JKBA 4PJ2C 5LAFA 4KPMA 4WM3A 1BB5A 1HHLA 4WLTA 1LMQA 2HEDA 4LYZA 3RT5X 1EQ4A 3WW5A 1FDLY 1UIAA 1ZVYB 1B7SA 1LZCA 4R6CA 4NSIA 2B5ZA 1LMPA 4DD2A 4GCDA 1HERA 5KKJA 2ZQ3A 1BGIA 5HLLA 1HNLA 4LYCA 1YL0X 4X3BA 2Y8PA 1B5XA 4ZIXA 1D6PA 5DLAA 3WU9A 194LA 1DPWA 1GE1A 1NKHA 2DQGY 3HFMY 5ILFA 1NF5A 2BQDA 1LSMA 1WTMA 1A2YC 3N9CA 1CKHA 1GAZA 1JSEA 1GB5A 2I26L 1REYA 3TXGA 1VDQA 1UCOA 2HECA 2DQCY 3W6FA 1GBYA 2G4QA 4C5FA 5ILCA 1LSAA 1YQVY 4UWNA 5F16A 2LYZA 4FDYA 4YENA 1JKDA 1D0MA 1G7LC 1GE3A 2BLYA 2BQHA 3ZVQB 1LJNA 4HV2A 1IOQA 1UICA 1LZGA 3AGIA 4N9RA 1IWTA 3J6KA 4Z46A 2ZYPA 2C8PA 1JITA 1REXA 4NY5A 5APEA 4HJYA 5FHWA 5LAGA 1GFUA 4WOAA 3KAMA 3A67Y 4YOPA 1GB0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OTZX 253LA 1HFYA 1C6PA 1C6LA 1DKKA 1C60A 2OE4X 4GCCA 3WVYA 1WVVA 125LA 1P2CC 2ZNWY 2B70A 5E4PA 4M4OA 2B72A 217LA 1C62A 1L73A 1HEWA 3WW6A 3G3BB 1B9OA 4ARPA 129LA 4K5YA 2CWIA 231LA 3LYMA 1UA6Y 4EMNA 1T8AA 147LA 3BKVA 2BQIA 1L52A 1JTOL 2F32A 4ETBA 1L47A 4W51A 4PRQA 169LA 3N9EA 3B0OA 1L99A 1QT7A 1HMKA 1HFZA 233LA 4E97A 4G9SA 1IORA 2RAYX 3HBHA 2BLXA 1LZ8A 4AXTA 4ZFPA 150LA 4OWEA 4LYOA 2ZYCA 4QDNA 5FELA 4EXMA 161LA 2LCBA 1C6JA 5K7OA 1HELA 1L55A 1LZBA 1IVMA 5LA5A 5IHGA 4C3WA 3P64A 115LA 4WG1A 4NGIA 2YDGA 4N0JA 1ALCA 4RDSA 3D3DA 3AW7A 2Z18A 1QIOA 1L70A 196LA 2D4KA 4ZEEA 4CGEA 5HQ1A 2HEFA 1DKJA 1QSWA 135LA 1J1OY 1NHEA 3FA0A 3WUNA 1L98A 3D4SA 3DN0A 3A8ZA 4DJHA 4IATA 6LYTA 245LA 1DYEA 1L85A 1YILA 2W1XA 2HUKA 4LZTA 3WULA 1B7MA 1P36A 4J0LA 1L56A 5HMJA 1L97A 2B6XA 1XGPC 3FADA 5IELA 3A34A 4NSJA 3HBEX 1LI2A 132LA 4II8A 1C6EA 1LZAA 1L68A 3DKEX 3WU7A 4XJDA 1ZWNA 4B4JA 1XJUA 1L88A 3A90A 4XN6A 1UIBA 3QE8A 1TLAA 4QEQA 4HV1A 1CKFA 4DD3A 154LA 5C6LA 258LA 119LA 4ARQA 1P37A 3TXBA 4WO9A 1L91A 4PK0A 4ARMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EO5 A;  3W3E A;  2MEG A;  5B07 A;  2BQM A;  4N5R A;  1AZF A;  1HFY A;  1LZD A;  4TWS A;  1TBY A;  3LYZ A;  1IR9 A;  3B72 A;  4TX7 A;  4WMG A;  5LVI A;  1GF6 A;  4TSC A;  1FLQ A;  1YAN A;  3ZEK A;  1DKK A;  5B1G A;  1GB2 A;  1LSD A;  3T36 A;  2BAA A;  5FEK A;  2RSC A;  1KIP C;  4NGY A;  1VAU A;  3WH1 A;  3WL2 A;  4HPI A;  4GCC A;  3BKH A;  1WVV A;  1RCM A;  2D91 A;  1PS5 A;  1LMC A;  4HPE A;  3WVY A;  1LPI A;  1REZ A;  1IWZ A;  1GB7 A;  1LZ9 A;  1P2C C;  1B5Z A;  2ZNW Y;  1XFP L;  4NGZ A;  1GAY A;  3A95 A;  1IP5 A;  5E4P A;  3TMU A;  1H87 A;  4M4O A;  1B7R A;  3TXJ A;  1JJ0 A;  4H1P A;  3LHM A;  2YBN A;  2Z19 A;  1SQ2 L;  4LFX A;  5LVH A;  1WQO A;  1FBI X;  5B06 A;  4PRU A;  1GF5 A;  5LVG A;  1B7N A;  1TCY A;  1C7P A;  4LFP A;  1B7O A;  1IOC A;  1NDM C;  1OP9 B;  1HEW A;  2BQB A;  2HUB A;  1WTN A;  4H91 A;  3WW6 A;  2F30 A;  1OUD A;  4J1B A;  3G3B B;  1B9O A;  5KY1 A;  5T3F A;  2MEE A;  1RJC B;  4WLD A;  208L A;  2DQJ Y;  3W6C A;  1ZV5 L;  2CWI A;  1GFK A;  1GF3 A;  1OUG A;  2A7F A;  3LYM A; 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 2ZIL A;  3IJV A;  4G4C A;  1FKV A;  1GE4 A;  1BB7 A;  1GFH A;  5DN5 A;  4NWE A;  1REM A;  9LYZ A;  2X0A A;  2Z2E A;  5JEN B;  4YEO A;  1YL1 X;  4CHX A;  1CJ6 A;  4WL7 A;  5KKI A;  1XEJ A;  1MEL L;  1IC5 Y;  3A94 A;  3AGG G;  1W6Z A;  1YAP A;  3A3R X;  4HTN A;  1GHL A;  1IEE A;  1KXX A;  1JJ3 A;  5APF A;  4PHI A;  2BPU A;  3AJN A;  2MEF A;  4LYM A;  2YSS C;  1JKB A;  4PJ2 C;  5LAF A;  4KPM A;  4WM3 A;  1BB5 A;  1HHL A;  4WLT A;  1LMQ A;  2HED A;  4LYZ A;  3RT5 X;  1EQ4 A;  3WW5 A;  1FDL Y;  1UIA A;  1ZVY B;  1B7S A;  1LZC A;  4R6C A;  4NSI A;  2B5Z A;  1LMP A;  4DD2 A;  4GCD A;  1HER A;  5KKJ A;  2ZQ3 A;  1BGI A;  5HLL A;  1HNL A;  4LYC A;  1YL0 X;  4X3B A;  2Y8P A;  1B5X A;  4ZIX A;  1D6P A;  5DLA A;  3WU9 A;  194L A;  1DPW A;  1GE1 A;  1NKH A;  2DQG Y;  3HFM Y;  5ILF A;  1NF5 A;  2BQD A;  1LSM A;  1WTM A;  1A2Y C;  3N9C A;  1CKH A;  1GAZ A;  1JSE A;  1GB5 A;  2I26 L;  1REY A;  3TXG A;  1VDQ A;  1UCO A;  2HEC A;  2DQC Y;  3W6F A;  1GBY A;  2G4Q A;  4C5F A;  5ILC A;  1LSA A;  1YQV Y;  4UWN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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