1WQNA

Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 51

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGFRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TVIII1 (86-89)TI'1 (36-39)3H4 (122-124)AH1 (5-15)TII1 (17-20)O1 (6-128)AH3 (89-100)AH2 (25-36)3H1 (20-22)TI3 (55-58)S1 (43-46)TIV1 (46-49)TI2 (47-50)S2 (51-54)TI4 (60-63)TIV3 (67-70)S3 (59-60)TIV2 (61-64)TIV4 (70-73)TI5 (75-78)3H2 (81-84)3H3 (105-108)AH4 (110-116)TII3 (125-128)TI6 (102-105)TII2 (116-119)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and X-ray analysis of six tyrosine --> phenylalanine mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1wqnA00
4J1BA 1LJNA 1LZ6A 4C5FA 3TMWA 4XJDA 5F9UA 1B5ZA 1IX0A 1LZ4A 1LZ8A 1HFXA 3B0OA 1GF7A 3AB6A 1QSAA 4W94A 4WG1A 2EQLA 4XN6A 1REYA 3RZ4A 1GEZA 1LMPA 1MLCE 5IDDA 2MEIA 1V7SA 5KXPA 1VDQA 2DQDY 1JJ0A 1LZ1A 4DC4A 2HEDA 1UIBA 2X0AA 4NGZA 4BAPA 3B0IA 1CKFA 1LZSA 3WW6A 5LVIA 1LHJA 2BQKA 1RFPA 2YBLA 1LMNA 4OW1A 2BLXA 2BQAA 4H9AA 4TTDA 3QNGA 1LSGA 5B06A 1HMLA 4HJVA 2HUBA 3HBEX 5APDA 4EMNA 2LZ2A 1C08C 1FLQA 1OUAA 4OOTA 5LYTA 2YBNA 2C8OA 1GBYA 2PC2A 4NWEA 1BB7A 1GAYA 1D6QA 5LYMA 1GF9A 1IWVA 2Z37A 1IP4A 3AW7A 4KXIA 1BHZA 4LYMA 4AGAA 3KAMA 3A3RX 4XADA 2FYDA 5FELA 5C6JA 2HU3A 2DQIY 2ZWBA 3D9AC 4DWXA 3A96A 4H91A 1YAMA 1OUHA 1KIQC 4DDAA 1NF5A 2LYOA 2B5ZA 1HERA 1OUBA 4DD0A 4WM6A 3WULA 1HEQA 3ZVQA 1W6ZA 2EKSC 4BADA 1IOQA 1IC7Y 4DD1A 1CKDA 2LHMA 4PRQA 1EQ4A 1LMOA 5C6IA 1FKQA 3W6AA 1UIHA 1DPWA 1LHMA 3TXJA 4WLDA 4L41A 4NGWA 3WU9A 5LAGA 1GB3A 3LYMA 1HEWA 5KY1A 1JITA 1HMKA 2BQIA 1EQ5A 1JKCA 1YAOA 4HJZA 4NG8A 4H93A 1QSWA 4QEQA 5B05A 3N9EA 207LA 3A95A 4M6DA 4HTKA 1LOZA 1JIYA 4Z98A 2HEFA 3EBAB 4HPEA 1XEJA 1IOTA 1ZV5L 5FHWA 3WPKA 3WUAA 3RU5A 4Z3MA 2DQCY 4MSTA 5M1YA 1G7MC 1W08A 1IC4Y 4NGVA 1D0LA 1GFKA 5KXMA 2WARA 4OWEA 1CJ8A 1ALCA 1CJ9A 135LA 1CKCA 1CNSA 1YILA 1UUZC 1GE1A 2YBJA 4ETCA 1YAPA 4WM3A 4FDYA 4NGOA 1DKJA 1F6SA 5LVGA 2ZIKA 4H1PA 1I1ZA 2Z2FA 2MEAA 1YKXX 2BQOA 3G3AB 1QIOA 1UIEA 3T6UA 4HTQA 3LYZA 5T3FA 4AXTA 1GE4A 153LA 2BQLA 4G49A 4ETEA 1JEFA 1CJ6A 134LA 2BQCA 3G3BB 2ZILA 3ATOA 1HNLA 5IELA 4LFPA 1OUEA 1LJKA 2F2NA 3WH1A 1OUCA 4YM8A 1HEOA 4G4BA 4RW2A 2N5ZA 1BVKC 1LZ5A 4WO9A 2YBHA 1B5YA 5KJ9A 1IIZA 4PGJB 1E8LA 2H5ZA 4DD9A 4NFVA 1A4VA 2LYMA 5DL9A 154LA 2DQAA 1IWUA 3TXHA 4DDBA 1WQPA 1JWRA 4NWHA 3TMVA 1D6PA 1SLYA 1XSFA 3W6DA 2FYCA 5HMJA 2BQEA 4NHPA 1IP2A 4GLAA 5I53A 1XEIA 4W96A 2H9JA 4H9IA 1IY3A 5F16A 1LSDA 2D4IA 5LVHA 1UC0A 5LA5A 1NWGA 2Z2EA 4NGIA 5LA8A 2LYZA 2CGIA 4N5RA 2I6ZA 4LYZA 5KXSA 4J1AA 1GFUA 2FBDA 1J1PY 2HECA 5DN5A 5LVJA 2DQHY 4C3WA 1HFYA 1TDYA 2YBIA 2W1LA 3HFMY 1GB6A 2BLYA 1LZ9A 3A94A 4HJYA 4HP0A 4N8ZA 3WVXA 4CFOA 1G7JC 3K3TA 5KXRA 1ZVHL 5KKIA 4PJ2C 4TUNA 1HSWA 1BB6A 2BQGA 2ZQ4A 3GXKA 1LZDA 1IOSA 1GBXA 1D0MA 4H9FA 1GB8A 1FLYA 1IR9A 3EXDA 1HENA 3FI7A 1OP9B 5II3A 1AM7A 1NDMC 5KXLA 4NHTA 2D4JA 3TXDA 3B72A 1GFAA 4XYYA 1LJJA 1YROA 2A7FA 5J7CA 1B5VA 1KIPC 2I26L 3AZ4A 5A3ZA 1IORA 4ZEEA 1I20A 4LZTA 4RLMA 1YANA 4GLVA 1JKBA 4EOFA 4YF2A 4J7VA 2XBRA 3CSRA 5E4PA 1VFBC 3AZ7A 4PPOA 1TCYA 5K7OA 4UWVA 1GAZA 1LYOA 5APCA 3WUMA 1OQMA 1QDTA 2YBMA 1JTPL 5LYZA 1IP7A 1XGQC 1XGTC 1SQ2L 1UBZA 4ETDA 4QDNA 1B9OA 5KXXA 3J4GA 1REXA 4UWNA 4WOAA 1DKKA 2EIZC 2HEEA 5HNCA 2BPUA 1DZBX 1B7RA 1FLUA 1LKSA 2W1YA 5I54A 4R6CA 1VEDA 1B7NA 4N0JA 3A67Y 1LMCA 3CB7A 4ML7A 2MEBA 2Z39A 2I25L 133LA 1EL1A 3OJPA 1PZYA 4DD2A 5KXNA 3TXFA 3WL2A 1WQNA 1XGPC 1GB9A 1A2YC 1IO5A 1D9UA 1OUDA 1NBYC 4MCKA 4TX7A 4KT3A 132LA 4XJHA 1IWWA 1BQLY 1LZGA 1VATA 1LHIA 3WPLA 1LTMA 4QGZA 3AZ6A 4KL7A 4YENA 3AGIA 1LHHA 1ZVYB 2MEGA 4RDSA 4YOPA 3WU8A 1LJGA 1Z55A 3TMXA 1DI5A 1FN5A 2DQJY 3W3EA 5F9XA 4GN4A 1VDTA 5APEA 1IP6A 3W6BA 3GXRA 1IP1A 4RLNA 4B0DA 4HPIA 5I4WA 1T6VL 5KXWA 1LSMA 1VDSA 1UCOA 1IWYA 3QE8A 1C7PA 2AUBA 3IJVA 1QQYA 1BB3A 2Z12A 2HEAA 4DDCA 1GDWA 5KXOA 2BQJA 5AMYA 1J1OY 1YKZX 4WMGA 1WTNA 7LYZA 4DD7A 5EBHA 1LSYA 2NWDX 3A92A 3A6BY 1YL1X 2YDGA 4OWCA 1GF8A 1LZRA 1QTEA 2Q0MX 1OUIA 3AZ5A 1AT5A 4H94A 1NDGC 5JENB 4H9CA 2MEEA 3M3UA 4LFXA 3IWRA 1F10A 4LYTA 4LYBA 3TXKA 1HF4A 5FDJA 1FKVA 1RJCB 2VB1A 3B0KA 4N9RA 1LJ3A 1XFPL 2XTHA 4GCCA 3WXTA 1GF3A 3P65A 2DQFC 1I56A 1TEWA 3HBHA 4NSIA 1UA6Y 1B7OA 4UWUA 3ZVQB 4NSGA 1JKDA 1DI3A 3A93A 5A3EA 1GFEA 5C6LA 2IHLA 1AKIA 1JSFA 1DI4A 1XGRC 1TBYA 1LZEA 3FE0A 1C45A 1BWHA 1PS5A 1V7TA 1C46A 2Y8PA 2BQBA 1RCMA 2ZIJA 4IATA 2Z18A 1O23A 1B2KA 1IC5Y 4H8ZA 4H90A 4P2EA 4LGKA 1GE2A 2YVBA 4NEBA 2BQFA 1MELL 1UIGA 8LYZA 5LXWA 3B6LA 3F6ZA 5KXKA 1LZCA 2H9KA 3AGGG 4YEOA 1F0WA 4O34A 4CJ2A 1HC0A 1WTMA 2ZNXY 1YKYX 1LJFA 5LINA 1GBSA 4II8A 1HHLA 1J1XY 2Z38A 2ZYPA 3AW6A 1XEKA 1LSEA 1B7QA 2G4NA 2ZYCA 3WYHA 4ETAA 193LA 2YSSC 3AJNA 1JTOL 5L3IA 2CWIA 1YAQA 4HSFA 1VAUA 1HFZA 5KKJA 4NGYA 4N1CC 1HELA 4B4JA 1IR8A 1BB5A 1WVUA 1REZA 4MR1A 1GE0A 3ZEKA 4WLTA 5I4XA 4CGEA 4H9EA 2MECA 1GBZA 2EPEA 1CJ7A 1GHLA 1VDPA 4TSCA 1KXWA 3A6CY 3CQLA 1JISA 5HLLA 1KXYA 2F30A 3LHMA 2IFFY 3EO5A 3ATNA 1REMA 4WM2A 1N4FA 1LJ4A 1GB2A 1GDXA 1JPOA 3A3QA 3A91A 4H9BA 1GBWA 1LSNA 1ZMYL 4R0FA 2HEBA 1INUA 5E9RA 1UIAA 5L3HA 4HV2A 4CHXA 1IP5A 1QDRA 4KPMA 2D91A 5I4YA 4LYOA 1GXXA 5F14A 5HQ1A 194LA 1GFTA 4OOOA 1CKHA 2Z19A 2DBTA 1LSCA 3CT0A 1YQVY 4XJGA 3RW8A 2G4QA 1GF5A 1OUGA 3OK0A 4XJFA 1T3PA 4D9ZA 4TWSA 4LT3A 1B7LA 1BB4A 4NIJA 4NGJA 4XJBA 5B07A 1EQEA 1IR7A 3CSQA 1QTKA 5D5CA 2F4GA 1GFRA 1GFGA 5HMVA 4PHIA 3D3DA 1LAAA 1B7PA 1WQOA 4NHIA 2LZTA 2BQHA 1IEEA 1JUGA 1LSFA 3A90A 2ZQ3A 3TXGA 1CKGA 4B1AA 5IHGA 4NY5A 3RNXA 4J0LA 6LYZA 4LT0A 2MEHA 1C10A 4XJIA 1NKHA 3LYOA 4M4OA 5D5FA 5DM9A 3LZTA 3N9CA 4GN3A 4DYGA 4ET9A 1FLWA 3VWOA 1IP3A 4WO6A 4LYCA 3ULRA 3WVYA 1DXJA 1OUJA 1QUSA 3TXIA 4GCEA 1XGUC 1LSBA 1UIDA 2DKVA 1DQJC 1JTTL 1RE2A 1IY4A 3CT1A 3TXBA 2HTXA 4B4EA 4U3XB 1LYYA 2BQDA 3A34A 3HBDA 1F6RA 4NG1A 4OWBA 4X3BA 1GBOA 3TXEA 1YL0X 1UICA 5KXYA 2F4AA 3M18B 5B1GA 4DD3A 4ZFPA 1LZNA 2D4KA 1B5WA 2BQNA 4NGKA 4XENA 4GN5C 1AZFA 1LHLA 3LZ2A 4WG7A 1LZYA 3W6CA 4ETBA 4NHQA 4OWHA 4ET8A 1LJHA 3WXUA 4QY9A 4H8YA 3N9AA 3J6KA 1JHLA 4N1EI 3T36A 1B0DA 3LYTA 4WLYA 1BVXA 1GF4A 4TSBA 1WQQA 5DLAA 1TAYA 9LYZA 1UACY 4FJRA 2GV0A 3RT5X 2XJWA 4IJ4A 3CSZA 1LMTA 1RI8B 2D6BA 4GCBA 1D0KA 1GB7A 4WL7A 1LMAA 3EMSA 1LMQA 1H6MA 1B7SA 4WM1A 4HV1A 1LJEA 3CT5A 208LA 4G4HA 1IOCA 1HEPA 1GWDA 1AT6A 1WVVA 1LZAA 1LZBA 1P2CC 2ZNWY 4WLXA 1JSEA 4DT3A 1LYSA 2DQGY 2BQMA 5F81A 4BS7A 5FEKA 1LSPA 3WW5A 1GF0A 3IJUA 1OUFA 4CFPA 4WM5A 5KXTA 2XBSA 1NMMA 5APFA 5DN4A 1JJ3A 1HSXA 5KXZA 4Z46A 1LKRA 3WUNA 1NQIA 1GFVA 3P68A 4H9HA 1WQRA 4H8XA 1BGIA 4RW1A 4IASA 1LSZA 2A7DA 1GD6A 3BKVA 1GPQC 1LCNA 4G9SA 4B49A 4OWAA 4B4IA 1LHKA 2MEFA 2FBBA 3WMKA 1KXXA 1H87A 1NHEA 4YEMA 3P66A 1IWXA 4GCFA 3WPJA 1UIFA 1JKAA 4A7DA 4NSJA 4GCDA 5L9JA 1B7MA 1DPXA 3LN2A 1WQMA 4NHSA 4WM4A 6LYTA 1GFJA 3A8ZA 4H92A 4NGLA 2W1XA 5I5QA 1GB5A 1LPIA 1GE3A 2CDSA 5LIOA 4I8SA 3MGWA 4BAFA 3QY4A 1IWTA 1IVMA 3E3DA 5FSTA 1QUTA 1GB0A 3W6EA 1LJIA 2DQEY 4PRUA 5B59A 5ILFA 1BWIA 3AGHA 4I0CA 1LSAA 2W1MA 1YIKA 3SP3A 1LZTA 5LAFA 1FBIX 1B5UA 3TMUA 1HEMA 3P64A 1BWJA 1LYZA 1G7IC 1G7HC 3BKHA 4NSHA 5LVKA 1FDLY 1GXV2 2C8PA 2CJLA 4WL6A 3P4ZA 1GF6A 2BAAA 1GFHA 5ILCA 4LT1A 5FCPA 4Z41A 3WU7A 1KIRC 5HNLA 1JJ1A 1GEVA 2RSCA 5B1FA 1C43A 4E3UA 4ZIXA 4G4CA 2MEDA 3W6FA 4ANRA 1G7LC 4HTNA 3AYQA 2HU1A 1NBZC 1B5XA 2G4PA 4LT2A 1IWZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L64A 4XJDA 2CUUA 1LZ4A 3B0OA 4W94A 2MEIA 1JJ0A 2HEDA 2X0AA 3SB7A 4NGZA 3HUQA 1CKFA 2YBLA 2Z6BA 4TTDA 1LMNA 2RAZX 4H9AA 3VW7A 1KW5A 1QUGA 4EMNA 2LZ2A 1C08C 1FLQA 1OUAA 2YBNA 236LA 1D6QA 1ZURA 1IWVA 2Z37A 3DN2A 4XADA 2FYDA 1L30A 4DWXA 3A96A 4H91A 2B6XA 4DDAA 1NF5A 2LYOA 1HERA 3WULA 1HEQA 3HT6A 1L21A 228LA 1OWZA 4ZPUA 5C6IA 1FKQA 4WLDA 3LYMA 1JITA 1EQ5A 1JKCA 1YAOA 4HJZA 1QSWA 4QEQA 3A95A 4M6DA 247LA 1P5CA 3WPKA 3WUAA 1PQDA 1LWKA 4Z3MA 5M1YA 201LA 2WARA 1CNSA 1L66A 2YBJA 1F6SA 1I1ZA 2A4TA 2Z2FA 1YKXX 2BQOA 126LA 1L58A 1UIEA 3T6UA 3LYZA 205LA 1CJ6A 1L37A 4K5YA 3ATOA 5IELA 1T6HA 3SB9A 1OUEA 2RBQA 1JQUA 1HEOA 4ARQA 1L17A 2YBHA 5KJ9A 3FADA 1P56A 1A4VA 4DDBA 1WQPA 1L18A 3W6DA 1XSFA 2FYCA 1IP2A 5I53A 1XEIA 2H9JA 4H9IA 1CX7A 1UC0A 3GUMA 5KXSA 4LYZA 1J1PY 5LVJA 2DQHY 1TDYA 4N8ZA 4W58A 3K3TA 1ZVHL 1PQMA 1HSWA 139LA 1GB8A 1IR9A 1CTWA 3FI7A 5II3A 149LA 2HUMA 3SN6R 5KXLA 2B75A 3B72A 1DYAA 1L53A 1P46A 1QTCA 5A3ZA 3HDFA 257LA 151LA 1L68A 4IAPA 4EOFA 7LZMA 227LA 2XBRA 3AZ7A 3PBLA 4PPOA 1GAZA 1LYOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1B A;  1LJN A;  1LZ6 A;  4C5F A;  3TMW A;  4XJD A;  5F9U A;  1B5Z A;  1IX0 A;  1LZ4 A;  1LZ8 A;  1HFX A;  3B0O A;  1GF7 A;  3AB6 A;  1QSA A;  4W94 A;  4WG1 A;  2EQL A;  4XN6 A;  1REY A;  3RZ4 A;  1GEZ A;  1LMP A;  1MLC E;  5IDD A;  2MEI A;  1V7S A;  5KXP A;  1VDQ A;  2DQD Y;  1JJ0 A;  1LZ1 A;  4DC4 A;  2HED A;  1UIB A;  2X0A A;  4NGZ A;  4BAP A;  3B0I A;  1CKF A;  1LZS A;  3WW6 A;  5LVI A;  1LHJ A;  2BQK A;  1RFP A;  2YBL A;  1LMN A;  4OW1 A;  2BLX A;  2BQA A;  4H9A A;  4TTD A;  3QNG A;  1LSG A;  5B06 A;  1HML A;  4HJV A;  2HUB A;  3HBE X;  5APD A;  4EMN A;  2LZ2 A;  1C08 C;  1FLQ A;  1OUA A;  4OOT A;  5LYT A;  2YBN A;  2C8O A;  1GBY A;  2PC2 A;  4NWE A;  1BB7 A;  1GAY A;  1D6Q A;  5LYM A;  1GF9 A;  1IWV A;  2Z37 A;  1IP4 A;  3AW7 A;  4KXI A;  1BHZ A;  4LYM A;  4AGA A;  3KAM A;  3A3R X;  4XAD A;  2FYD A;  5FEL A;  5C6J A;  2HU3 A;  2DQI Y;  2ZWB A;  3D9A C;  4DWX A;  3A96 A;  4H91 A;  1YAM A;  1OUH A;  1KIQ C;  4DDA A;  1NF5 A;  2LYO A;  2B5Z A;  1HER A;  1OUB A;  4DD0 A;  4WM6 A;  3WUL A; 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 4BS7 A;  5FEK A;  1LSP A;  3WW5 A;  1GF0 A;  3IJU A;  1OUF A;  4CFP A;  4WM5 A;  5KXT A;  2XBS A;  1NMM A;  5APF A;  5DN4 A;  1JJ3 A;  1HSX A;  5KXZ A;  4Z46 A;  1LKR A;  3WUN A;  1NQI A;  1GFV A;  3P68 A;  4H9H A;  1WQR A;  4H8X A;  1BGI A;  4RW1 A;  4IAS A;  1LSZ A;  2A7D A;  1GD6 A;  3BKV A;  1GPQ C;  1LCN A;  4G9S A;  4B49 A;  4OWA A;  4B4I A;  1LHK A;  2MEF A;  2FBB A;  3WMK A;  1KXX A;  1H87 A;  1NHE A;  4YEM A;  3P66 A;  1IWX A;  4GCF A;  3WPJ A;  1UIF A;  1JKA A;  4A7D A;  4NSJ A;  4GCD A;  5L9J A;  1B7M A;  1DPX A;  3LN2 A;  1WQM A;  4NHS A;  4WM4 A;  6LYT A;  1GFJ A;  3A8Z A;  4H92 A;  4NGL A;  2W1X A;  5I5Q A;  1GB5 A;  1LPI A;  1GE3 A;  2CDS A;  5LIO A;  4I8S A;  3MGW A;  4BAF A;  3QY4 A;  1IWT A;  1IVM A;  3E3D A;  5FST A;  1QUT A;  1GB0 A;  3W6E A;  1LJI A;  2DQE Y;  4PRU A;  5B59 A;  5ILF A;  1BWI A;  3AGH A;  4I0C A;  1LSA A;  2W1M A;  1YIK A;  3SP3 A;  1LZT A;  5LAF A;  1FBI X;  1B5U A;  3TMU A;  1HEM A;  3P64 A;  1BWJ A;  1LYZ A;  1G7I C;  1G7H C;  3BKH A;  4NSH A;  5LVK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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