1WQOA

Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGFNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and X-ray analysis of six tyrosine --> phenylalanine mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1wqoA00
1GFAA 1B7OA 1LHHA 3A90A 4G4CA 4LYMA 3SP3A 5HNCA 5KXLA 2MEIA 2ZIKA 2ZILA 2D4KA 2BQGA 1IP3A 1KIQC 1LPIA 1OUGA 2XBSA 4J1BA 4WOAA 3EMSA 4Z98A 4NSGA 1W08A 3G3BB 1B5XA 1NBZC 5KXWA 5C6JA 3WVYA 1D6QA 3A96A 1DXJA 4NGLA 4TUNA 2HEFA 2DQJY 2XBRA 4WL7A 5APEA 5B05A 1KIRC 1GDXA 4OWEA 3WPLA 2YBHA 3LZTA 1AZFA 4RW1A 1GF5A 1GFKA 2C8PA 1GF7A 5FSTA 5LVJA 1G7MC 1LAAA 154LA 1LMPA 3WXTA 1UIEA 1QTEA 1LJHA 3A92A 3B0KA 4WLXA 5DM9A 3TMXA 5HMVA 1REMA 1LJ4A 2ZQ3A 1GE1A 4LYTA 4ZIXA 3AW7A 5LINA 7LYZA 1YANA 4L41A 1RFPA 1HFYA 2YDGA 4QGZA 3HBDA 5HLLA 3TXKA 5KXKA 5KY1A 153LA 3WW5A 1MELL 2BPUA 1B7QA 1YAOA 1IP1A 1GB5A 1WQMA 2FBBA 2ZIJA 2BQIA 4NGIA 3N9EA 1DZBX 1BWJA 3AB6A 3CSZA 4YENA 4B4IA 3OK0A 1LZNA 4EOFA 2BAAA 4ZFPA 4XENA 4DDCA 1GPQC 1GBXA 2BQLA 1GBZA 1UA6Y 1Z55A 3A67Y 2EIZC 3LYOA 1GE4A 5L9JA 3ATNA 2HU1A 3N9AA 3B0IA 3P4ZA 1GFJA 4WM3A 2C8OA 4B4EA 1OUAA 3IJVA 5ILFA 3CT5A 2CJLA 5I53A 4NGVA 3WU7A 5KKJA 1CNSA 4MSTA 5I54A 3LYZA 1G7JC 1HFXA 1IC5Y 1LMAA 1LZ9A 1LZGA 3LHMA 2IHLA 1HHLA 1FBIX 1CJ9A 1I20A 4LYCA 3WXUA 1GF9A 1DI3A 3RNXA 5KXRA 5KXXA 5LYTA 1IP6A 1LMNA 3AZ4A 4NG8A 2MEEA 1RI8B 4H9AA 4PRQA 3TXBA 1AT5A 4CGEA 1FN5A 4HV1A 1LYSA 1OUBA 2BQCA 4OW1A 5IDDA 3ATOA 4WG7A 1O23A 1BB4A 1B5ZA 1OUDA 1WQPA 1GDWA 4GCDA 4AGAA 1F0WA 2DKVA 3N9CA 5L3IA 1IWVA 4WLYA 4NHPA 2H5ZA 4IASA 4PPOA 5A3ZA 1LMCA 4B4JA 5B07A 3G3AB 4H9EA 1H6MA 1B5UA 1KXWA 2YBJA 4DD1A 2A7FA 5B06A 1LOZA 2DQGY 1UC0A 2G4PA 5D5CA 1IO5A 1LZ6A 3TXEA 3OJPA 4G49A 4H9HA 5APDA 1VFBC 1YKYX 4H93A 5FEKA 1LKRA 4WM6A 1F6RA 4HP0A 4H8YA 4BS7A 3WVXA 2G4QA 5IELA 4OWBA 4ETEA 1AKIA 2D4IA 1GB7A 3WPJA 1HF4A 3D3DA 1V7TA 3M18B 1UBZA 134LA 3AW6A 1CJ8A 4J1AA 4BAFA 5LVKA 4B49A 1N4FA 2ZYPA 4LYOA 5E9RA 2BLXA 2I6ZA 4ETBA 1IIZA 1IOTA 5I4WA 1LMQA 4ML7A 4OOOA 1G7LC 2Z19A 1EQ5A 2DQDY 5DLAA 4ZEEA 3TXHA 2HEEA 1UIAA 1UIDA 4O34A 5C6LA 3LN2A 5K7OA 2I26L 3W6BA 4YEMA 1QTKA 4IATA 1JKAA 1LZRA 4H8ZA 2BQAA 4CFOA 4TSCA 3A8ZA 4XN6A 1KIPC 2BQEA 1GBSA 1NMMA 207LA 4WLTA 1T3PA 1OUIA 1CJ7A 193LA 4X3BA 5DN4A 5LVIA 3W6AA 3WH1A 4C3WA 5LYZA 1JJ3A 1B7MA 4CHXA 1JUGA 2YBLA 4GLAA 1GB2A 3HFMY 3TXIA 1HEQA 2BQHA 1GWDA 2GV0A 1IR8A 2DQCY 1HENA 2I25L 2W1MA 5F9XA 3TMWA 3K3TA 1ZV5L 3KAMA 2DQHY 1LJJA 2HUBA 1D9UA 1NBYC 3D9AC 1LZCA 1LHKA 1A2YC 3BKHA 4QEQA 1GF4A 1LYYA 4HTNA 1IWZA 3E3DA 1W6ZA 1LHMA 4HJZA 4KL7A 4LYBA 4NHTA 4WM2A 1GFGA 1IOCA 2YSSC 3FE0A 4FJRA 4NSHA 4BAPA 1B5WA 1B0DA 5HMJA 2H9KA 1GFEA 1LZ5A 1UIHA 1GFUA 3EBAB 4C5FA 3RW8A 4NHIA 1F10A 1ZMYL 1IEEA 2MEDA 1H87A 1KXYA 1REXA 5B1FA 2LYOA 3F6ZA 1GFVA 2ZNWY 3MGWA 4XJDA 5LXWA 1IP5A 5J7CA 2BQBA 3P65A 1GB8A 1LJFA 4B0DA 1EQEA 2DQAA 1IP2A 1YIKA 1REYA 1WTMA 3M3UA 1VATA 2MEFA 2Q0MX 4G9SA 4NGYA 1T6VL 4HJYA 1LSBA 1INUA 1NDMC 5ILCA 1CKFA 1LZTA 2FBDA 3A3RX 3A6CY 1GAYA 3B6LA 3QY4A 4LGKA 4NGWA 4M4OA 2YVBA 4M6DA 4IJ4A 3B0OA 1GFRA 1QUTA 1D0MA 2CDSA 5APFA 3CSRA 1YKXX 3TXDA 4WL6A 2DBTA 5I5QA 1OP9B 3LYTA 1LYZA 1OUCA 3LZ2A 3W3EA 4A7DA 4Z46A 5I4YA 3QE8A 1BB3A 4N8ZA 4EMNA 2EPEA 1XGTC 1CKGA 1HFZA 1UICA 2MEAA 4UWVA 4ET9A 4ETAA 4HPIA 4OWAA 1GXXA 4GLVA 2D91A 4NSJA 1LJGA 5DN5A 5B59A 5DL9A 3CT0A 1VDQA 2Z39A 3AGGG 4XJHA 1ZVYB 1JEFA 4W96A 5JENB 2BLYA 2YBNA 4H91A 1YAQA 1GFHA 2ZYCA 4J0LA 2AUBA 2HECA 1HSXA 1GBYA 4QDNA 5LA5A 135LA 1XGUC 4CFPA 2BQNA 1GBWA 5HQ1A 2WARA 1G7HC 1SQ2L 1BWIA 1C43A 5KXSA 3TXGA 1JJ0A 4YM8A 1BGIA 1VDSA 3GXRA 4TSBA 5FELA 3LYMA 3AYQA 5KXOA 1LZ8A 3W6DA 1JISA 133LA 1YROA 2NWDX 1C10A 2VB1A 4NEBA 3P64A 4ETCA 2N5ZA 3WU8A 1B7RA 3RZ4A 2MEBA 1GD6A 1I1ZA 1LJNA 3IWRA 1FKQA 2BQJA 1GF0A 4NSIA 1PZYA 4WO6A 5LVGA 2PC2A 132LA 1XGRC 2BQOA 4LT2A 5F9UA 1VDPA 1GE2A 1SLYA 4LT3A 1JWRA 4NWHA 1D6PA 1UACY 2Z2FA 4H9BA 1BHZA 4GN5C 1OQMA 4TTDA 1BB6A 1B9OA 1IY3A 1JKDA 1KXXA 4H9FA 1B7PA 1LTMA 4NIJA 1FLQA 2F4AA 1C45A 1HEPA 4XJBA 5LAFA 3A93A 1J1PY 5F81A 1HC0A 4NY5A 1LZAA 5LAGA 4DDBA 1HMLA 3W6EA 2BQDA 3B72A 5EBHA 2DQIY 1GFTA 1GF8A 5A3EA 1IVMA 4LYZA 1XEJA 1QSWA 1DI5A 1LJEA 4N1CC 1QQYA 1QDRA 4UWUA 1TEWA 3WL2A 1G7IC 5KXYA 4DD2A 5LVHA 3HBEX 3AJNA 1XSFA 1CJ6A 1EQ4A 1YAMA 4QY9A 1HEMA 1BWHA 4XYYA 5M1YA 4H8XA 1LSMA 3ULRA 5FCPA 1GEZA 5F14A 1IR9A 5IHGA 1LZ4A 1LZSA 1JKBA 3CSQA 1LJ3A 4YOPA 1DQJC 4KT3A 4B1AA 4XADA 1V7SA 1IC4Y 2F4GA 1AM7A 4MR1A 4N0JA 3RU5A 1GE0A 1LJIA 1NF5A 4XJIA 1LJKA 1HERA 3AZ6A 5D5FA 4NG1A 1AT6A 1UIBA 4NGOA 5LA8A 4DD3A 4Z41A 5I4XA 4TWSA 1LMTA 1FLUA 2MEGA 2F2NA 4NHQA 1VDTA 1MLCE 1LSFA 4KXIA 1IOSA 5L3HA 1RE2A 4G4BA 4RDSA 1QUSA 4N9RA 1TBYA 1XGQC 2CGIA 1DKJA 3A94A 3TMUA 208LA 1OUFA 2YBMA 2D4JA 1IP7A 4LFPA 4E3UA 1IC7Y 4Z3MA 1FLYA 1LKSA 1GB9A 1LZ1A 1IX0A 4DD9A 3FI7A 4WG1A 3ZVQA 2LZ2A 4XJFA 5KXNA 1NWGA 1IWYA 4MCKA 4RLMA 4HPEA 4NGZA 1TAYA 2HEAA 1HNLA 1BB5A 1UIGA 2W1XA 1JJ1A 1IWWA 1QSAA 1BVXA 1YKZX 3EO5A 3A91A 1B7LA 5KKIA 1IR7A 2EQLA 4OWCA 1LSEA 5KXZA 4R6CA 2EKSC 4H1PA 2Z38A 5KXPA 1J1OY 5FDJA 1CKHA 1DPWA 5LIOA 4DC4A 1C46A 2MECA 3EXDA 4W94A 3P68A 4N5RA 1EL1A 3RT5X 2H9JA 2B5ZA 1JHLA 1IORA 3AZ7A 1NDGC 4NGJA 4LZTA 1IY4A 1VEDA 1JKCA 1GF6A 1OUHA 1NHEA 1GHLA 1LCNA 1RJCB 3WUMA 5AMYA 2A7DA 1FDLY 1DKKA 3WU9A 2LYMA 4D9ZA 1GB6A 4DT3A 4H92A 1YL0X 4WLDA 5C6IA 5KJ9A 2MEHA 4UWNA 2FYDA 2LZTA 4WMGA 1BQLY 3TMVA 1I56A 1JIYA 4WM5A 4CJ2A 4BADA 1LYOA 2D6BA 4H9IA 3AZ5A 4KPMA 1WQRA 4TX7A 3W6CA 1LSPA 4ANRA 1F6SA 4HV2A 1UUZC 1YILA 4OWHA 2RSCA 1A4VA 1CKCA 1XGPC 3TXFA 4ETDA 1LZYA 5KXTA 3ZVQB 4DYGA 2XTHA 4PHIA 1HMKA 1LZEA 1GB3A 1GBOA 1C08C 1JSEA 1QIOA 1WQNA 1LSAA 3IJUA 4GCEA 2Z18A 2W1LA 3WUAA 2ZNXY 1D0LA 2BQFA 3A34A 1IOQA 1GXV2 2F30A 3WW6A 4DDAA 3CQLA 1WQOA 3P66A 1WVUA 4G4HA 1OUEA 1LHLA 4GN3A 4GCFA 1HEOA 4HTKA 1GAZA 4LT0A 2BQKA 1PS5A 1LSNA 1LZBA 1YAPA 2Z12A 1FLWA 2Y8PA 4P2EA 3CT1A 1GF3A 4U3XB 1C7PA 2DQFC 1FKVA 4I0CA 5T3FA 4YF2A 5LYMA 3GXKA 5HNLA 4FDYA 4HJVA 4N1EI 4AXTA 5E4PA 2LHMA 4J7VA 1CKDA 5F16A 3WULA 4LT1A 4R0FA 2BQMA 4PGJB 1HEWA 1JTPL 1TCYA 1D0KA 4ET8A 4LFXA 4NWEA 4WM1A 3QNGA 1B7SA 4WM4A 1JTTL 1B5YA 1VAUA 1UIFA 2HEDA 1BVKC 1BB7A 1IP4A 1B2KA 1JSFA 2DQEY 3A6BY 4GCCA 3J4GA 1JITA 1NQIA 4RLNA 6LYTA 1J1XY 4H94A 4HSFA 1UCOA 1XEKA 1HELA 1YL1X 3HBHA 9LYZA 4OOTA 1LZDA 2XJWA 4YEOA 6LYZA 1LMOA 3WPKA 3TXJA 1DI4A 3W6FA 5FHWA 3VWOA 2ZWBA 4H9CA 4H90A 1LSYA 3WYHA 1TDYA 1IWTA 194LA 1RCMA 4DWXA 4GN4A 1LSDA 5KXMA 1JTOL 2YBIA 5APCA 2Z2EA 4NFVA 1B5VA 3T6UA 4NHSA 4HTQA 2Z37A 3J6KA 3AGIA 2HTXA 2LYZA 3BKVA 5B1GA 1ZVHL 3A95A 3AGHA 2G4NA 1E8LA 2ZQ4A 1P2CC 1GB0A 1LSZA 5II3A 1QDTA 1XFPL 1YQVY 4PRUA 1WVVA 1XEIA 4I8SA 3WMKA 2CWIA 1JPOA 8LYZA 1B7NA 1IWUA 1OUJA 2HEBA 3CB7A 4RW2A 1LSCA 2W1YA 1IWXA 2IFFY 4DD7A 3WUNA 3T36A 1LHJA 3A3QA 1REZA 2FYCA 4GCBA 1HSWA 1LSGA 4XJGA 4NGKA 1GE3A 1NKHA 1ALCA 2X0AA 4PJ2C 4DD0A 2HU3A 4WO9A 1WTNA 1WQQA 1DPXA 3ZEKA 1LHIA 4II8A 1GEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LHHA 3SP3A 1LPIA 1QUGA 2XBSA 1W08A 1B5XA 1NBZC 1T97A 4WL7A 3A96A 1DXJA 4NGLA 4TUNA 2XBRA 1KIRC 4DQJA 2YBHA 1GF5A 1G7MC 1LAAA 2B7XA 1LMPA 3GUKA 1QTEA 5HMVA 3B0KA 1REMA 1QSQA 4LYTA 7LYZA 125LA 2OTYX 2B70A 4QGZA 3NYAA 126LA 1T8GA 1GB5A 4I7MA 4NGIA 3N9EA 1L06A 3CSZA 3AB6A 4YENA 4B4IA 162LA 4EOFA 1LI2A 4XENA 1C61A 2EIZC 2HU1A 1OUAA 3IJVA 4DQ7A 3NY8A 2CJLA 5I53A 5KKJA 1L67A 2HUMA 3D4SA 5I54A 3LYZA 1IC5Y 3C7WA 3LHMA 2IHLA 3RNXA 5LYTA 1PQMA 150LA 3ATOA 1BB4A 3N9CA 1OWYA 4NHPA 4PPOA 4B4JA 3NY9A 1C6BA 5B07A 1KXWA 2A7FA 1C6HA 1QTZA 1UC0A 5D5CA 1IO5A 1LZ6A 2B75A 4G49A 1C60A 4WM6A 257LA 3WVXA 1UBZA 2LZMA 4B49A 5E9RA 2I6ZA 1C69A 4ZEEA 131LA 239LA 5K7OA 148LE 4YEMA 4IATA 4PJZA 4H8ZA 2BQAA 4TSCA 1KIPC 2BQEA 1NMMA 207LA 1OUIA 3WH1A 193LA 3W6AA 5LYZA 4CHXA 1GB2A 3HFMY 3TXIA 2BQHA 142LA 1IR8A 2DQCY 1ZV5L 104LA 1D2YA 2HUBA 1D9UA 1NBYC 1LHKA 1KY1A 4HTNA 2RBSA 4WM2A 1L57A 1B5WA 1C62A 1UIHA 4C5FA 3DN0A 152LA 1H87A 183LA 1GFVA 5LXWA 5J7CA 2RB0X 4NGYA 1CKFA 3QY4A 1GAYA 3B6LA 1GFRA 147LA 1D0MA 3G3VA 4WL6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GFA A;  1B7O A;  1LHH A;  3A90 A;  4G4C A;  4LYM A;  3SP3 A;  5HNC A;  5KXL A;  2MEI A;  2ZIK A;  2ZIL A;  2D4K A;  2BQG A;  1IP3 A;  1KIQ C;  1LPI A;  1OUG A;  2XBS A;  4J1B A;  4WOA A;  3EMS A;  4Z98 A;  4NSG A;  1W08 A;  3G3B B;  1B5X A;  1NBZ C;  5KXW A;  5C6J A;  3WVY A;  1D6Q A;  3A96 A;  1DXJ A;  4NGL A;  4TUN A;  2HEF A;  2DQJ Y;  2XBR A;  4WL7 A;  5APE A;  5B05 A;  1KIR C;  1GDX A;  4OWE A;  3WPL A;  2YBH A;  3LZT A;  1AZF A;  4RW1 A;  1GF5 A;  1GFK A;  2C8P A;  1GF7 A;  5FST A;  5LVJ A;  1G7M C;  1LAA A;  154L A;  1LMP A;  3WXT A;  1UIE A;  1QTE A;  1LJH A;  3A92 A;  3B0K A;  4WLX A;  5DM9 A;  3TMX A;  5HMV A;  1REM A;  1LJ4 A;  2ZQ3 A;  1GE1 A;  4LYT A;  4ZIX A;  3AW7 A;  5LIN A;  7LYZ A;  1YAN A;  4L41 A;  1RFP A;  1HFY A;  2YDG A;  4QGZ A;  3HBD A;  5HLL A;  3TXK A;  5KXK A;  5KY1 A;  153L A;  3WW5 A;  1MEL L;  2BPU A;  1B7Q A;  1YAO A;  1IP1 A;  1GB5 A;  1WQM A;  2FBB A;  2ZIJ A;  2BQI A;  4NGI A;  3N9E A;  1DZB X;  1BWJ A;  3AB6 A;  3CSZ A;  4YEN A;  4B4I A;  3OK0 A;  1LZN A; 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 4AXT A;  5E4P A;  2LHM A;  4J7V A;  1CKD A;  5F16 A;  3WUL A;  4LT1 A;  4R0F A;  2BQM A;  4PGJ B;  1HEW A;  1JTP L;  1TCY A;  1D0K A;  4ET8 A;  4LFX A;  4NWE A;  4WM1 A;  3QNG A;  1B7S A;  4WM4 A;  1JTT L;  1B5Y A;  1VAU A;  1UIF A;  2HED A;  1BVK C;  1BB7 A;  1IP4 A;  1B2K A;  1JSF A;  2DQE Y;  3A6B Y;  4GCC A;  3J4G A;  1JIT A;  1NQI A;  4RLN A;  6LYT A;  1J1X Y;  4H94 A;  4HSF A;  1UCO A;  1XEK A;  1HEL A;  1YL1 X;  3HBH A;  9LYZ A;  4OOT A;  1LZD A;  2XJW A;  4YEO A;  6LYZ A;  1LMO A;  3WPK A;  3TXJ A;  1DI4 A;  3W6F A;  5FHW A;  3VWO A;  2ZWB A;  4H9C A;  4H90 A;  1LSY A;  3WYH A;  1TDY A;  1IWT A;  194L A;  1RCM A;  4DWX A;  4GN4 A;  1LSD A;  5KXM A;  1JTO L;  2YBI A;  5APC A;  2Z2E A;  4NFV A;  1B5V A;  3T6U A;  4NHS A;  4HTQ A;  2Z37 A;  3J6K A;  3AGI A;  2HTX A;  2LYZ A;  3BKV A;  5B1G A;  1ZVH L;  3A95 A;  3AGH A;  2G4N A;  1E8L A;  2ZQ4 A;  1P2C C;  1GB0 A;  1LSZ A;  5II3 A;  1QDT A;  1XFP L;  1YQV Y;  4PRU A;  1WVV A;  1XEI A;  4I8S A;  3WMK A;  2CWI A;  1JPO A;  8LYZ A;  1B7N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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