1WQQA

Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDFGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and X-ray analysis of six tyrosine --> phenylalanine mutants.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords LYSOZYME
total genus 50
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1wqqA00
1BQLY 4OWAA 3P66A 5KXXA 1GE2A 4N9RA 4X3BA 2BQAA 1LJFA 1OP9B 1TCYA 2AUBA 3WVXA 2Z12A 1FLYA 1F0WA 2ZNWY 4RW2A 1GB5A 2BLYA 4WLDA 3AZ5A 5K7OA 1UUZC 5LIOA 3TXFA 4QY9A 1BHZA 3D9AC 9LYZA 4BADA 4DD9A 5B05A 1WQOA 3AZ4A 5APDA 1A4VA 4DDCA 4H9EA 4WM2A 4YENA 1ZVYB 1VDTA 2N5ZA 2BQBA 3ZVQA 1F6SA 2G4QA 1LSPA 1JSEA 3WUNA 1CNSA 5HLLA 1JIYA 4I8SA 2DKVA 2DQFC 4KT3A 4HJYA 1NDMC 1BB7A 1UIAA 5IELA 133LA 1EQ4A 1AT5A 3HBDA 2HUBA 5C6IA 1KXXA 1TAYA 4I0CA 4NGLA 4C5FA 5LVKA 1VFBC 4NG8A 1LZTA 4Z41A 3N9AA 5HMVA 1LMOA 1YKYX 4G4BA 3WPLA 154LA 1YAPA 2I25L 4XJDA 3G3AB 4PHIA 2DQIY 4M6DA 5I4WA 2BQKA 2YBIA 1HEWA 1LMPA 4N0JA 1O23A 1QUSA 1G7JC 4PRUA 5F9XA 3TXBA 4CJ2A 1GAZA 1IORA 2W1XA 1OUCA 1B0DA 1V7SA 1RFPA 1YKZX 1JTTL 3BKHA 2ZQ4A 3EXDA 1D0LA 5AMYA 4H92A 5DM9A 2F30A 4MCKA 4B4JA 2A7DA 3J6KA 3FI7A 1YL1X 2MEAA 2ZWBA 4R0FA 2H9KA 3D3DA 3TXHA 5LVIA 3ULRA 3K3TA 1GB6A 5FSTA 1B5XA 1LZ9A 1IP6A 5F16A 1LPIA 1NDGC 5I4YA 1LSDA 2I6ZA 4H1PA 4HJZA 3TXGA 1GWDA 1FBIX 1LHLA 3FE0A 1IP5A 3W6AA 1B7QA 1BWHA 4LZTA 4Z3MA 5KXMA 1EL1A 1KIPC 3AJNA 5F81A 3TXJA 1G7HC 3WUAA 1IR7A 4LFXA 1I56A 4WM6A 4WL7A 4YEOA 3W6BA 6LYTA 3A93A 3B0OA 1GFGA 1W08A 4NGWA 1CKHA 1GFVA 1LSCA 1GFTA 2FYCA 4NWEA 1GF5A 1OUGA 2BQHA 4DD3A 1QUTA 1LCNA 1QTKA 3WU9A 3AB6A 1DZBX 1YAOA 1V7TA 3N9EA 1OUFA 3EBAB 2FBBA 1HSXA 5LAGA 3RT5X 1IX0A 2ZIKA 5I53A 3TMVA 1WQPA 1GE0A 4NGVA 3WXUA 1T3PA 1AZFA 2Z2FA 4HP0A 4TSBA 1UIEA 4UWUA 2BQGA 4QEQA 3W6CA 1FKQA 3VWOA 1LSBA 1LHHA 2XTHA 1N4FA 4Z98A 5F9UA 1F6RA 2DQDY 4H8XA 1KIQC 2DQGY 2Z39A 2MEDA 4NGOA 4II8A 2W1LA 1QQYA 4AGAA 4WM1A 1YAMA 4XYYA 4B49A 2MEBA 1HFXA 1GD6A 1KXYA 4B4IA 2YBMA 4ZEEA 1IC5Y 1IOQA 1B5ZA 1QTEA 2DQAA 2W1MA 1JWRA 2HEAA 1DKJA 1XEJA 3WL2A 1GBXA 1QSAA 2XBSA 4NGKA 2MEHA 4NSHA 4WLXA 1D6QA 2HEDA 207LA 4XJBA 2Q0MX 5II3A 1HEPA 1UIHA 1IWTA 2C8OA 2BAAA 3OK0A 4XENA 1LZBA 1NKHA 3GXRA 3WXTA 1LSFA 3WUMA 3A95A 2XJWA 5KXZA 1REMA 2X0AA 4G4HA 4OWBA 1QSWA 1NBYC 2BQOA 4G9SA 5HQ1A 3EO5A 3BKVA 4HSFA 3IJVA 1ALCA 4OWCA 1CJ7A 2DQEY 3B0KA 4UWVA 2EPEA 1DXJA 1YKXX 1LZ5A 1LSYA 4TSCA 3TXIA 1RE2A 2H9JA 2HECA 1WTNA 1IOTA 4HJVA 4KPMA 4NHQA 1XGTC 4H8ZA 2RSCA 3CSZA 3T36A 1GB7A 1GFEA 1GB9A 8LYZA 1I20A 1LSZA 1VDSA 4LT2A 4NSJA 1DQJC 3WMKA 4CFPA 208LA 4WO9A 3ATNA 1UIFA 1WQNA 4OWHA 1DI3A 1C08C 1G7LC 1HNLA 3TXEA 1G7MC 1UA6Y 4RLNA 1NF5A 4GCBA 1LJ4A 1LYYA 1IWWA 3GXKA 1LZGA 2LZ2A 5E9RA 3A94A 3WVYA 1IWXA 1LHMA 1LZSA 2F2NA 2YVBA 4WOAA 5B1FA 4DT3A 4ZFPA 7LYZA 1DKKA 4HTNA 5FCPA 1GXXA 1YQVY 5EBHA 135LA 1HEQA 1H6MA 2F4AA 3W3EA 1DI5A 1C46A 2BQJA 1LJJA 2HTXA 1HMKA 2Z19A 1GEVA 4WL6A 5KXTA 3HBEX 2EQLA 5FHWA 1BWIA 1GBYA 1VAUA 2DQJY 1B7MA 5F14A 4NFVA 4WO6A 4CGEA 1LMNA 2LZTA 4H9IA 3ZEKA 3EMSA 1LTMA 2D4KA 1PZYA 3QY4A 2VB1A 4NGYA 2HEFA 4KXIA 1J1PY 1LZCA 2BQIA 1HENA 193LA 1GF9A 1LSEA 4IJ4A 1QDRA 4DD1A 4GCDA 5LAFA 1ZVHL 4DD7A 153LA 4H9FA 1CKCA 3TMUA 1AM7A 5C6JA 2BQCA 2D4JA 3CT1A 3RZ4A 1FLWA 3AGIA 4HTKA 2ZQ3A 1JKAA 2BLXA 4WLYA 5APFA 1IP7A 1XGRC 2YBJA 1HF4A 2D91A 4MR1A 1G7IC 1HEOA 4WM3A 1NQIA 4YEMA 3P65A 1LSGA 3WU8A 4YF2A 3AW6A 3A96A 1DPWA 1D0MA 2ZIJA 4LYTA 3AGGG 4XN6A 4XJHA 1QIOA 1FKVA 2GV0A 3ATOA 1VDPA 5DLAA 2YBLA 5L3HA 1FLQA 3A3QA 4ETEA 1LMCA 1CJ6A 4ET8A 1JISA 4BS7A 4DDBA 1B7RA 4QGZA 4O34A 2HEBA 1WQMA 4Z46A 1OUBA 4N1CC 2Z2EA 1B7OA 1IP2A 4NHIA 4PRQA 4WM5A 3G3BB 1H87A 4HPIA 5LA8A 1LJ3A 2MEIA 2BPUA 2CWIA 1GF0A 2Y8PA 3CT0A 4W94A 5JENB 1JJ3A 1LZ8A 1JTOL 1WTMA 2PC2A 3AZ6A 3LZTA 4FJRA 4OOOA 1LKSA 3HFMY 5B06A 5LYZA 1GBZA 1C43A 4LFPA 1LZDA 1LYOA 1YL0X 1LJNA 2YDGA 1LSAA 1GB8A 4LT1A 1GF7A 1CKGA 3KAMA 1BB3A 1GEZA 1ZV5L 4OOTA 4LT3A 1JKBA 3P4ZA 1IP3A 4NEBA 4C3WA 4H91A 5DN5A 2ZNXY 2DQCY 6LYZA 1BVKC 1B5UA 1GB3A 1AKIA 3HBHA 4D9ZA 1IOCA 5KXRA 4G49A 5KXYA 1IP4A 3A8ZA 2YBHA 2H5ZA 1OUEA 4NG1A 1GHLA 4NIJA 4TTDA 3F6ZA 5D5FA 5J7CA 1VATA 1GF4A 1XSFA 3TMWA 5M1YA 1JPOA 1LHKA 2LYOA 2MECA 4LYOA 1I1ZA 1RJCB 4ETDA 3N9CA 1WQRA 4J1AA 4G4CA 4DYGA 2CJLA 1IVMA 5KXPA 5KXSA 2YSSC 5APEA 3RW8A 2W1YA 1IWVA 1LMAA 4OW1A 1UCOA 4NHTA 4ETAA 1GFJA 2ZYCA 4CHXA 1LJEA 1XGQC 4WM4A 5DN4A 5KXLA 2Z38A 3TXKA 4CFOA 1RI8B 5FELA 1RCMA 2LYMA 1YILA 4AXTA 1HERA 1OQMA 3A90A 3CQLA 4J1BA 3QNGA 4ET9A 5KKIA 1IY4A 1KXWA 4FDYA 1TEWA 5KXNA 3A92A 4PPOA 1B7LA 5I54A 4L41A 1LZ6A 5KXOA 5L9JA 2A7FA 3IJUA 5B1GA 1T6VL 2XBRA 1JJ0A 1HC0A 1A2YC 2D4IA 1B9OA 4P2EA 4ANRA 2CDSA 1D9UA 4GN4A 5KXKA 1LJKA 3QE8A 1Z55A 1LYSA 1GBWA 4R6CA 4W96A 4WG1A 3RNXA 1LSNA 3A3RX 2BQNA 2HEEA 1FDLY 2EIZC 2NWDX 1LKRA 3J4GA 3LYMA 4TX7A 4XJIA 4NSIA 1XGPC 3CSRA 1BGIA 1BB4A 5ILCA 1YAQA 3WYHA 3OJPA 4U3XB 2FYDA 4TWSA 5HNLA 4B0DA 1LZ4A 3A6BY 1BWJA 5L3IA 4LYMA 2BQFA 5I5QA 3CT5A 1LJHA 1XEKA 1OUIA 4KL7A 4ETBA 3WULA 2IHLA 1B5VA 2G4PA 1IOSA 1GBSA 1GF8A 1LZNA 1B7PA 4N1EI 5LINA 1LZRA 1KIRC 3WU7A 4DDAA 1GF6A 1HSWA 1LYZA 1LAAA 5LVJA 1NHEA 2LYZA 3CSQA 3LYTA 5FDJA 4LGKA 2BQEA 1JUGA 1XEIA 1GFUA 3A6CY 2HU1A 2IFFY 1UICA 5B59A 5DL9A 4WG7A 4A7DA 1GFRA 1YIKA 1GFHA 2BQLA 5B07A 1JKDA 4LYZA 1JITA 4H94A 4LT0A 1OUJA 1HEMA 5IDDA 1LHJA 1WVVA 3AZ7A 4B1AA 3SP3A 4NHSA 5I4XA 4E3UA 4YM8A 1PS5A 3WW5A 4WMGA 2LHMA 4OWEA 4BAFA 3WH1A 5D5CA 1B7SA 1W6ZA 4DD2A 1FN5A 3AYQA 2ZYPA 1IEEA 2MEFA 4XJGA 3A91A 1IIZA 2BQMA 4GCCA 1JHLA 1CJ8A 1EQ5A 5LVGA 4ZIXA 2EKSC 2ZILA 4IASA 3IWRA 1LJIA 3TMXA 2YBNA 1MELL 4NY5A 4HTQA 3LN2A 1LOZA 1C45A 4NGJA 5APCA 1NMMA 3MGWA 4IATA 1WQQA 1IWYA 1OUDA 2DQHY 1IP1A 5A3ZA 5LYMA 4RW1A 4DWXA 1LZAA 3LZ2A 1LHIA 1GB0A 1JKCA 1REYA 1ZMYL 2F4GA 1XFPL 1IR9A 3A67Y 1LMTA 3M18B 4GLAA 4EMNA 1HFZA 5C6LA 4GCFA 1YROA 4HV2A 5T3FA 4NWHA 5LA5A 134LA 1REZA 1JTPL 5ILFA 1BVXA 4H9BA 4GN5C 1JEFA 5LYTA 3RU5A 1F10A 4XJFA 3WW6A 5KY1A 4H90A 4H9AA 1LJGA 4NGIA 3M3UA 1GPQC 1GBOA 5IHGA 1D0KA 1GB2A 2FBDA 1D6PA 1EQEA 1GDXA 1LZ1A 4RLMA 1SLYA 1FLUA 1WVUA 1UBZA 2I26L 4GCEA 5KKJA 3CB7A 1HMLA 1UC0A 1HELA 3WPJA 4NSGA 1XGUC 1HFYA 3LHMA 4WLTA 5KXWA 1DI4A 4ML7A 132LA 1J1XY 2MEGA 1IWZA 3A34A 3WPKA 1B2KA 3TXDA 1P2CC 1YANA 5HMJA 1OUAA 1UIBA 5LVHA 4H8YA 4PGJB 1E8LA 1DPXA 1BB5A 4EOFA 4YOPA 1INUA 1GFAA 1IC7Y 1GE3A 1B5WA 4BAPA 2WARA 5FEKA 3W6DA 4J0LA 3AW7A 4QDNA 1B5YA 1NBZC 1AT6A 4TUNA 4NGZA 1UIGA 1GE4A 1LZYA 1TBYA 4GN3A 1CKFA 194LA 1IO5A 4LYBA 2Z37A 4NHPA 3W6EA 1LZEA 2B5ZA 1VDQA 2Z18A 3B6LA 3E3DA 2HU3A 2CGIA 4N8ZA 1GF3A 4DD0A 2BQDA 1OUHA 3B72A 5A3EA 1GE1A 1LSMA 3ZVQB 3P68A 3AGHA 2D6BA 3LYZA 1C10A 3T6UA 1J1OY 4J7VA 4M4OA 1IC4Y 1QDTA 4H93A 1JSFA 3LYOA 3P64A 1GFKA 4N5RA 1CKDA 4HPEA 4RDSA 1B7NA 3W6FA 5HNCA 1VEDA 1IR8A 1UIDA 4XADA 4MSTA 4DC4A 1IY3A 1SQ2L 1UACY 2G4NA 4H9CA 4H9HA 4B4EA 1GAYA 1C7PA 3B0IA 5LXWA 4PJ2C 1BB6A 1JJ1A 1MLCE 4ETCA 1GXV2 1LMQA 4UWNA 1TDYA 1IWUA 1REXA 2C8PA 1GDWA 1NWGA 4HV1A 5KJ9A 4LYCA 4GLVA 1HHLA 5E4PA 1CJ9A 2MEEA 2DBTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BQLY 4N9RA 3DMXA 2BQAA 2AUBA 1L76A 1FLYA 2Q9EA 1L52A 2BLYA 3CDRA 5K7OA 3C81A 1L97A 3PDSA 1A4VA 164LA 4YENA 2BQBA 1SX7A 1F6SA 1JSEA 1CNSA 4I8SA 188LA 4KT3A 1NDMC 133LA 4I0CA 5HMVA 1LMOA 2RAZX 4G4BA 3WPLA 154LA 2I25L 2BQKA 4N0JA 248LA 1LMPA 1DYFA 1G7JC 4PRUA 5LINA 1L14A 1JTTL 4H92A 5DM9A 1C6NA 2F30A 2MEAA 2H9KA 3K3TA 1GB6A 5FSTA 1NDGC 3TXGA 1FBIX 3FE0A 4LZTA 1EL1A 148LE 1KIPC 3TXJA 3WUAA 1G7HC 1I56A 6LYTA 3A93A 1GFGA 1G0GA 2FYCA 1GF5A 1OUGA 119LA 4DD3A 251LA 1QUTA 3AB6A 1C6TA 3C8QA 3N9EA 1C63A 5LAGA 3RT5X 3G3VA 3WXUA 2Z2FA 4TSBA 1L64A 2XTHA 1P56A 4Z98A 1QTHA 1L35A 4H8XA 2Z39A 1QS9A 181LA 4WM1A 1HFXA 1C6MA 2DQAA 1JWRA 3NY8A 1C6LA 157LA 150LA 3SBAA 4W54A 4XJBA 2Q0MX 1UIHA 3OK0A 4XENA 4AQNA 1LZBA 1LSFA 3WUMA 3GUNA 3V2YA 1NBYC 1L07A 1QTDA 3EO5A 3IJVA 3VW7A 147LA 2DQEY 3GUJA 4TSCA 224LA 3TXIA 1KW5A 1LW9A 2B75A 1QSBA 1DYEA 3DMZA 1L73A 4H8ZA 217LA 1GFEA 1GB9A 198LA 2QB0B 1LZGA 1IWXA 1LHMA 2YVBA 4ZFPA 3EMLA 4W57A 1PQJA 192LA 1C46A 2Z19A 1GEVA 1C6JA 1OVHA 5KXTA 5FHWA 1BWIA 4WO6A 1LMNA 3EMSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BQL Y;  4OWA A;  3P66 A;  5KXX A;  1GE2 A;  4N9R A;  4X3B A;  2BQA A;  1LJF A;  1OP9 B;  1TCY A;  2AUB A;  3WVX A;  2Z12 A;  1FLY A;  1F0W A;  2ZNW Y;  4RW2 A;  1GB5 A;  2BLY A;  4WLD A;  3AZ5 A;  5K7O A;  1UUZ C;  5LIO A;  3TXF A;  4QY9 A;  1BHZ A;  3D9A C;  9LYZ A;  4BAD A;  4DD9 A;  5B05 A;  1WQO A;  3AZ4 A;  5APD A;  1A4V A;  4DDC A;  4H9E A;  4WM2 A;  4YEN A;  1ZVY B;  1VDT A;  2N5Z A;  2BQB A;  3ZVQ A;  1F6S A;  2G4Q A;  1LSP A;  1JSE A;  3WUN A;  1CNS A;  5HLL A;  1JIY A;  4I8S A;  2DKV A;  2DQF C;  4KT3 A;  4HJY A;  1NDM C;  1BB7 A;  1UIA A;  5IEL A;  133L A;  1EQ4 A;  1AT5 A;  3HBD A;  2HUB A;  5C6I A;  1KXX A;  1TAY A;  4I0C A;  4NGL A;  4C5F A;  5LVK A;  1VFB C;  4NG8 A;  1LZT A;  4Z41 A;  3N9A A;  5HMV A;  1LMO A;  1YKY X;  4G4B A;  3WPL A;  154L A;  1YAP A;  2I25 L;  4XJD A;  3G3A B;  4PHI A;  2DQI Y;  4M6D A;  5I4W A;  2BQK A;  2YBI A;  1HEW A;  1LMP A;  4N0J A;  1O23 A;  1QUS A;  1G7J C;  4PRU A;  5F9X A;  3TXB A;  4CJ2 A;  1GAZ A;  1IOR A;  2W1X A;  1OUC A;  1B0D A;  1V7S A; 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 1UBZ A;  2I26 L;  4GCE A;  5KKJ A;  3CB7 A;  1HML A;  1UC0 A;  1HEL A;  3WPJ A;  4NSG A;  1XGU C;  1HFY A;  3LHM A;  4WLT A;  5KXW A;  1DI4 A;  4ML7 A;  132L A;  1J1X Y;  2MEG A;  1IWZ A;  3A34 A;  3WPK A;  1B2K A;  3TXD A;  1P2C C;  1YAN A;  5HMJ A;  1OUA A;  1UIB A;  5LVH A;  4H8Y A;  4PGJ B;  1E8L A;  1DPX A;  1BB5 A;  4EOF A;  4YOP A;  1INU A;  1GFA A;  1IC7 Y;  1GE3 A;  1B5W A;  4BAP A;  2WAR A;  5FEK A;  3W6D A;  4J0L A;  3AW7 A;  4QDN A;  1B5Y A;  1NBZ C;  1AT6 A;  4TUN A;  4NGZ A;  1UIG A;  1GE4 A;  1LZY A;  1TBY A;  4GN3 A;  1CKF A;  194L A;  1IO5 A;  4LYB A;  2Z37 A;  4NHP A;  3W6E A;  1LZE A;  2B5Z A;  1VDQ A;  2Z18 A;  3B6L A;  3E3D A;  2HU3 A;  2CGI A;  4N8Z A;  1GF3 A;  4DD0 A;  2BQD A;  1OUH A;  3B72 A;  5A3E A;  1GE1 A;  1LSM A;  3ZVQ B;  3P68 A;  3AGH A;  2D6B A;  3LYZ A;  1C10 A;  3T6U A;  1J1O Y;  4J7V A;  4M4O A;  1IC4 Y;  1QDT A;  4H93 A;  1JSF A;  3LYO A;  3P64 A;  1GFK A;  4N5R A;  1CKD A;  4HPE A;  4RDS A;  1B7N A;  3W6F A;  5HNC A;  1VED A;  1IR8 A;  1UID A;  4XAD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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