1XGPC

Structure for antibody hyhel-63 y33a mutant complexed with hen egg lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Magnitude of the hydrophobic effect at central versus peripheral sites in protein-protein interfaces
pubmed doi rcsb
molecule keywords antibody kappa light chain
molecule tags Immune system
source organism Mus musculus
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1xgpC00
3CQLA 1LSYA 1IR7A 1GXV2 2LHMA 4H90A 2HTXA 3LZ2A 5C6LA 2B5ZA 2CDSA 5I4XA 1QUTA 3CB7A 1G7MC 1JTPL 1C7PA 1MLCE 4LT3A 4YEOA 3BKHA 1REYA 5L3IA 1C45A 2BQCA 4YOPA 1GFTA 1LMCA 1IP6A 4NHQA 3WPJA 2F4AA 5E9RA 1JTTL 1NWGA 4G9SA 4HV1A 3RNXA 6LYZA 1FKQA 4NEBA 3TMXA 1FDLY 1LSNA 2YBMA 5FELA 1MELL 4H1PA 4BS7A 1GFEA 5HMVA 5FEKA 2MEHA 4OW1A 5J7CA 5KXOA 1LSMA 4KPMA 1RE2A 1UIEA 4RDSA 5A3ZA 2BLYA 4NWHA 3CSZA 4XJHA 4W94A 1GD6A 5KKIA 1DI5A 1JITA 2ZWBA 1KIRC 1JTOL 3N9EA 1B5UA 3AW7A 2ZILA 3RZ4A 2DQHY 4B4EA 2XBSA 2BQIA 1BB6A 1QDTA 1LHKA 2CWIA 1OUBA 1PZYA 2FYDA 1LSDA 4CJ2A 3LYMA 4LT2A 3TXHA 2DQCY 2DQEY 4H8YA 3TXKA 1IR9A 5LAGA 1QSAA 1BVKC 3ATOA 1ALCA 1JJ3A 1IO5A 5I53A 4C5FA 1LJEA 2MEEA 5C6JA 1AKIA 1DPWA 1GF0A 4EOFA 4PRQA 4DD7A 2BLXA 5AMYA 5EBHA 4IATA 1I1ZA 1GF6A 2FBDA 4D9ZA 5F9XA 1NDMC 2BQHA 1LHHA 5KXYA 2ZYCA 1NBYC 1RFPA 1B7NA 2BQOA 5II3A 1B7SA 1KXXA 1LSBA 4H9EA 5KXPA 5F14A 4Z41A 4RLNA 2NWDX 5B1GA 1LCNA 4QY9A 2IFFY 1JKDA 1IWYA 1GB7A 5C6IA 1YL0X 5L9JA 1GE2A 2HEDA 1TAYA 1CKGA 1V7TA 2A7DA 5DN5A 1HF4A 1IEEA 1C46A 4YF2A 4PHIA 4CFOA 4HJYA 1LYOA 2DKVA 4GN3A 4LGKA 4O34A 5LA8A 4NSJA 1LZ4A 2BQGA 1BB4A 3QNGA 2LZ2A 1WQPA 1B0DA 1XSFA 4KT3A 1GB8A 4NHTA 3WMKA 1LSFA 3WPKA 3W6DA 5L3HA 3M18B 1IOSA 2LYOA 1AM7A 4XJBA 3AJNA 4RW2A 1HNLA 2Z12A 1D0LA 5ILCA 1B7OA 1GBSA 4XYYA 2A7FA 1LZ1A 1IY4A 1GE0A 1B5XA 2Z2EA 1F0WA 1G7LC 4WM3A 5IHGA 5LYTA 1LSCA 4XADA 4GN4A 1HEWA 1B5ZA 1BGIA 4FJRA 4G4BA 2EQLA 3WU8A 4CFPA 1FBIX 2BQBA 1JUGA 1YL1X 5KJ9A 3MGWA 5FCPA 1LZGA 2Z2FA 1LMAA 1FLUA 1F6RA 2G4QA 2MECA 3ATNA 1IP7A 3W6FA 1YKZX 1B7QA 2GV0A 5LVJA 4XENA 4G49A 1LJ3A 1ZVYB 3TXEA 2ZQ3A 4ZEEA 2HEAA 3OK0A 4MSTA 3IJVA 5M1YA 3LN2A 1A2YC 5DN4A 3P64A 4J1BA 4LYCA 2BQNA 1IY3A 1FLYA 1JKBA 1JSFA 3RU5A 2DQJY 1HENA 4LYMA 5E4PA 1GF3A 9LYZA 1B5WA 1EQ5A 1UIHA 5APFA 3WUAA 5LYZA 3WU9A 1F6SA 4IJ4A 5KXNA 3WH1A 3AZ4A 1OUFA 1IP2A 3M3UA 3W6BA 1QTEA 3TXFA 5B59A 5I4YA 1LTMA 5A3EA 1OUAA 2XTHA 5B1FA 1LJIA 2ZQ4A 4Z3MA 1DKKA 1GB5A 1HEOA 2IHLA 4IASA 4N1CC 1XFPL 5LXWA 1XGQC 1HEQA 4WG1A 1GF5A 1V7SA 1KXYA 1YQVY 5HLLA 5LVGA 1LZ9A 2DBTA 2XBRA 1UIAA 4TSCA 4DD0A 4H9CA 1XEJA 1LZAA 1WVUA 1JJ0A 4X3BA 4EMNA 4XJFA 4WM4A 2BQJA 2MEIA 3A3QA 1T6VL 3RW8A 4ET8A 1LJKA 5LYMA 4WM2A 2Y8PA 3FI7A 1GAZA 1LKRA 1O23A 3FE0A 4G4CA 1LZ6A 3AGGG 4XN6A 7LYZA 3A3RX 4N1EI 4A7DA 4ZFPA 1JEFA 4H92A 1J1XY 4B4IA 2XJWA 1GEVA 1GEZA 2HU1A 5LAFA 1OP9B 4B1AA 193LA 2MEAA 2YBIA 3P68A 4ML7A 4NSGA 1FLWA 1E8LA 3WVYA 4CGEA 1GBZA 4WO6A 1GF4A 135LA 2ZNWY 1IP5A 2BAAA 1D0MA 1LZEA 3B72A 1H87A 3WUMA 1DI4A 4P2EA 4DDCA 1B9OA 1GFVA 1YROA 4LYTA 1LMNA 4R6CA 4TSBA 2HECA 4WLDA 3RT5X 3WW5A 2RSCA 4ETCA 1LYZA 4QEQA 1IIZA 4NGJA 5LVIA 4GLAA 4KXIA 1LJ4A 3HFMY 1VEDA 4WL6A 3WXUA 1QSWA 2EPEA 3AYQA 4WG7A 4PJ2C 3ULRA 4LT1A 4GCBA 2ZIKA 4DWXA 1HHLA 1UICA 2MEGA 3P65A 1UBZA 4DD1A 1OUEA 3GXRA 1UC0A 4GCCA 1GBOA 2YBHA 2EKSC 1XEIA 3WPLA 4B0DA 4ZIXA 3A67Y 4N0JA 3AZ6A 1UUZC 3HBEX 4GN5C 3BKVA 1GB3A 3A93A 4TTDA 4BAPA 3TMUA 2HEFA 1IC4Y 4ETBA 4W96A 1LSEA 4TWSA 4NGWA 5I5QA 2D4KA 1IWZA 3F6ZA 3J4GA 5T3FA 1JISA 4B4JA 5KXTA 1IOQA 4DDBA 1VDPA 5LVKA 1B5YA 1J1PY 1NDGC 1G7HC 5FHWA 3TXIA 1IP3A 5B06A 3TMWA 1HMLA 1NMMA 2F2NA 1BWHA 3K3TA 2EIZC 4NHSA 1OUGA 4WM5A 1KIQC 4H91A 2H9KA 5KKJA 1XGPC 1H6MA 4HTNA 3B6LA 4LYOA 1REXA 8LYZA 1BQLY 1LPIA 4NSIA 5KXRA 2N5ZA 4WLXA 3N9CA 3QE8A 1LHMA 1B7RA 1IWVA 1HMKA 1INUA 4NGKA 1EL1A 2VB1A 3CSQA 3KAMA 3EXDA 4OWEA 1GB9A 1D6QA 2HUBA 3EO5A 3VWOA 5D5FA 1T3PA 5LIOA 3WVXA 1CKCA 1CJ9A 1SLYA 4H9AA 1AZFA 1GFUA 1CNSA 2DQFC 4G4HA 2W1YA 5F16A 1LZ8A 5DL9A 4YM8A 1OUJA 3GXKA 4H9BA 1J1OY 1LMOA 1G7JC 1LSZA 4GLVA 4N5RA 2LYMA 5DM9A 4XJIA 1IC7Y 1UA6Y 4NHPA 1CJ7A 4R0FA 4RW1A 3G3AB 2BQFA 4HJVA 1GB6A 3A95A 1HELA 1PS5A 1REMA 1JIYA 2F30A 3P66A 4Z98A 2ZYPA 4ANRA 4N9RA 1WQOA 3B0KA 1F10A 3N9AA 2DQAA 1LSPA 1GFKA 3AZ5A 3WYHA 1GF9A 3TXDA 3WU7A 3WUNA 2DQIY 5APDA 4KL7A 4OWCA 3LYZA 1FKVA 1LAAA 1W6ZA 2Z18A 1GWDA 1GFAA 1UCOA 1GBYA 1AT5A 1RCMA 1YAOA 1LMPA 2BQAA 1CJ6A 4I8SA 3W6CA 1YANA 5KXZA 1CJ8A 4PPOA 154LA 1VATA 4MCKA 3ZVQA 2LYZA 207LA 3WW6A 4NSHA 4ET9A 2BQMA 4WLTA 1LZYA 5LVHA 4NIJA 1OUDA 2CJLA 1GB0A 5KXKA 4UWUA 1OUIA 1GFRA 1OQMA 1OUHA 1BVXA 4RLMA 3EMSA 1IVMA 4NGVA 1XGUC 1VDTA 3CT0A 2Z37A 4LFXA 1GF8A 1I20A 1AT6A 1TEWA 1C08C 133LA 1YAPA 1GBXA 1IWWA 4YEMA 1NF5A 5D5CA 4YENA 2Q0MX 1GDXA 4NG8A 4NY5A 4WM6A 5I4WA 3A92A 2D6BA 4Z46A 4NGIA 1RJCB 6LYTA 5HQ1A 4NGYA 3T6UA 1LZRA 1D6PA 1GXXA 1EQEA 1TDYA 4NGOA 1LZBA 2BQDA 3ZEKA 4ETEA 2BPUA 3B0OA 1JWRA 1HC0A 4GCEA 2G4PA 4H9FA 3EBAB 3IWRA 1Z55A 1YAMA 2Z39A 1B7MA 5FSTA 3D9AC 2HU3A 3TXGA 1ZMYL 2H9JA 1OUCA 1HSWA 3LZTA 5KXSA 1ZVHL 3J6KA 1JSEA 1P2CC 1IWUA 132LA 3G3BB 1LZTA 3WL2A 4BAFA 4GCDA 1JKCA 2AUBA 3HBDA 1GPQC 1LSGA 1QQYA 2HEBA 4UWNA 3A90A 3CT5A 3CT1A 1HERA 134LA 1BHZA 1GFHA 1DPXA 1HFYA 2D4IA 2DQDY 2F4GA 4C3WA 1B7PA 1BWIA 4N8ZA 1IOTA 1LZSA 1WVVA 2DQGY 1DKJA 1WQRA 5LINA 1YIKA 5JENB 2FBBA 1D0KA 4HP0A 2I26L 1W08A 2W1XA 4H8XA 1QTKA 5APCA 4ETDA 5DLAA 1REZA 1GFJA 3AZ7A 1LJHA 4XJGA 1EQ4A 1WTNA 1JHLA 2BQEA 1N4FA 1NHEA 4TX7A 1QUSA 2MEDA 3A8ZA 153LA 1LMTA 1BB5A 1WQNA 4J0LA 4WLYA 1YKYX 5LA5A 2YSSC 3D3DA 5IDDA 194LA 1LYSA 4H93A 3T36A 5FDJA 3TMVA 4HV2A 1XGRC 4WM1A 1GE4A 4LT0A 1HFXA 1ZV5L 1DI3A 2WARA 4B49A 2YBJA 2LZTA 5KXXA 3TXJA 4TUNA 1DZBX 208LA 2Z19A 1LKSA 1XEKA 4H94A 4QGZA 3W3EA 1IP4A 3ZVQB 2D91A 4H9IA 3SP3A 3A96A 2ZNXY 4E3UA 4NHIA 4NFVA 4OWAA 1KIPC 2YBNA 1VFBC 4II8A 3W6EA 1SQ2L 4DDAA 5KXLA 4GCFA 2ZIJA 1GAYA 1IWTA 1LJNA 1IWXA 1WQQA 3B0IA 4WO9A 3OJPA 1TCYA 4LYZA 1JJ1A 1BB7A 1DXJA 1HSXA 2MEFA 3HBHA 4LFPA 1GBWA 5ILFA 4AGAA 4DYGA 1JKAA 1YKXX 2PC2A 2D4JA 1D9UA 4J7VA 5KY1A 1GFGA 3AW6A 5HMJA 4I0CA 2BQKA 1G7IC 5K7OA 1B5VA 3AGHA 4OOTA 3TXBA 2FYCA 2Z38A 4NGLA 1HEMA 1C10A 1BB3A 4CHXA 4DC4A 2C8OA 3A6BY 1GB2A 1LJGA 1VAUA 4J1AA 4NG1A 1GF7A 2W1LA 4BADA 2G4NA 1LHJA 1GE3A 1LJJA 2YBLA 4QDNA 1LZCA 1LSAA 1XGTC 3QY4A 1IORA 4LZTA 1IC5Y 4UWVA 3E3DA 4FDYA 4PRUA 1CKHA 3LYOA 1CKDA 1DQJC 1FN5A 1QDRA 4WMGA 4WOAA 3W6AA 1LZ5A 1VDSA 5KXWA 1NKHA 4H8ZA 1IOCA 3A34A 5HNCA 4NGZA 1UIBA 4DT3A 4L41A 1UIDA 1B7LA 1YAQA 1LOZA 2CGIA 4OWBA 1BWJA 4HPEA 2YVBA 1GE1A 4DD9A 4U3XB 1TBYA 3WXTA 2MEBA 1GDWA 4AXTA 1UIGA 1LZNA 1WQMA 1I56A 5F9UA 2W1MA 4HPIA 4XJDA 3P4ZA 4HSFA 4ETAA 4PGJB 5F81A 1JPOA 5B07A 1IR8A 1RI8B 4LYBA 4WL7A 1C43A 1YILA 5HNLA 4OWHA 1NBZC 3IJUA 1LZDA 2C8PA 4HTKA 1FLQA 1LJFA 2BQLA 4H9HA 5KXMA 1LMQA 1WTMA 4MR1A 3A91A 1A4VA 4OOOA 4NWEA 5B05A 4DD3A 1IP1A 3A94A 3AGIA 4HJZA 2I6ZA 1LYYA 1VDQA 1CKFA 1UIFA 5IELA 1GHLA 5I54A 2I25L 3AB6A 3A6CY 3CSRA 2YDGA 1NQIA 1UACY 1IX0A 1LHIA 2X0AA 1QIOA 2H5ZA 1B2KA 1HEPA 4HTQA 1KXWA 4M6DA 3WULA 4DD2A 2HEEA 5APEA 4M4OA 3LYTA 1HFZA 1LHLA 3LHMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CX7A 4H90A 2HTXA 3LZ2A 1KY0A 5I4XA 1QUTA 1L40A 1G7MC 4LT3A 1L45A 5L3IA 2BQCA 1C60A 247LA 231LA 1L51A 4G9SA 1FKQA 4NEBA 3TMXA 1FDLY 2YBMA 1MELL 4BS7A 5FEKA 1L16A 1L97A 5KXOA 1L58A 4W58A 4KPMA 2BLYA 1LI3A 1T8AA 5KKIA 3GUIA 2ZWBA 4I7OA 2ZILA 2XBSA 1L92A 1QDTA 1CX6A 1QT4A 1OUBA 3HTGA 4CJ2A 2OU8A 1G07A 4LT2A 3DN8A 3OE0A 4I7MA 1BVKC 1JJ3A 1LJEA 112LA 1GF6A 3CDQA 1NDMC 1C6NA 1L42A 5KXYA 1C68A 1B7SA 3OE8A 5F14A 189LA 4Z41A 5B1GA 1LCNA 3C80A 1IWYA 1YL0X 2HEDA 5DN5A 1L29A 3V2WA 4O34A 210LA 4NSJA 2B75A 1BB4A 180LA 3QNGA 1XSFA 4KT3A 109LA 1GB8A 1L80A 3WMKA 1LSFA 3W6DA 5L3HA 131LA 3AJNA 2Z12A 111LA 1LWGA 1B7OA 246LA 1BGIA 4G4BA 3LZMA 4CFPA 191LA 1FBIX 3GUOA 3MGWA 1LZGA 1FLUA 1LYJA 4LDOA 1YKZX 1C64A 4XENA 4EPFA 4GBRB 5M1YA 1D3NA 5DN4A 3P64A 1IY3A 1FLYA 1JKBA 2LCBA 3RU5A 4LDLA 3WUAA 3HT8A 2XTHA 5B1FA 3GUNA 3DKEX 5LVGA 2DBTA 2XBRA 4TSCA 4H9CA 205LA 4X3BA 4EMNA 212LA 3RW8A 232LA 1LJKA 3FI7A 1LKRA 4G4CA 1LZ6A 4W53A 4XN6A 4ZFPA 2F2QA 115LA 2RB2X 1QUDA 1QTZA 2MEAA 3P68A 4NSGA 1E8LA 152LA 1QT3A 1D0MA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CQL A;  1LSY A;  1IR7 A;  1GXV 2;  2LHM A;  4H90 A;  2HTX A;  3LZ2 A;  5C6L A;  2B5Z A;  2CDS A;  5I4X A;  1QUT A;  3CB7 A;  1G7M C;  1JTP L;  1C7P A;  1MLC E;  4LT3 A;  4YEO A;  3BKH A;  1REY A;  5L3I A;  1C45 A;  2BQC A;  4YOP A;  1GFT A;  1LMC A;  1IP6 A;  4NHQ A;  3WPJ A;  2F4A A;  5E9R A;  1JTT L;  1NWG A;  4G9S A;  4HV1 A;  3RNX A;  6LYZ A;  1FKQ A;  4NEB A;  3TMX A;  1FDL Y;  1LSN A;  2YBM A;  5FEL A;  1MEL L;  4H1P A;  4BS7 A;  1GFE A;  5HMV A;  5FEK A;  2MEH A;  4OW1 A;  5J7C A;  5KXO A;  1LSM A;  4KPM A;  1RE2 A;  1UIE A;  4RDS A;  5A3Z A;  2BLY A;  4NWH A;  3CSZ A;  4XJH A;  4W94 A;  1GD6 A;  5KKI A;  1DI5 A;  1JIT A;  2ZWB A;  1KIR C;  1JTO L;  3N9E A;  1B5U A;  3AW7 A;  2ZIL A;  3RZ4 A;  2DQH Y;  4B4E A;  2XBS A;  2BQI A;  1BB6 A;  1QDT A;  1LHK A;  2CWI A;  1OUB A;  1PZY A;  2FYD A;  1LSD A;  4CJ2 A;  3LYM A;  4LT2 A;  3TXH A;  2DQC Y;  2DQE Y;  4H8Y A;  3TXK A;  1IR9 A;  5LAG A;  1QSA A;  1BVK C;  3ATO A;  1ALC A;  1JJ3 A;  1IO5 A;  5I53 A;  4C5F A;  1LJE A;  2MEE A;  5C6J A; 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 1BB3 A;  4CHX A;  4DC4 A;  2C8O A;  3A6B Y;  1GB2 A;  1LJG A;  1VAU A;  4J1A A;  4NG1 A;  1GF7 A;  2W1L A;  4BAD A;  2G4N A;  1LHJ A;  1GE3 A;  1LJJ A;  2YBL A;  4QDN A;  1LZC A;  1LSA A;  1XGT C;  3QY4 A;  1IOR A;  4LZT A;  1IC5 Y;  4UWV A;  3E3D A;  4FDY A;  4PRU A;  1CKH A;  3LYO A;  1CKD A;  1DQJ C;  1FN5 A;  1QDR A;  4WMG A;  4WOA A;  3W6A A;  1LZ5 A;  1VDS A;  5KXW A;  1NKH A;  4H8Z A;  1IOC A;  3A34 A;  5HNC A;  4NGZ A;  1UIB A;  4DT3 A;  4L41 A;  1UID A;  1B7L A;  1YAQ A;  1LOZ A;  2CGI A;  4OWB A;  1BWJ A;  4HPE A;  2YVB A;  1GE1 A;  4DD9 A;  4U3X B;  1TBY A;  3WXT A;  2MEB A;  1GDW A;  4AXT A;  1UIG A;  1LZN A;  1WQM A;  1I56 A;  5F9U A;  2W1M A;  4HPI A;  4XJD A;  3P4Z A;  4HSF A;  4ETA A;  4PGJ B;  5F81 A;  1JPO A;  5B07 A;  1IR8 A;  1RI8 B;  4LYB A;  4WL7 A;  1C43 A;  1YIL A;  5HNL A;  4OWH A;  1NBZ C;  3IJU A;  1LZD A;  2C8P A;  4HTK A;  1FLQ A;  1LJF A;  2BQL A;  4H9H A;  5KXM A;  1LMQ A;  1WTM A;  4MR1 A;  3A91 A;  1A4V A;  4OOO A;  4NWE A;  5B05 A;  4DD3 A;  1IP1 A;  3A94 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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