1XJUA

Crystal structure of secreted inactive form of p1 phage endolysin lyz
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
158
structure length
156
Chain Sequence
RTNQAGLELIGNAEGCRRDPYMCPAGVWTDGIGNGVTPGVRKTDQQIAADWEKNILIAERCINQHFRGKDMPDNAFSAMTSAAFNMGCNSLRTYYSKARGMRVETSIHKWAQKGEWVNMCNHLPDFVNSNGVPLRGLKIRREKERQLCLTGLVNEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Disulfide isomerization after membrane release of its SAR domain activates P1 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage p1
total genus 50
structure length 156
sequence length 158
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1xjuA00
1P5CA 4EJ4A 4I7TA 1L0KA 1ZYTA 1C6DA 236LA 199LA 160LA 3DKEX 1L18A 1L45A 175LA 1LLHA 171LA 4EKQA 1ZURA 138LA 4LDLA 1L40A 2Z6BA 1D3NA 1L80A 1L16A 2B72A 3GUNA 1L71A 150LA 252LA 1C6EA 3C82A 3DMZA 3GUPA 4I7JA 145LA 3V2WA 220LA 3SB9A 2LZMA 3G3VA 2RH1A 152LA 180LA 2NTHA 1L12A 1QUHA 2O7AA 2OU9A 1L83A 144LA 1EPYA 2L78A 3L2XA 2OU0X 114LA 3HTDA 4ARJA 4I7SA 165LA 1L43A 215LA 1LGWA 1QT6A 219LA 122LA 249LA 3HT6A 1L21A 1LGUA 238LA 1LWKA 2OTYX 1T8FA 1LGXA 1PQOA 141LA 2OEAX 3HU9A 3HUQA 177LA 221LA 3DN2A 6LZMA 1P36A 253LA 1L93A 1DYEA 1QUDA 5I14A 213LA 3UONA 1D3FA 162LA 1LW9A 1LI6A 1KW7A 3HTGA 1L08A 3HH5A 3DN6A 2ANVA 128LA 2F32A 1L62A 3OE6A 4DKLA 103LA 1L75A 1L48A 3DN3A 3JR6A 1LYHA 1KY1A 167LA 2RAYX 118LA 1OVKA 3CDVA 1P7SA 1L68A 1P6YA 3ODUA 1SSYA 2OTZX 2QB0B 1XJTA 130LA 4W51A 1L58A 110LA 1L26A 2B70A 2IGCA 1L87A 2B7XA 168LA 1I6SA 2RBRA 104LA 191LA 3LZMA 239LA 4LDEA 1L95A 1KNIA 1G0LA 3GUOA 1C60A 1C6BA 1QTVA 197LA 1G0MA 1L09A 3DN8A 140LA 1L24A 1LI2A 3SB7A 3C83A 211LA 2RB2X 1OVHA 1C65A 3HT9A 257LA 163LA 1L76A 2RBPA 1B6IA 2RBSA 226LA 2OE7X 1L66A 1C6AA 1PQIA 1L96A 161LA 1CU0A 1OVJA 1P64A 4I7MA 192LA 231LA 1C69A 176LA 2B6YA 2OU8A 225LA 232LA 1NHBA 185LA 195LA 1SSWA 4W58A 1C6JA 1L86A 1QSQA 4W57A 115LA 1L29A 1QUOA 172LA 1P2LA 1L53A 137LA 1L10A 216LA 1G0PA 228LA 224LA 3G3XA 111LA 4I7RA 254LA 1T8GA 1WTHA 1L59A 196LA 2RB1X 4AQNA 227LA 251LA 129LA 1L50A 174LA 186LA 1G07A 3FI5A 1D2YA 3G3WA 1QTZA 1C6KA 217LA 187LA 1C6CA 3GUJA 1XEPA 1L03A 237LA 4ARQB 1CU5A 3C8QA 4I7NA 3HT8A 190LA 112LA 1L46A 3F9LA 1L00A 1QT4A 170LA 183LA 1OV5A 1OWYA 1SX2A 2RBOA 1JQUA 3L64A 4ARQA 5LZMA 2Q9DA 3FADA 1L01A 1L64A 1L61A 2RAZX 1L17A 250LA 1QTDA 1LYJA 1C66A 1G0GA 2CUUA 4I7KA 4YXCA 1C64A 1L97A 4I7LA 1L52A 4EKPA 4EPIA 3DMVA 245LA 159LA 1L57A 206LA 3SBBC 4W54A 2F47A 1L47A 1L69A 1T97A 1L63A 1L94A 125LA 4OO9A 198LA 243LA 214LA 3VW7A 1L15A 248LA 4EKRA 4EPFA 3V2YA 230LA 2B6ZA 1L02A 1L31A 3DN4A 1C6NA 4ARMB 201LA 1G0KA 1L82A 2LC9A 3CDTA 108LA 3HU8A 3OE9A 1CV5A 1C62A 261LA 244LA 1CU3A 1P37A 169LA 3DN0A 1P3NA 235LA 1L92A 3NY9A 4ARMA 1PQDA 260LA 1CV3A 1L91A 1L89A 3HH3A 1L22A 3SB8A 1QTCA 3HH6A 1CVKA 1CUQA 3SBAA 1PQKA 1C6MA 1CV1A 181LA 246LA 3DMXA 4ZPUA 1L73A 1L37A 1G1WA 1L51A 247LA 233LA 1LI3A 3GULA 4ARPA 234LA 241LA 1LYFA 1L14A 1T8AA 2HUMA 212LA 3HDEA 1CX7A 3SB6A 1D9WA 1KS3A 1K28A 1L35A 1DYFA 2B6XA 151LA 157LA 3CDRA 3PDSA 119LA 1L67A 1L34A 1XJUA 1SWYA 1DYAA 256LA 1CX6A 1C6TA 3NY8A 182LA 4LZMA 3F8VA 1OV7A 2B6WA 4I7OA 2B74A 1L56A 1CV0A 3GUKA 1T6HA 1CV4A 1SX7A 1CU6A 1LWGA 3RZEA 2RBQA 209LA 1QS9A 2F2QA 131LA 1CTWA 1L11A 1LYEA 149LA 1L77A 1D2WA 1L65A 1QSBA 1L49A 4K5YA 1L33A 4DJHA 3HUAA 242LA 1QT3A 158LA 4EKSA 1L41A 1P2RA 229LA 127LA 4ARLA 1L0JA 3K2RA 1L27A 139LA 3C7WA 126LA 259LA 4GRVA 4YXAC 1G0JA 1TLAA 2B73A 148LE 142LA 4YX7C 1DYBA 1C6GA 143LA 3OE0A 1L23A 1L30A 1C6IA 4W53A 4W52A 1L20A 1PQJA 2QARC 4PJZA 3C8RA 1L28A 1C63A 1G1VA 205LA 1L88A 4W55A 1L90A 1QTBA 1OYUA 1JTNA 258LA 240LA 102LA 255LA 2ANXA 1QT5A 166LA 109LA 107LA 2HULA 3C7YA 123LA 1QT8A 1C6LA 2LCBA 3QAKA 1G0QA 1PQMA 4E97A 1D3JA 2A4TA 173LA 1QUGA 3HT7A 1L32A 1L70A 1L07A 113LA 3HUKA 1L54A 1QS5A 1G06A 1L81A 189LA 1KW5A 3SN6R 2O79A 3C81A 188LA 2B75A 2OE4X 3C7ZA 120LA 1L13A 164LA 1L36A 222LA 1P56A 3CDQA 1ZWNA 1LYDA 1C6PA 3EMLA 4DAJA 3FA0A 1L38A 1LPYA 1L79A 1L04A 1CUPA 1LYGA 1C61A 1P46A 218LA 1DYGA 262LA 4I7PA 210LA 1L84A 1CU2A 4IAPA 3PBLA 1L39A 156LA 3SB5A 3OE8A 1C6HA 1L99A 1CV6A 1KY0A 4I7QA 146LA 1QTHA 2OE9X 4PK0A 1OWZA 1C68A 4EXMA 3HWLA 1L42A 1C6QA 1L85A 1L98A 2Q9EA 4GBRB 2NTGA 3D4SA 147LA 1DYDA 1L05A 3DN1A 2B6TA 1SWZA 1L06A 178LA 3HH4A 2RBNA 2HUKA 3RUNA 1L72A 1LYIA 3HDFA 4LDOA 1C6FA 1L25A 1L44A 1QT7A 200LA 223LA 3DNAA 184LA 2RB0X 3HTFA 1C67A 4W59A 3GUMA 3HTBA 1D3MA 3C80A 1L19A 1JTMA 1L60A 4W56A 155LA 2O4WA 3C8SA 1L74A 3GUIA 7LZMA 3CDOA 3NYAA 4S0WA 1L55A 1DYCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EJ4A 3AJNA 3HBDA 2LHMA 4WM6A 4LYZA 1DI4A 153LA 1GF5A 199LA 3DKEX 1L45A 2IHLA 1LLHA 1YAQA 1HELA 171LA 1ZURA 5M1YA 2Z6BA 2B72A 3GUNA 150LA 1DKJA 252LA 1UUZC 3C82A 2BQNA 2HTXA 4LT0A 3GUPA 3TXBA 1CKHA 3V2WA 1BWJA 4NSHA 4DD3A 4HJYA 1UIEA 2LZMA 1YKXX 4YM8A 2RH1A 152LA 180LA 5E4PA 1F6SA 4J1BA 2HEEA 1LOZA 2L78A 4WG7A 2G4QA 2BAAA 3HTDA 4DQJA 2BQFA 1AT5A 165LA 4NGVA 4HTKA 4G4CA 2BQCA 5B1GA 238LA 2EPEA 3GXRA 2BQAA 4J1AA 4N1CC 1LZGA 4NSJA 3SP3A 2BQOA 2D4IA 1YL0X 3B6LA 5LVIA 3HUQA 1WQRA 4H8ZA 2FBBA 1J1OY 1OUFA 1WTMA 4DD2A 4UWUA 2F32A 3A3RX 3W6CA 4N5RA 118LA 2DBTA 2BQLA 1IP7A 1GB0A 3ODUA 3AZ5A 2OTZX 2QB0B 1XJTA 1DZBX 4W51A 2BQBA 1L58A 2IGCA 1L26A 1L87A 168LA 3LZ2A 1I6SA 104LA 1QDTA 1B5ZA 1L95A 1TEWA 3BKHA 1B7SA 1LKRA 1L24A 4OWEA 1H6MA 4IASA 1OVHA 1IEEA 163LA 3TMXA 1GDXA 226LA 2OE7X 1C6AA 1HFZA 231LA 1IOCA 1LMQA 3B0IA 3B72A 3ZEKA 1DPXA 4W58A 5APDA 1CJ6A 137LA 1L10A 5KXRA 1TCYA 1GE4A 3G3XA 2CJLA 1JISA 5LA5A 3AZ7A 3WUMA 1NMMA 1QDRA 129LA 4H9BA 5KXTA 1FBIX 3LHMA 1GF4A 2ZYCA 1G7HC 5KXMA 1D6QA 1HFXA 2DQAA 1L03A 1D0KA 4W94A 3A34A 4ARQB 1N4FA 3C8QA 1Z55A 4I7NA 112LA 1L00A 183LA 1BWHA 1SX2A 4G49A 4XYYA 5F81A 5LZMA 1OUIA 250LA 1B7NA 4GCEA 1L52A 1JWRA 3DMVA 3EXDA 1GXXA 1L57A 206LA 3SBBC 4WM2A 1L69A 1ZV5L 1T97A 4OO9A 1LJKA 4EKRA 4EPFA 1L31A 1LZ6A 1JKDA 1LMOA 4HP0A 2LC9A 1CV5A 1LJGA 1YAMA 4BADA 244LA 1P3NA 5KXNA 260LA 4KXIA 2C8PA 1L89A 5KJ9A 4H9EA 3P68A 1QTCA 3HH6A 3AZ6A 4B4EA 3K3TA 1C6MA 1CV1A 4WL6A 1F0WA 1VATA 1L37A 1LSDA 247LA 2YVBA 4ARPA 3TXGA 5LVKA 5KXXA 1LYFA 2HUMA 2YBJA 1JJ0A 3A92A 1K28A 4X3BA 2B6XA 3CDRA 4NGKA 1YAOA 3PDSA 1SWYA 1CX6A 3NY8A 1GPQC 1OV7A 1L56A 4DD9A 1QUSA 4QY9A 2DQGY 1JHLA 1GHLA 1LYEA 149LA 2ZILA 1V7TA 4NWEA 1D2WA 1L65A 1IP4A 2ZYPA 5I5QA 1FLQA 4NGYA 3AGIA 4B49A 1P2RA 2C8OA 4J0LA 3IJVA 3K2RA 3C7WA 4QGZA 1LZNA 2BQGA 2H9KA 1RJCB 3E3DA 4GLVA 5JENB 148LE 1GBXA 4XENA 143LA 3OE0A 1GF0A 1B7LA 1B7RA 2BQJA 4YEOA 5KXOA 1L28A 1C63A 4W55A 258LA 1LZ5A 166LA 1O23A 3LYMA 109LA 4GCFA 1BVXA 1LHLA 2LCBA 1FKQA 1SQ2L 4NIJA 1KXYA 1G0QA 4QEQA 1QUGA 1L70A 4HPEA 1QS5A 1G06A 1IX0A 2EIZC 2B75A 5LAFA 1P56A 2D91A 5LIOA 3EMLA 2BQEA 4II8A 4DAJA 1LSFA 3FA0A 1CUPA 262LA 4I7PA 4IAPA 5LVGA 5I4YA 1CKGA 3WULA 3W3EA 3OE8A 1C6HA 1L99A 4NSIA 4LYMA 2Q9EA 1LZRA 1GB5A 1OUHA 1L05A 5FELA 1SWZA 1LTMA 5HMJA 1L72A 1JJ1A 1B5XA 1NBYC 3HDFA 4OWCA 1L44A 1B7MA 1JSEA 1QT7A 200LA 223LA 4U3XB 2RB0X 1D3MA 3WXTA 3WVXA 1BB6A 3LYTA 4D9ZA 4B1AA 3WL2A 4TSCA 1IC4Y 3NYAA 4IJ4A 1VEDA 1WTNA 248LA 1P5CA 5L3HA 1J1PY 1GFEA 1ZYTA 1C6DA 4RW1A 1RI8B 1FKVA 3TMUA 236LA 3AZ4A 3TXFA 3A91A 5IHGA 5FSTA 1L18A 1HENA 2DQEY 3N9AA 138LA 1KIQC 1LJ3A 1D3NA 4XJHA 1C6EA 3ZVQB 1JKAA 4HJZA 1GBOA 3WVYA 3DMZA 1D0MA 4I7JA 2PC2A 4CFOA 220LA 3G3VA 3VWOA 2NTHA 2H9JA 1VFBC 4M6DA 1EPYA 5C6JA 3L2XA 2OU0X 1LHJA 4ARJA 4I7SA 1GB6A 1VDQA 4H94A 4WO9A 219LA 4WOAA 3HT6A 4DQ5A 4LT2A 1LWKA 4LGKA 1LGXA 1PQOA 1WQPA 1NKHA 2MEBA 3A67Y 4N0JA 221LA 3G3AB 6LZMA 1P36A 1C10A 1VDTA 1DYEA 1QUDA 213LA 4PRQA 4WLYA 3UONA 3FI7A 4RLMA 1D3FA 4OOTA 2HEBA 3HTGA 2ANVA 1L62A 1L75A 1L48A 3JR6A 1KY1A 2RAYX 1OVKA 1L68A 4DD1A 1JSFA 1SSYA 3QE8A 5LA8A 2HUBA 130LA 1IOTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4EJ4 A;  3AJN A;  3HBD A;  2LHM A;  4WM6 A;  4LYZ A;  1DI4 A;  153L A;  1GF5 A;  199L A;  3DKE X;  1L45 A;  2IHL A;  1LLH A;  1YAQ A;  1HEL A;  171L A;  1ZUR A;  5M1Y A;  2Z6B A;  2B72 A;  3GUN A;  150L A;  1DKJ A;  252L A;  1UUZ C;  3C82 A;  2BQN A;  2HTX A;  4LT0 A;  3GUP A;  3TXB A;  1CKH A;  3V2W A;  1BWJ A;  4NSH A;  4DD3 A;  4HJY A;  1UIE A;  2LZM A;  1YKX X;  4YM8 A;  2RH1 A;  152L A;  180L A;  5E4P A;  1F6S A;  4J1B A;  2HEE A;  1LOZ A;  2L78 A;  4WG7 A;  2G4Q A;  2BAA A;  3HTD A;  4DQJ A;  2BQF A;  1AT5 A;  165L A;  4NGV A;  4HTK A;  4G4C A;  2BQC A;  5B1G A;  238L A;  2EPE A;  3GXR A;  2BQA A;  4J1A A;  4N1C C;  1LZG A;  4NSJ A;  3SP3 A;  2BQO A;  2D4I A;  1YL0 X;  3B6L A;  5LVI A;  3HUQ A;  1WQR A;  4H8Z A;  2FBB A;  1J1O Y;  1OUF A;  1WTM A;  4DD2 A;  4UWU A;  2F32 A;  3A3R X;  3W6C A;  4N5R A;  118L A;  2DBT A;  2BQL A;  1IP7 A;  1GB0 A;  3ODU A;  3AZ5 A;  2OTZ X;  2QB0 B;  1XJT A;  1DZB X;  4W51 A;  2BQB A;  1L58 A;  2IGC A;  1L26 A;  1L87 A;  168L A;  3LZ2 A;  1I6S A;  104L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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