1YKZX

Effect of alcohols on protein hydration
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of alcohols on protein hydration: crystallographic analysis of hen egg-white lysozyme in the presence of alcohols.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ykzX00
4DD2A 1A4VA 4W96A 4X3BA 3A91A 1YAMA 3TMWA 1AKIA 3CSZA 1WVVA 3WW5A 1OUGA 2AUBA 2HEEA 1LMTA 4J7VA 5KXSA 5AMYA 3P68A 4OOTA 1OUAA 1HELA 4TX7A 4ETDA 3WU8A 5LA5A 3OJPA 5I4YA 3W6EA 1NWGA 4DDCA 2B5ZA 2LYZA 5IDDA 1FLQA 4HV2A 3RU5A 5F14A 2MEDA 2MEHA 4WG1A 2G4NA 2W1LA 4YM8A 1GD6A 4TSBA 1UBZA 1GB7A 1GF8A 1VDPA 4XJIA 5FELA 1UIFA 5LA8A 5LAGA 1NKHA 1F6RA 2ZNWY 1G7MC 4E3UA 1V7TA 1LJHA 2MEGA 3EMSA 4XN6A 1XEJA 5KXZA 2ZYPA 9LYZA 2DQEY 3A93A 1LOZA 3RT5X 1GBYA 1GE1A 4KT3A 4GCEA 2I6ZA 5LVIA 4ZFPA 5D5CA 134LA 1IR8A 5FDJA 3B72A 1UIBA 5E4PA 1EQ4A 1QUSA 2CWIA 2D4KA 3AGHA 4H8YA 4WM6A 2BAAA 1QIOA 5I54A 1YKYX 4ETCA 4O34A 3QE8A 133LA 1C08C 3CT5A 1QSWA 1RJCB 1B7LA 1UICA 4EMNA 5J7CA 3EO5A 2BQDA 1OQMA 1UIDA 1OUEA 1HERA 4HP0A 4WLDA 4YEMA 4LT3A 1J1XY 1IEEA 5FHWA 1FKVA 1IOCA 3FE0A 2Z38A 4GCDA 3AJNA 4GLVA 4LT2A 1JIYA 3WULA 5EBHA 5KXWA 1LZYA 5C6JA 5APDA 2DQCY 5LYZA 3AGIA 1LZEA 1B7OA 1B5XA 2XTHA 5T3FA 4WLTA 2EPEA 1LJEA 1DPWA 1JHLA 5KXTA 1GB6A 1IO5A 4GN3A 1AT5A 2I25L 2MEFA 4R6CA 1A2YC 1LSPA 1DKJA 1HEMA 1WQRA 2Y8PA 1KXYA 2N5ZA 1C46A 1GF9A 1LZ6A 2D6BA 1D0MA 1LZCA 1LZ9A 2IFFY 2ZQ4A 4AXTA 4GN5C 4QGZA 1HC0A 1JUGA 4B4EA 1IP6A 1W08A 1WTNA 1GF7A 3A90A 4ETAA 3A96A 2XBSA 1JJ1A 5C6IA 3CT1A 3W6CA 5KY1A 2HEBA 1REXA 1YKZX 1JKDA 1NDMC 1YAPA 5B07A 5KXPA 1FLWA 1CJ6A 1VAUA 3P65A 4LYCA 5LVKA 4QY9A 1LSBA 4OWBA 1CKFA 4R0FA 4H9IA 1I1ZA 1CNSA 1J1PY 2YBIA 5A3ZA 2D4JA 1B7NA 1LJKA 2HTXA 3GXKA 4XADA 1CKHA 1OUBA 1CKCA 4J0LA 2BQBA 1LSZA 1C45A 1WQOA 1HF4A 2Z19A 1GE0A 1J1OY 5I5QA 4Z46A 3WU9A 1QQYA 2A7DA 4M6DA 4W94A 3WVXA 2BQLA 3P64A 1HEWA 5HLLA 1HEQA 5APCA 1HFXA 3HBHA 1IX0A 4LT0A 135LA 3A67Y 1OUIA 1NQIA 2ZQ3A 1LZ5A 3GXRA 1OUJA 2BQAA 2ZYCA 4LYTA 2W1MA 3RZ4A 1DI4A 1GFHA 1HMLA 1TAYA 1IR7A 4H9HA 1LSCA 4NGJA 1FLYA 1UIGA 1IP7A 1ZVHL 1BB7A 1LJIA 1GWDA 1XEIA 3K3TA 1LHJA 4XYYA 5KXMA 4YOPA 1G7IC 5ILFA 1HSXA 1IWVA 4WL6A 1IY3A 5I4XA 4XJGA 1LJFA 1LJ3A 2BPUA 1ZV5L 4KPMA 2I26L 2MECA 4MCKA 1GAZA 3BKVA 1GF3A 4NWEA 1HMKA 4WLYA 5FEKA 1LSGA 193LA 1YL0X 1FBIX 1JTOL 2FBDA 2NWDX 4DDAA 5KKIA 2LZ2A 4RLMA 1P2CC 3N9CA 1BGIA 1NHEA 1LYYA 1MELL 5F9UA 2ZIKA 4ZEEA 1ZVYB 3W6BA 194LA 1LMPA 1LZSA 3E3DA 1GB3A 3A6BY 1HNLA 5F81A 3ATNA 1E8LA 4Z41A 3A3QA 3WL2A 2CJLA 4MSTA 4NHSA 2YVBA 3HBDA 2FYDA 1QTEA 4WOAA 1IOTA 5HQ1A 1BWIA 1EQ5A 1LSFA 1F6SA 1UA6Y 1GFTA 2LHMA 3LYTA 4H90A 4KL7A 3IJUA 1SLYA 2HEFA 3J4GA 2YBMA 4IATA 1WQPA 1F10A 1JWRA 3TMUA 3ZVQB 1B7PA 1GB0A 3LZTA 1OUFA 2YBJA 1WQQA 2BQNA 4N9RA 1JJ3A 2YBHA 1GBSA 4TWSA 1G7JC 3TXKA 4ANRA 2BQEA 1UIHA 4J1AA 1JKCA 1LMCA 4BAFA 4TTDA 1DI5A 1BB5A 1GFUA 4IJ4A 3F6ZA 2F30A 4HJZA 3AZ7A 4IASA 3EXDA 4NGKA 2EKSC 5II3A 4LZTA 4LYBA 5LIOA 1GDXA 1GBZA 1AZFA 1YQVY 4I8SA 3T36A 5KKJA 2BQMA 4H8ZA 1IP3A 4Z3MA 1REYA 8LYZA 1LZRA 4HPIA 4D9ZA 1GBXA 2CGIA 1NBZC 1I56A 1HFYA 2DKVA 4G4BA 2H9JA 4B49A 4NHTA 4BAPA 4BS7A 1JITA 4CHXA 4OOOA 4OWHA 1GB2A 3TXEA 4ML7A 4I0CA 1FDLY 1LKRA 4ETBA 5DN5A 3ZVQA 4QDNA 4CJ2A 3B0IA 4TSCA 1T3PA 4ET9A 5DLAA 4EOFA 2FYCA 1KXWA 1JTPL 1LAAA 2LZTA 3CB7A 2Z39A 1IWXA 5F9XA 5HMJA 4NSIA 4C5FA 5KJ9A 1B5ZA 3WVYA 4XJHA 1BB6A 1JSFA 5KXKA 4B4JA 2H5ZA 1RFPA 1Z55A 1B7QA 3WH1A 4HPEA 1HHLA 4B1AA 5JENB 1B5UA 4HTKA 1UIEA 3B0KA 1GAYA 3TXDA 1DQJC 5HMVA 4XJBA 5IELA 2HEAA 3B6LA 5LVHA 4WM4A 1IIZA 3AGGG 1LTMA 2LYMA 3CT0A 1XGRC 1IORA 1YAOA 1V7SA 2Q0MX 1QSAA 1JPOA 1YIKA 2DQGY 1FKQA 1GF0A 4II8A 2CDSA 1HENA 4DD1A 4DD9A 4QEQA 1NMMA 5HNCA 3M18B 4B4IA 1LJGA 4N8ZA 4BADA 1XGPC 1OUDA 1JTTL 3J6KA 1LHIA 1GPQC 4LGKA 3WPLA 4H93A 4WLXA 5LYTA 3AZ4A 4NWHA 1LZ8A 1MLCE 4FDYA 4LYOA 5FSTA 1G7HC 1GXXA 4RW2A 1WQNA 5I4WA 3ULRA 1KIQC 2DQJY 4LYMA 1LHMA 4PRQA 1C10A 4N1EI 7LYZA 4U3XB 5B05A 1OUCA 4NG8A 4NGOA 3TXGA 1IC4Y 1VDSA 1IP5A 1GFAA 5L9JA 1BWJA 3AZ6A 3D3DA 1LSEA 1OP9B 1IOQA 1GE3A 3MGWA 4NFVA 4DD0A 1JKBA 3ATOA 3CQLA 4GCCA 3TXFA 5IHGA 1H87A 1LSNA 2DQDY 2X0AA 4FJRA 4LT1A 4WO6A 1DZBX 1UUZC 3OK0A 3KAMA 3A3RX 1KXXA 1CJ8A 4DWXA 1KIPC 5DL9A 3A92A 1IR9A 1IVMA 154LA 1RI8B 1BHZA 1GFEA 3G3BB 1TEWA 1ALCA 1LJNA 1LZDA 1YKXX 3A6CY 1OUHA 2Z2FA 3CSRA 4WM2A 2C8OA 1LZ4A 1LPIA 5B59A 2FBBA 1B7RA 4NY5A 5F16A 1JKAA 2BLYA 1REZA 4H94A 3AYQA 1YAQA 132LA 1DKKA 1LZTA 4YEOA 2ZILA 3M3UA 3TXJA 1B7SA 3WUAA 5B1FA 5KXYA 3AW7A 2BQOA 1H6MA 2A7FA 3EBAB 2D91A 4GN4A 3LN2A 2G4PA 4NG1A 4XJFA 1B7MA 1GEZA 5LAFA 3QNGA 3W6DA 1REMA 1D0KA 1D9UA 2HU3A 3HBEX 4H9FA 1TBYA 5ILCA 5B06A 4CFOA 5K7OA 4DYGA 4CGEA 3ZEKA 2F4GA 1F0WA 4RLNA 1GE4A 4G4CA 4OWEA 5L3IA 4M4OA 4C3WA 1GFVA 3IJVA 3TMVA 5M1YA 1EQEA 1CJ9A 4XENA 2GV0A 3VWOA 2HUBA 1GFKA 1NF5A 4LFXA 1IWYA 1IC7Y 1LHLA 5KXLA 1LJJA 1LYZA 1VEDA 4H9CA 6LYTA 1GHLA 4DDBA 2HECA 4NHQA 1HEOA 3RNXA 4XJDA 3WPJA 1YANA 3CSQA 5KXXA 3P66A 4A7DA 5FCPA 1B9OA 1W6ZA 2XBRA 4H9BA 5KXOA 1GXV2 4ZIXA 1LZBA 5DN4A 1IP2A 1LZ1A 2DQHY 1B0DA 1DPXA 4RW1A 1WQMA 1LSYA 4L41A 3LHMA 2EIZC 4N5RA 3WUMA 5B1GA 2W1XA 1GFGA 4N0JA 3TMXA 1GB5A 1JISA 1B5VA 1D6QA 1XFPL 1IP4A 4PGJB 1XEKA 4YF2A 1BVXA 1IWTA 1GB8A 2IHLA 1TCYA 1VFBC 3RW8A 1GF5A 153LA 1FLUA 5L3HA 4H9AA 4NEBA 4P2EA 1NDGC 6LYZA 2BQIA 2BQHA 4LFPA 2DQAA 3TXIA 4DC4A 1GEVA 1UCOA 2MEBA 4HV1A 1SQ2L 1LMAA 2WARA 1LJ4A 1C43A 4MR1A 3BKHA 1IY4A 1WVUA 3WUNA 1LMQA 2VB1A 1LYOA 1LKSA 2MEIA 2YBLA 2ZWBA 1AM7A 5I53A 5LVGA 1HEPA 1QTKA 1IP1A 4NGLA 1VDTA 3FI7A 4HTNA 2YDGA 4GCBA 4NSGA 4PJ2C 2DQFC 4PPOA 1LMOA 3P4ZA 4DD7A 3W6AA 5D5FA 3IWRA 4HJYA 4WM3A 1INUA 1WTMA 208LA 3A94A 3WMKA 3WU7A 1B2KA 1PZYA 4H8XA 4AGAA 4J1BA 1IWZA 2H9KA 4WM1A 1D6PA 5C6LA 1LHKA 4N1CC 1LSDA 1GF4A 1XGUC 4UWNA 3LZ2A 2DBTA 4WL7A 3SP3A 1DXJA 5E9RA 1CJ7A 4NHPA 4DD3A 1RCMA 1TDYA 5LINA 2Z12A 1RE2A 3WXUA 1B5WA 1AT6A 4B0DA 4G9SA 3A8ZA 1QDTA 1GF6A 1NBYC 3LYOA 4RDSA 2BQJA 3LYMA 2HU1A 1BVKC 1QDRA 3WPKA 1LSAA 4NHIA 1EL1A 2ZIJA 2D4IA 1XGQC 1LZNA 3D9AC 2BLXA 1D0LA 3QY4A 4G4HA 2C8PA 1LCNA 1LZGA 2YSSC 3LYZA 1PS5A 4NGWA 1LYSA 1LMNA 4CFPA 1LSMA 1UACY 3A95A 4H92A 2Z18A 2BQFA 1G7LC 1GBWA 4PHIA 5LVJA 1T6VL 2G4QA 3G3AB 1JJ0A 3N9AA 4ETEA 1BQLY 1DI3A 1YL1X 1YILA 4NGIA 1GE2A 1N4FA 4NSJA 4OWAA 1O23A 4HSFA 1YROA 4OWCA 1IWUA 2DQIY 3AZ5A 4H91A 4HJVA 4OW1A 1GB9A 3WW6A 4NGYA 1VATA 4NIJA 4NGZA 3AW6A 3AB6A 1C7PA 1QUTA 2EQLA 1GFJA 4UWVA 1FN5A 5A3EA 2XJWA 3N9EA 3W6FA 2BQKA 4WO9A 4TUNA 2F4AA 2LYOA 4H1PA 2ZNXY 1I20A 1B5YA 2F2NA 2HEDA 2MEAA 4KXIA 4NGVA 1XSFA 5LYMA 3B0OA 4LYZA 4HTQA 2MEEA 1LHHA 1LZAA 1VDQA 5DM9A 1UIAA 1ZMYL 1IC5Y 4WMGA 5HNLA 1BWHA 1CKDA 1KIRC 4GCFA 1GBOA 1GFRA 4PRUA 1BB3A 1JEFA 2YBNA 1XGTC 1JSEA 3T6UA 1IOSA 3A34A 2RSCA 4WM5A 1BB4A 2Z2EA 5KXNA 3TXBA 3WYHA 1HFZA 3TXHA 3W3EA 4G49A 4Z98A 2W1YA 4H9EA 1HSWA 4GLAA 207LA 5APEA 2BQGA 4YENA 4DT3A 4NSHA 1CKGA 1UC0A 2PC2A 3HFMY 5LXWA 2BQCA 4UWUA 1GDWA 3WXTA 5APFA 5KXRA 1IWWA 4WG7A 2Z37A 4ET8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QB0B 1L49A 4X3BA 3A91A 1AKIA 3C7YA 1OVHA 2AUBA 3SB5A 3LZMA 4LDEA 1L26A 3P68A 3DKEX 2B5ZA 5IDDA 1FLQA 3HH3A 1L82A 1LGWA 183LA 4XJIA 5FELA 2CUUA 1G7MC 9LYZA 3V2YA 3A93A 5LVIA 4ZFPA 1L43A 5D5CA 5FDJA 103LA 1UIBA 1L96A 5I54A 2D4KA 2BAAA 1YKYX 4ETCA 4I7TA 3QE8A 133LA 1C08C 3CT5A 1QSWA 1B7LA 1L24A 1UICA 3EO5A 3GUNA 2BQDA 3DMXA 259LA 4YEMA 3GUKA 1J1XY 1IEEA 1L83A 1FKVA 1IOCA 3AJNA 3WULA 1LZYA 5C6JA 2DQCY 249LA 3SBBC 3AGIA 1B5XA 104LA 1OWYA 1DPWA 1JHLA 1IO5A 4ARJA 1GF9A 1LZCA 1L37A 4GN5C 162LA 3SB8A 1HC0A 1JUGA 1WTNA 3A96A 3W6CA 2HEBA 2RH1A 2OE9X 144LA 4QY9A 1FLWA 189LA 1C6LA 1CNSA 1J1PY 1L98A 4W59A 155LA 205LA 4XADA 3HWLA 4J0LA 1C45A 3HUAA 1HF4A 3SB7A 3WU9A 1QQYA 4M6DA 5HLLA 5APCA 1L90A 1LGXA 4LYTA 1HMLA 1G06A 1UIGA 1ZVHL 3K3TA 3HT8A 1HSXA 1IWVA 4WL6A 1LWKA 1L48A 1LJFA 1LJ3A 1C66A 2I26L 2MECA 4MCKA 1GAZA 198LA 1HMKA 139LA 1DYDA 102LA 2B74A 1P2CC 1MELL 5F9UA 261LA 1L14A 2Z6BA 5F81A 1L01A 3WL2A 2CJLA 4GRVA 1DYFA 1QTEA 1BWIA 4KL7A 1GFTA 2YBMA 1L39A 3LZTA 4PJZA 1OUFA 1WQQA 2BQNA 156LA 2BQEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DD2 A;  1A4V A;  4W96 A;  4X3B A;  3A91 A;  1YAM A;  3TMW A;  1AKI A;  3CSZ A;  1WVV A;  3WW5 A;  1OUG A;  2AUB A;  2HEE A;  1LMT A;  4J7V A;  5KXS A;  5AMY A;  3P68 A;  4OOT A;  1OUA A;  1HEL A;  4TX7 A;  4ETD A;  3WU8 A;  5LA5 A;  3OJP A;  5I4Y A;  3W6E A;  1NWG A;  4DDC A;  2B5Z A;  2LYZ A;  5IDD A;  1FLQ A;  4HV2 A;  3RU5 A;  5F14 A;  2MED A;  2MEH A;  4WG1 A;  2G4N A;  2W1L A;  4YM8 A;  1GD6 A;  4TSB A;  1UBZ A;  1GB7 A;  1GF8 A;  1VDP A;  4XJI A;  5FEL A;  1UIF A;  5LA8 A;  5LAG A;  1NKH A;  1F6R A;  2ZNW Y;  1G7M C;  4E3U A;  1V7T A;  1LJH A;  2MEG A;  3EMS A;  4XN6 A;  1XEJ A;  5KXZ A;  2ZYP A;  9LYZ A;  2DQE Y;  3A93 A;  1LOZ A;  3RT5 X;  1GBY A;  1GE1 A;  4KT3 A;  4GCE A;  2I6Z A;  5LVI A;  4ZFP A;  5D5C A;  134L A;  1IR8 A;  5FDJ A;  3B72 A;  1UIB A;  5E4P A;  1EQ4 A;  1QUS A;  2CWI A;  2D4K A;  3AGH A;  4H8Y A;  4WM6 A;  2BAA A;  1QIO A;  5I54 A;  1YKY X;  4ETC A;  4O34 A;  3QE8 A;  133L A;  1C08 C;  3CT5 A;  1QSW A;  1RJC B;  1B7L A;  1UIC A;  4EMN A;  5J7C A;  3EO5 A;  2BQD A; 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 2BLX A;  1D0L A;  3QY4 A;  4G4H A;  2C8P A;  1LCN A;  1LZG A;  2YSS C;  3LYZ A;  1PS5 A;  4NGW A;  1LYS A;  1LMN A;  4CFP A;  1LSM A;  1UAC Y;  3A95 A;  4H92 A;  2Z18 A;  2BQF A;  1G7L C;  1GBW A;  4PHI A;  5LVJ A;  1T6V L;  2G4Q A;  3G3A B;  1JJ0 A;  3N9A A;  4ETE A;  1BQL Y;  1DI3 A;  1YL1 X;  1YIL A;  4NGI A;  1GE2 A;  1N4F A;  4NSJ A;  4OWA A;  1O23 A;  4HSF A;  1YRO A;  4OWC A;  1IWU A;  2DQI Y;  3AZ5 A;  4H91 A;  4HJV A;  4OW1 A;  1GB9 A;  3WW6 A;  4NGY A;  1VAT A;  4NIJ A;  4NGZ A;  3AW6 A;  3AB6 A;  1C7P A;  1QUT A;  2EQL A;  1GFJ A;  4UWV A;  1FN5 A;  5A3E A;  2XJW A;  3N9E A;  3W6F A;  2BQK A;  4WO9 A;  4TUN A;  2F4A A;  2LYO A;  4H1P A;  2ZNX Y;  1I20 A;  1B5Y A;  2F2N A;  2HED A;  2MEA A;  4KXI A;  4NGV A;  1XSF A;  5LYM A;  3B0O A;  4LYZ A;  4HTQ A;  2MEE A;  1LHH A;  1LZA A;  1VDQ A;  5DM9 A;  1UIA A;  1ZMY L;  1IC5 Y;  4WMG A;  5HNL A;  1BWH A;  1CKD A;  1KIR C;  4GCF A;  1GBO A;  1GFR A;  4PRU A;  1BB3 A;  1JEF A;  2YBN A;  1XGT C;  1JSE A;  3T6U A;  1IOS A;  3A34 A;  2RSC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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