1YL1X

Effect of alcohols on protein hydration
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Effect of alcohols on protein hydration: crystallographic analysis of hen egg-white lysozyme in the presence of alcohols.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1yl1X00
2WARA 5KY1A 1GE4A 2MEDA 1KIQC 1N4FA 4XENA 4QDNA 2Z2FA 2HECA 3LYZA 1J1OY 1IOSA 4LT1A 2BQOA 2HEDA 4YOPA 5KXNA 2N5ZA 1IP4A 3WMKA 1HF4A 3EO5A 4WL6A 1B0DA 3WL2A 2BQNA 2XTHA 4J1BA 4QGZA 1CJ7A 1XGUC 4W94A 5E4PA 1OUCA 1LMAA 2YDGA 4TTDA 4BADA 3GXRA 2BQDA 4NEBA 4C5FA 3M3UA 3WH1A 4H94A 1GHLA 1MELL 4H8XA 2D4KA 1IEEA 4GLVA 3A6BY 3QE8A 1LMQA 4H9AA 4J1AA 4ETEA 4LZTA 1F0WA 1HNLA 2EKSC 1LSCA 1YL1X 1G7JC 2BQKA 4WM6A 3A96A 1IP6A 1VDPA 1GDXA 2YBIA 4ET9A 4LT2A 1VATA 3A3QA 3AGGG 2Z37A 4HJZA 5F9XA 4B4JA 1IVMA 2IHLA 4NGWA 1TEWA 1YILA 4WO6A 3B0IA 5M1YA 1LPIA 2H9JA 1JJ3A 1LZCA 3W6AA 2DQEY 3A3RX 1B7LA 1DI4A 5E9RA 5HNCA 4OWHA 4AXTA 4R0FA 1LJNA 1B5YA 2Q0MX 4CFPA 4KPMA 3TXDA 1O23A 1RFPA 1UIBA 2GV0A 4H8ZA 4KXIA 1JTTL 1IP7A 4MCKA 4G4CA 1B7OA 1LSDA 2DQFC 3TXIA 4II8A 1JHLA 5KJ9A 5EBHA 2EIZC 1IY3A 1FN5A 3AZ5A 5FCPA 2ZNXY 4ETBA 4HPEA 4C3WA 4R6CA 2F4GA 1B5ZA 2PC2A 1NF5A 2BQEA 4OOOA 1HFXA 1P2CC 5F9UA 4XJIA 2C8PA 1GDWA 5HNLA 3WU7A 1C45A 1EL1A 3AZ4A 1B7SA 5FSTA 1AM7A 1QTEA 1JKAA 1LMNA 2Z39A 3AW7A 4NFVA 5LVGA 3AGIA 5LYTA 1YAPA 1GFGA 1KXYA 2LYOA 5KXYA 4NWEA 1OUBA 1OUAA 2D4IA 2MEHA 4H1PA 1JPOA 1GFHA 5IELA 5A3ZA 1RE2A 1REMA 1HEOA 2G4PA 2H9KA 2YBNA 5J7CA 3LYTA 3TMVA 1QSWA 1IP2A 5I5QA 1QUTA 1LZGA 1H87A 3WVYA 2D4JA 1IWYA 1AKIA 3WVXA 4ML7A 3A67Y 1LMPA 4EMNA 4NSJA 5LAGA 2Z38A 4M6DA 4ET8A 1PZYA 5B06A 4XJGA 4GN5C 1GE1A 1LSPA 1A4VA 1LZSA 1WQNA 1OUEA 1XSFA 4G9SA 4DD3A 1VDQA 1LZYA 4J0LA 3ATNA 3BKHA 4X3BA 1GE2A 3LHMA 5A3EA 4WM2A 5KXOA 2LYZA 1T6VL 1LHJA 3LZTA 3SP3A 2ZWBA 5KXSA 1LSYA 1LHHA 2CGIA 5B05A 1LHLA 2Y8PA 3E3DA 4H9IA 1DQJC 1GFEA 1IP5A 4PGJB 4NHTA 5LA5A 1WTNA 2B5ZA 2BQFA 1LZ5A 1QDTA 4TWSA 1F10A 1GB5A 194LA 2DQDY 4NHIA 1XEKA 1XGPC 1FDLY 1GB9A 1XGQC 2DQHY 4RDSA 3A95A 1JKBA 1FLUA 1YQVY 2MEIA 1LMOA 1LJ4A 2I26L 1BB7A 5L9JA 1GFUA 1J1XY 5LYMA 1JKDA 3W6FA 2X0AA 4OW1A 3VWOA 4NSIA 1BWJA 1YKZX 4H9EA 1LYYA 5I4WA 1H6MA 4CJ2A 4HJVA 1UIAA 2IFFY 1GF6A 2BQJA 4IJ4A 4TSCA 1VDSA 4WG7A 4A7DA 2BQGA 5FHWA 2D6BA 2HEAA 1REZA 4HV2A 1YKYX 1ZMYL 2BLYA 1KXWA 1LSAA 5F14A 4XJDA 2VB1A 1D6QA 4NGVA 1WQQA 1ZVHL 4OWEA 1JJ1A 2YBJA 1LYOA 1DI3A 2HU1A 2LYMA 1LHMA 1B7RA 1LJ3A 2F30A 3A90A 3A93A 4NGKA 1T3PA 1BHZA 1IIZA 2HEBA 1CNSA 4WLTA 4LYOA 4Z41A 4H9CA 1G7HC 4GLAA 3HFMY 5HLLA 1CKHA 4HV1A 1NDGC 5LA8A 4TSBA 3F6ZA 1INUA 1CKFA 1QUSA 2ZIKA 5B1GA 2MEFA 5I4XA 4NHPA 1GBWA 1LZNA 4XJHA 4XJBA 4NSHA 1UIFA 1BWHA 3A94A 5B59A 3A6CY 134LA 4XYYA 2BQAA 4G4HA 1WTMA 1OUGA 5ILCA 5I54A 1LZRA 1NHEA 207LA 1E8LA 4H8YA 135LA 3ZVQA 2Z18A 1VEDA 2ZIJA 1D6PA 4NHQA 5KKIA 1LCNA 2FYCA 4WO9A 4LYBA 3EXDA 2CDSA 1NQIA 1KIRC 1MLCE 3TXBA 4ZIXA 4BAFA 4U3XB 2BQLA 6LYTA 1FLWA 3ATOA 4ETDA 1C08C 4XJFA 1IWUA 4LFXA 4QY9A 3ZEKA 4DD0A 4OWAA 3G3BB 2ZYCA 5LYZA 2YBLA 4WLDA 4D9ZA 1NBZC 4Z46A 2W1MA 3AJNA 1FKVA 5LVIA 1REYA 1LZ1A 4PJ2C 3TXGA 3G3AB 1W08A 1GB7A 3WPKA 5C6JA 2BQBA 1LSZA 3CT0A 1LJEA 5FELA 1GB0A 1WQOA 3QY4A 1GBOA 4OWCA 2ZILA 1GB8A 3BKVA 1B5WA 2EQLA 4PPOA 1YANA 1B7PA 4DDCA 4N1EI 1TBYA 1FKQA 1LAAA 5LVJA 1J1PY 5B07A 1D9UA 1UCOA 3J4GA 3WUMA 1LJKA 1HHLA 4WLYA 1CJ9A 1GFTA 1GD6A 1GXV2 3CSZA 4WLXA 4N5RA 1FBIX 4LYZA 5KXZA 4HPIA 5HQ1A 4GCBA 1NWGA 1JTPL 4W96A 3QNGA 4RW2A 1LSBA 4NHSA 1GAYA 4B0DA 3ULRA 1JISA 2F2NA 4WM3A 2DKVA 1KXXA 1GBXA 2W1LA 3AZ6A 3W6CA 4HTQA 9LYZA 2CJLA 1JITA 3IJUA 1LZAA 4NGLA 1HFYA 2ZNWY 1LZ4A 193LA 2MEBA 4WL7A 3FE0A 1HMKA 1HC0A 4I0CA 4YF2A 3AYQA 1W6ZA 5DN4A 2MEAA 2BQIA 3B0OA 1WVVA 1Z55A 2HU3A 1G7MC 2FYDA 4DT3A 2XBSA 1LJHA 1LHKA 1SQ2L 5L3HA 1EQEA 4DYGA 1DPXA 7LYZA 1XFPL 1YAMA 5II3A 2Z12A 4H90A 5HMVA 133LA 1JJ0A 1GB3A 1DZBX 3J6KA 4LGKA 4PRUA 5LAFA 4H91A 4ZEEA 1CKCA 4LFPA 1JWRA 1LJGA 4MSTA 4DDBA 1LOZA 3TMWA 2A7DA 1IOCA 1GF0A 4HTNA 4NGJA 4PHIA 4M4OA 4DD7A 4WM1A 1B7QA 1LZDA 4B4EA 5C6LA 5IHGA 4DD1A 4O34A 2D91A 1OUIA 4LYCA 1YKXX 1IORA 1GF3A 4ETCA 5KXLA 1A2YC 1IY4A 4G49A 3CQLA 3WXTA 4OWBA 5FDJA 3W6DA 3WPJA 1CKGA 1YL0X 1JEFA 1IR7A 4GN4A 5C6IA 5LIOA 1G7IC 1GFAA 1ZVYB 4H9HA 1IWTA 1LZ9A 1XEJA 5APCA 3OK0A 2BQHA 4WOAA 1UIEA 3HBDA 4CFOA 1BGIA 4TUNA 4NGYA 4PRQA 5L3IA 4DD9A 1C43A 1JSFA 1LKRA 2NWDX 3LN2A 1JTOL 1YAQA 2A7FA 1HSWA 1HEWA 1B5UA 2HUBA 4FDYA 4OOTA 1GXXA 5DL9A 4CHXA 1IX0A 5LVHA 3LYOA 1EQ5A 4KT3A 1HEPA 1JSEA 1LKSA 1LYZA 2LHMA 4YEOA 3WUNA 8LYZA 5B1FA 1OP9B 3N9AA 2LZTA 1GF8A 4QEQA 5LINA 1REXA 3EMSA 3LYMA 1IOTA 2DQIY 2I25L 2YVBA 4WG1A 3RT5X 4B49A 4HP0A 1WQPA 3D3DA 4I8SA 3N9EA 1CJ8A 4GN3A 2BAAA 4AGAA 1DKKA 1WQMA 1B5XA 5I53A 4IATA 5IDDA 1IWXA 4TX7A 1XEIA 4DC4A 1VFBC 1LZBA 4UWUA 1GFKA 4GCFA 1UA6Y 1YROA 1GPQC 2MEEA 2ZQ3A 4NGZA 3MGWA 1TAYA 1UIDA 4NWHA 2DQCY 4WM4A 1YAOA 2BQMA 5D5CA 3A91A 1LSGA 4FJRA 3WXUA 1BB6A 4GCCA 1GFJA 1BWIA 5FEKA 1C7PA 1LZ8A 3GXKA 1HSXA 1IC5Y 1GBZA 2XJWA 4IASA 4MR1A 1IR9A 5DLAA 3A34A 5LVKA 3CSRA 2BQCA 3RU5A 1GF7A 2C8OA 2AUBA 5F16A 2HEFA 1GF9A 3EBAB 4UWVA 4HTKA 1LSNA 3TXEA 1ALCA 4RLNA 3N9CA 5KXMA 1LMTA 5LXWA 3AB6A 1HEQA 3WU8A 3P65A 1QTKA 1LJFA 1PS5A 2DQGY 3FI7A 4NG8A 3WUAA 153LA 3TXKA 1UIHA 3TMXA 5DM9A 1IC4Y 1FLQA 2FBDA 3CT5A 1ZV5L 3KAMA 1AT6A 2BLXA 3TXFA 4NY5A 2DQJY 2W1XA 1WVUA 2ZYPA 5KXWA 1LSEA 1LZ6A 4H9BA 3CSQA 2YBMA 5JENB 1B9OA 4NGOA 3P68A 1I20A 4H93A 1OUFA 1RJCB 3CT1A 4HSFA 1UC0A 1C10A 1XGTC 2W1YA 4NGIA 4XN6A 1LYSA 3AGHA 1LSMA 1RCMA 3W6EA 4XADA 3TXJA 1CJ6A 2HTXA 1RI8B 4BAPA 3TXHA 4ZFPA 132LA 1BB5A 1GB6A 1LMCA 4WM5A 5T3FA 4YM8A 3LZ2A 208LA 1IC7Y 4NG1A 5KXRA 3IWRA 1CKDA 1QDRA 1BVKC 3M18B 4YENA 5K7OA 3K3TA 1GE0A 1VDTA 1WQRA 4L41A 1HFZA 3P64A 154LA 5KXTA 1OUHA 2LZ2A 3A8ZA 1KIPC 1IWVA 1TCYA 1BB3A 2ZQ4A 4RW1A 1HENA 2Z2EA 3AW6A 4N0JA 4BS7A 1DI5A 1NDMC 1EQ4A 1GB2A 1F6SA 1GBSA 1QSAA 3A92A 1IO5A 4LYTA 1YIKA 1LHIA 1FLYA 1GF5A 3WULA 4DDAA 4Z98A 2MECA 1DXJA 4GCEA 3RZ4A 1UUZC 2I6ZA 4B4IA 2XBRA 1IOQA 1LTMA 5HMJA 1B7MA 4HJYA 1IP3A 1G7LC 5APFA 4RLMA 1JUGA 1AT5A 2YBHA 3B0KA 3OJPA 4LYMA 5KXKA 5D5FA 2EPEA 1IWWA 4P2EA 5F81A 2G4NA 1QIOA 2BPUA 3T36A 4EOFA 1NMMA 4E3UA 1I56A 1OQMA 1LSFA 1LZTA 4ANRA 2Z19A 2H5ZA 1D0MA 1UBZA 1BVXA 1HERA 1JKCA 3WYHA 1OUDA 2YSSC 4N8ZA 5APDA 4ETAA 1D0LA 2RSCA 2DQAA 1QQYA 4LT0A 4NSGA 4UWNA 5KKJA 3D9AC 1LJIA 1GEZA 5KXPA 2G4QA 6LYZA 4H9FA 3P66A 1AZFA 1NBYC 4B1AA 1BB4A 5APEA 1JIYA 1GE3A 1XGRC 1GWDA 3ZVQB 1OUJA 1B7NA 1C46A 1DKJA 1GAZA 3W3EA 1NKHA 2MEGA 4G4BA 3HBHA 1GEVA 2DBTA 3W6BA 4YEMA 4Z3MA 3WPLA 3CB7A 4H92A 4KL7A 4DWXA 1UICA 2F4AA 4J7VA 4GCDA 5ILFA 3P4ZA 1GBYA 2FBBA 4N1CC 1HELA 3RNXA 4DD2A 1BQLY 2CWIA 5DN5A 3HBEX 1UIGA 3RW8A 3T6UA 5I4YA 1SLYA 4NIJA 3AZ7A 1IWZA 1B2KA 2HEEA 1IR8A 1HMLA 1LZEA 1IP1A 1VAUA 1F6RA 4CGEA 3WU9A 3WW6A 4LT3A 5KXXA 1DPWA 1V7TA 1B5VA 1GFRA 3WW5A 3B72A 4N9RA 1I1ZA 1D0KA 5AMYA 1HEMA 1UACY 1V7SA 3TMUA 3B6LA 1LJJA 1GFVA 1GF4A 1TDYA 3IJVA 4WMGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2MEDA 4QDNA 2Z2FA 3HH4A 1J1OY 2BQOA 2N5ZA 3DKEX 4WL6A 1B0DA 3WL2A 1L02A 4W94A 5E4PA 2YDGA 4TTDA 175LA 4H8XA 4H9AA 115LA 184LA 2O4WA 1HNLA 1JQUA 1G7JC 1L67A 2BQKA 1IP6A 1L88A 1GDXA 2RAYX 2Z37A 5F9XA 4B4JA 2IHLA 3B0IA 246LA 2H9JA 1LZCA 3W6AA 1B6IA 5E9RA 178LA 4CFPA 1LJNA 1B5YA 2Q0MX 4W58A 1QT6A 2RB2X 3TXIA 4II8A 5EBHA 2EIZC 1FN5A 2ZNXY 1LGWA 4C3WA 2RB1X 4ARQA 1ZURA 3HTDA 2BQEA 1HFXA 1P2CC 5F9UA 2C8PA 1OV5A 1L24A 3WU7A 1LLHA 1QTVA 2Z39A 1PQIA 1YAPA 5KXYA 4H1PA 1JPOA 1L65A 1RE2A 4ARLA 3K2RA 1L57A 1L68A 1QUTA 1IWYA 1AKIA 4EMNA 1ZYTA 1OV7A 5LAGA 3GUNA 1OUEA 1VDQA 3ATNA 5A3EA 4YXAC 4WM2A 3LZTA 5KXSA 1LHLA 2Y8PA 4H9IA 1WTNA 1LZ5A 1L59A 1G06A 3SBBC 1JKBA 2MEIA 1LJ4A 4YXCA 3VWOA 1C6FA 4LZMA 4IJ4A 2BQGA 2D6BA 1REZA 1ZMYL 2OTYX 4I7PA 1P2LA 1G0PA 4EKPA 2F30A 104LA 1T3PA 3C7WA 1CNSA 3G3WA 1NDGC 3NYAA 2ZIKA 5B1GA 1PQMA 4XJBA 1BWHA 3A94A 1L37A 5ILCA 1OUGA 5I54A 1LZRA 1QUGA 1P2RA 3DN2A 3SB7A 4H8YA 135LA 3ZVQA 1VEDA 235LA 2FYCA 4ZPUA 4WO9A 3HH3A 1KIRC 6LYTA 1FLWA 1CV3A 1L01A 2YBLA 2XQOA 4WLDA 4Z46A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WAR A;  5KY1 A;  1GE4 A;  2MED A;  1KIQ C;  1N4F A;  4XEN A;  4QDN A;  2Z2F A;  2HEC A;  3LYZ A;  1J1O Y;  1IOS A;  4LT1 A;  2BQO A;  2HED A;  4YOP A;  5KXN A;  2N5Z A;  1IP4 A;  3WMK A;  1HF4 A;  3EO5 A;  4WL6 A;  1B0D A;  3WL2 A;  2BQN A;  2XTH A;  4J1B A;  4QGZ A;  1CJ7 A;  1XGU C;  4W94 A;  5E4P A;  1OUC A;  1LMA A;  2YDG A;  4TTD A;  4BAD A;  3GXR A;  2BQD A;  4NEB A;  4C5F A;  3M3U A;  3WH1 A;  4H94 A;  1GHL A;  1MEL L;  4H8X A;  2D4K A;  1IEE A;  4GLV A;  3A6B Y;  3QE8 A;  1LMQ A;  4H9A A;  4J1A A;  4ETE A;  4LZT A;  1F0W A;  1HNL A;  2EKS C;  1LSC A;  1YL1 X;  1G7J C;  2BQK A;  4WM6 A;  3A96 A;  1IP6 A;  1VDP A;  1GDX A;  2YBI A;  4ET9 A;  4LT2 A;  1VAT A;  3A3Q A;  3AGG G;  2Z37 A;  4HJZ A;  5F9X A;  4B4J A;  1IVM A;  2IHL A;  4NGW A;  1TEW A;  1YIL A;  4WO6 A;  3B0I A;  5M1Y A;  1LPI A;  2H9J A;  1JJ3 A;  1LZC A;  3W6A A;  2DQE Y;  3A3R X;  1B7L A;  1DI4 A;  5E9R A;  5HNC A;  4OWH A;  4AXT A;  4R0F A;  1LJN A;  1B5Y A;  2Q0M X;  4CFP A;  4KPM A;  3TXD A;  1O23 A;  1RFP A;  1UIB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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