1YQVY

The crystal structure of the antibody fab hyhel5 complex with lysozyme at 1.7a resolution
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Water molecules in the antibody-antigen interface of the structure of the Fab HyHEL-5-lysozyme complex at 1.7 A resolution: comparison with results from isothermal titration calorimetry.
pubmed doi rcsb
molecule tags Immune system
molecule keywords HyHEL-5 Antibody Light Chain
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1yqvY00
1LHMA 1IP6A 1IC7Y 1LJEA 1VAUA 4NWEA 1GF0A 3G3BB 2F4AA 3CB7A 5KKIA 1JKBA 1LZYA 1NDGC 4NEBA 4BADA 2BQFA 4LGKA 4ET9A 1BWJA 2Y8PA 4ETBA 1B9OA 4YM8A 4TSCA 3SP3A 1D9UA 1HSXA 4J1AA 2DQAA 2MEGA 2G4PA 2DQDY 1HEQA 1QQYA 1JTTL 2BQEA 4WLYA 1JIYA 4O34A 3GXKA 1HEMA 2RSCA 1CJ6A 4I0CA 2Z19A 4P2EA 3AZ5A 1TAYA 4NSIA 3P66A 4DD1A 4HTKA 4DT3A 2D4IA 1GF9A 4OW1A 1I56A 1F6SA 1GB6A 1HF4A 1NKHA 133LA 2MEIA 4ZFPA 1NQIA 1GE0A 1TCYA 3GXRA 4OWEA 1B7SA 1OUAA 1PZYA 1D6QA 3TMVA 4C5FA 3W6FA 4Z41A 1G7MC 4W96A 2HU1A 2YBHA 1GEZA 1J1OY 3W6DA 3QY4A 1UIAA 5I4XA 1LZBA 1JJ1A 1LTMA 4CFOA 3AB6A 1LZTA 4DC4A 1GPQC 1IWWA 4GCEA 4MCKA 2XBRA 207LA 3TXKA 3WVXA 1LHHA 5LINA 4G4CA 2YBLA 1IP1A 4U3XB 5KXSA 5B1GA 4NHQA 2YBMA 1GDWA 1INUA 1GXXA 3WPLA 4ETEA 5KXLA 3ATOA 1LPIA 1LHIA 4WM5A 3TXEA 4B4EA 1VDSA 3CT5A 5E9RA 4B4JA 1GAZA 1AT5A 1BWIA 2H9KA 4GLAA 1CKCA 5FSTA 3A94A 1V7TA 2YBIA 4H9FA 4XN6A 3LYTA 6LYZA 1DKKA 1IWUA 2YSSC 4H91A 1GAYA 1NDMC 4H9AA 1GB3A 4HP0A 4D9ZA 4NFVA 2G4QA 4HJYA 2YVBA 3WW5A 1C45A 1GE4A 4IJ4A 1LZ1A 3M3UA 4CJ2A 1GDXA 1FKQA 1WVUA 3VWOA 1YANA 1GBXA 1H87A 1OUDA 1FKVA 5D5FA 1YILA 2W1XA 5KY1A 1IOTA 5LA8A 4XYYA 2HEFA 1B5ZA 1T6VL 3HFMY 5I5QA 4NGKA 1GF3A 1ZMYL 1SLYA 4OWHA 1GHLA 1GFJA 5KXYA 1GFKA 2ZYPA 5JENB 5KXXA 1DI4A 1LZDA 1EQEA 1GE2A 3A96A 2BQKA 1F6RA 2ZIJA 3T36A 2ZQ3A 4NGIA 1WTMA 3FI7A 4DYGA 1NMMA 2F30A 5F9XA 4ML7A 2DQCY 1YAQA 2N5ZA 3CQLA 5HMVA 1VDQA 1W08A 4G49A 3AZ7A 1GFEA 2BQCA 4AGAA 1GB5A 1IO5A 1XGPC 2BQHA 1OQMA 1FLYA 1GF7A 1I20A 5DL9A 4ETCA 1LYZA 3D9AC 3A92A 4DDAA 4NHTA 1XGTC 1XGUC 2FYDA 4PPOA 4H94A 3LYOA 1N4FA 4W94A 5KXPA 2H9JA 4RDSA 2LYZA 3B72A 3IJVA 4GCFA 4LT3A 1CKFA 2W1MA 1B7LA 1QSAA 4DD3A 1QUTA 1C43A 4IASA 5L3HA 4NHSA 3AW7A 4TUNA 4R6CA 1OUBA 2Z12A 1BB6A 1YQVY 1CJ8A 1OUCA 2LHMA 1KIQC 2Z2FA 1XEKA 3A3QA 4KXIA 3WVYA 3WUAA 154LA 3N9AA 2ZIKA 208LA 1GB0A 1LZ8A 4C3WA 4N1CC 4BAPA 4OWAA 1HHLA 3TXBA 3W6AA 3W6BA 3WL2A 4H92A 2HECA 1HERA 3CSRA 1T3PA 1CJ9A 1D6PA 2AUBA 1QSWA 1TBYA 2LZTA 4CHXA 4WL7A 4NHIA 1YKYX 1IP2A 1CNSA 1IC5Y 1LZNA 3LYZA 1LSEA 1JHLA 4OWCA 1EQ4A 1LMQA 1J1PY 4YENA 2Z2EA 1UIGA 5I54A 2BQJA 1YROA 9LYZA 3A6CY 1GFGA 5FELA 2YBNA 1YKZX 3ZVQA 3AZ4A 3LZTA 3WMKA 5II3A 4GN3A 3TXJA 5F9UA 3WXTA 2CDSA 1C08C 4ZEEA 3AZ6A 2ZQ4A 4TSBA 1YL1X 4ETDA 1B5XA 4NGVA 1LJ4A 2BQNA 4QGZA 1F0WA 2EKSC 4H9HA 1OUIA 4FJRA 4DDCA 4RLMA 1JKCA 1GFRA 4N0JA 1UIFA 4MR1A 1LMPA 2H5ZA 1TEWA 4WLXA 1GBWA 4PRQA 4BS7A 3W6CA 1D0MA 3RW8A 4H8YA 1LJ3A 5LYZA 1B7QA 2Q0MX 1IP5A 1IY3A 3WU7A 3F6ZA 5KXNA 3TXGA 1B7OA 4KPMA 1BQLY 1BVKC 4H90A 2DQEY 3WH1A 4LFPA 1MELL 2D91A 1XEIA 4LFXA 1B0DA 2IHLA 5KXRA 2BLYA 2GV0A 1SQ2L 1JPOA 3AJNA 4HJVA 1WVVA 1W6ZA 4TX7A 3TMUA 1B5VA 1IP4A 4GLVA 1IWXA 1IX0A 4GCDA 4J7VA 4WLDA 4LYCA 4QEQA 3IJUA 4G9SA 4XJFA 1QIOA 4LT1A 5L3IA 1B7PA 1BGIA 2BQIA 4FDYA 1WQOA 1P2CC 2BAAA 5D5CA 4DD2A 4G4HA 5HMJA 4DWXA 5EBHA 2HEBA 3D3DA 3EXDA 1XEJA 3KAMA 4WG1A 1DKJA 1IIZA 5LVIA 5I53A 3BKVA 3EMSA 4YF2A 5APCA 5ILFA 3B0IA 1YAPA 4Z3MA 3OK0A 2MEHA 3LHMA 1C10A 4WOAA 1HMKA 1JSFA 1LZ6A 1NWGA 4DD7A 3A6BY 1LSMA 1YAOA 2CWIA 1IR7A 3WPJA 4ANRA 1WQRA 2BQLA 2Z18A 1LJJA 4HV1A 3LYMA 4NSHA 4WO9A 3WU9A 5LYMA 1GF4A 3ULRA 2HUBA 3P64A 2ZWBA 1B7RA 1REXA 1JKDA 1IWTA 1TDYA 3OJPA 3K3TA 1FLQA 4XJDA 4RW1A 4DD9A 4WMGA 1LZRA 2LYMA 3N9EA 132LA 4N5RA 1WQNA 4H8XA 5APEA 5DN4A 1LOZA 194LA 1BB5A 4LZTA 1B5YA 1D0KA 1A4VA 1IWZA 1FN5A 135LA 1GB8A 1LSZA 1LYOA 1LZEA 2MEDA 3A93A 1LHKA 4IATA 1E8LA 134LA 4LYZA 5T3FA 4EOFA 4WM3A 1A2YC 4UWVA 1QDTA 2BQMA 4B1AA 3TXIA 3N9CA 1LSGA 2IFFY 4XJIA 4B0DA 5I4WA 1F10A 1LAAA 2G4NA 4A7DA 1VDTA 1UICA 1IR8A 4OOTA 1D0LA 2EIZC 2BQDA 4GCCA 4WM2A 1GE1A 2FBBA 1GWDA 2MEEA 4H1PA 4UWNA 5DLAA 3WW6A 1JEFA 3ZEKA 4WM6A 1OP9B 3A91A 4EMNA 1LZ5A 1LJIA 4NG8A 1B2KA 2C8OA 3QE8A 193LA 4WG7A 4XJBA 3J6KA 4Z46A 1FLUA 1LJFA 1GBYA 2ZILA 4BAFA 1JSEA 2DKVA 5APFA 1IORA 4H9IA 1HSWA 4NG1A 1LSYA 3CT1A 2FYCA 5C6IA 1LSCA 5KXKA 1ZV5L 5L9JA 4H9BA 5KXMA 1LSAA 1CKGA 1KXYA 4OOOA 1LZ4A 3TMWA 5I4YA 3WULA 5LAFA 3AYQA 1EQ5A 3B0OA 3A8ZA 1HELA 1UACY 3P65A 1JUGA 4Z98A 1LZCA 1IWYA 5DN5A 1IOCA 1LZAA 4OWBA 1IP3A 1B7MA 153LA 4WM4A 2ZNWY 1LMNA 1UC0A 4WLTA 1JKAA 1RFPA 4MSTA 1IWVA 5HLLA 1ALCA 3HBHA 1UBZA 4HTQA 4AXTA 2NWDX 2D4JA 4N8ZA 5A3ZA 7LYZA 5A3EA 3WU8A 1JTPL 1VATA 1OUJA 1GEVA 1HNLA 4XADA 1DPXA 5KKJA 4II8A 1LMTA 1J1XY 5KXOA 1ZVHL 1DI5A 4XJGA 3E3DA 5FCPA 3RT5X 2EQLA 4QY9A 1GFAA 4YEOA 3TMXA 4NGOA 1JJ0A 1GBZA 5LIOA 2I26L 1GXV2 2EPEA 1BHZA 1BVXA 1HEWA 2W1YA 3G3AB 4TTDA 2LZ2A 2MEAA 4NGJA 4CGEA 5ILCA 5F81A 1AT6A 1O23A 3B6LA 1KIRC 4M6DA 5KXZA 1JWRA 1IOQA 1LSDA 4H93A 4B4IA 3EO5A 4R0FA 4XJHA 1HFXA 1LMCA 1BB4A 1GFVA 3LN2A 3W6EA 1DXJA 3RU5A 3WPKA 1HFZA 3WUNA 4HSFA 3RZ4A 2HEEA 1V7SA 4QDNA 4CFPA 1LJHA 3AGGG 5DM9A 5KXTA 3QNGA 1OUHA 5B1FA 1LSFA 2HU3A 1KXXA 4LT0A 1HFYA 1QTKA 1VEDA 5B06A 3WUMA 1BB3A 3BKHA 4B49A 2I6ZA 1UIEA 3MGWA 5FDJA 4ZIXA 5KJ9A 4ETAA 2VB1A 3TXHA 4LT2A 5C6LA 1GFTA 1OUEA 5APDA 1LHLA 3IWRA 1BWHA 1LCNA 4L41A 1IP7A 1JJ3A 1REZA 3AGIA 2A7DA 2XBSA 1QUSA 1AKIA 1WQMA 4KL7A 5FEKA 4J0LA 5IELA 1VDPA 1QTEA 4GN4A 1IVMA 1OUFA 3B0KA 4GCBA 1DQJC 1EL1A 1HMLA 1LJKA 4H9CA 1XFPL 4WL6A 3ATNA 1FBIX 1UA6Y 4LYOA 2XTHA 3CSQA 4PGJB 1DI3A 3RNXA 4UWUA 1FLWA 1NHEA 4NSJA 2D4KA 1GFHA 1LKSA 1GD6A 4HV2A 2DQFC 3WXUA 3A67Y 4RLNA 2MEFA 3AW6A 4PRUA 1GB9A 1GFUA 2MEBA 4YOPA 3A3RX 1GE3A 1LMOA 4ET8A 5LA5A 2HEDA 5LVKA 1DPWA 1HEPA 2BQGA 2BQOA 1KXWA 3ZVQB 1XSFA 3HBEX 1LSBA 2CGIA 2F2NA 4RW2A 4XENA 4NSGA 1HC0A 1UIHA 5J7CA 3FE0A 5K7OA 5LVHA 1YL0X 5IDDA 1IR9A 3TXDA 1NBYC 1REMA 5KXWA 5B59A 4J1BA 2DBTA 3A90A 1GB2A 1UIDA 1LZGA 1RE2A 1OUGA 1FDLY 1WQQA 1GF6A 2BQBA 1C7PA 2BPUA 5FHWA 4DDBA 5LYTA 3P68A 1IEEA 2I25L 4NY5A 1GBSA 1HEOA 1JTOL 1MLCE 5F14A 3A95A 1REYA 5B05A 1LSNA 1YKXX 6LYTA 1IY4A 1G7IC 5HNLA 1DZBX 1LZ9A 3A34A 5M1YA 1YIKA 1CKDA 1G7JC 2DQJY 4WO6A 4NIJA 1UCOA 2C8PA 2CJLA 2PC2A 2B5ZA 4N9RA 4M4OA 1GBOA 5HNCA 1B7NA 4NHPA 2BLXA 1NBZC 1GB7A 2DQIY 3HBDA 4NGYA 2YDGA 1NF5A 2W1LA 1GF8A 1Z55A 1LKRA 5HQ1A 1LYYA 5IHGA 4TWSA 4PJ2C 5LAGA 4NWHA 1LJNA 1WTNA 2F4GA 1PS5A 3LZ2A 5LVGA 1QDRA 1GF5A 1C46A 1LHJA 5AMYA 4I8SA 4NGZA 1JITA 4HPEA 2BQAA 1IC4Y 4G4BA 4GN5C 1G7HC 2ZYCA 4HPIA 2Z37A 3CT0A 4KT3A 4N1EI 5F16A 4YEMA 1LMAA 1YAMA 4H8ZA 5E4PA 4DD0A 4HTNA 4PHIA 1B5WA 2LYOA 4E3UA 1RI8B 2XJWA 1LJGA 5B07A 1UUZC 1I1ZA 1XGQC 1H6MA 1VFBC 1IOSA 2WARA 1AM7A 4LYTA 3P4ZA 5LVJA 4NGLA 2HTXA 2D6BA 1BB7A 1RCMA 1UIBA 1B5UA 1LYSA 1KIPC 2FBDA 2Z39A 3J4GA 1JISA 4WM1A 1AZFA 3T6UA 2MECA 4HJZA 4X3BA 3CSZA 1LSPA 4H9EA 3TXFA 1ZVYB 2X0AA 1WQPA 1XGRC 3WYHA 2DQGY 1G7LC 5C6JA 8LYZA 5LXWA 2YBJA 3M18B 3EBAB 2HEAA 3W3EA 2DQHY 1RJCB 3AGHA 4LYMA 1CKHA 1CJ7A 4LYBA 4NGWA 1LZSA 2Z38A 2ZNXY 1HENA 2A7FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QTBA 4NWEA 3HT8A 5KKIA 1JKBA 1NDGC 231LA 4LGKA 1BWJA 2Y8PA 4TSCA 3SP3A 1HSXA 217LA 4J1AA 2MEGA 2DQDY 3DKEX 1DYGA 1HEMA 4DKLA 1NQIA 1GE0A 3GXRA 3W6DA 1UIAA 1LTMA 4CFOA 4DC4A 1GPQC 230LA 1P37A 4GCEA 1LHHA 2YBMA 1GXXA 206LA 104LA 161LA 1L96A 1LPIA 3TXEA 1VDSA 1P46A 247LA 155LA 1GAZA 2H9KA 5FSTA 3A94A 1IWUA 4H91A 1NDMC 2G4QA 2YVBA 3WW5A 1C45A 191LA 2RBPA 1FKQA 1WVUA 1YANA 1KNIA 1FKVA 146LA 1IOTA 4NGKA 4OWHA 1LZDA 2BQKA 1QUDA 1L66A 1QTCA 3FI7A 3HT9A 2F30A 2DQCY 5HMVA 1VDQA 1GB5A 5DL9A 1KW7A 1OQMA 4ETCA 3D9AC 4NHTA 1XGTC 1L77A 1L49A 1C6FA 160LA 5KXPA 2LYZA 1G07A 2W1MA 223LA 4DD3A 3C8RA 3DN8A 245LA 243LA 4W51A 4R6CA 4LDLA 4W55A 154LA 2ZIKA 4OWAA 1C66A 4H92A 1HERA 3CSRA 2OU0X 1D6PA 2RBRA 1L44A 4EPIA 1IC5Y 1LSEA 1JHLA 1EQ4A 4YENA 2Z2EA 2BQJA 5FELA 1L61A 1YKZX 3LZTA 177LA 5II3A 4GN3A 5F9UA 4NGVA 2BQNA 3HDFA 4QGZA 1OUIA 4FJRA 4RLMA 4N0JA 1I6SA 4PRQA 1LJ3A 1C61A 2Q0MX 1IY3A 1B7OA 1CV0A 1MELL 2D91A 4LFXA 2IHLA 1JPOA 4GCDA 1T8FA 4LYCA 123LA 174LA 3IJUA 1L35A 1L25A 120LA 2BQIA 3HTBA 4FDYA 5I14A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LHM A;  1IP6 A;  1IC7 Y;  1LJE A;  1VAU A;  4NWE A;  1GF0 A;  3G3B B;  2F4A A;  3CB7 A;  5KKI A;  1JKB A;  1LZY A;  1NDG C;  4NEB A;  4BAD A;  2BQF A;  4LGK A;  4ET9 A;  1BWJ A;  2Y8P A;  4ETB A;  1B9O A;  4YM8 A;  4TSC A;  3SP3 A;  1D9U A;  1HSX A;  4J1A A;  2DQA A;  2MEG A;  2G4P A;  2DQD Y;  1HEQ A;  1QQY A;  1JTT L;  2BQE A;  4WLY A;  1JIY A;  4O34 A;  3GXK A;  1HEM A;  2RSC A;  1CJ6 A;  4I0C A;  2Z19 A;  4P2E A;  3AZ5 A;  1TAY A;  4NSI A;  3P66 A;  4DD1 A;  4HTK A;  4DT3 A;  2D4I A;  1GF9 A;  4OW1 A;  1I56 A;  1F6S A;  1GB6 A;  1HF4 A;  1NKH A;  133L A;  2MEI A;  4ZFP A;  1NQI A;  1GE0 A;  1TCY A;  3GXR A;  4OWE A;  1B7S A;  1OUA A;  1PZY A;  1D6Q A;  3TMV A;  4C5F A;  3W6F A;  4Z41 A;  1G7M C;  4W96 A;  2HU1 A;  2YBH A;  1GEZ A;  1J1O Y;  3W6D A;  3QY4 A;  1UIA A;  5I4X A;  1LZB A;  1JJ1 A;  1LTM A;  4CFO A;  3AB6 A;  1LZT A;  4DC4 A;  1GPQ C;  1IWW A;  4GCE A;  4MCK A;  2XBR A;  207L A;  3TXK A;  3WVX A;  1LHH A;  5LIN A;  4G4C A;  2YBL A;  1IP1 A;  4U3X B;  5KXS A;  5B1G A;  4NHQ A; 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 6LYT A;  1IY4 A;  1G7I C;  5HNL A;  1DZB X;  1LZ9 A;  3A34 A;  5M1Y A;  1YIK A;  1CKD A;  1G7J C;  2DQJ Y;  4WO6 A;  4NIJ A;  1UCO A;  2C8P A;  2CJL A;  2PC2 A;  2B5Z A;  4N9R A;  4M4O A;  1GBO A;  5HNC A;  1B7N A;  4NHP A;  2BLX A;  1NBZ C;  1GB7 A;  2DQI Y;  3HBD A;  4NGY A;  2YDG A;  1NF5 A;  2W1L A;  1GF8 A;  1Z55 A;  1LKR A;  5HQ1 A;  1LYY A;  5IHG A;  4TWS A;  4PJ2 C;  5LAG A;  4NWH A;  1LJN A;  1WTN A;  2F4G A;  1PS5 A;  3LZ2 A;  5LVG A;  1QDR A;  1GF5 A;  1C46 A;  1LHJ A;  5AMY A;  4I8S A;  4NGZ A;  1JIT A;  4HPE A;  2BQA A;  1IC4 Y;  4G4B A;  4GN5 C;  1G7H C;  2ZYC A;  4HPI A;  2Z37 A;  3CT0 A;  4KT3 A;  4N1E I;  5F16 A;  4YEM A;  1LMA A;  1YAM A;  4H8Z A;  5E4P A;  4DD0 A;  4HTN A;  4PHI A;  1B5W A;  2LYO A;  4E3U A;  1RI8 B;  2XJW A;  1LJG A;  5B07 A;  1UUZ C;  1I1Z A;  1XGQ C;  1H6M A;  1VFB C;  1IOS A;  2WAR A;  1AM7 A;  4LYT A;  3P4Z A;  5LVJ A;  4NGL A;  2HTX A;  2D6B A;  1BB7 A;  1RCM A;  1UIB A;  1B5U A;  1LYS A;  1KIP C;  2FBD A;  2Z39 A;  3J4G A;  1JIS A;  4WM1 A;  1AZF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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