1ZMYL

Cabbcii-10 vhh framework with cdr loops of cablys3 grafted on it and in complex with hen egg white lysozyme
Total Genus 44

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)AH1 (5-15)TII1 (17-20)O3 (6-127)AH3 (88-101)AH2 (25-36)TI'1 (20-23)O1 (22-96)TI3 (54-57)TVIII1 (85-88)S1 (43-45)TI2 (46-49)S2 (51-53)TI4 (59-62)TIV2 (66-69)S3 (58-59)O2 (33-109)TIV1 (60-63)TI5 (69-72)TI6 (74-77)S4 (64-65)S5 (78-79)3H1 (80-84)AH4 (109-115)3H3 (121-123)TII4 (124-127)TI'2 (36-39)3H2 (105-107)TII3 (115-118)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Camelus dromedarius
publication title Identification of a universal VHH framework to graft non-canonical antigen-binding loops of camel single-domain antibodies
pubmed doi rcsb
molecule keywords Antibody cabbcII-10:lys3
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence M
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1zmyL00
4B4EA 3W6EA 194LA 1GF0A 2LHMA 4H94A 4OWBA 5B07A 1LZ1A 1WQPA 1LYOA 4LYCA 5B59A 1ALCA 1IP1A 1C45A 1QTKA 1IX0A 1GBZA 3W6FA 4AGAA 2LZ2A 1T3PA 1YILA 1IWWA 1NQIA 1QQYA 3CT5A 3G3BB 4H8XA 4D9ZA 1NDMC 3A91A 1DXJA 4YM8A 2YVBA 3A96A 4ETBA 1DI5A 5EBHA 4HV1A 1YQVY 2ZYPA 5M1YA 5J7CA 4NG8A 1LCNA 4GCDA 4II8A 3CSRA 4NEBA 2F4GA 5KXTA 7LYZA 4WO6A 4LT0A 2HTXA 4NGOA 1DI4A 4U3XB 3AGGG 3BKVA 5B1GA 1GFJA 1CJ9A 2LYZA 3TXEA 2BQKA 3W6CA 1BWHA 4GN4A 4XJHA 1XGTC 4ETCA 2ZNWY 2LYOA 5FCPA 1VDTA 2Y8PA 4GLAA 1REYA 4XJDA 1WQMA 4J0LA 5I4YA 1CKGA 5LYZA 4BAFA 2D4KA 5LVHA 1XEKA 4HTNA 3A95A 2BQNA 1OUGA 4TUNA 1LZDA 1NHEA 1GFGA 1LZYA 3WVYA 1UCOA 2MEEA 2BQBA 1CKFA 1G7IC 2HEBA 3CT1A 1IWVA 5LIOA 1IWZA 1B9OA 1QUSA 2MEBA 4ETDA 1LJ4A 1UIFA 4H92A 1GPQC 3LYTA 1FBIX 2MEDA 4OOTA 1LZ4A 5E4PA 4PRQA 1IVMA 3E3DA 4QEQA 5L9JA 1GBYA 1DI3A 1IY3A 1HSWA 1F6SA 1O23A 2HU3A 3T36A 1HFXA 1XGPC 5C6JA 1LOZA 3OK0A 2DQJY 1CJ7A 4M6DA 4CHXA 3AZ5A 2BPUA 1G7HC 4KT3A 5D5CA 1B0DA 3HBDA 1OUCA 2Z19A 3P68A 4W94A 1LSYA 4PGJB 1VDQA 2BQFA 1WVVA 2H9JA 4NWEA 8LYZA 5B1FA 1HSXA 1LSMA 4H8ZA 4NSIA 1GDWA 4WG7A 3KAMA 2HUBA 2YBHA 4GN5C 5A3EA 1REMA 1FLYA 2DKVA 2WARA 4WLTA 2EKSC 4WM6A 4B49A 4DYGA 5I4WA 5KXXA 1E8LA 2W1YA 1LMTA 4R0FA 4UWNA 3AYQA 4WM2A 4NWHA 1XGRC 3HBHA 2CDSA 1GDXA 5F14A 1GFKA 4TSBA 1GF9A 4HPEA 5E9RA 1GFEA 3AGIA 1RE2A 193LA 1UBZA 1BB5A 3SP3A 132LA 4H93A 1N4FA 4N5RA 4ET9A 4OWHA 1UICA 4YEOA 2A7DA 1JPOA 1LJGA 4N9RA 2EPEA 1GHLA 4WG1A 3CB7A 5DLAA 1B5UA 1GEVA 4XJGA 1KXXA 4XYYA 5HQ1A 4XJBA 1XEIA 4NHSA 5FEKA 5HLLA 2HECA 1LHKA 4GCEA 2BQCA 5LVJA 5HNCA 1LKSA 2CJLA 2H9KA 4XN6A 3A3QA 5D5FA 3MGWA 2G4QA 3IJUA 2DQHY 3AZ7A 5HMVA 5LAGA 4Z46A 1HMLA 2BLYA 2DQGY 3BKHA 3WU8A 4XADA 2MEIA 1UIDA 1IWYA 5APCA 1UACY 4HTKA 4UWUA 2ZYCA 1OUIA 1ZV5L 4G4CA 3WW5A 4WM5A 2F2NA 2YBNA 2Z18A 1LMNA 3EBAB 4BAPA 4TTDA 1LSBA 1JTTL 4NGZA 1FKQA 1UIAA 1VDSA 2YBLA 5F16A 5IELA 1GBWA 1OUJA 4KXIA 1QSWA 4O34A 5LVIA 4WL6A 1YAMA 5L3HA 1OUEA 5ILCA 1GFTA 1LSCA 4MR1A 4OWCA 3P66A 4CFOA 1IP5A 1IOTA 1LZAA 3TXFA 1BB4A 1EQ4A 1G7JC 1YAOA 1OUBA 1LHHA 2ZWBA 3ATNA 1TCYA 1UUZC 5KXZA 5LAFA 4CGEA 1NWGA 1IOQA 4WO9A 3RNXA 4ZEEA 1PS5A 2IHLA 3EXDA 1I1ZA 3AB6A 2VB1A 4LT1A 4N0JA 5KXPA 1UIBA 135LA 1W08A 3WH1A 3ATOA 1Z55A 3WPKA 1VDPA 1KIRC 2XTHA 4NGKA 1CKHA 1GBSA 1P2CC 2HEFA 1AM7A 4H8YA 4TX7A 1JUGA 1JWRA 4NHQA 4LYMA 1A2YC 3P65A 1GWDA 4J1AA 4R6CA 1D0KA 4C5FA 2FYDA 1YROA 1LZNA 4H91A 1IORA 5B05A 3OJPA 1H6MA 2BQMA 1BGIA 3B6LA 3A6CY 1LZGA 2X0AA 3A6BY 2ZIKA 4C3WA 2MEFA 3W6AA 5IHGA 1AKIA 1JHLA 2MEHA 1JKCA 1IC5Y 1LZBA 1OP9B 1GB3A 3CQLA 4RLMA 1IP7A 1DPWA 1JITA 4NHIA 1LSDA 3W6DA 4N1CC 4A7DA 5A3ZA 3A67Y 1LMAA 1VAUA 1LZ6A 2YSSC 2Q0MX 4GCFA 2CGIA 1NKHA 1FKVA 2G4PA 1JISA 1JKDA 5LYMA 1IP3A 1YANA 5ILFA 5LA5A 154LA 1GD6A 1LJHA 1WQQA 5AMYA 1GF5A 1LSGA 1GE0A 1REXA 4AXTA 1HHLA 5LXWA 3N9AA 1RI8B 1GE1A 3A8ZA 2BQGA 1YIKA 1G7LC 3EO5A 5KXRA 2Z12A 1HEOA 1AT5A 1XGQC 3FE0A 4RW2A 5LINA 4I0CA 6LYTA 4H9HA 2RSCA 4NGYA 4HPIA 4GLVA 5II3A 4NFVA 1NBYC 1XFPL 3LYZA 5KKIA 4NGVA 1GE2A 1GF4A 4J7VA 2BAAA 2Z2FA 1WQOA 5F81A 4B4IA 1HF4A 1WTNA 9LYZA 2BQAA 4KL7A 1GB2A 1LYSA 1XEJA 5DM9A 2G4NA 1LMCA 5DN4A 3RZ4A 4NGIA 4HJYA 1QIOA 1B7PA 5KXNA 2HEAA 3QY4A 2LYMA 4DWXA 3AGHA 4WM4A 3WPLA 5I4XA 1JJ0A 1F0WA 1LPIA 4G9SA 4J1BA 3A3RX 4X3BA 1IR8A 1UIGA 5KXWA 2ZNXY 3WL2A 1LJNA 1GXXA 1LHJA 4NGJA 1LSNA 4OWEA 1EQ5A 4LGKA 4PPOA 3TMWA 1JEFA 2C8OA 3TXJA 4Z41A 1INUA 1UC0A 1LMOA 1B7SA 3J4GA 1IC7Y 1GB7A 4TSCA 4B0DA 2ZQ4A 1JTPL 1GE3A 1RJCB 4LFPA 4W96A 1LYYA 1LJEA 1IR7A 1IY4A 1GFHA 1OUDA 2DQCY 1FLWA 3GXKA 4DT3A 1REZA 2HEEA 2Z37A 1J1XY 5FSTA 1J1OY 1IR9A 1B7MA 3W3EA 1VFBC 1A4VA 1T6VL 1BB7A 1KIPC 4TWSA 2A7FA 1J1PY 3W6BA 5KKJA 1LZ8A 2D4IA 1D0MA 1ZVYB 3CSQA 5LVGA 4WM3A 1JIYA 2GV0A 1LZSA 1B7LA 4PJ2C 1GFUA 1IOCA 3D9AC 2MECA 2AUBA 1HEWA 3T6UA 1B7QA 1LMPA 1LSZA 4DC4A 1AZFA 3WW6A 1GB9A 3TMUA 1GB6A 5IDDA 1NDGC 1YKZX 2DBTA 4B1AA 1V7TA 4HSFA 4LYZA 3TXKA 4GCCA 5KY1A 4I8SA 4H9CA 4H1PA 5HNLA 4RDSA 4HP0A 1HFZA 1HNLA 1LYZA 4Z3MA 1BVKC 1YAPA 3RW8A 3WPJA 1NBZC 2MEGA 4WLDA 1JJ1A 1IP4A 1DKKA 1YAQA 4LT3A 1JKAA 1IEEA 2YDGA 1BB3A 1MELL 2B5ZA 4IATA 5APEA 1GBXA 2D91A 5FDJA 2EIZC 1RCMA 1QUTA 3B0OA 2W1MA 4RW1A 3RT5X 4DDBA 4DD1A 4H9IA 5F9XA 1F10A 4HJZA 1JSFA 2F4AA 1GF8A 1KIQC 5KXMA 1OUAA 4BADA 1GBOA 1QDRA 4E3UA 1HENA 1GAYA 4DDCA 1LJFA 1FDLY 1IP6A 5JENB 1NF5A 1JJ3A 2N5ZA 2YBIA 4LYBA 4NGWA 3A90A 4QDNA 3TXIA 3WUMA 1B5VA 1MLCE 2HEDA 3LZTA 5I54A 1LAAA 3G3AB 1AT6A 1FLUA 1YKYX 4KPMA 4N1EI 5LVKA 1LZRA 4DD7A 4EMNA 5K7OA 1IO5A 1HEPA 4BS7A 1EL1A 1YL1X 4MCKA 5LA8A 3GXRA 4FDYA 3N9EA 1TDYA 4OOOA 5DN5A 3AW7A 4N8ZA 3LYOA 1B5YA 1CKCA 4YF2A 4YOPA 1WVUA 1YL0X 2YBMA 4NHTA 1CKDA 4NSGA 4NG1A 1KXWA 3ZEKA 3TXGA 1LHLA 1CJ6A 4NSJA 3IJVA 1IIZA 3AZ4A 2W1XA 3CSZA 1BWJA 1C43A 1GFAA 1GB5A 1VEDA 3LYMA 1IWTA 1TBYA 1TAYA 1CJ8A 3ZVQB 4DDAA 2FBBA 5KXLA 2I26L 4L41A 3TXBA 1LSEA 1HC0A 2BLXA 1XGUC 3WU7A 3B72A 4WOAA 1QSAA 1EQEA 4WLXA 2DQEY 3A93A 4FJRA 1IOSA 3AZ6A 1LJIA 2BQEA 1B7RA 3A94A 2BQLA 3VWOA 1LTMA 4Z98A 4IJ4A 2CWIA 1LZCA 4CJ2A 2PC2A 4XJFA 1UIEA 5B06A 134LA 1B2KA 1B7NA 1B5XA 1BWIA 2DQDY 3RU5A 4HTQA 4OW1A 3A34A 1LJ3A 4XJIA 1BVXA 2Z2EA 5KXOA 3N9CA 1GB8A 1GB0A 3EMSA 3HFMY 1GAZA 1IC4Y 1ZVHL 5F9UA 4LYOA 4YEMA 4QY9A 1OUFA 4NY5A 4B4JA 3M3UA 1LJJA 4M4OA 1B5ZA 6LYZA 4LZTA 1HELA 3HBEX 1DPXA 1FN5A 4H9AA 4ETEA 1KXYA 3WUAA 1IP2A 5KXKA 2I6ZA 2LZTA 4HJVA 1WQRA 4ZIXA 4YENA 4H9BA 3LN2A 1HMKA 1B7OA 2BQJA 1RFPA 2DQFC 5T3FA 4G4BA 3TMVA 207LA 1QTEA 1WTMA 3WYHA 2HU1A 1JTOL 1HEQA 1LZEA 2ZIJA 3A92A 3M18B 4LFXA 5DL9A 4CFPA 4DD3A 1C10A 1TEWA 1WQNA 4WLYA 5KJ9A 5FHWA 4P2EA 1NMMA 3TXDA 4UWVA 4LYTA 1I20A 1C7PA 1GFVA 2IFFY 3P4ZA 4ZFPA 2D6BA 4OWAA 2FBDA 4GN3A 1HFYA 1W6ZA 2BQHA 5C6IA 1F6RA 1LMQA 4G49A 5L3IA 1LSFA 3WVXA 3AJNA 4RLNA 2ZILA 1H87A 5FELA 2XJWA 2D4JA 4DD9A 1LHMA 4ML7A 1SQ2L 3TMXA 1GE4A 3WU9A 4ETAA 1GFRA 5KXSA 1IWXA 4NIJA 1GF7A 1JSEA 1UIHA 1D6QA 1OQMA 3P64A 1D6PA 3FI7A 1BHZA 2F30A 3B0KA 1ZMYL 1LHIA 1IWUA 1OUHA 4ET8A 2Z39A 4H9EA 3AW6A 3K3TA 2BQIA 2XBSA 1HEMA 1LSPA 4GCBA 4NSHA 2EQLA 1HERA 1LKRA 4IASA 4EOFA 5C6LA 2DQIY 5KXYA 3WXTA 4HV2A 1SLYA 1YKXX 4MSTA 3D3DA 3ULRA 1VATA 1GF6A 3WXUA 5LYTA 3QNGA 1G7MC 2C8PA 5APFA 4WMGA 1XSFA 4H90A 4WL7A 5APDA 3QE8A 4DD2A 3WULA 1DKJA 1FLQA 1LZTA 1UA6Y 3LHMA 4NHPA 5I53A 2MEAA 1C08C 4H9FA 2BQDA 2NWDX 2XBRA 3WMKA 4ANRA 3TXHA 1B5WA 4WM1A 4QGZA 1GXV2 1GEZA 2YBJA 1LZ9A 3LZ2A 2Z38A 1D0LA 1LJKA 2BQOA 1V7SA 2ZQ3A 1GF3A 3F6ZA 1D9UA 2H5ZA 3B0IA 1DZBX 2I25L 3CT0A 1LSAA 1LZ5A 4DD0A 1C46A 3ZVQA 1CNSA 1JKBA 2W1LA 133LA 4XENA 1BQLY 4G4HA 5I5QA 1BB6A 4PHIA 2DQAA 3IWRA 1DQJC 4LT2A 153LA 4PRUA 1PZYA 4NGLA 5HMJA 2FYCA 208LA 3J6KA 3WUNA 1I56A 1QDTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B4EA 1GF0A 2B73A 2LHMA 1WQPA 4LYCA 177LA 1ALCA 1IP1A 5LZMA 1IWWA 3PDSA 3K2RA 1DXJA 1C6KA 4YM8A 1L06A 129LA 2OTZX 149LA 1C6MA 1LCNA 1L76A 3AGGG 3CDTA 1QTCA 1GFJA 2LYZA 2BQKA 4I7RA 1BWHA 4GN4A 126LA 4XJHA 1JTMA 2ZNWY 2LYOA 3HU9A 2Y8PA 4GLAA 1REYA 1WQMA 1QT7A 5LVHA 4HTNA 3A95A 1LZYA 3WVYA 1L67A 1UCOA 190LA 1CKFA 1SWZA 1QUSA 1B9OA 4H92A 3LYTA 3HH4A 2MEDA 1LZ4A 5L9JA 1DI3A 1IY3A 184LA 1L23A 2HU3A 196LA 4CHXA 1T8AA 2DQJY 205LA 5D5CA 3P68A 127LA 1LSYA 2BQFA 255LA 5B1FA 1HSXA 1LSMA 192LA 4NSIA 1GDWA 3LZMA 4GN5C 1QSQA 1REMA 1FLYA 2DKVA 2EKSC 1E8LA 2RAZX 5KXXA 1L29A 1L21A 3AYQA 4NWHA 1XGRC 2CDSA 1T8GA 5E9RA 2B75A 3HTGA 2EPEA 181LA 3CB7A 1B5UA 1KXXA 1LYEA 2HECA 4GCEA 5LVJA 5HNCA 1LKSA 259LA 5D5FA 3MGWA 2B6WA 3IJUA 2DQGY 2MEIA 1CX6A 1ZV5L 182LA 2F2NA 4ARLA 1L93A 3EBAB 4TTDA 1LSBA 1PQMA 2RB0X 2YBLA 1C6HA 1GBWA 4KXIA 1QSWA 4O34A 5L3HA 3HT9A 1D3FA 1LSCA 258LA 4MR1A 3RUNA 1IP5A 2RB1X 1LZAA 187LA 5KXZA 1LLHA 1IOQA 3RNXA 1CUQA 4ZEEA 2IHLA 3EXDA 3SB5A 3WH1A 2VB1A 4LT1A 1W08A 1LYGA 1VDPA 1C6JA 2XTHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B4E A;  3W6E A;  194L A;  1GF0 A;  2LHM A;  4H94 A;  4OWB A;  5B07 A;  1LZ1 A;  1WQP A;  1LYO A;  4LYC A;  5B59 A;  1ALC A;  1IP1 A;  1C45 A;  1QTK A;  1IX0 A;  1GBZ A;  3W6F A;  4AGA A;  2LZ2 A;  1T3P A;  1YIL A;  1IWW A;  1NQI A;  1QQY A;  3CT5 A;  3G3B B;  4H8X A;  4D9Z A;  1NDM C;  3A91 A;  1DXJ A;  4YM8 A;  2YVB A;  3A96 A;  4ETB A;  1DI5 A;  5EBH A;  4HV1 A;  1YQV Y;  2ZYP A;  5M1Y A;  5J7C A;  4NG8 A;  1LCN A;  4GCD A;  4II8 A;  3CSR A;  4NEB A;  2F4G A;  5KXT A;  7LYZ A;  4WO6 A;  4LT0 A;  2HTX A;  4NGO A;  1DI4 A;  4U3X B;  3AGG G;  3BKV A;  5B1G A;  1GFJ A;  1CJ9 A;  2LYZ A;  3TXE A;  2BQK A;  3W6C A;  1BWH A;  4GN4 A;  4XJH A;  1XGT C;  4ETC A;  2ZNW Y;  2LYO A;  5FCP A;  1VDT A;  2Y8P A;  4GLA A;  1REY A;  4XJD A;  1WQM A;  4J0L A;  5I4Y A;  1CKG A;  5LYZ A;  4BAF A;  2D4K A;  5LVH A;  1XEK A;  4HTN A;  3A95 A;  2BQN A;  1OUG A;  4TUN A;  1LZD A;  1NHE A;  1GFG A;  1LZY A;  3WVY A;  1UCO A;  2MEE A;  2BQB A;  1CKF A;  1G7I C;  2HEB A;  3CT1 A;  1IWV A;  5LIO A;  1IWZ A;  1B9O A; 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 4G49 A;  5L3I A;  1LSF A;  3WVX A;  3AJN A;  4RLN A;  2ZIL A;  1H87 A;  5FEL A;  2XJW A;  2D4J A;  4DD9 A;  1LHM A;  4ML7 A;  1SQ2 L;  3TMX A;  1GE4 A;  3WU9 A;  4ETA A;  1GFR A;  5KXS A;  1IWX A;  4NIJ A;  1GF7 A;  1JSE A;  1UIH A;  1D6Q A;  1OQM A;  3P64 A;  1D6P A;  3FI7 A;  1BHZ A;  2F30 A;  3B0K A;  1ZMY L;  1LHI A;  1IWU A;  1OUH A;  4ET8 A;  2Z39 A;  4H9E A;  3AW6 A;  3K3T A;  2BQI A;  2XBS A;  1HEM A;  1LSP A;  4GCB A;  4NSH A;  2EQL A;  1HER A;  1LKR A;  4IAS A;  4EOF A;  5C6L A;  2DQI Y;  5KXY A;  3WXT A;  4HV2 A;  1SLY A;  1YKX X;  4MST A;  3D3D A;  3ULR A;  1VAT A;  1GF6 A;  3WXU A;  5LYT A;  3QNG A;  1G7M C;  2C8P A;  5APF A;  4WMG A;  1XSF A;  4H90 A;  4WL7 A;  5APD A;  3QE8 A;  4DD2 A;  3WUL A;  1DKJ A;  1FLQ A;  1LZT A;  1UA6 Y;  3LHM A;  4NHP A;  5I53 A;  2MEA A;  1C08 C;  4H9F A;  2BQD A;  2NWD X;  2XBR A;  3WMK A;  4ANR A;  3TXH A;  1B5W A;  4WM1 A;  4QGZ A;  1GXV 2;  1GEZ A;  2YBJ A;  1LZ9 A;  3LZ2 A;  2Z38 A;  1D0L A;  1LJK A;  2BQO A;  1V7S A;  2ZQ3 A;  1GF3 A;  3F6Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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