1ZURA

Crystal structure of spin labeled t4 lysozyme (v131r1f)
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAACNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of spin labeled T4 Lysozyme (V131R1F)
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1zurA00
2F32A 232LA 3C81A 1C6FA 1QUDA 1L28A 2Q9EA 3HTGA 1T8FA 178LA 1L25A 239LA 1L93A 1G0JA 214LA 4I7NA 1LYEA 1CV5A 1L90A 2CUUA 1L01A 4I7JA 103LA 2RB0X 1KNIA 1L86A 1L47A 258LA 1CTWA 1L89A 3SB9A 1C6TA 1L64A 1QT7A 4EKRA 1L91A 3NYAA 3HUKA 3K2RA 2Q9DA 165LA 1L40A 1P7SA 140LA 1QTCA 198LA 4ARLA 1QUOA 2OE9X 1OWYA 1CV1A 254LA 118LA 4LZMA 148LE 215LA 3GUOA 2B6ZA 1L73A 1SSYA 1PQDA 166LA 167LA 2ANVA 1L74A 1DYBA 187LA 1C6DA 1D2WA 156LA 196LA 1DYFA 3RZEA 1LW9A 4OO9A 227LA 1KY1A 1L35A 1SWZA 114LA 109LA 1EPYA 3HT9A 219LA 3SBAA 1L41A 201LA 2RBSA 1L63A 1QS9A 139LA 3CDTA 110LA 3HH6A 2LCBA 1CU0A 4ARJA 104LA 3FI5A 1P3NA 174LA 1QT5A 3L2XA 1C69A 4W57A 2B6TA 149LA 3C8SA 3HT7A 213LA 1L16A 152LA 146LA 1L75A 1L0JA 1T8AA 1L06A 1CU3A 1CU2A 1G0QA 4I7LA 2O7AA 2OU8A 197LA 2RBPA 1L60A 1L29A 161LA 1QTBA 3SB8A 1DYAA 237LA 1G0PA 120LA 1T97A 3UONA 4IAPA 180LA 1P5CA 1L19A 1TLAA 2NTHA 3GUJA 1PQKA 155LA 1C61A 2HUKA 1SSWA 164LA 243LA 1C6CA 1L81A 4YX7C 1PQMA 206LA 4I7RA 1SX2A 1XJUA 217LA 183LA 1LYGA 1C67A 1L04A 252LA 3RUNA 168LA 2RBOA 3SB6A 1L96A 1C6PA 1L80A 3HTBA 1LGWA 3HUQA 1L14A 1DYGA 4K5YA 247LA 4EPFA 4EKPA 1C6HA 3G3VA 3GUMA 4GRVA 172LA 1C63A 251LA 1KS3A 3HT6A 1C64A 1PQJA 4I7KA 200LA 4I7TA 1CV0A 1OV5A 2B75A 3C83A 111LA 1L61A 1PQIA 1D3JA 1L77A 1D3MA 1OVKA 3DN4A 1L24A 1ZYTA 1G0GA 1QSQA 3SN6R 1L65A 2O79A 1P37A 1LYJA 4DKLA 3V2WA 1L58A 4ARPA 1CV4A 3HH4A 102LA 195LA 1D3NA 157LA 245LA 1L0KA 1L55A 1L62A 151LA 1C68A 241LA 4LDLA 1L99A 3F9LA 2F2QA 1T8GA 4ARQA 4S0WA 1L54A 1C62A 1P2LA 3G3XA 190LA 184LA 2RBNA 188LA 224LA 3DN0A 3NY9A 1L32A 2HUMA 108LA 1LI3A 128LA 234LA 1L13A 4EJ4A 3OE6A 119LA 3SB7A 255LA 1LI2A 218LA 220LA 2B74A 2RB1X 210LA 4PK0A 257LA 127LA 1CV3A 1L68A 2RAYX 1G0KA 4PJZA 1T6HA 142LA 2ANXA 2RB2X 1OYUA 1C66A 1QT8A 233LA 1QT3A 3DMXA 1C6AA 1QTZA 199LA 1L97A 222LA 1LYHA 1LWGA 1OVHA 1LLHA 4W51A 1L70A 1L50A 2B70A 3D4SA 192LA 130LA 1G1WA 3C7WA 2HULA 5LZMA 3C80A 1C6NA 185LA 1LYFA 4EKQA 1L20A 1L84A 1C6QA 112LA 1L05A 3HH5A 2F47A 235LA 1CX7A 169LA 1QUHA 3HH3A 4I7PA 4E97A 1OVJA 181LA 1L10A 4ARMA 1C60A 1L56A 2B6YA 2RH1A 2Z6BA 3HTDA 3DN2A 3HU9A 1C6IA 4I7QA 2O4WA 1L92A 1L22A 1L36A 1CV6A 262LA 2B6XA 4W59A 4W53A 1L09A 3L64A 1L33A 246LA 3QAKA 1L44A 1SWYA 2L78A 1CUPA 4EPIA 107LA 191LA 1L85A 1I6SA 1CVKA 1LGXA 126LA 189LA 1DYDA 2RBQA 158LA 256LA 4W58A 3GUKA 1KW5A 3CDVA 1L94A 1QTHA 182LA 1B6IA 226LA 1QUGA 4I7MA 3OE9A 1L79A 176LA 170LA 141LA 138LA 2B7XA 2LZMA 1L67A 3G3WA 159LA 3V2YA 2IGCA 1KW7A 6LZMA 205LA 1CX6A 2B6WA 145LA 1LPYA 1XJTA 1LGUA 2A4TA 3DN3A 1QTVA 1G1VA 1CU6A 1CU5A 240LA 4LDEA 1L42A 1D2YA 2OTYX 160LA 225LA 4GBRB 1P64A 150LA 1P6YA 1KY0A 250LA 4ZPUA 3HWLA 209LA 4YXAC 2QB0B 1QT6A 248LA 1L11A 249LA 1D9WA 4W56A 1L83A 3C8RA 115LA 1L95A 2NTGA 3ODUA 163LA 1L52A 1D3FA 3DNAA 1G0MA 2QARC 238LA 3HDEA 3C8QA 1K28A 216LA 1L48A 3DKEX 2B72A 244LA 1L82A 1L27A 1L51A 1QS5A 1ZWNA 113LA 223LA 4DJHA 242LA 3HUAA 2OE7X 1L59A 229LA 4W55A 1L45A 1JTMA 3DMVA 1L98A 123LA 259LA 1L69A 2RAZX 1L53A 221LA 3PBLA 2OEAX 1OWZA 253LA 1PQOA 2OU9A 3PDSA 1L87A 4I7OA 1L71A 1SX7A 1QT4A 1LI6A 1LYDA 3HU8A 1DYEA 1C6JA 1WTHA 173LA 231LA 4W54A 1L31A 1G07A 1C65A 1L57A 1C6MA 2OE4X 3DN1A 1L23A 3LZMA 3VW7A 137LA 162LA 3C7ZA 1P46A 3GULA 5I14A 1L34A 4ARQB 1L66A 3DN8A 1L43A 3FADA 1NHBA 1L00A 4EKSA 230LA 3GUIA 177LA 3CDOA 4DAJA 4W52A 1L26A 211LA 236LA 2LC9A 1ZURA 1L08A 1LYIA 3CDQA 1L72A 129LA 1L17A 1C6GA 1QTDA 1JTNA 1L88A 1CUQA 1L18A 3JR6A 175LA 1QSBA 212LA 4LDOA 4AQNA 147LA 1LWKA 1L07A 4I7SA 3DMZA 1XEPA 1P36A 1L76A 1L15A 1L03A 1L49A 1L39A 143LA 3GUPA 7LZMA 4EXMA 3C7YA 1L38A 3FA0A 3HTFA 228LA 4YXCA 1JQUA 1C6BA 1L21A 261LA 1C6EA 1L46A 1L12A 2OU0X 1DYCA 3F8VA 1L30A 260LA 3OE8A 3NY8A 2OTZX 1C6KA 171LA 122LA 1OV7A 3GUNA 144LA 1P2RA 3SBBC 3SB5A 2RBRA 1L37A 1G0LA 3C82A 1P56A 125LA 3DN6A 3HT8A 4ARMB 131LA 1G06A 1C6LA 3CDRA 3HDFA 2B73A 186LA 1L02A 3EMLA 3OE0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXPA 3C81A 2Q9EA 1QUSA 1UBZA 4GN3A 1ALCA 1JKDA 1LSZA 1OUHA 1IP4A 2CUUA 1L01A 1GBYA 4PRUA 5KXRA 3SB9A 2XBRA 1L64A 1QT7A 1V7SA 3NYAA 3HUKA 4LYMA 165LA 1L40A 1VAUA 1JUGA 3WUAA 4BAFA 5APCA 254LA 1IP7A 2Z12A 4LZMA 2XTHA 148LE 3LZ2A 1B7OA 2YDGA 1OUGA 1RJCB 1LOZA 1DYFA 1FLWA 1GB5A 3ATOA 2ZWBA 3WPKA 227LA 3TXJA 1L35A 1LZAA 5A3EA 3KAMA 4Z98A 1B5VA 1CKCA 2ZQ3A 139LA 1GFKA 4W96A 3P66A 1CU0A 3CT0A 1FKQA 4N1CC 104LA 3FI5A 1P3NA 1WTMA 2C8PA 1C69A 5D5CA 2B6TA 3AZ5A 4ZEEA 1OUIA 152LA 1JKCA 1T8AA 1CU3A 1VFBC 1F6SA 208LA 2BLXA 2BQJA 5APEA 3CB7A 1QTBA 133LA 4TUNA 120LA 1T97A 3IJUA 4PJ2C 2NTHA 1L19A 155LA 3T6UA 164LA 1LZNA 4YX7C 1PQMA 1C08C 4QGZA 4B1AA 1WQNA 217LA 4ET9A 1L04A 3RUNA 1LZSA 1DKKA 1LJIA 1G7JC 4NG1A 1L96A 1C6PA 2H9JA 1XGUC 1L80A 3HTBA 1UIGA 2ZQ4A 1BVKC 3EO5A 4HP0A 1QSAA 1HFZA 4H9EA 3M18B 4GRVA 3BKHA 5EBHA 251LA 3HT6A 4I7TA 1D3JA 2HEDA 1NHEA 3DN4A 3WH1A 1UACY 1YAOA 3V2WA 1L58A 1LHHA 1O23A 1GF7A 102LA 4NSHA 2YBIA 1GBWA 1GBOA 3M3UA 1L0KA 4DWXA 1C68A 1JKBA 241LA 4ETAA 1L99A 3F9LA 4S0WA 4N9RA 2MEBA 5C6IA 1C62A 1GFHA 1JTOL 4H91A 3N9AA 1LZEA 1UCOA 1REXA 4MCKA 1LJGA 2WARA 2BQAA 234LA 4OW1A 3GXKA 1H87A 3OE6A 1TEWA 3AZ4A 2H9KA 1GB6A 1GE4A 1BB3A 1HELA 1VDSA 2ZIJA 5DL9A 1GFVA 1B7PA 1AKIA 4PJZA 4PGJB 233LA 1QDTA 4KL7A 199LA 1L97A 4H94A 4N1EI 1LYHA 1LWGA 5FCPA 4Z41A 1YQVY 1L70A 1L50A 4OWCA 1AT5A 1LZRA 1G1WA 3C7WA 5KXKA 3W6FA 3C80A 4DC4A 185LA 1L20A 1L84A 3HH5A 4NFVA 2LYOA 1OVJA 181LA 4ARMA 1C60A 2B6YA 1DPWA 2Z6BA 3A8ZA 4G49A 3DN2A 1L22A 1L36A 2ZNWY 4NHSA 5IHGA 1YIKA 3IJVA 3RZ4A 4EPIA 2C8OA 191LA 3TXFA 2RBQA 256LA 4J7VA 1L94A 3IWRA 182LA 4BADA 4L41A 176LA 4LZTA 1L67A 1IC7Y 159LA 1GB2A 6LZMA 205LA 2HU1A 1BVXA 1GF5A 1GB9A 3DN3A 3A91A 1QTVA 2RSCA 1CU5A 3P64A 1LZTA 4W94A 2MEHA 4OOTA 1JPOA 3AW6A 5B07A 1QDRA 4DQJA 2F2NA 1P6YA 1KY0A 2BQKA 2EKSC 3A90A 1JITA 1KXWA 3A94A 4X3BA 1GE1A 1OQMA 2D4IA 1DZBX 1IR8A 249LA 4H9HA 1OUFA 3C8RA 4DQ7A 2NTGA 4AXTA 4J0LA 3TXKA 1L52A 4XJHA 1H6MA 2QARC 1GF0A 2YBJA 1K28A 2EIZC 2D6BA 244LA 2YSSC 1L82A 1ZWNA 1RCMA 223LA 4DJHA 3HUAA 1IOSA 229LA 4KPMA 1L45A 1GFGA 2BQCA 4WM3A 5KKIA 3DMVA 1QQYA 221LA 3TXDA 4ET8A 1SLYA 2OEAX 1OWZA 1PQOA 2OU9A 2DQGY 3PDSA 1UC0A 1IP2A 5DM9A 3SP3A 2Q0MX 5DN4A 1LYDA 2CDSA 4W54A 5A3ZA 1LJHA 4NSGA 5LVKA 4UWVA 2MEEA 3LZMA 4OWEA 1CNSA 3C7ZA 1P46A 1DI3A 4IASA 1L43A 3FADA 2BQDA 1L00A 230LA 1XGRC 3FI7A 1LZYA 4FDYA 236LA 1L08A 1GF6A 1GPQC 5F16A 129LA 1LJ4A 1G7MC 1TAYA 1GE3A 3GXRA 4LFXA 212LA 4LDOA 147LA 1IVMA 4TWSA 1TDYA 5FSTA 3P68A 5KXZA 3QE8A 4XJFA 143LA 4NGZA 4H9IA 7LZMA 4EXMA 4GLVA 1HEOA 1L21A 3EXDA 1L46A 4NWEA 2BAAA 3W6AA 3B72A 1DYCA 1KXXA 2DQCY 1GF3A 3F8VA 1IY4A 3A93A 171LA 1GFEA 1OV7A 1HEWA 5B1GA 4RDSA 2RBRA 1L37A 1G0LA 3SB5A 4ARMB 1VATA 5KXWA 186LA 1L02A 1IY3A 3OE0A 232LA 1C6FA 4P2EA 178LA 1G0JA 4WM4A 4LYZA 1UUZC 1LYEA 1LJFA 1CV5A 3QNGA 4ZIXA 2RB0X 1KNIA 1D0KA 1CTWA 4H8YA 1C6TA 4CHXA 1L91A 1JJ1A 1B5WA 3BKVA 4CFOA 2Q9DA 1CJ7A 4LYOA 198LA 3A6BY 3HFMY 3K3TA 4NGJA 1W08A 1XEJA 1CV1A 4TSCA 4B4JA 4IJ4A 4ETDA 1B7RA 215LA 1EL1A 2B6ZA 1L73A 1PQDA 1HC0A 2LYMA 167LA 156LA 3RZEA 2HUBA 5FHWA 4YF2A 2ZYPA 4OO9A 1KY1A 2AUBA 5FELA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KXP A;  3C81 A;  2Q9E A;  1QUS A;  1UBZ A;  4GN3 A;  1ALC A;  1JKD A;  1LSZ A;  1OUH A;  1IP4 A;  2CUU A;  1L01 A;  1GBY A;  4PRU A;  5KXR A;  3SB9 A;  2XBR A;  1L64 A;  1QT7 A;  1V7S A;  3NYA A;  3HUK A;  4LYM A;  165L A;  1L40 A;  1VAU A;  1JUG A;  3WUA A;  4BAF A;  5APC A;  254L A;  1IP7 A;  2Z12 A;  4LZM A;  2XTH A;  148L E;  3LZ2 A;  1B7O A;  2YDG A;  1OUG A;  1RJC B;  1LOZ A;  1DYF A;  1FLW A;  1GB5 A;  3ATO A;  2ZWB A;  3WPK A;  227L A;  3TXJ A;  1L35 A;  1LZA A;  5A3E A;  3KAM A;  4Z98 A;  1B5V A;  1CKC A;  2ZQ3 A;  139L A;  1GFK A;  4W96 A;  3P66 A;  1CU0 A;  3CT0 A;  1FKQ A;  4N1C C;  104L A;  3FI5 A;  1P3N A;  1WTM A;  2C8P A;  1C69 A;  5D5C A;  2B6T A;  3AZ5 A;  4ZEE A;  1OUI A;  152L A;  1JKC A;  1T8A A;  1CU3 A;  1VFB C;  1F6S A;  208L A;  2BLX A;  2BQJ A;  5APE A;  3CB7 A;  1QTB A;  133L A;  4TUN A;  120L A;  1T97 A;  3IJU A;  4PJ2 C;  2NTH A;  1L19 A;  155L A;  3T6U A;  164L A;  1LZN A;  4YX7 C;  1PQM A;  1C08 C;  4QGZ A;  4B1A A;  1WQN A;  217L A;  4ET9 A;  1L04 A;  3RUN A; 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