1ZURA

Crystal structure of spin labeled t4 lysozyme (v131r1f)
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAACNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of spin labeled T4 Lysozyme (V131R1F)
rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1zurA00
1L61A 1CU5A 3HTDA 1DYDA 3DMVA 1C61A 1L97A 1QSQA 3DN3A 1QTZA 4DAJA 152LA 110LA 187LA 223LA 3OE9A 4PJZA 1C63A 1DYCA 138LA 189LA 1L99A 3GUKA 1L37A 3QAKA 1PQMA 1DYBA 1L07A 1P2RA 1C6JA 199LA 1L88A 1PQJA 2F47A 2OTYX 3K2RA 4W52A 2QB0B 139LA 1L14A 3VW7A 2OE4X 1C6FA 142LA 3LZMA 2CUUA 4YX7C 3DN2A 1QTHA 1PQOA 4EKSA 256LA 3DN6A 2ANVA 125LA 1D3JA 1L02A 1SX2A 1LGWA 2RBQA 1TLAA 3RUNA 2B70A 3L2XA 1L16A 185LA 2NTGA 3JR6A 209LA 1ZWNA 1K28A 182LA 1LGXA 137LA 1ZYTA 127LA 229LA 2RAZX 3C8SA 1L85A 257LA 1C6HA 210LA 3HU8A 1D2WA 1D3NA 3GUMA 247LA 1L0JA 2A4TA 214LA 1T6HA 1D2YA 1C68A 1OYUA 215LA 216LA 1L69A 2OE7X 224LA 1CV5A 1G1VA 4EKRA 1SWZA 1LI2A 220LA 3OE6A 241LA 226LA 232LA 2LC9A 4S0WA 176LA 169LA 4OO9A 1L63A 4LDLA 1L65A 1L06A 5I14A 1L28A 188LA 1DYFA 1L41A 1QS9A 222LA 1L15A 3HUQA 3F8VA 1C6DA 1C62A 3HWLA 4W51A 1C6LA 235LA 1L13A 2LCBA 1PQDA 2ANXA 3C80A 239LA 1L04A 1L93A 4I7OA 1LYDA 1L58A 112LA 1L38A 258LA 3HTFA 1LYJA 4W57A 113LA 1D3FA 246LA 252LA 197LA 1QUGA 3GUJA 1PQKA 227LA 155LA 1QT6A 2F2QA 1LYIA 1LYFA 3HT9A 1P37A 168LA 4E97A 126LA 213LA 233LA 1L40A 1L12A 4ARMB 1P64A 146LA 1C6CA 211LA 1LWKA 2B75A 4I7QA 1L54A 3ODUA 1L82A 1L98A 1LGUA 1C60A 1CV4A 1L39A 1G0JA 1QT3A 1L18A 2B73A 2OU8A 196LA 1OWZA 1C67A 174LA 255LA 1L52A 2RBSA 3DMZA 1P6YA 1QUOA 107LA 1SSYA 175LA 3DMXA 1C6PA 186LA 2B6WA 192LA 1L68A 1L59A 3CDVA 3C81A 2NTHA 234LA 3G3WA 102LA 251LA 2L78A 1L43A 3C8QA 4DJHA 3GULA 1B6IA 161LA 1L11A 2RBOA 1SWYA 1CV3A 4I7KA 1C69A 2RAYX 3RZEA 1QT5A 240LA 1L44A 158LA 1LYHA 2B6XA 3GUIA 2HUMA 3FADA 2RH1A 131LA 3HUAA 3C7WA 4I7RA 3NY8A 3V2YA 3SBBC 242LA 2HUKA 200LA 2Z6BA 3OE8A 1L19A 1JTNA 2RB0X 1L35A 1L89A 147LA 1QTCA 1QTDA 1C65A 228LA 249LA 1ZURA 177LA 2O79A 4W59A 1L66A 2B6TA 1L95A 4DKLA 1LWGA 145LA 1C6BA 1QT8A 4EPIA 3CDTA 1CU6A 1G0LA 2OU0X 1G0MA 3C8RA 166LA 1CV0A 1CUQA 1L30A 217LA 1WTHA 1CU0A 3HH4A 3SN6R 1L86A 114LA 1L46A 2LZMA 1L90A 151LA 1L26A 4I7NA 4ARQA 1D9WA 1KY1A 4I7TA 4YXAC 2F32A 1XEPA 1L76A 3FI5A 1QUHA 2B74A 1OV7A 1L56A 3D4SA 3DN1A 1L47A 3GUPA 3PBLA 4EJ4A 1LPYA 4YXCA 1SX7A 1L94A 1L62A 1L29A 1QT7A 108LA 3HH3A 1L42A 1L03A 1L48A 144LA 218LA 1CV6A 262LA 159LA 1L49A 205LA 4I7JA 1L87A 1G0KA 1JTMA 3C83A 1QT4A 4PK0A 1QSBA 1P36A 3OE0A 170LA 1OVJA 3HT6A 1CVKA 259LA 2Q9DA 1L21A 2OTZX 1L75A 1KS3A 260LA 167LA 1L31A 3SB6A 231LA 1L17A 4EKPA 7LZMA 183LA 1CU2A 1L08A 1C6MA 1OWYA 172LA 3HT7A 4I7SA 1CX7A 1C6QA 4IAPA 4I7PA 109LA 4EXMA 1QS5A 1P46A 1C6TA 1KW7A 115LA 3PDSA 148LE 3CDQA 164LA 2B6YA 1L34A 206LA 1L23A 171LA 1L80A 1L51A 3SBAA 1D3MA 160LA 1OVHA 3SB9A 2B72A 250LA 4ARPA 103LA 4I7MA 111LA 1XJTA 4ARJA 104LA 4K5YA 1EPYA 1NHBA 2RBPA 2RBNA 1CV1A 190LA 150LA 1G1WA 2Q9EA 236LA 4AQNA 1L57A 1LI3A 1L0KA 3G3VA 1T8AA 1L10A 230LA 1L73A 3HU9A 2OU9A 1KW5A 1L45A 1G0PA 3FA0A 163LA 1L67A 3HDEA 140LA 1C64A 1SSWA 237LA 3HDFA 3SB5A 3C82A 3HTBA 157LA 141LA 1L91A 3DKEX 119LA 1L79A 254LA 212LA 4LZMA 3CDOA 1L25A 1C6AA 4LDEA 1C6NA 162LA 195LA 1P56A 4EPFA 1L81A 129LA 3DNAA 1L64A 4EKQA 3C7YA 1PQIA 1DYGA 1L53A 4W53A 4W56A 1T97A 1LYEA 1L00A 1L05A 1G07A 1L92A 143LA 1LLHA 1L20A 253LA 1L74A 1LW9A 198LA 118LA 1T8GA 248LA 1C6GA 201LA 3F9LA 3G3XA 1XJUA 130LA 1G0GA 1KY0A 1L77A 3L64A 1CX6A 122LA 191LA 184LA 1KNIA 3GUOA 2OE9X 1DYAA 1CTWA 4ARLA 1DYEA 1L72A 4ARMA 1QUDA 4W55A 165LA 3NYAA 2QARC 1L71A 4ZPUA 1P7SA 1C6IA 2B7XA 3EMLA 156LA 2HULA 2RB1X 3UONA 3DN4A 1L96A 4LDOA 123LA 1I6SA 1L60A 1P3NA 4W54A 1L84A 4GBRB 2OEAX 2O4WA 3DN0A 3SB8A 243LA 4I7LA 1C6KA 244LA 180LA 3C7ZA 181LA 6LZMA 128LA 1L09A 1CU3A 1QTVA 1L33A 1L27A 2B6ZA 4GRVA 1LI6A 1C66A 1CUPA 1G0QA 3SB7A 149LA 3V2WA 3DN8A 3NY9A 1L32A 3CDRA 1L36A 219LA 1G06A 238LA 2RB2X 4W58A 120LA 3HUKA 1LYGA 1C6EA 3HT8A 1OV5A 1L01A 3HH6A 1QTBA 1L70A 221LA 1L55A 1P5CA 2IGCA 1L22A 3GUNA 5LZMA 1OVKA 261LA 2RBRA 173LA 2O7AA 3HTGA 1L50A 3HH5A 1L83A 225LA 4ARQB 245LA 1T8FA 1L24A 178LA 1P2LA 1JQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CU5A 1YANA 1AKIA 3DN3A 4TWSA 4PRQA 1C63A 1ZMYL 3WU8A 1C46A 3QAKA 1DYBA 5LA8A 1T3PA 3K2RA 5LAFA 1C6FA 1XGQC 1WTMA 2CUUA 4YX7C 4IASA 2BQGA 1PQOA 1GBWA 125LA 1DI5A 2DQHY 2DQGY 4O34A 3RUNA 2B70A 3L2XA 1LZ8A 3ATNA 1UCOA 1DQJC 2BQLA 4XJFA 4DYGA 1K28A 1LGXA 1WQMA 127LA 2RAZX 2DQCY 1HMKA 3C8SA 4U3XB 257LA 3BKVA 4J0LA 1YROA 3RNXA 2VB1A 1B5VA 3A94A 3A3QA 1UBZA 1G7LC 4WO6A 1T6HA 5LVIA 1VDQA 3RT5X 133LA 216LA 1L69A 2OE7X 5IHGA 1CV5A 3OE6A 1CJ8A 226LA 1A2YC 5KXNA 1GFEA 4S0WA 1IP4A 1GFHA 1IOQA 1UICA 3WVXA 1L41A 3A34A 1QS9A 1L15A 1JJ3A 4N0JA 4BAFA 5KXTA 1GBOA 1L04A 1L93A 1OUDA 4ET9A 1LYDA 2Z39A 112LA 1L38A 1UACY 1FKQA 246LA 1LSZA 1F0WA 1PS5A 1QUGA 1G7JC 4N1CC 1QT6A 2MEIA 1LYIA 1LYFA 4XENA 4W96A 213LA 4B4EA 4ARMB 1UC0A 1GE4A 1LYYA 4HJZA 2YDGA 1G0JA 4NSGA 4OOTA 1J1OY 1OWZA 5B59A 1Z55A 2RBSA 1XFPL 3DMZA 1LTMA 3LYZA 1P6YA 1SSYA 2YSSC 1C6PA 1XGUC 4H8XA 2B6WA 4WLXA 3TXBA 1IY4A 1L43A 4DJHA 1LSPA 3HBDA 5B07A 1CV3A 4H91A 1C69A 132LA 3GUIA 1UIDA 3FADA 4NFVA 3V2YA 2DBTA 242LA 3M18B 193LA 3OE8A 1L35A 2Z19A 1QTDA 4H9EA 2HEFA 1N4FA 177LA 2O79A 1CJ7A 1GB9A 2B6TA 1GF6A 4DQJA 1C6BA 5KKJA 2BQDA 1HEOA 1CU6A 3C8RA 4HTKA 166LA 1L30A 1GEVA 1IP5A 1NHEA 3WPLA 1CU0A 3HH4A 5KXSA 1JPOA 1GDWA 4PPOA 5DLAA 151LA 1L26A 1KY1A 1LHKA 4BS7A 1L76A 2BAAA 1LJKA 2B74A 1OV7A 4H9CA 1OUJA 3GUPA 1LHIA 1KIPC 1BQLY 1L42A 3SP3A 1HFYA 262LA 4EMNA 1HENA 1XEKA 3C83A 4PK0A 1QSBA 1GFTA 4YEMA 3P4ZA 1P36A 1YILA 1JWRA 1IP3A 1KS3A 1L75A 5ILFA 1A4VA 1L17A 1EL1A 1YAQA 4EKPA 1OWYA 4NSIA 3HT7A 4I7PA 1QS5A 4CFOA 5JENB 4HV2A 1XSFA 3PDSA 2EPEA 2B6YA 1REZA 4EOFA 1JTTL 1L80A 1YKZX 4WL6A 1HMLA 1MELL 160LA 2LYMA 1SLYA 1DPWA 250LA 103LA 5KXKA 4K5YA 1NHBA 2CGIA 150LA 1G1WA 1D6QA 4AQNA 4L41A 1L0KA 2I26L 1L73A 1LJEA 2BQCA 1G0PA 5LVGA 1LZSA 4P2EA 1D6PA 3HDEA 1SSWA 1C64A 237LA 4DT3A 4NGWA 5LINA 1GE0A 1XGTC 4XJHA 119LA 254LA 4WM6A 4WLTA 1C6NA 2MEBA 1W6ZA 195LA 1P56A 1L81A 1B7QA 129LA 2HU3A 1L64A 3C7YA 1BB4A 1QDTA 1E8LA 4W53A 1T97A 2DQFC 3IJVA 1JEFA 1LYEA 1L00A 1L05A 1LLHA 1L74A 3B0KA 198LA 118LA 1LYSA 2NWDX 4FDYA 1XJUA 1KY0A 1L77A 1LZDA 3GUOA 4LFXA 1VDPA 1DYEA 1IP7A 1IX0A 1HFXA 4RW1A 2I25L 2IFFY 2QARC 1L71A 3EMLA 2A7DA 2HULA 4I8SA 3F6ZA 2LHMA 123LA 4LGKA 3IJUA 3A6BY 4ET8A 244LA 180LA 3TXJA 4HV1A 2YBMA 1V7SA 153LA 1UIBA 1GBXA 1L33A 1YKYX 1C66A 3SB7A 3V2WA 3N9EA 1L32A 4G4CA 1G06A 1INUA 4R6CA 4WG7A 4NHTA 1LSAA 1OV5A 5LA5A 3HH6A 1D0KA 4LFPA 1HEQA 1BB6A 2IGCA 261LA 2RBRA 173LA 2O7AA 4HPIA 3TMXA 3HTGA 4HTNA 3OK0A 3E3DA 4OWBA 1L50A 4UWNA 3G3AB 2ZILA 1L83A 1JITA 4XJIA 225LA 1T8FA 4NGKA 1P2LA 3QY4A 3DMVA 1I20A 4GCEA 1L97A 1QSWA 4DAJA 110LA 1XGRC 4GLAA 223LA 4MCKA 138LA 1PQMA 1AZFA 1P2RA 1L88A 4HPEA 1VAUA 4B4JA 1B7SA 3QE8A 1LYOA 1BHZA 3LZMA 2I6ZA 1EQEA 4CFPA 1IWYA 3DN2A 5KY1A 1B0DA 1GHLA 2FBDA 1IWZA 5HMVA 5I4XA 4NGOA 3D3DA 5DN5A 1H6MA 1L02A 1LGWA 3VWOA 1TLAA 1BWJA 6LYTA 1LMCA 1L16A 3JR6A 209LA 3WXTA 1IORA 4NHIA 182LA 1HSWA 5LVKA 3A92A 4KXIA 1L85A 4ZEEA 3HU8A 4WM4A 7LYZA 3LYMA 4A7DA 4C3WA 1L0JA 4G9SA 2AUBA 214LA 4BAPA 3W6FA 3TXGA 1C68A 1GE2A 1REYA 1QDRA 1T6VL 1G1VA 4EKRA 1SWZA 2FYCA 220LA 241LA 1WTNA 4WM2A 4LDLA 5KXOA 1L06A 1B5ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CU5 A;  1YAN A;  1AKI A;  3DN3 A;  4TWS A;  4PRQ A;  1C63 A;  1ZMY L;  3WU8 A;  1C46 A;  3QAK A;  1DYB A;  5LA8 A;  1T3P A;  3K2R A;  5LAF A;  1C6F A;  1XGQ C;  1WTM A;  2CUU A;  4YX7 C;  4IAS A;  2BQG A;  1PQO A;  1GBW A;  125L A;  1DI5 A;  2DQH Y;  2DQG Y;  4O34 A;  3RUN A;  2B70 A;  3L2X A;  1LZ8 A;  3ATN A;  1UCO A;  1DQJ C;  2BQL A;  4XJF A;  4DYG A;  1K28 A;  1LGX A;  1WQM A;  127L A;  2RAZ X;  2DQC Y;  1HMK A;  3C8S A;  4U3X B;  257L A;  3BKV A;  4J0L A;  1YRO A;  3RNX A;  2VB1 A;  1B5V A;  3A94 A;  3A3Q A;  1UBZ A;  1G7L C;  4WO6 A;  1T6H A;  5LVI A;  1VDQ A;  3RT5 X;  133L A;  216L A;  1L69 A;  2OE7 X;  5IHG A;  1CV5 A;  3OE6 A;  1CJ8 A;  226L A;  1A2Y C;  5KXN A;  1GFE A;  4S0W A;  1IP4 A;  1GFH A;  1IOQ A;  1UIC A;  3WVX A;  1L41 A;  3A34 A;  1QS9 A;  1L15 A;  1JJ3 A;  4N0J A;  4BAF A;  5KXT A;  1GBO A;  1L04 A;  1L93 A;  1OUD A;  4ET9 A;  1LYD A;  2Z39 A;  112L A;  1L38 A;  1UAC Y;  1FKQ A;  246L A;  1LSZ A;  1F0W A;  1PS5 A;  1QUG A;  1G7J C;  4N1C C;  1QT6 A;  2MEI A;  1LYI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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