1ZVYB

Crystal structure of the vhh d3-l11 in complex with hen egg white lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis for the preferential cleft recognition by dromedary heavy-chain antibodies.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/immune system
source organism Camelus dromedarius
molecule keywords Immunoglobulin heavy chain antibody variable domain
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1zvyB00
4BADA 1WQOA 4WLTA 2ZNWY 1GF6A 2FBBA 3QY4A 132LA 1JKDA 1QTKA 5KXNA 5IELA 4OOOA 2HEDA 2FYDA 3LYTA 2BQKA 1D9UA 1XSFA 1GF5A 1LSDA 3CT5A 4WO9A 1GBZA 3W6DA 1B7OA 2XBSA 3AJNA 4TWSA 1D6QA 1IWZA 1C10A 1GEVA 1LZ5A 4DD0A 5KXTA 4C3WA 4Z3MA 4IASA 1HHLA 2BQLA 3AZ4A 4H94A 4MSTA 4WLXA 3WW5A 4XJIA 5II3A 2IHLA 3EO5A 5LA8A 3B72A 1NMMA 4RLNA 1IX0A 1B7LA 1VATA 1WQQA 3W3EA 1GBWA 4B0DA 4WM2A 4O34A 1W08A 3WPKA 1BWHA 1LKRA 2DQFC 1C46A 2F4AA 5LVHA 3N9EA 1JIYA 4PJ2C 1YAOA 4M4OA 1LOZA 1BVKC 5FSTA 1YIKA 3K3TA 1XGPC 4I0CA 4LT0A 3P4ZA 1JJ3A 2DQAA 3CSRA 3E3DA 1GB0A 4OW1A 1GFHA 1IWTA 1CJ8A 1GFEA 1AM7A 4TSCA 1UIBA 1XFPL 4KPMA 2ZYPA 4GLVA 4MCKA 5KXLA 1SLYA 1LSBA 3G3AB 1HEQA 4IATA 1NBZC 5DM9A 4ET9A 1JSFA 1MLCE 5I4XA 4H9BA 4LT1A 2W1YA 1IP6A 1B0DA 1B7MA 1YAMA 4WL6A 1SQ2L 4NGWA 2YDGA 1BHZA 1V7TA 2BAAA 3A93A 4XJGA 1LHJA 5B1GA 4H93A 3TXGA 1GFUA 4G49A 1BB6A 3WVYA 4DWXA 1IWYA 5FDJA 2ZILA 2VB1A 3CSQA 3WYHA 1DKJA 2YBMA 4LGKA 4DD1A 4HPEA 1HC0A 1BQLY 1BB3A 4HJVA 2W1LA 1GF9A 2X0AA 3BKVA 4G4HA 1IY3A 4GCFA 4WM4A 4LYMA 4H9EA 4RDSA 4NWHA 1RE2A 2MEFA 3A91A 3TXEA 3WU9A 4HSFA 1B9OA 3LYOA 1XGQC 3RW8A 1CJ9A 1LSFA 2BQGA 1JJ1A 1JISA 4GN5C 1GB5A 4XADA 1LZTA 2HTXA 4W96A 4QY9A 2DQIY 1GFGA 1V7SA 5APDA 5FHWA 1FN5A 5LAFA 1LHMA 4NHSA 1GF3A 1NKHA 1B7QA 3SP3A 1LMNA 5APCA 4CFPA 2C8OA 1QUTA 1HF4A 1RJCB 3IJUA 2AUBA 2BQDA 4G4BA 4TTDA 4UWUA 4DDBA 3TXDA 2BLXA 1UIHA 1GE4A 194LA 4WO6A 1BVXA 2A7DA 1GFKA 1D6PA 1FLUA 2I6ZA 5C6IA 6LYZA 1FKQA 1XGTC 1PS5A 3ATOA 3HFMY 4NGOA 5KJ9A 2HU3A 1CJ7A 2Z19A 1KXYA 5I4WA 4NGVA 1HERA 3FI7A 2F2NA 1OUIA 4HP0A 1XGUC 5DN5A 1UACY 4H9CA 3T36A 3WVXA 4ETAA 1DI3A 5B59A 3P65A 1A2YC 1REXA 2G4QA 1LZSA 1IP7A 1LSPA 4NGIA 1HFYA 1TEWA 1MELL 1WQMA 3B0IA 4KT3A 1LZ4A 4NGKA 3LN2A 5LYTA 1HEPA 1TDYA 1YROA 2CDSA 2RSCA 4XJHA 1G7HC 134LA 1LMOA 1GB9A 1XEKA 4R0FA 1B5UA 1QDRA 2G4NA 1TAYA 1B2KA 4LYZA 3A95A 4BAPA 2YBLA 1HEWA 4M6DA 5HNLA 1HMLA 2G4PA 193LA 3M18B 4XJDA 1GBYA 1CKGA 2ZIJA 1UIAA 2LYMA 1LZ6A 2Z12A 1JITA 4KXIA 5F14A 4DD2A 1IWVA 1LZEA 5I4YA 1LSGA 3EMSA 1N4FA 4QGZA 1FLQA 4GN4A 4HTQA 4N8ZA 1YANA 2BPUA 4LZTA 4OWBA 1QSAA 3KAMA 5EBHA 3B0OA 4Z41A 1IORA 1OUFA 4GCCA 1JPOA 154LA 4L41A 4HPIA 3LYMA 1WQNA 2EKSC 2W1XA 3P64A 1LZ8A 2BQCA 4J1AA 4NSIA 5HNCA 1LSAA 1DXJA 5L3HA 2D91A 2H9KA 3D9AC 5LVGA 1IWUA 2BQMA 3A67Y 1CKFA 1YAPA 3A34A 5DN4A 2BQEA 1IOTA 4E3UA 3TXJA 1LSZA 1I56A 3VWOA 4AGAA 2DQHY 4DD3A 4RLMA 4H1PA 4KL7A 1GB6A 1UIFA 3W6BA 3N9AA 4WG7A 3A3QA 5LAGA 1GBSA 1YAQA 4YENA 4EMNA 5J7CA 1LJKA 2BQNA 3LYZA 1LZBA 4OOTA 2LYOA 3AW7A 2LYZA 5LVKA 5HMJA 4LYCA 5JENB 3EXDA 1GD6A 1B7PA 1A4VA 1P2CC 1LSMA 1LTMA 1ZVYB 1NDGC 4R6CA 1GB3A 1LHKA 1LSEA 2YSSC 1QSWA 3RNXA 1F6RA 1GE1A 3A96A 5FCPA 3ZVQB 5A3EA 2HEAA 2BQBA 1D0MA 1JTPL 1T3PA 5LIOA 1JSEA 1RI8B 4TX7A 1C43A 1LJEA 3TMUA 1GB8A 4NHTA 5LXWA 3J6KA 4H8ZA 3D3DA 1HMKA 1YKZX 1GBXA 3AB6A 1XGRC 1B7NA 2I25L 4ML7A 3WPJA 135LA 2ZNXY 3ZEKA 1AT5A 1CJ6A 4Z98A 4AXTA 133LA 1ALCA 3RT5X 1FKVA 4DC4A 1NDMC 1BB4A 1GDWA 4H8XA 4ETEA 5B1FA 4Z46A 1G7IC 4XENA 4NFVA 1IR9A 4OWAA 2C8PA 6LYTA 1JEFA 4OWCA 1OUCA 4CFOA 1QDTA 3TMWA 1CNSA 1BB5A 1QUSA 1GAYA 1RFPA 2MEGA 1LJGA 4TUNA 3W6EA 5I54A 1GFTA 1LJ4A 1F0WA 1OUGA 1B7SA 1O23A 1LZGA 208LA 1CKCA 1LHIA 3EBAB 4NG1A 3WUMA 4MR1A 5DLAA 5KXRA 1VEDA 1B5WA 2HECA 1IP1A 1GF0A 1GFJA 4OWEA 4YEMA 2PC2A 3WU8A 1LZCA 5FELA 5B07A 1HSWA 1LZDA 1G7JC 4NHIA 3CQLA 3WUNA 1LHHA 1TCYA 5KXSA 2BQIA 2F4GA 1AZFA 1J1PY 1CKDA 1WVUA 3WXUA 1OUBA 4ETCA 5C6JA 4FJRA 2XTHA 3WULA 1IR8A 1LMAA 1IOCA 1GB2A 4P2EA 1LJIA 153LA 4GCBA 1FLYA 1LSCA 4II8A 2BQJA 3A92A 4NSJA 5I5QA 4RW1A 1WTNA 3P68A 4H9AA 2HEEA 4B1AA 7LYZA 3OJPA 3CB7A 3BKHA 3TXBA 1DZBX 2ZQ3A 4HTNA 5KXPA 5HLLA 1KIQC 1EQEA 1E8LA 4PHIA 4H91A 1IVMA 4ZEEA 4B4IA 1VFBC 5D5FA 1OUDA 4UWVA 1REYA 4PRUA 1QTEA 3B6LA 2IFFY 3IWRA 1OUAA 3TMVA 5B05A 1YKYX 4NIJA 1D0LA 4ZFPA 1IO5A 4EOFA 1I20A 2YBJA 1GFRA 1REZA 2B5ZA 4B4JA 3A8ZA 4ETBA 1IR7A 1GPQC 4NY5A 5DL9A 3A94A 4HV2A 1IP3A 4LYBA 4YM8A 1LZNA 4NGZA 1B5VA 1JTTL 2Z18A 1GE0A 1IWWA 1VDPA 3ULRA 5KXYA 5M1YA 1KXWA 1Z55A 4LT2A 4WM3A 2CGIA 2DQGY 1NWGA 5IDDA 5LINA 1KIRC 3WL2A 1BWJA 4D9ZA 5K7OA 1GEZA 4UWNA 1HENA 4QDNA 3LHMA 2D4IA 2H5ZA 5FEKA 1LSYA 1IP5A 1IWXA 3HBDA 2ZYCA 2D6BA 3AZ5A 1UIEA 1GXV2 4N1CC 1UA6Y 3GXRA 4N9RA 5ILFA 2DQCY 2BQOA 1LHLA 2ZIKA 2EIZC 4J7VA 4DYGA 1TBYA 1INUA 3TXKA 4WLYA 3WH1A 1NBYC 4YOPA 4LFXA 1J1OY 1PZYA 3ZVQA 5KXKA 3AW6A 4NG8A 4XJBA 5IHGA 1ZMYL 1LJFA 5ILCA 4WOAA 2MEBA 4IJ4A 5I53A 3WUAA 4YF2A 1B5XA 1DI4A 1LJHA 5APFA 2DKVA 3WU7A 1IOSA 1LZ9A 5AMYA 1G7MC 1GE2A 1GWDA 4NSGA 1KIPC 3T6UA 3RZ4A 4J1BA 1ZV5L 1HSXA 1OQMA 2HUBA 3TXHA 3AYQA 5KXXA 1WQPA 1DPWA 8LYZA 3W6FA 1JTOL 2MEEA 1DPXA 1BGIA 1LKSA 5APEA 2LHMA 1DI5A 2MEHA 2DQDY 4WM1A 4NHQA 207LA 1IC4Y 3A90A 3N9CA 4WG1A 1HFZA 1YL1X 1B7RA 3AGIA 4H92A 2MEIA 4B4EA 1DKKA 4N1EI 3WMKA 4LYTA 9LYZA 1C08C 1LMCA 1HEMA 4WLDA 5E4PA 1LYZA 1FBIX 2EQLA 2YBIA 4WL7A 3FE0A 4LYOA 1H6MA 4H9FA 4GN3A 1ZVHL 4TSBA 4RW2A 2CWIA 2Z39A 1XEJA 3P66A 3J4GA 4XJFA 1W6ZA 1LZAA 4XN6A 5F9XA 4PGJB 2FBDA 3TMXA 4BAFA 1LZ1A 4NHPA 2DQJY 1FDLY 2FYCA 2GV0A 1JKBA 1GFVA 2BLYA 4H90A 3MGWA 2HEBA 1GFAA 3LZ2A 4DD9A 1HELA 1JKCA 2BQAA 4U3XB 1WTMA 1RCMA 3IJVA 4G4CA 4H8YA 2YBNA 3A6BY 4ET8A 1NQIA 3W6AA 4B49A 4J0LA 1C7PA 1JHLA 1IY4A 5C6LA 1UC0A 3CT0A 4HTKA 4XYYA 1KXXA 2YVBA 5KXZA 5E9RA 1VDQA 1REMA 5F9UA 2Z37A 1B5YA 3G3BB 4NEBA 4NWEA 2DQEY 4I8SA 5KXOA 1DQJC 4HV1A 5T3FA 1OUHA 1WVVA 2WARA 4DD7A 1IEEA 2W1MA 1YQVY 5L3IA 2H9JA 1UUZC 4X3BA 1IC5Y 4C5FA 1LJ3A 1B5ZA 3WW6A 4BS7A 1D0KA 3GXKA 5KY1A 1JWRA 2MECA 4NGJA 1HEOA 1LMTA 1AKIA 1LCNA 1NHEA 5B06A 3TXIA 2MEDA 1LMPA 4CGEA 4H9IA 1EL1A 1T6VL 1JJ0A 4CJ2A 2XJWA 2CJLA 4NGYA 1F10A 4DDCA 5KXMA 4H9HA 1LZYA 1OP9B 4HJYA 5LYMA 1IC7Y 3W6CA 1UCOA 5D5CA 1IIZA 5LVJA 1IP2A 2HEFA 5HMVA 1QQYA 4PPOA 4WM5A 4N5RA 4ANRA 1BB7A 2LZTA 4YEOA 4ETDA 2D4KA 2DBTA 1G7LC 3ATNA 5KKIA 5LYZA 5KXWA 2ZWBA 1H87A 1IOQA 3CSZA 2HU1A 1YL0X 1LSNA 4LFPA 1F6SA 1FLWA 1YKXX 4ZIXA 2N5ZA 3AZ6A 1GBOA 4HJZA 3WXTA 3A6CY 1VAUA 2XBRA 2BQHA 1C45A 2Q0MX 3M3UA 1QIOA 1UICA 4G9SA 1I1ZA 1GXXA 5F81A 5HQ1A 4N0JA 2EPEA 5F16A 4DT3A 1OUJA 3RU5A 1GF4A 1GHLA 1LPIA 1LJNA 3A3RX 2YBHA 3OK0A 1J1XY 1CKHA 1EQ4A 4GCEA 4OWHA 5KKJA 4FDYA 1JUGA 2D4JA 3QE8A 2Y8PA 3WPLA 1LMQA 1GF8A 2LZ2A 1EQ5A 3AGHA 1IP4A 1GE3A 1GF7A 3B0KA 1LZRA 5L9JA 2Z2EA 2ZQ4A 4A7DA 3QNGA 3TXFA 4GLAA 4DDAA 1VDSA 5LVIA 1JKAA 4PRQA 1LJJA 1GB7A 2BQFA 4QEQA 4NGLA 4CHXA 1XEIA 1BWIA 1HFXA 1LYOA 1WQRA 3CT1A 5A3ZA 4WMGA 3HBEX 1UBZA 3HBHA 4GCDA 2A7FA 1LYSA 1UIDA 4LT3A 1YILA 2I26L 1OUEA 3F6ZA 3LZTA 4W94A 2Z38A 2NWDX 2Z2FA 1GDXA 2F30A 3AGGG 3AZ7A 1UIGA 1HNLA 1LYYA 1VDTA 4WM6A 5LA5A 1AT6A 1LAAA 1NF5A 1GAZA 4NSHA 2MEAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YXAC 132LA 4OOOA 1L50A 2BQKA 1D9UA 1L84A 1B7OA 3AJNA 4DD0A 1D6QA 4Z3MA 1SWYA 4H94A 3WW5A 3GUOA 5II3A 4EPIA 2IHLA 5LA8A 169LA 226LA 1IX0A 4WM2A 3HT9A 3WPKA 1BWHA 1LKRA 222LA 1C46A 2F4AA 1L33A 4PJ2C 1L32A 4M4OA 3K3TA 3P4ZA 1JJ3A 1C68A 4OW1A 4TSCA 1XFPL 4KPMA 5I4XA 1K28A 1JSFA 1MLCE 4LT1A 1B7MA 2YDGA 143LA 1BHZA 1I6SA 2BAAA 1L09A 140LA 1GFUA 4G49A 3WVYA 146LA 5FDJA 235LA 1BB3A 4G4HA 4WM4A 1RE2A 3A91A 1LYGA 1G0PA 1SWZA 1LSFA 1P6YA 1JJ1A 2BQGA 3LZMA 1GB5A 2A4TA 1LZTA 2ANXA 2DQIY 5APDA 5FHWA 2NTHA 5APCA 4UWUA 3TXDA 1L27A 1GE4A 3CDRA 1L44A 1D6PA 3DNAA 3FI7A 4HP0A 1XGUC 4H9CA 1REXA 4ARPA 3C7YA 4KT3A 3G3VA 1TDYA 1P46A 2RSCA 1OYUA 1LMOA 1GB9A 1CUPA 2G4NA 1HEWA 1HMLA 4XJDA 186LA 1CKGA 2ZIJA 1UIAA 2Z12A 1JITA 4KXIA 4N8ZA 4GN4A 145LA 1YANA 1L03A 4Z41A 209LA 3HUQA 4EKPA 2W1XA 3P64A 2B72A 2BQCA 5HNCA 1DXJA 5LVGA 1CKFA 236LA 4AGAA 2RB0X 1L65A 225LA 4RLMA 4H1PA 3W6BA 5LAGA 1GBSA 4EMNA 1QT8A 1LJKA 2Z6BA 1LZBA 3AW7A 1LSMA 1GB3A 1L69A 1LI3A 1QSWA 3ZVQB 1L73A 2BQBA 5LIOA 1E8LA 3TMUA 1JSEA 1C43A 1GB8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BAD A;  1WQO A;  4WLT A;  2ZNW Y;  1GF6 A;  2FBB A;  3QY4 A;  132L A;  1JKD A;  1QTK A;  5KXN A;  5IEL A;  4OOO A;  2HED A;  2FYD A;  3LYT A;  2BQK A;  1D9U A;  1XSF A;  1GF5 A;  1LSD A;  3CT5 A;  4WO9 A;  1GBZ A;  3W6D A;  1B7O A;  2XBS A;  3AJN A;  4TWS A;  1D6Q A;  1IWZ A;  1C10 A;  1GEV A;  1LZ5 A;  4DD0 A;  5KXT A;  4C3W A;  4Z3M A;  4IAS A;  1HHL A;  2BQL A;  3AZ4 A;  4H94 A;  4MST A;  4WLX A;  3WW5 A;  4XJI A;  5II3 A;  2IHL A;  3EO5 A;  5LA8 A;  3B72 A;  1NMM A;  4RLN A;  1IX0 A;  1B7L A;  1VAT A;  1WQQ A;  3W3E A;  1GBW A;  4B0D A;  4WM2 A;  4O34 A;  1W08 A;  3WPK A;  1BWH A;  1LKR A;  2DQF C;  1C46 A;  2F4A A;  5LVH A;  3N9E A;  1JIY A;  4PJ2 C;  1YAO A;  4M4O A;  1LOZ A;  1BVK C;  5FST A;  1YIK A;  3K3T A;  1XGP C;  4I0C A;  4LT0 A;  3P4Z A;  1JJ3 A;  2DQA A;  3CSR A;  3E3D A;  1GB0 A;  4OW1 A;  1GFH A;  1IWT A;  1CJ8 A;  1GFE A;  1AM7 A;  4TSC A;  1UIB A;  1XFP L;  4KPM A;  2ZYP A;  4GLV A;  4MCK A;  5KXL A;  1SLY A;  1LSB A;  3G3A B;  1HEQ A;  4IAT A;  1NBZ C;  5DM9 A;  4ET9 A; 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 1UCO A;  5D5C A;  1IIZ A;  5LVJ A;  1IP2 A;  2HEF A;  5HMV A;  1QQY A;  4PPO A;  4WM5 A;  4N5R A;  4ANR A;  1BB7 A;  2LZT A;  4YEO A;  4ETD A;  2D4K A;  2DBT A;  1G7L C;  3ATN A;  5KKI A;  5LYZ A;  5KXW A;  2ZWB A;  1H87 A;  1IOQ A;  3CSZ A;  2HU1 A;  1YL0 X;  1LSN A;  4LFP A;  1F6S A;  1FLW A;  1YKX X;  4ZIX A;  2N5Z A;  3AZ6 A;  1GBO A;  4HJZ A;  3WXT A;  3A6C Y;  1VAU A;  2XBR A;  2BQH A;  1C45 A;  2Q0M X;  3M3U A;  1QIO A;  1UIC A;  4G9S A;  1I1Z A;  1GXX A;  5F81 A;  5HQ1 A;  4N0J A;  2EPE A;  5F16 A;  4DT3 A;  1OUJ A;  3RU5 A;  1GF4 A;  1GHL A;  1LPI A;  1LJN A;  3A3R X;  2YBH A;  3OK0 A;  1J1X Y;  1CKH A;  1EQ4 A;  4GCE A;  4OWH A;  5KKJ A;  4FDY A;  1JUG A;  2D4J A;  3QE8 A;  2Y8P A;  3WPL A;  1LMQ A;  1GF8 A;  2LZ2 A;  1EQ5 A;  3AGH A;  1IP4 A;  1GE3 A;  1GF7 A;  3B0K A;  1LZR A;  5L9J A;  2Z2E A;  2ZQ4 A;  4A7D A;  3QNG A;  3TXF A;  4GLA A;  4DDA A;  1VDS A;  5LVI A;  1JKA A;  4PRQ A;  1LJJ A;  1GB7 A;  2BQF A;  4QEQ A;  4NGL A;  4CHX A;  1XEI A;  1BWI A;  1HFX A;  1LYO A;  1WQR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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