1ZWNA

Crystal structure of spin labeled t4 lysozyme (v131r1b)
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAACNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of spin labeled T4 Lysozyme (V131R1B)
rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1zwnA00
2ANVA 1C6MA 186LA 4LDEA 1L66A 1C6NA 1T97A 1CU0A 180LA 167LA 108LA 1L89A 5LZMA 3SBAA 1DYAA 139LA 2RB1X 1DYDA 148LE 3UONA 1L93A 2B6WA 225LA 3C8QA 3HH3A 1C6BA 1QS5A 3FA0A 4EJ4A 1G1WA 1CU2A 206LA 4ARQB 1QTDA 4GBRB 162LA 1KW5A 1C6IA 4W54A 3C7ZA 2RH1A 1L12A 1L41A 1KS3A 1L43A 1LI6A 1L91A 1QTCA 1L01A 1L31A 1NHBA 246LA 1C6AA 259LA 4YXAC 4I7PA 1LI2A 1KNIA 1CV1A 1G06A 1KW7A 1L0JA 118LA 3C7YA 1CX6A 1LYEA 1PQMA 1LWKA 3GUJA 4EKSA 2HULA 1OWYA 1KY0A 1PQOA 190LA 127LA 1D2YA 3GUMA 1L34A 250LA 1G07A 3NY9A 1L72A 1L36A 107LA 2F47A 1C6TA 1PQJA 2B6TA 1SX7A 240LA 1L53A 184LA 1LGUA 1L63A 1L24A 115LA 1DYFA 1L54A 1L35A 1XJTA 2LCBA 3GUIA 216LA 4I7JA 2LZMA 144LA 1L15A 3NY8A 1QUGA 238LA 1SSYA 183LA 1P6YA 130LA 168LA 1L02A 1L69A 3DMVA 237LA 2IGCA 3SBBC 102LA 1LI3A 1G0QA 1P3NA 152LA 1L11A 1C6DA 166LA 3C80A 1QT7A 1JTNA 1C6PA 1C69A 262LA 1DYCA 4LDOA 233LA 2A4TA 4I7KA 1T8GA 200LA 191LA 2NTHA 1L03A 2B6ZA 3HWLA 3C83A 4PK0A 234LA 3GUKA 1L47A 2OEAX 1L83A 3VW7A 1L73A 4E97A 1CUQA 1QTHA 1L40A 1L61A 1L90A 1L80A 2O79A 221LA 2B7XA 3HUKA 4EXMA 1LYHA 1LWGA 3DNAA 3QAKA 4DAJA 4YX7C 1D3NA 138LA 2ANXA 1L70A 1L55A 4ARMA 1L19A 230LA 1G1VA 1CU3A 1G0KA 2F2QA 1C66A 156LA 197LA 253LA 1C6JA 1L09A 1CUPA 1D9WA 142LA 1OVKA 1QTVA 1TLAA 2RBNA 1LYJA 1D2WA 214LA 3C8SA 1CTWA 2Q9DA 3HT8A 1L04A 1L96A 2B73A 1G0MA 1QTZA 255LA 1L50A 3DN2A 1L95A 3HTGA 251LA 158LA 211LA 1C62A 149LA 3OE0A 3G3WA 1C63A 1JQUA 1G0JA 4I7LA 1LYFA 1L98A 1C6HA 2B6YA 1L13A 1L27A 1L76A 1L29A 1L44A 3CDVA 1OWZA 3DN3A 3SB6A 1CV0A 1L22A 3HTDA 2RBSA 198LA 249LA 1KY1A 4EPIA 1LGWA 1ZURA 1L92A 242LA 1P2LA 235LA 2RB2X 104LA 1L45A 2O4WA 1I6SA 2CUUA 163LA 1SWZA 1L37A 219LA 3RUNA 3EMLA 1WTHA 1CV4A 1QT5A 4DKLA 155LA 4PJZA 1LYGA 111LA 1L64A 1QT4A 1QTBA 1C6LA 4AQNA 4I7OA 3SB9A 4ARMB 172LA 244LA 4LDLA 150LA 212LA 1QUDA 1QT3A 4W57A 1D3FA 1L48A 2OE4X 2RBRA 1OV7A 1C64A 4EKPA 112LA 1T6HA 1SWYA 3HUQA 129LA 260LA 3HDFA 4S0WA 3HUAA 1CU5A 119LA 1L05A 1QS9A 2RBOA 4YXCA 241LA 1L74A 201LA 3SB7A 146LA 181LA 199LA 3RZEA 147LA 236LA 3SN6R 220LA 4GRVA 2QB0B 123LA 3C82A 2B70A 1L88A 3CDRA 2NTGA 1D3MA 1ZWNA 1L59A 3OE9A 188LA 1L14A 128LA 1QUHA 1PQKA 1P64A 3HU8A 1CV3A 3HT7A 3DN1A 2B74A 1D3JA 4W58A 4W55A 1PQDA 4I7TA 1P56A 1L82A 3HT9A 174LA 176LA 145LA 1L60A 2OU0X 1L30A 213LA 4K5YA 1L85A 1CVKA 1C6GA 1P7SA 1L32A 4OO9A 195LA 1L07A 1L16A 245LA 3F9LA 2Z6BA 2RAZX 3SB5A 3G3XA 3K2RA 3DN8A 1L65A 2RBPA 3L64A 1C6FA 1L42A 4I7NA 175LA 182LA 1L49A 3D4SA 4EKQA 1L08A 2OU9A 2QARC 3HH6A 3OE6A 3CDQA 231LA 1L52A 1L57A 1G0LA 189LA 1L51A 1SSWA 160LA 1L26A 1K28A 1L56A 2RAYX 3CDTA 1C6CA 3HH4A 4IAPA 1L23A 141LA 3HT6A 1C6QA 3LZMA 122LA 1G0GA 1L84A 1OYUA 1EPYA 3FI5A 2B75A 1OV5A 3GUOA 4W59A 232LA 1L81A 3GUNA 239LA 1PQIA 3F8VA 1L75A 218LA 171LA 3SB8A 1L20A 1L18A 126LA 1P37A 229LA 248LA 2LC9A 2RBQA 2Q9EA 1LYIA 1L00A 1LPYA 2RB0X 3HU9A 1C65A 1L38A 1P2RA 4I7QA 1L77A 1OVJA 1C60A 1L79A 1B6IA 1LW9A 4W56A 4EKRA 2HUKA 125LA 109LA 3HTBA 161LA 3NYAA 2OTYX 3C7WA 3PBLA 1LYDA 131LA 217LA 137LA 1L97A 3OE8A 120LA 2O7AA 3FADA 5I14A 1L94A 1OVHA 261LA 4I7MA 164LA 3DKEX 1C67A 1L10A 4DJHA 247LA 3DMZA 257LA 4W53A 1CV6A 1G0PA 3PDSA 1LGXA 1L86A 3JR6A 1L25A 1QSQA 2OTZX 196LA 3GULA 7LZMA 1L33A 223LA 226LA 227LA 205LA 1L99A 1DYEA 1L06A 113LA 1CX7A 3GUPA 215LA 2B6XA 1L87A 4ARLA 4EPFA 173LA 1XEPA 3HDEA 1QT8A 3L2XA 1QT6A 2HUMA 151LA 1L68A 170LA 3DN4A 258LA 110LA 3DN6A 254LA 3ODUA 1ZYTA 2B72A 2L78A 1CU6A 1P36A 3HH5A 2F32A 2OU8A 256LA 4ARQA 1XJUA 243LA 114LA 1C6KA 1DYBA 1C6EA 1JTMA 1L0KA 1L71A 2OE9X 4ARPA 103LA 1L67A 1CV5A 1L62A 1L21A 1T8AA 1T8FA 210LA 177LA 140LA 3DN0A 4W51A 4ARJA 1C68A 1L28A 209LA 3CDOA 1L39A 4LZMA 228LA 1SX2A 222LA 3V2YA 1QSBA 3HTFA 1LLHA 187LA 157LA 252LA 1C61A 1P46A 159LA 1DYGA 1QUOA 4I7RA 4W52A 224LA 1L46A 169LA 192LA 4I7SA 165LA 3DMXA 3C8RA 3V2WA 178LA 3G3VA 1L17A 2OE7X 6LZMA 4ZPUA 1P5CA 3C81A 185LA 143LA 1L58A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6MA 186LA 1B5YA 4LDEA 1T97A 1DYAA 3ZVQA 1B7PA 4HPIA 225LA 3C8QA 1AKIA 1LZ1A 1G1WA 1YIKA 1QTDA 4DD9A 2RH1A 4AGAA 1L41A 1KS3A 193LA 1LI6A 3A67Y 2DQDY 5D5CA 1LHIA 1NHBA 1AM7A 1C6AA 1LMAA 1YAQA 1L0JA 2HUBA 118LA 2BQEA 3C7YA 1LWKA 2D4KA 3GUJA 4EKSA 1HFYA 3TXBA 190LA 127LA 2I6ZA 1D6PA 1G07A 1L72A 1GE4A 107LA 1C45A 4CFOA 1SX7A 240LA 1LGUA 1LCNA 1LZCA 1LJ3A 1IWWA 1L54A 2HECA 4N1EI 5KXYA 1NDGC 2LCBA 1IP1A 1PZYA 4X3BA 3NY8A 1YKYX 4ZEEA 130LA 1P6YA 1LKSA 5APEA 237LA 1OUEA 1LZGA 1G0QA 1P3NA 1LZNA 4NSHA 1QT7A 1TBYA 3ZVQB 4H9EA 233LA 2A4TA 4I7KA 1V7TA 1B5XA 5LVIA 4L41A 200LA 191LA 1GFEA 3C83A 4DD0A 1L47A 2OEAX 3VW7A 2IHLA 4TUNA 4LYMA 1L40A 154LA 1LMOA 3P65A 1GB9A 1L80A 4IJ4A 3CT0A 2B7XA 1LWGA 2C8PA 3QAKA 1D3NA 1LJHA 1L70A 1L55A 3GXRA 1LJIA 4H94A 3WVXA 5KXMA 1L19A 1G1VA 1LZ6A 4H9HA 2MEEA 156LA 197LA 4RW2A 1TCYA 1CUPA 4WG7A 2ZWBA 5IDDA 142LA 4RDSA 4NGJA 3HT8A 2HEBA 4RLNA 4N5RA 1HFZA 4DYGA 3RW8A 1GF3A 1LSAA 211LA 3OE0A 1HELA 4I7LA 1LYFA 1IWVA 1C6HA 1L13A 1L27A 4OWAA 1GAYA 1GB7A 1LYYA 3N9EA 1CV0A 3HTDA 4WO6A 4E3UA 1JSFA 1JHLA 249LA 2BPUA 1L92A 1P2LA 4R0FA 235LA 4H1PA 4H9AA 1L45A 2O4WA 4GLVA 2X0AA 4LYCA 1L37A 3EMLA 5F9XA 1QT5A 4WLXA 1IVMA 2LYMA 1C6LA 4I7OA 3SB9A 172LA 1UACY 4LDLA 1LSFA 3CT1A 1LMQA 150LA 2YBMA 5FDJA 1QT3A 1L48A 1BB3A 2RBRA 4GCFA 4QY9A 1C64A 2EPEA 2AUBA 1UIDA 112LA 1LJJA 3HDFA 4S0WA 2ZIKA 4NHIA 119LA 241LA 1L74A 1XEIA 201LA 3SB7A 1I56A 2W1MA 146LA 1W6ZA 181LA 2A7FA 147LA 3SN6R 2YVBA 1GF0A 5DN4A 5APFA 1D3MA 1L59A 1JKAA 4B0DA 1QUHA 3HT7A 1LZTA 2B74A 2LYOA 4W58A 4I7TA 4DQ5A 4CGEA 1EQ4A 1L85A 1P2CC 1LSBA 1AZFA 2H9KA 4NEBA 4OO9A 4TSCA 5I4XA 1OUCA 3BKHA 3SB5A 1C43A 3K2RA 3DN8A 1IEEA 1L49A 1LHKA 2QARC 3CDQA 4QGZA 1BB6A 189LA 1L51A 4LFXA 160LA 4WLDA 1L56A 2RAYX 1L23A 1F6SA 3RZ4A 1JIYA 3LZMA 4N0JA 1L84A 1IOSA 4WLTA 4NGKA 1OV5A 4G4CA 5D5FA 2D4IA 1F10A 3F8VA 1LMTA 1JKDA 4OOOA 2F30A 5ILCA 1L18A 2G4NA 2LC9A 2RBQA 1QDTA 1LYIA 1L00A 5KXZA 1LPYA 3HU9A 1C65A 1CJ6A 5LAFA 1FLUA 1NQIA 4DC4A 161LA 2BQDA 2LZ2A 2LYZA 1LOZA 5K7OA 5KXNA 217LA 2BQOA 261LA 4HSFA 3HBEX 3B72A 4DJHA 5B1FA 3DMZA 4W53A 1G0PA 1LGXA 4H8XA 196LA 3GULA 4MR1A 1REXA 4YENA 226LA 1L06A 4B4JA 3WMKA 4ET8A 215LA 4NWHA 4KPMA 1IO5A 1LKRA 3WPKA 1QT8A 3CSQA 1GXXA 110LA 1CU6A 256LA 2D4JA 4GN3A 1XJUA 1B7RA 1FBIX 4HTNA 4HV2A 1D0MA 2WARA 1L0KA 1BWHA 1L71A 4ETEA 2OE9X 4UWUA 1B7SA 1CKCA 1T8FA 3CSRA 1LJGA 140LA 4GCCA 2CGIA 3CDOA 1B0DA 3AJNA 1UIBA 4YF2A 187LA 3IJVA 4WM3A 4ET9A 252LA 1IY4A 1AT6A 3RNXA 1D6QA 2YSSC 3J4GA 1H87A 3DMXA 4BADA 1B7NA 3WUAA 1L17A 4UWNA 5I4YA 3WYHA 4EMNA 1WVUA 1GEZA 5FELA 1CNSA 108LA 4C5FA 1ALCA 3A8ZA 1L93A 1QS5A 3TXEA 5HMVA 3FA0A 1LMCA 5LAGA 1CU2A 206LA 3TXFA 4W54A 2MEFA 2ZNWY 1L12A 1L91A 1QTCA 3N9CA 2F4AA 1OUFA 1LJEA 1CV1A 1KW7A 1QUSA 1CX6A 1LYEA 1CKDA 7LYZA 2BQNA 4H9CA 1FLQA 1SQ2L 1CKGA 4BAPA 1L34A 1DI3A 1OUHA 5F81A 2F47A 184LA 1T6VL 1L24A 1HERA 3K3TA 3WL2A 1UICA 1L35A 5I53A 3SP3A 4G49A 1JKCA 1B7OA 238LA 183LA 1L02A 4TX7A 4M6DA 1NKHA 1LYZA 3BKVA 102LA 1REMA 5IELA 4LGKA 5KXRA 1L11A 166LA 2FBBA 1C6PA 3J6KA 4DD3A 4LDOA 1HEPA 1WQPA 2D91A 1IX0A 4PK0A 1DXJA 3GUKA 4N9RA 1L83A 1BQLY 1L73A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C6M A;  186L A;  1B5Y A;  4LDE A;  1T97 A;  1DYA A;  3ZVQ A;  1B7P A;  4HPI A;  225L A;  3C8Q A;  1AKI A;  1LZ1 A;  1G1W A;  1YIK A;  1QTD A;  4DD9 A;  2RH1 A;  4AGA A;  1L41 A;  1KS3 A;  193L A;  1LI6 A;  3A67 Y;  2DQD Y;  5D5C A;  1LHI A;  1NHB A;  1AM7 A;  1C6A A;  1LMA A;  1YAQ A;  1L0J A;  2HUB A;  118L A;  2BQE A;  3C7Y A;  1LWK A;  2D4K A;  3GUJ A;  4EKS A;  1HFY A;  3TXB A;  190L A;  127L A;  2I6Z A;  1D6P A;  1G07 A;  1L72 A;  1GE4 A;  107L A;  1C45 A;  4CFO A;  1SX7 A;  240L A;  1LGU A;  1LCN A;  1LZC A;  1LJ3 A;  1IWW A;  1L54 A;  2HEC A;  4N1E I;  5KXY A;  1NDG C;  2LCB A;  1IP1 A;  1PZY A;  4X3B A;  3NY8 A;  1YKY X;  4ZEE A;  130L A;  1P6Y A;  1LKS A;  5APE A;  237L A;  1OUE A;  1LZG A;  1G0Q A;  1P3N A;  1LZN A;  4NSH A;  1QT7 A;  1TBY A;  3ZVQ B;  4H9E A;  233L A;  2A4T A;  4I7K A;  1V7T A;  1B5X A;  5LVI A;  4L41 A;  200L A;  191L A;  1GFE A;  3C83 A;  4DD0 A;  1L47 A;  2OEA X;  3VW7 A;  2IHL A;  4TUN A;  4LYM A;  1L40 A;  154L A;  1LMO A;  3P65 A;  1GB9 A;  1L80 A;  4IJ4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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