1LSEA

The influence of temperature on lysozyme crystals. structure and dynamics of protein and water
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title The influence of temperature on lysozyme crystals. Structure and dynamics of protein and water.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-07-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lseA00
2FYCA 2DQAA 1GFVA 4YOPA 3FE0A 1NBYC 4AXTA 208LA 1LJIA 1AM7A 3W3EA 4WO9A 4HJYA 4HTKA 5DL9A 3F6ZA 1B7RA 1AKIA 4H8YA 3WPLA 5APCA 1B7NA 4Z46A 3AZ5A 3B6LA 1GFUA 1IIZA 2CDSA 1DPXA 2DQHY 4OWAA 2BQOA 3HBHA 5B07A 4H9AA 1BHZA 2ZNXY 3OJPA 5C6LA 1JKDA 1LKSA 3SP3A 1KXXA 4NGZA 4BAFA 1IWZA 1OUEA 3CT0A 1LZ5A 4WMGA 1B2KA 2BQLA 1TEWA 2N5ZA 4GCEA 1JSEA 1DZBX 1LZAA 1YAMA 2BQJA 7LYZA 4GCDA 1LZRA 3A34A 3LYTA 1NBZC 1IWUA 1IVMA 1XGUC 3EO5A 4WM5A 4MSTA 1OP9B 1GBXA 1W08A 3CB7A 1FN5A 3W6AA 3W6CA 1LZDA 1PS5A 1W6ZA 1EL1A 1LMNA 4NFVA 4M4OA 1HMKA 5FDJA 4RW1A 1MLCE 3WW6A 1A2YC 4H9FA 5HNLA 1GD6A 1GFEA 1JPOA 4LT2A 1IC7Y 4N9RA 1GDXA 2LYMA 1IP4A 4N1EI 1D6QA 4H90A 3TXIA 2MEHA 4NSHA 4LFPA 8LYZA 2BQKA 3WXUA 3D3DA 4ETAA 1LZBA 5I4XA 4HP0A 4H92A 4WM6A 3A6CY 5KXKA 2HU1A 5LA8A 1GF4A 4DD9A 1LMCA 1OUGA 5FCPA 5KJ9A 1JWRA 1XEJA 2BPUA 1GF5A 4XJGA 1DQJC 4NEBA 1DI3A 1GBZA 5L9JA 2HTXA 4OWCA 3A96A 5E4PA 4M6DA 1GFKA 3QE8A 4U3XB 3FI7A 2H5ZA 4IASA 4PGJB 1GFTA 1LZEA 1B7LA 2I6ZA 4FJRA 5I4WA 1YKYX 1UIGA 4B4IA 4N1CC 2F2NA 2Z18A 1B7QA 3B0IA 1FKQA 4GLVA 4ETCA 4H8XA 3T6UA 1FLWA 4TWSA 4WM2A 1FLUA 1UCOA 2RSCA 4MR1A 5L3IA 4OOTA 1GFAA 2MEEA 1LZ1A 1GF0A 1GXXA 2MEBA 2AUBA 4W94A 2BLYA 1TAYA 1JTPL 1GB9A 3A67Y 4LYTA 1C7PA 1QUSA 1LSGA 4WL7A 1CKCA 207LA 1WQMA 3A93A 4PRUA 1JISA 1UBZA 4NIJA 1JJ3A 5KXMA 3EMSA 1IWTA 1OUHA 1BB5A 5LYZA 2Z37A 4XENA 1LYSA 5L3HA 3AGIA 1WQRA 2BQNA 4WOAA 5KKJA 1AT6A 2G4PA 5FSTA 3TMWA 1IP1A 4NY5A 1NDMC 5APDA 5HLLA 1DKKA 1B7OA 2DQFC 1NF5A 4XJDA 1GB6A 1LJKA 4C3WA 1J1OY 1LHLA 3LYZA 4LYCA 2BLXA 1XEKA 1B5WA 5LAFA 1HNLA 1GFRA 1LCNA 4LYMA 4WLYA 1GBWA 4ZIXA 4WLDA 1GE2A 1ALCA 3LHMA 1IO5A 1B5XA 5C6JA 1IY4A 1IR8A 1LJNA 4HV2A 2BQGA 1B7SA 3ZEKA 3B72A 1YIKA 4L41A 1VEDA 5DN5A 4D9ZA 4IATA 153LA 1H6MA 2H9KA 3N9EA 5T3FA 5IDDA 4H93A 2X0AA 3HBDA 2ZYCA 3AGHA 1VFBC 4NSIA 1CJ9A 4RLNA 1HMLA 4B49A 2DKVA 3LZ2A 1JSFA 1I20A 1CKHA 4NG1A 5LVHA 1WQNA 2XBRA 1VATA 4DDBA 1HFXA 4PRQA 1GF6A 1VDSA 2W1MA 4NHSA 2GV0A 2B5ZA 2F30A 1XFPL 1NQIA 1LHHA 1B5ZA 4WG7A 4UWVA 1YROA 1HEMA 2Y8PA 3RT5X 134LA 4Z3MA 1UC0A 2NWDX 1UIAA 1HFYA 1OUAA 4NWHA 4ET9A 4O34A 6LYTA 1GXV2 2BQFA 2I25L 1TCYA 2H9JA 4I8SA 4N5RA 2YSSC 1NMMA 1QSWA 5KXPA 1GE4A 1QUTA 1E8LA 5D5FA 1GWDA 4EOFA 3LN2A 1LMTA 2BQAA 4NGWA 3RNXA 1HELA 5B06A 1BWIA 1GBOA 5I5QA 1XEIA 1OUJA 4HPEA 4TUNA 4W96A 4HTQA 1JEFA 1LJ4A 1T6VL 2C8PA 3AW7A 1IY3A 2CGIA 2F4GA 1D0MA 4G9SA 1YQVY 2EPEA 1LZ4A 1OUFA 1RCMA 3KAMA 3N9AA 1JUGA 2HEBA 3P4ZA 4X3BA 4RW2A 2DBTA 3WUMA 2LYOA 1LZCA 1FDLY 1IOSA 1CJ7A 3HBEX 2XBSA 5B1FA 4NG8A 1J1PY 1ZVYB 3W6BA 1VDTA 1GAZA 3WU9A 3T36A 3CT1A 3QNGA 1LJJA 4H9CA 5KXNA 4J1BA 1OQMA 1QQYA 3P68A 1LSDA 1LSFA 1SQ2L 2G4QA 4DDAA 1QDTA 1VAUA 4GN4A 4J0LA 1WTMA 3CQLA 5KXZA 1WQPA 3B0KA 3TXHA 1AZFA 1C43A 2DQDY 5F14A 1IWYA 3K3TA 1GEZA 1ZMYL 2Z2FA 4ETEA 2A7DA 3W6EA 4DD7A 4LGKA 3TMXA 2LZ2A 3LYOA 2LYZA 2MEFA 1HSWA 3ATNA 5KXLA 1JJ0A 1REXA 5K7OA 5KXRA 4NSJA 1JKBA 1JKCA 1GB8A 2W1LA 2ZQ3A 1KXWA 3A3QA 3P66A 4R6CA 1NHEA 3TXGA 4DD1A 154LA 4NHPA 2ZIKA 4H1PA 5IELA 1B5YA 1KIPC 2FBDA 3AB6A 3EXDA 5APFA 4WG1A 4OWHA 5LVIA 1LSAA 1UUZC 3RZ4A 1DI4A 5D5CA 1LJEA 3GXKA 4XJFA 1FLQA 4LFXA 1LMQA 2EKSC 4OOOA 3TXEA 2YBJA 5C6IA 4WO6A 135LA 1B5VA 2YBIA 5LYTA 2Q0MX 1LJHA 1YKXX 3A8ZA 4GCBA 4HV1A 3LZTA 5F16A 2G4NA 4KXIA 2D4JA 1B9OA 1IC5Y 194LA 3AJNA 1GE3A 4UWUA 4KPMA 3VWOA 3W6DA 2PC2A 5HMVA 5F81A 3D9AC 4H9HA 2Z2EA 3WULA 5DLAA 1TBYA 2CWIA 1LJFA 1LHJA 4XJBA 1WTNA 4LYBA 1G7LC 1PZYA 4LT3A 3TMVA 1RE2A 1UIEA 1LAAA 1OUDA 1B7MA 1IORA 4NHQA 4DT3A 4YM8A 5I4YA 1LPIA 4IJ4A 1REYA 4NGIA 3TMUA 3CT5A 4G4BA 1FKVA 2LZTA 4PHIA 5J7CA 1XGPC 3B0OA 1UICA 5LVKA 1D0LA 2BAAA 3HFMY 5LIOA 1GB0A 193LA 4CFOA 2WARA 1ZV5L 1LJGA 1HEQA 2HU3A 3LYMA 1BWJA 4LT0A 1JHLA 1IP7A 2ZNWY 1NDGC 4BS7A 1HEOA 4CHXA 3AGGG 2W1XA 3WVYA 2BQHA 1G7JC 1GBYA 2BQBA 5HNCA 2Z38A 1YL1X 4GN5C 4P2EA 4RLMA 4WM3A 3TXKA 3GXRA 4QY9A 1G7IC 5LA5A 1WQQA 5I53A 4E3UA 2MEGA 3A94A 1GFGA 2EQLA 4WM1A 5F9UA 3WW5A 1OUBA 4H9EA 3P64A 4XADA 4DD3A 4WM4A 3IJVA 4G4HA 1YAPA 1IWWA 1YILA 2I26L 3BKHA 3CSQA 1F10A 4NGJA 5AMYA 132LA 1NKHA 1RFPA 3AW6A 6LYZA 1LTMA 1YAQA 1IR7A 1V7SA 1GFHA 2HUBA 1QDRA 4J1AA 1YANA 2BQIA 5B05A 3WPJA 1HEPA 3J4GA 4ZFPA 4GCFA 4GN3A 4LZTA 1CJ8A 4A7DA 2D6BA 1LSYA 2IHLA 2YBHA 3WU8A 1HHLA 2BQMA 3BKVA 1UIBA 1C08C 1IOTA 1LZ9A 2HEFA 4HJZA 3WL2A 1AT5A 1UIHA 1LHIA 4DWXA 1DPWA 1IWVA 1LOZA 2D4IA 3G3AB 1VDPA 1KXYA 2FBBA 4LYZA 1JKAA 1UA6Y 4LT1A 2IFFY 3RU5A 5DM9A 1BVXA 4XN6A 1UACY 1IP2A 1QTEA 1IP5A 1B0DA 1JIYA 1QTKA 1YAOA 2C8OA 4XJHA 3CSZA 3IWRA 4YEOA 3WUAA 3WH1A 1GE1A 3G3BB 4NGLA 4AGAA 2BQCA 1GB5A 4H91A 4YEMA 2Z39A 1WVUA 1CJ6A 5E9RA 1HSXA 1EQ5A 2DQIY 4DD2A 2FYDA 1LSPA 5KXTA 4FDYA 2ZQ4A 4OW1A 1JTOL 133LA 1BQLY 1I56A 5HMJA 1LSMA 4TX7A 3RW8A 5II3A 2MEIA 4ET8A 4KL7A 1GF8A 1O23A 1VDQA 4QEQA 1HERA 4HSFA 5KXYA 5KXXA 1GF9A 3WUNA 1WQOA 1A4VA 1GB2A 1KIQC 3WMKA 4TSBA 1LSCA 5ILFA 1LSEA 1T3PA 4WL6A 1LMPA 1CKFA 4BAPA 3ATOA 1GF7A 2DQCY 2A7FA 1H87A 5JENB 1LZTA 4QGZA 1LMAA 2BQEA 1LSZA 4HTNA 1BB3A 1IP6A 4H9IA 1GB3A 2Z19A 3J6KA 1RJCB 5KXWA 1BWHA 3TXFA 1HC0A 1DKJA 3AZ6A 1LSNA 1EQ4A 1LZYA 1B7PA 1LYOA 1B5UA 1BGIA 1G7HC 2XTHA 2YBLA 1D0KA 2DQGY 2HEAA 4N8ZA 1GEVA 5EBHA 4B0DA 2MEDA 4II8A 4TTDA 3WYHA 1BB4A 1LZGA 1D6PA 1F0WA 1LZ8A 1C10A 2D91A 1LHKA 5KXOA 1J1XY 1LZSA 5LXWA 1EQEA 3A6BY 3A95A 4WLTA 3TXBA 4B1AA 4DYGA 1JJ1A 3AYQA 4BADA 3E3DA 2D4KA 1Z55A 1G7MC 5IHGA 3OK0A 5KXSA 5I54A 1GPQC 5ILCA 3TXJA 1OUIA 3TXDA 1DXJA 1GF3A 4NWEA 4KT3A 1GFJA 2YBNA 1UIFA 4C5FA 3ZVQB 1IX0A 4YF2A 4NSGA 3ULRA 1XGQC 2BQDA 1HEWA 4NHIA 3QY4A 1LMOA 5HQ1A 4UWNA 2ZWBA 1GE0A 1IWXA 1TDYA 4NGKA 3CSRA 1DI5A 4NHTA 1IC4Y 9LYZA 5B59A 3EBAB 1LHMA 4B4EA 5LVJA 1XGRC 1N4FA 1YKZX 4OWEA 1CNSA 4XYYA 3A91A 3ZVQA 5KY1A 1QIOA 4QDNA 3WPKA 4XJIA 5LYMA 4HPIA 5M1YA 1CKDA 2VB1A 2Z12A 4R0FA 1D9UA 3IJUA 2ZILA 4CFPA 3A92A 4DDCA 2CJLA 5FELA 4NGOA 5KKIA 2YBMA 1GDWA 4WLXA 1LYYA 2ZIJA 1V7TA 1ZVHL 2XJWA 4G4CA 2DQJY 1RI8B 4PJ2C 4I0CA 1HENA 1BB7A 1GB7A 1P2CC 1UIDA 4H9BA 1FBIX 1LZ6A 3M18B 4ML7A 4TSCA 4MCKA 5A3EA 4CJ2A 2F4AA 4DC4A 4J7VA 4OWBA 4B4JA 4ETDA 3N9CA 1CKGA 1OUCA 2YVBA 2HECA 1LZNA 1QSAA 3M3UA 2HEDA 4G49A 1SLYA 5F9XA 5FHWA 4Z41A 1WVVA 1BVKC 3P65A 2W1YA 3W6FA 2EIZC 4H8ZA 1LKRA 1LYZA 4DD0A 1GHLA 5LVGA 4NGVA 2HEEA 4PPOA 1FLYA 4LYOA 1JITA 5B1GA 1JTTL 5DN4A 5LINA 1REZA 1YL0X 4RDSA 5LAGA 3WXTA 3WVXA 1GAYA 1HF4A 1IOCA 2DQEY 5FEKA 4GLAA 4ZEEA 4ETBA 1GBSA 3A3RX 4CGEA 1F6SA 1IEEA 1KIRC 3MGWA 3WU7A 3AZ7A 1INUA 5A3ZA 4HJVA 1LJ3A 1BB6A 1NWGA 1XSFA 1F6RA 1XGTC 4NGYA 2YDGA 3AZ4A 4Z98A 5APEA 4ANRA 4N0JA 4YENA 1REMA 1IOQA 1I1ZA 2MECA 2ZYPA 1LSBA 1HFZA 3A90A 1C45A 1C46A 2LHMA 4GCCA 4EMNA 1IR9A 1MELL 1IP3A 2MEAA 4H94A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XJUA 2DQAA 1GFVA 1NBYC 175LA 1L21A 5DL9A 1B7RA 1AKIA 3WPLA 1B7NA 144LA 1LYIA 3HBHA 239LA 4H9AA 3HUAA 1KXXA 4AQNA 1L00A 1LZRA 1IWUA 1QT3A 1P7SA 1XGUC 3EO5A 4WM5A 1W08A 3CB7A 1FN5A 1W6ZA 4NFVA 3GUIA 4W59A 1MLCE 4H9FA 1JPOA 159LA 2LYMA 4LFPA 8LYZA 3WXUA 198LA 1OWZA 1KS3A 3A6CY 4S0WA 143LA 5LA8A 5FCPA 1D2WA 3HDFA 4NEBA 5L9JA 3A96A 4U3XB 2H5ZA 1L13A 1YKYX 2F2NA 1I6SA 1FKQA 2F2QA 4GLVA 1FLWA 4WM2A 1ZYTA 1KY0A 4OOTA 2MEEA 2O79A 2AUBA 3HT7A 1TAYA 167LA 1JTPL 1GB9A 1L99A 4LYTA 3GUMA 1CKCA 260LA 3A93A 1UBZA 4NIJA 1IWTA 240LA 113LA 2LCBA 5L3HA 3AGIA 1L16A 4WOAA 2B7XA 1NF5A 4XJDA 227LA 2BLXA 1XEKA 1B5WA 1GFRA 1G0LA 4WLDA 5C6JA 156LA 5DN5A 1L14A 3C80A 1H6MA 2H9KA 1L22A 209LA 4B49A 1HMLA 3HTGA 3LZ2A 1CKHA 2ANXA 3FADA 2Z6BA 4DDBA 1HFXA 3SN6R 2GV0A 2B5ZA 4UWVA 1C6HA 1L33A 2Y8PA 1L36A 134LA 1L23A 1UC0A 1L05A 4Z3MA 1PQOA 2I25L 261LA 1GWDA 1C6GA 2BQAA 4NGWA 1HELA 2HULA 1BWIA 1C6CA 5I5QA 128LA 1XEIA 4HPEA 1JEFA 2F4GA 1YQVY 1LZ4A 1OUFA 1RCMA 3KAMA 3N9AA 1G1VA 4RW2A 2DBTA 3WUMA 1QS9A 2LYOA 3HBEX 2XBSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FYC A;  2DQA A;  1GFV A;  4YOP A;  3FE0 A;  1NBY C;  4AXT A;  208L A;  1LJI A;  1AM7 A;  3W3E A;  4WO9 A;  4HJY A;  4HTK A;  5DL9 A;  3F6Z A;  1B7R A;  1AKI A;  4H8Y A;  3WPL A;  5APC A;  1B7N A;  4Z46 A;  3AZ5 A;  3B6L A;  1GFU A;  1IIZ A;  2CDS A;  1DPX A;  2DQH Y;  4OWA A;  2BQO A;  3HBH A;  5B07 A;  4H9A A;  1BHZ A;  2ZNX Y;  3OJP A;  5C6L A;  1JKD A;  1LKS A;  3SP3 A;  1KXX A;  4NGZ A;  4BAF A;  1IWZ A;  1OUE A;  3CT0 A;  1LZ5 A;  4WMG A;  1B2K A;  2BQL A;  1TEW A;  2N5Z A;  4GCE A;  1JSE A;  1DZB X;  1LZA A;  1YAM A;  2BQJ A;  7LYZ A;  4GCD A;  1LZR A;  3A34 A;  3LYT A;  1NBZ C;  1IWU A;  1IVM A;  1XGU C;  3EO5 A;  4WM5 A;  4MST A;  1OP9 B;  1GBX A;  1W08 A;  3CB7 A;  1FN5 A;  3W6A A;  3W6C A;  1LZD A;  1PS5 A;  1W6Z A;  1EL1 A;  1LMN A;  4NFV A;  4M4O A;  1HMK A;  5FDJ A;  4RW1 A;  1MLC E;  3WW6 A;  1A2Y C;  4H9F A;  5HNL A;  1GD6 A;  1GFE A;  1JPO A;  4LT2 A;  1IC7 Y;  4N9R A;  1GDX A;  2LYM A;  1IP4 A;  4N1E I;  1D6Q A;  4H90 A;  3TXI A;  2MEH A;  4NSH A;  4LFP A;  8LYZ A;  2BQK A; 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 1QIO A;  4QDN A;  3WPK A;  4XJI A;  5LYM A;  4HPI A;  5M1Y A;  1CKD A;  2VB1 A;  2Z12 A;  4R0F A;  1D9U A;  3IJU A;  2ZIL A;  4CFP A;  3A92 A;  4DDC A;  2CJL A;  5FEL A;  4NGO A;  5KKI A;  2YBM A;  1GDW A;  4WLX A;  1LYY A;  2ZIJ A;  1V7T A;  1ZVH L;  2XJW A;  4G4C A;  2DQJ Y;  1RI8 B;  4PJ2 C;  4I0C A;  1HEN A;  1BB7 A;  1GB7 A;  1P2C C;  1UID A;  4H9B A;  1FBI X;  1LZ6 A;  3M18 B;  4ML7 A;  4TSC A;  4MCK A;  5A3E A;  4CJ2 A;  2F4A A;  4DC4 A;  4J7V A;  4OWB A;  4B4J A;  4ETD A;  3N9C A;  1CKG A;  1OUC A;  2YVB A;  2HEC A;  1LZN A;  1QSA A;  3M3U A;  2HED A;  4G49 A;  1SLY A;  5F9X A;  5FHW A;  4Z41 A;  1WVV A;  1BVK C;  3P65 A;  2W1Y A;  3W6F A;  2EIZ C;  4H8Z A;  1LKR A;  1LYZ A;  4DD0 A;  1GHL A;  5LVG A;  4NGV A;  2HEE A;  4PPO A;  1FLY A;  4LYO A;  1JIT A;  5B1G A;  1JTT L;  5DN4 A;  5LIN A;  1REZ A;  1YL0 X;  4RDS A;  5LAG A;  3WXT A;  3WVX A;  1GAY A;  1HF4 A;  1IOC A;  2DQE Y;  5FEK A;  4GLA A;  4ZEE A;  4ETB A;  1GBS A;  3A3R X;  4CGE A;  1F6S A;  1IEE A;  1KIR C;  3MGW A;  3WU7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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