1LYEA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVIVKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyeA00
4E97A 1QTZA 259LA 3HWLA 2RBSA 1XJTA 4YX7C 1T8FA 1P2RA 1C6EA 1OWZA 4ARQB 1C61A 3HU9A 3C83A 191LA 251LA 1K28A 189LA 1C6MA 4W53A 1CV3A 103LA 1L74A 1LI6A 1L37A 4I7TA 4PK0A 1L65A 1XEPA 1SX2A 1QSQA 4GBRB 3FI5A 4EKRA 226LA 1L09A 2RB0X 1C6IA 1C69A 1G0LA 1CU5A 4I7KA 246LA 1LI3A 119LA 5I14A 2F2QA 146LA 2OU8A 211LA 1L12A 110LA 4EJ4A 122LA 3OE9A 177LA 1L71A 1C64A 1L92A 1LYDA 3SBBC 157LA 2CUUA 1G0PA 172LA 2B73A 3HUKA 1P64A 2LC9A 224LA 174LA 1L23A 1QS9A 3VW7A 221LA 220LA 1L58A 130LA 2RBOA 4LDLA 1CUPA 128LA 159LA 228LA 1OVKA 1L18A 2O7AA 3NY9A 112LA 1L43A 4I7PA 1L62A 1KW7A 1L05A 113LA 1D3JA 1L68A 1C65A 210LA 1L83A 3C7WA 1L86A 4ARMB 173LA 2A4TA 2B70A 1L0KA 3DN1A 1L80A 1L39A 4DJHA 4LDOA 1L36A 1L13A 3HH5A 3PBLA 4K5YA 2ANXA 1DYEA 241LA 3GUIA 131LA 1D3MA 2RB1X 4ARQA 1L24A 1B6IA 1QTVA 1PQKA 222LA 4AQNA 4IAPA 1QUGA 1WTHA 2OE9X 5LZMA 1C6FA 1L45A 3GUOA 4YXCA 1D3FA 141LA 180LA 1P6YA 1P56A 1L77A 2Q9EA 195LA 198LA 260LA 1KY1A 1P46A 235LA 3F8VA 120LA 3HTBA 1QT8A 152LA 3DN0A 1C67A 1C66A 261LA 1ZWNA 169LA 1C62A 1L49A 1LWGA 1OWYA 4W55A 3HTGA 1QSBA 3DMVA 1D3NA 1CU3A 1EPYA 1L54A 164LA 1QTCA 155LA 1DYAA 2OE7X 151LA 1LI2A 1QT3A 2OTZX 3SB6A 1PQOA 2HULA 188LA 1CU0A 1T6HA 256LA 162LA 1L19A 249LA 3GULA 1PQMA 115LA 4ARMA 1C6AA 197LA 215LA 1SSWA 1C6HA 2ANVA 2NTHA 1ZYTA 1L84A 2RBPA 4W54A 258LA 2LCBA 3HUAA 1CX6A 1QUHA 233LA 1CX7A 1C6DA 3CDTA 223LA 2F32A 1L26A 1OV7A 3HTDA 4GRVA 3SB9A 240LA 253LA 6LZMA 182LA 1L27A 1L34A 1L01A 178LA 2Q9DA 200LA 3HT9A 1P2LA 3CDQA 1L96A 4S0WA 3QAKA 214LA 1L59A 1PQIA 3DN2A 1L10A 145LA 242LA 237LA 3SB7A 1P3NA 1L91A 1L06A 1L93A 1C6LA 1LW9A 3V2YA 1L50A 3SB5A 1L51A 2IGCA 1KS3A 3L64A 1L03A 2RBRA 1L21A 1L47A 217LA 3HT6A 230LA 1L79A 1G0JA 1P37A 1T8GA 1L44A 1L25A 3JR6A 1DYBA 1LYIA 140LA 184LA 243LA 1CV4A 1L02A 245LA 170LA 4LZMA 1SWYA 1L53A 1KW5A 1L32A 216LA 262LA 3DKEX 1SX7A 1G0MA 1CTWA 1L75A 2OU9A 4EPIA 196LA 3OE0A 156LA 2B6TA 3C8SA 201LA 1QT5A 1L48A 1LPYA 4EKQA 3C80A 176LA 147LA 244LA 1L82A 1L56A 1PQJA 1QT6A 4I7SA 125LA 111LA 1L04A 1L70A 1C6PA 1LYGA 1JTNA 137LA 168LA 1JQUA 4I7OA 1DYDA 3HDEA 150LA 2B74A 234LA 1L60A 3HH4A 1L40A 229LA 2O4WA 1TLAA 149LA 1QTBA 139LA 2RH1A 1L17A 1LGWA 1G0GA 1L29A 107LA 2RAYX 1L30A 3OE8A 1P5CA 1QUOA 2O79A 2L78A 1L08A 2OEAX 4W51A 4EPFA 1G0KA 2Z6BA 3C8RA 1OV5A 4I7LA 1LYFA 206LA 186LA 1L67A 1L46A 2RBNA 114LA 1L69A 212LA 3HU8A 1L14A 118LA 257LA 1L11A 4W52A 2HUMA 247LA 1C6GA 3RZEA 166LA 1DYCA 1ZURA 1L38A 3DN6A 231LA 2OTYX 1KNIA 199LA 102LA 3V2WA 187LA 1DYGA 4W57A 3G3XA 3SB8A 3HTFA 1CUQA 205LA 3LZMA 2B72A 1QTHA 1L81A 4W58A 1L61A 4ARJA 209LA 158LA 3GUNA 2OU0X 1D2YA 1C6BA 1L66A 1L76A 142LA 4LDEA 4EKSA 1CU2A 1L52A 3DMZA 3D4SA 1L64A 190LA 2HUKA 161LA 238LA 1C6CA 3DN3A 1QS5A 1LYHA 3GUJA 1D2WA 252LA 3L2XA 3RUNA 1OYUA 2F47A 1G07A 2OE4X 1L72A 165LA 2B6ZA 1DYFA 1L57A 1LGUA 175LA 109LA 1T97A 4W59A 3GUPA 3DNAA 219LA 3HH3A 1SSYA 4ZPUA 1P7SA 239LA 1L22A 1L99A 1QUDA 3DN4A 2B6XA 1C60A 1L31A 1CV1A 3HT7A 192LA 1L28A 185LA 254LA 2RB2X 3CDVA 2LZMA 4DKLA 4I7NA 3SN6R 1L20A 1L00A 1L35A 1L98A 183LA 4EXMA 4W56A 104LA 3G3VA 4EKPA 1LGXA 2B6YA 7LZMA 160LA 1C68A 1C6QA 163LA 1L16A 4I7RA 1OVHA 3NYAA 1G1WA 127LA 3C7YA 3FA0A 3DMXA 232LA 1L94A 1C6NA 2B6WA 2QARC 4YXAC 129LA 1XJUA 1L87A 1LYJA 3HH6A 3CDRA 3HUQA 1L90A 123LA 3DN8A 1LWKA 1L63A 2RBQA 3C8QA 1L55A 1L95A 1L33A 3HDFA 1LYEA 1C63A 1G0QA 255LA 3ODUA 225LA 3F9LA 4OO9A 1NHBA 1C6KA 1CU6A 167LA 4I7JA 4I7MA 4I7QA 126LA 3K2RA 1L0JA 3SBAA 3FADA 3GUMA 1QTDA 1L89A 1L85A 1KY0A 1G1VA 181LA 213LA 1OVJA 148LE 3C81A 1CVKA 1SWZA 1D9WA 2B75A 1T8AA 3NY8A 4ARLA 1QT7A 4PJZA 1L88A 1L41A 1QT4A 1JTMA 1PQDA 3UONA 2RAZX 1L07A 1C6TA 250LA 138LA 1L15A 2NTGA 144LA 4DAJA 108LA 1LLHA 3C82A 1G06A 3G3WA 3OE6A 3PDSA 1L97A 3EMLA 1L42A 1CV6A 248LA 143LA 3GUKA 4ARPA 1L73A 1CV5A 227LA 171LA 3HT8A 3CDOA 1I6SA 236LA 1C6JA 2B7XA 2QB0B 3C7ZA 218LA 1CV0A 1P36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IWTA 1LAAA 1T8FA 4Z98A 1XGRC 3EMSA 4NHTA 1FLUA 1GD6A 1C61A 3LZ2A 191LA 1K28A 189LA 1L74A 2DQEY 4N9RA 1A2YC 4GBRB 1JJ1A 4M4OA 1REYA 226LA 5F9UA 3A96A 5FDJA 3KAMA 3RW8A 1SLYA 246LA 3TXBA 1UUZC 3E3DA 4RW2A 5I14A 1L12A 2W1LA 2G4PA 4J1AA 3SBBC 4IJ4A 5B59A 3CT0A 172LA 2H9KA 135LA 2YBIA 5B07A 1LZ9A 224LA 4B4EA 220LA 1L58A 159LA 1QSAA 4DDCA 1L05A 1ZMYL 1D3JA 1L68A 1C65A 210LA 3WUMA 5B05A 5LAFA 4ARMB 3OJPA 2B70A 4LGKA 1OUEA 4NGVA 3WL2A 1E8LA 4NGIA 3AB6A 3PBLA 4GLAA 3A95A 1DYEA 241LA 3GUIA 1D3MA 1RI8B 1YAQA 1L24A 1B6IA 2MEEA 1GF9A 2OE9X 5LZMA 1UICA 1LYSA 2C8OA 4PJ2C 1GHLA 1B9OA 1GFVA 4GN4A 3IWRA 3AZ4A 198LA 260LA 2DQJY 2DQFC 235LA 4NHQA 5KXOA 1BVKC 1FKVA 1BB3A 152LA 4G49A 3D3DA 261LA 4IATA 4N8ZA 4LT1A 1EQEA 1LHJA 1OWYA 1HERA 1QSBA 1LYYA 1L54A 4GCFA 1BVXA 1LZNA 1QTCA 1EQ5A 1V7TA 2OTZX 5HNCA 5LIOA 2MEAA 3CT5A 5KXLA 1W08A 256LA 1MLCE 3GULA 1PQMA 5L9JA 3GXKA 4ARMA 1SSWA 1IEEA 1ZYTA 1HELA 1WTNA 4W54A 2RBPA 1D0MA 258LA 1D0LA 1CX6A 3A67Y 1GAYA 1C6DA 4DWXA 2F32A 1SQ2L 1C7PA 4GRVA 3TXDA 2HUBA 2Z2EA 1LPIA 5DLAA 1PZYA 2MEFA 5KKJA 3AZ6A 3WUAA 3WXTA 4GN3A 2I25L 1G7HC 1PQIA 5ILFA 5F81A 1P3NA 1L06A 2IGCA 2MECA 1F0WA 1GF4A 1L03A 5DN5A 217LA 1D6QA 132LA 1L25A 3JR6A 1LYIA 140LA 243LA 1CV4A 4RDSA 1B7OA 4FDYA 1SWYA 2WARA 1J1OY 1L75A 4ETCA 4EPIA 3B0OA 5LVIA 3WU8A 1QT5A 2N5ZA 1L48A 4EKQA 1OUJA 1EL1A 4XJHA 133LA 4DQJA 1L56A 4G4CA 4I7SA 111LA 1GF3A 3WYHA 1GE4A 1DYDA 1YANA 4PRQA 1L40A 1DKKA 4WOAA 1WQQA 1BGIA 1QTBA 4NFVA 1LJFA 2RH1A 1FN5A 1WVUA 107LA 2RAYX 1L30A 3QY4A 1P5CA 2O79A 4W51A 1AT5A 1IOTA 2F4AA 2BQOA 1LYFA 186LA 1IOSA 2RBNA 212LA 1L11A 2F2NA 1GWDA 1KIQC 3RZEA 2BQFA 1C10A 1DYCA 1L38A 2XTHA 231LA 1WQRA 1GFEA 1JJ0A 1LMCA 3TXHA 4HTQA 4J7VA 1DYGA 1HHLA 1XGPC 4NGZA 1BQLY 205LA 5L3HA 1CJ7A 2G4QA 4WG1A 3AYQA 1GBYA 4B4JA 4UWVA 158LA 1DKJA 1L66A 1GFGA 1CU2A 1HEPA 4NSGA 2ZNXY 4KL7A 4NSIA 2DQDY 5FHWA 2MEBA 2HUKA 161LA 3GUJA 3FE0A 252LA 2F47A 2YBNA 1BB7A 1G07A 2H9JA 4RLMA 1L72A 1FBIX 2YDGA 1REZA 4DYGA 4HPEA 2D4IA 1LGUA 4I0CA 1B5ZA 1IP1A 1T97A 4W59A 219LA 2DKVA 4H1PA 2D4KA 4ZPUA 4TTDA 4NWHA 1QUDA 1GFJA 1C60A 2ZQ4A 134LA 4R0FA 1GB5A 1LJNA 5DM9A 4OW1A 1L20A 1L00A 1LSZA 1OUCA 4DC4A 3J4GA 3P66A 5I5QA 2B6YA 7LZMA 160LA 1C68A 1L16A 1YKXX 2H5ZA 2RSCA 3DMXA 1LSGA 4YEMA 4M6DA 5HMVA 1G7LC 1IY3A 4NGJA 4NGKA 3C8QA 2RBQA 3GXRA 3LYTA 3N9EA 1GB0A 2D4JA 1LMTA 1L33A 5D5CA 1I56A 3ODUA 1GF8A 5J7CA 225LA 2BQGA 1NBZC 167LA 4I7MA 4I7QA 5KXTA 126LA 4H91A 3K2RA 1UIEA 5C6IA 1DXJA 3FADA 3GUMA 1G7IC 3RNXA 3AJNA 1OVJA 4PGJB 1CVKA 1SWZA 3M3UA 2B75A 1T8AA 1QT7A 194LA 1L88A 2DQHY 1FLWA 4DQ7A 1PQDA 1L15A 3N9CA 4YF2A 2DQCY 1IOQA 3WPLA 108LA 1LMQA 3OE6A 1YAPA 2ZYPA 3PDSA 2BQLA 3P64A 1L97A 3GUKA 1CKGA 1DPXA 5DL9A 1LZDA 2QB0B 4HSFA 154LA 1JTPL 1GE1A 3W6FA 1P36A 3ZVQA 2BQDA 1IIZA 3HWLA 4R6CA 3WUNA 5I4XA 1C6EA 1LSYA 4ARQB 3C83A 1GBXA 103LA 2BQIA 1L37A 4PK0A 4D9ZA 1IP2A 9LYZA 4HV2A 3WVYA 4I7KA 4II8A 5KXZA 119LA 211LA 122LA 177LA 1L71A 5FEKA 1L92A 4DDAA 1C43A 4H8XA 1G0PA 1HFYA 1C45A 1CJ8A 5KXWA 4NY5A 1NHEA 4YM8A 3G3AB 3VW7A 3A91A 221LA 4QDNA 2RBOA 4LDLA 1KXXA 228LA 1A4VA 3NY9A 2O7AA 2EKSC 1OUAA 1L62A 2BQAA 1IWZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IWT A;  1LAA A;  1T8F A;  4Z98 A;  1XGR C;  3EMS A;  4NHT A;  1FLU A;  1GD6 A;  1C61 A;  3LZ2 A;  191L A;  1K28 A;  189L A;  1L74 A;  2DQE Y;  4N9R A;  1A2Y C;  4GBR B;  1JJ1 A;  4M4O A;  1REY A;  226L A;  5F9U A;  3A96 A;  5FDJ A;  3KAM A;  3RW8 A;  1SLY A;  246L A;  3TXB A;  1UUZ C;  3E3D A;  4RW2 A;  5I14 A;  1L12 A;  2W1L A;  2G4P A;  4J1A A;  3SBB C;  4IJ4 A;  5B59 A;  3CT0 A;  172L A;  2H9K A;  135L A;  2YBI A;  5B07 A;  1LZ9 A;  224L A;  4B4E A;  220L A;  1L58 A;  159L A;  1QSA A;  4DDC A;  1L05 A;  1ZMY L;  1D3J A;  1L68 A;  1C65 A;  210L A;  3WUM A;  5B05 A;  5LAF A;  4ARM B;  3OJP A;  2B70 A;  4LGK A;  1OUE A;  4NGV A;  3WL2 A;  1E8L A;  4NGI A;  3AB6 A;  3PBL A;  4GLA A;  3A95 A;  1DYE A;  241L A;  3GUI A;  1D3M A;  1RI8 B;  1YAQ A;  1L24 A;  1B6I A;  2MEE A;  1GF9 A;  2OE9 X;  5LZM A;  1UIC A;  1LYS A;  2C8O A;  4PJ2 C;  1GHL A;  1B9O A;  1GFV A;  4GN4 A;  3IWR A;  3AZ4 A;  198L A;  260L A;  2DQJ Y;  2DQF C;  235L A;  4NHQ A;  5KXO A;  1BVK C;  1FKV A;  1BB3 A;  152L A;  4G49 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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