1LYFA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVISKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyfA00
1C6QA 3SB9A 1C62A 1P36A 4EPIA 1XJTA 1LGWA 1C67A 1L52A 1T97A 4YXAC 1CV1A 1SSWA 1EPYA 1L03A 3DKEX 217LA 3HWLA 3L64A 1L22A 3UONA 1L76A 3GUOA 3GUKA 1L51A 4EPFA 3HT8A 257LA 143LA 1OVJA 1CU3A 4W58A 233LA 225LA 189LA 162LA 3JR6A 1OYUA 1G07A 1C65A 2B73A 128LA 215LA 3G3XA 1QUDA 209LA 119LA 1LYIA 4W56A 3C8SA 4W59A 1QTHA 1L31A 174LA 155LA 1L35A 3DN3A 1C61A 1LGUA 1L14A 1L24A 4DJHA 1DYGA 249LA 3C7ZA 3V2WA 3PBLA 3V2YA 2OTZX 247LA 1L00A 246LA 2OE4X 2RAYX 227LA 1CX7A 2B6XA 4S0WA 2RH1A 3DN6A 1L32A 1L75A 218LA 4ARPA 1C6EA 1L81A 2OU8A 3SB5A 1L48A 4I7KA 230LA 4ARLA 3LZMA 166LA 1QT4A 1L23A 3DN2A 205LA 1D3FA 222LA 1PQKA 2RB0X 220LA 1L82A 157LA 1C6FA 170LA 1L25A 185LA 1L39A 1CU2A 125LA 2RB1X 1L16A 2F2QA 1QTCA 1WTHA 1L63A 1CV3A 4YX7C 1G1WA 113LA 3F8VA 176LA 3OE8A 127LA 1L85A 3DMZA 173LA 4PK0A 3G3VA 3OE6A 3HUAA 3SB6A 261LA 1LYEA 198LA 3GULA 1L55A 259LA 4EKSA 2B72A 3CDVA 1L57A 6LZMA 159LA 4ARQB 1T8GA 4EKQA 1CV5A 242LA 181LA 3OE9A 4ARMA 1LI6A 156LA 1L42A 2B70A 3DNAA 169LA 5LZMA 238LA 196LA 151LA 2ANXA 1QT3A 1LPYA 3NY8A 1C64A 3L2XA 3NY9A 1DYDA 1L07A 1L46A 1P2RA 3DN1A 1T6HA 3GUIA 1L0JA 4E97A 1L02A 1PQOA 2RBSA 3SN6R 3CDQA 1CV6A 3FADA 1L94A 1QUGA 258LA 1L21A 152LA 4EKRA 4W53A 1L73A 1G06A 187LA 234LA 1L15A 1L59A 140LA 2OE9X 2OEAX 1D2WA 2OU0X 3GUNA 1L10A 240LA 2B74A 1L53A 1KY1A 1QTBA 3GUMA 1JTMA 251LA 211LA 1L79A 171LA 1L66A 1L34A 164LA 213LA 178LA 3PDSA 2IGCA 1D3NA 168LA 1TLAA 255LA 172LA 2NTGA 1L04A 4LDLA 1P2LA 200LA 229LA 2B6ZA 2O7AA 3FA0A 3HTGA 1C69A 1L49A 1LGXA 1SWZA 3RZEA 1L56A 120LA 3C7WA 3HH5A 137LA 139LA 1L60A 1L95A 4LDOA 1L98A 2CUUA 248LA 1CUQA 1LW9A 3C80A 1SX7A 1L77A 4W51A 1L93A 7LZMA 131LA 1CUPA 1QS5A 212LA 2RBRA 3SB8A 1L28A 239LA 175LA 1QUOA 1C6PA 256LA 4OO9A 4W54A 4I7RA 1L11A 192LA 2RBOA 252LA 1L43A 1L62A 1L97A 4YXCA 1C6MA 3HDEA 1L45A 184LA 214LA 243LA 149LA 1L69A 1LYHA 1L0KA 1C63A 1CU0A 1PQIA 4EKPA 3K2RA 1P5CA 1G0KA 1DYBA 3SBBC 1LI2A 3GUPA 221LA 1L61A 4PJZA 2NTHA 3HTBA 1C6HA 1L12A 210LA 1G0QA 1G0LA 4IAPA 3DN4A 142LA 1L64A 1QTZA 4DAJA 1C66A 4W52A 4I7OA 1C6CA 219LA 1P56A 2QB0B 4I7PA 1LYGA 1B6IA 3C81A 3GUJA 2RB2X 180LA 1LYFA 188LA 1L06A 1L29A 4W57A 4ARMB 4GBRB 3C82A 182LA 2L78A 1L26A 236LA 146LA 3HH3A 3VW7A 1P64A 1L80A 1KS3A 2O79A 3DMXA 138LA 1C6TA 3QAKA 1P6YA 1KW5A 123LA 1LLHA 1PQDA 141LA 4LZMA 104LA 1CU5A 3F9LA 1SX2A 2QARC 1L96A 1JTNA 201LA 231LA 4I7QA 3DN0A 177LA 1OVKA 129LA 1DYEA 228LA 4I7SA 1P3NA 1L05A 1CU6A 1C6KA 1C6GA 1L65A 1C6LA 112LA 2RBQA 1L36A 1QT7A 1SWYA 2O4WA 1L44A 1QTVA 1L37A 4W55A 250LA 130LA 1PQJA 2LCBA 1KY0A 2Q9EA 1P7SA 1NHBA 145LA 3DN8A 1CX6A 1D3MA 3HH6A 144LA 1PQMA 1XJUA 1L91A 1LWGA 1L30A 1T8FA 206LA 245LA 4K5YA 2F47A 5I14A 4DKLA 244LA 109LA 1L86A 1QSBA 2Q9DA 241LA 191LA 3RUNA 1QT6A 1L90A 1OWYA 2OTYX 3HT6A 3EMLA 1L08A 253LA 1C60A 1G0JA 3CDRA 1L47A 2OU9A 1JQUA 1OV7A 183LA 1QTDA 1ZURA 1L70A 1QT5A 1CV4A 1LYJA 1L84A 108LA 160LA 1SSYA 2B75A 107LA 3ODUA 1D2YA 4EJ4A 2ANVA 3FI5A 2RBPA 1DYFA 4I7NA 1C6NA 1C6AA 1L17A 1L89A 3NYAA 103LA 1LWKA 1LYDA 148LE 163LA 1C6JA 1L68A 2OE7X 4I7JA 1T8AA 102LA 2LC9A 235LA 1L50A 1D9WA 161LA 118LA 1I6SA 4ZPUA 2B7XA 1G0GA 1KW7A 1L38A 1L33A 2LZMA 1P46A 165LA 3DMVA 1L13A 1L87A 262LA 260LA 223LA 1L71A 3C8RA 4GRVA 1L40A 1ZWNA 1L19A 186LA 4AQNA 197LA 114LA 1C6DA 1OV5A 1C6IA 4I7TA 3HTFA 1G0PA 1L99A 2A4TA 1C6BA 111LA 1L58A 1P37A 199LA 3HUKA 1L18A 1G1VA 4LDEA 226LA 167LA 2Z6BA 110LA 1L67A 3HU8A 1L54A 2F32A 3SBAA 3SB7A 2RAZX 1QT8A 3HU9A 3C7YA 1QSQA 216LA 1XEPA 1D3JA 2HUMA 3HT9A 3HUQA 3HDFA 4I7LA 1L27A 4ARQA 3C8QA 254LA 3C83A 232LA 2HULA 1C68A 1L88A 4EXMA 2B6TA 195LA 1L83A 1L20A 3OE0A 150LA 1KNIA 1OVHA 147LA 1CTWA 4I7MA 3G3WA 1DYAA 1DYCA 1K28A 237LA 3HH4A 1G0MA 158LA 3HT7A 190LA 2HUKA 4ARJA 3HTDA 1L92A 1OWZA 3D4SA 1L72A 1L09A 2B6WA 2RBNA 1CV0A 115LA 1CVKA 126LA 224LA 3CDOA 1QUHA 1QS9A 3CDTA 1LI3A 1L01A 1ZYTA 122LA 1L41A 1L74A 2B6YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6QA 3SB9A 1B7OA 2H9KA 1MELL 1SSWA 1EPYA 3L64A 3TXJA 135LA 1L22A 5LINA 1L76A 2Z18A 4WOAA 3GUKA 2GV0A 3HT8A 1CU3A 4AXTA 1G07A 1C65A 4C3WA 215LA 209LA 119LA 1KIPC 2BAAA 1YIKA 1LHJA 174LA 3HBDA 1CJ8A 3DN3A 2HEBA 1IO5A 1CJ7A 4DJHA 249LA 3C7ZA 4GN5C 1L00A 246LA 2OE4X 2RAYX 4GLVA 5L9JA 3DN6A 2BQIA 1L32A 4H8ZA 218LA 4DD7A 4ARPA 1GB8A 3SB5A 4YENA 2G4NA 4I7KA 4ARLA 1B5ZA 1XEJA 2MECA 1LSCA 3CSQA 220LA 1L82A 2W1XA 1AT5A 2HEEA 2YBMA 2XBSA 125LA 4N1EI 5HLLA 3P65A 1G1WA 176LA 1UACY 1LZ6A 127LA 1L85A 2IFFY 4PK0A 3G3VA 5KXZA 1B7MA 4NGWA 4NSIA 1IWVA 1IR8A 3HUAA 2BQNA 1FLWA 4QGZA 259LA 3CDVA 4ARQB 1T8GA 1CV5A 3AZ5A 3OE9A 3EMSA 156LA 3B0IA 3DNAA 4TSBA 4GLAA 151LA 3WULA 5B05A 1C64A 2D91A 3NY9A 1VATA 4H93A 1L0JA 4HJYA 3J4GA 4DYGA 3G3BB 5F16A 1LHLA 4N1CC 1CV6A 3FADA 1IR9A 4XN6A 258LA 4KPMA 1B7SA 4W53A 1IOTA 4OWAA 187LA 1VAUA 1BWJA 4GCDA 2OEAX 4H8YA 1LMAA 3GUNA 1C45A 3QY4A 1IOQA 2B74A 1L53A 1HENA 3GUMA 1JTMA 1GE0A 1OUBA 1VDPA 1IP2A 1GFKA 178LA 2XBRA 1L04A 2DQAA 4II8A 4PJ2C 1P2LA 200LA 1OUIA 2ZWBA 4NG8A 1C69A 1QUSA 4G4CA 2ZIJA 2EIZC 137LA 4LDOA 2CUUA 1JJ0A 5B06A 2BQOA 1JISA 1SX7A 7LZMA 2D4KA 1GBSA 1GFRA 1BWHA 1QS5A 212LA 4XJIA 1L28A 3EBAB 3WW5A 175LA 5KXTA 1B5UA 4HTQA 1BB5A 1DI4A 3A67Y 1IVMA 4YM8A 192LA 4WG1A 252LA 1L62A 1L97A 1F6SA 3A6BY 1OUCA 1L45A 4U3XB 1O23A 2BQAA 3K3TA 4XENA 4DQJA 4IJ4A 1PQIA 4HJVA 3K2RA 1P5CA 1DYBA 1LSPA 1J1XY 1LSAA 1C6HA 5APDA 1NBYC 210LA 1G0QA 3T6UA 5JENB 4NGLA 7LYZA 1IR7A 1C66A 4EMNA 4I7OA 1NQIA 1FLQA 1B6IA 4NGYA 5KXYA 5HNCA 3GUJA 1LSFA 1L29A 2XJWA 1GFVA 1L26A 1UBZA 3HH3A 2MEBA 3HBEX 1KS3A 2O79A 3DMXA 138LA 1C6TA 2HECA 5AMYA 5B1GA 2LZ2A 4Z3MA 1GF8A 5APEA 3F9LA 1SX2A 2BQEA 2ZYCA 2BQCA 1L96A 2CDSA 3B0KA 3WU8A 1JWRA 1FLYA 5F9UA 4EOFA 4ET9A 4P2EA 1H87A 5HNLA 208LA 1IWUA 1WVUA 3ATOA 1CU6A 1XEKA 1LZ8A 3CSRA 2LCBA 1KY0A 2LYZA 145LA 4LYOA 2Q0MX 5L3IA 1D3MA 3HH6A 1XJUA 2HTXA 5ILFA 5I5QA 1GB5A 5I14A 4CJ2A 4NWEA 1MLCE 2OTYX 1HC0A 1HFZA 1C60A 1GHLA 3CT1A 2OU9A 1JQUA 1SQ2L 183LA 4I0CA 1CV4A 1LYJA 1L84A 4XYYA 2BPUA 8LYZA 1IY3A 1VEDA 2Y8PA 4EJ4A 1D2YA 1LZTA 3FI5A 1ZMYL 1DKJA 1L17A 4R0FA 163LA 1C6JA 2OE7X 4OW1A 1D9UA 5FHWA 3CT5A 102LA 1LSYA 4GN4A 161LA 118LA 1I6SA 1LZSA 2B7XA 1IC4Y 3WUMA 1G0GA 1IWXA 1L38A 5KXMA 4X3BA 1P46A 4WM1A 3DMVA 2WARA 1IP3A 1IC7Y 262LA 1BGIA 2D4JA 1ZWNA 197LA 153LA 1FDLY 1HNLA 1KIQC 4I7TA 2HEDA 1G0PA 2MEDA 2X0AA 111LA 1P37A 1XFPL 1T3PA 3OK0A 1W08A 2F2NA 5KXNA 3N9EA 3N9AA 3SB7A 2RAZX 1QT8A 4H8XA 4B1AA 2DQJY 5KXPA 2YBJA 4I7LA 1DXJA 4XADA 1B5WA 1AM7A 3A96A 4GCEA 4J0LA 195LA 3WVXA 3QE8A 5FSTA 2Z38A 4NHTA 2F4GA 1WTMA 3WU9A 1DYCA 1K28A 1JTTL 2BQKA 4LZTA 1LJ3A 3AZ6A 4H9EA 190LA 3TMWA 1OWZA 1GB2A 1FKVA 1L72A 1LSGA 4QEQA 126LA 3CDOA 4KL7A 4YEOA 2MEIA 1L01A 1EQEA 1L74A 2B6YA 1GF6A 1P36A 4EPIA 1LGWA 4MR1A 1C67A 1L52A 3GXKA 5FELA 3IJVA 4YXAC 4N8ZA 2Z39A 1XSFA 2HU3A 4OWHA 1HF4A 1LMPA 2MEGA 4OWEA 5C6JA 1GBOA 1OVJA 4ETBA 4W58A 1OYUA 4YF2A 3G3XA 1QUDA 2BQHA 4LFXA 5LXWA 4W56A 1YAPA 4W59A 1E8LA 3WH1A 1DPWA 1TEWA 1CNSA 9LYZA 4WO9A 3W3EA 1L35A 1C61A 1GDWA 1L14A 2I26L 3AYQA 1NF5A 2OTZX 5IELA 227LA 1CX7A 1C6EA 2LYMA 4H92A 5KXKA 1F6RA 3LZMA 3WW6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C6Q A;  3SB9 A;  1B7O A;  2H9K A;  1MEL L;  1SSW A;  1EPY A;  3L64 A;  3TXJ A;  135L A;  1L22 A;  5LIN A;  1L76 A;  2Z18 A;  4WOA A;  3GUK A;  2GV0 A;  3HT8 A;  1CU3 A;  4AXT A;  1G07 A;  1C65 A;  4C3W A;  215L A;  209L A;  119L A;  1KIP C;  2BAA A;  1YIK A;  1LHJ A;  174L A;  3HBD A;  1CJ8 A;  3DN3 A;  2HEB A;  1IO5 A;  1CJ7 A;  4DJH A;  249L A;  3C7Z A;  4GN5 C;  1L00 A;  246L A;  2OE4 X;  2RAY X;  4GLV A;  5L9J A;  3DN6 A;  2BQI A;  1L32 A;  4H8Z A;  218L A;  4DD7 A;  4ARP A;  1GB8 A;  3SB5 A;  4YEN A;  2G4N A;  4I7K A;  4ARL A;  1B5Z A;  1XEJ A;  2MEC A;  1LSC A;  3CSQ A;  220L A;  1L82 A;  2W1X A;  1AT5 A;  2HEE A;  2YBM A;  2XBS A;  125L A;  4N1E I;  5HLL A;  3P65 A;  1G1W A;  176L A;  1UAC Y;  1LZ6 A;  127L A;  1L85 A;  2IFF Y;  4PK0 A;  3G3V A;  5KXZ A;  1B7M A;  4NGW A;  4NSI A;  1IWV A;  1IR8 A;  3HUA A;  2BQN A;  1FLW A;  4QGZ A;  259L A;  3CDV A;  4ARQ B;  1T8G A;  1CV5 A;  3AZ5 A;  3OE9 A;  3EMS A;  156L A;  3B0I A;  3DNA A;  4TSB A;  4GLA A;  151L A;  3WUL A;  5B05 A;  1C64 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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