1LYFA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVISKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyfA00
1OWYA 3F9LA 1LWGA 3SB7A 2OE4X 143LA 1C66A 1L49A 5I14A 111LA 1SSYA 4I7OA 1L46A 3GUNA 1LGWA 3GULA 182LA 1D3JA 3HU8A 1KW7A 2RH1A 1L91A 1DYAA 1B6IA 4I7SA 3DN8A 3HT9A 259LA 2NTGA 109LA 3DN0A 4ARQB 145LA 148LE 183LA 1L27A 216LA 3OE8A 1L31A 1L12A 3D4SA 2LC9A 1I6SA 166LA 1PQIA 4I7LA 229LA 107LA 221LA 1CUQA 1L87A 3FI5A 158LA 242LA 1C6DA 1P46A 256LA 245LA 1L76A 243LA 181LA 1L58A 1LGXA 1L03A 4YXCA 1CV0A 1L37A 1CU3A 2NTHA 1DYBA 4I7JA 3UONA 3DN3A 1K28A 1L36A 2RBPA 224LA 2LZMA 1PQJA 1CU0A 1XEPA 1L16A 238LA 1XJTA 2B6TA 2OE7X 2OU8A 3G3XA 4YX7C 1PQMA 3C7WA 4K5YA 147LA 3G3VA 1L67A 1G0JA 2RB1X 3L2XA 262LA 4ARMB 125LA 1OVKA 3DMXA 4DJHA 3C8RA 1L89A 6LZMA 120LA 1CVKA 3CDVA 4W53A 1DYEA 1QUHA 2CUUA 1C6BA 3HH5A 4ARMA 4W54A 141LA 246LA 3HDEA 4AQNA 1CV3A 3OE6A 1L73A 2RAYX 4DKLA 1L90A 1ZURA 151LA 1QTZA 104LA 1L26A 110LA 3GUKA 1L33A 157LA 1SWYA 4LDLA 1L54A 1PQKA 1C6EA 1L75A 5LZMA 4EKQA 1C6CA 1OWZA 1L13A 237LA 126LA 1CX6A 161LA 169LA 1DYCA 1L28A 1L92A 4DAJA 3DNAA 4I7PA 122LA 1L69A 3F8VA 1L50A 1L10A 198LA 3L64A 1L17A 236LA 1L42A 1L55A 138LA 1CV6A 1OYUA 1QUOA 1L51A 1L32A 1LYFA 2B6YA 3HUAA 1KY0A 165LA 2B70A 102LA 1C6HA 185LA 1PQOA 205LA 3C7ZA 1LYGA 4PK0A 1TLAA 2ANXA 2OE9X 180LA 257LA 3GUMA 3SBAA 1C6QA 1L63A 1SWZA 201LA 195LA 4EPFA 190LA 230LA 171LA 1QT5A 1DYDA 4I7NA 3SB6A 167LA 211LA 1CU2A 1L94A 1KW5A 1C67A 1L14A 1L84A 1P36A 2HUKA 1ZWNA 1T8FA 2IGCA 2F2QA 2B75A 1L88A 2RAZX 1G1WA 214LA 1L34A 249LA 1QUDA 1QT8A 3OE0A 129LA 174LA 1D3FA 1OV5A 1LPYA 2B6XA 1L35A 3PBLA 240LA 1L83A 1CU6A 3G3WA 4ARJA 1C6KA 233LA 2OU0X 3C82A 1CU5A 1P64A 128LA 3NY9A 1ZYTA 4EXMA 3CDRA 1KY1A 3DN2A 1C6MA 3DMVA 258LA 232LA 3DN1A 3NY8A 7LZMA 188LA 4EKRA 1T8GA 1L72A 4ZPUA 1L79A 1P5CA 3SB5A 1G0GA 1G0PA 2F32A 1G0QA 3JR6A 4GBRB 130LA 4I7MA 4W56A 1L81A 3CDQA 3DN6A 1L97A 156LA 3DN4A 222LA 4YXAC 1QT7A 199LA 168LA 1EPYA 184LA 200LA 3GUJA 1L04A 1L68A 1OVHA 248LA 1LYHA 1L21A 2LCBA 1L01A 1QSBA 1L45A 209LA 4LDEA 3RUNA 3SN6R 213LA 3SB8A 4GRVA 252LA 3RZEA 178LA 1C6FA 1L57A 1L39A 1LYEA 1KS3A 164LA 1C63A 3V2YA 3HTBA 1LYDA 1L18A 3DKEX 3HWLA 4I7QA 1C6NA 2B74A 1NHBA 4EJ4A 3HTDA 1L80A 3FADA 217LA 1QTBA 1D3MA 1D2WA 2OU9A 1T8AA 1T97A 3DMZA 1OVJA 163LA 1L06A 3HDFA 3FA0A 1QUGA 186LA 127LA 1L0KA 140LA 1D3NA 1L22A 1C6AA 1QTHA 1L86A 1P7SA 1L59A 1L41A 239LA 172LA 2B72A 177LA 4W59A 3C8SA 2OEAX 1CUPA 1L60A 1L82A 2RBNA 1LLHA 1D9WA 159LA 1JTMA 1L07A 227LA 1L56A 2OTZX 1LYIA 225LA 2HUMA 2O7AA 175LA 189LA 1C64A 1L05A 1OV7A 4W51A 206LA 253LA 2RBOA 1L43A 1XJUA 1L53A 1JQUA 196LA 215LA 3VW7A 1WTHA 1QTVA 3HT7A 1P6YA 2A4TA 3HT6A 219LA 4W55A 1LI6A 1C61A 1DYFA 2RBQA 3NYAA 1P2RA 3GUPA 2L78A 1CX7A 142LA 235LA 1L20A 1D2YA 118LA 3QAKA 1SSWA 244LA 4ARLA 1JTNA 4S0WA 4E97A 137LA 1QS9A 1L52A 251LA 4ARPA 4I7KA 1QT6A 2O79A 146LA 4I7TA 1L70A 1LW9A 4LZMA 2RB2X 3K2RA 3PDSA 4OO9A 1QT4A 1C68A 3C83A 1G07A 1QSQA 3HTGA 1G0LA 2RBRA 1L29A 191LA 3LZMA 2B6WA 4ARQA 1G0KA 1LYJA 4I7RA 4LDOA 228LA 234LA 139LA 1L09A 210LA 108LA 1L99A 1L02A 1L44A 3HH6A 1G0MA 1L77A 1QS5A 3CDTA 4W58A 1L96A 1L15A 1LI3A 4EPIA 1LGUA 1CV5A 2Q9DA 150LA 4IAPA 1L95A 112LA 131LA 250LA 1LWKA 187LA 218LA 1L11A 1L64A 1LI2A 1P3NA 119LA 1L40A 115LA 1L38A 3GUOA 1C6JA 176LA 1C62A 1C65A 1G1VA 155LA 1L48A 3HUKA 1L62A 254LA 1L71A 3C80A 152LA 1L25A 3HU9A 2B73A 2HULA 1C60A 241LA 113LA 3OE9A 3CDOA 3C8QA 1G06A 2RBSA 1T6HA 4W52A 1L00A 1QTDA 2ANVA 3GUIA 1P56A 2Z6BA 3SB9A 1L23A 197LA 4EKPA 160LA 220LA 1CTWA 231LA 4PJZA 260LA 2Q9EA 170LA 114LA 149LA 2B6ZA 2B7XA 1KNIA 3HTFA 3HT8A 2OTYX 226LA 3HH4A 1L24A 1L98A 3HH3A 1C69A 192LA 123LA 173LA 1C6TA 1L66A 1PQDA 1C6LA 1SX7A 103LA 1L0JA 1C6PA 2QB0B 144LA 2QARC 212LA 1CV1A 1QT3A 223LA 4W57A 1P2LA 2RB0X 1CV4A 255LA 3SBBC 2O4WA 1L65A 3HUQA 1L30A 162LA 247LA 3V2WA 1L85A 1L61A 1L93A 1C6IA 1L47A 3C7YA 1QTCA 1P37A 3ODUA 261LA 1L19A 2F47A 1SX2A 1L74A 3C81A 3EMLA 1DYGA 1L08A 1C6GA 4EKSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XJIA 4N0JA 5LVIA 5I4YA 1LTMA 5DLAA 5I14A 2EQLA 4WLDA 1LGWA 3GULA 1D3JA 1GFEA 1KW7A 2D4KA 5APFA 4RLNA 1DYAA 3P65A 1B6IA 2W1YA 3DN8A 4I7SA 3HT9A 5LVHA 259LA 1L27A 1NWGA 1IP2A 5IDDA 1IWYA 3D4SA 2LC9A 2ZNXY 8LYZA 1FDLY 3QY4A 1T6VL 1LKRA 1PQIA 1QDTA 5A3ZA 4HP0A 3FI5A 158LA 4II8A 1P46A 1AT5A 3D9AC 5B05A 243LA 1LGXA 4YXCA 1E8LA 1UIHA 2BQKA 4RW1A 3DN3A 2BQFA 2LZMA 3G3XA 1L16A 1IP6A 1BWJA 4LT2A 5F81A 4GLAA 1LZ6A 4QY9A 1L67A 1XSFA 4NSJA 1LJIA 2F4GA 3FI7A 2W1XA 4D9ZA 3DMXA 1UUZC 4WM5A 2YSSC 4C5FA 6LZMA 4B49A 4RLMA 1CVKA 1GBYA 1C6BA 5B1GA 4W54A 5KJ9A 4AQNA 1LMPA 1GFUA 4GCDA 1L73A 4NWHA 1FLQA 1L90A 151LA 4NEBA 3GUKA 1REMA 1L33A 3KAMA 5I53A 4LDLA 1FKQA 1L54A 1IY4A 1L75A 4EKQA 4ETAA 1DYCA 1L28A 2D4JA 4LYBA 4PGJB 2HEEA 1NDMC 3F8VA 3L64A 1NBZC 138LA 1CV6A 1OYUA 4OW1A 4WM6A 4LT3A 5AMYA 3HUAA 2B70A 102LA 1V7SA 1BGIA 1LYGA 1VDSA 2YBLA 2ANXA 1CJ7A 1B7OA 3GUMA 4NWEA 1SQ2L 4ET8A 1A2YC 4TSCA 1JTPL 3HBDA 1JSFA 195LA 4LZTA 4EPFA 4BS7A 1DYDA 4AGAA 1C08C 1CU2A 2VB1A 1I1ZA 1P36A 1LZDA 1LZGA 2HUKA 4HJYA 4RW2A 1RI8B 5EBHA 4OWEA 1QUDA 129LA 2MECA 1OV5A 2B6XA 1L35A 4NSHA 1JKBA 1B2KA 2FYCA 3G3WA 1LZCA 2CGIA 1P64A 5DN5A 3TXKA 2Z19A 1ZYTA 4EXMA 3CDRA 1C6MA 232LA 3NY8A 1OUDA 1L72A 2F32A 1B0DA 3WYHA 1G0QA 1CNSA 130LA 1IC5Y 2Z38A 1EQEA 3CDQA 156LA 2XBRA 1UIAA 1B7QA 3GUJA 1L68A 4O34A 1L21A 3K3TA 4W96A 1QSBA 3A93A 1GF7A 2DQHY 5F14A 4GRVA 1C6FA 1L57A 1LZ8A 1KS3A 1AKIA 1LYDA 1DPWA 3ULRA 1L18A 3HWLA 1HF4A 1GF4A 4EMNA 1NHBA 2HU1A 1NDGC 1D3MA 1D2WA 1T97A 3DMZA 1B7MA 1JSEA 1REZA 3HDFA 1YAOA 4BADA 1QUGA 3B0IA 1L22A 1C6AA 3TXJA 1L41A 172LA 4ANRA 2XJWA 2B72A 2RSCA 1GFTA 5HQ1A 4W59A 2HEFA 3TMWA 4NSGA 1GF8A 1LSCA 227LA 1GE4A 2G4PA 1QUSA 3WL2A 1LYIA 225LA 5C6IA 1C64A 1L05A 1GDXA 1OUIA 2RBOA 5LINA 4XJBA 4GLVA 196LA 215LA 3HT7A 5KXXA 1LHMA 4H8YA 2RBQA 4XJDA 1P2RA 4NG8A 2C8OA 1CX7A 1D2YA 2B5ZA 5HMJA 4H9EA 1JTNA 4E97A 1GB5A 1MELL 1L52A 1BB3A 5KXOA 2ZIJA 1QT6A 4NGZA 146LA 4TSBA 3WW5A 3K2RA 1GE1A 4ET9A 4UWVA 194LA 1G07A 2XBSA 1HMLA 3HTGA 5I4WA 2RBRA 1DXJA 5KXZA 1L29A 3LZMA 4ARQA 1YKZX 5LYZA 1L09A 108LA 1LHKA 4HV1A 1A4VA 4MSTA 4LT0A 3HH6A 1QS5A 3W6EA 1L96A 2BAAA 1LI3A 1DPXA 1IR7A 2Q9DA 208LA 131LA 4NFVA 1LWKA 187LA 2PC2A 1NQIA 2BQGA 4HTKA 1P3NA 1L38A 3GUOA 4YF2A 155LA 4KL7A 1LZEA 3HUKA 3A3RX 1IP3A 3G3AB 113LA 1GFAA 5F9XA 5C6JA 1YILA 2CJLA 1T6HA 160LA 2DQIY 170LA 1GWDA 2B6ZA 2B7XA 3ZVQB 2BQIA 3HH4A 4H8ZA 4WL6A 1MLCE 5L9JA 4GN4A 4IASA 192LA 123LA 173LA 1C6TA 1PQDA 3IWRA 1LSBA 3E3DA 1C6LA 1SX7A 4Z98A 2QB0B 4GN5C 3P66A 4NGWA 1JKCA 1GBOA 4OWCA 4A7DA 2RB0X 1B5VA 255LA 1SLYA 5HLLA 1L30A 4LFPA 3A6BY 4DQJA 1LSNA 5LA5A 1GB8A 1P37A 1TEWA 1JJ0A 2F47A 1UBZA 4OWHA 5D5CA 1LZRA 2OE4X 1LZ1A 143LA 1C66A 1G7MC 1L46A 1YROA 3HU8A 1C46A 2RH1A 1L91A 2HEBA 109LA 3DN0A 3TMXA 183LA 216LA 4NHSA 4H94A 1IO5A 2BQJA 1ZMYL 1TCYA 4XJHA 1CUQA 1L87A 1LHLA 245LA 2LYMA 1L76A 4H93A 1JITA 181LA 1EQ5A 1L03A 4DD7A 1CV0A 1CU3A 2NTHA 2I26L 1DYBA 4I7JA 224LA 4Z46A 2HUBA 1CU0A 238LA 2OE7X 2OU8A 2ZILA 4YX7C 3RNXA 147LA 1IWTA 3T6UA 2BQCA 262LA 5LVGA 2XQOA 4ARMB 125LA 1OVKA 1KXXA 1NMMA 3HFMY 3C8RA 2BLYA 4HTQA 4RDSA 1LMAA 4W53A 4NGIA 2CUUA 4ARMA 2DBTA 1NF5A 2MEBA 246LA 3HDEA 1CV3A 1LJFA 4WM3A 2RAYX 4N1CC 1FKVA 4WLXA 1ZURA 5HNLA 1QTZA 1WQMA 4N8ZA 1JWRA 5LZMA 3AGIA 1GD6A 1C6CA 3W6CA 4H91A 4WO9A 1L13A 4PRQA 1LAAA 3WPJA 126LA 161LA 169LA 3D3DA 4HJZA 1AT6A 1IOCA 3DNAA 1L69A 4YEMA 4Z3MA 1L17A 236LA 1L55A 2BLXA 1IWXA 1IR8A 3W6BA 1QUOA 4NGKA 1L32A 1LYFA 1ZVHL 5ILCA 1YAMA 1PQOA 1VDQA 3C7ZA 1UC0A 1QUTA 2OE9X 1W6ZA 3LZ2A 4WO6A 4NSIA 3WPLA 2IHLA 201LA 1G7IC 4WLYA 1L94A 1QTEA 1KW5A 4WMGA 1L84A 1C45A 1ZWNA 1DI5A 4CGEA 1W08A 1B5YA 1L88A 2RAZX 1L34A 4TWSA 4B4EA 1XGTC 5KY1A 249LA 5E4PA 1Z55A 4UWUA 3FE0A 1D3FA 4XENA 1LPYA 1LYSA 4ML7A 1GE0A 1CU6A 1F6RA 4M6DA 3NY9A 1WVUA 3EBAB 1KY1A 7LZMA 1LJGA 4L41A 188LA 4EKRA 3B72A 1UIFA 4W94A 1P5CA 3SB5A 1OUEA 1XGUC 2FBDA 1G0GA 3JR6A 1PS5A 3LYZA 4EOFA 3DN4A 4YXAC 1QT7A 168LA 4H1PA 1L04A 4LYMA 5F9UA 2LCBA 4H9HA 3QNGA 1GBXA 5FEKA 1IWWA 1LJ4A 209LA 5M1YA 2Z12A 213LA 1LMOA 1GDWA 252LA 3A34A 178LA 1L39A 1LYEA 6LYTA 3V2YA 3WU9A 3DKEX 4I7QA 4MR1A 4R0FA 1IWVA 1LSFA 1T8AA 1JKAA 163LA 1XGQC 4DQ7A 1OUCA 1LZTA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2OTY X;  226L A;  3HH4 A;  1L24 A;  1L98 A;  3HH3 A;  1C69 A;  192L A;  123L A;  173L A;  1C6T A;  1L66 A;  1PQD A;  1C6L A;  1SX7 A;  103L A;  1L0J A;  1C6P A;  2QB0 B;  144L A;  2QAR C;  212L A;  1CV1 A;  1QT3 A;  223L A;  4W57 A;  1P2L A;  2RB0 X;  1CV4 A;  255L A;  3SBB C;  2O4W A;  1L65 A;  3HUQ A;  1L30 A;  162L A;  247L A;  3V2W A;  1L85 A;  1L61 A;  1L93 A;  1C6I A;  1L47 A;  3C7Y A;  1QTC A;  1P37 A;  3ODU A;  261L A;  1L19 A;  2F47 A;  1SX2 A;  1L74 A;  3C81 A;  3EML A;  1DYG A;  1L08 A;  1C6G A;  4EKS A; 
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 4XJI A;  4N0J A;  5LVI A;  5I4Y A;  1LTM A;  5DLA A;  5I14 A;  2EQL A;  4WLD A;  1LGW A;  3GUL A;  1D3J A;  1GFE A;  1KW7 A;  2D4K A;  5APF A;  4RLN A;  1DYA A;  3P65 A;  1B6I A;  2W1Y A;  3DN8 A;  4I7S A;  3HT9 A;  5LVH A;  259L A;  1L27 A;  1NWG A;  1IP2 A;  5IDD A;  1IWY A;  3D4S A;  2LC9 A;  2ZNX Y;  8LYZ A;  1FDL Y;  3QY4 A;  1T6V L;  1LKR A;  1PQI A;  1QDT A;  5A3Z A;  4HP0 A;  3FI5 A;  158L A;  4II8 A;  1P46 A;  1AT5 A;  3D9A C;  5B05 A;  243L A;  1LGX A;  4YXC A;  1E8L A;  1UIH A;  2BQK A;  4RW1 A;  3DN3 A;  2BQF A;  2LZM A;  3G3X A;  1L16 A;  1IP6 A;  1BWJ A;  4LT2 A;  5F81 A;  4GLA A;  1LZ6 A;  4QY9 A;  1L67 A;  1XSF A;  4NSJ A;  1LJI A;  2F4G A;  3FI7 A;  2W1X A;  4D9Z A;  3DMX A;  1UUZ C;  4WM5 A;  2YSS C;  4C5F A;  6LZM A;  4B49 A;  4RLM A;  1CVK A;  1GBY A;  1C6B A;  5B1G A;  4W54 A;  5KJ9 A;  4AQN A;  1LMP A;  1GFU A;  4GCD A;  1L73 A;  4NWH A;  1FLQ A;  1L90 A;  151L A;  4NEB A;  3GUK A;  1REM A;  1L33 A;  3KAM A;  5I53 A;  4LDL A;  1FKQ A;  1L54 A;  1IY4 A;  1L75 A;  4EKQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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