1LYGA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVINKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lygA00
1DYCA 1QSQA 146LA 1L77A 1L56A 237LA 3K2RA 1CV6A 1SSWA 1OVKA 3OE0A 2RBOA 1CV5A 3SBAA 1QT4A 2ANVA 197LA 1P37A 224LA 1ZYTA 1L45A 128LA 1L90A 1QT6A 189LA 2LC9A 1P2RA 3DN3A 3HWLA 3HH3A 3C8SA 4W56A 3UONA 1L46A 2RBNA 1D3FA 3DMXA 1DYEA 4ARLA 1K28A 1L85A 2RBSA 3HUKA 1SWYA 4PJZA 183LA 1G0QA 3FADA 1KS3A 4E97A 216LA 175LA 1LI2A 260LA 205LA 122LA 1L18A 1LYEA 1L40A 1XJTA 4I7NA 1CU2A 1L02A 2L78A 3SB8A 2B6TA 3EMLA 3QAKA 4I7OA 1L08A 1WTHA 110LA 147LA 2B6XA 3C7WA 2OE7X 1QTBA 1L34A 4W53A 227LA 255LA 1L29A 2B6WA 131LA 3DN2A 4I7KA 141LA 3DN8A 1TLAA 1PQDA 3L2XA 1G0MA 1LI6A 1D3JA 2OU9A 1L83A 4YXCA 1L64A 4W54A 1L14A 1C6CA 2OE4X 145LA 1DYGA 1L59A 4W55A 1L35A 1D9WA 3HT8A 4ARPA 206LA 248LA 1L95A 4ARJA 2B72A 192LA 1C6AA 3C8RA 4EKPA 3HUAA 233LA 242LA 2O7AA 113LA 1L11A 1L30A 1L47A 1L72A 1L87A 4LDOA 165LA 1C6TA 1P56A 167LA 2F32A 4ARQB 3SB6A 1QTZA 1L31A 1LW9A 2OEAX 3RUNA 1LI3A 3HU9A 220LA 4ARMB 1L66A 1C6FA 210LA 1KY0A 1QUHA 1DYBA 4EKSA 137LA 1C6KA 2HUMA 4I7RA 1L70A 2O4WA 3NY9A 1L68A 1CTWA 1L33A 3V2YA 1D3MA 120LA 1L57A 1L13A 176LA 1L63A 4DKLA 1SX7A 2IGCA 1C64A 2QARC 4S0WA 4EKQA 109LA 1XJUA 1L60A 1D2WA 219LA 2HULA 191LA 1QTHA 3NYAA 1OVJA 3DN1A 4ARMA 1L61A 228LA 2QB0B 1C6EA 3DMVA 1CX6A 3FI5A 2B6ZA 143LA 1JQUA 1D2YA 1CUPA 2B75A 1L51A 4EPIA 201LA 1C6BA 4LZMA 4W58A 211LA 250LA 2RBRA 4DAJA 3SN6R 1L89A 3C7YA 107LA 1DYFA 1G0PA 1L43A 1L50A 1T8FA 1QT7A 1L0KA 1QTVA 3C81A 4I7SA 174LA 196LA 254LA 3HH5A 236LA 2OU8A 241LA 1PQOA 3HDFA 2B7XA 1L49A 144LA 1L00A 4I7JA 1QSBA 1G0LA 2RH1A 1L0JA 1C6MA 1L01A 3HT6A 1L24A 4EPFA 3VW7A 225LA 125LA 1L71A 158LA 1G0JA 3OE6A 3JR6A 247LA 172LA 1KW5A 1L88A 4LDLA 243LA 3OE9A 2OTYX 257LA 239LA 4GRVA 2LCBA 1OWYA 1C6PA 249LA 1LWGA 1XEPA 1L99A 1L73A 3GUNA 222LA 3CDTA 123LA 209LA 3HH4A 160LA 1C67A 3C8QA 1C61A 1G0GA 1L58A 3PBLA 1L79A 119LA 3DMZA 1C6QA 4YX7C 213LA 1P7SA 4W59A 4I7MA 1CV4A 138LA 1QUOA 1QTCA 162LA 1C69A 1JTMA 3DNAA 177LA 1KNIA 1P2LA 3SB7A 1NHBA 1T6HA 1SWZA 3ODUA 1PQKA 3G3XA 1G07A 3HT7A 253LA 1L32A 2B74A 3CDRA 3DN4A 1PQJA 1G1WA 1P46A 229LA 1CUQA 3DN6A 1L81A 1JTNA 1LGUA 261LA 2ANXA 3HUQA 3GULA 3G3VA 1L55A 246LA 2O79A 1L38A 180LA 1P5CA 1C66A 198LA 1KY1A 1P3NA 4I7LA 3C83A 1L23A 1L48A 150LA 4I7QA 2OU0X 3D4SA 168LA 1L65A 1L15A 1L36A 1CV3A 1L22A 3OE8A 1L67A 259LA 244LA 2RB0X 3SB9A 1L75A 240LA 4K5YA 118LA 1CV1A 238LA 3C82A 1L92A 2Z6BA 215LA 1DYDA 1L44A 1L94A 4I7PA 4DJHA 1T8GA 4I7TA 4ARQA 163LA 251LA 2RBPA 102LA 1C6LA 1OYUA 2RB2X 1L19A 7LZMA 1L17A 3GUPA 1LYGA 152LA 1QTDA 2B6YA 1C60A 1L54A 1LYHA 1L27A 1QUGA 3HH6A 1L20A 1L12A 1CU0A 3GUMA 3GUIA 1C6NA 2F47A 252LA 1L98A 4EKRA 258LA 217LA 181LA 232LA 2OE9X 3GUKA 115LA 4EJ4A 155LA 164LA 3CDVA 1CV0A 230LA 1LPYA 1L91A 1QS5A 235LA 3HTBA 4LDEA 1L09A 1L84A 1L05A 2B73A 159LA 190LA 1L93A 3CDOA 129LA 142LA 1LYFA 1C62A 4OO9A 169LA 1SX2A 185LA 1L16A 2RBQA 4AQNA 2HUKA 1C68A 1P36A 1L39A 1L28A 1QT8A 262LA 3LZMA 1L96A 1L80A 1DYAA 127LA 1C6JA 223LA 4YXAC 1L04A 245LA 3V2WA 1ZWNA 3F8VA 171LA 1C6IA 1C65A 1T8AA 3RZEA 1L69A 1L26A 3C7ZA 170LA 1PQIA 199LA 3HU8A 2RAYX 3DKEX 1L37A 3HTFA 2A4TA 173LA 1SSYA 149LA 2NTHA 157LA 5LZMA 182LA 3SBBC 1CVKA 111LA 1LWKA 1L03A 195LA 5I14A 3G3WA 130LA 1OVHA 221LA 234LA 2CUUA 1G0KA 4ZPUA 1T97A 1L53A 4W57A 1L21A 1L82A 1I6SA 1LYIA 1G06A 184LA 1EPYA 3GUJA 1C6HA 178LA 4IAPA 166LA 1C63A 1L10A 161LA 1QT3A 2B70A 1CU3A 187LA 156LA 1OV7A 1LGXA 1CX7A 2Q9DA 2F2QA 3PDSA 148LE 214LA 1QS9A 1QUDA 1L62A 1OWZA 1L97A 3CDQA 1L74A 2NTGA 1LYJA 6LZMA 1LYDA 1L76A 139LA 1CU6A 3HT9A 3HTDA 3HTGA 4W52A 112LA 3FA0A 200LA 186LA 1L86A 1KW7A 2OTZX 3F9LA 3HDEA 1ZURA 1L41A 1LGWA 104LA 1C6GA 1OV5A 126LA 3GUOA 151LA 1B6IA 3DN0A 231LA 4GBRB 4EXMA 1P6YA 1L42A 188LA 1CU5A 2RB1X 108LA 1P64A 140LA 1L06A 3L64A 218LA 226LA 1C6DA 1L52A 114LA 256LA 1G1VA 4PK0A 1D3NA 3SB5A 2RAZX 1QT5A 3C80A 2LZMA 1L25A 1LLHA 212LA 1PQMA 2Q9EA 3NY8A 1L07A 4W51A 103LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QSQA 3W6EA 1JUGA 4WO6A 1LHHA 3K2RA 5B1FA 1UIFA 2ANVA 4E3UA 224LA 1L45A 2DQGY 4ETEA 1L90A 3LYMA 2WARA 1HEOA 4XJGA 5APEA 3UONA 1L46A 3WUNA 1D3FA 4NWHA 1WTNA 1L85A 4AXTA 4BAFA 1YILA 5HQ1A 3A93A 3AZ7A 2IFFY 1DI3A 2EQLA 3N9CA 1XFPL 3AGIA 1CU2A 4HTQA 1YANA 3SB8A 5KXLA 4YF2A 147LA 1J1OY 2HTXA 255LA 1LMCA 194LA 1OUIA 4N1EI 131LA 4I7KA 3DN8A 4NGWA 1XGQC 4NHPA 3KAMA 4YXCA 4W54A 1L14A 1C7PA 2Z2EA 1JJ3A 9LYZA 145LA 1JTOL 1L35A 4B4EA 1IIZA 1BQLY 248LA 1ZMYL 1KIQC 4ET8A 2LYZA 4EMNA 3K3TA 3C8RA 3TMVA 5AMYA 2O7AA 4NHQA 1L30A 5KKJA 1UIGA 4ARQB 2F32A 3SB6A 3ZVQB 5A3ZA 3TMWA 3TXHA 1CKHA 220LA 4ARMB 1HHLA 2MEIA 1IOSA 1LAAA 1A2YC 1C6FA 1B5WA 4WO9A 4LGKA 3OJPA 5KJ9A 1JTPL 5KXOA 1NKHA 1LZSA 5IDDA 1L70A 1CTWA 2HEFA 1JKBA 2IGCA 1C64A 4S0WA 1GHLA 1LJNA 4EKQA 3HFMY 4OOOA 4PHIA 4WM2A 1L61A 4Z3MA 3HBHA 1LSDA 4H93A 1CX6A 1JSFA 2ZILA 2CDSA 4EPIA 250LA 2BLXA 4DAJA 5L9JA 2ZNXY 1L50A 1BB3A 3WL2A 1IWVA 3HBDA 4WM5A 1L0KA 1JHLA 4HV2A 2MEGA 3HDFA 2B7XA 4I7JA 1GF5A 2RH1A 1C6MA 2I6ZA 1L71A 2ZIKA 4WG7A 3P4ZA 1JEFA 247LA 172LA 1KW5A 1L88A 1GBWA 4NHTA 4MSTA 239LA 1BVKC 1DPXA 222LA 1OUBA 5HNCA 6LYTA 3HH4A 160LA 1GFEA 1OP9B 3RU5A 3LZTA 1L58A 1C6QA 3TXJA 4NSGA 1P7SA 1FKVA 1WQOA 4R0FA 3RT5X 4H90A 1GB2A 3WXUA 1XGUC 138LA 3TMUA 1IP6A 162LA 1JTMA 4NGJA 3SB7A 4HP0A 1SWZA 3ODUA 253LA 1GEZA 2HEBA 1LMTA 1G1WA 5APCA 1CUQA 1LGUA 261LA 2ANXA 3A3RX 4LT0A 4XJHA 4B1AA 1L48A 3RNXA 3D4SA 1FKQA 1CV3A 3OE8A 5DN4A 2C8OA 2RB0X 4W94A 3A3QA 4DT3A 2Z6BA 4RW2A 4I7TA 4ARQA 251LA 2RBPA 1TEWA 1C6LA 2Y8PA 3ZVQA 2RB2X 2EIZC 3N9AA 1OUHA 7LZMA 3J6KA 4X3BA 1XEJA 1L27A 1LHMA 4LFXA 1CU0A 2HEEA 4UWUA 1GB3A 217LA 4NSHA 232LA 4CJ2A 3A92A 3CSZA 1DQJC 4EJ4A 1LZDA 1KIRC 1HEWA 1IOTA 2DQAA 235LA 3WYHA 2B73A 3BKVA 1L05A 1L93A 129LA 142LA 2HU1A 1SX2A 185LA 1GB0A 1DI5A 1P36A 3WU8A 4J0LA 3CQLA 1L28A 5LXWA 262LA 1L96A 1EQ5A 1L80A 1LJ3A 3CB7A 1DYAA 1I20A 1C6JA 223LA 1VDPA 1JTTL 1LJEA 4FDYA 1ZWNA 2BQMA 2EKSC 171LA 1T8AA 2MEAA 1PQIA 3HU8A 2RAYX 1UIDA 1SQ2L 2A4TA 173LA 4II8A 1GE3A 149LA 1UIHA 1BWHA 3AW6A 157LA 3SBBC 1CVKA 111LA 1LWKA 195LA 4CFOA 2YBIA 234LA 1G0KA 1L53A 1B5XA 1LYIA 1TDYA 2YDGA 166LA 4O34A 1QT3A 1CU3A 1VDSA 3RW8A 1GB8A 4B0DA 1IWUA 4GLAA 3PDSA 1QS9A 4PRQA 1L62A 7LYZA 1L97A 3B0OA 1F6RA 2NTGA 4LYOA 1LYJA 1L76A 1IP5A 1CU6A 5LVHA 3HTDA 2W1MA 112LA 1JKAA 186LA 2BQFA 1KW7A 5F14A 153LA 1L41A 1LGWA 3TXIA 3WUAA 1B6IA 3DN0A 4EXMA 4KPMA 5I4YA 2XTHA 1CU5A 1LZ1A 140LA 3RZ4A 1LJHA 5LVJA 1G1VA 1NWGA 1D3NA 3SB5A 2RAZX 2DKVA 4B4JA 3C80A 2LZMA 1LLHA 1GB9A 3F6ZA 212LA 2Q9EA 1L07A 1C08C 4LYMA 4H92A 1LSEA 146LA 1L77A 2XBSA 1L56A 5FHWA 2N5ZA 4DDBA 5C6LA 1CV5A 3SBAA 1YL0X 4XJDA 2Z37A 4NGZA 1REZA 4ETAA 5DN5A 2YSSC 1XEKA 4GCDA 1LZ6A 4H9HA 5JENB 1XGPC 2ZWBA 1DYEA 1TBYA 1K28A 1IWYA 1BWJA 4YOPA 1LSMA 1GE4A 1W6ZA 4H9IA 1KS3A 3D9AC 216LA 175LA 3AW7A 5B05A 1H87A 1LI2A 3J4GA 4RDSA 4DD9A 122LA 1L18A 1QDTA 5A3EA 1L02A 2BQBA 3EMLA 4I7OA 1WTHA 2MECA 2B6XA 4D9ZA 2OE7X 1QTBA 1L34A 4NHIA 227LA 1CNSA 1L29A 1LHJA 1LYOA 1JWRA 3TXDA 141LA 1B7QA 1PQDA 1G0MA 1D3JA 2OU9A 1LPIA 1EL1A 5L3IA 3HT8A 4ARPA 5HMVA 1IY3A 3A34A 1LMQA 2Z2FA 2B72A 1BWIA 1GFAA 5EBHA 113LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QSQ A;  3W6E A;  1JUG A;  4WO6 A;  1LHH A;  3K2R A;  5B1F A;  1UIF A;  2ANV A;  4E3U A;  224L A;  1L45 A;  2DQG Y;  4ETE A;  1L90 A;  3LYM A;  2WAR A;  1HEO A;  4XJG A;  5APE A;  3UON A;  1L46 A;  3WUN A;  1D3F A;  4NWH A;  1WTN A;  1L85 A;  4AXT A;  4BAF A;  1YIL A;  5HQ1 A;  3A93 A;  3AZ7 A;  2IFF Y;  1DI3 A;  2EQL A;  3N9C A;  1XFP L;  3AGI A;  1CU2 A;  4HTQ A;  1YAN A;  3SB8 A;  5KXL A;  4YF2 A;  147L A;  1J1O Y;  2HTX A;  255L A;  1LMC A;  194L A;  1OUI A;  4N1E I;  131L A;  4I7K A;  3DN8 A;  4NGW A;  1XGQ C;  4NHP A;  3KAM A;  4YXC A;  4W54 A;  1L14 A;  1C7P A;  2Z2E A;  1JJ3 A;  9LYZ A;  145L A;  1JTO L;  1L35 A;  4B4E A;  1IIZ A;  1BQL Y;  248L A;  1ZMY L;  1KIQ C;  4ET8 A;  2LYZ A;  4EMN A;  3K3T A;  3C8R A;  3TMV A;  5AMY A;  2O7A A;  4NHQ A;  1L30 A;  5KKJ A;  1UIG A;  4ARQ B;  2F32 A;  3SB6 A;  3ZVQ B;  5A3Z A;  3TMW A;  3TXH A;  1CKH A;  220L A;  4ARM B;  1HHL A;  2MEI A;  1IOS A;  1LAA A;  1A2Y C;  1C6F A;  1B5W A;  4WO9 A;  4LGK A;  3OJP A;  5KJ9 A;  1JTP L;  5KXO A;  1NKH A; 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