1LYGA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVINKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lygA00
1PQOA 2B72A 164LA 1L90A 247LA 4ARQA 1L48A 1L80A 4DKLA 1G0KA 109LA 186LA 1G0JA 222LA 4IAPA 1T6HA 3QAKA 3DN0A 1L89A 2QARC 1P56A 250LA 1T8FA 1QS9A 166LA 1LYHA 249LA 1LWGA 4I7MA 261LA 2HUMA 4I7JA 183LA 1LW9A 3PDSA 241LA 130LA 6LZMA 1L28A 1SX7A 3NY9A 1G0PA 1ZYTA 1QSQA 258LA 1L0KA 1D3JA 240LA 2HULA 1OV5A 3RZEA 168LA 206LA 2RBPA 2RB2X 1CUPA 144LA 1L64A 3OE8A 150LA 1P64A 2QB0B 1P2RA 4EKSA 1C6DA 2RBRA 213LA 160LA 1LGXA 244LA 3C8RA 1L60A 1L94A 178LA 2NTHA 1KW5A 2OTZX 1LI3A 1L25A 3DN8A 2OEAX 225LA 1L07A 1CU2A 3V2WA 4GRVA 1KS3A 4I7PA 3HUQA 1L87A 3NYAA 1L72A 1L51A 1L77A 2RAZX 1P6YA 246LA 1L76A 3F8VA 1C6IA 1CV6A 111LA 1L24A 1CU0A 190LA 1L82A 1OVHA 1CU5A 3FI5A 1B6IA 1XJTA 1C6JA 4W55A 2ANXA 1L96A 1L67A 1DYEA 3C8SA 1OWYA 1PQMA 1L18A 1L03A 2F32A 151LA 2RB0X 230LA 1L63A 1CV1A 1L32A 1LWKA 220LA 2L78A 1D9WA 141LA 1C6TA 1T8AA 177LA 3SN6R 129LA 242LA 2B70A 142LA 253LA 3HTGA 2B74A 3SB8A 1L40A 3C8QA 182LA 1L97A 1XEPA 228LA 4S0WA 4LDEA 175LA 139LA 1L13A 3C82A 189LA 1LI2A 4W53A 1C6AA 262LA 1C61A 227LA 1CV4A 1L04A 2HUKA 1G06A 4W57A 2OTYX 3HTFA 4W59A 145LA 1L35A 1L12A 4LZMA 3GUNA 1L57A 3SB6A 245LA 146LA 159LA 3HT6A 217LA 1L54A 3SB5A 2B73A 2OE9X 103LA 1KNIA 119LA 3ODUA 1DYFA 1L85A 167LA 4LDLA 1L88A 172LA 1SSWA 2B6WA 4EPIA 1P36A 195LA 239LA 1QUHA 149LA 4EXMA 1DYDA 221LA 255LA 1DYGA 1G07A 4EKPA 1QTDA 3GUOA 1D2YA 1C6MA 1L38A 2B6TA 4DJHA 3C81A 257LA 1QUGA 4YX7C 2Q9DA 2B7XA 155LA 2OE7X 4LDOA 1G0LA 4ARMB 176LA 1L68A 2RAYX 3HTBA 3GUKA 251LA 1L75A 1JQUA 174LA 3DN4A 108LA 219LA 3HT9A 1CTWA 1PQDA 2OE4X 4GBRB 3DN2A 1L73A 1G0GA 1L27A 1QS5A 201LA 3DNAA 1L99A 1KY1A 3HDFA 1P37A 1D3NA 1C6HA 1C6LA 197LA 1L69A 210LA 1I6SA 1QTVA 1KW7A 1L23A 3HWLA 165LA 4I7QA 4EPFA 2B6ZA 1L52A 224LA 4I7KA 2A4TA 3HTDA 125LA 4OO9A 4W51A 1L05A 226LA 7LZMA 3L64A 3DMZA 3C7YA 209LA 2B75A 184LA 3DN6A 3CDVA 3K2RA 216LA 1C6PA 1P7SA 236LA 1QT7A 1L06A 1CV0A 2LZMA 229LA 3DMVA 211LA 215LA 5LZMA 2RBOA 2F47A 1L84A 3HH5A 1L30A 1LPYA 1P3NA 4E97A 1L91A 3CDTA 2B6XA 2B6YA 173LA 2IGCA 2RBNA 3F9LA 1L00A 4W56A 4W58A 1CUQA 3DN3A 1G0MA 143LA 1C6EA 1C63A 1L21A 4YXCA 3SBBC 1C66A 2ANVA 232LA 4K5YA 1PQJA 137LA 162LA 187LA 1L39A 1QT5A 1L15A 4EJ4A 1L09A 1PQKA 185LA 1LYIA 4ZPUA 2Z6BA 1C65A 181LA 1L49A 1LYGA 104LA 1L66A 2O4WA 3HH4A 191LA 138LA 3C80A 2RH1A 2OU8A 4I7RA 1L0JA 3HH3A 1C6NA 212LA 2O79A 3HH6A 1L98A 1CU3A 3HU9A 200LA 1L37A 4PJZA 237LA 3NY8A 1LI6A 3HUKA 1CV3A 1L74A 1L20A 1L65A 4ARJA 199LA 188LA 1L81A 196LA 1C6GA 3RUNA 192LA 4ARQB 235LA 1C64A 4I7OA 1C6QA 1L16A 3FADA 1C68A 3PBLA 1L59A 148LE 1L61A 157LA 1T8GA 170LA 1OVJA 1P2LA 2RBSA 1D3FA 4W54A 254LA 2NTGA 1ZWNA 1C6CA 1QUOA 1C62A 2F2QA 1CX6A 1LLHA 113LA 1QT4A 169LA 1LYFA 1QT6A 1WTHA 1C6FA 1QTCA 3SB9A 171LA 1L34A 233LA 198LA 4EKRA 218LA 1CVKA 1JTNA 3HT7A 1L44A 123LA 127LA 1D2WA 1L42A 4ARPA 128LA 2RBQA 1L01A 3GUJA 260LA 152LA 4I7SA 2Q9EA 1L79A 248LA 110LA 205LA 3GUMA 3LZMA 1L14A 1QT3A 4ARMA 2O7AA 3DKEX 1CU6A 1L58A 3G3WA 1L33A 1L62A 3GULA 180LA 1L46A 112LA 1L45A 1QT8A 1L53A 3CDOA 3HU8A 156LA 214LA 4PK0A 3FA0A 3G3VA 1SWZA 3OE0A 122LA 1L56A 140LA 3CDRA 1L86A 238LA 3G3XA 4I7TA 1D3MA 234LA 3SB7A 3JR6A 1QUDA 1L93A 1SSYA 1QTZA 1TLAA 3C7WA 4AQNA 1L29A 3HDEA 118LA 1DYCA 1SX2A 120LA 1LGUA 4EKQA 3SBAA 1L83A 1QTHA 1P5CA 1L70A 102LA 3UONA 231LA 1KY0A 2CUUA 115LA 1CX7A 1OWZA 1G0QA 1T97A 3DMXA 1L36A 147LA 4I7LA 3HUAA 107LA 131LA 1C69A 1XJUA 3GUPA 3GUIA 1L43A 1L41A 3C83A 259LA 1LYDA 1L08A 2LCBA 3OE6A 256LA 126LA 5I14A 1L19A 1L92A 1L31A 1OYUA 1C67A 1QTBA 161LA 1L55A 1NHBA 1ZURA 1L26A 1G1WA 1PQIA 4ARLA 114LA 1EPYA 1L22A 1L02A 3V2YA 1C6BA 3VW7A 1DYAA 1QSBA 1C60A 1L47A 1C6KA 243LA 2OU9A 3CDQA 4DAJA 2RB1X 1L11A 1L50A 1JTMA 3C7ZA 1G1VA 1OVKA 4I7NA 1L17A 1LYJA 4YXAC 1K28A 1LYEA 1P46A 252LA 3D4SA 3OE9A 223LA 1DYBA 1L10A 4W52A 3DN1A 163LA 3L2XA 158LA 1CV5A 2OU0X 1L95A 3EMLA 3HT8A 1LGWA 1L71A 1OV7A 2LC9A 1SWYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
247LA 1TEWA 1G0KA 4ETDA 1LZ8A 3QAKA 3IJUA 1GB2A 1ALCA 5KXMA 1T8FA 1QS9A 166LA 1F6SA 1LWGA 1GPQC 2HUMA 4I7JA 3CB7A 2MEBA 1LW9A 1GB9A 3CT5A 2LZ2A 4RLMA 6LZMA 4XJHA 4NHSA 258LA 2HULA 3RZEA 1LYSA 2RB2X 2DQGY 1LZTA 4WM4A 3EO5A 1L64A 150LA 2QB0B 4M4OA 1HEWA 3TMVA 1CKCA 213LA 3N9AA 1J1XY 5L9JA 3C8RA 1L25A 1NWGA 2OEAX 2W1YA 4MR1A 4N0JA 4B0DA 1L72A 5KXWA 246LA 2YBHA 2ZWBA 4R0FA 4GLVA 1IP6A 1CU5A 4QEQA 4DD0A 5F9UA 5KJ9A 1FN5A 4NHPA 1I56A 4H8YA 1OWYA 2F32A 1D9UA 151LA 2RB0X 220LA 1GF7A 4GLAA 4WL6A 1C6TA 5FELA 2B70A 2BQCA 4GCEA 4OW1A 1L97A 1XEPA 4S0WA 4W53A 189LA 1LI2A 3TMXA 1XGTC 4GN3A 1L04A 2DQDY 4NIJA 4W57A 4AXTA 3FI7A 1CJ9A 1L35A 3GUNA 5KXLA 3TXJA 4I8SA 3HT6A 2HTXA 1KNIA 119LA 1DYFA 3LHMA 3K3TA 3ZVQA 1GBXA 4FDYA 2LZTA 1HC0A 5T3FA 4II8A 195LA 239LA 1QUHA 5HMVA 149LA 4DDBA 4EXMA 1AKIA 1DYGA 1G07A 1LSFA 3GUOA 1C6MA 3A91A 4DJHA 1QUGA 3CSQA 3KAMA 3TXDA 2B7XA 1G0LA 1LJHA 1AZFA 3HTBA 1JQUA 3DN4A 1OP9B 3HT9A 1GE4A 1CTWA 1BQLY 1GB8A 2OE4X 1XEJA 4GBRB 4NFVA 1L73A 201LA 2WARA 1IY4A 1LZ4A 3HDFA 1GB3A 3CT0A 1P37A 4HTNA 4LZTA 5APFA 1DI4A 4ML7A 3HWLA 1GFUA 5FSTA 4ANRA 2BQBA 4NGKA 1L52A 224LA 4DD1A 1B7MA 125LA 1HEQA 1L05A 3C7YA 2B75A 1GFEA 3CDVA 3K2RA 1C6PA 1BVKC 1P7SA 1CV0A 4DD3A 4H9IA 1FKVA 5LZMA 215LA 4WL7A 5A3ZA 4XN6A 1L84A 4B4JA 3M3UA 3CDTA 194LA 1LKSA 1YROA 4RDSA 4H1PA 3F9LA 1CUQA 3QE8A 5B59A 1J1PY 4H8ZA 4WM2A 3SBBC 1XFPL 1C66A 4OWAA 2ANVA 3FE0A 5F9XA 4XJGA 4K5YA 1PQJA 162LA 4WM3A 1GDXA 1PQKA 185LA 1GXV2 4TWSA 1IP2A 153LA 4G4HA 4GCCA 1C65A 4HPEA 3T36A 4HPIA 3HH4A 5I4YA 2OU8A 3HH3A 3WU7A 212LA 4YEOA 1BHZA 4DWXA 4PJZA 4CGEA 1LZDA 4H9CA 4DD2A 1B7PA 3ZVQB 1LSEA 3A6BY 4KT3A 5I54A 1C68A 148LE 1XEKA 1MLCE 1GEZA 1P2LA 254LA 5LAGA 1ZWNA 1NDMC 5LVIA 1G7HC 1CJ8A 1CX6A 2DQHY 4NWHA 1EQ5A 1VDPA 169LA 5LXWA 1C6FA 3WUNA 1JITA 233LA 1WTNA 1G7JC 218LA 1IORA 1JTNA 4WM1A 1IIZA 2Q0MX 1XSFA 4J7VA 1AM7A 5AMYA 2I26L 1B7QA 2RBQA 4RW2A 1HEOA 4B4EA 1H6MA 1D0KA 248LA 1IWWA 5KXXA 4U3XB 4ET8A 1QT3A 2BLYA 4ARMA 1OQMA 1DPXA 1L58A 3GULA 1IP5A 1D6QA 3P4ZA 112LA 1VAUA 1EQ4A 1GWDA 1LJFA 2ZILA 4PK0A 1JSEA 1GE2A 1A4VA 1D3MA 3SB7A 1OUHA 3C7WA 4AQNA 1DYCA 3RW8A 1LCNA 102LA 1JJ1A 1KY0A 2ZNXY 1OUIA 2CUUA 2DQEY 1CX7A 1NBZC 4LYTA 3DMXA 4BS7A 1FLYA 2HEBA 5APDA 5HLLA 107LA 4RW1A 5JENB 3GUIA 1B7OA 3C83A 2LCBA 3WW5A 3TMUA 5I14A 1GB5A 2BQEA 1OYUA 3HBEX 1B5YA 1G1WA 2BQDA 1GB0A 5I4WA 3WU9A 1WVVA 1LZCA 1BVXA 2YDGA 3V2YA 3VW7A 243LA 1L47A 1CJ7A 1LMAA 2HUBA 1OUCA 4P2EA 1IWTA 4LYMA 4HJVA 1LYEA 1IEEA 4LT2A 4NSHA 1L10A 3W6CA 3L2XA 158LA 2OU0X 4DQ7A 5C6IA 1LZSA 3GXRA 4GCFA 2FYDA 1L90A 4NWEA 2XTHA 222LA 1T6HA 5ILFA 5ILCA 1L89A 2Z37A 2FBBA 3WXTA 4LYZA 1IO5A 261LA 183LA 3PDSA 4OWEA 1B7NA 3AW6A 5LVGA 3ULRA 4N9RA 2AUBA 1UC0A 5B06A 5LVJA 1L0KA 1D3JA 4NSJA 1IY3A 2RBPA 4KXIA 3BKVA 1YKYX 5I53A 3OE8A 1C6DA 4A7DA 4GCDA 3LZTA 1L94A 178LA 2NTHA 2W1XA 4ETBA 1KW5A 1LZRA 1LJ4A 4HP0A 2I25L 2NWDX 4GRVA 1KS3A 3P65A 4WO6A 1LZNA 1L87A 1P6YA 3P68A 1LSPA 4YEMA 5KKJA 111LA 1CNSA 1L82A 3LYOA 4B4IA 4DDCA 1LSAA 1C6JA 1XJTA 2FYCA 4W55A 1L96A 1Z55A 1OUFA 3P66A 4H9EA 230LA 1NKHA 2L78A 141LA 1T8AA 177LA 5KXPA 1J1OY 1LJ3A 4NGWA 1LMOA 2MEAA 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1L61A 1T8GA 1HF4A 2RBSA 1D3FA 1UIHA 2FBDA 4W54A 2YBIA 3ATOA 3WPJA 1LLHA 113LA 2A7DA 3SB9A 1BB5A 1LJKA 1IOSA 171LA 1L34A 1GAZA 2HEAA 3AB6A 198LA 1VDTA 1L44A 123LA 4CJ2A 4OWCA 4ARPA 1L01A 1B5XA 1YAMA 1D0MA 2B5ZA 4HJYA 4NGOA 4I7SA 4UWVA 207LA 1L14A 4W96A 3BKHA 1B9OA 3DKEX 1SQ2L 3G3WA 1L33A 1L46A 1YL1X 1QT8A 1CKHA 1L53A 2MEGA 3HU8A 3B0IA 4NGIA 5D5FA 1WQQA 1SWZA 3P64A 5LVKA 1GEVA 1G7MC 1L56A 140LA 3TXFA 3CDRA 5I4XA 4H9FA 238LA 234LA 1LHJA 1LYYA 3JR6A 1QUDA 4OWBA 1L93A 1B2KA 1B7SA 2Z19A 3HDEA 1JIYA 3WPLA 1RFPA 1ZVYB 118LA 5A3EA 1SX2A 1LGUA 2DQCY 1YILA 1NQIA 4YENA 1INUA 3UONA 2ZYPA 1FDLY 1IOQA 2RSCA 4I7LA 1LZ5A 5IDDA 1LPIA 3B6LA 1IP7A 1WTMA 1QIOA 2D4IA 3A93A 259LA 1LYDA 2Z39A 1L08A 1LOZA 3OE6A 1JEFA 256LA 3RT5X 1L19A 1L92A 1L31A 2BQMA 1C67A 5DL9A 1L55A 1L26A 4J0LA 114LA 2XBSA 4E3UA 1L02A 2MEIA 1DYAA 1QSBA 1C60A 1DXJA 4PPOA 2G4QA 1HFZA 1BWHA 3CQLA 1LZ9A 1G1VA 1OVKA 4XENA 1L17A 1LYJA 4YXAC 1JTOL 3E3DA 3D4SA 4NG8A 1GF4A 223LA 4H8XA 4HV1A 4N1EI 163LA 1LJGA 3WXUA 1UCOA 1NMMA 4MSTA 4O34A 3TXGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 247L A;  1TEW A;  1G0K A;  4ETD A;  1LZ8 A;  3QAK A;  3IJU A;  1GB2 A;  1ALC A;  5KXM A;  1T8F A;  1QS9 A;  166L A;  1F6S A;  1LWG A;  1GPQ C;  2HUM A;  4I7J A;  3CB7 A;  2MEB A;  1LW9 A;  1GB9 A;  3CT5 A;  2LZ2 A;  4RLM A;  6LZM A;  4XJH A;  4NHS A;  258L A;  2HUL A;  3RZE A;  1LYS A;  2RB2 X;  2DQG Y;  1LZT A;  4WM4 A;  3EO5 A;  1L64 A;  150L A;  2QB0 B;  4M4O A;  1HEW A;  3TMV A;  1CKC A;  213L A;  3N9A A;  1J1X Y;  5L9J A;  3C8R A;  1L25 A;  1NWG A;  2OEA X;  2W1Y A;  4MR1 A;  4N0J A;  4B0D A;  1L72 A;  5KXW A;  246L A;  2YBH A;  2ZWB A;  4R0F A;  4GLV A;  1IP6 A;  1CU5 A;  4QEQ A;  4DD0 A;  5F9U A;  5KJ9 A;  1FN5 A;  4NHP A;  1I56 A;  4H8Y A;  1OWY A;  2F32 A;  1D9U A;  151L A;  2RB0 X;  220L A;  1GF7 A;  4GLA A;  4WL6 A;  1C6T A;  5FEL A;  2B70 A;  2BQC A;  4GCE A;  4OW1 A;  1L97 A;  1XEP A;  4S0W A;  4W53 A;  189L A;  1LI2 A;  3TMX A;  1XGT C;  4GN3 A;  1L04 A;  2DQD Y;  4NIJ A;  4W57 A;  4AXT A;  3FI7 A;  1CJ9 A;  1L35 A;  3GUN A;  5KXL A;  3TXJ A;  4I8S A;  3HT6 A;  2HTX A;  1KNI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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