1LYIA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVIDKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyiA00
1C69A 2OE4X 1L94A 1QT3A 3GUIA 1I6SA 3QAKA 3HUAA 3L64A 1LWKA 2OTZX 222LA 1LW9A 1L06A 1JTNA 4I7LA 2RAYX 4AQNA 4W53A 4LZMA 2RBQA 1L32A 4I7MA 1L86A 2F2QA 1L49A 4YXCA 3HTFA 2RBPA 1DYAA 1L46A 4W52A 4PJZA 3F9LA 1L38A 1LYGA 1QT8A 4S0WA 1L93A 1DYFA 1L65A 1DYEA 1KW5A 145LA 1L91A 190LA 1XJTA 229LA 4LDOA 152LA 1KY1A 2RAZX 111LA 241LA 4EKQA 164LA 1QT5A 1L04A 1CUPA 1CUQA 2RBSA 1L19A 3CDTA 2B75A 3VW7A 1L64A 1C6PA 1P37A 2RBNA 1L10A 176LA 1P2RA 175LA 3HH5A 1L05A 156LA 1G0KA 3NYAA 1L73A 4I7NA 1P7SA 1L87A 1L02A 1LYEA 2B73A 1L09A 1L67A 4ARQB 1T8FA 3DN2A 2HULA 1L00A 1LYJA 141LA 2HUMA 107LA 1D3NA 250LA 1C6JA 4ZPUA 3FI5A 1C68A 1C6EA 128LA 162LA 3DN6A 1L25A 1OVHA 3DNAA 3SB8A 155LA 3SBBC 1CU2A 3C83A 1G07A 2OE7X 3C81A 3C7ZA 4K5YA 1P3NA 113LA 1L54A 130LA 3C80A 103LA 1CU3A 1G0MA 1L20A 3HDFA 2RB1X 4PK0A 2LZMA 3F8VA 4DAJA 1QSBA 2A4TA 5LZMA 262LA 196LA 1L26A 6LZMA 187LA 2Q9DA 1C6LA 223LA 2ANXA 1QT6A 126LA 1L36A 3RUNA 138LA 104LA 1L29A 245LA 242LA 1CV6A 3GUOA 1QUGA 3OE0A 3ODUA 1C6MA 1L59A 3C7YA 1L82A 1QT4A 3DN0A 3D4SA 3G3WA 1CV5A 2QARC 7LZMA 4ARQA 1LPYA 1L84A 181LA 1CV1A 1QTBA 4ARMB 1QS9A 1L95A 131LA 1KW7A 3LZMA 1C6CA 1CVKA 1L76A 216LA 188LA 2OTYX 1OWYA 3OE8A 259LA 209LA 5I14A 2B70A 2ANVA 1L43A 1C6BA 1L99A 4EKSA 1L34A 1G0GA 3GULA 4LDEA 3L2XA 1L08A 3PDSA 1SSWA 230LA 243LA 212LA 1C65A 201LA 189LA 148LE 236LA 253LA 160LA 2OU0X 1SWYA 4GRVA 246LA 1PQKA 2OE9X 1C6GA 1CTWA 1D2WA 4EKRA 2HUKA 1LI2A 206LA 4E97A 3RZEA 1OV5A 4DJHA 3SB5A 4I7OA 256LA 2F47A 1L90A 1L56A 170LA 1LGUA 129LA 217LA 3HH4A 146LA 1CX7A 4EKPA 1P2LA 2B6WA 1C6KA 257LA 3G3XA 143LA 2OEAX 3OE6A 1L24A 234LA 1L51A 219LA 1QUHA 214LA 1C66A 232LA 115LA 2OU8A 1L70A 1L0JA 178LA 1L07A 3DN4A 1L55A 231LA 149LA 2LCBA 1L40A 1QUOA 4EPFA 1L15A 1L21A 1CU6A 3V2WA 114LA 140LA 2Z6BA 1L88A 1QTDA 218LA 1G1VA 1T8AA 1L79A 224LA 147LA 1L81A 127LA 1L28A 2OU9A 4I7RA 4EXMA 144LA 1KNIA 1LYIA 1D2YA 1L60A 1L35A 2RB0X 4IAPA 1QTHA 1L75A 1TLAA 4W57A 158LA 1L14A 1L47A 1LI3A 1ZYTA 4I7QA 1LWGA 3HT7A 3HTGA 3CDQA 110LA 1P5CA 118LA 151LA 174LA 3HUKA 182LA 1CU5A 1L23A 1L31A 1L30A 4ARPA 1DYGA 1L48A 3EMLA 1P64A 213LA 1L57A 240LA 2O4WA 1L74A 195LA 244LA 3HWLA 1DYBA 252LA 197LA 1C62A 1D3MA 3JR6A 3SB9A 1QS5A 1QSQA 1L62A 1JTMA 1D3FA 1C64A 1L22A 2Q9EA 185LA 1L97A 112LA 4I7JA 157LA 3FADA 1L44A 3C7WA 1CV0A 2B6TA 3HH3A 166LA 142LA 2RH1A 1CU0A 248LA 226LA 1L0KA 1L37A 251LA 191LA 1L63A 3C8QA 1C6FA 1ZURA 2F32A 2B7XA 3UONA 4W51A 1OWZA 171LA 1L66A 109LA 1P36A 3SB6A 1L92A 3HU8A 1CV3A 1L17A 3C8SA 3SBAA 1G1WA 2B74A 3GUNA 198LA 4I7PA 1L61A 1P56A 4W54A 1JQUA 1XEPA 3HTBA 172LA 1C6HA 1L11A 2RB2X 1OVJA 4W58A 1L45A 1L16A 3DKEX 102LA 3DN1A 1C6AA 1L96A 3CDRA 180LA 3CDOA 1LYDA 2L78A 123LA 184LA 1C63A 1L71A 3CDVA 4I7TA 235LA 4YXAC 2LC9A 1WTHA 1KS3A 1LYFA 205LA 4YX7C 1C6DA 228LA 3DMZA 1C6QA 254LA 210LA 163LA 1L72A 1L52A 4W55A 1C60A 1KY0A 260LA 119LA 4I7KA 1L80A 237LA 1L01A 2B6ZA 3SB7A 1SX2A 1LI6A 161LA 192LA 1T8GA 125LA 1P6YA 1L03A 225LA 4GBRB 1L41A 1D9WA 1DYCA 2NTHA 3PBLA 1CV4A 3HT6A 4OO9A 3HT9A 1L58A 1PQJA 199LA 2B6YA 1LGWA 3V2YA 200LA 1D3JA 238LA 3NY9A 4ARLA 233LA 3HH6A 1DYDA 3DMVA 1C6NA 1G0PA 255LA 2NTGA 3DN3A 2RBOA 1G0JA 1NHBA 167LA 1G06A 4ARMA 227LA 139LA 1SSYA 1K28A 1CX6A 4DKLA 1G0LA 2CUUA 3C8RA 1T97A 3GUJA 3OE9A 1LGXA 258LA 3G3VA 211LA 3GUMA 1L68A 1OYUA 1L50A 1LYHA 1XJUA 3NY8A 4I7SA 120LA 1PQIA 122LA 137LA 1QT7A 183LA 1L39A 159LA 1QTCA 1L98A 1L53A 249LA 1PQOA 1QUDA 1SWZA 4W56A 165LA 2O79A 3HU9A 1ZWNA 1OVKA 3K2RA 173LA 1L13A 1L33A 3C82A 3DMXA 2RBRA 3SN6R 177LA 108LA 4ARJA 215LA 1C6IA 1B6IA 2B72A 261LA 1G0QA 1L12A 1L69A 3GUKA 220LA 1SX7A 1L77A 4EJ4A 3HDEA 4W59A 1P46A 247LA 2QB0B 1L42A 4EPIA 1L18A 1OV7A 1T6HA 169LA 1L27A 1C67A 2O7AA 3FA0A 3GUPA 1LLHA 221LA 1C6TA 2B6XA 186LA 1PQMA 2IGCA 3DN8A 168LA 1QTZA 3HTDA 1L89A 1L85A 1QTVA 3HT8A 3HUQA 1EPYA 239LA 1C61A 1L83A 150LA 4LDLA 1PQDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OE4X 2CWIA 1EQ5A 1I6SA 3QAKA 1FKVA 5LVJA 1I56A 1GF7A 1GBSA 2OTZX 222LA 1JTNA 4AQNA 5KXTA 4XJGA 2EIZC 2D4JA 5II3A 1L32A 1BB5A 5I54A 2XBSA 1GDXA 2BQHA 3B0OA 4HV1A 2CJLA 1L46A 3F9LA 1JTTL 4WO9A 2DQGY 1LPIA 4PHIA 1IWXA 3TXIA 1UIBA 3RU5A 1YAMA 1GBWA 3A96A 3CSRA 2EPEA 1UICA 1L04A 3LZTA 1V7TA 1C6PA 1NDMC 1QSAA 1P37A 2LZ2A 2RBNA 176LA 2BQOA 175LA 1LYZA 5E4PA 4HJZA 1G0KA 3NYAA 3W3EA 1KXYA 1LYEA 1B9OA 5KJ9A 1L09A 1L67A 3T36A 1GF8A 5LVGA 1GB0A 1GWDA 3HBEX 2HUMA 3MGWA 1LZSA 4G49A 4ZPUA 4WLDA 1BWJA 1TDYA 1C68A 1B2KA 2LZTA 162LA 1OVHA 5KXRA 4HJVA 3SBBC 135LA 1SQ2L 1C7PA 2BPUA 1G07A 3C81A 1O23A 4NHQA 207LA 3AZ6A 1L54A 3C80A 5L3HA 1IP2A 4N9RA 3HDFA 4PK0A 2LZMA 3F8VA 4DAJA 3LHMA 1OUDA 1W6ZA 1C6LA 1MELL 4XN6A 1L36A 3RUNA 2I26L 4TSBA 1L29A 3WL2A 4DD0A 1LJIA 242LA 4LT3A 1DI4A 3OE0A 5L9JA 1IP7A 2MEDA 1LHJA 1C10A 3DN0A 1GF0A 2QARC 1L84A 1IOTA 1G7JC 4ZFPA 1QTBA 1CKDA 2DQHY 131LA 1KW7A 1TEWA 3CB7A 4RDSA 3WVYA 3OE8A 209LA 1A2YC 1NHEA 4GCFA 3G3BB 2ZILA 2W1XA 1LSCA 1L99A 4EKSA 3L2XA 1DZBX 212LA 201LA 236LA 1JHLA 4LFXA 2OU0X 1G7LC 1INUA 4NGKA 4NIJA 2YBJA 4NGIA 1CTWA 3ATNA 4EKRA 1LJEA 4NHSA 1EQ4A 1GF4A 1F0WA 2DQIY 208LA 2G4PA 1UIFA 4DJHA 4WL6A 3SB5A 5C6IA 1L90A 1L56A 170LA 1CX7A 1LZ1A 257LA 3RT5X 1B7RA 1E8LA 5C6LA 3WULA 4MCKA 1G7IC 1BB4A 1L51A 219LA 1GF3A 3A6BY 1REZA 2BQKA 3J6KA 1YL0X 1L70A 2Z2FA 3WUMA 4CFPA 2YBHA 1HELA 1VDPA 231LA 149LA 2LCBA 1L40A 1IC4Y 1WQRA 1L15A 1L21A 1CU6A 1G7MC 1TAYA 2Z6BA 4G4CA 1OUEA 4PPOA 4NGZA 1L81A 127LA 1L28A 1LHKA 2PC2A 1D2YA 1QTHA 4DWXA 4ML7A 118LA 174LA 1Z55A 1LHLA 3A34A 1XEJA 4NGYA 1YROA 1HF4A 4ARPA 1DYGA 1BB7A 1NKHA 3EMLA 1P64A 213LA 2O4WA 1L74A 5KXYA 1DYBA 2BLXA 1LSGA 3JR6A 3SB9A 1L22A 1IP5A 1LAAA 4I7JA 1L44A 2MEFA 4HSFA 1OUFA 191LA 1DI5A 3C8QA 1QSWA 1ZURA 1JIYA 4W51A 1BQLY 5KXPA 1HSWA 3SB6A 1L17A 1LHHA 3G3AB 3SBAA 198LA 1L61A 1XEPA 1C6HA 1JTOL 3EO5A 2DKVA 1L16A 1JITA 2Z38A 4D9ZA 1GEVA 180LA 3EXDA 5HNLA 2L78A 3CT5A 123LA 4L41A 2LC9A 1YIKA 205LA 4Z46A 3TMVA 1C6QA 210LA 163LA 1L72A 1C60A 1KY0A 260LA 119LA 3TXGA 1LZ8A 3AB6A 1KXXA 3AW6A 1LSMA 3WW5A 1C46A 3SB7A 6LYZA 1IIZA 161LA 1FLWA 125LA 1L03A 1LJHA 5DL9A 5ILFA 3HT9A 4DD2A 1WVVA 1LGWA 3VWOA 4H92A 1DYDA 4NFVA 2HTXA 2NTGA 4G9SA 4H9IA 139LA 2W1MA 1K28A 1CX6A 2CUUA 3AZ4A 1BGIA 1GXV2 1IX0A 1OYUA 120LA 1L98A 1QUTA 1WQNA 4J7VA 1B5ZA 2DQAA 249LA 1PQOA 1QUDA 3HU9A 1IP3A 2B5ZA 1D0KA 215LA 1AZFA 1DI3A 2B72A 4H9BA 1LMQA 1GE2A 2W1LA 5D5CA 1LOZA 3HDEA 3A8ZA 4KL7A 1H6MA 2BQDA 1JSEA 1T6HA 3B6LA 169LA 1L27A 1GE3A 4OW1A 2HEEA 5KXKA 4ANRA 3P64A 2F30A 1WTMA 2ZIKA 1GFJA 4XJFA 2IGCA 4XJHA 4C5FA 3W6FA 2BQAA 1QTVA 3HUQA 194LA 4NEBA 1L94A 4DQ7A 1QT3A 4QY9A 5HMVA 4B4IA 3HUAA 1BHZA 3P66A 3L64A 1LWKA 5K7OA 4I7LA 2IFFY 1JKBA 2RAYX 4R0FA 5IELA 4OWAA 1LMAA 2RBQA 1REMA 2BQIA 3D3DA 1LSAA 5D5FA 4S0WA 133LA 5I5QA 5LIOA 1D6QA 4Z98A 1KY1A 2RAZX 3TXJA 111LA 4EKQA 2Z2EA 1QT5A 2BAAA 3WPJA 1CUPA 2XJWA 1LSNA 1L64A 4DC4A 1DKJA 1HEMA 1L10A 1LJFA 4I8SA 4CFOA 1P7SA 4DDBA 1L87A 4O34A 1GBOA 3DN2A 1B7QA 2HULA 1L00A 3LN2A 141LA 1F6RA 1D3NA 4MR1A 250LA 1C6JA 3QE8A 3FI5A 5B1GA 1D0LA 2FBDA 1GFGA 1LCNA 1LZ4A 1I20A 1IWUA 1G7HC 1GBZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OE4 X;  2CWI A;  1EQ5 A;  1I6S A;  3QAK A;  1FKV A;  5LVJ A;  1I56 A;  1GF7 A;  1GBS A;  2OTZ X;  222L A;  1JTN A;  4AQN A;  5KXT A;  4XJG A;  2EIZ C;  2D4J A;  5II3 A;  1L32 A;  1BB5 A;  5I54 A;  2XBS A;  1GDX A;  2BQH A;  3B0O A;  4HV1 A;  2CJL A;  1L46 A;  3F9L A;  1JTT L;  4WO9 A;  2DQG Y;  1LPI A;  4PHI A;  1IWX A;  3TXI A;  1UIB A;  3RU5 A;  1YAM A;  1GBW A;  3A96 A;  3CSR A;  2EPE A;  1UIC A;  1L04 A;  3LZT A;  1V7T A;  1C6P A;  1NDM C;  1QSA A;  1P37 A;  2LZ2 A;  2RBN A;  176L A;  2BQO A;  175L A;  1LYZ A;  5E4P A;  4HJZ A;  1G0K A;  3NYA A;  3W3E A;  1KXY A;  1LYE A;  1B9O A;  5KJ9 A;  1L09 A;  1L67 A;  3T36 A;  1GF8 A;  5LVG A;  1GB0 A;  1GWD A;  3HBE X;  2HUM A;  3MGW A;  1LZS A;  4G49 A;  4ZPU A;  4WLD A;  1BWJ A;  1TDY A;  1C68 A;  1B2K A;  2LZT A;  162L A;  1OVH A;  5KXR A;  4HJV A;  3SBB C;  135L A;  1SQ2 L;  1C7P A;  2BPU A;  1G07 A;  3C81 A;  1O23 A;  4NHQ A;  207L A;  3AZ6 A;  1L54 A;  3C80 A;  5L3H A;  1IP2 A;  4N9R A;  3HDF A;  4PK0 A;  2LZM A;  3F8V A;  4DAJ A;  3LHM A; 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