1LYIA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVIDKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyiA00
125LA 2QARC 115LA 256LA 3C7WA 1L75A 1C6GA 3EMLA 1L63A 2ANXA 1CV0A 1P36A 1ZYTA 1QTBA 3HH6A 1LGWA 2RAYX 232LA 1P2RA 1L58A 1L00A 1P46A 4EKQA 1L71A 3HWLA 4ARQA 142LA 1G07A 3OE6A 1P6YA 3SB5A 1L46A 3GUOA 139LA 206LA 163LA 1L51A 1CU2A 127LA 1C6AA 3L64A 1K28A 122LA 164LA 1QS9A 1QT8A 1L26A 1L34A 249LA 4W52A 3SBAA 1LYJA 224LA 1L48A 2OTZX 159LA 1KY0A 1L36A 1L23A 1QTZA 3NY9A 2B6WA 149LA 1I6SA 3JR6A 4ZPUA 1B6IA 218LA 1LYIA 171LA 1C6HA 2QB0B 1LI2A 1DYFA 3ODUA 1D2WA 1L95A 216LA 199LA 1C6PA 109LA 1LYHA 4LDLA 3C7ZA 4PJZA 1QT5A 1L38A 4GBRB 1OWZA 3FADA 2OU9A 141LA 3UONA 1G1WA 1L67A 3C8SA 1QSQA 1L41A 3HT6A 151LA 4LZMA 260LA 2RB1X 1T6HA 4W58A 2RBRA 1P64A 1L19A 1L14A 1L66A 192LA 1C64A 172LA 1L11A 3HUKA 261LA 1L13A 3OE0A 3RZEA 1P56A 156LA 112LA 3V2WA 1KS3A 1L39A 1L84A 126LA 178LA 240LA 1LPYA 4I7JA 3CDOA 1L61A 1L55A 1QTDA 180LA 1LYEA 1QUGA 257LA 4I7PA 1KNIA 1L90A 229LA 1TLAA 3F8VA 1L69A 131LA 3SN6R 1CV5A 1L83A 1CU3A 1L97A 4I7KA 1C69A 155LA 2B7XA 3LZMA 3SBBC 1KW7A 1L89A 170LA 3NY8A 2HUKA 3DMVA 118LA 239LA 1C67A 138LA 162LA 252LA 2B73A 186LA 1D2YA 1C62A 248LA 1CVKA 1L06A 1G06A 3C82A 1L74A 119LA 1L01A 2RBSA 1LLHA 140LA 3VW7A 238LA 188LA 3HTBA 145LA 1L24A 2OEAX 219LA 1P5CA 1CUQA 4W57A 3F9LA 1C6CA 2RBNA 1C6BA 200LA 1L57A 242LA 4EKPA 1OWYA 2LC9A 1L52A 1P37A 1G0MA 1QTCA 1XJUA 2F32A 1C6LA 2B6YA 3DN2A 3GUIA 1C65A 1LGXA 3HH4A 4I7LA 2O7AA 3OE9A 4OO9A 1L81A 1L44A 1L91A 1QUOA 1L99A 233LA 3SB8A 144LA 1L30A 3C8QA 230LA 1SSWA 4YXCA 1OYUA 4ARQB 1PQJA 3DN6A 1DYBA 1QT4A 3GUJA 235LA 4EPIA 1LI6A 1PQKA 1L53A 2B70A 4LDOA 209LA 241LA 4EKRA 3G3VA 4EKSA 107LA 205LA 5LZMA 255LA 3C80A 150LA 1L96A 1PQIA 1T97A 3OE8A 217LA 1L15A 102LA 3HTFA 3CDTA 1C6DA 1LYFA 1L98A 1C6KA 1L03A 1L72A 1P7SA 4S0WA 3C81A 212LA 3GUKA 237LA 1SWYA 3DMZA 1L0JA 2OE4X 3DMXA 2HUMA 1L0KA 1CV6A 3HH3A 1L35A 1LW9A 1L87A 1D3NA 1L16A 4I7SA 1CU0A 4PK0A 211LA 169LA 176LA 3HT9A 3NYAA 1L49A 2RBQA 1L76A 3HUAA 198LA 1OV7A 1XJTA 148LE 1CX7A 4W53A 143LA 3HDFA 7LZMA 213LA 3HTGA 1L50A 177LA 113LA 4I7QA 2IGCA 165LA 1L18A 1QT7A 1CV4A 182LA 210LA 2OE9X 2RBPA 4YX7C 1C6TA 1L27A 1LGUA 4DJHA 3CDRA 1L80A 1C6NA 1C66A 2L78A 3PBLA 1C6JA 1DYAA 2NTGA 2B6XA 1LWKA 1T8GA 130LA 215LA 223LA 3CDVA 3HU9A 3HT8A 4EXMA 5I14A 3D4SA 2O4WA 1G0QA 184LA 103LA 2LZMA 1L88A 3QAKA 2ANVA 1L85A 4E97A 3DKEX 4K5YA 1QTVA 221LA 262LA 1L92A 3RUNA 245LA 2OE7X 3DN8A 1L60A 214LA 1OVHA 4YXAC 1C6IA 4EJ4A 1QUDA 258LA 120LA 234LA 3C7YA 2F47A 146LA 1L04A 226LA 1C63A 3SB6A 1L65A 1G1VA 3PDSA 4I7MA 3HT7A 3HH5A 1L77A 196LA 1QTHA 1LYGA 1KY1A 3G3XA 108LA 1L82A 4AQNA 1L54A 4W54A 1D9WA 1L08A 247LA 147LA 1QS5A 3C83A 2B75A 1CV3A 1ZURA 225LA 4I7NA 1L42A 251LA 2RB0X 4ARMA 1SX7A 2RBOA 104LA 1L31A 158LA 190LA 4DKLA 3K2RA 195LA 1L09A 1L07A 1WTHA 1D3MA 4I7TA 1LWGA 228LA 173LA 1CU6A 1L70A 1C6MA 1P3NA 3HUQA 2B6TA 4I7RA 4ARPA 167LA 220LA 3L2XA 1C6FA 1L10A 243LA 2B6ZA 3DN4A 1DYCA 2OU8A 1OVKA 4W51A 1L93A 1ZWNA 250LA 254LA 2RB2X 1QT6A 236LA 1JTNA 1D3JA 1L43A 197LA 3FI5A 1L22A 1JTMA 175LA 3HTDA 1L33A 114LA 110LA 128LA 3G3WA 3SB9A 1L68A 1L20A 123LA 4DAJA 1D3FA 4ARLA 1KW5A 1L45A 1CX6A 201LA 3SB7A 1SX2A 259LA 1L12A 1CTWA 4W59A 137LA 1C61A 1C68A 161LA 1L64A 2O79A 1LI3A 2HULA 185LA 3DN3A 2F2QA 4IAPA 1T8FA 2B72A 3DN1A 1L32A 2OU0X 1QSBA 253LA 3GULA 1L73A 4W56A 1XEPA 1PQOA 1P2LA 2NTHA 1L05A 4EPFA 1L37A 2Q9EA 1NHBA 2B74A 1L28A 1L86A 3FA0A 1QUHA 1DYEA 1T8AA 3CDQA 3GUNA 2LCBA 1DYDA 1L59A 1CU5A 1G0GA 1L29A 3HU8A 3DN0A 1G0PA 1C6EA 1L56A 168LA 1DYGA 1L47A 157LA 1L79A 3V2YA 4I7OA 6LZMA 1G0KA 1G0LA 1OV5A 2Q9DA 2CUUA 227LA 1EPYA 187LA 1JQUA 191LA 244LA 1CV1A 129LA 166LA 4ARJA 183LA 1SSYA 3DNAA 1LYDA 1C60A 1OVJA 246LA 2A4TA 231LA 2RH1A 1PQDA 1L62A 1L94A 1L21A 1CUPA 4LDEA 1PQMA 3HDEA 4GRVA 222LA 3C8RA 1L25A 189LA 1C6QA 1L40A 1L17A 181LA 4ARMB 3GUPA 1G0JA 2OTYX 160LA 111LA 2Z6BA 1L02A 152LA 1SWZA 1QT3A 174LA 4W55A 2RAZX 3GUMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J6KA 2Z2FA 1GE0A 4WG7A 1L63A 1ZYTA 1LZYA 3LN2A 3LYTA 1YAQA 1OUCA 3AJNA 3HH6A 4B4EA 5C6JA 2RAYX 1L58A 1H6MA 2W1LA 4B49A 4ETDA 1LJIA 3OE6A 4XJIA 139LA 1JTOL 206LA 1OUDA 4ANRA 1MELL 122LA 3EO5A 1L34A 1LMTA 3SBAA 1DI4A 1BVKC 159LA 1L36A 1GF4A 2EQLA 2XQOA 1QTZA 3NY9A 4NHTA 1CJ6A 3JR6A 4ZPUA 1C6HA 1JSEA 3ODUA 4NGYA 1L95A 3AW6A 4B1AA 2BQEA 4PJZA 1YILA 1QT5A 2ZILA 1OWZA 1T6VL 141LA 1HEPA 1L67A 1C7PA 4TSCA 2RB1X 1T6HA 1E8LA 4DD7A 1GE4A 4GN4A 4O34A 5ILFA 1GF3A 153LA 1KIPC 1B5ZA 4XJGA 1OUIA 3OE0A 2YBHA 1GBXA 1G7MC 3A90A 156LA 1B7MA 3V2WA 1KS3A 1YKXX 4H9AA 1I1ZA 2ZIJA 4DC4A 3CDOA 1L61A 1L55A 4WM1A 180LA 257LA 1L90A 1WTNA 3A34A 1GXV2 3SN6R 4CJ2A 3D9AC 3LZMA 1LMAA 3NY8A 1QSWA 1GFRA 239LA 4H91A 138LA 4GCDA 248LA 2EIZC 3C82A 2RBSA 1LJ4A 2GV0A 219LA 1TBYA 1P5CA 1CUQA 2DQDY 1IWZA 1HMKA 2FBDA 4ETCA 1C6CA 1C6BA 200LA 1QTCA 2B6YA 1XSFA 3DN2A 3QY4A 5I5QA 3WXUA 3OE9A 1L44A 1QUOA 4BAPA 1L99A 207LA 2D4KA 1IWWA 3SB8A 2BQAA 4NSJA 230LA 2YVBA 4YXCA 4ARQB 4LYTA 3GUJA 209LA 3A93A 5HQ1A 1PQIA 1VDPA 3TMWA 4HTNA 3OE8A 4WL7A 2MEBA 1LSZA 4UWNA 1HEOA 5KY1A 4WM6A 1L98A 5LVHA 1P7SA 4S0WA 4J0LA 1KXYA 1SWYA 1I20A 3DMZA 1L0JA 2OE4X 194LA 1LYSA 1UUZC 2YBMA 2WARA 1D3NA 4PK0A 4CFPA 5LYZA 1CX7A 4W53A 3HDFA 3ULRA 213LA 3HTGA 1UCOA 1WVVA 1REYA 1A4VA 1L50A 3QNGA 4I7QA 2C8PA 1IIZA 3G3BB 5T3FA 1CV4A 4YENA 1TDYA 4G9SA 4QEQA 1B5YA 2RBPA 2XJWA 2L78A 1DYAA 1JEFA 1F10A 5F14A 2DBTA 3HU9A 2O4WA 2ZNXY 3IJVA 1LSGA 1VDSA 1L88A 4E97A 1BB6A 3E3DA 5M1YA 1TCYA 221LA 1LHJA 1NBYC 1IORA 3HBEX 1QTEA 1GHLA 2OE7X 193LA 3TMUA 5DM9A 1IWUA 5L3HA 1C6IA 1ZV5L 3WXTA 120LA 6LYZA 4IATA 1LJEA 4PPOA 1UICA 1NQIA 1L65A 1IR9A 1W6ZA 4WM3A 196LA 3WPKA 5KXOA 5HMJA 1NWGA 147LA 2BAAA 1LZ5A 1GB7A 1CV3A 1ZURA 4I7NA 1UA6Y 1XEJA 1WVUA 1L42A 4YF2A 1GB0A 2EKSC 6LYTA 1GE3A 1SX7A 1QUTA 1JISA 3M18B 2RBOA 104LA 5HNLA 1FDLY 4TUNA 1GDWA 1XFPL 2HEDA 3BKVA 1WTHA 3EXDA 1D3MA 1LWGA 1LZ9A 1P3NA 4BADA 2F4GA 5LA8A 3HUQA 2B6TA 4ARPA 4C5FA 3TXEA 2G4NA 1BB7A 1BB4A 3L2XA 2LZTA 4U3XB 3DN4A 1DYCA 2MEIA 4WM2A 2I25L 2MEHA 1EQ4A 2RB2X 5LA5A 1JTNA 1L43A 4OWHA 1ALCA 1L22A 1JTMA 1L33A 1DXJA 1FLUA 5E9RA 114LA 1GE2A 5B1GA 9LYZA 1L20A 1BB3A 4J1AA 1SX2A 1LSAA 1L12A 4NHSA 4CGEA 2BQHA 1OUGA 2IHLA 1Z55A 1YL1X 185LA 1VATA 1J1OY 5APEA 1OUAA 1B7OA 2B72A 5I54A 2OU0X 1QSBA 4NFVA 4W56A 4Z98A 1B0DA 1LJNA 4NGWA 4WLXA 2Q9EA 7LYZA 4YOPA 2YBIA 1L59A 4ET9A 1REXA 8LYZA 1HERA 1G0GA 4NGZA 3CSZA 1FLQA 1DYGA 2HEAA 1EQEA 4HTKA 1AM7A 1GF9A 2HECA 1CJ9A 4OWCA 1LHLA 4DD9A 4NEBA 5HNCA 1GEZA 1JQUA 1CV1A 166LA 3W6DA 3A94A 1NDGC 2Z2EA 3B72A 1QQYA 4TWSA 2HEBA 246LA 3AGGG 1OUHA 1PQDA 4MSTA 1LZAA 4N8ZA 3HDEA 133LA 189LA 4DD2A 1L40A 2F4AA 1L17A 181LA 4ARMB 160LA 1LZCA 3W6AA 1SWZA 4LGKA 1QT3A 4W55A 2ZQ3A 2RAZX 125LA 1GF5A 2QARC 1C08C 256LA 1GEVA 1C6GA 3EMLA 4HV2A 2ANXA 1CV0A 3TXFA 4DD1A 1C10A 3KAMA 1V7TA 3CB7A 1LGWA 1UIAA 232LA 1P2RA 2ZYCA 1L00A 1RFPA 4H8XA 1L71A 5F81A 1GBYA 1QTKA 3CT5A 1J1PY 3HWLA 1GBOA 2Q0MX 142LA 3WVYA 3GUOA 4WOAA 4M4OA 163LA 1L51A 4WO9A 1C6AA 3L64A 1K28A 1GB3A 2Z37A 164LA 1JKAA 3GXRA 1CKCA 1AT6A 4NHQA 2DQCY 2OTZX 2B6WA 2BQNA 1LHMA 1VDQA 218LA 135LA 1D2WA 1CNSA 1RE2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3J6K A;  2Z2F A;  1GE0 A;  4WG7 A;  1L63 A;  1ZYT A;  1LZY A;  3LN2 A;  3LYT A;  1YAQ A;  1OUC A;  3AJN A;  3HH6 A;  4B4E A;  5C6J A;  2RAY X;  1L58 A;  1H6M A;  2W1L A;  4B49 A;  4ETD A;  1LJI A;  3OE6 A;  4XJI A;  139L A;  1JTO L;  206L A;  1OUD A;  4ANR A;  1MEL L;  122L A;  3EO5 A;  1L34 A;  1LMT A;  3SBA A;  1DI4 A;  1BVK C;  159L A;  1L36 A;  1GF4 A;  2EQL A;  2XQO A;  1QTZ A;  3NY9 A;  4NHT A;  1CJ6 A;  3JR6 A;  4ZPU A;  1C6H A;  1JSE A;  3ODU A;  4NGY A;  1L95 A;  3AW6 A;  4B1A A;  2BQE A;  4PJZ A;  1YIL A;  1QT5 A;  2ZIL A;  1OWZ A;  1T6V L;  141L A;  1HEP A;  1L67 A;  1C7P A;  4TSC A;  2RB1 X;  1T6H A;  1E8L A;  4DD7 A;  1GE4 A;  4GN4 A;  4O34 A;  5ILF A;  1GF3 A;  153L A;  1KIP C;  1B5Z A;  4XJG A;  1OUI A;  3OE0 A;  2YBH A;  1GBX A;  1G7M C;  3A90 A;  156L A;  1B7M A;  3V2W A;  1KS3 A;  1YKX X;  4H9A A;  1I1Z A;  2ZIJ A;  4DC4 A;  3CDO A;  1L61 A;  1L55 A;  4WM1 A;  180L A;  257L A;  1L90 A;  1WTN A;  3A34 A;  1GXV 2;  3SN6 R;  4CJ2 A;  3D9A C;  3LZM A;  1LMA A;  3NY8 A;  1QSW A; 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