1LYJA

Dissection of helix capping in t4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at thr 59
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVIAKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Dissection of helix capping in T4 lysozyme by structural and thermodynamic analysis of six amino acid substitutions at Thr 59.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lyjA00
3RZEA 255LA 257LA 3C8QA 1LYIA 156LA 1CV3A 3SN6R 2RB0X 1G1WA 3DNAA 1DYFA 1L60A 171LA 1JTMA 2RBRA 2RBPA 2ANVA 1L0KA 1ZURA 1P56A 3SB9A 170LA 1DYBA 1QT3A 1CV6A 4OO9A 4W58A 3C82A 2QB0B 4EKQA 3FA0A 1QTZA 234LA 1LWGA 1CX7A 3HTGA 3CDRA 4DKLA 1L03A 110LA 1CU3A 1SSYA 2RH1A 212LA 245LA 3DKEX 1L83A 1NHBA 1L84A 1P2LA 2OE9X 4IAPA 2LZMA 175LA 222LA 103LA 173LA 195LA 1CV4A 1JTNA 2LCBA 2Z6BA 4I7KA 3DN0A 1CUPA 1L16A 1ZYTA 1ZWNA 1L19A 2RBQA 3PBLA 1LI2A 1L79A 5I14A 1CVKA 1C69A 3HTBA 3OE9A 4I7JA 1G0GA 3L64A 1DYEA 111LA 221LA 2RAZX 2HUKA 3GUPA 1L92A 1XEPA 4EPIA 2QARC 3RUNA 2F47A 1G0LA 109LA 4I7OA 1L88A 178LA 1L54A 1L22A 190LA 1QUOA 1C6QA 4EXMA 1SSWA 236LA 3K2RA 1L61A 1PQOA 1L48A 4I7PA 225LA 102LA 1K28A 114LA 4W52A 1L90A 1C6JA 1L56A 2B73A 4ARMB 4I7QA 3NY8A 1QUDA 4W54A 3SBAA 1C65A 3C7YA 1L20A 2RB2X 1L50A 254LA 2OTYX 1PQJA 3L2XA 200LA 3HUAA 4ZPUA 1L41A 1QUGA 1C6DA 3CDTA 1B6IA 1L28A 227LA 3C7ZA 1PQDA 4YX7C 1G07A 1L59A 125LA 4E97A 1G0QA 1L69A 1L77A 1XJUA 3ODUA 2IGCA 4LDOA 143LA 216LA 4I7SA 2NTGA 1P46A 3G3WA 1CU2A 3SB5A 198LA 2RBNA 4LDEA 161LA 151LA 1D9WA 2NTHA 1C6CA 122LA 131LA 3GUJA 1DYGA 3OE6A 4ARLA 1L40A 146LA 1QTVA 1P6YA 1L15A 1C6FA 3GUMA 1OVJA 1L27A 1QS9A 230LA 1L55A 2ANXA 3DN2A 241LA 2B6WA 1L98A 1L14A 4GBRB 185LA 1C6MA 1L76A 260LA 144LA 1T8FA 3DMVA 2Q9DA 238LA 2HUMA 1L70A 1C60A 4ARMA 1C6PA 2OU9A 1L65A 1L18A 1CTWA 3SB6A 4YXCA 248LA 1L17A 1L66A 1L38A 209LA 107LA 1CUQA 1D2WA 1SWYA 201LA 2O7AA 2B72A 253LA 3LZMA 1EPYA 1L87A 1LGXA 1LI3A 1L63A 3HU8A 223LA 150LA 1L95A 3C8RA 3FI5A 192LA 4S0WA 1C68A 4DJHA 2OTZX 1L68A 149LA 1L31A 1QTHA 1QT6A 3GUOA 2B6ZA 176LA 164LA 1C6LA 1L25A 1CU5A 3HWLA 1P36A 1L94A 1C63A 2HULA 4W59A 1PQKA 4I7RA 4I7LA 1P5CA 112LA 3EMLA 219LA 256LA 1G0KA 148LE 1C62A 163LA 243LA 152LA 1OVKA 113LA 1L06A 1L82A 211LA 3NY9A 3G3XA 205LA 232LA 1G0MA 3HH4A 1OWYA 1CU0A 1G0PA 155LA 4W55A 1L39A 1L49A 4AQNA 1L24A 4W56A 177LA 1G0JA 169LA 1P37A 215LA 1CU6A 1KW5A 246LA 1LYDA 239LA 226LA 1LYEA 220LA 3C81A 1L23A 127LA 1DYAA 3DN8A 240LA 3VW7A 252LA 259LA 1L33A 1L43A 3HDEA 3SBBC 137LA 1L13A 1L85A 118LA 1P64A 206LA 1LLHA 2F32A 249LA 3PDSA 247LA 1L0JA 1L71A 1L44A 1QUHA 3C7WA 3C80A 3FADA 4LZMA 4PK0A 4I7NA 1L74A 1LPYA 183LA 3GUNA 2OU8A 3GULA 2O79A 218LA 3HT6A 1T97A 3SB8A 3HH6A 1L75A 258LA 3HUQA 2B6XA 3HT8A 244LA 159LA 196LA 2RBSA 182LA 3DN4A 3NYAA 3SB7A 2LC9A 1LW9A 1KW7A 1QSQA 4PJZA 1CX6A 1L89A 1SWZA 1LYJA 1PQIA 2F2QA 3DMZA 1L73A 2OE7X 1L30A 1DYDA 1L10A 2OEAX 108LA 1C64A 138LA 1T8GA 1L01A 1L29A 3DMXA 1OV7A 1D2YA 3F9LA 3C8SA 261LA 1SX7A 1JQUA 1L34A 4K5YA 1L86A 189LA 168LA 4YXAC 1KNIA 3D4SA 187LA 104LA 3CDQA 1QTCA 191LA 1L97A 1L58A 3G3VA 235LA 145LA 1P2RA 1L51A 3HTDA 1LGUA 2OE4X 1L36A 1L02A 1L12A 1QT4A 210LA 1CV0A 1QTBA 1G06A 6LZMA 130LA 1C6TA 1L99A 1OV5A 1DYCA 1L62A 1WTHA 1LWKA 214LA 4W57A 1C6AA 3UONA 1L07A 250LA 1L21A 3HU9A 4W53A 1L91A 2B6YA 3GUKA 3CDOA 2B75A 4ARQA 188LA 3C83A 1L57A 181LA 1L26A 126LA 1L67A 1C6NA 123LA 160LA 1QT5A 4EKRA 3V2WA 1LYFA 1PQMA 3DN6A 1C6BA 1C6EA 147LA 1LI6A 180LA 2B7XA 3OE0A 184LA 1QT8A 4EKSA 242LA 141LA 1QT7A 217LA 2Q9EA 1C6HA 1L08A 5LZMA 165LA 1L09A 1KY0A 2RBOA 1L42A 1QTDA 237LA 4ARPA 3HTFA 4DAJA 1I6SA 3HDFA 224LA 1D3JA 1L00A 4EJ4A 1L11A 174LA 229LA 3GUIA 120LA 1L93A 162LA 1LYGA 231LA 3HT7A 1D3MA 3DN1A 4EKPA 2CUUA 4EPFA 1L53A 1T8AA 2O4WA 1L05A 1C6KA 1LGWA 1XJTA 186LA 3OE8A 4I7MA 1L45A 128LA 1L47A 167LA 7LZMA 1L35A 1OWZA 2A4TA 2RAYX 228LA 213LA 2RB1X 1D3FA 1QSBA 1G1VA 2B74A 129LA 2OU0X 172LA 1L46A 3DN3A 4LDLA 1QS5A 1P7SA 3JR6A 1KY1A 3QAKA 4ARJA 1L72A 140LA 1C66A 1L32A 3F8VA 3CDVA 1C61A 1CV1A 4I7TA 1C6IA 3HH5A 1L81A 1L80A 262LA 3HT9A 1KS3A 3HH3A 4GRVA 1TLAA 1LYHA 1OVHA 4W51A 1T6HA 157LA 158LA 1L04A 115LA 1L64A 1L96A 199LA 4ARQB 139LA 1D3NA 1SX2A 166LA 1P3NA 2B70A 1C67A 1CV5A 2L78A 251LA 3V2YA 3HUKA 119LA 197LA 1L52A 233LA 2B6TA 142LA 1OYUA 1C6GA 1L37A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LZTA 3SN6R 3TXGA 1DYFA 1EQEA 1JTMA 5KXZA 2RBPA 4B0DA 2FYDA 4XJIA 1P56A 170LA 3W6BA 1CV6A 5FSTA 3CSRA 1GFHA 2QB0B 4EKQA 2YVBA 3AW7A 3CDRA 5L3IA 3RU5A 110LA 1VATA 2RH1A 4E3UA 3DKEX 5C6LA 1NHBA 4II8A 2FYCA 2BAAA 5J7CA 4KXIA 1WQOA 1L16A 4NGYA 1ZYTA 3A94A 3TMWA 2XBSA 5HLLA 1G0GA 2LYMA 111LA 2DQEY 4NSGA 1VDPA 1JSFA 221LA 2HUKA 2Z2FA 2G4QA 1XEPA 4DD0A 4CJ2A 3RUNA 1IP3A 1EQ4A 1JUGA 109LA 1DKKA 3ULRA 1OUJA 193LA 1LZ9A 1VDQA 5LA5A 2A7DA 1AT6A 1SSWA 1UIGA 4LGKA 1L61A 1L48A 1ZVYB 225LA 1K28A 1HEWA 2Z19A 1QSWA 1L90A 1C6JA 1L56A 4NSJA 4I7QA 3NY8A 1QUDA 1LYYA 3A8ZA 1L50A 2OTYX 4WM1A 2ZQ4A 1KXWA 1GE1A 1KIPC 1B7SA 1L41A 4H9EA 1QUGA 1C6DA 1YKZX 3CDTA 4AXTA 227LA 3C7ZA 125LA 1D6QA 4M6DA 1GFJA 4XJBA 1QQYA 4NWHA 3LYTA 1XEKA 4ETBA 1LJ4A 2EIZC 4NGOA 2VB1A 1UIFA 3B0OA 3W6CA 4ETDA 4I7SA 135LA 3G3WA 2MEIA 5KJ9A 1GFGA 4PPOA 2F30A 1HFYA 4KPMA 1IP4A 161LA 153LA 1B5XA 1QIOA 2YBLA 1LAAA 1ZMYL 1C6FA 1GAYA 5KKJA 3DN2A 1L98A 1C6MA 3HBHA 4N5RA 1L65A 3RW8A 1L18A 2IFFY 1UICA 1INUA 4YXCA 3TXFA 248LA 4B4EA 1L17A 3LZ2A 2BQAA 1DKJA 4MSTA 4LT1A 1DI5A 1NF5A 1GB7A 1CUQA 2LYOA 1D2WA 1OUEA 3LZMA 4HTQA 1LI3A 4LYMA 3HU8A 150LA 1L95A 4RW1A 3FI5A 3QE8A 1GB8A 1NDGC 1LCNA 1YAOA 5KXKA 149LA 1LHKA 2F2NA 5E9RA 1A4VA 176LA 1C6LA 1RJCB 4EOFA 4D9ZA 5FCPA 4HV1A 4YENA 152LA 1HSXA 113LA 1OUCA 1L82A 211LA 1LSCA 205LA 1G0MA 2W1YA 1G0PA 2XTHA 1L49A 3AZ6A 1TBYA 4XJHA 1HERA 3WU8A 239LA 226LA 4RDSA 5F9XA 127LA 4PJ2C 1C08C 259LA 4WLDA 3EBAB 1L13A 1VDSA 118LA 3TXKA 247LA 4B4IA 1QUHA 5B06A 3FADA 6LYTA 1DXJA 4PK0A 3GULA 218LA 3HT6A 1HEMA 4WMGA 1FLUA 1T97A 3HUQA 3TXHA 2HU3A 1UBZA 1IWTA 244LA 196LA 4DD2A 182LA 4NSIA 2HEAA 2EPEA 3E3DA 1L89A 3DMZA 1HELA 1BVKC 2BQFA 1L10A 3J4GA 1QDRA 4N8ZA 208LA 1HMLA 2EKSC 1L29A 3RZ4A 3HBDA 5KXXA 1GDWA 3AB6A 1H6MA 4MCKA 1LZGA 1L34A 168LA 4YXAC 1UACY 1KNIA 5LYZA 5DN4A 3A96A 1IR8A 3G3VA 4WL7A 5KXTA 1JJ3A 4ETAA 1P2RA 1LJIA 3WYHA 5B1GA 2BQIA 1KIQC 1LGUA 4LYTA 1L36A 2DQCY 3WMKA 1L12A 210LA 3P65A 1LMQA 1QTBA 1G06A 2YBMA 4NHSA 1L99A 3B0KA 3HFMY 4TSBA 1G7HC 4W53A 1TEWA 1LMTA 1G7JC 1C6NA 123LA 2Z12A 4IATA 160LA 3D9AC 4EKRA 1I56A 3V2WA 5F16A 2D91A 1PQMA 3DN6A 180LA 4EKSA 1UIAA 1LZ8A 1DI3A 5LZMA 3AZ4A 2DQAA 1QTDA 1TCYA 3HTFA 4CFPA 1LSMA 4DAJA 4XJGA 4NGVA 3HDFA 3B72A 5JENB 1GXV2 2LYZA 3GUIA 1L93A 3K3TA 231LA 3HT7A 7LYZA 1GB0A 1T8AA 2O4WA 1L05A 1LGWA 4WO6A 4KT3A 128LA 1LJJA 1GF6A 1T6VL 5I54A 4TWSA 3M18B 4H8ZA 3FE0A 1VDTA 2H9KA 1D0KA 4H8YA 4CGEA 4RW2A 1GF7A 4LYZA 3B0IA 4XJDA 3WL2A 1KY1A 1L72A 5L9JA 1C66A 2YSSC 4BAFA 1LJNA 1KS3A 1IWZA 3WW6A 1BVXA 3AZ5A 157LA 3AGHA 199LA 139LA 1D3NA 1P3NA 3G3BB 3W6EA 251LA 119LA 3T6UA 2B6TA 142LA 1OYUA 2RBRA 3RZEA 255LA 1LYIA 156LA 1IIZA 4H9HA 2ANVA 1OUFA 1UUZC 1F6SA 1LSFA 1DYBA 5KXRA 4W58A 1GBXA 3ATNA 1B7RA 3AGGG 4DKLA 1L03A 1LJKA 1CU3A 4H8XA 5IELA 212LA 1LZNA 245LA 1L84A 2OE9X 1LOZA 4I8SA 2LZMA 5KXYA 4LFXA 1JTOL 2MEFA 4AGAA 4NIJA 2DQIY 1IP7A 2Z6BA 4J0LA 2RBQA 1LI2A 4HPIA 1L79A 1IWVA 5I14A 1CVKA 2CWIA 1GE0A 1JSEA 2RAZX 3GUPA 1LMAA 1L92A 2MEEA 4Z98A 4HPEA 1E8LA 4TTDA 4N0JA 4HP0A 2LZ2A 190LA 1GBZA 1C6QA 4EXMA 4DD9A 1IOSA 4OWAA 2CDSA 1PS5A 2EQLA 4W52A 2B73A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LZT A;  3SN6 R;  3TXG A;  1DYF A;  1EQE A;  1JTM A;  5KXZ A;  2RBP A;  4B0D A;  2FYD A;  4XJI A;  1P56 A;  170L A;  3W6B A;  1CV6 A;  5FST A;  3CSR A;  1GFH A;  2QB0 B;  4EKQ A;  2YVB A;  3AW7 A;  3CDR A;  5L3I A;  3RU5 A;  110L A;  1VAT A;  2RH1 A;  4E3U A;  3DKE X;  5C6L A;  1NHB A;  4II8 A;  2FYC A;  2BAA A;  5J7C A;  4KXI A;  1WQO A;  1L16 A;  4NGY A;  1ZYT A;  3A94 A;  3TMW A;  2XBS A;  5HLL A;  1G0G A;  2LYM A;  111L A;  2DQE Y;  4NSG A;  1VDP A;  1JSF A;  221L A;  2HUK A;  2Z2F A;  2G4Q A;  1XEP A;  4DD0 A;  4CJ2 A;  3RUN A;  1IP3 A;  1EQ4 A;  1JUG A;  109L A;  1DKK A;  3ULR A;  1OUJ A;  193L A;  1LZ9 A;  1VDQ A;  5LA5 A;  2A7D A;  1AT6 A;  1SSW A;  1UIG A;  4LGK A;  1L61 A;  1L48 A;  1ZVY B;  225L A;  1K28 A;  1HEW A;  2Z19 A;  1QSW A;  1L90 A;  1C6J A;  1L56 A;  4NSJ A;  4I7Q A;  3NY8 A;  1QUD A;  1LYY A;  3A8Z A;  1L50 A;  2OTY X;  4WM1 A;  2ZQ4 A;  1KXW A;  1GE1 A;  1KIP C;  1B7S A;  1L41 A;  4H9E A;  1QUG A;  1C6D A;  1YKZ X;  3CDT A;  4AXT A;  227L A;  3C7Z A;  125L A;  1D6Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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