1LYSA

X-ray structure of a monoclinic form of hen egg-white lysozyme crystallized at 313k. comparison of two independent molecules
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure of a monoclinic form of hen egg-white lysozyme crystallized at 313 K. Comparison of two independent molecules.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lysA00
1I20A 4QDNA 1IR7A 2Z2FA 4UWVA 1REZA 1GFUA 4L41A 1V7SA 4KT3A 5DN5A 4DDCA 1VFBC 2DKVA 3A95A 4H94A 2X0AA 2MEIA 5L9JA 1JTOL 4DD2A 1IP2A 4RLMA 2DQEY 2ZQ3A 3G3BB 3FI7A 4X3BA 4WLTA 5I4YA 4Z3MA 4YEOA 1QDRA 3P65A 5I5QA 4DD1A 2XJWA 3WPJA 2XBRA 1BWIA 3W6DA 4MSTA 1B7NA 5D5CA 4M6DA 2CJLA 1JSFA 4NSHA 1IX0A 4NGZA 1GEVA 4H9BA 1GAYA 1FLWA 3P66A 1YAPA 2BQBA 1NDGC 5KXMA 1GDXA 1LMOA 1IOSA 1CJ9A 1DPWA 1LHIA 1ZVHL 5KXZA 4BS7A 1JJ3A 1LYOA 4NGVA 1T3PA 1RJCB 2DQFC 3A67Y 2F4AA 4XENA 4CFPA 5E9RA 2LYOA 208LA 1IC4Y 1LKSA 4J1BA 3W6FA 1EL1A 2MEBA 1LYYA 5KXNA 2ZYPA 1DQJC 4NWHA 3E3DA 5KXWA 1BB5A 5AMYA 3J6KA 2HEDA 1NHEA 1HSXA 3LN2A 1HEPA 1LAAA 1B7QA 2DQIY 3RW8A 1F0WA 1CKCA 1GDWA 1GF4A 1HERA 1PZYA 1UC0A 2BQHA 4WM1A 1D9UA 5C6JA 3G3AB 2W1LA 1YAOA 1NDMC 1WQOA 1H6MA 1LMAA 1XGRC 3OK0A 1NMMA 3M18B 2YBJA 1JHLA 1EQEA 1REYA 3TXIA 1E8LA 4ZIXA 1GF5A 2G4QA 3A94A 1F10A 3WULA 2MECA 2LZ2A 1AM7A 2DQDY 3HBDA 1OUDA 2W1MA 1LZCA 2BQIA 4WM6A 3HBEX 5B05A 2FBDA 1DZBX 2Z2EA 1GXV2 1LPIA 4TSCA 3WW6A 1LZNA 4B4IA 2BQFA 1CJ7A 2BQDA 1DKJA 3D9AC 4H8ZA 5HLLA 1GE3A 2WARA 4CFOA 1GFTA 4NGKA 2ZILA 4HP0A 4IJ4A 1QUSA 4HPEA 1LJHA 3QY4A 2HEFA 1AKIA 3A6CY 2MEDA 5LINA 1BQLY 4WM5A 2ZIKA 1J1PY 1HELA 1DXJA 2IFFY 1YROA 1RI8B 2GV0A 2LHMA 4H8XA 3A91A 2PC2A 4ETCA 5JENB 1RFPA 2D4IA 2YVBA 4WO6A 4NGLA 4RW2A 153LA 3IWRA 2EQLA 4GCBA 1DKKA 1HC0A 4B4JA 1C10A 1GF8A 1HMKA 1REMA 4N1EI 1HEQA 4FJRA 1OUIA 4HTQA 2BAAA 2W1XA 2BQEA 2MEGA 1HFYA 1OUJA 2YBLA 3A8ZA 3B0KA 3D3DA 1C43A 1LZYA 3EBAB 1B5VA 4DD7A 1DI3A 5DL9A 1RCMA 4WOAA 5HNLA 7LYZA 1QTEA 1LMCA 1AZFA 1B2KA 1GFJA 3RZ4A 4CHXA 4LT0A 1OUAA 4XJHA 5LA5A 4B49A 1BB6A 4WM3A 5I4WA 2XTHA 6LYTA 1JJ0A 1JEFA 1FDLY 4NY5A 3P64A 2LYMA 4EMNA 4C5FA 1JUGA 1QUTA 2YBHA 2C8PA 5DN4A 4ET9A 4OOTA 1LKRA 1F6RA 2A7FA 2D4KA 1ZVYB 4LYBA 1GE0A 2HEBA 3A90A 1IY4A 4NHTA 4XJFA 1LZEA 4LT1A 4WM4A 3GXKA 1B7OA 3IJUA 5LVGA 2A7DA 3AZ6A 3TXHA 4BAPA 1GB7A 1IWUA 2DQHY 4ETAA 4NHIA 1XEJA 1KXXA 1GFAA 1WTMA 1XGTC 4HTNA 2XBSA 1LSNA 1NBYC 1I56A 1LZ8A 207LA 2ZNXY 1IORA 2LZTA 4DD0A 1IO5A 2BQLA 1B7PA 4DC4A 1YKXX 4WLXA 1LHKA 3LHMA 1NKHA 4GN5C 1GB6A 4XN6A 1LHHA 5B1FA 3W6CA 4OWBA 3WXTA 4YF2A 2HTXA 2VB1A 1WQRA 1IY3A 4NEBA 134LA 1GFVA 5HNCA 1CKDA 5HMVA 2W1YA 3ZEKA 3P4ZA 1JTPL 1CKHA 1OUBA 1TAYA 3CQLA 4ZFPA 2FYCA 4PGJB 4U3XB 5KXRA 4LZTA 2HU1A 4IATA 1IP6A 1B5ZA 2AUBA 194LA 1G7JC 4G4CA 4DD3A 1LJ3A 1CJ6A 1LJFA 3TXDA 3W6AA 1GB2A 1LZ5A 1GFRA 2YBMA 3AZ7A 1IEEA 1INUA 1Z55A 4NIJA 1IR8A 4QY9A 4LFXA 4CJ2A 3MGWA 1CNSA 4D9ZA 1FBIX 4OOOA 1YQVY 2MEHA 5LYMA 5KXKA 3CSRA 1V7TA 4YM8A 1MELL 5M1YA 4LYCA 4XJGA 3WVYA 4GCDA 3WL2A 5K7OA 3B6LA 2MEAA 5KJ9A 1C08C 1GPQC 4TUNA 4RLNA 1RE2A 4UWNA 4GCEA 4NGJA 1W6ZA 1IIZA 1LSDA 1SLYA 1VDQA 1JJ1A 2FBBA 1H87A 2ZYCA 4DDAA 1A4VA 4ETDA 3WVXA 5FEKA 1KXWA 1WQQA 2HU3A 4HV1A 5KXTA 5FDJA 1OUGA 5ILCA 1YL1X 1LSYA 1IP5A 3P68A 4GLAA 5I4XA 4W94A 1NWGA 2DQJY 4NG1A 3WU7A 1GE4A 1JKBA 5DM9A 3WUAA 5HQ1A 1TCYA 1LTMA 4M4OA 4WG7A 1W08A 1G7LC 1GFGA 2RSCA 1I1ZA 3EXDA 1GBOA 1DI4A 4PRUA 4OW1A 1LHLA 5APCA 4DT3A 4CGEA 2HECA 3TMUA 8LYZA 1J1OY 4LYOA 1LMTA 2H9KA 3HFMY 5C6IA 1LMQA 1LJIA 1B5YA 1IWTA 1BHZA 1BVKC 4H9CA 4NSGA 3A6BY 3TXGA 4N1CC 3RU5A 4ETEA 2MEFA 3ATNA 5B59A 1BVXA 4N9RA 3SP3A 4H9HA 1FKVA 1HHLA 1LYSA 4GCFA 4NGOA 1VATA 1LZ1A 2N5ZA 1LMPA 3K3TA 3TXKA 2H5ZA 4WLYA 2BQCA 4H9IA 4R6CA 4TWSA 2BQNA 4NHQA 1IOTA 1UIEA 2Y8PA 1YANA 3FE0A 5F81A 4GLVA 3CB7A 1HEOA 1B5XA 3EMSA 1UIAA 1WQPA 1AT5A 4FDYA 1IP7A 1GE2A 4J1AA 1BB3A 2YSSC 2D91A 1B7RA 1HENA 3CSZA 1REXA 3B0IA 4EOFA 1LJJA 4NGWA 3AW6A 1GB5A 5APDA 1LZTA 4C3WA 1B7MA 1BWHA 1TDYA 3WPKA 5L3IA 5B06A 5HMJA 1D0KA 1JWRA 2YBIA 4GN4A 4OWAA 4B0DA 2ZQ4A 1GXXA 1XEIA 1DI5A 4Z98A 1LZ6A 3WPLA 1KIRC 1ZV5L 4NFVA 1LYZA 5FELA 1C7PA 5L3HA 3WXUA 4HJVA 1WQMA 4ZEEA 1XGQC 3LZ2A 3AZ5A 5E4PA 2HEEA 1QQYA 4N8ZA 1LZSA 3CT0A 5KXOA 5LXWA 5F14A 132LA 4WMGA 1C45A 4IASA 3QNGA 4QEQA 1VDTA 3BKVA 1FLYA 4OWHA 1B0DA 4DWXA 3LYMA 1G7IC 1BB4A 4HJYA 2EPEA 4LYTA 5F9XA 1QDTA 5C6LA 4GCCA 4KL7A 4RW1A 1NBZC 2HEAA 4O34A 1WVUA 4KPMA 3ZVQB 4G49A 2Z38A 5FCPA 5FSTA 5II3A 4XYYA 1IVMA 1UIGA 3AW7A 5LAGA 4YEMA 1JKAA 4J0LA 1IWWA 3CSQA 1AT6A 2Z19A 1GB0A 4XJDA 1NF5A 3TXBA 5KKIA 3M3UA 1LMNA 4QGZA 5B1GA 5LVHA 1QSAA 2LYZA 1D0MA 1JKDA 3TXJA 1LJNA 4LFPA 3LYTA 4LYMA 3WMKA 1HEMA 1UCOA 154LA 1YL0X 2BQKA 2NWDX 4NSIA 1GBWA 1QSWA 5KY1A 1OUHA 2G4PA 3W6EA 1XEKA 4LYZA 1UIHA 1IWVA 1UIDA 1VAUA 1GAZA 1IP4A 4XJIA 4E3UA 1GF6A 4HV2A 3AZ4A 1GFKA 1UIBA 1QTKA 1D6PA 5ILFA 4HPIA 4GN3A 2F2NA 4DDBA 3N9AA 1ZMYL 1GBYA 1OQMA 1LJKA 1LZGA 1GF3A 1UACY 4WM2A 4ET8A 1KIPC 5KXXA 1YAQA 3ZVQA 1D0LA 4B1AA 1J1XY 4PJ2C 1B5UA 1A2YC 1F6SA 1HMLA 3N9EA 5APFA 3LYZA 1HFXA 1JIYA 3WUMA 2B5ZA 1EQ5A 3EO5A 4N5RA 2C8OA 1SQ2L 1HSWA 5APEA 2CGIA 1UBZA 2F4GA 4DYGA 3IJVA 1GD6A 1VEDA 3WU8A 3VWOA 1CJ8A 1YKZX 5LYTA 1KIQC 3AGIA 1BB7A 1JTTL 4J7VA 3WH1A 1GFHA 2DQGY 2EIZC 1GEZA 4H92A 1LSAA 1FLQA 2YBNA 1LSZA 4YENA 2ZIJA 3TXEA 4G4BA 4PRQA 2I26L 3A34A 1VDPA 4BAFA 1GB9A 1WQNA 1B7SA 4WLDA 1MLCE 1LSGA 1OUEA 2MEEA 1IWZA 3A96A 1TEWA 4XADA 1HEWA 3TXFA 1LJEA 1TBYA 2ZNWY 5LVKA 1LOZA 1FN5A 3ULRA 1KXYA 4LGKA 1LSEA 3AB6A 1LHMA 4P2EA 5EBHA 1OP9B 4UWUA 1G7MC 3KAMA 2F30A 4PPOA 2IHLA 4KXIA 4OWEA 1YILA 1WTNA 5A3EA 1LSFA 1LHJA 6LYZA 5I53A 2I6ZA 4HSFA 3RNXA 4NG8A 3TMXA 3WUNA 3RT5X 1EQ4A 3WYHA 1LCNA 3A93A 4NGIA 5LYZA 1ALCA 1WVVA 3B72A 4PHIA 4WO9A 3HBHA 3WU9A 1NQIA 4A7DA 2BLYA 2Q0MX 1GB3A 5D5FA 2CDSA 1YAMA 2BQOA 4H93A 4MR1A 1IR9A 2G4NA 5KXSA 3CT5A 5J7CA 1XGPC 2CWIA 4HJZA 4WG1A 4H8YA 3AJNA 3AYQA 5IHGA 3W3EA 4Z46A 4ANRA 3GXRA 5I54A 1IWXA 2Z39A 3TMVA 4B4EA 1GBXA 1IOQA 5F16A 1PS5A 2EKSC 3ATOA 4R0FA 3B0OA 5IELA 1CKGA 2Z18A 4H1PA 2DQAA 1JKCA 1GF0A 1UUZC 4LT2A 4N0JA 1IWYA 3CT1A 1IC5Y 4BADA 1GF7A 4NSJA 1LSBA 1T6VL 1UICA 1LZRA 2I25L 1CKFA 1B9OA 1YIKA 5DLAA 1BGIA 4LT3A 1IP1A 1LJGA 1UA6Y 5B07A 1N4FA 1VDSA 1FKQA 1GWDA 3LZTA 5LVIA 1G7HC 5KKJA 3OJPA 1LZ9A 2D4JA 1OUFA 4II8A 1GHLA 1JSEA 3WW5A 4NHSA 1DPXA 5LA8A 5KXYA 5KXPA 1JISA 1LSPA 4TTDA 3T36A 1LZDA 2ZWBA 5F9UA 3TMWA 4NWEA 4ETBA 4Z41A 2BLXA 2D6BA 1XSFA 2BQMA 1IP3A 1LSMA 1XFPL 1XGUC 4OWCA 135LA 5A3ZA 4NGYA 1LSCA 1GBZA 1LZBA 2HUBA 4G4HA 4DD9A 4H9EA 2H9JA 1LZ4A 4H9AA 4TX7A 3N9CA 2BQJA 3BKHA 4RDSA 193LA 2YDGA 2Z37A 3F6ZA 3AGHA 4I0CA 2DQCY 4MCKA 4WL6A 4YOPA 9LYZA 3A3QA 3LYOA 4HTKA 1GBSA 4TSBA 4NHPA 4G9SA 1IOCA 1JITA 4W96A 3T6UA 1C46A 1JPOA 1BWJA 1QIOA 1O23A 1B5WA 1GB8A 1GFEA 2DBTA 1HFZA 1GF9A 1IC7Y 4H90A 3J4GA 2FYDA 4H91A 1D6QA 5LAFA 5T3FA 1UIFA 2BQAA 4AGAA 2Z12A 2BQGA 3QE8A 4AXTA 1HNLA 133LA 3A3RX 1B7LA 4H9FA 2BPUA 4I8SA 1LZAA 4XJBA 1FLUA 1OUCA 1P2CC 5IDDA 5LIOA 4WL7A 1YKYX 5KXLA 5FHWA 3A92A 3AGGG 3W6BA 5LVJA 1GE1A 1HF4A 4ML7A 1LJ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1I20A 2Z2FA 3CDOA 4UWVA 1REZA 1GFUA 1DYEA 5DN5A 3C7ZA 4H94A 4EKPA 5L9JA 2DQEY 1L87A 1QDRA 3P65A 118LA 1L64A 1IX0A 4NGZA 4W55A 4I7RA 1GAYA 3HU9A 1YAPA 1C60A 1L40A 2HUMA 1CU3A 5I14A 1LYDA 3GUPA 4EXMA 4CFPA 3W6FA 1IC4Y 211LA 1EL1A 2ZYPA 217LA 3V2WA 5KXWA 3HTBA 3J6KA 3LN2A 2Z6BA 1L32A 1D3NA 1B7QA 2DQIY 3RW8A 1F0WA 2RBOA 2BQHA 5C6JA 1D9UA 1C61A 1CX7A 1LMAA 230LA 3OK0A 1NMMA 2YBJA 1JHLA 1E8LA 3A94A 3WULA 1AM7A 1L62A 2FBDA 1GXV2 3WW6A 1LZNA 1L98A 1CJ7A 1DKJA 4H8ZA 1GE3A 2WARA 1G0LA 4CFOA 3DN0A 4HPEA 1AKIA 5LINA 4WM5A 1RI8B 3C8QA 2PC2A 1RFPA 3CDVA 1HC0A 1L42A 1C10A 1HEQA 3A8ZA 3D3DA 1B5VA 5DL9A 1RCMA 4WOAA 1QTEA 1AZFA 1B2KA 1SX7A 2CUUA 4CHXA 4LT0A 1OUAA 176LA 1BB6A 5I4WA 131LA 1JEFA 155LA 252LA 4AQNA 1JUGA 1L10A 2A7FA 141LA 4NHTA 1LZEA 1L09A 226LA 3CDTA 1IWUA 2DQHY 1XGTC 2XBSA 1LZ8A 4DD0A 1B7PA 1GB6A 1P5CA 4YF2A 4OWBA 2OTYX 1EPYA 4NEBA 2B72A 3ZEKA 240LA 4LDEA 1OUBA 3NYAA 4ZFPA 1G0GA 4IATA 1B5ZA 4G4CA 1JTNA 1CJ6A 1L73A 1INUA 4NIJA 4CJ2A 3MGWA 1DYDA 4OOOA 3HU8A 4YM8A 1MELL 3WVYA 1OVKA 2MEAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1I20 A;  4QDN A;  1IR7 A;  2Z2F A;  4UWV A;  1REZ A;  1GFU A;  4L41 A;  1V7S A;  4KT3 A;  5DN5 A;  4DDC A;  1VFB C;  2DKV A;  3A95 A;  4H94 A;  2X0A A;  2MEI A;  5L9J A;  1JTO L;  4DD2 A;  1IP2 A;  4RLM A;  2DQE Y;  2ZQ3 A;  3G3B B;  3FI7 A;  4X3B A;  4WLT A;  5I4Y A;  4Z3M A;  4YEO A;  1QDR A;  3P65 A;  5I5Q A;  4DD1 A;  2XJW A;  3WPJ A;  2XBR A;  1BWI A;  3W6D A;  4MST A;  1B7N A;  5D5C A;  4M6D A;  2CJL A;  1JSF A;  4NSH A;  1IX0 A;  4NGZ A;  1GEV A;  4H9B A;  1GAY A;  1FLW A;  3P66 A;  1YAP A;  2BQB A;  1NDG C;  5KXM A;  1GDX A;  1LMO A;  1IOS A;  1CJ9 A;  1DPW A;  1LHI A;  1ZVH L;  5KXZ A;  4BS7 A;  1JJ3 A;  1LYO A;  4NGV A;  1T3P A;  1RJC B;  2DQF C;  3A67 Y;  2F4A A;  4XEN A;  4CFP A;  5E9R A;  2LYO A;  208L A;  1IC4 Y;  1LKS A;  4J1B A;  3W6F A;  1EL1 A;  2MEB A;  1LYY A;  5KXN A;  2ZYP A;  1DQJ C;  4NWH A;  3E3D A;  5KXW A;  1BB5 A;  5AMY A;  3J6K A;  2HED A;  1NHE A;  1HSX A;  3LN2 A;  1HEP A;  1LAA A;  1B7Q A;  2DQI Y;  3RW8 A;  1F0W A;  1CKC A;  1GDW A;  1GF4 A;  1HER A;  1PZY A; 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 1LSB A;  1T6V L;  1UIC A;  1LZR A;  2I25 L;  1CKF A;  1B9O A;  1YIK A;  5DLA A;  1BGI A;  4LT3 A;  1IP1 A;  1LJG A;  1UA6 Y;  5B07 A;  1N4F A;  1VDS A;  1FKQ A;  1GWD A;  3LZT A;  5LVI A;  1G7H C;  5KKJ A;  3OJP A;  1LZ9 A;  2D4J A;  1OUF A;  4II8 A;  1GHL A;  1JSE A;  3WW5 A;  4NHS A;  1DPX A;  5LA8 A;  5KXY A;  5KXP A;  1JIS A;  1LSP A;  4TTD A;  3T36 A;  1LZD A;  2ZWB A;  5F9U A;  3TMW A;  4NWE A;  4ETB A;  4Z41 A;  2BLX A;  2D6B A;  1XSF A;  2BQM A;  1IP3 A;  1LSM A;  1XFP L;  1XGU C;  4OWC A;  135L A;  5A3Z A;  4NGY A;  1LSC A;  1GBZ A;  1LZB A;  2HUB A;  4G4H A;  4DD9 A;  4H9E A;  2H9J A;  1LZ4 A;  4H9A A;  4TX7 A;  3N9C A;  2BQJ A;  3BKH A;  4RDS A;  193L A;  2YDG A;  2Z37 A;  3F6Z A;  3AGH A;  4I0C A;  2DQC Y;  4MCK A;  4WL6 A;  4YOP A;  9LYZ A;  3A3Q A;  3LYO A;  4HTK A;  1GBS A;  4TSB A;  4NHP A;  4G9S A;  1IOC A;  1JIT A;  4W96 A;  3T6U A;  1C46 A;  1JPO A;  1BWJ A;  1QIO A;  1O23 A;  1B5W A;  1GB8 A;  1GFE A;  2DBT A;  1HFZ A;  1GF9 A;  1IC7 Y;  4H90 A;  3J4G A;  2FYD A;  4H91 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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