1LZ6A

Structural and functional analyses of the arg-gly-asp sequence introduced into human lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
138
structure length
138
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVTGRGDSPANACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
publication title Structural and functional analyses of the Arg-Gly-Asp sequence introduced into human lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 138
sequence length 138
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lz6A00
5C6JA 1LJNA 5KY1A 3A90A 4CHXA 1QIOA 1GB5A 1YAPA 4CFPA 4E3UA 5KJ9A 4HP0A 1GFAA 4YM8A 1F6SA 1HEQA 1GB3A 3AB6A 3MGWA 1OUEA 1ZVYB 2BQJA 1LYSA 1LJGA 4X3BA 1XGTC 2DQDY 1GAZA 5LA8A 3W3EA 2DBTA 5LVJA 5LVGA 1GXV2 1YANA 1LSGA 1TDYA 3A91A 3CSRA 1WTNA 1RFPA 3IJUA 3A8ZA 4B4IA 2F30A 1T3PA 2XBSA 1CKGA 4RLNA 1LOZA 4OOTA 3EBAB 1GFJA 4DD2A 2HEFA 3OJPA 1J1PY 1UIDA 5LVIA 4A7DA 2W1MA 4O34A 4WLYA 5I4WA 1DPWA 5DN5A 1G7JC 2Z2FA 1H87A 2ZQ3A 4M4OA 2G4NA 4G49A 4I8SA 2LYOA 1KIRC 1QDTA 3QE8A 1ZVHL 4LYZA 4ET9A 2DQGY 1HFZA 2YBMA 2YDGA 1DXJA 1GFGA 4L41A 3WXTA 2HEAA 5DM9A 4HJZA 1HF4A 3A95A 1QTEA 3TXFA 3TXJA 1B5XA 4WM2A 4AGAA 4J7VA 1BWJA 1B7PA 5KXMA 4DD7A 1JKBA 4LFPA 3IWRA 1RI8B 3TXEA 1CJ6A 2BQFA 1LSZA 4OWEA 4N5RA 1LZ6A 2H9KA 3ZVQA 2Z12A 4XENA 4NSGA 4WL7A 1IR9A 5LAGA 2C8OA 2DQCY 3ZEKA 4EMNA 4FJRA 4RW1A 3FI7A 2D4IA 5C6LA 1FKVA 5DN4A 1IWVA 1HNLA 1UIGA 2CWIA 2EQLA 3W6FA 2BQEA 3RU5A 1LMNA 1LHJA 2D6BA 4HTKA 4OWCA 5B59A 3LZTA 2PC2A 1GE1A 1OUGA 1CKCA 1LSYA 1LJFA 3WUMA 1PZYA 4BAPA 1WTMA 1DZBX 3AZ7A 2MEEA 4WO9A 3B0OA 2EIZC 3WPKA 4EOFA 1B9OA 4H90A 1LZ4A 1UUZC 2AUBA 1OUJA 2EPEA 2A7FA 3P64A 4YEMA 2BLXA 1LZDA 1IOCA 1VATA 1C45A 4NEBA 1GFTA 4PRQA 4GLVA 3WU8A 1NBYC 1LAAA 5A3EA 5KXTA 1B5YA 1D6PA 4PHIA 4N1EI 1JSFA 5LIOA 1JSEA 4H8XA 4DWXA 194LA 1XEKA 5LYMA 4DD1A 4W96A 1LJIA 1UACY 1AKIA 1C43A 1YAMA 3GXRA 1NF5A 4H9IA 5HNLA 2HTXA 1FBIX 3F6ZA 4H93A 5KXXA 1DKKA 1GPQC 2XBRA 1T6VL 1V7TA 1YL1X 4B1AA 5K7OA 4NSHA 1REXA 2N5ZA 1B7OA 4WG7A 4OW1A 2BQBA 4WLTA 1J1XY 4NGWA 1NDGC 4TX7A 1FLYA 1IP6A 3WVXA 1CKFA 2MEDA 1IR7A 5B06A 1GEVA 208LA 1LZ8A 1AT5A 3CQLA 4H91A 1FDLY 1DI4A 1GE4A 4Z3MA 1JTTL 2BQGA 1C7PA 4WMGA 1NWGA 1CKHA 1E8LA 3M3UA 4DD9A 4W94A 1VAUA 2LZ2A 3OK0A 1VDTA 3EO5A 3TMUA 3P68A 9LYZA 3ATOA 5F16A 1IP4A 3WULA 1ZV5L 5KKJA 4GN5C 2I25L 1BB4A 2B5ZA 2Z39A 1HERA 5II3A 5LINA 5E9RA 5D5CA 4QDNA 1GFKA 1GE0A 1LKRA 1D0MA 1DPXA 1JJ0A 1HEOA 1OUAA 4YENA 4GCCA 5IELA 1HFYA 4LYBA 5KXOA 1GB8A 1BGIA 4WM3A 1WQOA 1IOTA 4NHTA 3N9AA 3QNGA 1LZEA 5HMJA 2MECA 1D0KA 1YKYX 1RJCB 4RLMA 5KXKA 193LA 2H5ZA 1UIAA 1OUCA 1QQYA 1UIBA 1LZSA 1B7MA 1GB2A 4ET8A 2MEAA 1GF3A 1WQPA 4AXTA 4GCBA 1B7NA 4NFVA 1WQRA 2FYDA 3A94A 4GCEA 4NSIA 4B4JA 1G7LC 4IATA 3HBHA 4N9RA 1F0WA 2ZIKA 153LA 1HEMA 2BPUA 4DYGA 2BQCA 3BKHA 2C8PA 3RZ4A 1FLWA 3AGHA 1B7RA 2LYZA 6LYTA 5HQ1A 2DQAA 1LMOA 4WM6A 1XGQC 1LMTA 1GB0A 3LYZA 1LZRA 3CSQA 1JKAA 2W1YA 1OUHA 2HU1A 2MEGA 4YEOA 2RSCA 3WUAA 1VDSA 3ZVQB 2Z19A 5ILFA 1I56A 1B5WA 2Z18A 4N0JA 5EBHA 4ETDA 1LYYA 1Z55A 1IC5Y 3A6CY 4LYMA 1CJ7A 4NHQA 2Z37A 2LZTA 1LZ9A 2WARA 5LA5A 2DQHY 1KXYA 3CSZA 5DL9A 1LZNA 3LZ2A 1DI3A 5B1FA 1QSAA 4NHIA 3WW5A 1IP3A 5L9JA 2BQAA 1PS5A 1GDWA 1XGPC 1OQMA 2YBHA 3FE0A 5FDJA 5I54A 2HEEA 5KXNA 4NGJA 1LYOA 2HU3A 3J4GA 1GB6A 3RNXA 2F2NA 2F4AA 1YILA 2ZNXY 3HBDA 4UWNA 3B0IA 1GEZA 3T36A 1JJ3A 2BQLA 3P66A 4LYCA 4H8ZA 1LTMA 5LAFA 1LZAA 4NGYA 1JUGA 5I4XA 1LCNA 4NHPA 1LJKA 1GFRA 2CDSA 5KKIA 1TAYA 4GCFA 4QEQA 3LYOA 4J1BA 1IP2A 1LZGA 1IO5A 2H9JA 3A6BY 1DKJA 4OWAA 1BWHA 1H6MA 3EMSA 5KXRA 5E4PA 3TXGA 4QGZA 1GBOA 2W1LA 1GAYA 1C10A 1LMCA 1V7SA 2BQOA 1YROA 1VFBC 1B7SA 2ZILA 4CJ2A 1QTKA 1VDPA 4GLAA 1LMAA 3AW6A 4B49A 1GWDA 2ZWBA 3LHMA 1LJHA 1UIEA 4H9FA 1LSMA 4LYTA 1UIFA 4NIJA 5M1YA 5KXPA 1LJ3A 1XGRC 4DDBA 1I1ZA 1LYZA 3AGIA 4H1PA 1KIPC 2G4PA 3WXUA 1GBSA 5FHWA 3CT1A 2BQIA 3AW7A 5I53A 1GF7A 4NWHA 3ULRA 1JHLA 7LYZA 3CT0A 4HSFA 4WLDA 1LZBA 4NWEA 1TEWA 5HLLA 3D9AC 4NGOA 3G3BB 1G7IC 1NMMA 1BB7A 2HUBA 4XN6A 5APEA 4LGKA 1UIHA 4G9SA 4NGVA 1B5VA 3VWOA 1BWIA 4GN4A 1QDRA 1INUA 1CKDA 5L3HA 4C5FA 1AM7A 1IOSA 1HEWA 1HSXA 2YSSC 4HPEA 1CNSA 1LZCA 4LT2A 4WM5A 1GFUA 1GE3A 4ZFPA 3E3DA 1GFEA 2DQIY 1HEPA 3P65A 2CGIA 4PGJB 4G4BA 4H9HA 1B7LA 1QUTA 3D3DA 1IWWA 1LHKA 1WQMA 4LT3A 1GE2A 5A3ZA 5IHGA 4DT3A 3AZ5A 1IWTA 2MEHA 1EQEA 4FDYA 1AT6A 1CJ9A 1KIQC 1LHIA 1TCYA 4ML7A 5FELA 5B07A 1JPOA 1B2KA 1D0LA 5F9XA 4NG8A 1VEDA 3A96A 3WPJA 2ZIJA 5D5FA 3TMWA 1LSAA 1FN5A 1NBZC 4BS7A 1JKDA 1EL1A 5LVKA 1IWYA 4PPOA 1B5UA 2ZYCA 1DI5A 2BQKA 2BQMA 3TMXA 2HEDA 3HBEX 4TUNA 1SLYA 1NKHA 1F6RA 2W1XA 3WL2A 1HC0A 4H9CA 5FEKA 4XJHA 1GHLA 4H92A 1IC7Y 1JEFA 4ETEA 2I26L 1GBZA 1GDXA 3RT5X 3TXDA 1LSBA 1OUDA 4UWVA 4XJIA 1GF4A 4II8A 2Z38A 4I0CA 4WM1A 3WW6A 1HENA 4LZTA 4DD3A 5I4YA 1OUFA 5APFA 5I5QA 1LJEA 1LZYA 1YKXX 4H8YA 5B1GA 4DDAA 3EXDA 1GF0A 5LYZA 4MR1A 1YKZX 4WOAA 3TMVA 1VDQA 4J1AA 1P2CC 5LVHA 1IWZA 1IC4Y 1UA6Y 1OP9B 1IOQA 2FBBA 2IHLA 1LMPA 3ATNA 4GCDA 2CJLA 1YIKA 3WVYA 1QUSA 4NG1A 1MELL 3W6BA 1B5ZA 4BAFA 1EQ5A 4H94A 1EQ4A 3LYMA 1C08C 8LYZA 2BAAA 4H9AA 5T3FA 1UC0A 4NSJA 1BHZA 1W6ZA 1GB7A 1LHHA 1REZA 1WQQA 1FKQA 1YQVY 1ZMYL 3G3AB 4D9ZA 1JTOL 4H9EA 3WH1A 1ALCA 3TXKA 2YBLA 3N9CA 3TXIA 1IP5A 1MLCE 1XEIA 5B05A 1IX0A 1W08A 4XJBA 1I20A 3A3RX 3WYHA 1G7MC 1GXXA 1J1OY 4IASA 2YVBA 132LA 1IVMA 1A4VA 1GF6A 1LSFA 3WMKA 4LYOA 1HELA 2BQHA 3P4ZA 2A7DA 5KXZA 3WU9A 1GF8A 1UCOA 1JJ1A 3A67Y 1BB6A 1LZ1A 4MCKA 2FBDA 2X0AA 1NHEA 2MEFA 2YBNA 1LHMA 1WVVA 4CGEA 4ANRA 1GFVA 1LKSA 5HNCA 3GXKA 1IWUA 2EKSC 3WPLA 4ETAA 1BQLY 2YBJA 1GF9A 1HMKA 4UWUA 2ZNWY 1O23A 4HTNA 4TSBA 4PRUA 1GBYA 1BVXA 3KAMA 1JTPL 3A92A 2YBIA 3AGGG 5FCPA 3CT5A 3AZ4A 1JISA 3M18B 4J0LA 5KXLA 3A3QA 4DC4A 3WUNA 2ZYPA 1AZFA 5L3IA 2BQDA 1LHLA 4WLXA 1YAOA 1GF5A 4LFXA 1HSWA 1JWRA 1QSWA 3B6LA 2G4QA 2NWDX 4NGLA 1IP1A 1WQNA 2DQJY 4R6CA 4TTDA 4XADA 5APDA 1JITA 3W6DA 2DKVA 2MEBA 4WM4A 4G4HA 1KXWA 4ETCA 5LYTA 4GN3A 1D9UA 1JIYA 1RCMA 4QY9A 2MEIA 5J7CA 2DQFC 1RE2A 1NQIA 1LZTA 3A34A 3T6UA 3W6EA 1IR8A 1DQJC 4G4CA 4TWSA 5C6IA 4HJVA 4B4EA 5F14A 6LYZA 4M6DA 4CFOA 1GBWA 1OUBA 4N8ZA 5APCA 2IFFY 3WU7A 4OOOA 1LSPA 1N4FA 1BVKC 1IWXA 2F4GA 3A93A 4RDSA 1FLUA 4IJ4A 1IY4A 4DDCA 154LA 4BADA 4R0FA 1BB5A 2Z2EA 4WO6A 1UBZA 3LYTA 1IY3A 4KPMA 5KXYA 2LYMA 1LPIA 1IP7A 1SQ2L 1YAQA 2D4JA 2HECA 4KT3A 1HHLA 5DLAA 5FSTA 4MSTA 4XJFA 1XEJA 2Q0MX 134LA 1A2YC 3RW8A 4TSCA 4WG1A 1OUIA 5LXWA 1JKCA 4LT0A 1LJ4A 4NGKA 3W6CA 4YF2A 5HMVA 5KXWA 135LA 4DD0A 1GBXA 4HPIA 4HV1A 1B0DA 3B72A 4U3XB 1REYA 3LN2A 2BLYA 4C3WA 1HMLA 1C46A 1XGUC 3N9EA 4Z98A 1XSFA 3BKVA 5AMYA 207LA 4OWHA 3AYQA 2D4KA 1LSDA 1UICA 1LJJA 1NDMC 2HEBA 4NGZA 4PJ2C 3W6AA 4ETBA 4LT1A 4HV2A 4P2EA 1TBYA 2GV0A 2VB1A 5KXSA 3K3TA 4KL7A 2DQEY 4YOPA 4B0DA 4RW2A 2Y8PA 2FYCA 1IEEA 3IJVA 1LSCA 1FLQA 1IIZA 1GFHA 4N1CC 4ZIXA 3CB7A 5IDDA 2BQNA 5JENB 1YL0X 2ZQ4A 2XTHA 1D6QA 2I6ZA 2D91A 1HFXA 1LZ5A 1GD6A 1CJ8A 3HFMY 133LA 1XFPL 1GB9A 2XJWA 1LSNA 1B7QA 1F10A 3SP3A 1BB3A 1REMA 1IORA 3AJNA 5F9UA 4XJDA 1KXXA 3AZ6A 3TXBA 1LMQA 4NGIA 4WL6A 4ZEEA 1G7HC 4Z46A 3TXHA 4H9BA 5ILCA 3B0KA 2LHMA 3J6KA 3QY4A 4HJYA 1LSEA 4KXIA 4NY5A 4HTQA 4Z41A 4NHSA 5F81A 4OWBA 4XYYA 1WVUA 4XJGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C61A 1L80A 1D3NA 5KJ9A 2LZMA 1L03A 2B70A 1OUEA 1XGTC 3GUMA 3W3EA 3CSRA 1L74A 3SB7A 1P36A 2XBSA 1CKGA 4RLNA 3HTBA 4DD2A 4EKQA 2RBOA 1P64A 1DPWA 236LA 5I4WA 2ZQ3A 3DN2A 150LA 2OTZX 4ET9A 1HFZA 1C62A 1L14A 4HJZA 4AGAA 1CV0A 1L96A 169LA 2BQFA 1L57A 1LSZA 4OWEA 3ZVQA 5LAGA 3ZEKA 4RW1A 192LA 3W6FA 1QUOA 2BQEA 4I7PA 3RU5A 1LHJA 1OUGA 4YXAC 4BAPA 2MEEA 3DN3A 4WO9A 4EXMA 3WPKA 4EOFA 113LA 1OUJA 3P64A 2BLXA 2Q9DA 1VATA 1C45A 4NEBA 1GFTA 1LYEA 4DJHA 3WU8A 1NBYC 2ANVA 1D6PA 2F47A 1JSFA 227LA 4H8XA 4DWXA 4W96A 195LA 1UACY 1AKIA 1C43A 5HNLA 2HTXA 4H93A 3SB9A 1C6TA 2O79A 3QAKA 4WG7A 2BQBA 1K28A 1L48A 3FI5A 1CKFA 2MEDA 1L46A 4YX7C 216LA 1FDLY 1DI4A 2RAZX 130LA 4Z3MA 1L49A 2BQGA 1CKHA 140LA 1E8LA 4DD9A 3OK0A 1L86A 4OO9A 2I25L 5II3A 5D5CA 4LYBA 5KXOA 3SN6R 1WQOA 4NHTA 1L10A 193LA 2F32A 4PK0A 1B7MA 1GF3A 4GCEA 153LA 2BPUA 3OE6A 2C8PA 3RZ4A 1FLWA 1P37A 1XGQC 1LZRA 1QUGA 166LA 1LYYA 1DYFA 3A6CY 1P2RA 1CJ7A 2WARA 3CSZA 1L27A 118LA 5B1FA 4NHIA 3WW5A 1L69A 1PS5A 5KXNA 2HU3A 3RNXA 3T36A 1GEZA 2BQLA 158LA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5C6J A;  1LJN A;  5KY1 A;  3A90 A;  4CHX A;  1QIO A;  1GB5 A;  1YAP A;  4CFP A;  4E3U A;  5KJ9 A;  4HP0 A;  1GFA A;  4YM8 A;  1F6S A;  1HEQ A;  1GB3 A;  3AB6 A;  3MGW A;  1OUE A;  1ZVY B;  2BQJ A;  1LYS A;  1LJG A;  4X3B A;  1XGT C;  2DQD Y;  1GAZ A;  5LA8 A;  3W3E A;  2DBT A;  5LVJ A;  5LVG A;  1GXV 2;  1YAN A;  1LSG A;  1TDY A;  3A91 A;  3CSR A;  1WTN A;  1RFP A;  3IJU A;  3A8Z A;  4B4I A;  2F30 A;  1T3P A;  2XBS A;  1CKG A;  4RLN A;  1LOZ A;  4OOT A;  3EBA B;  1GFJ A;  4DD2 A;  2HEF A;  3OJP A;  1J1P Y;  1UID A;  5LVI A;  4A7D A;  2W1M A;  4O34 A;  4WLY A;  5I4W A;  1DPW A;  5DN5 A;  1G7J C;  2Z2F A;  1H87 A;  2ZQ3 A;  4M4O A;  2G4N A;  4G49 A;  4I8S A;  2LYO A;  1KIR C;  1QDT A;  3QE8 A;  1ZVH L;  4LYZ A;  4ET9 A;  2DQG Y;  1HFZ A;  2YBM A;  2YDG A;  1DXJ A;  1GFG A;  4L41 A;  3WXT A;  2HEA A;  5DM9 A;  4HJZ A;  1HF4 A;  3A95 A;  1QTE A;  3TXF A;  3TXJ A;  1B5X A;  4WM2 A;  4AGA A;  4J7V A;  1BWJ A;  1B7P A;  5KXM A;  4DD7 A;  1JKB A;  4LFP A;  3IWR A;  1RI8 B;  3TXE A;  1CJ6 A;  2BQF A; 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 1UBZ A;  3LYT A;  1IY3 A;  4KPM A;  5KXY A;  2LYM A;  1LPI A;  1IP7 A;  1SQ2 L;  1YAQ A;  2D4J A;  2HEC A;  4KT3 A;  1HHL A;  5DLA A;  5FST A;  4MST A;  4XJF A;  1XEJ A;  2Q0M X;  134L A;  1A2Y C;  3RW8 A;  4TSC A;  4WG1 A;  1OUI A;  5LXW A;  1JKC A;  4LT0 A;  1LJ4 A;  4NGK A;  3W6C A;  4YF2 A;  5HMV A;  5KXW A;  135L A;  4DD0 A;  1GBX A;  4HPI A;  4HV1 A;  1B0D A;  3B72 A;  4U3X B;  1REY A;  3LN2 A;  2BLY A;  4C3W A;  1HML A;  1C46 A;  1XGU C;  3N9E A;  4Z98 A;  1XSF A;  3BKV A;  5AMY A;  207L A;  4OWH A;  3AYQ A;  2D4K A;  1LSD A;  1UIC A;  1LJJ A;  1NDM C;  2HEB A;  4NGZ A;  4PJ2 C;  3W6A A;  4ETB A;  4LT1 A;  4HV2 A;  4P2E A;  1TBY A;  2GV0 A;  2VB1 A;  5KXS A;  3K3T A;  4KL7 A;  2DQE Y;  4YOP A;  4B0D A;  4RW2 A;  2Y8P A;  2FYC A;  1IEE A;  3IJV A;  1LSC A;  1FLQ A;  1IIZ A;  1GFH A;  4N1C C;  4ZIX A;  3CB7 A;  5IDD A;  2BQN A;  5JEN B;  1YL0 X;  2ZQ4 A;  2XTH A;  1D6Q A;  2I6Z A;  2D91 A;  1HFX A;  1LZ5 A;  1GD6 A;  1CJ8 A;  3HFM Y;  133L A;  1XFP L;  1GB9 A;  2XJW A;  1LSN A;  1B7Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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