1LZRA

Structural changes of the active site cleft and different saccharide binding modes in human lysozyme co-crystallized with hexa-n-acetyl-chitohexaose at ph 4.0
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural changes of active site cleft and different saccharide binding modes in human lysozyme co-crystallized with hexa-N-acetyl-chitohexaose at pH 4.0.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Homo sapiens
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lzrA00
5EBHA 1QIOA 5I4YA 2H5ZA 1NBZC 154LA 1JJ0A 1LSZA 1UIDA 1DPWA 1FKVA 1WQRA 4HPEA 2MEHA 4WM3A 2EPEA 1TCYA 1GF9A 3P65A 5LYZA 4B4EA 1DPXA 1LJIA 4DYGA 1B0DA 1IP2A 2YVBA 5I4XA 4LFXA 4NGJA 1AM7A 4TUNA 4N1CC 5B59A 5KKJA 5I5QA 5KXZA 1B5YA 2LHMA 4PRQA 1GE1A 1LSEA 3AW7A 1IP1A 1IORA 1GF8A 2AUBA 1IY3A 2Q0MX 2G4NA 3OJPA 1OUAA 2NWDX 1CKHA 1GWDA 4A7DA 2EKSC 3TXDA 1C46A 5D5FA 4LYOA 3T6UA 3RU5A 4N5RA 1GFGA 3P64A 1J1PY 4XJHA 1FN5A 3W6AA 5LINA 1XGRC 2A7DA 3ULRA 1VDTA 133LA 1LCNA 3A96A 4H8YA 1LSNA 4U3XB 4WM6A 1V7TA 4NHTA 5HQ1A 4G9SA 1HEMA 4QY9A 5FELA 2DQEY 2DQGY 1QUTA 3N9EA 1INUA 4NG1A 1UIFA 1OQMA 1GBZA 1IWVA 3AW6A 3A3QA 1LHMA 1IC4Y 3TXGA 1JKCA 1LJKA 1LHJA 4WL7A 5C6IA 1OUGA 4BAFA 5ILCA 5KXNA 3WVYA 4H93A 3E3DA 4O34A 4ET9A 4ETDA 4XYYA 2BQLA 1IP3A 3GXRA 4WO9A 4Z3MA 5I54A 1JPOA 4NGWA 1UC0A 4OWBA 2ZYPA 4AXTA 3HBEX 1LZSA 1OUEA 4LFPA 4LYMA 1YIKA 3LN2A 5F9XA 2FBBA 2LYZA 1VFBC 2ZWBA 1TBYA 1GD6A 4OWCA 1HFXA 4WL6A 1C08C 4YOPA 4H9FA 4B49A 4NWEA 1LZGA 1JSEA 1CKDA 1LZRA 1T6VL 1OUFA 1REYA 4C5FA 1IP5A 1JJ1A 1TAYA 3P68A 1KIQC 1LKSA 1LSGA 1LZ8A 4LT3A 1N4FA 3ZEKA 1HEQA 2ZQ4A 1B7PA 4HTNA 4J0LA 2BQNA 4XJBA 1IY4A 4MSTA 3D3DA 3W6CA 5AMYA 1NF5A 4NEBA 6LYZA 1GFKA 3CSRA 4H9CA 2BQCA 2DKVA 1W08A 1IP7A 1LMTA 1LZDA 3TXJA 4DDCA 135LA 5B1GA 1DZBX 4H94A 4LGKA 1F0WA 1HSXA 4N8ZA 5IDDA 1GBOA 3A91A 1RE2A 4W94A 2ZNXY 4H8XA 3VWOA 2YBNA 3ATNA 4TX7A 4WLDA 1GBSA 2YSSC 2MEAA 4LZTA 4TWSA 4WLTA 1BVXA 2N5ZA 4NHSA 1LHKA 4WM5A 1LSDA 5B06A 1LSAA 4XJGA 4KL7A 4OOTA 1VATA 4R6CA 4LT2A 1IO5A 2BLYA 3ZVQB 5IELA 1I20A 3WPJA 1BWIA 1UIEA 1W6ZA 1XSFA 1IOQA 4LYCA 1XGQC 1GB5A 3BKHA 1IR9A 4WM4A 4NSGA 3WU8A 1IOSA 1GEVA 8LYZA 4CGEA 5HLLA 1YKXX 2G4PA 5APFA 1LTMA 2FYCA 4E3UA 1C43A 1OUBA 5IHGA 2YBJA 1GXXA 4ETEA 5E9RA 4HV1A 3LYMA 1GE4A 3G3AB 1GB2A 1LJEA 4OWAA 3QE8A 4RW2A 5LXWA 1GF7A 2BQOA 1I56A 4DT3A 1BGIA 2Z19A 1UIBA 4KT3A 1RJCB 3HBDA 4YM8A 3WUNA 3J4GA 5FDJA 1UIHA 4WG7A 1O23A 1UACY 4N0JA 4LYTA 1WVVA 4G4HA 1MLCE 2D4KA 2MEDA 3TMVA 1B5XA 2XBRA 5F14A 9LYZA 3ZVQA 3A94A 2YBHA 1JWRA 1UA6Y 1YILA 3B0OA 4WG1A 1JKAA 2HECA 1YKYX 1FBIX 1GAZA 1GPQC 1OUCA 2RSCA 4HV2A 1LJGA 5LVIA 1JTPL 1Z55A 4HTKA 1CKFA 1XGPC 1J1OY 1HF4A 4AGAA 2DQDY 2I25L 1CKCA 1GBWA 5DN5A 1LHIA 1B7NA 1HEPA 2D4IA 3IJVA 1BB3A 2G4QA 1YAMA 4GN5C 4H9AA 1XEIA 1B5ZA 2MECA 3EO5A 3G3BB 4ML7A 3RT5X 1E8LA 3M18B 1B2KA 1LZ6A 2HEFA 4EMNA 2BAAA 4LYZA 1XEJA 1WQMA 4NG8A 1B9OA 4DC4A 2IFFY 1QTEA 4DDAA 1JTOL 1LZ4A 3F6ZA 1GEZA 1YAPA 3AB6A 2ZNWY 5KXPA 4M6DA 1D0MA 4YEMA 5KJ9A 5D5CA 3B72A 1LYYA 1IX0A 3LYZA 4HP0A 1QTKA 1IP6A 1NWGA 4NGLA 1GB0A 5HMJA 4NGKA 5K7OA 3B0KA 4GN3A 5LVGA 1G7MC 1LZNA 1GF0A 1NDMC 3WU9A 5FCPA 5LVHA 3A3RX 1UIAA 1LSFA 1IOCA 4DWXA 4YF2A 1YANA 4ZEEA 1LJJA 4H9HA 4G4CA 2C8PA 2W1MA 3A92A 4DD7A 4NIJA 3EMSA 2D6BA 3N9AA 4NY5A 1WQOA 2WARA 3OK0A 4Z98A 4GCCA 5FEKA 1IVMA 1JJ3A 2BQKA 2W1XA 2LZTA 1BB7A 2BQMA 1YQVY 2BQHA 1LSPA 2YBIA 1HFZA 2VB1A 4NGYA 3A67Y 2X0AA 5A3ZA 2BQBA 4NFVA 4OWHA 2DQFC 4TTDA 3W6DA 1LZCA 1FKQA 4WOAA 4H90A 5KXRA 1ZVYB 4WM2A 3TMUA 5KXMA 2F4AA 2I6ZA 2YBMA 4NSHA 1LHLA 1I1ZA 1UBZA 2HEAA 1VAUA 2I26L 3WVXA 1XFPL 3WPKA 4DD1A 4GLAA 5APEA 3WU7A 1CJ8A 1IR8A 5M1YA 5B07A 1WTMA 4CFPA 1QDRA 3CSZA 4ETCA 2YBLA 4NWHA 1GB3A 4OWEA 4P2EA 3TXEA 2EIZC 4NSIA 2BQJA 4ANRA 1QDTA 4PHIA 3N9CA 5KXSA 4I0CA 4OOOA 4H9EA 4RW1A 4XENA 1G7IC 4LT0A 3WW6A 4BS7A 1H87A 2Z38A 2DQIY 1HELA 2CGIA 2PC2A 1BB6A 1IWTA 194LA 2HTXA 4WM1A 1YL0X 5HNLA 3RZ4A 2D4JA 1JEFA 1LMCA 1F10A 1B5VA 1GFUA 1IC7Y 3LZTA 7LYZA 5KXXA 1NMMA 4XADA 5F81A 5DLAA 1EL1A 1IWXA 1HFYA 1V7SA 4N1EI 1KXWA 3P66A 4C3WA 1EQ4A 1NQIA 1GBXA 1GDXA 3W6BA 1XGTC 1GF6A 3K3TA 4DD3A 1JKDA 3W6FA 3WUAA 1LZAA 1OUHA 4X3BA 4ETAA 5L3IA 1LSMA 1LAAA 4Z41A 1CJ9A 3IJUA 1HHLA 4CHXA 3CT0A 4HJVA 1GE0A 1CJ6A 1B5UA 1BWHA 2D91A 5I4WA 3LZ2A 1GB9A 3GXKA 4QGZA 3AGGG 3LYTA 1OUIA 2BLXA 1GFRA 1XEKA 3EBAB 5LIOA 1HEWA 5T3FA 1GF3A 3WULA 4DD2A 4CJ2A 5KY1A 1YKZX 1LSCA 2F4GA 2XJWA 2H9JA 4XJIA 3TXBA 4M4OA 3TMXA 1LYZA 4HPIA 3A6BY 1GE3A 2XTHA 1LMQA 2W1YA 5B05A 5KXTA 3A34A 1ZMYL 5LAFA 3T36A 4I8SA 1NHEA 3MGWA 4NHIA 4NGVA 2HEBA 1FLYA 4J1AA 4UWNA 1LOZA 1NKHA 4H9IA 2FYDA 4N9RA 1TEWA 3RNXA 4HTQA 4NHQA 1AT6A 4WLXA 2BQDA 4B0DA 1LZYA 1BWJA 3AZ5A 1H6MA 3HFMY 4L41A 1OP9B 3WPLA 1GB7A 2IHLA 3CT1A 4PRUA 5KXLA 3AGIA 3QY4A 3LYOA 1LMOA 3EXDA 5HMVA 1HNLA 1KXXA 4CFOA 5APCA 1GFAA 2DQJY 1KIPC 1D0LA 1JITA 1KIRC 3AJNA 1D6QA 1JKBA 3LHMA 2BQIA 1VDPA 4TSBA 1BHZA 4PPOA 5ILFA 1DKKA 1JIYA 1IWYA 1F6SA 1LSBA 5FHWA 2HU3A 1IWZA 1IIZA 1UICA 1C45A 2H9KA 2GV0A 1REZA 2A7FA 5L9JA 2BQEA 1REMA 1HERA 132LA 1VDSA 4LYBA 3D9AC 1SQ2L 2ZILA 1B7QA 1LJ3A 1DI4A 1DQJC 1GB8A 1LYOA 208LA 1LHHA 4QEQA 1HMKA 5I53A 5LVKA 2MEFA 4XN6A 2DQCY 1MELL 1GAYA 3WYHA 3CSQA 1LJNA 1WQNA 5F9UA 4KPMA 5F16A 1G7LC 3TXIA 4MCKA 1BB5A 5JENB 5E4PA 1QSAA 1B7MA 1A2YC 4UWUA 1LMNA 5FSTA 2YDGA 5LAGA 1G7HC 3B6LA 1P2CC 1GFJA 1ZV5L 1JHLA 1LZ9A 3TXFA 1LZBA 4GN4A 3TXHA 4H8ZA 1CKGA 1GF4A 5J7CA 3M3UA 2F30A 1LJ4A 2XBSA 4BADA 2ZYCA 1GF5A 4RLNA 1PZYA 1AT5A 1HEOA 1XGUC 4GCBA 4IJ4A 4KXIA 1LYSA 3WW5A 4ZFPA 1BB4A 4WLYA 1B5WA 1GE2A 3AZ6A 4WMGA 4XJFA 5KXWA 1UIGA 2BQFA 3P4ZA 4G4BA 1LJHA 1UUZC 3A6CY 4R0FA 4B4JA 1GB6A 2HEDA 4J1BA 1FLQA 2DBTA 1GFEA 4RDSA 2CWIA 2BQAA 3WMKA 4DDBA 1IR7A 4Z46A 3AZ4A 1FDLY 4HJYA 3CQLA 3KAMA 5LVJA 1UCOA 3SP3A 4GCDA 1A4VA 1EQ5A 5LYMA 4EOFA 6LYTA 2ZQ3A 2LYMA 4NHPA 1QUSA 1PS5A 3HBHA 4QDNA 153LA 3A93A 4II8A 5KKIA 4DD0A 1YL1X 4NGIA 1YAOA 2EQLA 1GFHA 2DQAA 2FBDA 3A8ZA 4DD9A 1EQEA 1GHLA 5C6LA 5C6JA 4ETBA 4FJRA 4GCEA 1OUDA 1C7PA 1LKRA 1HENA 1WQPA 1GFTA 3WXTA 1DI3A 1VEDA 2B5ZA 1GFVA 1VDQA 2LYOA 3A90A 1BVKC 4YENA 3WXUA 1OUJA 1AKIA 1B7OA 4H91A 1YROA 4FDYA 4G49A 193LA 1WTNA 1YAQA 2CDSA 3ATOA 5HNCA 2C8OA 3TMWA 2HU1A 1IWUA 1J1XY 3WUMA 3TXKA 1GBYA 2MEGA 5A3EA 2Z2EA 4MR1A 1FLWA 2LZ2A 1RI8B 1KXYA 4IATA 3AZ7A 3WL2A 1NDGC 2Y8PA 1JTTL 2Z39A 4IASA 1G7JC 1B7RA 1IEEA 4HSFA 1LPIA 5LYTA 1LMPA 207LA 1DXJA 1IC5Y 4H92A 1IOTA 2Z18A 5LA5A 4ET8A 1HSWA 4BAPA 2ZIKA 1C10A 1WQQA 4NGZA 5B1FA 1B7SA 1D6PA 2HUBA 1T3PA 1ZVHL 3BKVA 5LA8A 2F2NA 3IWRA 2W1LA 1HMLA 1AZFA 1CJ7A 2MEBA 1LZEA 4WO6A 5DM9A 1DI5A 3QNGA 1ALCA 2Z12A 3B0IA 3CT5A 3W6EA 1LJFA 4H1PA 2BPUA 4PGJB 1SLYA 4XJDA 1JISA 1LMAA 1CNSA 1LZ1A 1GDWA 1TDYA 134LA 1DKJA 1GXV2 4RLMA 3WH1A 2HEEA 3RW8A 4NSJA 4PJ2C 4ZIXA 4YEOA 1QQYA 1LZTA 4OW1A 1LSYA 2CJLA 5II3A 1FLUA 1REXA 4B1AA 3AYQA 3FI7A 1RCMA 3FE0A 1QSWA 3AGHA 4HJZA 1RFPA 1WVUA 2Z2FA 4LT1A 4B4IA 4GLVA 4NGOA 3J6KA 4D9ZA 5APDA 2MEEA 1HC0A 5KXOA 3W3EA 5DL9A 1NBYC 5KXYA 5DN4A 3A95A 1BQLY 3CB7A 4J7VA 5KXKA 4H9BA 2ZIJA 2MEIA 4TSCA 1B7LA 4UWVA 1JUGA 4W96A 1D9UA 1F6RA 2BQGA 4GCFA 1JSFA 1D0KA 1LZ5A 2Z37A 2DQHY 1IWWA 5L3HA 1IP4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NBZC 2B6ZA 2B6TA 1DPWA 1C6JA 4WM3A 1L28A 1L68A 3HUKA 5LYZA 1C6PA 237LA 1B0DA 2YVBA 3F8VA 1AM7A 2A4TA 4TUNA 5KKJA 261LA 1IP1A 1GF8A 2AUBA 3G3VA 1OYUA 2RAYX 1CKHA 3TXDA 3SB8A 3RU5A 4N5RA 1GFGA 118LA 3P64A 1J1PY 1P56A 3W6AA 3ULRA 4H8YA 1LSNA 1V7TA 4G9SA 5FELA 2DQGY 1QUTA 3AW6A 1IC4Y 1LWGA 1JKCA 3TXGA 4WL7A 5C6IA 1OUGA 230LA 4WO9A 2ZYPA 3HBEX 2Z6BA 1C63A 2ZWBA 4WL6A 1C08C 186LA 4H9FA 4YOPA 1L51A 4NWEA 3ZEKA 216LA 2ZQ4A 4J0LA 1B7PA 139LA 3D3DA 1NF5A 1T8AA 3TXJA 1W08A 2B7XA 1L37A 4LGKA 3HTBA 4W94A 3VWOA 3ATNA 1CTWA 1LHKA 1LI2A 5B06A 1VATA 4LT2A 5IELA 2OU0X 1I20A 1UIEA 1L10A 2O7AA 1XGQC 1GB5A 4WM4A 173LA 1OUBA 5IHGA 2YBJA 1GXXA 5E9RA 165LA 1GE4A 3G3AB 4RW2A 1GF7A 1JQUA 1L01A 1BGIA 4KT3A 227LA 5I14A 4N0JA 4G4HA 2XBRA 3CDRA 1L62A 2YBHA 4ARPA 1UA6Y 4DQ7A 239LA 1FBIX 1OUCA 1P6YA 4HV2A 1CKFA 1DYEA 1XGPC 3NYAA 2I25L 5DN5A 247LA 1HEPA 2G4QA 1XEIA 1L65A 3RT5X 4ML7A 1E8LA 1LZ6A 4EMNA 201LA 4DC4A 2B73A 1P2LA 1QTEA 3F6ZA 5KJ9A 3AB6A 2ZNWY 2F32A 4HP0A 1NWGA 1GB0A 4NGKA 5K7OA 3B0KA 218LA 1LZNA 5FCPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5EBH A;  1QIO A;  5I4Y A;  2H5Z A;  1NBZ C;  154L A;  1JJ0 A;  1LSZ A;  1UID A;  1DPW A;  1FKV A;  1WQR A;  4HPE A;  2MEH A;  4WM3 A;  2EPE A;  1TCY A;  1GF9 A;  3P65 A;  5LYZ A;  4B4E A;  1DPX A;  1LJI A;  4DYG A;  1B0D A;  1IP2 A;  2YVB A;  5I4X A;  4LFX A;  4NGJ A;  1AM7 A;  4TUN A;  4N1C C;  5B59 A;  5KKJ A;  5I5Q A;  5KXZ A;  1B5Y A;  2LHM A;  4PRQ A;  1GE1 A;  1LSE A;  3AW7 A;  1IP1 A;  1IOR A;  1GF8 A;  2AUB A;  1IY3 A;  2Q0M X;  2G4N A;  3OJP A;  1OUA A;  2NWD X;  1CKH A;  1GWD A;  4A7D A;  2EKS C;  3TXD A;  1C46 A;  5D5F A;  4LYO A;  3T6U A;  3RU5 A;  4N5R A;  1GFG A;  3P64 A;  1J1P Y;  4XJH A;  1FN5 A;  3W6A A;  5LIN A;  1XGR C;  2A7D A;  3ULR A;  1VDT A;  133L A;  1LCN A;  3A96 A;  4H8Y A;  1LSN A;  4U3X B;  4WM6 A;  1V7T A;  4NHT A;  5HQ1 A;  4G9S A;  1HEM A;  4QY9 A;  5FEL A;  2DQE Y;  2DQG Y;  1QUT A;  3N9E A;  1INU A;  4NG1 A;  1UIF A;  1OQM A;  1GBZ A;  1IWV A;  3AW6 A;  3A3Q A;  1LHM A;  1IC4 Y;  3TXG A;  1JKC A;  1LJK A;  1LHJ A;  4WL7 A;  5C6I A;  1OUG A;  4BAF A;  5ILC A; 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 1J1X Y;  3WUM A;  3TXK A;  1GBY A;  2MEG A;  5A3E A;  2Z2E A;  4MR1 A;  1FLW A;  2LZ2 A;  1RI8 B;  1KXY A;  4IAT A;  3AZ7 A;  3WL2 A;  1NDG C;  2Y8P A;  1JTT L;  2Z39 A;  4IAS A;  1G7J C;  1B7R A;  1IEE A;  4HSF A;  1LPI A;  5LYT A;  1LMP A;  207L A;  1DXJ A;  1IC5 Y;  4H92 A;  1IOT A;  2Z18 A;  5LA5 A;  4ET8 A;  1HSW A;  4BAP A;  2ZIK A;  1C10 A;  1WQQ A;  4NGZ A;  5B1F A;  1B7S A;  1D6P A;  2HUB A;  1T3P A;  1ZVH L;  3BKV A;  5LA8 A;  2F2N A;  3IWR A;  2W1L A;  1HML A;  1AZF A;  1CJ7 A;  2MEB A;  1LZE A;  4WO6 A;  5DM9 A;  1DI5 A;  3QNG A;  1ALC A;  2Z12 A;  3B0I A;  3CT5 A;  3W6E A;  1LJF A;  4H1P A;  2BPU A;  4PGJ B;  1SLY A;  4XJD A;  1JIS A;  1LMA A;  1CNS A;  1LZ1 A;  1GDW A;  1TDY A;  134L A;  1DKJ A;  1GXV 2;  4RLM A;  3WH1 A;  2HEE A;  3RW8 A;  4NSJ A;  4PJ2 C;  4ZIX A;  4YEO A;  1QQY A;  1LZT A;  4OW1 A;  1LSY A;  2CJL A;  5II3 A;  1FLU A;  1REX A;  4B1A A;  3AYQ A;  3FI7 A;  1RCM A;  3FE0 A;  1QSW A;  3AGH A;  4HJZ A;  1RFP A;  1WVU A;  2Z2F A;  4LT1 A;  4B4I A;  4GLV A;  4NGO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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