1LZR | Genus

Total Genus 52

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	52
sequence length	130
structure length	130
Chain Sequence	KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__999160642920665__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__999160642920665__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1lzr/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__999160642920665__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"999160642920665","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1lzr/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__999160642920665__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d027b59c4961a74c90bbfb3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d027b59c4961a74c90bbfb3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d027b59c4961a74c90bbfb3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d027b59c4961a74c90bbfb3/pdb.gz): 120 ms

reading 130 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

130 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:129});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase (o-glycosyl)
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural changes of active site cleft and different saccharide binding modes in human lysozyme co-crystallized with hexa-N-acetyl-chitohexaose at pH 4.0. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HUMAN LYSOZYME
total genus	52
structure length	130
sequence length	130
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	1994-09-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1lzrA00

4LGKA 2FBBA 5FELA 1ZMYL 4H9CA 5FHWA 2FYDA 3HBHA 4M6DA 2BQCA 3RZ4A 2ZILA 5KXYA 1GPQC 1LMQA 5I5QA 1ZVYB 1IORA 1D0LA 4OWHA 3WW6A 5IELA 2BQHA 4H90A 4WLDA 1P2CC 3ZEKA 1IY4A 3M3UA 4DC4A 4WM1A 3LYZA 3QNGA 4B4JA 5EBHA 1A2YC 1LYYA 1XEIA 4KPMA 1LSCA 1RCMA 3CSQA 3EO5A 1FBIX 1LZSA 2BPUA 1LMNA 3A8ZA 4J1BA 3IJUA 1CNSA 1OUDA 2HEFA 1LMPA 2PC2A 2ZNWY 3A90A 3LYTA 4GLAA 2LYMA 4GN4A 4NGIA 1KIQC 1XEJA 1BB5A 1QDRA 4TX7A 1IR7A 4LT3A 3A67Y 1IOQA 3N9EA 5HMVA 5DN4A 3T36A 4DYGA 2Z38A 4H94A 1DPXA 4MSTA 1FDLY 2BQBA 2YBMA 1C7PA 5AMYA 4NGLA 1G7LC 3TXKA 5LINA 4NGOA 1YQVY 3AYQA 3AZ5A 1LYOA 1UC0A 1D6PA 4WMGA 3TXHA 3G3AB 1AT5A 4EOFA 1HNLA 1LSEA 4LYZA 1DI3A 1BWJA 1VAUA 4OWAA 1MLCE 5LYZA 1LKSA 2YVBA 1GFJA 3W6FA 3ZVQA 5KXMA 1CJ8A 4P2EA 5HMJA 4WM2A 1LAAA 1IC7Y 2XJWA 1LJ3A 2ZNXY 4NSGA 1LMOA 4B1AA 2DBTA 4LFXA 1KXYA 5LA8A 4N9RA 5KXRA 1LSGA 1LOZA 1LJEA 1GF6A 1OP9B 4WLXA 4DDAA 193LA 1GBOA 3ATOA 4QDNA 1TCYA 4XJGA 2MEGA 4NGZA 2Q0MX 3GXKA 1GHLA 1HF4A 4PJ2C 2IFFY 4QY9A 5LVKA 5LAGA 1GB2A 1SLYA 3EBAB 4YEOA 2B5ZA 5APEA 1YAMA 2DQCY 5B05A 1HEMA 1IOCA 1IWVA 1C45A 2FYCA 3F6ZA 4YEMA 3CT1A 1JJ0A 1LHLA 1UA6Y 3TMUA 4DD0A 4YM8A 1B7SA 1B5UA 2LYOA 1GEVA 4W94A 1OUJA 2YBNA 1HELA 4H1PA 5B06A 1GF0A 4NY5A 4OOTA 1DXJA 2F4AA 3AZ4A 4GLVA 1EQEA 1F6SA 1LZ9A 2DQJY 2H9JA 2MEEA 1UIFA 2XTHA 1F10A 2BQGA 2F2NA 2W1XA 4NG8A 3WUMA 2D4JA 4NWEA 1B0DA 194LA 3RU5A 3FI7A 1LHMA 4NWHA 1JIYA 1UIAA 2LZTA 2H5ZA 2W1LA 2Z37A 1CKDA 2HEDA 6LYZA 1IP1A 5L3HA 1LMTA 4IASA 1LZ4A 1BWHA 3AW6A 3WULA 2RSCA 4XJFA 2AUBA 1NDGC 1B2KA 4E3UA 4ZIXA 4NGVA 1LJJA 2HEAA 1FN5A 4ET9A 2ZYPA 4NHTA 4CHXA 4IATA 2YBLA 1JKCA 5APDA 3HBDA 2XBRA 1WQQA 1XEKA 4KXIA 1GD6A 1JSEA 1D0KA 4PRQA 2DQEY 4NFVA 2CWIA 5LA5A 1FKQA 3A94A 4NSIA 4HTNA 153LA 5F16A 4XENA 4WL6A 1J1OY 1QUSA 2CJLA 4HJYA 1G7MC 2LHMA 4H8YA 4G49A 4OWBA 1HSWA 3ZVQB 4DD9A 1UIDA 2I25L 3CB7A 1B7QA 1GB7A 4OWEA 3CT0A 5LVGA 1UCOA 3ULRA 1YANA 5I4WA 1DKJA 5KJ9A 2BQMA 4H9BA 2YSSC 1GBZA 4ZEEA 1KIRC 1LJKA 1JHLA 1LYSA 1UIEA 3MGWA 1IWXA 4II8A 1FKVA 1HFYA 3B6LA 5IHGA 1NF5A 1GE1A 1TAYA 2BQJA 1IVMA 1UBZA 2ZWBA 4H9HA 3WL2A 4WM6A 5FCPA 1B7MA 2BQNA 2GV0A 2DQGY 1OUAA 4H8ZA 1BB3A 1OQMA 1JTTL 5HNLA 5IDDA 1N4FA 4NGYA 3WPKA 2BQLA 2EQLA 1HENA 2HTXA 3BKHA 3IWRA 1IIZA 1B5ZA 2MEDA 1CKCA 2MECA 1YAOA 1AT6A 3P64A 3TXBA 5KXWA 4FDYA 4LT2A 4UWNA 4GCDA 1MELL 1JJ3A 1D0MA 4R6CA 4DT3A 3WYHA 1GB6A 133LA 1DKKA 3WPLA 1GFRA 1H6MA 1GF4A 1LCNA 1TEWA 3AJNA 1B7RA 5A3EA 1LJHA 2F30A 1GF3A 3D9AC 2Z12A 3TXJA 3WXTA 2DQHY 1HC0A 1JJ1A 4N0JA 5D5CA 5KXZA 1BB6A 2D4IA 1QSAA 1IP6A 2Y8PA 2ZYCA 3WU8A 1HEQA 1GFVA 1XGTC 1IP4A 4TSCA 1UUZC 4M4OA 4LYCA 1YKZX 3VWOA 1GAYA 1LJGA 5A3ZA 2LZ2A 4YF2A 1GB0A 2HECA 1QSWA 2DQIY 1RE2A 1LPIA 1YILA 3TXDA 1GDXA 3LZ2A 2I6ZA 1LSBA 1EQ4A 5LAFA 4Z3MA 1DQJC 3B0KA 1REZA 1OUIA 1UIGA 1WQMA 1BVKC 4PPOA 3WU7A 3SP3A 1ZVHL 1LHJA 1WQNA 1IC5Y 1O23A 1LSYA 1LJIA 4HJVA 3J4GA 4DD2A 1B5YA 3AGHA 1IP5A 1NQIA 1Z55A 2Z39A 1WQPA 4YOPA 5LIOA 1IOSA 2F4GA 4PRUA 5KXLA 1HEWA 3HBEX 4NG1A 1REXA 1CJ9A 1LJFA 4WO9A 1GB3A 5LVIA 7LYZA 2BQAA 2W1YA 4N1CC 3WUAA 1JITA 1YKXX 4R0FA 1FLYA 2CGIA 3TXEA 1QTKA 1XFPL 2Z2EA 1YL1X 1GBYA 1WQRA 1XGRC 2CDSA 4UWVA 4B49A 1B5VA 4J0LA 4ETBA 4HV2A 3LZTA 208LA 3P66A 5HLLA 2ZIKA 4H9AA 4HPIA 1LZDA 1HFZA 1OUHA 2I26L 3A96A 1GWDA 1V7SA 4MCKA 5LYTA 1LSPA 4G9SA 1VFBC 1B7PA 4OWCA 1D6QA 1RFPA 2XBSA 3J6KA 2EPEA 4GCCA 1LZ6A 3P68A 1JWRA 4WLYA 5KXOA 4CFPA 4HV1A 2A7DA 4WG7A 4WO6A 5DM9A 1PZYA 1LZYA 4XJIA 1G7JC 1NKHA 3AZ7A 1GFEA 3WMKA 4H91A 4LFPA 1VEDA 2BQOA 6LYTA 135LA 5FDJA 3KAMA 5J7CA 2X0AA 1LHKA 1YAQA 1FLQA 1ALCA 1CKGA 2FBDA 3W6CA 4OOOA 3B72A 3CQLA 4L41A 4TUNA 4WG1A 5I4YA 2BQKA 3ATNA 3TXFA 1GF8A 3W6AA 3CT5A 4C3WA 5JENB 4YENA 4HJZA 1LHHA 1I56A 1LSAA 1IR8A 2HEEA 132LA 1CKFA 1UIBA 3AW7A 4XJHA 5C6LA 1GB8A 2C8OA 1LJNA 1B7OA 1UICA 2BLYA 3B0IA 4RLNA 1BVXA 1LZ8A 2HUBA 5II3A 5L3IA 2Z19A 3WU9A 4UWUA 1GAZA 1INUA 4AGAA 1IO5A 1NWGA 2ZQ3A 2LYZA 3LHMA 1AM7A 3TXIA 1NMMA 2BQFA 1XGQC 1GF7A 1GFUA 4NGWA 5FSTA 1YAPA 1B7NA 4ETEA 1GB5A 4H93A 1RJCB 4CFOA 1HEOA 1LZCA 2D6BA 4Z98A 3W6EA 5B07A 4NHQA 2Z18A 5F14A 1YIKA 3BKVA 3N9CA 1TBYA 4GCEA 4GCFA 1EL1A 4C5FA 4N8ZA 1LSFA 1LZTA 1UACY 2VB1A 1PS5A 1YL0X 2W1MA 4KL7A 4XJBA 2BQEA 5I4XA 5KXXA 4GCBA 4FJRA 5ILCA 1LSNA 3TMXA 4I8SA 4HPEA 4I0CA 1GFAA 3K3TA 1LSZA 3M18B 1IEEA 1LZ1A 1GFHA 1ZV5L 1GFTA 1I1ZA 1JPOA 4XN6A 1IR9A 3HFMY 1VDTA 1GBSA 4WM3A 5APFA 3QE8A 4WM5A 5C6IA 3RT5X 5D5FA 5E9RA 4DDCA 1HFXA 4ANRA 4WM4A 1QQYA 1GDWA 1G7IC 1REMA 1JSFA 1LKRA 1XGUC 1XSFA 3A6CY 4TSBA 2ZQ4A 4ZFPA 1GF9A 4LYOA 1WTNA 1FLWA 5KXSA 1WTMA 4NIJA 2MEIA 3AB6A 1LTMA 1IWWA 1DZBX 1HHLA 2A7FA 4HP0A 1BB7A 3FE0A 1BHZA 1VATA 3AZ6A 4RW2A 1JKAA 1XGPC 4NGJA 154LA 2MEBA 1JISA 1GF5A 4DD7A 1B7LA 4WOAA 1F0WA 1EQ5A 1LMCA 2BAAA 4XJDA 3RW8A 1T3PA 4U3XB 4LT0A 4Z41A 5KKJA 4QEQA 1HMKA 3WVYA 1WVUA 1W6ZA 3AGIA 2DQDY 3W6BA 1IWZA 2H9KA 1E8LA 1W08A 4BAPA 9LYZA 1LZBA 4NHSA 5KXKA 4H9EA 2EKSC 4NEBA 3WVXA 4X3BA 5B59A 2WARA 4LYTA 4J7VA 2Z2FA 3WW5A 4O34A 5DN5A 1GE0A 3A34A 4G4HA 5KXNA 4ML7A 5I53A 2YBIA 4G4BA 8LYZA 5HQ1A 5LVJA 1V7TA 3W3EA 1IP2A 4Z46A 1IWTA 1YROA 4H9FA 1C46A 1CJ7A 2D91A 3P65A 4W96A 5KKIA 4PGJB 1YKYX 1WVVA 1IWYA 4NGKA 1LZEA 1DI5A 2MEAA 2HU1A 4A7DA 5APCA 1LSDA 1IY3A 1IOTA 4LYMA 4LT1A 5F81A 4LYBA 1IC4Y 4N1EI 1JTPL 1T6VL 1REYA 2YBHA 4ETCA 2C8PA 4RW1A 4HTQA 5F9UA 2YDGA 1IP3A 4GN5C 5L9JA 1GFKA 1BQLY 1LZAA 4NHIA 1BWIA 1F6RA 3EXDA 3CSRA 4H92A 1GEZA 5LYMA 1D9UA 1JKDA 1GXXA 3B0OA 3T6UA 4BADA 5C6JA 5M1YA 2DQAA 1GFGA 1TDYA 207LA 4G4CA 3LN2A 4H8XA 5I54A 4HSFA 2BLXA 2MEFA 1GE3A 4XYYA 4B0DA 1AKIA 2DQFC 1CJ6A 1KXWA 3WXUA 4DD3A 1NBZC 1JEFA 1LMAA 4NSJA 1QTEA 4D9ZA 4RDSA 1A4VA 2G4PA 1LSMA 2ZIJA 3WPJA 4NSHA 1C08C 1GB9A 3A92A 3G3BB 4DD1A 1VDQA 1BGIA 1GE4A 3WUNA 4ETDA 1BB4A 4B4IA 1VDPA 3CSZA 1C43A 1J1XY 4NHPA 1OUBA 4ET8A 1QDTA 1OUCA 3A6BY 1LZGA 2DKVA 1B5WA 3E3DA 3IJVA 5KY1A 4KT3A 3RNXA 4GN3A 4AXTA 1IX0A 1JTOL 1OUEA 2MEHA 1GBWA 1AZFA 2G4QA 3TMWA 1JKBA 5KXPA 3TMVA 4HTKA 5LXWA 3A3RX 5FEKA 1HSXA 1I20A 1J1PY 4EMNA 1UIHA 4OW1A 4BS7A 2YBJA 1NBYC 3EMSA 3GXRA 1GXV2 5B1FA 1FLUA 1JUGA 3A93A 4J1AA 3P4ZA 5DL9A 5B1GA 1DI4A 1LJ4A 4IJ4A 1DPWA 4B4EA 4ETAA 4CGEA 5K7OA 4XADA 1VDSA 2BQDA 3TXGA 1B9OA 4QGZA 2HU3A 4PHIA 1LZNA 4DDBA 5ILFA 1OUFA 1C10A 4N5RA 1H87A 2D4KA 3OK0A 3WH1A 1SQ2L 3QY4A 4WLTA 3OJPA 5HNCA 4CJ2A 1LYZA 4LZTA 1GE2A 1HMLA 1KXXA 1IWUA 3LYMA 3LYOA 1NHEA 2N5ZA 4MR1A 4TWSA 1LZRA 1QIOA 4DWXA 5LVHA 2EIZC 3N9AA 2NWDX 1B5XA 2BQIA 3D3DA 3W6DA 1G7HC 4BAFA 1IP7A 1HERA 5KXTA 3A3QA 4TTDA 5DLAA 5F9XA 1LZ5A 1LHIA 1RI8B 1WQOA 1KIPC 2HEBA 1QUTA 2IHLA 4RLMA 4WL7A 5E4PA 1CKHA 134LA 1HEPA 4H9IA 3A95A 5T3FA 3A91A 3AGGG 1GBXA 2G4NA 1OUGA 1NDMC
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LGK A;  2FBB A;  5FEL A;  1ZMY L;  4H9C A;  5FHW A;  2FYD A;  3HBH A;  4M6D A;  2BQC A;  3RZ4 A;  2ZIL A;  5KXY A;  1GPQ C;  1LMQ A;  5I5Q A;  1ZVY B;  1IOR A;  1D0L A;  4OWH A;  3WW6 A;  5IEL A;  2BQH A;  4H90 A;  4WLD A;  1P2C C;  3ZEK A;  1IY4 A;  3M3U A;  4DC4 A;  4WM1 A;  3LYZ A;  3QNG A;  4B4J A;  5EBH A;  1A2Y C;  1LYY A;  1XEI A;  4KPM A;  1LSC A;  1RCM A;  3CSQ A;  3EO5 A;  1FBI X;  1LZS A;  2BPU A;  1LMN A;  3A8Z A;  4J1B A;  3IJU A;  1CNS A;  1OUD A;  2HEF A;  1LMP A;  2PC2 A;  2ZNW Y;  3A90 A;  3LYT A;  4GLA A;  2LYM A;  4GN4 A;  4NGI A;  1KIQ C;  1XEJ A;  1BB5 A;  1QDR A;  4TX7 A;  1IR7 A;  4LT3 A;  3A67 Y;  1IOQ A;  3N9E A;  5HMV A;  5DN4 A;  3T36 A;  4DYG A;  2Z38 A;  4H94 A;  1DPX A;  4MST A;  1FDL Y;  2BQB A;  2YBM A;  1C7P A;  5AMY A;  4NGL A;  1G7L C;  3TXK A;  5LIN A;  4NGO A;  1YQV Y;  3AYQ A;  3AZ5 A;  1LYO A;  1UC0 A;  1D6P A;  4WMG A;  3TXH A;  3G3A B;  1AT5 A;  4EOF A;  1HNL A;  1LSE A;  4LYZ A;  1DI3 A;  1BWJ A;  1VAU A;  4OWA A;  1MLC E;  5LYZ A;  1LKS A;  2YVB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1LZRA

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Chain Sequence

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