1LZRA

Structural changes of the active site cleft and different saccharide binding modes in human lysozyme co-crystallized with hexa-n-acetyl-chitohexaose at ph 4.0
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
publication title Structural changes of active site cleft and different saccharide binding modes in human lysozyme co-crystallized with hexa-N-acetyl-chitohexaose at pH 4.0.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lzrA00
1FKVA 4HJYA 3CSQA 5B07A 3P64A 1IC4Y 4TUNA 1H6MA 1LZ6A 5KXRA 1LJKA 2DQGY 5ILCA 4WM3A 194LA 1YAMA 1T3PA 3WVYA 2BQLA 2F2NA 4DYGA 1XEJA 2C8OA 1REXA 1UIAA 2BQCA 4N9RA 1TEWA 4OWCA 3M18B 1JKCA 2Z39A 2HU3A 1JPOA 3AW6A 1BB6A 4NGOA 4Z98A 4R6CA 1GB5A 5LAGA 2DKVA 4C5FA 1LZ8A 1DI3A 2ZNXY 1VDTA 3WYHA 1NKHA 4HTQA 5LYZA 5HNCA 1LHJA 1LSZA 1HERA 2YVBA 3OJPA 9LYZA 1GAYA 4WM5A 1LJGA 3WPKA 4Z46A 4GCFA 4CHXA 2D91A 2DBTA 2W1YA 5KXMA 5DLAA 2LYZA 1BB7A 2IFFY 4NEBA 1EQ4A 1J1OY 3LYTA 4A7DA 5KXOA 5A3ZA 4PRQA 1QUTA 1XGRC 1JUGA 4WLXA 5FDJA 4ANRA 1B7MA 1D0LA 1JTOL 5APEA 1GE2A 3G3BB 1JISA 3A96A 1IX0A 1MLCE 4H9BA 4WG1A 4N8ZA 2DQEY 3WXTA 1V7TA 3B0KA 3ULRA 4TSBA 4OOOA 1CJ6A 4DD1A 4H9FA 2BQJA 5LVKA 4B4EA 5II3A 1D0KA 5F81A 5HMVA 4HV2A 1BVXA 1AKIA 3W6AA 4CFOA 3A8ZA 4NWEA 3E3DA 4II8A 4OOTA 3TXFA 4OWBA 4WG7A 1LZ1A 1LZ4A 3D9AC 1LZYA 4G4BA 4TSCA 5FSTA 5T3FA 5ILFA 1FLQA 1GEZA 1JIYA 1W08A 1IC7Y 1UIEA 3AB6A 3N9AA 4YOPA 4H91A 1XEIA 4H9EA 4KPMA 1GF8A 4LZTA 5KXNA 1B7PA 1VATA 1JKBA 4GN5C 1IOQA 3WU9A 4ET8A 1GE4A 1OUGA 4ETBA 1JTPL 3CSZA 2HECA 1HEPA 3FE0A 3W6FA 8LYZA 3WXUA 1LMOA 4NGJA 4IATA 4AGAA 5C6JA 3AW7A 1OUDA 1BB3A 1NMMA 2BPUA 3VWOA 5F14A 1LHKA 4H8XA 4NHIA 3TXDA 3J4GA 3A94A 4NGIA 4BADA 4RLNA 1BWIA 4OWHA 1IR9A 4OW1A 1HELA 1LZBA 1IOCA 3CT1A 1GBYA 1C10A 5I54A 193LA 1IWWA 5LAFA 4LFPA 1LCNA 1MELL 1G7LC 5C6LA 1IP6A 1GFEA 3B6LA 1HEMA 4HP0A 4M6DA 5KXTA 1GB6A 1QTEA 1LYOA 1WQMA 2ZQ3A 1VDQA 3AGGG 4DD9A 5IHGA 4W94A 3WUNA 1CKHA 1BWJA 4B0DA 2Z18A 1KIRC 1GBSA 1OUHA 2NWDX 1LSNA 3WUMA 4XJFA 5KXZA 4H92A 3RW8A 1YKXX 3HBDA 1G7MC 1IEEA 2D4JA 2LHMA 3HBHA 4G9SA 1NBYC 1UIDA 2MECA 3TXJA 4EOFA 3IJUA 1HC0A 1REMA 4UWVA 5M1YA 1LZ5A 1QIOA 2XBSA 2ZWBA 4NSGA 1ZVHL 1GFVA 5KXXA 3RZ4A 5HMJA 2Z19A 1QSAA 1TAYA 1GF4A 1IY3A 2HU1A 1KXWA 2N5ZA 5FELA 4PGJB 4DWXA 2Y8PA 5DN5A 4H90A 1HFYA 4W96A 3P68A 4P2EA 5KXYA 3WU8A 1GF6A 3A3RX 4N5RA 1HSWA 1CNSA 1GBWA 1YQVY 3EMSA 4XJGA 2Z12A 3EBAB 1HMLA 1OUFA 4Z3MA 1B5VA 4G49A 1J1PY 1LMAA 1KIQC 3CT5A 3TXEA 2DQHY 1XSFA 3AZ5A 5B06A 1YAOA 2ZYCA 1YL1X 1ZV5L 1JTTL 5L3IA 3N9CA 3ZVQB 1CKFA 5LA8A 4DT3A 2EIZC 1GD6A 4ETEA 4ETCA 4QY9A 1JJ1A 1JKDA 1LYYA 5B59A 1OUEA 1KIPC 1IWYA 1LJ4A 3QY4A 1WQNA 1LYZA 1RJCB 2HEEA 5LVIA 1GXXA 1F6RA 2DQAA 3T6UA 1LZNA 5IDDA 3HFMY 1UBZA 5APCA 5LA5A 4WO9A 5K7OA 1B5XA 1GF5A 1J1XY 2W1LA 1LSFA 4EMNA 3ZVQA 4H94A 1XGTC 2HUBA 3A67Y 4Z41A 1DI4A 4IASA 2MEIA 2YBJA 1UC0A 4WL6A 2YBMA 1LHHA 4NGVA 1GF9A 5J7CA 2YBLA 4H8ZA 1IP4A 2LZ2A 4H9IA 2YDGA 4NSJA 2EQLA 3AZ7A 1LZDA 1DKKA 4QEQA 1IR8A 1PS5A 5A3EA 1UIFA 3MGWA 1T6VL 1YKYX 1LZEA 1RCMA 3TXGA 4B4IA 3WW5A 1GB3A 2ZILA 5I4YA 4DDAA 4MR1A 1HMKA 2G4PA 4WLTA 3WMKA 4NG8A 2H5ZA 5I53A 1AT6A 4MCKA 4N1CC 134LA 1LSAA 1OUJA 1EQEA 3F6ZA 1BB4A 5APFA 1WVUA 2BQBA 1BHZA 2A7DA 1GWDA 1YKZX 4WOAA 3LYOA 3SP3A 4NGWA 4LT1A 4LYMA 4OWEA 2BQHA 4XJHA 1UIBA 3RNXA 1JHLA 2BLYA 5FEKA 5JENB 5LXWA 4XENA 3AYQA 3ZEKA 1LZCA 1HNLA 4XJBA 2DQJY 5B1FA 1IWVA 5EBHA 3LZTA 1IOSA 2BQMA 1GFRA 3LN2A 1LZTA 1LKRA 4DD3A 4GLVA 2F30A 1W6ZA 1FLWA 1TCYA 2HEDA 2DQCY 4UWNA 1SLYA 4H1PA 5APDA 1OUIA 4YENA 1LMNA 1CKDA 1HFXA 2YBNA 3K3TA 4H8YA 4LYOA 2BQFA 4NGYA 1GFJA 1AZFA 1CKGA 1LSYA 5HLLA 1ZMYL 5LVGA 1QDRA 1RE2A 1HENA 1I1ZA 2BQNA 2MEHA 1VEDA 1C43A 1FDLY 1WQRA 5HNLA 2A7FA 2D6BA 3GXRA 4BAFA 154LA 1IP3A 1GAZA 1YAQA 2F4GA 2I26L 1IC5Y 4N0JA 2WARA 1DPXA 1LSBA 1INUA 1GB7A 1H87A 1HSXA 1NDGC 1VDPA 3A93A 4WL7A 5F9XA 3W6DA 6LYZA 2XBRA 4IJ4A 1D0MA 1FKQA 4HJZA 2W1XA 1GF0A 1GBZA 1LMPA 1Z55A 2ZYPA 5D5CA 1QQYA 3A95A 4B4JA 4H9AA 1DPWA 4LYCA 4NHSA 2BQEA 1NQIA 1LJJA 1LZSA 1OUCA 2FYCA 3ATNA 1QSWA 4NY5A 3WH1A 4ZFPA 1UIGA 4GCDA 1OUAA 2GV0A 5LYTA 4WLYA 1JJ3A 2XTHA 1FLUA 1BB5A 1BGIA 5L3HA 1B2KA 1DXJA 1GBXA 1OQMA 2LYMA 1C7PA 2MEEA 1XEKA 4ZEEA 2CJLA 1YILA 1GB2A 2BLXA 4WMGA 1P2CC 2MEFA 2MEAA 1GF7A 3AGHA 4H9CA 1LTMA 4RW1A 4WM4A 5DM9A 4OWAA 4TX7A 3QNGA 132LA 1QDTA 2YSSC 1FN5A 3D3DA 1LHLA 4B1AA 2D4IA 3M3UA 4N1EI 3CB7A 1BQLY 2BQKA 2XJWA 1NDMC 1NWGA 3GXKA 1UICA 3BKVA 4WM2A 3J6KA 3FI7A 1V7SA 1GPQC 133LA 1YIKA 1GFUA 4BAPA 4XN6A 4YEOA 1GDWA 2B5ZA 2MEGA 2Q0MX 3LHMA 1JITA 1UA6Y 4WO6A 4XJDA 3LYMA 1SQ2L 5LIOA 1ZVYB 5KXPA 4KXIA 1G7HC 1LYSA 1G7JC 1D6QA 1NF5A 1VDSA 3T36A 5LVHA 1XFPL 1UCOA 3N9EA 4C3WA 5LYMA 5DL9A 1LZRA 1WQQA 1UUZC 2LYOA 3CQLA 3KAMA 4FDYA 4NIJA 3TXIA 153LA 4H9HA 5D5FA 1GFKA 5C6IA 4GCEA 3ATOA 1IR7A 1GB8A 1WQOA 4NHTA 5FCPA 4MSTA 1B7LA 4X3BA 1LMTA 2Z2FA 1QTKA 4RW2A 1YROA 1D6PA 3B0OA 3WW6A 1LJEA 4M4OA 1B9OA 4DD2A 3LYZA 1REZA 2Z37A 4QDNA 1GXV2 1LJFA 1WVVA 1GHLA 4U3XB 5B05A 1F0WA 4LYBA 1YAPA 4NSIA 3B72A 1GF3A 2C8PA 1XGQC 2BQIA 1GBOA 2HEAA 2I6ZA 7LYZA 1GFHA 2PC2A 4TTDA 3W6BA 1IP7A 1TDYA 4PHIA 4NHQA 1NBZC 4PPOA 5F9UA 4YM8A 1LZAA 3G3AB 4GCCA 1VFBC 1IORA 1LMQA 1FBIX 4I0CA 1LJHA 1GE0A 1B7RA 4G4HA 3A91A 4O34A 1LAAA 1UIHA 3EXDA 5E4PA 1RFPA 4WLDA 4ZIXA 1DKJA 1OP9B 1LSEA 4NFVA 1GFGA 1HFZA 1LSPA 3A3QA 4PRUA 1G7IC 5KXWA 5I4WA 5LINA 5AMYA 4LT2A 5IELA 3BKHA 1JEFA 3P66A 4GN3A 2CDSA 4GCBA 1B7QA 1HF4A 2ZNWY 2EKSC 4I8SA 3A92A 2G4QA 1IO5A 3P4ZA 4HPEA 1XGUC 3A34A 1LJNA 4J1AA 4J7VA 2DQDY 4LGKA 3WL2A 1GDXA 1YL0X 4LYTA 5KKIA 1GEVA 3IWRA 1BVKC 5B1GA 5KXKA 1IVMA 1LSGA 3TMXA 4LFXA 1B5UA 1LZGA 1FLYA 1LSCA 1HEOA 3CT0A 1GE3A 1F6SA 1NHEA 2YBIA 4RDSA 1WQPA 4GLAA 5KXSA 1JKAA 1A2YC 3TXKA 4DDCA 2DQIY 4ETDA 1I56A 4ET9A 1LJIA 3TXBA 1IWZA 3WUAA 2LZTA 3CSRA 5HQ1A 4NWHA 4WM1A 1EQ5A 1IWXA 3TMUA 1LJ3A 4GN4A 3W6EA 2ZIKA 3W3EA 1B7SA 5KKJA 2X0AA 3AZ6A 1JWRA 1CJ9A 1GE1A 2AUBA 2BQOA 2HTXA 3A90A 1LHIA 4HV1A 1JJ0A 5I4XA 1QUSA 1D9UA 1B5YA 1DI5A 5L9JA 4NGZA 4DD0A 5E9RA 4NHPA 3W6CA 4ETAA 1PZYA 1DZBX 4KL7A 4L41A 1LHMA 1GB0A 1LSMA 1A4VA 1GFTA 2EPEA 1ALCA 2BQAA 1B5ZA 2D4KA 2MEDA 1LPIA 2Z2EA 4J1BA 1IWUA 3TXHA 3QE8A 1VAUA 3WPJA 4YEMA 3WU7A 4LT0A 5FHWA 2W1MA 2IHLA 3A6CY 4NGLA 3P65A 4D9ZA 4E3UA 1B5WA 2HEFA 1AM7A 2BQGA 3HBEX 1IOTA 4G4CA 2CWIA 1KXYA 4UWUA 1O23A 1IWTA 1TBYA 1C08C 1YANA 4XJIA 2FBBA 2H9KA 2VB1A 4TWSA 3WPLA 4B49A 3TMVA 1HEQA 4KT3A 4CJ2A 3AZ4A 2F4AA 1XGPC 1GFAA 1HHLA 2RSCA 2ZIJA 4NSHA 1IP5A 4LYZA 2Z38A 1F10A 4R0FA 4CFPA 1IIZA 208LA 3WULA 207LA 3LZ2A 3TMWA 4FJRA 5LVJA 3WVXA 1WTNA 4LT3A 3A6BY 5F16A 4HJVA 4CGEA 5KJ9A 1CJ7A 4RLMA 4WM6A 4QGZA 2G4NA 1B7OA 4YF2A 2YBHA 1EL1A 1OUBA 3AJNA 5KXLA 135LA 1IY4A 1LMCA 2BAAA 5I5QA 1LZ9A 1UACY 1E8LA 4NGKA 4XADA 4DDBA 1LSDA 2FBDA 1B7NA 1HEWA 3IJVA 6LYTA 4DC4A 4AXTA 1IP2A 1KXXA 2BQDA 4HTKA 5KY1A 2FYDA 4XYYA 3EO5A 5DN4A 2MEBA 1REYA 2DQFC 3B0IA 3RU5A 1N4FA 4PJ2C 4DD7A 4NG1A 4HTNA 1I20A 1RI8B 1IP1A 4BS7A 4J0LA 3AGIA 1C46A 1C45A 4HSFA 1CKCA 1JSFA 1CJ8A 3OK0A 4ML7A 2H9JA 1BWHA 1LOZA 3RT5X 4HPIA 2HEBA 1WTMA 2CGIA 1DQJC 1AT5A 1GB9A 4H93A 2ZQ4A 2I25L 1LKSA 1B0DA 1JSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FKVA 149LA 3CSQA 1H6MA 5KXRA 3VW7A 194LA 3WVYA 1XEJA 1UIAA 2BQCA 1TEWA 1JKCA 2Z39A 1JPOA 4Z98A 1SWZA 109LA 1LHJA 3DKEX 1GAYA 1L64A 3GUIA 1SSWA 2W1YA 209LA 1BB7A 2HULA 3LYTA 4A7DA 5KXOA 2B7XA 1L0JA 3DMVA 4WLXA 1C6FA 5FDJA 145LA 1D0LA 1L85A 1P36A 1GE2A 1JISA 4WG1A 122LA 3WXTA 3B0KA 1L61A 4OOOA 1CJ6A 4PJZA 1D0KA 5F81A 5II3A 2B74A 4CFOA 3A8ZA 4NWEA 1DYDA 4II8A 4WG7A 1LZ4A 252LA 4G4BA 4TSCA 1OVHA 1FLQA 1JIYA 1P3NA 1W08A 4H91A 3GUMA 1IOQA 1CU0A 1L50A 1JTPL 1CX6A 8LYZA 1C6MA 1L81A 5F14A 1C63A 4H8XA 3JR6A 1JTNA 3J4GA 3DN3A 1L94A 1KY0A 3G3VA 1L75A 1LZBA 1GBYA 5I54A 5LAFA 1GFEA 1L06A 1HEMA 3HH3A 1GB6A 3NYAA 5IHGA 2RBPA 1CKHA 1OUHA 4ARMB 4H92A 1L01A 3RW8A 152LA 1IEEA 2D4JA 3HBHA 1QS9A 4G9SA 1NBYC 3IJUA 1P2RA 5M1YA 1L84A 4ARMA 2Z19A 183LA 1C6JA 1GF4A 2N5ZA 2HU1A 181LA 5DN5A 1HFYA 2Z6BA 4P2EA 5KXYA 1GF6A 3A3RX 2Z12A 1CU3A 3EBAB 1L56A 1SWYA 1J1PY 1CVKA 1L62A 5L3IA 1LI3A 5LA8A 2EIZC 4ETCA 1JJ1A 161LA 1KIPC 1LW9A 1WQNA 5LVIA 1CV6A 3HFMY 1WTHA 164LA 1C69A 4EMNA 1XGTC 1G0MA 4W58A 2IGCA 4IASA 4NGVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FKV A;  4HJY A;  3CSQ A;  5B07 A;  3P64 A;  1IC4 Y;  4TUN A;  1H6M A;  1LZ6 A;  5KXR A;  1LJK A;  2DQG Y;  5ILC A;  4WM3 A;  194L A;  1YAM A;  1T3P A;  3WVY A;  2BQL A;  2F2N A;  4DYG A;  1XEJ A;  2C8O A;  1REX A;  1UIA A;  2BQC A;  4N9R A;  1TEW A;  4OWC A;  3M18 B;  1JKC A;  2Z39 A;  2HU3 A;  1JPO A;  3AW6 A;  1BB6 A;  4NGO A;  4Z98 A;  4R6C A;  1GB5 A;  5LAG A;  2DKV A;  4C5F A;  1LZ8 A;  1DI3 A;  2ZNX Y;  1VDT A;  3WYH A;  1NKH A;  4HTQ A;  5LYZ A;  5HNC A;  1LHJ A;  1LSZ A;  1HER A;  2YVB A;  3OJP A;  9LYZ A;  1GAY A;  4WM5 A;  1LJG A;  3WPK A;  4Z46 A;  4GCF A;  4CHX A;  2D91 A;  2DBT A;  2W1Y A;  5KXM A;  5DLA A;  2LYZ A;  1BB7 A;  2IFF Y;  4NEB A;  1EQ4 A;  1J1O Y;  3LYT A;  4A7D A;  5KXO A;  5A3Z A;  4PRQ A;  1QUT A;  1XGR C;  1JUG A;  4WLX A;  5FDJ A;  4ANR A;  1B7M A;  1D0L A;  1JTO L;  5APE A;  1GE2 A;  3G3B B;  1JIS A;  3A96 A;  1IX0 A;  1MLC E;  4H9B A;  4WG1 A;  4N8Z A;  2DQE Y;  3WXT A;  1V7T A;  3B0K A;  3ULR A;  4TSB A;  4OOO A;  1CJ6 A;  4DD1 A;  4H9F A;  2BQJ A;  5LVK A; 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 4YEM A;  3WU7 A;  4LT0 A;  5FHW A;  2W1M A;  2IHL A;  3A6C Y;  4NGL A;  3P65 A;  4D9Z A;  4E3U A;  1B5W A;  2HEF A;  1AM7 A;  2BQG A;  3HBE X;  1IOT A;  4G4C A;  2CWI A;  1KXY A;  4UWU A;  1O23 A;  1IWT A;  1TBY A;  1C08 C;  1YAN A;  4XJI A;  2FBB A;  2H9K A;  2VB1 A;  4TWS A;  3WPL A;  4B49 A;  3TMV A;  1HEQ A;  4KT3 A;  4CJ2 A;  3AZ4 A;  2F4A A;  1XGP C;  1GFA A;  1HHL A;  2RSC A;  2ZIJ A;  4NSH A;  1IP5 A;  4LYZ A;  2Z38 A;  1F10 A;  4R0F A;  4CFP A;  1IIZ A;  208L A;  3WUL A;  207L A;  3LZ2 A;  3TMW A;  4FJR A;  5LVJ A;  3WVX A;  1WTN A;  4LT3 A;  3A6B Y;  5F16 A;  4HJV A;  4CGE A;  5KJ9 A;  1CJ7 A;  4RLM A;  4WM6 A;  4QGZ A;  2G4N A;  1B7O A;  4YF2 A;  2YBH A;  1EL1 A;  1OUB A;  3AJN A;  5KXL A;  135L A;  1IY4 A;  1LMC A;  2BAA A;  5I5Q A;  1LZ9 A;  1UAC Y;  1E8L A;  4NGK A;  4XAD A;  4DDB A;  1LSD A;  2FBD A;  1B7N A;  1HEW A;  3IJV A;  6LYT A;  4DC4 A;  4AXT A;  1IP2 A;  1KXX A;  2BQD A;  4HTK A;  5KY1 A;  2FYD A;  4XYY A;  3EO5 A;  5DN4 A;  2MEB A;  1REY A;  2DQF C;  3B0I A;  3RU5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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