1OUH | Genus

Total Genus 53

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	53
sequence length	130
structure length	130
Chain Sequence	KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAANACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__833216678757687__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__833216678757687__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1ouh/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__833216678757687__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"833216678757687","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1ouh/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__833216678757687__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfbc0a8a9fe6971e1f45977/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfbc0a8a9fe6971e1f45977/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfbc0a8a9fe6971e1f45977/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfbc0a8a9fe6971e1f45977/pdb.gz): 595 ms

reading 130 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

130 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:129});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase (o-glycosyl)
source organism	Homo sapiens
publication title	Contribution of the hydrophobic effect to the stability of human lysozyme: calorimetric studies and X-ray structural analyses of the nine valine to alanine mutants. pubmed doi rcsb
molecule keywords	LYSOZYME
total genus	53
structure length	130
sequence length	130
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	1996-08-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1ouhA00

4HSFA 4HV1A 5D5FA 1LJKA 2D91A 2LYOA 1LZ5A 4YENA 1WQPA 1W08A 132LA 3AJNA 1NQIA 4KT3A 5APCA 1DZBX 3WU8A 1LPIA 1GF4A 2BQBA 2Z37A 1OUDA 1GFUA 2FBBA 2RSCA 2WARA 4XYYA 1GBXA 2EPEA 4DT3A 1DKKA 1QUSA 3OJPA 2HEBA 4I0CA 1LZRA 1B5ZA 3A94A 4BADA 2MEBA 1YL1X 208LA 1QTKA 4W96A 3IWRA 1B7LA 4N1EI 5II3A 5IDDA 1IWVA 2HU1A 1B7SA 1AKIA 3QY4A 1JJ3A 4LGKA 1LJJA 1UA6Y 4GCEA 3ULRA 1KXXA 1BB5A 2X0AA 3RT5X 3WU7A 4H90A 1GB2A 4IJ4A 1INUA 1IR9A 1XEIA 1JKCA 2HTXA 3KAMA 5DM9A 2ZNWY 4W94A 1IWYA 1LMTA 5HNLA 4H8YA 4ANRA 3P65A 1RI8B 1OUJA 1LSDA 1IOSA 4ETCA 1P2CC 1GXXA 1NBYC 4QY9A 2MEDA 1GFVA 1LJ3A 3WL2A 1LYSA 3WUNA 4RDSA 3WVYA 4WO9A 1BWHA 1KIPC 4WO6A 4DD3A 1WTMA 4G4CA 4XJDA 2HECA 1DI3A 4Z46A 5C6JA 1LZ8A 1LZCA 1UIGA 4UWNA 4NGLA 1G7JC 3FI7A 3RNXA 1IP7A 4GLAA 3A92A 1ALCA 1GBSA 2DQAA 4EOFA 1IOTA 3W6FA 3J4GA 1LSEA 1LSGA 1N4FA 1B5UA 4WLXA 1LCNA 3RW8A 154LA 1BWIA 1YAQA 2W1MA 4WM3A 1JPOA 1V7TA 4NHSA 3QNGA 1OUHA 4RLNA 3B72A 3TXJA 4HPEA 3A3RX 4NWHA 1IOCA 4R6CA 4C5FA 4NG1A 4NY5A 1C43A 3B0KA 3P68A 2YBNA 3AW6A 1J1PY 3K3TA 1LSZA 1LSYA 4FJRA 4NGWA 4H8ZA 4C3WA 2BQKA 1C08C 5FSTA 6LYTA 3TXFA 5F9UA 1KXYA 1H87A 1IX0A 2F4AA 4R0FA 4E3UA 4H93A 2Z19A 4ET9A 1GF6A 1GFJA 4WG7A 1CJ6A 4GN5C 4ETBA 5HLLA 1OUEA 1EQEA 2IFFY 1IP3A 4I8SA 1CKGA 4B4EA 1AT5A 5F14A 1A2YC 1T6VL 5LINA 1OP9B 4H1PA 1XEJA 3D9AC 1LMOA 1FN5A 1VEDA 4WLTA 2CWIA 1FBIX 4TUNA 4KL7A 5KXPA 1AT6A 1QDTA 2F4GA 4YEMA 5JENB 1SLYA 5KXMA 1YANA 5APFA 5DN4A 3G3BB 1C46A 1UC0A 2B5ZA 1IWXA 3N9CA 2G4QA 1G7HC 4GN3A 1LZ9A 1T3PA 4N8ZA 1IO5A 134LA 1JISA 3ZVQB 2A7DA 1YKZX 1XGPC 3W3EA 1GF7A 2HU3A 1IC4Y 5I4XA 2LZ2A 1HSWA 3CT5A 3MGWA 5KY1A 4NGYA 1TCYA 4DDAA 4LT2A 5K7OA 1JKBA 2CDSA 4B49A 1YAOA 5DLAA 2Z12A 4LYMA 2I25L 2DKVA 1GFEA 5LYTA 1LZAA 4G49A 4UWUA 1IVMA 1IR8A 2Y8PA 5L3HA 1WQRA 3F6ZA 1YKXX 4LYOA 1UBZA 4WLYA 1UCOA 4LYZA 4BS7A 1UICA 1CKFA 4NHTA 4LFPA 5AMYA 2BAAA 5IHGA 1RFPA 1HMLA 2MEFA 5FELA 2C8PA 5EBHA 1VDQA 4CHXA 5B59A 1LZYA 1FLQA 4A7DA 1B5WA 2D4IA 2BLXA 2ZQ3A 1HF4A 4TWSA 5KXWA 3EBAB 3A90A 1B0DA 1HENA 1HEMA 1BQLY 2GV0A 1GDWA 3BKHA 3FE0A 4XJGA 1XEKA 1GB7A 1JWRA 4H9AA 5J7CA 1BGIA 1LMCA 5FDJA 3LYMA 1REMA 4PPOA 1HEOA 3WU9A 4YOPA 2AUBA 4ETDA 1GFGA 6LYZA 1LYYA 1C7PA 2DQIY 3A96A 1LJ4A 4H9CA 2HEAA 4LFXA 4TSCA 1HC0A 2Q0MX 1GE1A 5FCPA 1HFZA 3CT0A 2Z2FA 4YM8A 3D3DA 4OWAA 1LKRA 2ZQ4A 1TBYA 4WOAA 2YBHA 5LA8A 4N5RA 1HMKA 1D0KA 4NHQA 4M6DA 1TEWA 1PZYA 1DQJC 1AM7A 1YILA 2FBDA 4N1CC 4XJHA 4DD1A 3B0OA 1LZBA 4BAFA 4PGJB 4CFPA 1JTPL 4NFVA 4NGKA 1B7RA 1GFTA 1IWZA 4WL7A 1LZDA 3B6LA 1IC5Y 5M1YA 1LTMA 2NWDX 5APDA 5B1GA 1B9OA 3LYTA 3TXBA 1GE0A 5LVKA 5C6IA 1ZVHL 1GF8A 3CB7A 1KXWA 4G4BA 1F6RA 1LSPA 3LZ2A 4NIJA 1IY3A 4NSJA 1QQYA 7LYZA 3N9AA 1QSAA 3A6BY 4LZTA 4EMNA 5L9JA 1GAYA 1HEWA 3A67Y 4GCFA 2MEHA 4BAPA 3ATOA 4HJYA 1BHZA 1IR7A 1NF5A 1F0WA 5B06A 5HMVA 1IC7Y 1GBOA 1GFRA 194LA 1LZGA 2H9JA 4HTQA 5KXXA 1QUTA 3LYZA 1J1XY 5LA5A 4IASA 1QIOA 2BQMA 4GN4A 5F81A 1UIAA 4DWXA 3E3DA 4LT3A 1YAPA 1GBYA 1YAMA 1D6QA 1JEFA 1WVUA 1B7NA 2YDGA 3WXUA 4HPIA 2D4KA 5HNCA 2BQNA 3LYOA 1NHEA 3W6CA 1LKSA 4FDYA 4H9FA 133LA 3AZ5A 4H9BA 3W6EA 1QDRA 5B07A 4B4JA 1DKJA 1NBZC 3CSRA 4Z98A 2D6BA 2BQOA 3A6CY 3AZ7A 5LYZA 5E9RA 193LA 1UIHA 4NHPA 1DPXA 3RZ4A 1LHJA 5F16A 3ATNA 2EKSC 4LYTA 4XJFA 1JJ1A 3A91A 5B05A 2ZIJA 4XN6A 1E8LA 1G7LC 1HHLA 1J1OY 1LZNA 4Z3MA 2I26L 4RW1A 1W6ZA 2HUBA 3HBEX 5FHWA 3EO5A 3IJUA 3ZVQA 1JUGA 1OUGA 1RJCB 2BQAA 2W1LA 1GB5A 4WG1A 1SQ2L 4XENA 4H91A 1F10A 1GPQC 5APEA 4CJ2A 1I1ZA 2Z38A 2N5ZA 3AYQA 2MEEA 2BQIA 3GXRA 4J0LA 2DQHY 1BB3A 4XADA 1LMPA 5T3FA 3TXDA 1NDGC 2G4NA 4PRUA 3TXHA 1WQMA 3WW5A 1LJNA 1EL1A 2XBRA 1ZV5L 3AGIA 3WULA 4NHIA 3LZTA 4ETEA 3TXEA 1UIDA 1JKAA 5FEKA 1FKQA 4YF2A 1WVVA 5KXZA 1OUIA 1XFPL 4PRQA 4WM4A 1IP4A 5KXTA 1DI5A 2DQCY 4G9SA 2CGIA 3A34A 2YBMA 2ZYPA 3WVXA 4CFOA 1LMAA 1LSNA 1LZ6A 1UIFA 4J7VA 4XJBA 2XTHA 2LHMA 1XGRC 1G7MC 4KXIA 9LYZA 1D9UA 2XBSA 3TMWA 1IP2A 1VDPA 1JTOL 4KPMA 2ZIKA 1BWJA 3WPKA 1IP5A 1YROA 4NGZA 4NGOA 1GWDA 1LZ4A 3HFMY 2YBIA 2BQDA 2ZNXY 5ILFA 3P66A 1WQNA 4M4OA 1JSEA 4TX7A 5LXWA 1GAZA 1GE4A 1UUZC 3HBDA 4DD7A 1BB7A 1LJIA 1MLCE 1UIBA 2LYMA 2VB1A 5F9XA 1WQOA 2YBLA 5KJ9A 1CKDA 2A7FA 4YEOA 1DI4A 1EQ5A 207LA 4RLMA 4H9EA 1CJ7A 3QE8A 4GCDA 4OW1A 3OK0A 4WLDA 1GB8A 1B7MA 1V7SA 1JTTL 4H9HA 2BQCA 3WXTA 1H6MA 1YQVY 1NKHA 1LJEA 1LJGA 2BQGA 3J6KA 3A95A 1UIEA 2MECA 5IELA 1BVXA 3WPJA 1XGUC 1HSXA 2LZTA 1REXA 3A93A 2BLYA 4LT0A 5KXLA 4GCCA 4II8A 3AGHA 5HQ1A 1F6SA 2BQEA 3AGGG 4WMGA 4P2EA 1GEVA 2D4JA 1LMNA 4ETAA 2MEAA 1GD6A 1FKVA 1BB4A 1G7IC 2I6ZA 3CSQA 5B1FA 1VDTA 2G4PA 2ZILA 1XGTC 1GXV2 4LYBA 4PHIA 3LHMA 4PJ2C 5KXNA 1OUFA 4ZFPA 4G4HA 1IWTA 2HEDA 3BKVA 5I4YA 3VWOA 2EIZC 4N0JA 1GDXA 1HERA 1IP6A 3TMXA 1XSFA 3N9EA 1LSBA 1HEQA 4U3XB 4RW2A 1YKYX 4O34A 1NMMA 1GFKA 1LZSA 4DDCA 1B5YA 1JHLA 3AZ4A 3W6DA 3EMSA 4HJZA 5LVHA 1XGQC 5LYMA 2Z39A 1LJFA 4XJIA 1HNLA 2DBTA 5I53A 1DXJA 1GE3A 8LYZA 1MELL 1A4VA 1IP1A 1GF0A 1KIRC 1C10A 1GEZA 4H8XA 1GB9A 1NWGA 3TMUA 3T36A 1REZA 4AGAA 1FLUA 4HTNA 4NEBA 1FDLY 3A8ZA 4ML7A 1B7QA 2W1XA 1CJ9A 4DYGA 2PC2A 4OWHA 1UACY 1LZEA 3G3AB 1CNSA 2IHLA 4D9ZA 4ET8A 1IWUA 1PS5A 5LVJA 1VATA 3LN2A 1FLWA 4NSIA 4MCKA 4J1AA 5I5QA 5C6LA 3WPLA 2LYZA 1LHHA 1D0MA 1LHMA 1IY4A 4NSHA 2Z2EA 1O23A 3CSZA 3W6AA 3WUAA 1JITA 153LA 5KXOA 4WM2A 5LVIA 4DDBA 1JKDA 4ZIXA 1WQQA 1GB0A 2EQLA 5I54A 5ILCA 4MSTA 5KKJA 1HFXA 3IJVA 4WL6A 3W6BA 2H9KA 4LT1A 1D6PA 4OOOA 4ZEEA 1D0LA 4NWEA 4DD9A 2DQJY 4WM1A 4B4IA 5LVGA 5KXKA 3WW6A 3EXDA 3WH1A 4QEQA 5LAGA 3M3UA 1JSFA 3TXKA 4X3BA 3AB6A 1GBZA 4N9RA 1GB3A 2MEIA 4GLVA 1ZVYB 1LZTA 3M18B 1LHLA 3AZ6A 1GF5A 1AZFA 1GHLA 5DN5A 1B5XA 2BQFA 4HP0A 5I4WA 1B7PA 1NDMC 1I20A 2YVBA 5KKIA 4QGZA 4QDNA 3SP3A 2BPUA 4Z41A 3P64A 1CKHA 3A3QA 3HBHA 4L41A 3CQLA 1OUBA 5L3IA 1GF3A 4WM5A 3RU5A 4CGEA 4TSBA 4AXTA 1LZ1A 1C45A 4OOTA 4HV2A 1LYOA 4OWCA 1JIYA 1GF9A 1GE2A 1B7OA 4NG8A 4J1BA 1HFYA 1LMQA 2W1YA 2Z18A 4NGJA 2BQLA 1GFAA 1TAYA 1WTNA 4OWBA 1QSWA 1LJHA 3TXIA 2YBJA 2BQHA 4NGVA 3ZEKA 1IOQA 1REYA 4TTDA 5D5CA 2BQJA 3CT1A 3T6UA 5DL9A 1DPWA 1FLYA 2DQEY 3WMKA 1GFHA 4MR1A 1BVKC 2H5ZA 4OWEA 1VFBC 1LHIA 4WM6A 1IORA 1VAUA 4B1AA 1QTEA 1HELA 1LSCA 1IEEA 1OUAA 1HEPA 1LSFA 4DC4A 1GBWA 4NGIA 1IIZA 1Z55A 1LYZA 5LIOA 2DQGY 1OUCA 4H9IA 1VDSA 4NSGA 1LHKA 3TMVA 4H92A 4HTKA 2XJWA 5E4PA 2F30A 5A3EA 5KXSA 2YSSC 1EQ4A 3B0IA 1LOZA 4UWVA 2HEFA 4DD0A 3TXGA 1YL0X 1JJ0A 2FYDA 1LSAA 1GB6A 1BB6A 4HJVA 1B5VA 1ZMYL 2MEGA 3AW7A 4H94A 1TDYA 2FYCA 1RE2A 5KXYA 2CJLA 4IATA 5A3ZA 2HEEA 1IWWA 4LYCA 2DQDY 135LA 1OQMA 2ZWBA 5KXRA 4DD2A 3GXKA 5HMJA 1CKCA 5LAFA 2C8OA 1B2KA 1I56A 1KIQC 1CJ8A 1YIKA 2DQFC 3WYHA 4B0DA 1LSMA 1RCMA 2F2NA 2ZYCA 3WUMA 4GCBA 1LAAA 3P4ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HSF A;  4HV1 A;  5D5F A;  1LJK A;  2D91 A;  2LYO A;  1LZ5 A;  4YEN A;  1WQP A;  1W08 A;  132L A;  3AJN A;  1NQI A;  4KT3 A;  5APC A;  1DZB X;  3WU8 A;  1LPI A;  1GF4 A;  2BQB A;  2Z37 A;  1OUD A;  1GFU A;  2FBB A;  2RSC A;  2WAR A;  4XYY A;  1GBX A;  2EPE A;  4DT3 A;  1DKK A;  1QUS A;  3OJP A;  2HEB A;  4I0C A;  1LZR A;  1B5Z A;  3A94 A;  4BAD A;  2MEB A;  1YL1 X;  208L A;  1QTK A;  4W96 A;  3IWR A;  1B7L A;  4N1E I;  5II3 A;  5IDD A;  1IWV A;  2HU1 A;  1B7S A;  1AKI A;  3QY4 A;  1JJ3 A;  4LGK A;  1LJJ A;  1UA6 Y;  4GCE A;  3ULR A;  1KXX A;  1BB5 A;  2X0A A;  3RT5 X;  3WU7 A;  4H90 A;  1GB2 A;  4IJ4 A;  1INU A;  1IR9 A;  1XEI A;  1JKC A;  2HTX A;  3KAM A;  5DM9 A;  2ZNW Y;  4W94 A;  1IWY A;  1LMT A;  5HNL A;  4H8Y A;  4ANR A;  3P65 A;  1RI8 B;  1OUJ A;  1LSD A;  1IOS A;  4ETC A;  1P2C C;  1GXX A;  1NBY C;  4QY9 A;  2MED A;  1GFV A;  1LJ3 A;  3WL2 A;  1LYS A;  3WUN A;  4RDS A;  3WVY A;  4WO9 A;  1BWH A;  1KIP C;  4WO6 A;  4DD3 A;  1WTM A;  4G4C A;  4XJD A;  2HEC A;  1DI3 A;  4Z46 A;  5C6J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1OUHA

Total Genus

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Chain Sequence

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