1REXA

Native human lysozyme
Total Genus 51

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TVIII1 (86-89)TI'1 (36-39)3H4 (122-124)AH1 (5-15)TII1 (17-20)O1 (6-128)AH3 (89-100)AH2 (25-36)TI4 (55-58)S1 (43-46)TI3 (47-50)S2 (51-54)TI2 (46-49)TI5 (60-63)TIV1 (67-70)S3 (59-60)TI6 (61-64)TII2 (70-73)TI7 (75-78)S4 (65-66)S5 (79-80)3H2 (81-84)3H3 (105-108)AH4 (110-116)TII4 (125-128)3H1 (20-22)TIV2 (102-105)TII3 (116-119)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
publication title Origin of carbohydrate recognition specificity of human lysozyme revealed by affinity labeling.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1rexA00
1GF7A 4PRUA 1IOSA 1WQPA 2H9KA 1LZSA 1LOZA 2BQOA 4PHIA 2ZNWY 1G7LC 1H87A 1GF0A 4GCDA 4LFXA 1JPOA 1VATA 2FYCA 2HEFA 6LYTA 1YAMA 1GE0A 2C8PA 2VB1A 2YBJA 2N5ZA 4RLMA 1FLUA 4XENA 7LYZA 3HBDA 1LYSA 2MEHA 1FLQA 2YSSC 1C46A 3F6ZA 2ZQ3A 3WH1A 4HTQA 2Z18A 3RNXA 2D6BA 1QUTA 1LMOA 1V7SA 3D9AC 1LKRA 3D3DA 4RW1A 4H9AA 3WXUA 1XEKA 4XJBA 4XJDA 1GBSA 4GCFA 5D5FA 3CT5A 3M18B 4H9BA 4LT1A 3HBHA 2MEAA 1C45A 2BQBA 4LYMA 2CJLA 4R0FA 1FLWA 4NHQA 3WU7A 2Y8PA 5B06A 5I4YA 1N4FA 3WYHA 2Z38A 1LSGA 4NHIA 5KXSA 1FLYA 4II8A 4R6CA 4HPEA 1CJ8A 2WARA 3G3BB 4GN4A 4QEQA 5LAGA 1GBOA 5K7OA 5LYTA 1IWVA 3W6CA 4GCCA 4XYYA 3CB7A 1GF3A 1OUBA 5HLLA 3LYTA 4P2EA 1LTMA 3A6CY 4ET9A 2DQJY 2MEBA 3SP3A 2G4PA 5LVJA 1GF6A 4XJHA 1QQYA 132LA 1LZ1A 2BQAA 1DPXA 1WVUA 1IP1A 1QSAA 1VEDA 2ZILA 2HECA 2BQKA 1B5YA 4J1AA 4EMNA 3LN2A 2MEGA 3TXBA 1GBZA 1B7OA 4LYTA 4E3UA 4WM6A 1GFTA 1V7TA 3A93A 3TXEA 1MLCE 3TMVA 3A8ZA 3QY4A 3RT5X 4LGKA 1JISA 1BB7A 1J1XY 5IHGA 4QY9A 2IHLA 1GAYA 5LYMA 1FBIX 1HMLA 1YAPA 1GB5A 1OP9B 1LJ3A 2LHMA 2W1LA 1UACY 2DKVA 4DDBA 1AT5A 1LJ4A 4LYBA 3TXFA 1IY3A 3WULA 2I6ZA 4BAPA 5B1FA 1F0WA 1UIAA 1AT6A 1VDTA 1B5ZA 5APDA 1HFYA 4UWNA 5IDDA 1LZ4A 1GFUA 1INUA 4NGOA 4H9FA 5F16A 3WPLA 1GHLA 4NGKA 1E8LA 3GXRA 2BQNA 2RSCA 5KXKA 1GFKA 4HV2A 4M4OA 1XGQC 4HV1A 4NHPA 1BHZA 1IR8A 1XSFA 1OUAA 2MEDA 5I5QA 2PC2A 1IWZA 1VDSA 3AZ4A 3RZ4A 1B2KA 2F4GA 1G7JC 1IWWA 1LSNA 1JEFA 1GFAA 2FBBA 3LZ2A 1LSFA 1W08A 4ET8A 1REYA 3RU5A 4EOFA 1JWRA 4TSBA 2DQGY 1KXXA 2XBSA 4NGLA 3WW5A 1HELA 4WL6A 1ALCA 2D91A 6LYZA 1YL1X 1H6MA 1D0MA 1RCMA 1GEZA 1TEWA 1JITA 1JJ1A 1GFHA 3OK0A 2BQDA 1FKQA 1LZEA 1B7PA 1LZNA 3BKVA 4TTDA 1QDRA 3WW6A 3A3RX 1D6PA 1GF8A 3ZEKA 4LYOA 2XTHA 4B1AA 1JJ3A 4DT3A 1YQVY 1PZYA 1JJ0A 1ZVHL 2YDGA 2Z37A 3QE8A 4PGJB 1NDGC 3HBEX 4HJVA 4UWUA 4B0DA 5HNCA 3WUAA 4CFOA 3B0KA 1OUFA 4C5FA 2GV0A 2Z12A 1HC0A 1CKCA 1DI4A 1NMMA 1OUCA 5B05A 2Z39A 4X3BA 4TX7A 3J6KA 5C6IA 3QNGA 1B7SA 1GB2A 1JKCA 4OWHA 4TSCA 5DN4A 4XN6A 1JIYA 3TMWA 3ULRA 1OUJA 4NSHA 3P66A 1KXYA 2Q0MX 1GFVA 3HFMY 5DM9A 4IATA 4OOTA 2HEEA 4ETCA 1B7MA 3CT0A 2YBHA 1LZAA 3TXDA 3G3AB 4G4CA 4GCEA 1REXA 4NG1A 3A90A 1LZ6A 4WMGA 1IWUA 5FELA 2HEDA 3W6FA 5HMJA 4GLAA 3WL2A 1LSEA 3A34A 2ZQ4A 1LJGA 153LA 4ETAA 4YM8A 2BQFA 3A94A 2C8OA 5DLAA 4H92A 3AGGG 1GPQC 1MELL 5APFA 1B7NA 4H91A 1UCOA 4MCKA 2YBNA 4N8ZA 2HEAA 1LHMA 4DDAA 1GE4A 1IY4A 1LAAA 1NWGA 1F10A 3ZVQB 1KXWA 1LMQA 5HQ1A 1UIEA 2YVBA 2HU1A 1C43A 4OWCA 4U3XB 5HNLA 1VFBC 9LYZA 1IP3A 2CGIA 2ZWBA 4AGAA 1O23A 1I1ZA 1AKIA 2A7FA 4ZEEA 135LA 4HTKA 1BQLY 4PRQA 5LYZA 4DD1A 1YANA 1BWHA 5KKJA 5APCA 1GFJA 1LHKA 5FHWA 4H8YA 1HERA 2MECA 1LJKA 2BPUA 4NGIA 4UWVA 5KXNA 3WVXA 1HEWA 4H9EA 3AB6A 1W6ZA 1BB4A 3P64A 5I54A 3EO5A 4HPIA 4YF2A 1EQ5A 2EPEA 3BKHA 4NEBA 4OOOA 4YOPA 1RI8B 3AW6A 1EL1A 5EBHA 1LKSA 1YKXX 3TXJA 1NBYC 3A95A 4NGZA 1GAZA 1BGIA 2BQGA 1IVMA 3CSQA 2DQFC 1GBXA 4GN3A 4NGYA 2W1YA 1IWYA 4Z3MA 1IOCA 4OWBA 1F6RA 1DKKA 3TXGA 2DQAA 4CJ2A 1XGPC 4NHTA 4M6DA 5F9XA 4MSTA 1D6QA 1DI5A 1BB3A 1YILA 4DD9A 5FSTA 1GD6A 1WTMA 193LA 4NY5A 3OJPA 3WU9A 5D5CA 1HEPA 4ZIXA 3IJVA 4OWEA 4KT3A 5B07A 2DQCY 1OUGA 5JENB 1TAYA 1IR9A 1HENA 3IJUA 1UA6Y 4WO9A 3ZVQA 3W6AA 1BVKC 5LVIA 1QSWA 1IR7A 1SQ2L 2HUBA 3W6BA 3AZ6A 5KXOA 1LCNA 2EKSC 1JKAA 4LFPA 4DDCA 1GB9A 2H5ZA 1TBYA 5APEA 1P2CC 1BB5A 3AZ7A 1RJCB 2F4AA 1IO5A 1EQ4A 1LZBA 2BAAA 4KXIA 3N9CA 1IWXA 1GB7A 4NWEA 4DC4A 2MEFA 5AMYA 5DN5A 4J1BA 1KIRC 1XGUC 1UIHA 1TDYA 4H94A 3T6UA 3TXKA 1IP4A 4NSJA 4BS7A 4G4HA 4W96A 1WQRA 4FDYA 2BLYA 5B1GA 1QIOA 4ANRA 1LHHA 2H9JA 1LJJA 3TXHA 5KXMA 4Z46A 2D4KA 4XJGA 1B0DA 194LA 1GF5A 1XFPL 1RE2A 3N9AA 4PPOA 2BQEA 1CJ7A 1LJFA 4HJYA 4WO6A 4N1EI 5KXZA 1GE3A 1HEMA 1IP6A 1J1PY 3MGWA 1FKVA 1IEEA 2BQJA 4WM5A 1G7IC 1IP5A 1LSCA 1VDPA 1ZVYB 1OUDA 3FI7A 1LYOA 1NBZC 1G7HC 1JUGA 4OW1A 2FBDA 1C7PA 4WLDA 1GDWA 1CKHA 1IC5Y 5A3EA 3A3QA 1OQMA 1B9OA 1GBWA 4ETDA 5E9RA 1LYYA 4ETBA 2LYZA 3AZ5A 4LYCA 1XGRC 4O34A 5T3FA 1LZDA 4WM1A 1LJIA 4GN5C 1BWIA 5C6JA 5I53A 2ZNXY 2HU3A 1LSPA 1CJ9A 1IOQA 4DWXA 4YEMA 1ZV5L 3ATOA 4D9ZA 1OUHA 1LHLA 1DZBX 3LHMA 3LZTA 3N9EA 1LSYA 4NWHA 3A96A 4Z98A 1CKDA 3KAMA 4N0JA 4TWSA 3CQLA 4HP0A 4IJ4A 3AGHA 3WU8A 5A3ZA 4HSFA 4QDNA 1HFZA 2ZYPA 1WQNA 1QDTA 2CWIA 1LZ8A 1C08C 4W94A 1UC0A 2B5ZA 2W1XA 1QUSA 1JKDA 1LSDA 3LYOA 4WM2A 5FCPA 2MEIA 8LYZA 1LMPA 1LSZA 4NHSA 4LT2A 5L3IA 133LA 1GXXA 2LZTA 4YEOA 4B4IA 1GDXA 3LYZA 4MR1A 4WL7A 4NIJA 4ETEA 4I0CA 1YKZX 1XEIA 2MEEA 2Z19A 1NHEA 5C6LA 1UIGA 3LYMA 2Z2EA 4AXTA 1D0LA 1GEVA 1IX0A 2F30A 4CGEA 1NKHA 4H1PA 3EXDA 3W6EA 4WG7A 154LA 1IORA 4G9SA 2DQDY 4G4BA 3WXTA 5FEKA 3EMSA 5KXTA 4BADA 1T6VL 1LJHA 1JTTL 3FE0A 4WLYA 1CNSA 2NWDX 3T36A 5LA8A 1B7QA 4KPMA 5KXXA 1JKBA 1UICA 1B7RA 1LZ5A 3CT1A 4RW2A 2AUBA 1HFXA 4J0LA 4DD2A 4WLXA 4FJRA 1DXJA 3AJNA 3A92A 1OUEA 2DQHY 4HJZA 5LA5A 1WQMA 1LZGA 1GFEA 1LMNA 1LSBA 1DQJC 1B5WA 4RDSA 4LT3A 1G7MC 3J4GA 1UIFA 5I4WA 1GWDA 1LSMA 3WMKA 3AGIA 1KIQC 1YKYX 3P65A 1JSEA 208LA 1AM7A 2BLXA 2W1MA 2IFFY 1IP2A 2BQLA 3A91A 1LHJA 5ILCA 1LMTA 1OUIA 2X0AA 1IOTA 1CJ6A 1F6SA 1PS5A 1FN5A 1REZA 1QTEA 2BQMA 1RFPA 3K3TA 1LPIA 2ZIJA 5LXWA 1GXV2 4N9RA 3W6DA 1LYZA 2BQHA 3P68A 1HEOA 3CSRA 3RW8A 4CHXA 1XGTC 3E3DA 2XJWA 1FDLY 5KXLA 5LVKA 1VAUA 4NFVA 1UIDA 3VWOA 1WQQA 1IC4Y 1IWTA 5F9UA 1ZMYL 1Z55A 4NG8A 3CSZA 2FYDA 5KKIA 1HEQA 4B49A 5IELA 1HSXA 1IIZA 5LINA 3A67Y 4L41A 4Z41A 1LZTA 1NQIA 134LA 1JSFA 3WPJA 1BVXA 4WM4A 2I25L 1DI3A 4NGWA 1NDMC 3GXKA 4KL7A 2LYMA 1HNLA 1B5VA 4N5RA 3IWRA 3B6LA 4LT0A 1LMCA 3WPKA 4HTNA 5KXRA 1GBYA 5KJ9A 3ATNA 2LYOA 1GB3A 4LYZA 1HMKA 1WQOA 2DQIY 1A4VA 2HTXA 4QGZA 1LMAA 4WG1A 5E4PA 5KXYA 1LJNA 1UBZA 1YROA 5HMVA 2Z2FA 4H8ZA 3TMUA 5L9JA 1REMA 5M1YA 4NGVA 2ZYCA 1WTNA 4LZTA 5LIOA 4CFPA 3A6BY 1GE1A 1LJEA 3B72A 1C10A 1EQEA 1JTOL 1GB8A 1VDQA 4PJ2C 4H93A 2DBTA 4NGJA 1GF9A 1GFGA 4I8SA 1J1OY 2DQEY 5KXWA 1LZRA 4XADA 1A2YC 4DD3A 5DL9A 4IASA 1DKJA 4ML7A 5J7CA 1CKGA 2D4JA 2G4NA 4WLTA 3TMXA 4NSIA 5II3A 2EQLA 3W3EA 2ZIKA 4TUNA 1GE2A 1GB6A 4GCBA 5B59A 3AW7A 1YAQA 4NSGA 4WOAA 4B4JA 5L3HA 5KXPA 2LZ2A 4H9IA 1SLYA 4RLNA 1D0KA 3EBAB 2XBRA 4H9CA 3TXIA 3WUMA 5LAFA 5LVHA 1HSWA 4XJFA 1AZFA 1DPWA 1YAOA 2G4QA 4G49A 4GLVA 3B0OA 4WM3A 2I26L 2BQCA 1GB0A 3P4ZA 1IC7Y 1HF4A 4N1CC 1YIKA 3WVYA 4C3WA 2YBMA 2F2NA 1BWJA 1CKFA 5F81A 4YENA 1JHLA 1IP7A 1LSAA 5FDJA 4A7DA 4DD7A 1LZYA 4H8XA 4OWAA 4J7VA 4BAFA 1D9UA 3M3UA 4DYGA 2A7DA 1JTPL 2YBIA 1LZ9A 3B0IA 1LZCA 1HHLA 4XJIA 1B7LA 1TCYA 1KIPC 2HEBA 4B4EA 1GFRA 1B5XA 4DD0A 1BB6A 4H90A 5I4XA 207LA 4ZFPA 1NF5A 1QTKA 1YL0X 2YBLA 5F14A 2EIZC 1B5UA 1WVVA 1UUZC 1XEJA 5LVGA 1LHIA 4H9HA 5KY1A 5ILFA 2D4IA 1UIBA 3AYQA 1I56A 2BQIA 1T3PA 2CDSA 3WUNA 1I20A 1GF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PRUA 4DAJA 3HH4A 1WQPA 2H9KA 1LZSA 1L86A 4PHIA 2ZNWY 1G7LC 1JPOA 1L65A 246LA 1GE0A 1L96A 2C8PA 2YBJA 111LA 192LA 171LA 2RB1X 3DN6A 2YSSC 2OE4X 2D6BA 1L35A 216LA 1LKRA 1LI3A 1KY0A 1XEKA 1PQMA 4GCFA 1L84A 3M18B 147LA 5I4YA 1FLWA 1N4FA 4I7JA 1LSGA 1FLYA 1SX2A 5K7OA 1IWVA 4GCCA 3CB7A 5HLLA 1P56A 3LYTA 170LA 1KY1A 1D3NA 4ET9A 4XJHA 1QQYA 1LZ1A 4ARLA 1L93A 2MEGA 1GBZA 1GFTA 1V7TA 1LGWA 3A8ZA 3RT5X 1JISA 3SB6A 5IHGA 3OE0A 4QY9A 1FBIX 3WULA 5HNCA 2I6ZA 5B1FA 2RBSA 1LZ4A 3DMZA 4NGKA 1E8LA 257LA 2RSCA 5KXKA 1L44A 4HV1A 4NHPA 1G0JA 3NY9A 1BHZA 1XSFA 1OWYA 2MEDA 3AZ4A 1IWWA 1JEFA 1L56A 2FBBA 3OE6A 1LSFA 4GBRB 1W08A 1XEPA 1L64A 4TSBA 1KXXA 3WW5A 6LYZA 4GRVA 4I7QA 1JITA 1JJ1A 1L60A 3BKVA 1CX7A 1D6PA 4B1AA 2HUMA 3RUNA 1YQVY 4DT3A 1PZYA 2IGCA 4UWUA 3QE8A 3HBEX 4CFOA 1OUFA 4C5FA 1CKCA 1DI4A 1NMMA 4X3BA 1P5CA 1JKCA 3HWLA 5DM9A 3HFMY 4ETCA 1B7MA 3CT0A 1LZAA 1DYEA 4G4CA 1REXA 1LZ6A 1CUPA 153LA 1PQDA 4ETAA 3A94A 5APFA 1L87A 3GUPA 1L21A 1GE4A 1NWGA 3UONA 148LE 1L50A 3ZVQB 1KXWA 1JTNA 172LA 1L76A 1P2RA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GF7 A;  4PRU A;  1IOS A;  1WQP A;  2H9K A;  1LZS A;  1LOZ A;  2BQO A;  4PHI A;  2ZNW Y;  1G7L C;  1H87 A;  1GF0 A;  4GCD A;  4LFX A;  1JPO A;  1VAT A;  2FYC A;  2HEF A;  6LYT A;  1YAM A;  1GE0 A;  2C8P A;  2VB1 A;  2YBJ A;  2N5Z A;  4RLM A;  1FLU A;  4XEN A;  7LYZ A;  3HBD A;  1LYS A;  2MEH A;  1FLQ A;  2YSS C;  1C46 A;  3F6Z A;  2ZQ3 A;  3WH1 A;  4HTQ A;  2Z18 A;  3RNX A;  2D6B A;  1QUT A;  1LMO A;  1V7S A;  3D9A C;  1LKR A;  3D3D A;  4RW1 A;  4H9A A;  3WXU A;  1XEK A;  4XJB A;  4XJD A;  1GBS A;  4GCF A;  5D5F A;  3CT5 A;  3M18 B;  4H9B A;  4LT1 A;  3HBH A;  2MEA A;  1C45 A;  2BQB A;  4LYM A;  2CJL A;  4R0F A;  1FLW A;  4NHQ A;  3WU7 A;  2Y8P A;  5B06 A;  5I4Y A;  1N4F A;  3WYH A;  2Z38 A;  1LSG A;  4NHI A;  5KXS A;  1FLY A;  4II8 A;  4R6C A;  4HPE A;  1CJ8 A;  2WAR A;  3G3B B;  4GN4 A;  4QEQ A;  5LAG A;  1GBO A;  5K7O A;  5LYT A;  1IWV A;  3W6C A;  4GCC A;  4XYY A;  3CB7 A;  1GF3 A;  1OUB A;  5HLL A;  3LYT A;  4P2E A;  1LTM A;  3A6C Y;  4ET9 A;  2DQJ Y;  2MEB A;  3SP3 A;  2G4P A;  5LVJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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