1TCY | Genus

Total Genus 51

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	51
sequence length	130
structure length	130
Chain Sequence	KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRFWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__497424505162287__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__497424505162287__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1tcy/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__497424505162287__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"497424505162287","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1tcy/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__497424505162287__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc12e4de8926c64a360147/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc12e4de8926c64a360147/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc12e4de8926c64a360147/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc12e4de8926c64a360147/pdb.gz): 74 ms

reading 130 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

130 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 19 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:129});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase (o-glycosyl)
source organism	Homo sapiens
publication title	Dissection of the functional role of structural elements of tyrosine-63 in the catalytic action of human lysozyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HUMAN LYSOZYME
total genus	51
structure length	130
sequence length	130
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	1992-08-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1tcyA00

4GLVA 2IHLA 1SQ2L 5I4XA 2X0AA 3WH1A 3AJNA 4GLAA 2H9KA 3TMWA 3WU7A 4R6CA 1EQEA 1GF0A 1YIKA 207LA 1BQLY 4TWSA 1JKBA 1GBOA 4NGYA 1GFEA 1A4VA 1VFBC 4YENA 3WUNA 4DYGA 4H9CA 1GF5A 1TCYA 2LYOA 4WL6A 1GB7A 1LOZA 3T6UA 5KXYA 4NHIA 3A92A 3M18B 4H93A 3WXUA 1I1ZA 1VAUA 4J0LA 1LSPA 2MEFA 3WL2A 3WPJA 4CJ2A 1D0KA 4NSHA 1XGTC 4N5RA 133LA 1HELA 3WMKA 2W1LA 1LJEA 2XTHA 2FBBA 1JKDA 2RSCA 4H92A 1NBYC 1EQ5A 1LZNA 3CQLA 3D9AC 4WOAA 3RZ4A 2BQKA 1LMCA 1REXA 4XJIA 154LA 1IR9A 4L41A 4WLTA 2XBRA 4LYOA 4N8ZA 2BQAA 1RE2A 2DQFC 1JJ0A 3G3BB 5F81A 4B0DA 1NDMC 5B05A 4J1BA 4RLMA 1NWGA 2LZTA 2ZQ3A 1VDSA 3ZEKA 3MGWA 132LA 3N9EA 4D9ZA 1LKSA 1G7LC 2BPUA 1CKFA 1JSEA 3CSQA 4NHSA 4OW1A 5KXTA 1UIGA 2MEDA 1CJ7A 4LT1A 135LA 1LSAA 1IIZA 5B1GA 1B5WA 2CGIA 3A8ZA 5HNCA 4B1AA 2Y8PA 1XSFA 1OUJA 2I25L 4ANRA 5KXLA 1LZDA 2D6BA 4Z41A 3LZ2A 2BQFA 3RNXA 2ZIKA 1WQQA 5LA8A 3B6LA 1INUA 1HSWA 5FSTA 1GEVA 1RI8B 2GV0A 4B4JA 2YBIA 4B4EA 4NGJA 4XJGA 4J1AA 1WTMA 1P2CC 3BKVA 5HLLA 1D6QA 1PZYA 1C10A 4LT3A 1SLYA 1FLUA 1XEKA 4PRUA 1LJFA 5DM9A 1J1OY 1IEEA 1XEJA 4G49A 9LYZA 3RW8A 4KL7A 1LSNA 2LYZA 5FHWA 4ETDA 1B2KA 3P4ZA 3LYZA 1NBZC 5IHGA 4LYCA 4GN4A 1LSZA 4WM4A 3TXBA 1D0MA 1QSWA 3AW7A 1GBWA 5APFA 5HQ1A 1UUZC 2ZQ4A 5HMJA 2F2NA 4NSIA 1JIYA 1B5YA 1YAOA 5KY1A 2ZILA 1GFGA 5F16A 1NDGC 5LVJA 5IELA 4QGZA 4OWEA 5LINA 1FBIX 3B0OA 4R0FA 5HMVA 1IP2A 1RCMA 4TUNA 1DXJA 4NHQA 3CT1A 1G7JC 1GF9A 1F0WA 3A3QA 4MR1A 4LYMA 4UWUA 4AGAA 1AKIA 1IOQA 4KXIA 1UA6Y 2WARA 6LYZA 3CB7A 1FDLY 1UC0A 1QTKA 4WG7A 3WW6A 1HNLA 1REZA 1YL1X 1GD6A 2A7DA 2C8OA 1QUSA 1GFJA 2F30A 3E3DA 4MSTA 1CKDA 1ALCA 1HEWA 1ZVHL 4Z3MA 5KXOA 4ET8A 3A34A 1IOCA 2DQJY 3AZ6A 1B9OA 1UIEA 2YBNA 3LYTA 4LGKA 3QE8A 1GFAA 2H5ZA 4WLXA 1LZCA 1GAYA 2I26L 1B7SA 2H9JA 1HF4A 3EXDA 2NWDX 1CKCA 1QDTA 5KXSA 3A91A 3RT5X 1LJJA 1GWDA 4HTKA 1HHLA 1OUCA 4LFPA 1DI3A 1EL1A 1F6RA 1T3PA 2BAAA 1KXYA 4GCCA 1IC4Y 1WQMA 1IP6A 2HEFA 3QY4A 1HEMA 5KXZA 3EMSA 1KIPC 4HJVA 4XYYA 1IP1A 1C08C 1B7MA 2EIZC 4WLYA 5I4YA 5KKIA 2CJLA 4GCDA 1F6SA 1LSYA 2F4GA 4NGIA 1IOTA 1LZBA 1CJ8A 5DLAA 4ETBA 1JKCA 4DD1A 1LYSA 2BQOA 4NIJA 1LZ8A 5M1YA 1IWVA 1JTTL 1Z55A 3K3TA 4PJ2C 3WU9A 4CGEA 3G3AB 2I6ZA 1B7RA 1HFZA 4LYZA 3TXJA 1B7LA 4CHXA 8LYZA 1OUBA 1REMA 1AM7A 4GN5C 1LZ4A 5EBHA 3TXHA 4B49A 3HFMY 1GEZA 7LYZA 1NKHA 1EQ4A 4GCEA 5ILCA 1B7NA 1LAAA 1GF4A 2DBTA 4OWHA 2DQGY 4HP0A 2FYCA 2BQGA 2BQIA 2HEAA 3EBAB 1IWYA 1LHMA 3W6BA 1FLYA 3D3DA 1NF5A 1GBSA 3WU8A 4DD0A 3A6BY 2ZWBA 3AW6A 1GB2A 4Z46A 1LSCA 5AMYA 3N9AA 1GPQC 4H9EA 1GF8A 1LMNA 4DD7A 3LHMA 1LZ9A 5D5FA 1GXV2 3W6EA 1V7SA 4RW1A 5LA5A 5DN5A 1LHJA 1QTEA 4EOFA 3CT0A 1GE4A 1LMPA 1IP3A 1LZSA 4W96A 4WM5A 1BGIA 1DPWA 1KXXA 5LVIA 3M3UA 1J1XY 1LMQA 2DQAA 1RFPA 1OUDA 1B5UA 2D4IA 1GF7A 1LSFA 3TXKA 5IDDA 1OUAA 1OUEA 1LZRA 1TEWA 1MLCE 4UWNA 1GE1A 1H87A 4I0CA 1BWHA 1HERA 5FCPA 3A95A 5C6JA 1HEPA 1UIHA 1XGUC 4DD2A 3A6CY 1LZ5A 1DQJC 3WUMA 208LA 2A7FA 3LYMA 6LYTA 5LVGA 3F6ZA 3TXDA 1DI4A 5APDA 2PC2A 3WPKA 5K7OA 3WVYA 3LN2A 1JISA 2C8PA 5B06A 3TXEA 1KXWA 1T6VL 3GXRA 4NGLA 4WM3A 3N9CA 4DD3A 2W1YA 4H94A 1IWTA 1LJNA 1D9UA 4IASA 4NGVA 4Z98A 3FI7A 4OWAA 4GCBA 2ZYCA 2FBDA 1GFUA 2Z2EA 2LZ2A 4ML7A 1YANA 3A67Y 4NGZA 1LPIA 1LYYA 2CDSA 4PPOA 1WVVA 1LHIA 2B5ZA 1BHZA 1IX0A 1UACY 2MEAA 2HECA 4OWBA 1LSDA 1OUIA 3W6FA 1DPXA 2BQMA 2Z12A 4WMGA 5KXNA 1IWWA 4N1CC 4HPEA 2F4AA 4ETAA 1HC0A 1D6PA 2YBMA 5ILFA 1NHEA 2ZNWY 3IJVA 4XENA 2DQHY 3A3RX 3FE0A 4TX7A 2EPEA 2IFFY 1DKJA 1MELL 4IJ4A 4WM2A 1GFHA 1C7PA 2BQHA 1B7OA 5E4PA 2LHMA 1UIAA 5F9UA 4HTQA 4CFOA 3B72A 1B5XA 4BS7A 4NY5A 1G7IC 1XGPC 2MEHA 5APEA 1C46A 1UIFA 2YDGA 3AZ7A 4G4CA 1G7HC 1I56A 1NMMA 1OUHA 1YAMA 3J4GA 1IP4A 4FDYA 1GFRA 1YKZX 2BQDA 4N9RA 4XJFA 3OJPA 4DDBA 1LJGA 5I53A 4TTDA 1LSGA 2MEGA 1B5VA 1I20A 2BQEA 1WQPA 5LIOA 1F10A 3W6AA 2YBLA 4WM1A 3ZVQB 4NEBA 1LZTA 1FKVA 5JENB 1IR7A 4J7VA 1GE0A 2BQCA 1XGQC 1YKYX 4PHIA 4IATA 4DDAA 2HEEA 4WO6A 1GHLA 1LZYA 4XJBA 1LYZA 5D5CA 1JTOL 5DN4A 4H9BA 5LAFA 4DD9A 1B7QA 3CSZA 5LVKA 1YROA 2BQNA 1REYA 5LYMA 1LJ3A 1B5ZA 4LFXA 2HU1A 1VATA 1JJ3A 4NG1A 1IR8A 1VDTA 2Z38A 1IY3A 1GBXA 1D0LA 4P2EA 193LA 1VDPA 3BKHA 3WYHA 5A3EA 4NGKA 4H9FA 4QY9A 1LZEA 1HFXA 1QDRA 1CJ9A 1ZV5L 2BQBA 4HV1A 1LHKA 2MEBA 3IJUA 4LT2A 4NFVA 4UWVA 4ZFPA 1VEDA 1LZ6A 3LYOA 5LAGA 3HBHA 1GFTA 1LYOA 4DC4A 4FJRA 2DQIY 1BB3A 2MECA 1OUFA 3CT5A 4LZTA 4C5FA 3VWOA 1LCNA 3A93A 5F9XA 2Z19A 194LA 1CKHA 1A2YC 3IWRA 3AGIA 1FN5A 4MCKA 4PGJB 3ULRA 1GXXA 2BQJA 1FLQA 2XJWA 3A90A 3EO5A 3HBDA 3ZVQA 3P66A 1JTPL 1GFVA 4A7DA 2DKVA 1GB3A 1IO5A 4H91A 5KXRA 4RW2A 4U3XB 5I5QA 5I54A 4G4BA 4H9HA 1JKAA 3CSRA 4OWCA 2HU3A 5LYZA 1IVMA 2AUBA 1J1PY 2BLXA 1IP5A 1JEFA 1GF3A 1E8LA 3WULA 1QIOA 2Q0MX 3HBEX 1HEQA 2G4QA 3AB6A 2D4KA 5B07A 2DQEY 4NG8A 1BB7A 4ET9A 4NHPA 4KPMA 2ZIJA 4RDSA 2HTXA 5FELA 1YILA 3GXKA 1AZFA 3QNGA 3RU5A 4NGOA 4WO9A 3LZTA 5I4WA 4BADA 2YBHA 2Z37A 3TXIA 1IC5Y 4I8SA 4HSFA 1YKXX 2YSSC 1XEIA 1O23A 2W1MA 1NQIA 1DKKA 1IOSA 4TSBA 1LSEA 3KAMA 4H8YA 1VDQA 1IWZA 1GE3A 4B4IA 1WQRA 1B0DA 4XN6A 3AZ5A 1JUGA 2CWIA 4X3BA 4NSGA 1LTMA 4HV2A 1CNSA 4PRQA 134LA 1TDYA 1GE2A 2YBJA 1GBYA 2MEEA 4BAPA 3W3EA 1DI5A 1JSFA 1JWRA 4OOTA 5APCA 1C43A 4WLDA 2BQLA 4HJYA 2D91A 1KIQC 5FDJA 1UIDA 2EKSC 1HMLA 1GB9A 1YAQA 4RLNA 3SP3A 3TMXA 2MEIA 4NWEA 1LKRA 1QSAA 4H9AA 1AT6A 1UICA 1WQNA 3TMUA 5KXMA 2Z18A 2Z2FA 1IP7A 153LA 4AXTA 1LSMA 1GDWA 2YVBA 5E9RA 4EMNA 1BWJA 1N4FA 3ATNA 4N0JA 3AYQA 1XFPL 4HTNA 3W6CA 2DQDY 5KJ9A 5LVHA 4YEOA 5FEKA 1LZAA 1HMKA 1GB0A 4NGWA 4WM6A 4YM8A 3AGGG 1QQYA 2XBSA 3TMVA 4CFPA 4M4OA 3B0KA 5KXPA 2VB1A 1JJ1A 3A96A 1GDXA 1GB8A 2LYMA 1BB5A 1ZVYB 4LYBA 5L9JA 1UBZA 4E3UA 1IC7Y 1V7TA 1OUGA 1H6MA 2ZNXY 4H1PA 4YEMA 2G4PA 4KT3A 1HEOA 1TAYA 1PS5A 1AT5A 2DQCY 1HFYA 4O34A 4LT0A 1BWIA 4YOPA 5B1FA 3P64A 4H8XA 3WPLA 4NWHA 3AGHA 5LYTA 3WUAA 1C45A 3WXTA 5B59A 4XADA 5KKJA 5KXXA 2HUBA 2Z39A 1LJHA 1UCOA 1LMAA 3WVXA 1GB6A 1YQVY 5J7CA 1QUTA 5A3ZA 1BVKC 4GCFA 2N5ZA 4DWXA 2ZYPA 1JITA 4II8A 4HJZA 4H8ZA 1LZ1A 1IY4A 1GB5A 1OQMA 1TBYA 5II3A 5L3IA 1WTNA 1IORA 1B7PA 1RJCB 1LMOA 4C3WA 2G4NA 1ZMYL 5C6IA 4DT3A 1LJIA 1GFKA 4BAFA 1OP9B 1BB4A 1LZGA 5L3HA 3TXGA 4ETEA 4H90A 1BVXA 1GAZA 5LXWA 1IWUA 3TXFA 1KIRC 1LJKA 1LSBA 1W08A 5DL9A 2HEDA 4QDNA 3P68A 1JPOA 1BB6A 5KXWA 4N1EI 4GN3A 1CJ6A 1GF6A 4W94A 1YL0X 1W6ZA 1LMTA 1LJ4A 1CKGA 3J6KA 1G7MC 4XJHA 1UIBA 4WG1A 2HEBA 1HSXA 4LYTA 5F14A 2BLYA 4ZIXA 1FLWA 5HNLA 3ATOA 4NSJA 5C6LA 2D4JA 4XJDA 1WVUA 4G9SA 4DDCA 4HPIA 5KXKA 4WL7A 5T3FA 1GBZA 4QEQA 2EQLA 4ZEEA 1LHHA 4OOOA 3B0IA 1JHLA 1FKQA 4NHTA 3P65A 4YF2A 1XGRC 4ETCA 3T36A 4M6DA 4H9IA 1YAPA 3W6DA 2FYDA 4TSCA 4G4HA 3WW5A 2W1XA 3A94A 1LHLA 3OK0A 1WQOA 3AZ4A 1HENA 1IWXA 1DZBX
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GLV A;  2IHL A;  1SQ2 L;  5I4X A;  2X0A A;  3WH1 A;  3AJN A;  4GLA A;  2H9K A;  3TMW A;  3WU7 A;  4R6C A;  1EQE A;  1GF0 A;  1YIK A;  207L A;  1BQL Y;  4TWS A;  1JKB A;  1GBO A;  4NGY A;  1GFE A;  1A4V A;  1VFB C;  4YEN A;  3WUN A;  4DYG A;  4H9C A;  1GF5 A;  1TCY A;  2LYO A;  4WL6 A;  1GB7 A;  1LOZ A;  3T6U A;  5KXY A;  4NHI A;  3A92 A;  3M18 B;  4H93 A;  3WXU A;  1I1Z A;  1VAU A;  4J0L A;  1LSP A;  2MEF A;  3WL2 A;  3WPJ A;  4CJ2 A;  1D0K A;  4NSH A;  1XGT C;  4N5R A;  133L A;  1HEL A;  3WMK A;  2W1L A;  1LJE A;  2XTH A;  2FBB A;  1JKD A;  2RSC A;  4H92 A;  1NBY C;  1EQ5 A;  1LZN A;  3CQL A;  3D9A C;  4WOA A;  3RZ4 A;  2BQK A;  1LMC A;  1REX A;  4XJI A;  154L A;  1IR9 A;  4L41 A;  4WLT A;  2XBR A;  4LYO A;  4N8Z A;  2BQA A;  1RE2 A;  2DQF C;  1JJ0 A;  3G3B B;  5F81 A;  4B0D A;  1NDM C;  5B05 A;  4J1B A;  4RLM A;  1NWG A;  2LZT A;  2ZQ3 A;  1VDS A;  3ZEK A;  3MGW A;  132L A;  3N9E A;  4D9Z A;  1LKS A;  1G7L C;  2BPU A;  1CKF A;  1JSE A;  3CSQ A;  4NHS A;  4OW1 A;  5KXT A;  1UIG A;  2MED A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1TCYA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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