1TDYA

Dissection of the functional role of structural elements of tyrosine-63 in the catalytic action of human lysozyme
Total Genus 50

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRWWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TVIII1 (86-89)TI'1 (36-39)3H4 (122-124)AH1 (5-15)TII1 (17-20)O1 (6-128)AH3 (89-101)3H1 (20-22)AH2 (25-36)TI4 (55-58)S2 (51-54)TI2 (46-49)TIV1 (60-63)TIV2 (67-70)S3 (59-60)TI5 (61-64)TI6 (75-78)S4 (65-66)S5 (79-80)3H2 (81-84)3H3 (105-108)AH4 (110-116)TII4 (125-128)TI7 (102-105)S1 (43-46)TII3 (116-119)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Homo sapiens
publication title Dissection of the functional role of structural elements of tyrosine-63 in the catalytic action of human lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HUMAN LYSOZYME
total genus 50
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1tdyA00
1IC5Y 4QDNA 2Z18A 5DL9A 1RFPA 1LZYA 4YOPA 4N9RA 1GB0A 1YQVY 5HMJA 194LA 4LFXA 193LA 1LSCA 1VFBC 5LIOA 4Z3MA 2WARA 2ZQ4A 2XJWA 1WTMA 1IWVA 3AJNA 1HEOA 1CNSA 1GB7A 4LYTA 4OWBA 9LYZA 2D6BA 1LZ9A 4J0LA 2BQBA 1IP3A 5IELA 5LYZA 1F10A 3EMSA 1F0WA 4RW1A 5KXOA 1LMQA 4WL7A 4NHIA 5B1GA 1BQLY 1WQQA 2DQJY 4WM2A 3WL2A 1WVUA 1LSFA 4HJZA 4LYMA 4NSGA 1LZAA 5KKIA 1LSYA 1MELL 4B49A 1B7QA 1KXYA 1RE2A 2GV0A 1DI3A 1LSMA 1OUHA 1UIDA 1VDTA 3A94A 1EL1A 3EXDA 4PGJB 1HC0A 4H8XA 5HNCA 1JPOA 5B07A 1VDSA 4LYBA 4MSTA 1IO5A 2Z12A 3A95A 4BS7A 1GE0A 3M3UA 1LZCA 4ETEA 1FLQA 1C08C 1GB6A 1DPWA 1NF5A 5AMYA 5LAGA 154LA 3WU8A 5J7CA 5LVHA 1JKCA 5I54A 1B5YA 4OWEA 1RI8B 1QIOA 1INUA 1LCNA 4HTQA 1UA6Y 3TMVA 4W96A 5KKJA 1JSFA 1EQEA 2LYOA 1QSAA 1GB9A 132LA 4CHXA 1YAPA 5I4YA 1FLWA 1GBWA 2W1LA 4H91A 1LJEA 4FDYA 4Z46A 3N9AA 3WVYA 4MCKA 5L3HA 5LINA 4WOAA 1LMNA 1LJFA 3AGIA 3A92A 2BPUA 1TAYA 2DBTA 5DLAA 5LVJA 1LKSA 1C46A 4GCFA 1LMPA 1HSXA 1OUDA 4H9HA 1FBIX 3P4ZA 2ZIKA 1DI4A 5D5CA 5IDDA 3J6KA 4OWHA 4M6DA 1LZ1A 3TXJA 4NY5A 2YBLA 1LYSA 4NWEA 2ZQ3A 1KIQC 5HLLA 1CKDA 3AB6A 2DQEY 3AZ4A 5B1FA 1DI5A 2H9JA 8LYZA 1LZTA 1B9OA 133LA 1JTTL 1B5UA 1KIPC 3WXUA 4BAPA 5F14A 5LYMA 5B59A 3W6BA 4LYOA 2DQIY 3AZ6A 2Z2FA 2W1MA 4NG1A 1LMOA 1JJ1A 1C45A 4YF2A 1P2CC 2BLYA 1GE1A 4IJ4A 1DQJC 3CT5A 4H8YA 1BGIA 2Z37A 4H9IA 1IWUA 1CKGA 4NHTA 3ATNA 2LZ2A 5LVIA 3WPLA 1BWIA 1GB3A 3A96A 1FN5A 2C8OA 5E4PA 1LYYA 3WXTA 4QY9A 1NKHA 3TMWA 4RDSA 3D9AC 1LJNA 1LZ4A 4ETDA 7LYZA 5APFA 3WULA 2VB1A 4CGEA 4N5RA 1BB3A 1UIEA 3A90A 4GCEA 5HNLA 4ANRA 1IOTA 1IOQA 3A6BY 5KXPA 4B4IA 1B5WA 1REXA 1GEVA 1UIAA 3B0OA 1ZVHL 4H93A 1GE4A 1BVKC 4HPEA 5LA5A 1IC7Y 1LSEA 4ZEEA 1GF7A 1SQ2L 1J1OY 1LZ6A 2HEDA 3A3QA 5EBHA 3T36A 3AGHA 1CJ7A 2DQCY 1GDXA 3A6CY 4H9EA 3P66A 1G7IC 1OUIA 1PS5A 4HJVA 2LYMA 1YROA 1GF8A 1LSDA 1QDRA 3LHMA 2Z38A 4MR1A 3A3RX 4N0JA 4H1PA 1LHIA 4J7VA 1GB5A 1WVVA 4XYYA 1FLYA 1Z55A 1UCOA 2BQDA 4R6CA 1EQ5A 4DDCA 4OOOA 1IWXA 4NWHA 4J1AA 4O34A 4DD2A 5FEKA 4WO9A 2W1XA 3B6LA 4LGKA 3TXKA 1GAZA 3AZ7A 1WQMA 4ZFPA 5FSTA 3AW6A 1AM7A 3WUMA 3A67Y 1HNLA 1HFZA 4N1CC 5IHGA 5HMVA 4H9AA 1GF9A 1IY4A 1OP9B 3BKHA 3WPJA 1XFPL 3G3BB 2BAAA 1LHJA 4PJ2C 4LZTA 3WMKA 5A3ZA 3IWRA 2HECA 2G4QA 1B7PA 2DKVA 4M4OA 4NHSA 4ETCA 2LZTA 5F16A 2FYCA 2LHMA 3P68A 1GFEA 1XSFA 1LHLA 1ZMYL 1ZVYB 2BQLA 4WMGA 1IR9A 2N5ZA 1VAUA 2FYDA 2HTXA 1JITA 1F6SA 2HUBA 1YKZX 1LJ4A 4BADA 1B5ZA 2HEBA 2YBMA 1B7LA 1LPIA 5JENB 4H9BA 5LXWA 1LJKA 1DZBX 1GBSA 5KXNA 1BB5A 1LSZA 3VWOA 1TBYA 3F6ZA 5DM9A 3E3DA 1QSWA 4NSJA 1IWWA 4N8ZA 1LMAA 4ETAA 4NSIA 2BQOA 4G49A 4DD7A 4G9SA 5L9JA 1QUSA 5T3FA 1N4FA 2X0AA 4RW2A 4DT3A 134LA 1LSAA 1GBZA 2BQGA 5B05A 3W6AA 5C6IA 4DDBA 4WL6A 5KY1A 1FKVA 3CSQA 2EPEA 3IJVA 4XN6A 1JIYA 1RJCB 5C6JA 1H87A 1BWJA 1FDLY 1GAYA 4H92A 4XJHA 1BWHA 1D6PA 4ET9A 1XGPC 4ET8A 1VDPA 1W08A 3LYTA 1G7LC 3CT1A 4G4CA 5KXMA 1GB8A 2CWIA 2DQAA 4GCDA 1IEEA 2MEFA 3WU9A 1MLCE 2CGIA 4LT3A 2BQMA 1WQPA 3TXDA 3WYHA 5F9XA 5DN5A 3CSRA 1B7SA 5E9RA 3K3TA 3A34A 4GN3A 1XGQC 2BQKA 3TXHA 1LSNA 2D4KA 4WM5A 3IJUA 2MECA 4WM6A 1HELA 3G3AB 1IWYA 3N9CA 1B0DA 4HV2A 1LJIA 2Q0MX 3WH1A 1YL0X 4LT0A 1O23A 3CT0A 1KXXA 5KXLA 1JUGA 1LZDA 3CQLA 5KXSA 1JKAA 4H8ZA 1IX0A 3N9EA 1GPQC 1GFAA 4YM8A 1HEPA 3MGWA 4XJBA 4XJFA 1GBXA 1LJHA 4GN5C 4I8SA 1LHKA 4WM4A 4ETBA 1CJ8A 2D4IA 1C7PA 1UACY 1XEIA 1QTKA 1UIHA 2XBSA 3TXIA 4B4EA 1C10A 1OUCA 1A4VA 1AT6A 1LAAA 3HBDA 2EQLA 2BQIA 1H6MA 5B06A 3WW5A 1WTNA 3TXBA 2HU3A 4FJRA 5LAFA 4DD0A 5I5QA 1IP6A 1HERA 1HEMA 1LZRA 4XADA 1CKFA 2A7FA 1D0LA 1FLUA 2MEDA 1E8LA 1OUEA 1GFKA 1JTOL 1DKKA 1WQRA 4OWAA 1T6VL 1RCMA 1UICA 4G4BA 2MEAA 2YVBA 1LZNA 1GEZA 4EOFA 4WLDA 1LHMA 4GLAA 5APCA 1B7MA 3ATOA 2XBRA 2LYZA 4HV1A 4NGWA 1REZA 1KIRC 1GFRA 2BQAA 4LYCA 3A91A 3WU7A 1UIGA 4WLXA 3OJPA 2I26L 4G4HA 3M18B 1GFTA 4KT3A 4LYZA 4YEMA 1CKCA 4C5FA 5KJ9A 4NHQA 4B0DA 1IP5A 1IP1A 1LTMA 4HJYA 1CJ9A 1LJGA 4H9FA 5ILFA 2Z2EA 4NHPA 1J1PY 4TWSA 6LYZA 5I4WA 208LA 1BVXA 3ZEKA 1LZ5A 2HEFA 3LZTA 1B5VA 3EBAB 5KXTA 2BQHA 3QNGA 2A7DA 5APDA 1OUJA 1WQOA 1DPXA 1JJ3A 4XJIA 1IY3A 4H9CA 2FBDA 4LFPA 2BLXA 1EQ4A 3CSZA 4LT2A 4N1EI 4WO6A 3RW8A 3W6CA 4D9ZA 1LYOA 1JKBA 5I4XA 4NGOA 4QGZA 207LA 2EIZC 3HBEX 3ZVQB 3AGGG 4C3WA 1NQIA 2F4AA 2MEIA 1IWZA 5KXXA 1GDWA 4YEOA 5A3EA 1UBZA 1LJ3A 1UIFA 1YANA 1NDMC 1HSWA 1YKXX 2IHLA 5FELA 1IR7A 3WPKA 1JISA 4NGVA 1XGUC 1CKHA 4WLTA 1OQMA 1UIBA 3LYMA 4RLNA 4U3XB 1GF5A 1IWTA 1I56A 3AZ5A 1JEFA 1TDYA 1QTEA 4NGJA 1BB7A 5M1YA 4GCCA 3WW6A 3T6UA 1NBYC 1LSGA 1YAQA 2ZYCA 3QY4A 1XGTC 3RT5X 1QDTA 3B72A 2HU1A 2BQJA 2Z19A 4WLYA 4DD3A 4OWCA 3RZ4A 5K7OA 2G4NA 1GHLA 4UWUA 135LA 1W6ZA 1LZBA 1JKDA 2AUBA 2D91A 1JTPL 1I1ZA 1GB2A 3FI7A 4PRUA 1B7OA 1GF0A 2I25L 4NGZA 1NHEA 4DYGA 2Y8PA 5F81A 1IIZA 1LHHA 4BAFA 3P65A 4DC4A 1LMTA 4CJ2A 1XEJA 3BKVA 1DKJA 4IASA 1D0MA 4NG8A 2HEEA 1IOSA 5I53A 4CFOA 1LZ8A 5KXWA 4GLVA 1QQYA 1YAOA 2G4PA 1IC4Y 4ZIXA 2W1YA 1OUFA 2DQDY 5FDJA 4DDAA 5ILCA 4KPMA 3A93A 3LN2A 1G7HC 2CJLA 3AW7A 2NWDX 4II8A 2DQGY 5C6LA 3FE0A 4KXIA 1CJ6A 1REMA 1T3PA 2CDSA 4IATA 4XENA 4AXTA 4PRQA 5DN4A 4HTNA 3LYOA 4NGYA 2BQCA 3OK0A 1V7TA 1REYA 3AYQA 3RNXA 2H5ZA 1D9UA 4DWXA 1QUTA 4EMNA 1GFGA 1LSBA 2ZILA 1VDQA 5D5FA 1AZFA 2I6ZA 1SLYA 2F2NA 4TUNA 3B0IA 4NIJA 4OW1A 3W6DA 1YKYX 1BHZA 3P64A 4J1BA 1F6RA 4KL7A 1ZV5L 4XJDA 1AKIA 1GBYA 1HMKA 4H90A 3J4GA 5LVKA 4X3BA 1V7SA 2EKSC 1LKRA 1B2KA 1GE3A 1VEDA 3B0KA 3HBHA 4NFVA 4GCBA 4NGLA 1XGRC 4P2EA 1BB6A 1OUAA 5KXYA 3W6EA 1JWRA 4E3UA 1LSPA 1NDGC 2C8PA 4NGKA 1NBZC 1UUZC 1GFHA 1YILA 4LT1A 4TX7A 4HP0A 2YDGA 2ZYPA 3TXEA 1GXV2 2Z39A 1HF4A 4H94A 4DD9A 4W94A 1A2YC 1ALCA 1GF6A 1YAMA 4GN4A 4NGIA 1JJ0A 2RSCA 5F9UA 5II3A 4HSFA 5HQ1A 2IFFY 1I20A 2MEEA 2F4GA 2XTHA 1LZSA 2YSSC 2D4JA 2YBNA 1LZEA 4CFPA 1HFYA 1HEWA 2BQFA 4TSBA 2YBJA 1D0KA 1HMLA 1PZYA 4B4JA 1GXXA 2FBBA 1B5XA 2F30A 1G7MC 3WUAA 2MEBA 3WUNA 1BB4A 1NMMA 1JSEA 2BQNA 3D3DA 2ZNWY 5APEA 4B1AA 1KXWA 1LYZA 3CB7A 4WG1A 4A7DA 3TMUA 5LVGA 3GXRA 2ZWBA 3SP3A 1GE2A 2ZIJA 6LYTA 5LYTA 3RU5A 1IVMA 2YBHA 5KXRA 1GFUA 1B7NA 1LJJA 1YIKA 3A8ZA 4UWNA 2ZNXY 4ML7A 1B7RA 5L3IA 4NSHA 2PC2A 3KAMA 4HTKA 1G7JC 3EO5A 1DXJA 2YBIA 3LZ2A 5KXZA 1HFXA 2DQFC 4AGAA 1HHLA 1OUBA 2H9KA 2BQEA 5FHWA 1IORA 3W3EA 1GF3A 1IP2A 3TMXA 4I0CA 4WG7A 4RLMA 1IP4A 1GWDA 1UC0A 4DD1A 1OUGA 4HPIA 1LMCA 1VATA 1LOZA 4WM3A 5KXKA 4Z41A 4Z98A 5LA8A 1NWGA 1IP7A 153LA 3LYZA 4TTDA 1IR8A 4NEBA 3TXFA 3WVXA 1JHLA 1J1XY 1AT5A 1XEKA 1GFVA 1GBOA 3GXKA 3HFMY 1IOCA 4QEQA 4R0FA 4TSCA 1TEWA 1GD6A 2DQHY 1C43A 1FKQA 1WQNA 2B5ZA 1GFJA 1HENA 1LZGA 4YENA 4WM1A 2MEHA 4XJGA 2MEGA 3QE8A 3ULRA 4L41A 2HEAA 4UWVA 1D6QA 4PHIA 4PPOA 3TXGA 5FCPA 1YL1X 1TCYA 1HEQA 4OOTA 3ZVQA 3W6FA 1GF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QDNA 5DL9A 4N9RA 1NHBA 1HEOA 4LYTA 4J0LA 2BQBA 1IP3A 5IELA 5LYZA 4WL7A 160LA 1BQLY 217LA 4S0WA 3C7YA 1C66A 1LSFA 5KKIA 4LDOA 3HT7A 1KXYA 3A94A 2QARC 1DI3A 1CU0A 1OUHA 1VDTA 1CVKA 1HC0A 5B07A 4LYBA 4MSTA 4BS7A 1LZCA 1FLQA 3HUQA 1GB6A 5LAGA 5AMYA 3SN6R 1JKCA 5I54A 1B5YA 4OWEA 1L31A 1INUA 4HTQA 3TMVA 1JSFA 2LYOA 132LA 1L36A 261LA 5I4YA 1FLWA 1DYCA 1C68A 1L45A 1OV7A 1LMNA 5DLAA 2DBTA 4PK0A 4I7LA 4WOAA 1LMPA 1OUDA 103LA 5KXRA 5IDDA 1C6PA 3TXJA 5HLLA 2DQEY 1DI5A 1LZTA 1B9OA 1KIPC 1C6QA 1LYHA 3W6BA 5B59A 2DQIY 3AZ6A 4NG1A 4YF2A 1P2CC 2BLYA 1GE1A 4I7SA 1P3NA 3ODUA 1L20A 3GUPA 4NHTA 2LZ2A 4EPIA 3A96A 3WXTA 1LJNA 1LZ4A 1C6FA 2VB1A 4CGEA 1L54A 4N5RA 1L42A 1L85A 1L04A 2RBOA 3A90A 1IOQA 1L59A 5KXLA 125LA 1GEVA 1L58A 4HPEA 5LA5A 1LSEA 4ZEEA 2OE7X 1J1OY 2LC9A 192LA 1CJ7A 2DQCY 3A6CY 3P66A 1G7IC 3F8VA 1QDRA 3LHMA 233LA 4H1PA 1L15A 1GB5A 1FLYA 1Z55A 1CTWA 1QT7A 1C69A 1LYDA 4DD2A 5FEKA 4LGKA 3A67Y 1HNLA 1HFZA 1ZURA 4H9AA 3G3BB 3WMKA 4LZTA 5A3ZA 262LA 2HECA 1B7PA 4M4OA 163LA 1OYUA 245LA 2BQLA 1PQMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IC5 Y;  4QDN A;  2Z18 A;  5DL9 A;  1RFP A;  1LZY A;  4YOP A;  4N9R A;  1GB0 A;  1YQV Y;  5HMJ A;  194L A;  4LFX A;  193L A;  1LSC A;  1VFB C;  5LIO A;  4Z3M A;  2WAR A;  2ZQ4 A;  2XJW A;  1WTM A;  1IWV A;  3AJN A;  1HEO A;  1CNS A;  1GB7 A;  4LYT A;  4OWB A;  9LYZ A;  2D6B A;  1LZ9 A;  4J0L A;  2BQB A;  1IP3 A;  5IEL A;  5LYZ A;  1F10 A;  3EMS A;  1F0W A;  4RW1 A;  5KXO A;  1LMQ A;  4WL7 A;  4NHI A;  5B1G A;  1BQL Y;  1WQQ A;  2DQJ Y;  4WM2 A;  3WL2 A;  1WVU A;  1LSF A;  4HJZ A;  4LYM A;  4NSG A;  1LZA A;  5KKI A;  1LSY A;  1MEL L;  4B49 A;  1B7Q A;  1KXY A;  1RE2 A;  2GV0 A;  1DI3 A;  1LSM A;  1OUH A;  1UID A;  1VDT A;  3A94 A;  1EL1 A;  3EXD A;  4PGJ B;  1HC0 A;  4H8X A;  5HNC A;  1JPO A;  5B07 A;  1VDS A;  4LYB A;  4MST A;  1IO5 A;  2Z12 A;  3A95 A;  4BS7 A;  1GE0 A;  3M3U A;  1LZC A;  4ETE A;  1FLQ A;  1C08 C;  1GB6 A;  1DPW A;  1NF5 A;  5AMY A;  5LAG A;  154L A;  3WU8 A;  5J7C A;  5LVH A;  1JKC A;  5I54 A;  1B5Y A;  4OWE A;  1RI8 B;  1QIO A;  1INU A;  1LCN A;  4HTQ A;  1UA6 Y;  3TMV A; 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 1LZE A;  4CFP A;  1HFY A;  1HEW A;  2BQF A;  4TSB A;  2YBJ A;  1D0K A;  1HML A;  1PZY A;  4B4J A;  1GXX A;  2FBB A;  1B5X A;  2F30 A;  1G7M C;  3WUA A;  2MEB A;  3WUN A;  1BB4 A;  1NMM A;  1JSE A;  2BQN A;  3D3D A;  2ZNW Y;  5APE A;  4B1A A;  1KXW A;  1LYZ A;  3CB7 A;  4WG1 A;  4A7D A;  3TMU A;  5LVG A;  3GXR A;  2ZWB A;  3SP3 A;  1GE2 A;  2ZIJ A;  6LYT A;  5LYT A;  3RU5 A;  1IVM A;  2YBH A;  5KXR A;  1GFU A;  1B7N A;  1LJJ A;  1YIK A;  3A8Z A;  4UWN A;  2ZNX Y;  4ML7 A;  1B7R A;  5L3I A;  4NSH A;  2PC2 A;  3KAM A;  4HTK A;  1G7J C;  3EO5 A;  1DXJ A;  2YBI A;  3LZ2 A;  5KXZ A;  1HFX A;  2DQF C;  4AGA A;  1HHL A;  1OUB A;  2H9K A;  2BQE A;  5FHW A;  1IOR A;  3W3E A;  1GF3 A;  1IP2 A;  3TMX A;  4I0C A;  4WG7 A;  4RLM A;  1IP4 A;  1GWD A;  1UC0 A;  4DD1 A;  1OUG A;  4HPI A;  1LMC A;  1VAT A;  1LOZ A;  4WM3 A;  5KXK A;  4Z41 A;  4Z98 A;  5LA8 A;  1NWG A;  1IP7 A;  153L A;  3LYZ A;  4TTD A;  1IR8 A;  4NEB A;  3TXF A;  3WVX A;  1JHL A;  1J1X Y;  1AT5 A;  1XEK A;  1GFV A;  1GBO A;  3GXK A;  3HFM Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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