1TLAA

Hydrophobic core repacking and aromatic-aromatic interaction in the thermostable mutant of t4 lysozyme ser 117 (right arrow) phe
Total Genus 60
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNFLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH6 (108-113)O1 (113-115)AH7 (115-123)AH10 (143-155)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH8 (126-134)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Hydrophobic core repacking and aromatic-aromatic interaction in the thermostable mutant of T4 lysozyme Ser 117-->Phe.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1tlaA00
1C6HA 1L93A 1L22A 3CDQA 214LA 4ARQA 1KNIA 2RBSA 4ZPUA 1CV5A 3EMLA 1C61A 257LA 151LA 206LA 1CU3A 1L44A 1C64A 3DMXA 165LA 1OYUA 1DYCA 1QTDA 2O4WA 1G0PA 3DKEX 1LYJA 1L73A 1OVKA 2B6ZA 3DN3A 113LA 4I7NA 1LGXA 1C67A 2B73A 3C8QA 4EPIA 3C81A 1L57A 1L62A 1L15A 1ZURA 2LZMA 1L09A 4LZMA 1L77A 109LA 1L72A 4EKRA 1L07A 3DN6A 1LI2A 1QUOA 3NY9A 1CTWA 4LDEA 3VW7A 1LI6A 1QSQA 3SB7A 3OE6A 246LA 212LA 250LA 1XJUA 1KW7A 4W51A 259LA 4DKLA 1SWZA 221LA 210LA 3FI5A 4W52A 130LA 3C7YA 3V2WA 4LDLA 3C8RA 1XEPA 1QS5A 1DYDA 1PQOA 252LA 1C6NA 232LA 2Q9DA 3C7ZA 1KY1A 3SB5A 3C83A 115LA 3DN2A 1P2RA 1LWKA 201LA 1L04A 3HUKA 3UONA 147LA 1C63A 225LA 1P5CA 196LA 4W53A 1L50A 1L20A 173LA 217LA 1L85A 1DYFA 1G07A 218LA 1QTCA 209LA 3LZMA 3SB6A 4E97A 243LA 1L37A 1K28A 3DN4A 1C60A 1JTNA 1L63A 1ZWNA 4AQNA 3GUPA 1L81A 3HUAA 3DMVA 141LA 233LA 234LA 1QUHA 2ANVA 2RAYX 4I7PA 1PQIA 2Z6BA 3HUQA 3HH3A 2QARC 2L78A 1L82A 4I7RA 178LA 1L41A 3HH5A 240LA 1L21A 1QTZA 199LA 2QB0B 1QT7A 4PK0A 171LA 3HDFA 3G3XA 1OWYA 1QTVA 1LYDA 223LA 1CV3A 1CV0A 4ARMA 4W55A 4W54A 4EPFA 1OVHA 1L89A 1P37A 227LA 2HUMA 248LA 1L18A 1L34A 4ARPA 1C69A 1KS3A 4YXCA 1D3JA 1JQUA 167LA 219LA 251LA 1QT6A 1KW5A 1P6YA 137LA 1CUQA 1L51A 211LA 4PJZA 4OO9A 126LA 3SN6R 2RB2X 2F32A 1P36A 1DYGA 1L32A 1B6IA 4W58A 169LA 3GULA 228LA 1L43A 231LA 235LA 3FADA 139LA 4YX7C 149LA 1ZYTA 1L28A 1L11A 1QT4A 1QUDA 1PQDA 168LA 1G1WA 1T8AA 152LA 145LA 1L54A 3F8VA 258LA 4I7JA 4EJ4A 3HDEA 1L74A 4YXAC 122LA 1D2WA 1C6GA 4EKPA 222LA 1C6FA 2B6TA 1SX7A 175LA 1C6AA 1G0QA 1L96A 144LA 3PDSA 1QT8A 1QSBA 1CU6A 1P56A 3OE8A 1SX2A 5I14A 174LA 1C6TA 1L45A 3K2RA 4K5YA 102LA 183LA 3FA0A 3GUJA 2A4TA 1NHBA 216LA 3RUNA 1C6IA 1I6SA 1L66A 3HU9A 1L61A 1L60A 1P3NA 150LA 2OU8A 1L68A 4W57A 1C6QA 1CUPA 3CDTA 114LA 163LA 1LPYA 1D9WA 200LA 125LA 4W56A 1L88A 1L58A 157LA 1P64A 1L53A 6LZMA 2RBQA 244LA 3HT7A 3G3WA 1LYEA 2F2QA 123LA 2RH1A 1L67A 3DN1A 1L17A 1L19A 245LA 5LZMA 1D3MA 143LA 3G3VA 156LA 1JTMA 239LA 4LDOA 3DN8A 1L26A 3HH6A 3OE9A 1L33A 4IAPA 1G0LA 3DNAA 1C68A 1L99A 1L48A 1L47A 195LA 162LA 1DYAA 1L12A 1LGUA 1T97A 127LA 1L75A 158LA 140LA 1CU0A 2Q9EA 3HWLA 3SB8A 111LA 197LA 3PBLA 190LA 4ARJA 1C6JA 131LA 3V2YA 185LA 1L35A 3D4SA 1LYGA 1L00A 1L06A 3CDOA 4EKQA 3F9LA 1L02A 1LLHA 3CDVA 1TLAA 1L98A 1C65A 2RB0X 220LA 1LYHA 1SSWA 2OU0X 181LA 4S0WA 1QT3A 260LA 3CDRA 1DYEA 4GBRB 3C82A 1L29A 1OWZA 256LA 3GUMA 3GUKA 2IGCA 3QAKA 1L49A 1L59A 3L64A 164LA 4I7TA 1L83A 1CX7A 4I7SA 230LA 1G0GA 4EKSA 1CU5A 1G1VA 1L55A 2B74A 1L31A 182LA 1L70A 1OV5A 1L92A 261LA 1QTBA 3L2XA 3SB9A 1QUGA 3C7WA 3HH4A 1L16A 1T8FA 1LYFA 1XJTA 2HUKA 254LA 112LA 110LA 1LWGA 2OE7X 2RAZX 3HTFA 103LA 2LC9A 1T6HA 1C6CA 3HTDA 4I7MA 3ODUA 1CV6A 1CX6A 2HULA 1C6MA 159LA 3HT8A 146LA 4ARQB 138LA 2B7XA 1L79A 119LA 187LA 108LA 1L30A 3OE0A 3C80A 3RZEA 1QTHA 2RB1X 1CU2A 1LW9A 1L25A 1SSYA 1D3NA 1L23A 2CUUA 2B6YA 2NTHA 1L90A 129LA 1D2YA 1EPYA 1C6LA 1P46A 2B75A 1LI3A 1CVKA 186LA 3GUNA 3GUOA 3GUIA 1L36A 1L27A 1L38A 2OEAX 1C66A 1OV7A 1L40A 1L0KA 2OU9A 3HU8A 3SBBC 4DJHA 1OVJA 2OE9X 1SWYA 1L14A 4I7OA 3HTBA 1L05A 1L97A 2B6WA 3DN0A 224LA 1C6DA 247LA 4GRVA 4DAJA 1L95A 198LA 1PQJA 4ARLA 1C6BA 189LA 155LA 1L52A 2B72A 1T8GA 2NTGA 1L91A 3HT6A 4I7KA 1KY0A 1L64A 262LA 184LA 3NY8A 1L24A 1L13A 1LYIA 1L10A 4W59A 1L65A 1L56A 1C6EA 3SBAA 213LA 160LA 1L01A 172LA 1WTHA 2RBPA 1L08A 1P7SA 2B6XA 237LA 236LA 205LA 191LA 1PQMA 1G0KA 2OTYX 4I7LA 2LCBA 1L42A 4I7QA 1C62A 1D3FA 1L69A 1L46A 142LA 3NYAA 3DMZA 241LA 2RBNA 1L84A 1P2LA 1C6PA 118LA 4EXMA 166LA 1L86A 1C6KA 1L0JA 2RBOA 177LA 2F47A 188LA 2ANXA 238LA 128LA 1G0MA 2O7AA 2RBRA 1DYBA 1L76A 1L87A 1L71A 253LA 3JR6A 176LA 3HTGA 161LA 242LA 249LA 104LA 120LA 215LA 1LGWA 180LA 1QS9A 1L03A 2B70A 4ARMB 255LA 2O79A 107LA 1L39A 226LA 3C8SA 1L94A 1L80A 1G0JA 192LA 1QT5A 148LE 1G06A 2OTZX 229LA 1PQKA 2OE4X 170LA 1CV1A 3HT9A 1CV4A 7LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YL0X 1C6HA 1L22A 1REZA 1FKQA 1GE1A 5HMVA 1LKRA 4H92A 1ZVHL 1C61A 1G7JC 4QGZA 3WMKA 3ULRA 1L44A 4AGAA 3DMXA 1DQJC 5FDJA 1DYCA 4XJHA 1G0PA 1GF0A 3P66A 1GB8A 1LYJA 4IASA 4HJYA 2B6ZA 3DN3A 4TSCA 1LGXA 4HP0A 1L57A 1L62A 1QQYA 5A3ZA 1GF7A 4LZMA 3TMUA 2ZIJA 1UUZC 4WLTA 3NY9A 2F30A 3AW6A 1KW7A 5HMJA 3FI7A 1HEMA 4DKLA 210LA 3FI5A 130LA 1HSWA 1HELA 1UIHA 4LDLA 1LPIA 1PQOA 1C6NA 1KY1A 1H87A 1L04A 5B07A 3UONA 1OUIA 147LA 4NGZA 1C63A 225LA 196LA 1B2KA 217LA 2HU1A 1BVKC 3B0OA 1G07A 209LA 1CNSA 1L37A 3OK0A 5KXZA 1OUFA 3EMSA 2LHMA 1PS5A 5ILFA 1LJJA 4RLNA 1QUHA 4PJ2C 3BKVA 1JTPL 1PQIA 5K7OA 1AZFA 4QDNA 240LA 1L21A 3EO5A 1QT7A 1GFEA 223LA 3WUNA 1L89A 227LA 1XEJA 1LOZA 2ZYCA 1BGIA 4YXCA 1GDXA 3TMWA 1D3JA 2EPEA 1P6YA 3WW6A 1L51A 4OO9A 1UICA 1OUBA 1IC7Y 3A3RX 1L32A 1B6IA 1OUHA 2I6ZA 4XN6A 1LJNA 231LA 3ATOA 4ZFPA 149LA 4DD2A 3TXGA 1NWGA 1GFKA 5DN4A 3J6KA 1DI3A 4XENA 4EJ4A 4DD1A 5LVKA 4Z41A 4M4OA 5F9UA 1JUGA 222LA 5D5FA 2B6TA 1C6AA 4II8A 4HV1A 1QT8A 2YBJA 6LYTA 3RU5A 1SX2A 3AJNA 5I14A 4GN5C 4LT2A 4MR1A 2LYZA 102LA 3RUNA 4YEOA 5A3EA 1JKCA 1FLWA 2NWDX 1L61A 1P3NA 4LT3A 4H90A 3CDTA 3TMVA 1LPYA 1VDQA 4W56A 1GF6A 1QDTA 2RBQA 6LZMA 3HT7A 4NHSA 4LT0A 2F2QA 2H5ZA 1L67A 1L17A 245LA 4HJVA 4LYCA 1JTMA 5I4WA 4WLXA 3ATNA 1MELL 4IAPA 1G0LA 3DNAA 4N1EI 1L99A 3A92A 1LZ5A 1L47A 195LA 2ZWBA 1GAZA 1L12A 1LGUA 2ZIKA 3HWLA 2W1YA 4ARJA 1C6JA 131LA 3V2YA 2D91A 3F9LA 1TLAA 1GBXA 2BQGA 1SSWA 2OU0X 1GF5A 1QT3A 4H93A 2G4QA 3C82A 1UACY 1LZ9A 2LZTA 1BB4A 4B4EA 4YM8A 1QDRA 3QAKA 2MEAA 3IJVA 164LA 1L83A 1CX7A 4I7SA 230LA 1CU5A 1INUA 1G1VA 2B74A 182LA 1L92A 1QTBA 1G7IC 3L2XA 1QUGA 1T3PA 3C7WA 4Z3MA 1AKIA 3HH4A 3B6LA 1OUAA 1TCYA 2ZQ3A 112LA 2DQJY 4ZIXA 4N0JA 1WVVA 4NGJA 2RAZX 5LYTA 1OUDA 4NGIA 2PC2A 2LC9A 3CT1A 3CSZA 3HTDA 2HULA 1IWUA 2C8PA 1KXXA 3HT8A 146LA 119LA 1GFHA 3OE0A 2RB1X 4GCCA 5LYZA 5KXNA 1IWVA 1D3NA 1OUCA 2B6YA 2YSSC 129LA 1C6LA 1IC4Y 3GUOA 3GUNA 1B7MA 2OEAX 1L40A 1Z55A 1YIKA 2OE9X 1SWYA 2BQHA 4I7OA 3HTBA 1XGUC 1L97A 1E8LA 1BWIA 2DQAA 1C6DA 247LA 2HUBA 2BPUA 4PRQA 1I1ZA 1T8GA 2NTGA 2BQCA 1GB3A 1L91A 1YKXX 3M18B 1TBYA 262LA 3TXHA 5LA5A 2Z12A 4OOTA 2HU3A 1L13A 1LYIA 5AMYA 1IWZA 1LZAA 1WTHA 1L08A 1LZDA 3P64A 2BQMA 3TMXA 1G0KA 4WM3A 4DT3A 2YDGA 2BQNA 4PPOA 1L69A 1WQRA 4KXIA 5KXYA 3W6BA 5F81A 2RBNA 1L84A 1P2LA 4B4IA 1IWXA 4GCDA 3A90A 1CJ9A 4L41A 1LMOA 1GFRA 4EMNA 1LSZA 1GF4A 1KXWA 4AXTA 1IIZA 238LA 4CHXA 128LA 2RBRA 2O7AA 3HBHA 253LA 4H9BA 4WMGA 1LZEA 1RCMA 1NBYC 215LA 5KXRA 3TXJA 3A91A 4B4JA 1L03A 2B70A 255LA 2MEBA 4OWCA 1L39A 4IATA 1L94A 2LYMA 4ETAA 4NHPA 1L80A 5EBHA 1G0JA 192LA 1PQKA 2OE4X 1XEKA 170LA 4WL6A 4ARQA 1QTKA 4ZPUA 1LZBA 1NMMA 3EMLA 194LA 3N9EA 1CU3A 3AGIA 4DQJA 3OJPA 1WQNA 3DKEX 4B0DA 3E3DA 3AGGG 1OVKA 4I7NA 1IVMA 1C67A 2B73A 3C8QA 5KXLA 1LZSA 1L15A 1ZURA 2LZMA 2GV0A 1WQQA 1L72A 4NIJA 4EKRA 2DQEY 1LI2A 1QUOA 3RNXA 5FELA 4J1BA 5KXSA 1QSQA 2XBRA 9LYZA 1LYSA 3TXBA 1W08A 4H8ZA 1GXXA 259LA 4WOAA 1SWZA 4NGLA 221LA 3WXTA 3B0IA 1GFAA 3C7YA 4NSIA 3V2WA 1XEPA 1XFPL 4UWVA 2Q9DA 3C7ZA 4D9ZA 1HMLA 115LA 3DN2A 1CKHA 1LWKA 2BLYA 1RI8B 3WPJA 173LA 3IWRA 1HMKA 1DYFA 4WM2A 1EQ4A 1A2YC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YL0 X;  1C6H A;  1L22 A;  1REZ A;  1FKQ A;  1GE1 A;  5HMV A;  1LKR A;  4H92 A;  1ZVH L;  1C61 A;  1G7J C;  4QGZ A;  3WMK A;  3ULR A;  1L44 A;  4AGA A;  3DMX A;  1DQJ C;  5FDJ A;  1DYC A;  4XJH A;  1G0P A;  1GF0 A;  3P66 A;  1GB8 A;  1LYJ A;  4IAS A;  4HJY A;  2B6Z A;  3DN3 A;  4TSC A;  1LGX A;  4HP0 A;  1L57 A;  1L62 A;  1QQY A;  5A3Z A;  1GF7 A;  4LZM A;  3TMU A;  2ZIJ A;  1UUZ C;  4WLT A;  3NY9 A;  2F30 A;  3AW6 A;  1KW7 A;  5HMJ A;  3FI7 A;  1HEM A;  4DKL A;  210L A;  3FI5 A;  130L A;  1HSW A;  1HEL A;  1UIH A;  4LDL A;  1LPI A;  1PQO A;  1C6N A;  1KY1 A;  1H87 A;  1L04 A;  5B07 A;  3UON A;  1OUI A;  147L A;  4NGZ A;  1C63 A;  225L A;  196L A;  1B2K A;  217L A;  2HU1 A;  1BVK C;  3B0O A;  1G07 A;  209L A;  1CNS A;  1L37 A;  3OK0 A;  5KXZ A;  1OUF A;  3EMS A;  2LHM A;  1PS5 A;  5ILF A;  1LJJ A;  4RLN A;  1QUH A;  4PJ2 C;  3BKV A;  1JTP L;  1PQI A;  5K7O A;  1AZF A;  4QDN A;  240L A;  1L21 A;  3EO5 A;  1QT7 A;  1GFE A;  223L A;  3WUN A;  1L89 A;  227L A;  1XEJ A;  1LOZ A;  2ZYC A;  1BGI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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