1TLAA

Hydrophobic core repacking and aromatic-aromatic interaction in the thermostable mutant of t4 lysozyme ser 117 (right arrow) phe
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNFLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Hydrophobic core repacking and aromatic-aromatic interaction in the thermostable mutant of T4 lysozyme Ser 117-->Phe.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1tlaA00
223LA 2B73A 191LA 2RB0X 3DN2A 3HUKA 1T97A 1PQKA 1C6TA 180LA 104LA 1OYUA 178LA 1L54A 4LDEA 229LA 149LA 163LA 2F2QA 3C8RA 216LA 1TLAA 3HH5A 1L36A 231LA 2OU8A 3HDFA 3C7YA 2LC9A 3SBBC 110LA 1L28A 3HUQA 242LA 3C7ZA 3DN3A 1L19A 2O79A 3EMLA 1LYDA 1P5CA 3HTGA 1CVKA 2Q9EA 3HT9A 218LA 4EKSA 4I7KA 3LZMA 186LA 1D2YA 262LA 144LA 3GUKA 1L97A 156LA 4W57A 1L12A 1L34A 1L79A 1QTVA 3DMXA 1DYDA 210LA 3HU8A 1C64A 174LA 1DYCA 1C6CA 1L56A 1LYIA 4I7QA 1CU0A 1LYFA 1K28A 252LA 4EJ4A 1C63A 1LWGA 1L63A 3HTBA 1XJTA 1CU3A 3NYAA 1CUPA 1JTMA 3SB8A 2B6XA 4E97A 1G07A 1QT7A 1L72A 221LA 1LGXA 3DKEX 1L27A 155LA 4ARMB 108LA 3G3XA 1L46A 1OVJA 3HT7A 1L03A 1L89A 1L73A 4OO9A 1L66A 3L2XA 1C67A 1C60A 4I7JA 225LA 138LA 1L80A 2B6ZA 1QT5A 1QTBA 166LA 1L67A 3ODUA 4IAPA 1D3FA 1L02A 1CX6A 1L96A 3HT6A 2OE4X 1L18A 111LA 1P46A 1L94A 3HWLA 1D9WA 3CDOA 4ARQB 1CU6A 1L43A 3DN6A 258LA 1L86A 3GUIA 3C82A 3C81A 1P3NA 128LA 1XJUA 1SWYA 1EPYA 3SB6A 4YX7C 1C61A 2HUKA 3SB9A 1L81A 1C62A 1L17A 1L0KA 1C6JA 1L59A 2OU0X 1CU2A 1L48A 2IGCA 1C6HA 4EXMA 137LA 1C6EA 1OWYA 3OE0A 1OVHA 4W56A 1L70A 2HULA 1L83A 1ZWNA 2QARC 1C6IA 2B72A 261LA 246LA 1L53A 4W52A 1LW9A 1L84A 185LA 3FADA 1JQUA 1G0LA 4EPFA 3G3WA 1CX7A 2F32A 4DKLA 1L11A 1LYHA 257LA 3UONA 3C83A 3HU9A 4I7TA 164LA 1D3MA 4LDOA 1QUHA 1LPYA 3DMVA 1L00A 3F9LA 1L29A 197LA 230LA 1SSYA 3DN1A 254LA 1L40A 3DN4A 1L87A 1LYJA 248LA 217LA 256LA 181LA 3NY9A 213LA 1DYAA 190LA 1L21A 168LA 107LA 2RBNA 1L91A 1L50A 189LA 239LA 176LA 3C8QA 1L37A 1QSQA 2OE9X 1L41A 1T6HA 1DYGA 1L25A 1C69A 109LA 3HH4A 3SBAA 1CV1A 1L99A 1G0PA 2B75A 1L68A 1CUQA 1QT3A 1L26A 1L69A 4ARLA 150LA 1L10A 2LCBA 1L57A 1G0QA 238LA 2B6WA 251LA 115LA 1L22A 241LA 2B6YA 1ZURA 1OV5A 1L32A 159LA 1P6YA 6LZMA 1PQDA 240LA 214LA 1L20A 1C6PA 1L07A 1L33A 1L05A 4ARMA 1CV3A 3OE9A 1DYFA 1KS3A 247LA 148LE 224LA 3HTFA 187LA 249LA 1G0KA 3SN6R 146LA 1PQJA 161LA 1C68A 2B74A 3PDSA 198LA 1CV6A 243LA 3CDQA 147LA 165LA 1QS5A 2OU9A 227LA 4I7NA 1C6BA 1DYBA 1OV7A 1LYEA 1P2LA 3SB7A 182LA 3FI5A 172LA 1C6AA 2ANXA 2OTZX 3C7WA 4ARQA 142LA 4LDLA 1L90A 3DN0A 169LA 4W51A 3F8VA 1G0JA 139LA 212LA 2QB0B 1C6DA 1QTHA 195LA 1PQMA 220LA 1L92A 4ARJA 4YXAC 1P36A 3GUMA 4EPIA 2RBPA 3D4SA 1SWZA 2LZMA 4AQNA 151LA 1L38A 1L51A 3QAKA 114LA 1KW5A 4PJZA 1CV0A 3GULA 3PBLA 1L82A 1QTCA 1SX7A 250LA 184LA 253LA 2OEAX 3NY8A 1L0JA 226LA 2ANVA 1PQOA 1KNIA 1ZYTA 4W53A 3HH3A 157LA 1L60A 1L58A 2B7XA 1B6IA 2RH1A 3VW7A 4K5YA 1L30A 1T8GA 1WTHA 1L08A 3JR6A 4PK0A 2RBSA 3HH6A 1L45A 1L62A 143LA 1LLHA 1C66A 1L47A 4ZPUA 118LA 1L42A 5LZMA 158LA 209LA 219LA 2O7AA 1G1VA 3CDTA 1L52A 1L74A 4I7PA 1L44A 3CDRA 1JTNA 3K2RA 2HUMA 1QT6A 1P37A 259LA 1KY0A 1L75A 1T8FA 3GUNA 4I7OA 4W59A 3HDEA 125LA 236LA 131LA 4I7SA 1D3NA 3HUAA 3V2WA 1L31A 211LA 201LA 1L15A 183LA 1L49A 3GUJA 1L16A 2A4TA 129LA 1G0GA 3RUNA 3HTDA 1C6LA 1QUDA 1L71A 1OVKA 112LA 145LA 1D2WA 1C6GA 1C65A 1LGUA 1LI2A 206LA 1D3JA 4DAJA 1L24A 4S0WA 235LA 4LZMA 1QTZA 200LA 3SB5A 1L06A 160LA 1CTWA 1T8AA 1KY1A 3FA0A 3L64A 141LA 1OWZA 244LA 1L65A 3OE8A 1L14A 4EKPA 120LA 1L35A 3V2YA 2RBQA 171LA 232LA 4ARPA 1PQIA 1NHBA 2RB1X 1L13A 1C6KA 1P2RA 1L98A 1C6FA 1C6MA 2CUUA 228LA 2F47A 123LA 1G1WA 2RB2X 2OE7X 2NTGA 4I7LA 1QT4A 1LWKA 103LA 1L64A 1QUOA 1G06A 234LA 113LA 130LA 4I7RA 1LI6A 245LA 1L01A 1P56A 119LA 2RAYX 233LA 127LA 1CV4A 1L09A 1LGWA 4GRVA 102LA 1P64A 1L85A 4YXCA 3C8SA 3DN8A 4DJHA 152LA 260LA 2RAZX 1XEPA 1L76A 2O4WA 173LA 2Z6BA 7LZMA 1DYEA 1I6SA 1L93A 1QT8A 177LA 237LA 1CV5A 1CU5A 3DNAA 1L04A 167LA 3RZEA 1L77A 2RBRA 2NTHA 3DMZA 3OE6A 5I14A 3CDVA 1L23A 3G3VA 4GBRB 4EKQA 2Q9DA 2B70A 4W54A 140LA 192LA 1QSBA 255LA 1L95A 1L55A 196LA 3GUPA 126LA 1G0MA 1L39A 1C6QA 1LI3A 1KW7A 162LA 1P7SA 4EKRA 4I7MA 3HT8A 1SSWA 205LA 4W58A 2L78A 2OTYX 2RBOA 4W55A 1L61A 122LA 3GUOA 199LA 1QS9A 1QTDA 2B6TA 1QUGA 222LA 215LA 1L88A 175LA 188LA 1C6NA 1LYGA 1SX2A 170LA 3C80A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B73A 3DN2A 2NWDX 1LZGA 3K3TA 1OYUA 178LA 1UBZA 4LDEA 1GE1A 216LA 1FKQA 3HH5A 5LAGA 3RZ4A 1ZVYB 2H9JA 1NMMA 1GBZA 2LC9A 3AB6A 1B7MA 4WMGA 110LA 3HUQA 1L19A 3EMLA 1LYDA 3CSQA 2Q9EA 1YL1X 4I7KA 3LZMA 1FN5A 1D2YA 2LZ2A 1RFPA 3TMXA 156LA 4W57A 1LMOA 1L34A 1LJIA 3OK0A 4GCFA 1C64A 1DYCA 4WLTA 3WXUA 1LMTA 5KXOA 4OWCA 1DKJA 1L56A 1CU0A 1VATA 5T3FA 1LYFA 2ZIJA 1LWGA 1JITA 1L63A 2ZIKA 1XJTA 1CU3A 1YANA 3NYAA 5F16A 2ZNXY 3CT0A 1L72A 1LGXA 4WLDA 4ARMB 1JJ0A 5LIOA 4XJBA 4H91A 3A34A 3L2XA 5APDA 4I7JA 2B6ZA 1LHHA 1GFHA 1L02A 1JWRA 3WMKA 4LYZA 1D9WA 1C7PA 3DN6A 4LYTA 3GUIA 2ZQ4A 1NBZC 4H9CA 1GFEA 4XJHA 154LA 2BQCA 4YX7C 1C61A 1GF9A 3SB9A 2EPEA 2BQOA 4GN5C 1BGIA 1LSBA 2OU0X 3RT5X 3A94A 1AT5A 2D4JA 137LA 1C6EA 1OWYA 1LZDA 1QTEA 4W56A 4RDSA 2HULA 2BLXA 1ZWNA 4U3XB 4DD1A 4LYCA 1GF3A 2B72A 261LA 132LA 4W52A 1LJ3A 5IHGA 4H1PA 3FADA 3AW7A 1D0LA 1CX7A 4NWEA 4DKLA 1LYHA 257LA 1SLYA 1ZV5L 3HU9A 1QUHA 1IR9A 1GBXA 3DMVA 1UIBA 2W1MA 230LA 1SSYA 4TX7A 1LJ4A 1LSMA 217LA 4UWUA 1NHEA 1VDPA 4WM6A 2D6BA 1GXV2 1L21A 2F4AA 189LA 4NGKA 1L37A 2F4GA 1QSQA 1RCMA 2OE9X 4LYMA 1T6HA 109LA 1B5XA 4N1EI 1CV1A 1G0PA 2ZNWY 4QY9A 1CUQA 1QT3A 1L26A 4ARLA 5LVJA 150LA 251LA 1N4FA 4GCBA 3CT1A 2BQKA 3W6DA 1LMNA 159LA 3WYHA 3WPKA 6LZMA 1V7TA 1PQDA 240LA 4ARMA 1UIFA 4H8ZA 224LA 4NIJA 187LA 1O23A 146LA 1WQNA 1C68A 1GFRA 1LTMA 1OUDA 1YKZX 1GB7A 3CDQA 2OU9A 2DQIY 4I7NA 4Z46A 1HFXA 4PPOA 1GFTA 5II3A 2W1XA 3C7WA 142LA 1FBIX 4NWHA 4LFXA 1G0JA 139LA 1MELL 1UIGA 212LA 2QB0B 3CB7A 4WO9A 5AMYA 1LYSA 1SQ2L 5HMVA 3AGGG 4NSJA 5E4PA 1JKBA 4YXAC 3TXEA 3GUMA 4EPIA 1IP7A 5HQ1A 2RBPA 2LZMA 3TXJA 5I5QA 1HERA 1L51A 1XSFA 3QAKA 133LA 1C08C 1DI4A 4IASA 1J1OY 3A90A 1IP3A 5HLLA 1SX7A 226LA 2YDGA 1HNLA 1L58A 1LHJA 2I6ZA 1PZYA 5B07A 5L3HA 3JR6A 5ILFA 1L62A 1JJ3A 3LZ2A 4IJ4A 1B7QA 2CDSA 1GBSA 3CDTA 1WTNA 1L52A 1UIDA 1L74A 1A4VA 1L44A 4H9HA 1LYYA 1LHMA 1QT6A 5IDDA 3GUNA 4I7OA 3HDEA 236LA 3BKVA 3HUAA 4XJIA 1L49A 1L16A 1G7LC 3HTDA 1QUDA 4NHIA 145LA 1XGUC 1C6GA 2MEFA 1JHLA 5LVIA 4DAJA 1QTZA 3TXHA 1KY1A 5DM9A 1GFGA 244LA 1UC0A 3OE8A 3RNXA 4EKPA 4XJFA 2RBQA 171LA 4HV1A 3G3AB 6LYZA 1PQIA 2RB1X 2HECA 4WG1A 2Z18A 3A8ZA 2CUUA 1B5WA 6LYTA 1W6ZA 123LA 4PRUA 1L64A 1F10A 1GDWA 2YVBA 113LA 4I7RA 1LI6A 1LAAA 1T6VL 2RAYX 1IY4A 3A93A 4YXCA 1DQJC 3DN8A 2RAZX 3W6BA 2DQDY 237LA 2A7DA 1CU5A 3DNAA 4NGJA 1L04A 4H9AA 2NTHA 4G4BA 3DMZA 5I14A 2BQHA 1RI8B 5I4WA 4HTNA 2C8PA 1BVKC 3A96A 5LA5A 1L55A 2MEGA 1GB0A 126LA 1G0MA 4EMNA 5B05A 1C6QA 1LI3A 4KXIA 3WUAA 1LMQA 1G7JC 2FBBA 4OWEA 2OTYX 4HP0A 4W55A 4DD0A 5LXWA 122LA 2DQJY 3GUOA 199LA 1B5ZA 1AZFA 4HJYA 5EBHA 175LA 3WPLA 1LYGA 170LA 4OW1A 191LA 2BQBA 1F0WA 3P68A 5KXYA 1LHKA 104LA 3FI7A 4XENA 1KXYA 2Z2EA 3T6UA 1CJ9A 163LA 1YAMA 1L36A 2B5ZA 2OU8A 1IOTA 4ZFPA 4WM3A 3SBBC 3J4GA 1IC5Y 4H9FA 4Z3MA 3DN3A 2O79A 1P5CA 3P65A 4EKSA 218LA 5LINA 1YAPA 4LT1A 262LA 144LA 3GUKA 2YSSC 2F30A 1L97A 1L12A 1L79A 3LYOA 2BQFA 1QTVA 1F6RA 210LA 2IHLA 3M3UA 4ETCA 174LA 2BAAA 4OOOA 4FJRA 1JTPL 5F81A 2BQNA 1LZ9A 4I7QA 4BAPA 3TXDA 1LSCA 1NDMC 4DQJA 1LZEA 2EQLA 5I4XA 1LJJA 1NDGC 2HEEA 1QT7A 221LA 1L27A 155LA 5APFA 3G3XA 3A67Y 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B73 A;  3DN2 A;  2NWD X;  1LZG A;  3K3T A;  1OYU A;  178L A;  1UBZ A;  4LDE A;  1GE1 A;  216L A;  1FKQ A;  3HH5 A;  5LAG A;  3RZ4 A;  1ZVY B;  2H9J A;  1NMM A;  1GBZ A;  2LC9 A;  3AB6 A;  1B7M A;  4WMG A;  110L A;  3HUQ A;  1L19 A;  3EML A;  1LYD A;  3CSQ A;  2Q9E A;  1YL1 X;  4I7K A;  3LZM A;  1FN5 A;  1D2Y A;  2LZ2 A;  1RFP A;  3TMX A;  156L A;  4W57 A;  1LMO A;  1L34 A;  1LJI A;  3OK0 A;  4GCF A;  1C64 A;  1DYC A;  4WLT A;  3WXU A;  1LMT A;  5KXO A;  4OWC A;  1DKJ A;  1L56 A;  1CU0 A;  1VAT A;  5T3F A;  1LYF A;  2ZIJ A;  1LWG A;  1JIT A;  1L63 A;  2ZIK A;  1XJT A;  1CU3 A;  1YAN A;  3NYA A;  5F16 A;  2ZNX Y;  3CT0 A;  1L72 A;  1LGX A;  4WLD A;  4ARM B;  1JJ0 A;  5LIO A;  4XJB A;  4H91 A;  3A34 A;  3L2X A;  5APD A;  4I7J A;  2B6Z A;  1LHH A;  1GFH A;  1L02 A;  1JWR A;  3WMK A;  4LYZ A;  1D9W A;  1C7P A;  3DN6 A;  4LYT A;  3GUI A;  2ZQ4 A;  1NBZ C;  4H9C A;  1GFE A;  4XJH A;  154L A;  2BQC A;  4YX7 C;  1C61 A;  1GF9 A;  3SB9 A;  2EPE A;  2BQO A;  4GN5 C;  1BGI A;  1LSB A;  2OU0 X;  3RT5 X; 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