1XFPL

Crystal structure of the cdr2 germline reversion mutant of cab-lys3 in complex with hen egg white lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Chemical Basis for the Affinity Maturation of a Camel Single Domain Antibody
pubmed doi rcsb
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Camelus dromedarius
molecule keywords heavy chain antibody
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2004-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1xfpL00
3WH1A 4KL7A 1F6RA 1W08A 133LA 4NGIA 1JKBA 3CT1A 5KXSA 1HSWA 5HMVA 4DD9A 4HJVA 2BQDA 1AKIA 4UWVA 6LYTA 4TWSA 1JTOL 1YKZX 1GXXA 4XJBA 1IWWA 1HEMA 1HEPA 4GN3A 5AMYA 1LZYA 1T3PA 5J7CA 4XJIA 1LJNA 1IWVA 1GFTA 2MEDA 4TX7A 1GAZA 4IJ4A 4PJ2C 1GBYA 1I1ZA 2NWDX 3P68A 2W1YA 3VWOA 3LHMA 1YAPA 1LHLA 3G3AB 1JTTL 1GB9A 194LA 1GB8A 4NEBA 1B9OA 1EL1A 2MEFA 1GPQC 1OUAA 1KXYA 2MEAA 2FBDA 1HFXA 4WG1A 2ZIKA 4E3UA 4DD2A 3TXKA 4NG1A 2BQNA 3WUMA 1WQMA 2DQIY 4XENA 1WVVA 2FBBA 1HF4A 5KKIA 4W94A 1LSCA 1HELA 1FLYA 1C08C 1KIPC 2DQFC 4RW2A 4ZEEA 3P4ZA 1NWGA 3FI7A 3TMUA 1JSFA 4G9SA 1AZFA 1LYZA 3WPLA 1JJ3A 1IC7Y 1D0MA 5LVKA 3WU7A 5IDDA 4YM8A 1FKQA 3WMKA 4B0DA 1IR7A 1B7RA 4WLTA 3ZVQB 4DD1A 2DKVA 1CJ6A 1GB6A 1LSAA 5KXYA 4D9ZA 1IP6A 3A6CY 2C8PA 2BQMA 1JWRA 2BQHA 3AZ7A 3ULRA 3WUNA 4HTKA 4AXTA 4H94A 4ET8A 3CSZA 1IWTA 1BWIA 4Z3MA 5I4YA 5LYMA 3P65A 2G4PA 4LT1A 5LAFA 2DQAA 2BQLA 4WM1A 5FCPA 1IO5A 1BHZA 3CT5A 2ZNXY 4ETEA 1B7SA 3A3RX 4CGEA 3A95A 3TXEA 2BPUA 4NHQA 1JKCA 5DN5A 2F2NA 4A7DA 1LZ1A 4LGKA 4ETBA 1B5VA 1T6VL 5DM9A 1FLQA 1NKHA 2BLXA 4XJDA 5APDA 5C6IA 1LHKA 1LMCA 1UBZA 4RLMA 1XGUC 2BQAA 4NWHA 3N9EA 1NBZC 1OUHA 3HBHA 4RW1A 1B5YA 4PGJB 1REZA 3AYQA 1GBWA 1LPIA 4NGWA 5E4PA 1LCNA 3BKHA 3ATNA 2Z37A 4R0FA 4GCFA 4QY9A 1IWYA 4DD7A 1GF9A 4DWXA 1IP3A 4DD0A 1UIAA 2Q0MX 1D9UA 5KXPA 3WULA 1GF0A 1D6PA 2IHLA 3ZEKA 1LYSA 3D9AC 4G4HA 5C6JA 1IOTA 4W96A 1GFVA 4HTQA 1YAOA 1JITA 1DPWA 1ZVYB 4KXIA 1ALCA 3TXIA 2Z39A 1LZBA 2DQGY 4I0CA 4WO6A 1I20A 2HU1A 1RI8B 2BQBA 1GFRA 1TBYA 4B4EA 3N9AA 4ZFPA 2EQLA 5LYZA 2Z18A 4P2EA 5F14A 2YBIA 2HECA 3ZVQA 2MEEA 3OK0A 5APEA 1J1PY 3D3DA 5LAGA 3AGGG 4LZTA 4WM5A 1W6ZA 2BQGA 3WPKA 1HFYA 1LZAA 1IP2A 1EQEA 1B7OA 3WW6A 1EQ4A 1GEZA 1SQ2L 1IORA 4CFOA 1JUGA 5E9RA 4GCDA 1FKVA 5LA8A 1WQQA 2GV0A 1ZVHL 1LZNA 3EBAB 4HPEA 1TEWA 1MELL 3LYMA 4GCEA 8LYZA 4XJHA 3W6CA 2W1MA 5LVIA 3TXFA 1B0DA 1TCYA 5LINA 1IR8A 1CKFA 1GFGA 2XTHA 3LYOA 4H9IA 3F6ZA 3A67Y 1FN5A 1HNLA 1DI5A 1LHJA 1JKAA 1UC0A 2AUBA 2BQCA 2FYCA 4MR1A 4YOPA 3W3EA 2D4JA 3MGWA 4H8XA 1HSXA 4J1AA 4LFXA 4DD3A 1IOSA 4LT2A 5A3EA 5FSTA 1IX0A 1VATA 1OUJA 2W1XA 1AT5A 1LMQA 3WYHA 2BQIA 1LZEA 1I56A 2I6ZA 3CB7A 3CSQA 4NGVA 3M18B 1XFPL 5ILCA 2RSCA 1KXXA 1DI4A 5B59A 1VDPA 5KKJA 1GB2A 1LMTA 3TXBA 4N9RA 2HU3A 4HJYA 4X3BA 4NY5A 1UIFA 4WO9A 4DC4A 1B2KA 1XEKA 4O34A 2CJLA 1IWZA 3B0OA 4NGYA 3AGIA 2DQCY 1BVKC 5F16A 1JISA 2ZQ3A 1CKGA 1KIRC 5B06A 4DT3A 3AJNA 3A3QA 5KXMA 1IVMA 4H91A 4M6DA 1NDMC 1IC5Y 2CDSA 3CT0A 4TSCA 1XEIA 1IP5A 4MSTA 4QDNA 5D5CA 2C8OA 1OUDA 4WG7A 3RW8A 1KIQC 2W1LA 1BB6A 1VEDA 1WQOA 2MEBA 1YAMA 2WARA 4UWNA 4C5FA 4N0JA 4ZIXA 1GFHA 5M1YA 4HJZA 2LYZA 3J6KA 1OUFA 4HP0A 4NFVA 3KAMA 5LA5A 1QDTA 2LYMA 2MECA 4H90A 1VDSA 1VAUA 1BQLY 1C10A 2D6BA 2HEBA 2Z2FA 4TTDA 1BWHA 5II3A 1LZ9A 1GE2A 4OWBA 3RU5A 1IIZA 207LA 4WOAA 4H1PA 4BADA 4AGAA 3HBEX 1C46A 1GFJA 4ETDA 1GDWA 1BVXA 1GFUA 3B0IA 5KXRA 1JTPL 1IOCA 1GEVA 1LJHA 1GB0A 4ET9A 4Z98A 2A7DA 4H9FA 2D91A 1LSDA 4WL6A 5T3FA 4Z41A 3J4GA 1OUCA 1WTNA 3IWRA 3A91A 3AZ4A 1YROA 3W6FA 3WU9A 5I4XA 1UIDA 4WM4A 4DDBA 1BB7A 1J1XY 1IP1A 1REMA 5LIOA 1LMOA 4H8YA 1IC4Y 1NQIA 1CKDA 1REXA 2B5ZA 4NGJA 4WL7A 4YENA 1CNSA 4OOOA 5EBHA 5LXWA 4H9CA 1QSWA 1DI3A 3TXGA 3ATOA 1IP4A 5FHWA 4CJ2A 5KXWA 5LYTA 1LHIA 5DL9A 7LYZA 2HEEA 5LVHA 3A92A 1LZGA 4PRUA 4B4JA 1GXV2 3GXRA 4LYOA 4WM3A 2LHMA 2Y8PA 5B1GA 1WQRA 3TMWA 1YIKA 1OUEA 4FJRA 4GLAA 1IWUA 3GXKA 1JEFA 1GF5A 1V7SA 2Z19A 3W6EA 132LA 3M3UA 5LVJA 2XBSA 4NHTA 5FDJA 2Z2EA 3W6DA 5IELA 2IFFY 1QUSA 1GD6A 4OW1A 4BAPA 1G7LC 4LT0A 4EMNA 1ZMYL 1FLWA 1LJKA 5KXNA 1DZBX 1P2CC 1GAYA 1QDRA 5JENB 3T6UA 4H9AA 1PZYA 1YILA 2F4AA 4IASA 1NHEA 2YSSC 2DBTA 1QIOA 1VDTA 1F0WA 4NGOA 4NSGA 3RT5X 1UUZC 2CWIA 4TSBA 153LA 2VB1A 4BS7A 1XGTC 1OUBA 1B5UA 1OQMA 4B4IA 5B05A 3E3DA 3WXUA 1LZDA 1LZ6A 4QGZA 3AW7A 1IOQA 4KPMA 1LYOA 3HBDA 5L3IA 1XGPC 4EOFA 5C6LA 1BB3A 1PS5A 1UA6Y 1RCMA 1DKJA 4GCCA 1YAQA 1HHLA 1GFAA 1H6MA 1LZSA 1UACY 3WU8A 3TMXA 4PHIA 1SLYA 5KY1A 5KXXA 4H9EA 4LT3A 4NG8A 1IY3A 3TXJA 3WL2A 1B5WA 2EPEA 1FLUA 2ZILA 3TXDA 4YEMA 2XJWA 1B5XA 1F6SA 2ZYCA 193LA 2YBMA 1OUIA 1QUTA 3FE0A 1D0LA 4LYZA 4J7VA 4U3XB 2I25L 2YBHA 4I8SA 4OWCA 1WQNA 2DQJY 3CQLA 1GF6A 5F9UA 3W6AA 1GE4A 4YEOA 4HPIA 3WXTA 5KJ9A 4WMGA 5HMJA 1UIEA 1JSEA 1CJ9A 1YL1X 1LZCA 1UIGA 1C43A 1LKSA 1YANA 1BB4A 1HERA 3A6BY 2CGIA 3LYZA 4J1BA 2Z12A 1DKKA 6LYZA 4PRQA 1IEEA 1G7HC 1LKRA 1D0KA 1Z55A 4ETCA 3AW6A 4HSFA 3OJPA 1LMPA 4GLVA 135LA 154LA 1JKDA 5IHGA 4XJGA 1E8LA 1XEJA 1B7LA 3LYTA 5KXKA 4GN5C 4H9BA 1G7IC 1LJEA 1LJIA 1REYA 2G4QA 2F30A 5D5FA 4XN6A 5A3ZA 4GN4A 4LYTA 1LSNA 1QTEA 2MEHA 1LSBA 4NIJA 2MEGA 2ZWBA 4NGKA 1BB5A 2YDGA 4N1CC 2DQEY 4NSJA 1HENA 2HUBA 5L3HA 4WM6A 1LAAA 1VDQA 1QQYA 1DPXA 1NF5A 1TAYA 1VFBC 3LZTA 2BQEA 1F10A 1YQVY 2YBLA 3A93A 208LA 3EXDA 1GF4A 1LJGA 1DQJC 4WLDA 3B0KA 1HEWA 2BAAA 2BLYA 5B1FA 1LJJA 3CSRA 3QY4A 1AM7A 1B5ZA 2HEFA 4OWAA 2D4IA 4GCBA 5LVGA 3P66A 1HEQA 2H9KA 5FEKA 3EMSA 1D6QA 2EIZC 4NSIA 4YF2A 1RFPA 3K3TA 2ZYPA 1GF7A 2X0AA 4B1AA 3G3BB 4OWEA 1G7JC 1JPOA 5DN4A 2N5ZA 5HNCA 2DQDY 3B72A 4XYYA 1GBSA 1H87A 5I5QA 2BQOA 1GF8A 3W6BA 2BQFA 4XADA 2I26L 4LYMA 1QTKA 4ETAA 4H93A 2ZNWY 1WTMA 2LYOA 1LMAA 2BQKA 3T36A 1LZTA 4J0LA 1CKHA 1A4VA 1C45A 1GE0A 1QSAA 2H5ZA 3A90A 4L41A 5I4WA 5F9XA 1LZ5A 4LYBA 4IATA 5KXLA 1A2YC 5ILFA 1GE3A 4TUNA 3A96A 4HTNA 1INUA 4NHIA 1LSYA 1N4FA 1GB5A 1FDLY 1IR9A 3WW5A 1JIYA 1GBXA 2YBJA 1GF3A 1GFEA 2ZIJA 1XSFA 4NWEA 4CHXA 3B6LA 1B7MA 4NSHA 1GHLA 4G4CA 1LOZA 2FYDA 1LZRA 1HEOA 4CFPA 4DDCA 5K7OA 1GE1A 9LYZA 4Z46A 4UWUA 1DXJA 4G49A 4H9HA 1V7TA 4WLYA 5KXZA 1NBYC 1G7MC 2HTXA 4NGZA 5HLLA 5I54A 4QEQA 1LJ3A 3WPJA 4HV2A 5FELA 4M4OA 4R6CA 1BGIA 1HMKA 2XBRA 4N5RA 4H92A 1HMLA 1AT6A 4RDSA 1GBZA 3EO5A 3QE8A 4HV1A 3N9CA 4OOTA 1LSGA 3SP3A 1NDGC 4N8ZA 1MLCE 4WLXA 1EQ5A 4WM2A 4DYGA 1GDXA 1LSEA 3AB6A 5L9JA 1LTMA 3WVYA 5B07A 1C7PA 1FBIX 1UCOA 4OWHA 1GFKA 1LHMA 1J1OY 1LYYA 3AGHA 2HEDA 3P64A 1LSFA 4XJFA 3WUAA 5HQ1A 5APFA 4G4BA 1JJ0A 1YKYX 1BWJA 1WQPA 4DDAA 1LJFA 1XGRC 4FDYA 3IJVA 4KT3A 3A94A 3HFMY 3BKVA 3QNGA 2H9JA 3IJUA 4BAFA 5HNLA 4NGLA 1YKXX 3LN2A 4ANRA 1UIHA 4H8ZA 4PPOA 1WVUA 1NMMA 1IWXA 3AZ5A 2HEAA 4LFPA 4NHSA 2YBNA 1RE2A 1CJ8A 1GWDA 4MCKA 1LZ4A 5DLAA 2G4NA 1HC0A 1UIBA 2ZQ4A 1IP7A 3LZ2A 2MEIA 1O23A 1TDYA 1OP9B 1YL0X 3A34A 3WVXA 2F4GA 1GB3A 1LSPA 3TXHA 4RLNA 4B49A 1GBOA 5I53A 1CJ7A 3RZ4A 2A7FA 1RJCB 5F81A 4II8A 1LMNA 2LZTA 4ML7A 1JJ1A 1JHLA 3RNXA 1LZ8A 1LHHA 2DQHY 1HFZA 3AZ6A 4LYCA 1B7QA 5KXTA 1KXWA 1LSMA 2BQJA 5APCA 1LSZA 1UICA 2PC2A 2YVBA 1B7PA 2LZ2A 1CKCA 3TMVA 134LA 4NHPA 2EKSC 1LJ4A 1OUGA 1XGQC 1IY4A 4C3WA 3A8ZA 1B7NA 4N1EI 2Z38A 2D4KA 1GB7A 1ZV5L 5KXOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W08A 133LA 1G1VA 238LA 5HMVA 1L50A 4YX7C 1JTOL 1HEMA 1LZYA 4I7TA 4TX7A 2NWDX 137LA 1LLHA 164LA 1JTTL 3PBLA 1B9OA 5LZMA 1OUAA 1KXYA 2FBDA 4LDLA 1WVVA 2FBBA 1HF4A 1G0GA 4W94A 1LSCA 1FLYA 2DQFC 1LYGA 4RW2A 4ARPA 3FI7A 167LA 1AZFA 1LW9A 158LA 3WMKA 1IR7A 1B7RA 4WLTA 3ZVQB 4DD1A 1JWRA 248LA 147LA 4AXTA 4H94A 1KNIA 3CSZA 4Z3MA 227LA 1BHZA 2BPUA 1L87A 1C62A 1CV5A 4LGKA 1FLQA 1NKHA 4XJDA 5APDA 1UBZA 3N9EA 1NBZC 1OUHA 4EKQA 1LPIA 1LI2A 4I7PA 2Z37A 4DD0A 3ZEKA 1D6PA 2O7AA 1IOTA 1GFVA 2B6YA 1QTBA 1DPWA 1ALCA 1D9WA 1TBYA 139LA 4B4EA 1KS3A 1L21A 1L40A 4DAJA 1J1PY 3AGGG 3WPKA 2BQGA 1B7OA 1PQJA 5E9RA 1WQQA 1CU2A 3HH6A 3SB5A 1L09A 1MELL 8LYZA 3W6CA 1P46A 2XTHA 148LE 3F6ZA 3A67Y 1QT6A 4MR1A 1DI5A 1UC0A 4DD3A 3MGWA 1HSXA 2RBQA 1QTDA 2BQIA 1P56A 226LA 1I56A 2I6ZA 3F8VA 1L59A 3M18B 1L74A 1KXXA 127LA 1DI4A 113LA 1VDPA 3PDSA 4N9RA 2HU3A 4HJYA 4WO9A 2LCBA 4NGYA 5F16A 2ZQ3A 1TLAA 243LA 3HH3A 3SN6R 1OYUA 5KXMA 4H91A 1NDMC 4I7JA 1BB6A 2MEBA 4UWNA 1L90A 1L47A 1OUFA 2HEBA 2Z2FA 1GE2A 4YXAC 207LA 1C46A 1CU0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WH1 A;  4KL7 A;  1F6R A;  1W08 A;  133L A;  4NGI A;  1JKB A;  3CT1 A;  5KXS A;  1HSW A;  5HMV A;  4DD9 A;  4HJV A;  2BQD A;  1AKI A;  4UWV A;  6LYT A;  4TWS A;  1JTO L;  1YKZ X;  1GXX A;  4XJB A;  1IWW A;  1HEM A;  1HEP A;  4GN3 A;  5AMY A;  1LZY A;  1T3P A;  5J7C A;  4XJI A;  1LJN A;  1IWV A;  1GFT A;  2MED A;  4TX7 A;  1GAZ A;  4IJ4 A;  4PJ2 C;  1GBY A;  1I1Z A;  2NWD X;  3P68 A;  2W1Y A;  3VWO A;  3LHM A;  1YAP A;  1LHL A;  3G3A B;  1JTT L;  1GB9 A;  194L A;  1GB8 A;  4NEB A;  1B9O A;  1EL1 A;  2MEF A;  1GPQ C;  1OUA A;  1KXY A;  2MEA A;  2FBD A;  1HFX A;  4WG1 A;  2ZIK A;  4E3U A;  4DD2 A;  3TXK A;  4NG1 A;  2BQN A;  3WUM A;  1WQM A;  2DQI Y;  4XEN A;  1WVV A;  2FBB A;  1HF4 A;  5KKI A;  4W94 A;  1LSC A;  1HEL A;  1FLY A;  1C08 C;  1KIP C;  2DQF C;  4RW2 A;  4ZEE A;  3P4Z A;  1NWG A;  3FI7 A;  3TMU A;  1JSF A;  4G9S A;  1AZF A;  1LYZ A;  3WPL A;  1JJ3 A;  1IC7 Y;  1D0M A;  5LVK A;  3WU7 A;  5IDD A;  4YM8 A;  1FKQ A;  3WMK A;  4B0D A;  1IR7 A;  1B7R A;  4WLT A;  3ZVQ B;  4DD1 A;  2DKV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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