200LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 200lA00
1JTMA 1CX7A 1L0KA 1C68A 1L49A 2LZMA 1C6QA 3C8QA 174LA 1CV1A 1L85A 1C6TA 1L97A 1C65A 2F47A 1C64A 3DN4A 1L82A 2CUUA 1I6SA 1L95A 4ARQB 176LA 2RBSA 1OVKA 217LA 1PQIA 1L03A 1B6IA 4I7SA 1QTVA 3D4SA 252LA 4W54A 1L60A 2NTGA 1G0PA 1L34A 1DYEA 3SB8A 1CV4A 1T8FA 232LA 1L96A 4I7PA 1LW9A 235LA 4OO9A 1L99A 1L14A 1C6CA 2RBOA 1LYEA 3UONA 1G1VA 3GUJA 3C7ZA 1CU3A 211LA 3OE8A 1C6BA 143LA 1PQKA 1D2YA 2OE7X 1C6GA 4GBRB 1PQJA 1L91A 219LA 4ARJA 1SSYA 1C6KA 1P64A 1CU0A 4ARLA 1L05A 2B74A 1L79A 1L42A 1L64A 3GUOA 3L64A 190LA 3SB6A 1D2WA 1CV0A 2B6ZA 3HWLA 155LA 3HTGA 200LA 1L19A 2LC9A 163LA 1QS9A 1L46A 2B75A 1L84A 240LA 6LZMA 1C69A 1L57A 3HDEA 1L20A 1L04A 4W55A 1NHBA 1L48A 4S0WA 172LA 187LA 3DKEX 3HT8A 214LA 4K5YA 1C6HA 1T8GA 3GUNA 3LZMA 201LA 1C6AA 3FADA 3V2WA 4EKQA 148LE 162LA 7LZMA 131LA 149LA 199LA 3C8SA 4I7KA 1P6YA 1KY1A 1QUDA 1LI3A 4EKSA 1L53A 1L50A 1LGUA 1QT6A 166LA 1L87A 1C63A 2RBNA 4E97A 144LA 128LA 238LA 1QTHA 1L36A 1L81A 223LA 110LA 3HTBA 1G0QA 164LA 198LA 1L94A 140LA 1L71A 1LYDA 1L15A 1L13A 1OV5A 1EPYA 111LA 2B6XA 2B6TA 2LCBA 1L80A 180LA 1QT8A 161LA 224LA 2F2QA 1DYGA 160LA 218LA 1KW7A 1DYFA 1L69A 2HUMA 222LA 4I7RA 1LPYA 1QT7A 1SWZA 247LA 3GUPA 3DN2A 215LA 3CDOA 1L92A 1L70A 3OE0A 158LA 4W59A 1QUOA 2OU0X 220LA 3C81A 1OWZA 1L88A 1LGWA 1L23A 1CTWA 3DN6A 3C82A 157LA 257LA 2OE9X 1L25A 1OVJA 1L18A 108LA 3SB7A 2Z6BA 3OE6A 3SBBC 1L35A 1LWGA 126LA 178LA 250LA 228LA 2OTZX 1QT3A 1L75A 1C60A 251LA 2OE4X 1PQDA 102LA 2RBPA 1L52A 1L72A 129LA 168LA 1L33A 152LA 3C7WA 2OU8A 2B6WA 1C6EA 1LI6A 245LA 3SN6R 4LZMA 2ANVA 2RBRA 1L77A 1KY0A 173LA 3GUMA 3CDVA 4LDOA 103LA 120LA 2RAYX 2Q9EA 3CDRA 3CDTA 4EPFA 246LA 1QUGA 1L30A 122LA 4PK0A 184LA 2OU9A 221LA 1QS5A 1L98A 1T6HA 1CX6A 3HUAA 4I7LA 3NY9A 1L66A 1P56A 1ZURA 4AQNA 236LA 114LA 2RB2X 3NY8A 243LA 254LA 1OWYA 1L10A 115LA 197LA 1KS3A 2B7XA 1C62A 4EPIA 3DN0A 1L54A 3DMZA 4I7QA 3SBAA 1P37A 1T8AA 1LGXA 1G0GA 3HH6A 147LA 3HU8A 5I14A 1C66A 4LDEA 1QTDA 4DKLA 1LYJA 1G07A 226LA 1CUQA 1L27A 181LA 3HT7A 1LLHA 150LA 4ARMA 1CV3A 3RZEA 4YX7C 3ODUA 1DYDA 1L55A 1JTNA 185LA 4EJ4A 230LA 1QT4A 1G0LA 1L08A 1L45A 3HDFA 1D9WA 2HULA 175LA 206LA 3SB5A 123LA 3HTFA 195LA 127LA 1L47A 1L12A 4I7MA 2O4WA 183LA 3NYAA 165LA 2O7AA 229LA 1L37A 1LYGA 1P2RA 216LA 3OE9A 2B70A 3HTDA 1G0MA 1QTBA 3HH5A 4I7OA 5LZMA 3SB9A 139LA 1QTCA 1QSBA 3DMXA 2RB0X 1C67A 1L86A 1C6IA 4W53A 1L62A 1L44A 1L61A 196LA 3RUNA 1L51A 188LA 2RBQA 1WTHA 1T97A 3EMLA 113LA 145LA 142LA 3PBLA 233LA 191LA 1L22A 1L17A 1P7SA 1C6DA 262LA 1C6NA 3GUIA 182LA 1PQMA 231LA 248LA 4YXCA 1DYAA 1L40A 1L38A 1P46A 130LA 4EKRA 4DJHA 2O79A 1C6LA 1L39A 189LA 2L78A 1SX2A 242LA 1L06A 1C6PA 1G0JA 3DN1A 3VW7A 1L41A 1C6FA 104LA 3G3WA 1ZWNA 1D3NA 1P2LA 1CU5A 205LA 1JQUA 1L11A 1G0KA 1CU6A 3HUKA 3V2YA 146LA 1DYCA 1L74A 249LA 3JR6A 3FA0A 255LA 109LA 1XJUA 2IGCA 3HH4A 4DAJA 1G06A 1L68A 119LA 2B6YA 2B72A 1D3JA 1LYHA 4ARMB 2B73A 1PQOA 1L58A 227LA 3CDQA 4YXAC 1D3MA 1DYBA 1CV5A 4W57A 1KNIA 3C83A 4W51A 1LWKA 151LA 1L02A 3DMVA 3HH3A 1OV7A 1LI2A 1OVHA 256LA 4W52A 2OEAX 2QARC 3DN3A 1L29A 1L67A 1ZYTA 186LA 4ARQA 2F32A 2Q9DA 1SX7A 1L63A 4IAPA 1L65A 244LA 3C8RA 1LYFA 3HT9A 1L43A 1L90A 253LA 3DNAA 3G3XA 1L01A 4W58A 1L24A 1G1WA 1C61A 141LA 1L0JA 3HU9A 4ZPUA 3HUQA 258LA 237LA 159LA 137LA 209LA 3C80A 1K28A 1L16A 2QB0B 107LA 1SSWA 1CUPA 118LA 210LA 3HT6A 1L56A 2NTHA 192LA 2RH1A 1D3FA 3FI5A 1P3NA 1L26A 3K2RA 4EKPA 125LA 171LA 3QAKA 241LA 4EXMA 3G3VA 1CVKA 1L76A 1L09A 1KW5A 2ANXA 169LA 4W56A 167LA 1QTZA 225LA 234LA 177LA 1C6MA 261LA 1OYUA 1L32A 2A4TA 213LA 239LA 112LA 4LDLA 1QUHA 3GULA 3DN8A 2HUKA 1TLAA 4I7TA 1L93A 4I7JA 1L59A 1LYIA 3L2XA 3F9LA 1L73A 1CV6A 1XJTA 2RAZX 1QT5A 259LA 3F8VA 4ARPA 2RB1X 1C6JA 1L83A 1L89A 1L07A 1L28A 138LA 4I7NA 1QSQA 3C7YA 170LA 1L21A 1L00A 3GUKA 1L31A 1P36A 3PDSA 1P5CA 1XEPA 4GRVA 156LA 260LA 1SWYA 212LA 1CU2A 4PJZA 2OTYX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CX7A 3SP3A 1HMKA 1B0DA 1L85A 1LZYA 1QUTA 1NDGC 3QE8A 4H91A 1L95A 176LA 1LYZA 1GE0A 3P65A 2ZQ4A 1B6IA 1QTVA 252LA 1REZA 1LZ6A 207LA 2FBDA 4NGYA 1C08C 1LJEA 5C6LA 1T8FA 5LAFA 135LA 3P4ZA 1HF4A 4DYGA 5ILCA 2RBOA 1LYEA 1G1VA 1QIOA 1GFKA 3C7ZA 1LTMA 2DQAA 2YSSC 143LA 1OUAA 1IO5A 5C6IA 2D4JA 1LJ3A 2RSCA 1L42A 1GAZA 1XGTC 1D2WA 1B7OA 1B5UA 2B6ZA 5DLAA 1L19A 163LA 1QS9A 6LZMA 1C69A 3WUMA 4W55A 1L48A 4S0WA 214LA 4GN3A 1CJ8A 4ET8A 201LA 1C6AA 3V2WA 133LA 2ZIKA 148LE 4H9IA 131LA 1P2CC 2MEEA 4N1EI 2BQNA 3ZVQA 4GLAA 4I7KA 1QUDA 1LSZA 1WTMA 4EKSA 1L53A 1QT6A 4ZEEA 4YEOA 1VDPA 3A94A 3J4GA 1CKHA 4E97A 5HMJA 3GXRA 4EMNA 1LZNA 110LA 1G0QA 4WLYA 1L13A 1OV5A 1EPYA 2YVBA 3HFMY 1LJKA 180LA 1A4VA 2F2QA 1HHLA 1DYGA 1UIDA 1EQEA 1KW7A 1DYFA 2HUMA 4XENA 222LA 1WQNA 1SWZA 1C46A 247LA 4H92A 1GEZA 1L92A 1L70A 2I6ZA 2MEFA 220LA 4XJIA 1L88A 1LGWA 2DKVA 2OE9X 4WLXA 2G4NA 3OE6A 2B5ZA 2OTZX 178LA 208LA 4WM2A 4RLMA 2BQJA 1WQRA 5I4YA 1C60A 1MELL 1IWZA 1LMOA 102LA 4WO9A 3TXHA 5LAGA 1GBZA 1OUEA 1IP5A 5F9XA 3TMUA 2B6WA 1RE2A 2XJWA 1GDWA 1C6EA 5KKJA 4YF2A 1REXA 3SN6R 4LZMA 4H9EA 3AGIA 1KY0A 173LA 3CDVA 4H1PA 4LDOA 2RAYX 2W1YA 4OWCA 2Q9EA 3CDRA 3CDTA 5LYMA 246LA 5LIOA 3W6DA 4PK0A 1JPOA 1HSWA 4HP0A 4QEQA 1L66A 4KPMA 1V7TA 236LA 114LA 4WO6A 6LYTA 1KS3A 1J1OY 2MEBA 2Z38A 1KXYA 4IJ4A 4DKLA 226LA 1CUQA 1YAMA 2DQEY 1XEIA 1OUBA 1IY3A 3HT7A 1LLHA 150LA 4B4IA 1UICA 5KKIA 1DYDA 1L55A 4EJ4A 1G0LA 1L45A 3HDFA 2Z2EA 4ZFPA 1LJNA 127LA 1WVUA 1L12A 2O4WA 165LA 3HTDA 1F10A 1QTBA 1XGUC 4I7OA 1JTOL 5KY1A 2HUBA 2LYZA 2ZNWY 3TXKA 139LA 1QTCA 4EOFA 154LA 2EPEA 3DMXA 1IWWA 1LHKA 2BQLA 4ML7A 2BQMA 1QSAA 3QNGA 2CWIA 3EMLA 145LA 5DN4A 3B6LA 1L22A 1L17A 4KL7A 1C6NA 3GUIA 1F6RA 1DYAA 1L40A 1GBWA 5L9JA 3WUAA 4TWSA 189LA 4M6DA 3A92A 4GN5C 1SX2A 1CKCA 242LA 1YROA 4XJHA 1TBYA 5B05A 5KXSA 1C6FA 3G3WA 1J1PY 1CU5A 4DQJA 1L11A 1CU6A 3AW7A 5KXYA 2YBJA 146LA 249LA 2DQCY 3FA0A 2BQEA 1UIAA 2IGCA 119LA 4AXTA 2Q0MX 1C7PA 5J7CA 5KJ9A 4ARMB 227LA 1JJ3A 3CT5A 1KNIA 2HEDA 1L02A 1ZVYB 3DMVA 4LYZA 5LVHA 2OEAX 1BWJA 1L67A 1CJ7A 3AW6A 1WQOA 4NWEA 2Q9DA 1SX7A 1UA6Y 4GCEA 3C8RA 4YM8A 3HT9A 3TXFA 2BLXA 5K7OA 3T6UA 4D9ZA 1T3PA 1G1WA 4B0DA 141LA 1B7RA 3HUQA 4G4HA 237LA 4R6CA 1GB5A 159LA 137LA 2LZTA 1SSWA 1JKCA 4XADA 1IVMA 1D3FA 1P3NA 3K2RA 3QAKA 1YAOA 4DC4A 241LA 4NHTA 1LYYA 1FKQA 3W6EA 1KIRC 4NHSA 1LPIA 169LA 1QTZA 1FLYA 177LA 4N0JA 261LA 1L32A 4UWUA 239LA 3IJUA 3GULA 3DN8A 4H9FA 4I7TA 2NWDX 4IASA 3F9LA 4HJZA 1XJTA 4XJFA 3WL2A 259LA 1YAPA 4CJ2A 2RB1X 4XN6A 1C6JA 5KXWA 1L07A 2DQJY 2F4GA 1L21A 1B5ZA 1LJ4A 3W3EA 1F0WA 1P36A 4NIJA 2MEIA 2F30A 4NGLA 1JTMA 3A90A 5JENB 1LHMA 5E9RA 1D6PA 3C8QA 174LA 1LSFA 1C6TA 1DI5A 4CHXA 1GFGA 2F47A 1LZBA 2CUUA 1QUSA 4ARQB 4RLNA 1FLUA 2YBHA 1L03A 4GCDA 1H6MA 1KIQC 4I7SA 3D4SA 2FBBA 232LA 1G7IC 1C6CA 3AZ7A 3GUJA 4MCKA 1HENA 3TXDA 4FDYA 4TX7A 194LA 4NSIA 1GFUA 1JWRA 5II3A 4I8SA 5F9UA 2OE7X 5HLLA 1C6GA 1PQJA 4DDBA 1CU0A 4ARLA 1L05A 5IHGA 1L79A 190LA 2LHMA 4DWXA 1CV0A 3T36A 4GN4A 3P64A 2B75A 1L46A 1L04A 1NHBA 172LA 5DN5A 5L3IA 4K5YA 1IWYA 1C6HA 1YL0X 3GUNA 162LA 4HJVA 1GXXA 2MEHA 4CFOA 2AUBA 1LI3A 1DI3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CX7 A;  3SP3 A;  1HMK A;  1B0D A;  1L85 A;  1LZY A;  1QUT A;  1NDG C;  3QE8 A;  4H91 A;  1L95 A;  176L A;  1LYZ A;  1GE0 A;  3P65 A;  2ZQ4 A;  1B6I A;  1QTV A;  252L A;  1REZ A;  1LZ6 A;  207L A;  2FBD A;  4NGY A;  1C08 C;  1LJE A;  5C6L A;  1T8F A;  5LAF A;  135L A;  3P4Z A;  1HF4 A;  4DYG A;  5ILC A;  2RBO A;  1LYE A;  1G1V A;  1QIO A;  1GFK A;  3C7Z A;  1LTM A;  2DQA A;  2YSS C;  143L A;  1OUA A;  1IO5 A;  5C6I A;  2D4J A;  1LJ3 A;  2RSC A;  1L42 A;  1GAZ A;  1XGT C;  1D2W A;  1B7O A;  1B5U A;  2B6Z A;  5DLA A;  1L19 A;  163L A;  1QS9 A;  6LZM A;  1C69 A;  3WUM A;  4W55 A;  1L48 A;  4S0W A;  214L A;  4GN3 A;  1CJ8 A;  4ET8 A;  201L A;  1C6A A;  3V2W A;  133L A;  2ZIK A;  148L E;  4H9I A;  131L A;  1P2C C;  2MEE A;  4N1E I;  2BQN A;  3ZVQ A;  4GLA A;  4I7K A;  1QUD A;  1LSZ A;  1WTM A;  4EKS A;  1L53 A;  1QT6 A;  4ZEE A;  4YEO A;  1VDP A;  3A94 A;  3J4G A;  1CKH A;  4E97 A;  5HMJ A;  3GXR A;  4EMN A;  1LZN A;  110L A;  1G0Q A;  4WLY A;  1L13 A;  1OV5 A;  1EPY A;  2YVB A;  3HFM Y;  1LJK A; 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