205LA

How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
165
structure length
159
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTAAKSAAAELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 159
sequence length 165
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 205lA00
220LA 2OU0X 4I7PA 4W57A 112LA 4W58A 4ARPA 1QUDA 3SB8A 160LA 4EKQA 259LA 3HU9A 1G0JA 115LA 3C7WA 178LA 4LDOA 1XEPA 213LA 2F32A 4EPIA 1LYEA 1G0GA 3HH4A 2RB1X 3HUQA 3OE9A 1CU5A 227LA 1L73A 126LA 1ZYTA 1QTHA 3FI5A 3GUMA 128LA 4K5YA 1T8GA 1L55A 1QTVA 2B75A 1C6GA 3C81A 1CV4A 237LA 2B6XA 224LA 1G1VA 1LI2A 3CDVA 1L37A 1OVHA 1L03A 199LA 1CX7A 1L89A 1WTHA 3SB7A 256LA 1KY1A 1D3FA 3SB5A 1L65A 1QTDA 1DYCA 3OE0A 1L29A 257LA 159LA 4EKSA 181LA 4ARQB 169LA 2RH1A 118LA 4YXAC 1KW7A 244LA 1L28A 1PQIA 1D3JA 1LWGA 1G0MA 218LA 4PJZA 201LA 219LA 1L63A 247LA 253LA 1C6JA 4I7KA 1G0PA 1DYDA 2QARC 3GULA 1T6HA 1L20A 3NYAA 6LZMA 4W59A 162LA 1C60A 167LA 1L90A 1KY0A 229LA 1SSWA 1C6IA 233LA 241LA 3HT6A 2RB0X 1PQDA 3HDFA 2IGCA 4I7RA 139LA 3C80A 3V2WA 2B70A 1DYAA 3HH6A 1L33A 3DN8A 2HUMA 2LC9A 1L26A 1L53A 3FA0A 131LA 1P64A 111LA 3SBAA 1SX2A 1L58A 3OE6A 4EKRA 1P3NA 1L19A 1C66A 4I7TA 1L68A 1L51A 215LA 149LA 3JR6A 4I7SA 141LA 1G06A 1L25A 1C6MA 1CUQA 4PK0A 4ARJA 4LDLA 3VW7A 151LA 1L62A 1OWYA 4EJ4A 1QSBA 1QTCA 205LA 1L67A 3F8VA 3SB9A 255LA 3HT7A 4ARMB 2O4WA 1LYGA 4IAPA 2NTGA 1L16A 3CDOA 1C6PA 192LA 1L22A 1L70A 4W53A 1G1WA 185LA 1QTZA 1P2RA 1P37A 1K28A 1L13A 216LA 1DYGA 1CX6A 1SX7A 1C67A 1C69A 2F2QA 4I7QA 182LA 171LA 4GRVA 3F9LA 1L45A 3CDQA 184LA 3DN2A 7LZMA 2L78A 1C68A 1P36A 234LA 2F47A 3C7ZA 4ZPUA 1OV5A 127LA 103LA 1L96A 1JTNA 1L74A 4W51A 3C8SA 1OYUA 1L61A 1L39A 1L88A 176LA 1P56A 1G0LA 148LE 3GUPA 1D2YA 2B6ZA 240LA 230LA 3HT9A 1L47A 1LI3A 214LA 4W55A 165LA 226LA 1L64A 260LA 242LA 1B6IA 1CV0A 3C8RA 251LA 4DAJA 1PQKA 1L42A 3DMXA 1L30A 1L11A 145LA 1L09A 150LA 166LA 1C6QA 143LA 4ARQA 186LA 3OE8A 1L40A 1CV5A 3C83A 1L75A 1L23A 3HUKA 3HTDA 1DYFA 1L60A 187LA 1QS9A 206LA 1L35A 4W54A 1ZURA 1L77A 123LA 1L71A 221LA 4LZMA 3LZMA 1QT6A 1CU3A 1L06A 1ZWNA 3K2RA 1L07A 1C6DA 1C6TA 2RBOA 108LA 2O79A 3HTFA 2OE4X 3HT8A 1LPYA 1D3NA 3DNAA 1C6EA 258LA 4I7NA 1C65A 3FADA 2B74A 3HDEA 1L0JA 180LA 3HUAA 1QSQA 3RUNA 2RBRA 1L93A 1L48A 3DN1A 1G07A 2A4TA 1KW5A 1L04A 1D9WA 1L41A 1LGXA 177LA 174LA 261LA 142LA 3ODUA 3DKEX 1PQOA 1L34A 250LA 1DYBA 110LA 1L59A 3L64A 3GUNA 146LA 1L72A 2OU8A 3GUIA 170LA 211LA 130LA 3G3VA 1LYFA 3DN6A 1L44A 1L02A 1L80A 200LA 4W56A 1CVKA 254LA 173LA 107LA 2ANVA 120LA 1T8FA 1L87A 2OE9X 198LA 144LA 1L31A 1C61A 3G3WA 1L38A 1LI6A 1QUGA 1D3MA 1LYHA 245LA 1QT3A 4YX7C 2B6WA 155LA 3NY9A 1JTMA 125LA 1JQUA 5I14A 1L66A 1CV6A 1C6NA 1XJTA 2RBSA 1L76A 3DMVA 236LA 2OE7X 1QT8A 4EPFA 4S0WA 2Q9DA 1L21A 232LA 1CV3A 1QT7A 161LA 1NHBA 2OTYX 114LA 1SSYA 1L36A 238LA 1L86A 1P6YA 210LA 195LA 3SBBC 1L00A 1P5CA 4ARLA 1KNIA 1QS5A 3EMLA 1L95A 1L24A 1CU6A 1P46A 164LA 3UONA 235LA 1L92A 2B6YA 1L10A 3SN6R 2RBQA 1L54A 1L98A 2LCBA 1OWZA 1C6HA 1L01A 3GUKA 3RZEA 104LA 1L17A 191LA 1QT5A 248LA 2RBNA 1L12A 196LA 2QB0B 1L81A 1L46A 188LA 3HH5A 2NTHA 262LA 183LA 1LLHA 1L43A 1L97A 4I7OA 5LZMA 1SWYA 252LA 1XJUA 113LA 2O7AA 4DKLA 1LWKA 3NY8A 1P7SA 3DN4A 1QTBA 3C8QA 1OV7A 1L50A 1C6AA 3HH3A 1C6CA 1L08A 1L94A 157LA 3GUOA 1CTWA 1T97A 222LA 1CUPA 4AQNA 129LA 3HWLA 175LA 2B72A 2LZMA 1L0KA 1C63A 122LA 4DJHA 4EXMA 156LA 2OEAX 3HTBA 147LA 2Z6BA 1P2LA 1L91A 4I7JA 3HTGA 225LA 2Q9EA 1L18A 4OO9A 2HULA 1I6SA 2ANXA 3C7YA 1LW9A 2OTZX 189LA 3G3XA 1C62A 4ARMA 1L83A 2RBPA 4I7LA 4E97A 1L52A 140LA 1LGWA 4GBRB 3DN0A 3PDSA 231LA 1G0KA 1L15A 3QAKA 2B7XA 1T8AA 190LA 1L82A 2HUKA 1KS3A 152LA 197LA 243LA 2B73A 1PQJA 1QUOA 4LDEA 2B6TA 2RB2X 2RAYX 1L99A 1LYIA 158LA 1OVKA 1L32A 102LA 1C6FA 209LA 4EKPA 3GUJA 1L49A 2OU9A 3HU8A 3DN3A 168LA 3CDTA 1C6BA 3C82A 1LGUA 1L84A 1LYDA 1TLAA 1L14A 1L85A 1QUHA 1L27A 1L69A 172LA 1PQMA 4YXCA 239LA 138LA 223LA 4W52A 1SWZA 1C6LA 119LA 2CUUA 1LYJA 1CV1A 1OVJA 3SB6A 1L79A 1L05A 3V2YA 109LA 1CU2A 1CU0A 1EPYA 163LA 1L57A 1G0QA 217LA 1D2WA 1DYEA 1L56A 1C64A 246LA 212LA 228LA 4I7MA 3CDRA 249LA 3DMZA 3D4SA 2RAZX 1QT4A 137LA 3PBLA 3L2XA 1C6KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
220LA 2OU0X 4I7PA 112LA 1OUAA 160LA 1LMQA 4Z3MA 178LA 1YAOA 1FKQA 213LA 2RB1X 1G7LC 2YDGA 5LIOA 1FLQA 5I5QA 2H9JA 1T8GA 5C6IA 1QTVA 1CKFA 3ATNA 1CV4A 1IC4Y 1LYOA 1FBIX 1JUGA 3CDVA 1GF4A 2G4NA 1IP2A 1GBOA 256LA 1D3FA 3SB5A 4KXIA 3EO5A 3WYHA 1C08C 5T3FA 1B5ZA 5F14A 1BB6A 1T3PA 4WL7A 1YL0X 3B6LA 181LA 169LA 1YKYX 3N9CA 1PQIA 1LWGA 154LA 1H6MA 4NGOA 1WQRA 2MEHA 1J1OY 3NYAA 5I4YA 4Z98A 1JIYA 1NDGC 2I26L 1SSWA 1C6IA 1YKXX 2PC2A 4G49A 133LA 1NHEA 1CJ6A 1DYAA 3HH6A 3DN8A 3LZ2A 2HUMA 1IWVA 1LZ6A 3FA0A 2ZYCA 111LA 4NSJA 4EKRA 4I7TA 3WPKA 4NG8A 1UIBA 4B4IA 2N5ZA 3WXUA 4HSFA 1VFBC 4WOAA 1G06A 135LA 1C6MA 1L25A 4ARJA 4B4EA 4LDLA 1XGRC 4PRQA 5KXKA 3RNXA 1QTCA 1L67A 3F8VA 1LMOA 1HFXA 4IAPA 1MELL 5C6JA 1L13A 1IY3A 3K3TA 9LYZA 1F10A 171LA 2CWIA 7LZMA 1LSPA 1P36A 234LA 2F47A 2DBTA 127LA 1A4VA 1NKHA 2Z39A 1CJ7A 1LCNA 4NSGA 1TBYA 1KIQC 1L61A 1HEOA 4WL6A 1L88A 1WQNA 1G0LA 4GLVA 1GEVA 2B6ZA 230LA 4N9RA 4DD1A 3D3DA 214LA 1GE3A 2YBMA 1KIRC 1IC5Y 1HNLA 1LZGA 1JSEA 3DMXA 5B07A 1PS5A 1C6QA 4ARQA 2D4KA 1L40A 1L23A 5APCA 3QNGA 4NGKA 1JTPL 1IWXA 2A7FA 4PPOA 5KKJA 1YROA 2H9KA 4LYTA 3LZMA 1CU3A 1L06A 1DKJA 4YENA 1L07A 1C6DA 1LZCA 5F9XA 2BQOA 3HTFA 5L9JA 2YBIA 3LN2A 258LA 3AJNA 2Y8PA 1SLYA 3HDEA 4NHQA 1L0JA 1BWJA 2RSCA 3RUNA 5K7OA 2RBRA 4CJ2A 3TXFA 1LHIA 2G4PA 1KW5A 2XBRA 1AZFA 4TTDA 3W3EA 4U3XB 1L34A 2BLYA 5IHGA 110LA 1UIGA 1L72A 3GUIA 5LAGA 3G3VA 1LYFA 3DN6A 4OWBA 3ZEKA 4W94A 1GF0A 4W56A 5LYMA 1LZAA 4R6CA 1GPQC 4NWEA 1BB7A 1QDTA 3ATOA 1C61A 1HHLA 2Z37A 3KAMA 1D3MA 1LYHA 2B6WA 125LA 2RBSA 1L76A 4WLTA 4EPFA 1B5XA 2Q9DA 4LFPA 1VDPA 232LA 4A7DA 1AM7A 4NSHA 3WU7A 1SSYA 1AKIA 1L86A 1P6YA 2LZ2A 1C7PA 4WLDA 210LA 195LA 4ARLA 1KNIA 1LOZA 3AW6A 1JKDA 3UONA 2B6YA 3A92A 1LZSA 2BQCA 4IATA 1FKVA 4TSCA 1L54A 1JPOA 1BQLY 4YEMA 1C6HA 1L01A 2DQFC 3AYQA 4UWNA 1LKSA 4H91A 1ZMYL 1QT5A 1F0WA 3FI7A 1B5VA 2QB0B 5AMYA 1L46A 1TEWA 1KXYA 1VEDA 1LSCA 4OWAA 2Q0MX 4Z41A 1AT5A 3TMUA 5KXOA 183LA 3IJVA 4I7OA 5LZMA 1XJUA 1BVKC 4TUNA 5APEA 5KXTA 1C6AA 3HH3A 1GB2A 1L08A 1L94A 4NG1A 4RDSA 1CTWA 1E8LA 4UWVA 2DQAA 3HBHA 5B05A 4DT3A 4DJHA 5KXNA 1LJIA 4XJIA 2OEAX 5DL9A 1P2LA 5LA8A 4OO9A 4AGAA 5LVJA 2HULA 3C7YA 2BQNA 1BB5A 1GF8A 3P65A 5KXMA 2HECA 2ZQ3A 2LYMA 1LGWA 4H8ZA 2LYZA 3AGIA 3AZ6A 4GBRB 1GFTA 4W96A 2D4JA 3PDSA 231LA 1GHLA 2B7XA 3QAKA 1T8AA 1L82A 1NDMC 2HUKA 5ILCA 4HJZA 2DQCY 5HQ1A 4LDEA 1IP3A 2FBDA 1LYIA 158LA 1C6FA 4DYGA 4EKPA 1RFPA 1IP5A 3AGGG 4C3WA 3A3QA 1O23A 4HTKA 4J7VA 1KIPC 1YL1X 1L69A 1PQMA 4QY9A 1SWZA 2BQHA 5KXLA 2CUUA 2GV0A 1CU0A 163LA 4Z46A 3EBAB 1GB5A 3L2XA 3M18B 3AZ7A 4H8YA 3WU9A 1JSFA 4ARPA 3SB8A 3HU9A 3C7WA 4LDOA 1G7IC 4YM8A 4EPIA 1GB6A 3HUQA 4TSBA 1LJHA 3FI5A 1GEZA 3GUMA 128LA 5F81A 4LZTA 2LHMA 1ZV5L 1L55A 3GXRA 2B75A 1IWWA 1C6GA 3G3AB 1IR9A 1DPXA 2B6XA 1D0LA 5I4XA 4I0CA 3ZVQA 1OVHA 1YANA 3A6BY 1L03A 1LSNA 1KXWA 199LA 1CX7A 2FBBA 4ET8A 1D0MA 4DD2A 1L29A 4HV1A 2IFFY 4EKSA 1LMTA 4ARQB 1XSFA 1QQYA 2RH1A 4N5RA 2VB1A 1D3JA 4II8A 2HUBA 1L63A 247LA 253LA 2HEBA 1B5WA 4XJFA 2EPEA 1WQMA 1V7TA 167LA 1L90A 2RB0X 4I7RA 1VDQA 2DQGY 3V2WA 4H92A 4LT0A 1JKAA 5F9UA 1LZDA 1L58A 3OE6A 5FDJA 4KT3A 4TX7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 220L A;  2OU0 X;  4I7P A;  112L A;  1OUA A;  160L A;  1LMQ A;  4Z3M A;  178L A;  1YAO A;  1FKQ A;  213L A;  2RB1 X;  1G7L C;  2YDG A;  5LIO A;  1FLQ A;  5I5Q A;  2H9J A;  1T8G A;  5C6I A;  1QTV A;  1CKF A;  3ATN A;  1CV4 A;  1IC4 Y;  1LYO A;  1FBI X;  1JUG A;  3CDV A;  1GF4 A;  2G4N A;  1IP2 A;  1GBO A;  256L A;  1D3F A;  3SB5 A;  4KXI A;  3EO5 A;  3WYH A;  1C08 C;  5T3F A;  1B5Z A;  5F14 A;  1BB6 A;  1T3P A;  4WL7 A;  1YL0 X;  3B6L A;  181L A;  169L A;  1YKY X;  3N9C A;  1PQI A;  1LWG A;  154L A;  1H6M A;  4NGO A;  1WQR A;  2MEH A;  1J1O Y;  3NYA A;  5I4Y A;  4Z98 A;  1JIY A;  1NDG C;  2I26 L;  1SSW A;  1C6I A;  1YKX X;  2PC2 A;  4G49 A;  133L A;  1NHE A;  1CJ6 A;  1DYA A;  3HH6 A;  3DN8 A;  3LZ2 A;  2HUM A;  1IWV A;  1LZ6 A;  3FA0 A;  2ZYC A;  111L A;  4NSJ A;  4EKR A;  4I7T A;  3WPK A;  4NG8 A;  1UIB A;  4B4I A;  2N5Z A;  3WXU A;  4HSF A;  1VFB C;  4WOA A;  1G06 A;  135L A;  1C6M A;  1L25 A;  4ARJ A;  4B4E A;  4LDL A;  1XGR C;  4PRQ A;  5KXK A;  3RNX A;  1QTC A;  1L67 A;  3F8V A;  1LMO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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