205LA

How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
165
structure length
159
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTAAKSAAAELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 159
sequence length 165
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 205lA00
144LA 1L26A 1CV4A 200LA 3GUIA 1L04A 213LA 218LA 2O7AA 4I7LA 4K5YA 1ZYTA 1JQUA 1L06A 1L34A 155LA 238LA 3VW7A 223LA 114LA 171LA 1L58A 2CUUA 235LA 3C7ZA 3C82A 1L57A 1T97A 172LA 4GRVA 3SB7A 1L35A 1B6IA 253LA 1P36A 1QTCA 241LA 227LA 3HUAA 1L21A 1CU0A 1C61A 1L13A 2OU8A 232LA 4ARPA 1KS3A 4DJHA 1SWZA 205LA 3HT8A 1L36A 2ANXA 5I14A 1CU6A 1CUQA 151LA 1T8FA 212LA 109LA 4I7OA 2OTZX 221LA 3C8SA 1QS5A 1L20A 216LA 1LW9A 1L65A 183LA 1T8GA 1PQMA 2NTGA 3C8RA 115LA 2O79A 1PQDA 137LA 138LA 1L86A 4W58A 242LA 1TLAA 234LA 1L63A 1C6AA 141LA 3C81A 4ARMB 262LA 1L88A 1L98A 4LZMA 3HH3A 1L15A 1QT8A 3JR6A 1KNIA 1C6HA 3HTGA 220LA 1L61A 1L10A 2RBSA 4ARMA 1QUOA 231LA 1ZWNA 236LA 4YXCA 1D2WA 250LA 249LA 1QT5A 1QT3A 1G0GA 1NHBA 1G0LA 3ODUA 173LA 3F8VA 4E97A 150LA 3PBLA 112LA 1L66A 1L93A 259LA 1G06A 4EPFA 2OEAX 1CUPA 3HTFA 2RH1A 1L29A 1L0JA 210LA 177LA 3SBBC 4DAJA 1L24A 1CU3A 1L72A 1L68A 1QTZA 3GUJA 1QTDA 4YX7C 229LA 3UONA 260LA 1L14A 1L99A 3DMVA 1L45A 1LI6A 1L39A 118LA 1L17A 1L03A 157LA 1DYCA 4LDLA 119LA 3SB5A 3C80A 3GUKA 4ARLA 1QTHA 252LA 2RAYX 4IAPA 129LA 1JTNA 2OU0X 3CDOA 1C65A 1QUHA 102LA 2RBRA 126LA 168LA 1OVKA 3F9LA 4ZPUA 1QTVA 1P64A 1L05A 219LA 1LYIA 257LA 248LA 1C6JA 1D2YA 2F32A 108LA 1L80A 1P37A 1L87A 159LA 1L97A 3C7WA 199LA 4EXMA 149LA 254LA 1L37A 1L94A 1L84A 1C6IA 1L27A 4I7NA 1D3NA 2OE7X 1L52A 1LWGA 4PJZA 1I6SA 237LA 4EKQA 1L75A 1L12A 1L71A 3GULA 1D3FA 3V2YA 120LA 224LA 2B7XA 1L85A 6LZMA 3NY9A 167LA 1C6GA 1C6EA 1L28A 1CU5A 113LA 3SB6A 2RB0X 1C6TA 169LA 3PDSA 4LDEA 233LA 2Q9DA 2RBQA 3HH5A 2IGCA 196LA 165LA 1L50A 1L81A 1SX2A 139LA 1L73A 3DKEX 1C6QA 4W53A 3HU8A 1WTHA 4DKLA 1L48A 1G0JA 3RUNA 1SWYA 3G3WA 215LA 103LA 1G07A 1OVHA 2LZMA 2B6YA 3CDQA 188LA 3D4SA 226LA 261LA 104LA 4ARJA 131LA 1L40A 1EPYA 1L70A 244LA 1L09A 1P56A 4W57A 125LA 1XJUA 111LA 1L19A 2B6ZA 2RB1X 1PQKA 2RAZX 3DN8A 1LYDA 1L59A 2A4TA 1KY1A 189LA 1LI3A 3OE6A 1L43A 1QUGA 1L60A 1QTBA 1L69A 1SX7A 4YXAC 182LA 3GUNA 1L53A 1XJTA 170LA 122LA 1C6NA 4ARQB 4EKSA 1L49A 1K28A 1C67A 2B72A 4W55A 3HWLA 3V2WA 1P6YA 3HT6A 2B6XA 1L00A 2OU9A 3DN6A 191LA 2B74A 4ARQA 192LA 4I7SA 1L30A 185LA 1CV5A 225LA 1C62A 3CDRA 1L67A 1DYAA 3HH4A 143LA 228LA 1C68A 222LA 1PQIA 1QT7A 178LA 240LA 1CX7A 2Z6BA 1G1WA 1SSWA 1L42A 3SB8A 1OWYA 1L83A 3OE8A 1L22A 3DN1A 2QB0B 2RBOA 2B70A 1CX6A 1C60A 1LI2A 1C64A 4EJ4A 4I7PA 4EPIA 1LGWA 160LA 1L44A 107LA 4I7RA 3HUKA 1L54A 1LYHA 1L01A 3C7YA 1CV6A 3HTBA 1L18A 3DMXA 1QS9A 175LA 1L25A 2RBNA 3SN6R 1T6HA 2HUKA 1T8AA 1CTWA 1L51A 4PK0A 2O4WA 1XEPA 3C83A 1L46A 3HDEA 2LCBA 1P3NA 163LA 146LA 1KY0A 156LA 190LA 1DYFA 1C6PA 4EKRA 2B6WA 176LA 3FADA 1OVJA 3L2XA 1L55A 4I7KA 1LWKA 3NYAA 1C6MA 1QSBA 1G0MA 1QT4A 1OWZA 1LLHA 2L78A 1L64A 1P2RA 1C6DA 3HDFA 2B6TA 1CV0A 123LA 1KW7A 3DNAA 1L33A 1L56A 166LA 1D3MA 180LA 162LA 251LA 1DYBA 198LA 3OE9A 1G0QA 1D9WA 2OTYX 1OYUA 2QARC 3FA0A 128LA 2OE4X 256LA 2ANVA 1OV7A 3SB9A 181LA 4I7JA 1L38A 184LA 4I7QA 1L08A 209LA 164LA 211LA 255LA 1L91A 1ZURA 1L77A 197LA 127LA 1KW5A 1LYFA 4W51A 258LA 1LYGA 1LYJA 3DN3A 195LA 142LA 1L41A 1C6LA 4I7MA 1L31A 1L0KA 2RBPA 1L23A 187LA 3HT7A 4LDOA 3HT9A 2B75A 3C8QA 1L79A 1L89A 1PQJA 2LC9A 1LYEA 2F2QA 1CV1A 2NTHA 1L96A 2OE9X 1DYEA 140LA 1G0PA 1L95A 1QT6A 239LA 3L64A 3QAKA 1L32A 3EMLA 3HTDA 1L62A 3K2RA 1L16A 3G3VA 1C6FA 161LA 1P5CA 1L76A 1DYDA 1L82A 7LZMA 1C6KA 4I7TA 201LA 4S0WA 1DYGA 1L11A 247LA 1CU2A 3DN0A 2B73A 147LA 1CV3A 1L07A 5LZMA 1QUDA 1PQOA 243LA 1LGUA 3HUQA 1SSYA 1L47A 3HH6A 158LA 1P7SA 2F47A 4GBRB 3RZEA 1C66A 145LA 4W56A 4AQNA 1LPYA 245LA 3NY8A 186LA 3DN4A 130LA 2Q9EA 1L02A 1LGXA 110LA 3DMZA 2HUMA 3FI5A 1P46A 214LA 3GUPA 4W59A 4W54A 3G3XA 2RB2X 1C6BA 3SBAA 1C6CA 246LA 3OE0A 4OO9A 148LE 3DN2A 3LZMA 152LA 1P2LA 3CDTA 217LA 2HULA 4EKPA 4W52A 1L92A 3GUOA 174LA 206LA 3HU9A 1QSQA 1L74A 1D3JA 1C63A 230LA 3CDVA 1CVKA 1L90A 1C69A 1G1VA 3GUMA 1OV5A 1G0KA 1JTMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
144LA 4J7VA 1L26A 3AZ5A 1GB0A 3J4GA 4PGJB 4WG7A 1GWDA 213LA 1VFBC 1DI5A 4GCFA 4WO6A 2FYCA 2O7AA 4K5YA 1BB5A 1NQIA 1LSYA 4HPIA 1L34A 1WVVA 1L58A 171LA 1PS5A 4HPEA 1B5WA 2HEBA 5M1YA 1IOSA 1INUA 1IP7A 1C61A 1L13A 1VDSA 3WW6A 1KS3A 2BQKA 1L36A 4DQJA 151LA 1T8FA 1NBZC 2OTZX 1WQOA 3C8SA 1QS5A 4OOTA 1LW9A 4DQ5A 2YDGA 3TXDA 1PQMA 5A3EA 1CJ8A 3C8RA 1KXYA 4NFVA 1IR8A 1IC4Y 4HV2A 5A3ZA 1XGPC 4BS7A 3WXTA 1LKSA 1WQPA 5HMVA 1IIZA 1EL1A 1GHLA 3WUAA 4ARMB 1XGQC 5LAGA 2C8PA 5C6JA 5F81A 4GCDA 2W1LA 1L61A 1GF8A 236LA 5HQ1A 4KPMA 1D2WA 5HNLA 4DQ7A 1QDTA 4AXTA 1QT5A 1WVUA 1BWJA 1IORA 1B5UA 1QIOA 150LA 112LA 3RZ4A 2XTHA 4D9ZA 3AZ7A 1CUPA 4CJ2A 1LMTA 4DAJA 1L72A 2Z2FA 1G7LC 3GUJA 1QTDA 229LA 3CSRA 2BQJA 1JKCA 1L17A 157LA 4LDLA 1CNSA 3SB5A 4WMGA 3C80A 3GUKA 1QTHA 4IAPA 5D5CA 3CDOA 1HNLA 5I4YA 1OVKA 3F9LA 5L3HA 1P64A 4Z41A 1LYIA 2Z19A 4IASA 1D2YA 2A7DA 2F32A 194LA 1LSFA 1DQJC 1L87A 159LA 4UWUA 1L97A 3C7WA 4ETCA 4EXMA 4OWCA 1L37A 1GB5A 1L52A 1LSNA 4ETDA 2EPEA 3CQLA 2A7FA 4RW2A 4B49A 2W1MA 3P68A 1LZ1A 4WL7A 2MEBA 1IR7A 169LA 4E3UA 5KKJA 2RBQA 4OWHA 1GAYA 3TXEA 196LA 5L9JA 1WTNA 5B1GA 2I25L 1SX2A 5JENB 3DKEX 5KXZA 1WTHA 5LYZA 3AZ6A 3RUNA 1SWYA 1GBSA 5B06A 2B6YA 3QE8A 104LA 131LA 1L40A 1EPYA 1GBOA 1UIHA 1UICA 1L70A 1L09A 1P56A 1LZDA 4YOPA 1I56A 1GEZA 1LYDA 1HEPA 2Y8PA 2I26L 4PRUA 3A67Y 1UIAA 4TTDA 4H9BA 5APFA 1LZNA 4M6DA 1DPWA 1GPQC 1LMPA 4W55A 1NBYC 4PJ2C 1QQYA 1HMLA 3RU5A 3DN6A 2YVBA 5ILFA 5I54A 1LYZA 5F9XA 192LA 4I7SA 1L30A 1LJGA 1CV5A 1GFRA 5IDDA 4DD7A 5DL9A 3GXRA 1GFKA 4FDYA 3WYHA 3A6BY 1EQ4A 222LA 1GAZA 1HEMA 2BQBA 1JKAA 3WMKA 1HFXA 1QT7A 3WPLA 3HFMY 1L42A 1OWYA 1VATA 4MSTA 4TX7A 4GN4A 1L22A 2YBHA 1CX6A 1C64A 4Z46A 1L54A 1L01A 1IP1A 2FYDA 3ATOA 3HTBA 4LT1A 3DMXA 3IWRA 4LT0A 1JIYA 3SN6R 2CGIA 1G7JC 5F14A 1L51A 3W3EA 1XEPA 3ZVQB 1B2KA 5HNCA 1FLYA 4WLYA 1LMQA 4DD9A 190LA 4EKRA 2MEEA 4NGYA 1LWKA 3NYAA 1C6MA 5LVHA 1QSBA 4QY9A 1QT4A 2D91A 2L78A 2HEDA 123LA 4ZFPA 1KW7A 1IO5A 4QEQA 2NWDX 2CWIA 2Z18A 1OYUA 1AM7A 3FA0A 4LT3A 3TXGA 1OV7A 4WM6A 181LA 1CKFA 3EMSA 3T6UA 4NSHA 1L91A 1LHMA 1ZURA 1F6SA 127LA 1KW5A 1GFGA 4W51A 4B1AA 1LYJA 3DN3A 5KXXA 1C6LA 2BQIA 1LSGA 2Z37A 1L89A 2NTHA 2OE9X 1NWGA 1GE1A 8LYZA 3A93A 140LA 239LA 5FEKA 3L64A 1FN5A 5FDJA 4GCEA 4NGKA 3EMLA 4YEOA 3W6FA 4KT3A 161LA 1YAMA 4ETBA 1QUSA 4LYMA 1LHHA 3A91A 5APCA 3N9EA 147LA 1L07A 4H1PA 1PQOA 1GFUA 2D4KA 3HUQA 158LA 4ML7A 4GBRB 4W56A 4R0FA 3NY8A 1L02A 3A3RX 1D0KA 2YBIA 2HUMA 3B0IA 2D6BA 1IP6A 4II8A 1P46A 208LA 4W59A 4WM1A 2RB2X 3DN2A 4MCKA 1LZAA 5I4WA 4W52A 4HSFA 3HU9A 2DBTA 1C69A 1IWYA 4RDSA 4BADA 5KJ9A 1J1XY 1DKJA 1TAYA 1OUJA 4GCCA 3ULRA 5LIOA 1GB3A 1LZGA 1ZYTA 1JQUA 4NGVA 155LA 1LTMA 3VW7A 223LA 4LYTA 4NGIA 3TXKA 5LXWA 235LA 4ET8A 3J6KA 1E8LA 1GBXA 3C82A 2LYZA 3QNGA 5II3A 172LA 1LSZA 1L35A 1B6IA 253LA 1QTCA 1YAPA 1B7QA 2HTXA 4N0JA 4YM8A 2YBJA 4DJHA 1LJKA 1JTPL 1LJFA 4TSCA 1O23A 221LA 4DD1A 2MEGA 115LA 3D9AC 1L86A 3IJUA 5C6IA 1DKKA 1B7NA 1WQRA 1UC0A 3WU9A 2BQEA 1GB8A 141LA 3ZEKA 1LZTA 3RT5X 3HH3A 1QT8A 3JR6A 2IHLA 3AJNA 4X3BA 4NHPA 5FSTA 1KNIA 1LSCA 3HTGA 1GF7A 2LZTA 2LYOA 1YL0X 1QUOA 2CJLA 1YKXX 2ZNXY 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 144L A;  4J7V A;  1L26 A;  3AZ5 A;  1GB0 A;  3J4G A;  4PGJ B;  4WG7 A;  1GWD A;  213L A;  1VFB C;  1DI5 A;  4GCF A;  4WO6 A;  2FYC A;  2O7A A;  4K5Y A;  1BB5 A;  1NQI A;  1LSY A;  4HPI A;  1L34 A;  1WVV A;  1L58 A;  171L A;  1PS5 A;  4HPE A;  1B5W A;  2HEB A;  5M1Y A;  1IOS A;  1INU A;  1IP7 A;  1C61 A;  1L13 A;  1VDS A;  3WW6 A;  1KS3 A;  2BQK A;  1L36 A;  4DQJ A;  151L A;  1T8F A;  1NBZ C;  2OTZ X;  1WQO A;  3C8S A;  1QS5 A;  4OOT A;  1LW9 A;  4DQ5 A;  2YDG A;  3TXD A;  1PQM A;  5A3E A;  1CJ8 A;  3C8R A;  1KXY A;  4NFV A;  1IR8 A;  1IC4 Y;  4HV2 A;  5A3Z A;  1XGP C;  4BS7 A;  3WXT A;  1LKS A;  1WQP A;  5HMV A;  1IIZ A;  1EL1 A;  1GHL A;  3WUA A;  4ARM B;  1XGQ C;  5LAG A;  2C8P A;  5C6J A;  5F81 A;  4GCD A;  2W1L A;  1L61 A;  1GF8 A;  236L A;  5HQ1 A;  4KPM A;  1D2W A;  5HNL A;  4DQ7 A;  1QDT A;  4AXT A;  1QT5 A;  1WVU A;  1BWJ A;  1IOR A;  1B5U A;  1QIO A;  150L A;  112L A;  3RZ4 A;  2XTH A;  4D9Z A;  3AZ7 A;  1CUP A;  4CJ2 A;  1LMT A;  4DAJ A;  1L72 A;  2Z2F A;  1G7L C;  3GUJ A;  1QTD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 144L A;  4J7V A;  1L26 A;  3AZ5 A;  1GB0 A;  3J4G A;  4PGJ B;  4WG7 A;  1GWD A;  213L A;  1VFB C;  1DI5 A;  4GCF A;  4WO6 A;  2FYC A;  2O7A A;  4K5Y A;  1BB5 A;  1NQI A;  1LSY A;  4HPI A;  1L34 A;  1WVV A;  1L58 A;  171L A;  1PS5 A;  4HPE A;  1B5W A;  2HEB A;  5M1Y A;  1IOS A;  1INU A;  1IP7 A;  1C61 A;  1L13 A;  1VDS A;  3WW6 A;  1KS3 A;  2BQK A;  1L36 A;  4DQJ A;  151L A;  1T8F A;  1NBZ C;  2OTZ X;  1WQO A;  3C8S A;  1QS5 A;  4OOT A;  1LW9 A;  4DQ5 A;  2YDG A;  3TXD A;  1PQM A;  5A3E A;  1CJ8 A;  3C8R A;  1KXY A;  4NFV A;  1IR8 A;  1IC4 Y;  4HV2 A;  5A3Z A;  1XGP C;  4BS7 A;  3WXT A;  1LKS A;  1WQP A;  5HMV A;  1IIZ A;  1EL1 A;  1GHL A;  3WUA A;  4ARM B;  1XGQ C;  5LAG A;  2C8P A;  5C6J A;  5F81 A;  4GCD A;  2W1L A;  1L61 A;  1GF8 A;  236L A;  5HQ1 A;  4KPM A;  1D2W A;  5HNL A;  4DQ7 A;  1QDT A;  4AXT A;  1QT5 A;  1WVU A;  1BWJ A;  1IOR A;  1B5U A;  1QIO A;  150L A;  112L A;  3RZ4 A;  2XTH A;  4D9Z A;  3AZ7 A;  1CUP A;  4CJ2 A;  1LMT A;  4DAJ A;  1L72 A;  2Z2F A;  1G7L C;  3GUJ A;  1QTD A; 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