206LA

Phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNASKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 206lA00
1L43A 4LDOA 1CU0A 3LZMA 4I7TA 4AQNA 1L12A 1L36A 201LA 1T97A 1G0QA 4LDEA 237LA 210LA 1WTHA 4W53A 4GBRB 1G0PA 2B6XA 3G3WA 178LA 1I6SA 180LA 3C8SA 1C61A 3C7ZA 2HUKA 3UONA 3DMZA 3RZEA 3ODUA 1G1WA 1QUDA 3QAKA 3DN1A 113LA 1P2LA 1SX2A 1L56A 2OEAX 2RAYX 3F9LA 1L97A 1C6BA 3C8QA 1DYDA 1L29A 3SB5A 1QUOA 3C81A 1D2YA 1QUHA 1LGWA 1L60A 1CV3A 1CV5A 1L74A 3HT7A 143LA 4EXMA 138LA 2B6WA 172LA 3HDEA 174LA 150LA 1ZYTA 137LA 1P56A 1QT4A 2NTHA 1L10A 1C6PA 122LA 3DN2A 1CU3A 1QTDA 162LA 1L46A 1CX6A 3HTGA 1DYBA 1ZURA 3OE9A 1NHBA 144LA 3SB7A 234LA 4ARQA 4LDLA 1OV7A 1L28A 3SN6R 1C6DA 1G06A 3EMLA 1L17A 260LA 1KW5A 1P37A 120LA 1L81A 3HTFA 1L05A 1LI6A 1PQDA 1B6IA 1L83A 4W55A 219LA 108LA 2OE7X 1L37A 3C7YA 1QT3A 1L91A 4I7JA 1TLAA 1L27A 3HH4A 125LA 1L44A 3FI5A 3V2WA 147LA 1C6MA 5LZMA 3DMXA 1KW7A 1D2WA 1L0JA 2NTGA 1LI3A 1CV0A 1PQJA 1QT6A 1L63A 3C82A 2RB0X 3CDRA 3GUIA 1D3FA 6LZMA 166LA 1C6LA 1L42A 1C60A 1JTNA 2ANVA 3DN0A 1C63A 2B72A 1L92A 1L11A 1LI2A 4I7OA 2RBSA 241LA 3GUMA 1QT5A 262LA 2LC9A 233LA 232LA 1C6GA 244LA 1CV6A 2RB2X 3HT9A 3DMVA 223LA 1C6QA 1LYEA 2QARC 4EKRA 4W54A 3DN8A 1QSQA 1L47A 186LA 1L67A 2Q9DA 216LA 235LA 4EKPA 1L75A 214LA 3V2YA 161LA 191LA 1CUPA 127LA 227LA 4I7PA 1QTZA 1C65A 1L30A 1L54A 251LA 1C66A 1L77A 149LA 167LA 1T6HA 103LA 1DYAA 3CDVA 128LA 1G0GA 1OWYA 3DN6A 130LA 1LYHA 1L65A 148LE 192LA 3C80A 245LA 1L80A 2OTYX 2RH1A 182LA 3CDQA 221LA 1L73A 1CV4A 1L09A 3HTDA 1C69A 3HTBA 4I7NA 1P2RA 248LA 158LA 1XJTA 249LA 2B6YA 1XEPA 3HWLA 107LA 1L66A 3SBBC 1G0MA 254LA 1LGUA 1P46A 1L34A 1OV5A 2OU9A 3FA0A 159LA 1L90A 1L85A 2RAZX 145LA 111LA 2B75A 3DN3A 1L26A 226LA 3DKEX 2LZMA 1L01A 1L68A 1L71A 247LA 183LA 3JR6A 1SSWA 2B6TA 2O7AA 1L39A 4ARMB 1L19A 102LA 1L89A 1KNIA 4K5YA 1LYFA 7LZMA 110LA 1L94A 4E97A 3PDSA 1CVKA 1DYEA 3L64A 218LA 257LA 1OVJA 205LA 1G1VA 3HH5A 4DAJA 1L03A 1L16A 1P5CA 3DN4A 114LA 1C64A 250LA 1OVKA 123LA 190LA 1CUQA 1T8GA 1P6YA 1L32A 1PQOA 3D4SA 215LA 243LA 258LA 3OE0A 1L31A 2RB1X 4EKQA 4PJZA 3OE6A 164LA 1QT8A 165LA 1L35A 2QB0B 1L07A 3SB9A 213LA 1L76A 112LA 3SB6A 1LLHA 1L02A 1L61A 1L96A 2RBRA 1L18A 1C6KA 1G0LA 242LA 3C8RA 1L00A 3GULA 4EPFA 1CU6A 1OYUA 1C6HA 184LA 3F8VA 3HUQA 1EPYA 1L20A 2B73A 2B70A 2B6ZA 4IAPA 188LA 3G3VA 1P36A 259LA 4OO9A 173LA 126LA 225LA 1LWGA 168LA 189LA 2HUMA 1QTHA 2L78A 4YXAC 1L21A 2IGCA 2O4WA 1L53A 1CU2A 1DYCA 4ARPA 1L98A 3C7WA 1QTBA 142LA 1L84A 1CU5A 1QTCA 1QUGA 1L0KA 1KS3A 1D3NA 1C6IA 1C6AA 1PQKA 4I7RA 253LA 115LA 1LYJA 1SSYA 1SWYA 1L14A 255LA 1PQMA 4EPIA 4ARQB 3HT6A 3RUNA 1L64A 4S0WA 1D3MA 4W56A 212LA 4EKSA 3PBLA 1C6NA 1L23A 1P64A 141LA 1L88A 4I7QA 3G3XA 1G0KA 1XJUA 4ZPUA 1L49A 1L33A 1SWZA 1L40A 1L70A 238LA 1L06A 1LYDA 239LA 1LGXA 119LA 2RBPA 4DJHA 1PQIA 175LA 1D9WA 2OU0X 4DKLA 3C83A 1L08A 1L15A 4GRVA 4I7MA 3GUJA 224LA 5I14A 1CV1A 1ZWNA 170LA 1G0JA 4W52A 163LA 2RBQA 171LA 1JTMA 3CDTA 1L58A 1C6CA 3OE8A 1L87A 4ARLA 198LA 140LA 169LA 1DYFA 1LYIA 222LA 2CUUA 2F47A 1QT7A 4I7LA 1C6TA 1L48A 1C6EA 3NYAA 206LA 3DNAA 1L04A 1L51A 1L41A 236LA 231LA 246LA 1L38A 118LA 1OVHA 4W58A 156LA 1P7SA 187LA 2OE4X 157LA 1C6JA 1L79A 1C67A 146LA 1L93A 2RBNA 228LA 1LWKA 1L99A 1QS5A 3GUKA 4ARJA 2F32A 1C6FA 1L57A 252LA 3HUKA 2OU8A 1C62A 1CX7A 1L95A 3GUNA 3HU8A 177LA 2OTZX 211LA 4W59A 1D3JA 3HDFA 1LYGA 195LA 3L2XA 3GUOA 1KY0A 3FADA 199LA 240LA 2ANXA 109LA 1DYGA 2A4TA 1P3NA 2B7XA 256LA 1L45A 1QS9A 1L62A 2B74A 4W51A 181LA 4YX7C 3CDOA 1L55A 3HH6A 4W57A 1C68A 2OE9X 3HT8A 196LA 229LA 3SBAA 2Q9EA 1SX7A 1T8FA 2F2QA 104LA 217LA 3HH3A 1L72A 2HULA 151LA 1T8AA 3NY8A 4YXCA 185LA 1L50A 1OWZA 3SB8A 3VW7A 160LA 3GUPA 176LA 1L82A 3NY9A 1JQUA 4PK0A 1QTVA 2Z6BA 3HU9A 139LA 4LZMA 4ARMA 1L24A 1K28A 200LA 220LA 4I7KA 131LA 1QSBA 1L25A 1LW9A 3HUAA 197LA 2LCBA 3K2RA 155LA 230LA 1L59A 1G07A 1L69A 1KY1A 2RBOA 2O79A 1LPYA 4EJ4A 1L22A 1L86A 152LA 1CTWA 4I7SA 209LA 261LA 1L13A 129LA 1L52A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L43A 3ATOA 1CU0A 4YOPA 3WULA 4J7VA 1T97A 2I26L 2ZNXY 1DI4A 4OWCA 4LDEA 237LA 1WTHA 3DMZA 3A90A 3FI7A 3QAKA 1HFYA 1LMNA 3DN1A 113LA 4GN3A 3F9LA 1C6BA 3AW6A 1GXXA 3C8QA 1DYDA 1HEQA 3SB5A 1QUHA 1CJ7A 1JHLA 2YVBA 4Z46A 1IWUA 3HT7A 1PS5A 1GDXA 3HFMY 4DD2A 1QTEA 5FSTA 2NTHA 2WARA 1C6PA 1IP3A 4LYMA 162LA 4C3WA 4BS7A 1GBSA 144LA 2HEDA 3SB7A 234LA 3SN6R 3AGIA 4G4BA 4H1PA 1MELL 1G06A 1LJHA 1SQ2L 1J1OY 1TCYA 133LA 1G7HC 1L17A 5APDA 3HTFA 1ZVYB 4XJIA 1L83A 4W55A 1LJ4A 108LA 1L37A 4DYGA 1QT3A 1C7PA 4WO9A 1L27A 125LA 2CDSA 2AUBA 4NGWA 3P64A 4ML7A 1RE2A 1XGRC 2HU1A 1KW7A 1L0JA 3OJPA 1CKCA 5B1FA 5DL9A 1GB0A 3QY4A 4DD7A 3CDRA 2EPEA 4NGYA 1JTPL 1C08C 1D0LA 3DN0A 1C63A 4TUNA 4ET8A 1L11A 4I7OA 2ZQ4A 4CJ2A 1UIBA 1WTMA 3DMVA 223LA 3CQLA 1IP2A 1LHLA 4EKRA 4W54A 3DN8A 5I54A 1GBOA 1L47A 1E8LA 1WTNA 216LA 2Z18A 1HEPA 2DQGY 1L75A 4NHQA 194LA 3V2YA 191LA 4WM2A 4YENA 1P2CC 4ZFPA 5JENB 1QQYA 4WG7A 1WQOA 1L30A 1LJKA 1XEJA 5LYZA 4IATA 1UUZC 3WVXA 3DN6A 1LYHA 1FLYA 3EXDA 1L65A 5KXOA 192LA 1YAQA 2D4IA 2YBHA 5I53A 1HERA 1SLYA 2OTYX 2RH1A 182LA 1B2KA 4OOOA 4H8XA 1F10A 1L73A 1L09A 3HTBA 4ET9A 158LA 1TEWA 1IC7Y 4NSJA 107LA 4OOTA 1L66A 3SBBC 1T6VL 3A67Y 2RAZX 111LA 1GBZA 2EKSC 1FLUA 183LA 1SSWA 2B6TA 2BQIA 4ARMB 102LA 1KNIA 1LZDA 1LYFA 7LZMA 3TXBA 5KXLA 3L64A 1LZ8A 218LA 2ZIJA 1CKFA 4QDNA 3HH5A 1L16A 1IC5Y 1C64A 123LA 1CUQA 3B72A 3AZ5A 1GBYA 1T8GA 3W6DA 1AT5A 2YSSC 5C6IA 1XGPC 5LA8A 1QT8A 4TX7A 1L07A 3HBHA 2D4KA 3SB6A 1LLHA 1GB5A 1T3PA 1LHIA 1F0WA 2RBRA 1YQVY 1LSFA 1D0KA 2DQIY 3A92A 184LA 3LYTA 259LA 1BWJA 173LA 4CGEA 1LWGA 1D0MA 1G7LC 1L21A 2IGCA 2O4WA 1CU2A 3LZTA 2F30A 1QTBA 142LA 1UC0A 2CWIA 1L0KA 1KS3A 5D5CA 1J1XY 5HNCA 1PQKA 115LA 1LYJA 1LJGA 3RUNA 1L64A 2LYOA 4S0WA 4W56A 5LIOA 1GFHA 4EKSA 1JIYA 1VAUA 2BQBA 141LA 5FHWA 2N5ZA 2IHLA 4ZPUA 1NDMC 1L70A 1REXA 2DQDY 4KXIA 1L06A 239LA 3TXKA 1D9WA 3QE8A 3CSZA 3P65A 1OUDA 1L08A 224LA 1WQPA 1G0JA 2ZQ3A 3W6FA 4DD0A 4TSCA 5KKJA 1BWIA 2Y8PA 4ARLA 1DYFA 2F47A 1VATA 1GB9A 1GF5A 2W1MA 4HV2A 1L04A 1L51A 1L41A 1GD6A 246LA 1IWYA 1HFXA 4HTNA 4OWHA 2OE4X 4II8A 2BLYA 157LA 1C67A 2LHMA 1IR8A 3GUKA 3CSRA 4WO6A 4L41A 1C62A 1QIOA 5DLAA 1LJIA 2H5ZA 3EBAB 2GV0A 1LYGA 3FADA 3LZ2A 4PPOA 4W51A 2XBSA 181LA 4N1CC 4ETDA 3A6BY 3W3EA 1LSDA 2OE9X 5M1YA 229LA 3LN2A 4WOAA 3SBAA 1SX7A 1T8FA 104LA 1GF4A 4GLVA 2HULA 1T8AA 2DQJY 3NY8A 3HBEX 1UIFA 1OWZA 1GEZA 2XTHA 3SB8A 4D9ZA 3GUPA 3WU8A 176LA 1GAZA 4PK0A 1QTVA 139LA 1FBIX 1L24A 1LSPA 3WXUA 1GFTA 1WQRA 1LZ9A 1L25A 1LW9A 3HUAA 1MLCE 5KXYA 1LSBA 4I8SA 1LZYA 4OW1A 2RBOA 2O79A 4NWEA 1LZTA 4AXTA 261LA 5A3ZA 1B7QA 1L13A 1LMCA 4LGKA 1TDYA 1L52A 3WVYA 3GXKA 3TMUA 2I25L 5LYTA 2D6BA 201LA 4GBRB 178LA 1LAAA 1I6SA 3C8SA 1C61A 1LSZA 3C7ZA 2BQHA 1IY4A 1OUHA 1UCOA 2OEAX 3RT5X 2ZWBA 1QUOA 4YEOA 3C81A 1LMTA 1CV3A 1CV5A 4AGAA 143LA 4EXMA 138LA 2B6WA 172LA 5ILCA 4TTDA 1JISA 1JITA 1VFBC 174LA 3W6CA 1ZMYL 1RJCB 3TMWA 1GE0A 1P56A 4H9HA 4WM3A 1L10A 1HMKA 2HECA 2Q0MX 122LA 3WUAA 3RZ4A 3HTGA 3OE9A 1ZURA 1NHBA 4PHIA 1B5ZA 4ARQA 4B4JA 4W96A 5KXWA 1LHMA 6LYZA 1LI6A 1YANA 4PJ2C 1L91A 1DI3A 4I7JA 3W6AA 1TLAA 3FI5A 3V2WA 1LKSA 147LA 3TXEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L43 A;  3ATO A;  1CU0 A;  4YOP A;  3WUL A;  4J7V A;  1T97 A;  2I26 L;  2ZNX Y;  1DI4 A;  4OWC A;  4LDE A;  237L A;  1WTH A;  3DMZ A;  3A90 A;  3FI7 A;  3QAK A;  1HFY A;  1LMN A;  3DN1 A;  113L A;  4GN3 A;  3F9L A;  1C6B A;  3AW6 A;  1GXX A;  3C8Q A;  1DYD A;  1HEQ A;  3SB5 A;  1QUH A;  1CJ7 A;  1JHL A;  2YVB A;  4Z46 A;  1IWU A;  3HT7 A;  1PS5 A;  1GDX A;  3HFM Y;  4DD2 A;  1QTE A;  5FST A;  2NTH A;  2WAR A;  1C6P A;  1IP3 A;  4LYM A;  162L A;  4C3W A;  4BS7 A;  1GBS A;  144L A;  2HED A;  3SB7 A;  234L A;  3SN6 R;  3AGI A;  4G4B A;  4H1P A;  1MEL L;  1G06 A;  1LJH A;  1SQ2 L;  1J1O Y;  1TCY A;  133L A;  1G7H C;  1L17 A;  5APD A;  3HTF A;  1ZVY B;  4XJI A;  1L83 A;  4W55 A;  1LJ4 A;  108L A;  1L37 A;  4DYG A;  1QT3 A;  1C7P A;  4WO9 A;  1L27 A;  125L A;  2CDS A;  2AUB A;  4NGW A;  3P64 A;  4ML7 A;  1RE2 A;  1XGR C;  2HU1 A;  1KW7 A;  1L0J A;  3OJP A;  1CKC A;  5B1F A;  5DL9 A;  1GB0 A;  3QY4 A;  4DD7 A;  3CDR A;  2EPE A;  4NGY A;  1JTP L;  1C08 C;  1D0L A;  3DN0 A;  1C63 A;  4TUN A;  4ET8 A; 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