206LA

Phage t4 lysozyme
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNASKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH6 (108-113)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 206lA00
1P3NA 1P6YA 3DN6A 1L0KA 4EPFA 1L92A 2NTHA 1OVHA 252LA 1JTMA 1C67A 210LA 217LA 3DN4A 201LA 1L62A 2OE7X 2OE4X 237LA 143LA 155LA 230LA 1D3JA 1OV5A 1KW7A 128LA 119LA 1PQDA 171LA 1C6EA 1DYGA 2B6ZA 1L66A 2F47A 3SBBC 1LYJA 140LA 180LA 2Q9DA 4W59A 1L01A 4S0WA 3FADA 3G3VA 1LYIA 1L95A 160LA 3HH5A 229LA 1L47A 1G1WA 1L26A 244LA 1C6DA 2OU8A 2RBQA 1L20A 1XEPA 188LA 1PQMA 1KW5A 2RBNA 1L28A 1L22A 1LW9A 4I7TA 1C69A 1NHBA 4LDEA 200LA 1C64A 1G1VA 2O7AA 1LGXA 4OO9A 4I7RA 232LA 1QTVA 174LA 1C6AA 167LA 145LA 1DYCA 1CUPA 162LA 1CU3A 1CU6A 1KS3A 241LA 4I7SA 1L07A 3DN3A 3HT9A 1L90A 1C6QA 4LDLA 1G07A 1QUHA 212LA 240LA 2LZMA 3V2WA 1C6MA 1L65A 1LPYA 2RB0X 3FA0A 1DYFA 1CU0A 3HUAA 1QS5A 3RZEA 4K5YA 1L44A 4ARLA 4IAPA 1L74A 1QTHA 122LA 3SB8A 157LA 3HH4A 4EKSA 213LA 1DYAA 1L72A 225LA 2ANVA 1L0JA 1L61A 1QT7A 107LA 4ARMB 4EKPA 173LA 1CV3A 1L02A 1L60A 1L43A 3SN6R 1G0JA 1OVJA 1G0GA 7LZMA 2RAYX 1L97A 3LZMA 1QS9A 1LYDA 3V2YA 1L12A 1P2LA 2LC9A 2RAZX 3L64A 3DNAA 2OE9X 1L76A 185LA 1LLHA 1QT4A 1L50A 257LA 1C6KA 2B75A 3HU8A 144LA 142LA 3SB6A 189LA 1SWYA 2OU0X 1L77A 1OWZA 224LA 254LA 141LA 1T6HA 1L55A 1L35A 127LA 216LA 4PJZA 3C7WA 1L06A 1OYUA 1L31A 151LA 205LA 1CUQA 164LA 3OE9A 5I14A 1L68A 1L59A 3HT6A 2O79A 3GUKA 2B73A 199LA 3HWLA 3D4SA 4ARQB 1JQUA 2HUMA 3CDVA 3K2RA 1CTWA 1L88A 2B6XA 1P7SA 219LA 3F9LA 4LZMA 2B74A 1OWYA 1PQIA 172LA 1LYEA 1QUGA 138LA 1L83A 2RBSA 1T8GA 1ZYTA 166LA 1SSWA 2LCBA 4ZPUA 1C65A 2RB1X 2OTZX 4W52A 4GRVA 1C6TA 3HUKA 4PK0A 2HULA 2B6TA 1LI6A 170LA 2B7XA 4DJHA 4YX7C 1D3FA 1L94A 4AQNA 259LA 1QTZA 191LA 1G0LA 3C8RA 4EPIA 125LA 1L24A 1L93A 3C83A 234LA 1QTBA 3C7YA 1CV1A 1P46A 195LA 1C6HA 4I7JA 1L73A 1CV4A 3C82A 3DMVA 192LA 149LA 1LYHA 2B6WA 1L67A 1L81A 209LA 1L51A 233LA 245LA 131LA 1L45A 3F8VA 4ARMA 1L79A 2F32A 190LA 4ARPA 115LA 4ARJA 159LA 165LA 2IGCA 1LGWA 158LA 228LA 146LA 1L23A 3HT8A 1L00A 1L16A 1L08A 1G0QA 1L63A 1XJTA 1L64A 1L34A 1CV0A 1SX7A 3CDTA 243LA 1C6JA 3GUOA 2RBOA 3DMXA 206LA 3HDFA 3CDOA 3DN8A 1C6CA 1C6BA 148LE 4YXAC 1DYEA 182LA 1D3NA 214LA 1L42A 4GBRB 236LA 3HTFA 1KY1A 4W56A 3HTDA 152LA 1L41A 4I7OA 3GUIA 1SSYA 3EMLA 3SB7A 1LYGA 3JR6A 1LGUA 1CU5A 3GUJA 4W51A 4ARQA 3HDEA 1L69A 1KY0A 2RBRA 1G0MA 3SB9A 2A4TA 3HH6A 2RB2X 130LA 3SB5A 1LWKA 1CV5A 1PQKA 139LA 2ANXA 1DYBA 1KNIA 1L38A 129LA 2CUUA 239LA 1L89A 251LA 1D9WA 1L13A 3HT7A 184LA 1L37A 1L91A 3FI5A 1L84A 1L82A 260LA 123LA 3C81A 1QUDA 4W54A 1L39A 221LA 1C6LA 1L98A 104LA 1D3MA 249LA 215LA 2RBPA 3GULA 1SWZA 103LA 1L58A 1OV7A 4E97A 1L32A 3PBLA 1L29A 1ZWNA 3NY9A 3SBAA 1CX6A 1L03A 1L18A 3HU9A 220LA 187LA 4W58A 1L49A 169LA 1T97A 1L52A 1B6IA 1C60A 1QT3A 1QTDA 3G3WA 4I7NA 5LZMA 4W57A 3GUMA 1C63A 1QUOA 1LI3A 3PDSA 1L57A 2OU9A 1C66A 4YXCA 113LA 1L27A 6LZMA 1K28A 226LA 114LA 1C6NA 1L30A 2OTYX 118LA 3ODUA 2Z6BA 1L17A 4EKRA 1P36A 1L48A 242LA 1L36A 1L75A 1L56A 1L71A 2B72A 3C8SA 4I7PA 4LDOA 2B70A 163LA 3HH3A 1CV6A 4DKLA 1L19A 4EJ4A 246LA 3NYAA 2QB0B 218LA 1PQOA 253LA 112LA 2OEAX 1P56A 109LA 150LA 1G06A 3C80A 1C6PA 4EKQA 1QTCA 198LA 1LI2A 183LA 1I6SA 2QARC 196LA 108LA 4W53A 3DN2A 126LA 3UONA 2O4WA 1L99A 4I7QA 1D2YA 2NTGA 255LA 1L85A 3DN1A 137LA 156LA 1CU2A 3QAKA 1EPYA 1L09A 3C8QA 3NY8A 1L15A 2B6YA 1SX2A 1L86A 1OVKA 3L2XA 227LA 3CDRA 4I7LA 2RH1A 3G3XA 197LA 110LA 1P37A 1P5CA 262LA 3CDQA 1T8FA 3OE8A 4I7KA 1L21A 235LA 1JTNA 4EXMA 4DAJA 1C6FA 1G0PA 261LA 211LA 1L46A 3DMZA 3HUQA 1WTHA 1C62A 1L80A 1CX7A 1L05A 1G0KA 1P2RA 1L54A 231LA 3OE0A 1C6IA 1PQJA 2F2QA 176LA 177LA 1LYFA 1LWGA 186LA 1DYDA 2HUKA 1QSQA 3RUNA 1QSBA 3OE6A 3HTGA 1C61A 1L70A 1QT6A 161LA 3C7ZA 256LA 248LA 222LA 1ZURA 2L78A 3GUNA 1L14A 258LA 175LA 1L40A 1QT5A 3VW7A 3DKEX 3GUPA 1TLAA 111LA 1L87A 223LA 238LA 1XJUA 1C68A 2Q9EA 147LA 1D2WA 120LA 4I7MA 102LA 1L33A 250LA 1P64A 1CVKA 1L10A 1T8AA 1C6GA 1L11A 247LA 1QT8A 1L25A 181LA 3DN0A 1L53A 3HTBA 178LA 4W55A 1L04A 1L96A 168LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ILCA 4EPFA 1L92A 201LA 1L62A 2OE7X 1LSBA 5C6JA 230LA 1IIZA 1YL0X 1QUTA 1UIBA 1DYGA 1GBYA 5B06A 1V7TA 4KXIA 1BWIA 1RJCB 4N1CC 1OUGA 1LPIA 5F9UA 3RNXA 3LHMA 160LA 1L47A 5LYMA 244LA 1C6DA 2ZQ3A 2YBMA 1OUDA 188LA 2CGIA 1JJ1A 1GF3A 1L28A 1L22A 4I7TA 1C69A 1NHBA 4N1EI 232LA 6LYZA 1GB7A 2YBIA 1LSGA 1CU6A 241LA 2LZTA 1GF0A 2DQCY 4WM2A 4LDLA 1RE2A 1B9OA 240LA 3V2WA 1KIQC 1LKRA 1LZRA 1KXXA 1QS5A 3HUAA 1BWJA 1J1XY 1LZBA 1LHMA 4LYTA 4WG1A 157LA 1GEZA 5KXTA 1B5XA 4ZIXA 1AZFA 2D91A 4YF2A 1G7LC 1LJGA 4G9SA 1L0JA 1L61A 1F6RA 1JSEA 1EL1A 1DKKA 4ARMB 2Z12A 1WQOA 1LSCA 1IVMA 1CV3A 4ZEEA 1L43A 1G0GA 4ETAA 1IC4Y 1LZCA 1L97A 1LYDA 4Z41A 1P2LA 2IFFY 2OE9X 3IJVA 1ALCA 7LYZA 4ETEA 3HU8A 4Z3MA 1VAUA 2A7DA 3SB6A 2OU0X 4GLVA 4O34A 1LZNA 1OWZA 2DQDY 1HNLA 5B05A 216LA 1CKHA 1CUQA 1QTKA 5I14A 5M1YA 1LZYA 1XGRC 2HEAA 1L59A 1LJNA 3HWLA 2B73A 2X0AA 3CB7A 1JQUA 5AMYA 1INUA 3K2RA 4MR1A 1CTWA 154LA 4WLXA 5E4PA 1PQIA 1LYYA 1QUGA 4GCBA 166LA 1SSWA 3A3RX 1LSFA 1UIAA 1C6TA 4A7DA 1WVUA 4U3XB 1TBYA 1LMTA 2F4GA 1LI6A 2B7XA 4DD3A 4YX7C 4E3UA 1L94A 1L24A 5B59A 3C83A 5KXXA 1C6HA 1YKYX 5KXNA 1IWWA 1CV4A 149LA 1TDYA 1JWRA 2DQAA 1LHHA 190LA 1BGIA 2I6ZA 2IGCA 146LA 1L16A 3BKHA 4X3BA 3W3EA 2EQLA 3A90A 1C6JA 3GUOA 4WM4A 4LYBA 2D6BA 1BQLY 4AGAA 2BQEA 3CDOA 3DN8A 1NMMA 1UICA 1WQMA 2W1MA 4C3WA 1REZA 4GBRB 3HTFA 152LA 1TCYA 1B7OA 1CU5A 4WO9A 3HDEA 2RBRA 5KKIA 3SB9A 5D5CA 2RB2X 130LA 3SB5A 1IP4A 5J7CA 4BS7A 1YKXX 4W96A 139LA 4DDCA 2DQJY 4WG7A 4CFPA 1HEOA 1L38A 4QEQA 1A4VA 1LHJA 4CFOA 2CUUA 1B7LA 1FLYA 1GF9A 5K7OA 3HT7A 1L37A 1L84A 1L82A 260LA 1L39A 1C6LA 4N5RA 1LYZA 1C7PA 104LA 249LA 4WM6A 5LAFA 1E8LA 193LA 1GF7A 1L58A 1OV7A 4E97A 1L29A 5B1FA 2XQOA 5LVJA 3HU9A 3A95A 187LA 4W58A 3AYQA 1L49A 169LA 1GWDA 3WVXA 3P65A 1WQNA 3K3TA 4G49A 2LYOA 4M4OA 1C63A 1HSXA 4B1AA 1LI3A 2OU9A 1D0KA 1C66A 2I26L 4LT3A 113LA 2BQCA 6LZMA 3TMXA 2Z38A 5DN5A 2W1LA 3ODUA 3TMUA 4EKRA 1GF4A 242LA 1L75A 1L56A 1L71A 2B72A 1NKHA 1HF4A 1NDGC 3A94A 5L3IA 4EJ4A 3NYAA 4WO6A 1H6MA 1PQOA 1IP1A 4ET9A 3WXTA 4MSTA 183LA 2QARC 108LA 4W53A 3DN2A 1D0MA 4UWUA 1YILA 2MEHA 126LA 3UONA 2ZNWY 3TXHA 1XEIA 1D2YA 1DQJC 3DN1A 3WH1A 156LA 2W1XA 3QAKA 3A93A 4ETCA 1GBWA 4NEBA 197LA 4WOAA 4H9BA 3FE0A 1T8FA 4DAJA 1JKCA 1UC0A 1G0PA 1IR8A 1LMQA 3ZEKA 1IWYA 3HUQA 1YIKA 2F2QA 1YROA 1MELL 1GB2A 1OP9B 3A8ZA 3CT0A 161LA 2MEIA 3C7ZA 256LA 222LA 1ZURA 2L78A 4OWBA 258LA 175LA 3TMWA 1QT5A 1GB8A 133LA 4XN6A 5B07A 1IORA 223LA 238LA 1XJUA 2Q9EA 5F81A 147LA 3LN2A 1IO5A 1L33A 5IHGA 250LA 1B5UA 1WQRA 2PC2A 4NHQA 1XSFA 3AGHA 1GF8A 3MGWA 1GF5A 3LYOA 3DN0A 2Q0MX 4HTQA 1QSQA 2FYCA 3RUNA 4KPMA 5D5FA 1P6YA 1FLWA 1JTPL 2NTHA 4TSBA 4NGZA 1C67A 217LA 3DN4A 155LA 1BHZA 3LZ2A 1OV5A 1KW7A 128LA 119LA 1JUGA 1BB4A 5FSTA 1GFJA 2B6ZA 2F47A 4II8A 4WM5A 4H8YA 3WU7A 1FDLY 1CKFA 3N9CA 4J1AA 4NGVA 3ATOA 5I5QA 5APDA 2BQLA 4QY9A 1DI3A 1L95A 3IWRA 3HH5A 4FJRA 4G4CA 2BQMA 3WW5A 1GFRA 1G1WA 2BQAA 4HTNA 2OU8A 1LSZA 2BQBA 1G7MC 1XEPA 1TEWA 1PQMA 1KW5A 1GE2A 5FEKA 1YAPA 5APEA 3WU9A 1C64A 1OUHA 4OO9A 4LT0A 1RFPA 1YAMA 2DQGY 4HJYA 1CU3A 3WULA 1KS3A 4I7SA 4H9CA 1CJ8A 1YANA 2DQEY 1L90A 3G3BB 5DL9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5ILC A;  4EPF A;  1L92 A;  201L A;  1L62 A;  2OE7 X;  1LSB A;  5C6J A;  230L A;  1IIZ A;  1YL0 X;  1QUT A;  1UIB A;  1DYG A;  1GBY A;  5B06 A;  1V7T A;  4KXI A;  1BWI A;  1RJC B;  4N1C C;  1OUG A;  1LPI A;  5F9U A;  3RNX A;  3LHM A;  160L A;  1L47 A;  5LYM A;  244L A;  1C6D A;  2ZQ3 A;  2YBM A;  1OUD A;  188L A;  2CGI A;  1JJ1 A;  1GF3 A;  1L28 A;  1L22 A;  4I7T A;  1C69 A;  1NHB A;  4N1E I;  232L A;  6LYZ A;  1GB7 A;  2YBI A;  1LSG A;  1CU6 A;  241L A;  2LZT A;  1GF0 A;  2DQC Y;  4WM2 A;  4LDL A;  1RE2 A;  1B9O A;  240L A;  3V2W A;  1KIQ C;  1LKR A;  1LZR A;  1KXX A;  1QS5 A;  3HUA A;  1BWJ A;  1J1X Y;  1LZB A;  1LHM A;  4LYT A;  4WG1 A;  157L A;  1GEZ A;  5KXT A;  1B5X A;  4ZIX A;  1AZF A;  2D91 A;  4YF2 A;  1G7L C;  1LJG A;  4G9S A;  1L0J A;  1L61 A;  1F6R A;  1JSE A;  1EL1 A;  1DKK A;  4ARM B;  2Z12 A;  1WQO A;  1LSC A;  1IVM A;  1CV3 A;  4ZEE A;  1L43 A;  1G0G A;  4ETA A;  1IC4 Y;  1LZC A;  1L97 A;  1LYD A;  4Z41 A;  1P2L A;  2IFF Y;  2OE9 X;  3IJV A;  1ALC A;  7LYZ A;  4ETE A;  3HU8 A; 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