209LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 54
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 209lA00
1C60A 125LA 1L20A 1PQDA 1C6FA 1P5CA 110LA 1P46A 1L68A 1L00A 1QT5A 1QT6A 158LA 1QUGA 183LA 144LA 1B6IA 3CDOA 187LA 2O79A 1L23A 2HULA 4AQNA 1C6IA 1G0GA 1L17A 1L41A 109LA 4ARMB 1L97A 2B70A 1DYCA 2OE4X 1CX6A 4W57A 3GUOA 1D3NA 3HDFA 4LDLA 1L60A 3L64A 4IAPA 185LA 3JR6A 3OE8A 236LA 2B6XA 2CUUA 3GUIA 143LA 1C64A 3G3XA 4ARLA 1CV1A 3OE6A 1L91A 244LA 3HU9A 168LA 3DNAA 1L79A 4I7NA 3D4SA 198LA 3QAKA 1L57A 2B6WA 3C8SA 3DMVA 4DKLA 1L27A 223LA 3HH6A 4OO9A 137LA 1G07A 1L33A 146LA 246LA 180LA 215LA 1C6PA 1L88A 1QT3A 1CV3A 3GUJA 1ZWNA 4I7QA 1L64A 126LA 142LA 167LA 1G06A 1L48A 1QTVA 1OVJA 3G3WA 1C6BA 1L19A 155LA 3HTDA 1LPYA 4EPIA 3GUMA 1NHBA 1QSBA 176LA 2F32A 177LA 162LA 4W56A 3VW7A 2Z6BA 3SBAA 3DN0A 1L0KA 3HTFA 1L29A 2B6TA 1SWYA 254LA 174LA 1QT4A 2F2QA 2B6YA 1CU5A 1OVKA 1L50A 1ZYTA 3DN1A 3SBBC 1QTBA 1L95A 1L99A 1DYFA 1L63A 189LA 115LA 259LA 161LA 3L2XA 129LA 1P3NA 4EJ4A 4I7PA 3CDRA 1C6LA 3NY9A 247LA 4I7TA 5I14A 1C69A 149LA 1G1VA 1L69A 2ANXA 2RBQA 235LA 103LA 1XJTA 2RBPA 3HTBA 1KS3A 1C6GA 2OU8A 1QTHA 1C6DA 123LA 1L56A 3HT6A 3K2RA 1L47A 1KY0A 181LA 1G0KA 1G0JA 1L62A 1CUPA 1LLHA 1LI3A 1QSQA 1XJUA 1L67A 1L96A 7LZMA 113LA 1C6TA 3SB5A 4EKRA 1L94A 1TLAA 1L73A 229LA 3SB6A 1JQUA 1JTMA 221LA 186LA 3G3VA 1WTHA 163LA 1L43A 1G0QA 1G0MA 4LZMA 1L80A 1CV0A 1L82A 3UONA 1P7SA 191LA 1L53A 1L49A 226LA 196LA 1L30A 131LA 1CV5A 1L77A 4W53A 1L87A 210LA 3DKEX 1SWZA 108LA 1KY1A 1CTWA 228LA 178LA 1L37A 252LA 3FADA 1QS9A 2LC9A 1L72A 3SB7A 1L24A 249LA 3NYAA 1OVHA 172LA 1L09A 1L59A 1D2YA 1KW5A 2ANVA 102LA 1L90A 2OTZX 3GULA 3ODUA 1LYGA 1QUOA 3HTGA 1T97A 1C61A 2OE7X 253LA 1L61A 256LA 1L21A 156LA 1LGWA 2L78A 4I7SA 4K5YA 1L75A 4E97A 258LA 1L15A 1D3MA 1JTNA 205LA 239LA 209LA 3HUAA 3C7ZA 3C8RA 3DN2A 1L81A 1CVKA 1L76A 190LA 1L40A 3SB8A 1D2WA 1L28A 4ARJA 1L36A 2Q9DA 2OU0X 3DN3A 3PDSA 4S0WA 119LA 170LA 1CU2A 2F47A 1LWGA 114LA 4EKSA 1CV4A 2NTHA 218LA 4EPFA 120LA 1LW9A 4ARQB 1L32A 1L52A 188LA 199LA 2A4TA 206LA 4PK0A 251LA 2RH1A 169LA 1CU0A 3C81A 1QS5A 128LA 1L10A 1L65A 220LA 2RB2X 1L70A 3GUPA 1G0PA 4LDOA 159LA 1SX7A 1L07A 3C8QA 3HH5A 3CDTA 2HUMA 3HT8A 4ARMA 1T6HA 3LZMA 4ARPA 1PQJA 4W55A 2O7AA 1L51A 222LA 1I6SA 233LA 4EKQA 1T8AA 139LA 1L85A 1L38A 1P56A 3FI5A 1C6KA 1LGUA 1LI2A 1PQMA 219LA 3HWLA 262LA 2IGCA 1SSYA 197LA 1OWZA 1SSWA 1P64A 1C6JA 1KNIA 1CUQA 225LA 1P36A 145LA 1P2LA 164LA 4I7LA 1DYEA 227LA 3DMZA 248LA 1L22A 3HT7A 3NY8A 243LA 3DN4A 130LA 111LA 260LA 1PQOA 3SB9A 1OV5A 140LA 1KW7A 166LA 1L34A 2LCBA 1LYJA 4GRVA 1C65A 4W59A 237LA 3DMXA 1L98A 148LE 1D9WA 2RB0X 1L26A 5LZMA 2QARC 1L66A 182LA 195LA 2B75A 4DJHA 2RBOA 3HUKA 3RZEA 4EKPA 2RBSA 1QT7A 3OE0A 1L16A 118LA 231LA 4PJZA 1L02A 157LA 1LYFA 3C82A 2RAZX 2B73A 1L35A 1L46A 1L14A 1T8FA 4I7RA 1LI6A 1L39A 2NTGA 1PQKA 1DYBA 261LA 4EXMA 1L71A 4W52A 3F8VA 2OTYX 213LA 173LA 1P37A 171LA 3DN8A 4I7OA 175LA 3V2WA 1L42A 1SX2A 214LA 3C80A 1L93A 1L44A 3CDQA 1C63A 224LA 3HU8A 3HDEA 232LA 3OE9A 1XEPA 4YX7C 1C6NA 212LA 257LA 1QTCA 1L11A 3RUNA 1LYIA 1CU3A 1C6MA 1L12A 1L06A 3GUNA 2RBNA 250LA 3C83A 1QT8A 1C6AA 200LA 1C68A 240LA 4GBRB 4I7KA 1C6CA 1C6QA 1K28A 2RBRA 1DYAA 3F9LA 4W58A 1LYEA 2O4WA 1L08A 2Q9EA 2OU9A 3FA0A 112LA 3SN6R 1QUDA 3HH3A 1L84A 1L55A 4I7JA 1EPYA 2B6ZA 104LA 3C7WA 1L58A 4DAJA 1CX7A 3HH4A 4W51A 1L83A 1L04A 1C66A 150LA 1CU6A 1L31A 4ZPUA 1T8GA 1C6EA 2RB1X 1OV7A 152LA 1LGXA 6LZMA 1DYDA 241LA 1QTDA 1LYHA 165LA 1LYDA 1L13A 1P2RA 1L05A 1L74A 3DN6A 4LDEA 1C67A 192LA 2OE9X 2QB0B 1PQIA 1G1WA 216LA 230LA 1L03A 3V2YA 1L0JA 255LA 2B7XA 2RAYX 4YXAC 2HUKA 1ZURA 1DYGA 2B72A 184LA 3HUQA 1G0LA 1CV6A 4W54A 245LA 3HT9A 1L86A 127LA 3GUKA 3EMLA 1L89A 1QUHA 211LA 4I7MA 141LA 3CDVA 1C62A 122LA 217LA 1P6YA 2OEAX 1C6HA 1OWYA 4YXCA 2LZMA 1L45A 1QTZA 147LA 1L25A 4ARQA 1L54A 1L18A 234LA 1OYUA 3C7YA 1D3JA 201LA 138LA 1D3FA 151LA 1L92A 242LA 1LWKA 238LA 160LA 2B74A 1L01A 3PBLA 107LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L20A 2ZIKA 2DQJY 1D0LA 4NGYA 2MEIA 2CWIA 183LA 1B6IA 3CDOA 3OK0A 5B05A 1L23A 2HULA 1L17A 1VDPA 2B70A 4HTQA 1LHMA 4BADA 3L64A 185LA 3JR6A 3OE8A 1D0KA 4HTKA 2B6XA 1CKGA 4HJVA 5EBHA 2VB1A 4NHIA 1L91A 4W94A 4NG8A 3HU9A 4H8XA 1GE4A 1LHIA 5KXNA 4QY9A 2DQAA 1L57A 2B6WA 1XGTC 4OW1A 3LHMA 3C8SA 1GFKA 3TMXA 1FLQA 3DMVA 5JENB 2D4IA 3A90A 3GUJA 1IP2A 1KIQC 1ZWNA 142LA 167LA 1REYA 4WM3A 3G3WA 1L19A 3HTDA 5KXWA 5APEA 2HEEA 3GUMA 1NHBA 176LA 2F32A 177LA 4HPEA 3SBAA 1LHHA 1YKYX 4HSFA 2W1MA 2W1XA 4NGLA 1PZYA 4GLAA 4H90A 3M18B 4WO9A 1OQMA 1OVKA 2A7FA 1BWIA 189LA 115LA 259LA 161LA 1IWWA 1GB3A 1G1VA 3E3DA 2ANXA 103LA 1CNSA 1C6DA 1L56A 3HT6A 4WLDA 1CJ7A 1CUPA 7LYZA 1L96A 1B0DA 3HFMY 7LZMA 1C6TA 1VAUA 2Z18A 1LZEA 1HFZA 1NF5A 1GE1A 221LA 1CJ6A 1WTHA 1NMMA 1IX0A 1G0MA 1L80A 2BQHA 2BQLA 5ILCA 1OUJA 1L53A 4NSIA 4CHXA 4LT1A 4DD2A 131LA 4NGVA 2Z2EA 4AXTA 3DKEX 4G4CA 1SWZA 1GDXA 1GF4A 2DBTA 1CTWA 5KXPA 3A6CY 3FADA 1QS9A 2LC9A 3SB7A 1OVHA 172LA 1L09A 1KW5A 3HBHA 1IOTA 1GB5A 5DN5A 4IATA 2XBRA 3ODUA 1LYGA 2ZIJA 3WU9A 1C61A 1OUAA 1BB5A 2DQDY 4DQ7A 1GFTA 2L78A 3B0OA 4K5YA 4E97A 3TXBA 1DKKA 205LA 1N4FA 1LSYA 4AGAA 1IY4A 2D4JA 3B0KA 1L76A 3ZEKA 5F14A 1KIPC 1L40A 3SB8A 1B5WA 2Q9DA 1QUTA 4GCCA 218LA 1NDGC 4DT3A 5LA8A 4ARQB 206LA 1IORA 4PK0A 2RH1A 3C81A 128LA 1L70A 1HEPA 4LDOA 3CDTA 4XJGA 1LZ9A 3TXEA 3A92A 3WW6A 4OOTA 2D91A 4ARPA 2I6ZA 1IIZA 1PQJA 4W55A 3WULA 4WM5A 1I6SA 1JHLA 3A34A 2ZQ3A 1T8AA 4B4EA 5D5FA 139LA 1L85A 1L38A 262LA 1GFEA 1SSYA 1LHLA 4LGKA 1F6SA 2BQKA 4LT2A 1GWDA 1P2LA 1YQVY 1DYEA 3TMWA 134LA 1REXA 1BHZA 4WL6A 2EQLA 1LYOA 154LA 2YSSC 1D9UA 1IWVA 3DN4A 1LMOA 260LA 3CB7A 1G7MC 4GN5C 140LA 4H1PA 1KW7A 1L34A 1E8LA 1LYJA 5K7OA 1YILA 1B7MA 1WQMA 1UCOA 5LAFA 1IEEA 1HSXA 1TEWA 2QARC 4EKPA 1ZVYB 2RBSA 5LVHA 1L02A 4NSGA 1DPWA 157LA 4NGKA 3KAMA 2RAZX 4NHSA 3IJUA 1L14A 4UWUA 1LI6A 3TXDA 1L39A 9LYZA 1DYBA 5KXKA 5F16A 3F8VA 2OTYX 2DQEY 2BQGA 4LYZA 173LA 1J1OY 3DN8A 5FDJA 4G4BA 2CJLA 4O34A 1LZ8A 1C63A 224LA 3AZ7A 1C10A 5HLLA 1G7LC 3WXUA 257LA 4YEMA 1HEWA 3RUNA 3LYMA 1LYIA 133LA 2D6BA 3GUNA 3A93A 2LYOA 250LA 3C83A 3RU5A 4RLNA 1GFHA 1XSFA 5LVJA 1C6CA 1K28A 4W58A 2I25L 1L08A 4ANRA 2OU9A 1YIKA 3FA0A 3WUNA 1L55A 1EPYA 1LZ5A 2B6ZA 104LA 3WH1A 150LA 1LGXA 6LZMA 4M4OA 1QTDA 3WPJA 165LA 1UA6Y 2NWDX 1L74A 216LA 2HEBA 4HV2A 1GPQC 3RNXA 1Z55A 1G7JC 4OWBA 1T6VL 2AUBA 2EIZC 4EMNA 1DYGA 2PC2A 2B72A 3HUQA 1CV6A 4H9FA 2ZNXY 1RCMA 2BQMA 3EMLA 1L89A 4I7MA 1C62A 122LA 1ZVHL 3HBDA 1JSFA 3A6BY 1CKFA 1YL0X 1JTPL 1L45A 4B49A 1L25A 1LAAA 2A7DA 1OYUA 3C7YA 153LA 201LA 4ETDA 4H94A 1L92A 1GE0A 160LA 4LYCA 2B74A 1L01A 2LCBA 107LA 1LZ1A 1LJ3A 2ZWBA 1QTEA 2W1LA 1P46A 1L68A 1I56A 1L00A 1QUGA 158LA 144LA 4LT0A 1LZSA 3CSZA 1G0GA 1L41A 109LA 1LMCA 1L97A 2OE4X 2BLYA 1D3NA 3HDFA 4LDLA 4IAPA 4MCKA 236LA 2CUUA 3W6AA 4CJ2A 143LA 1C64A 3G3XA 5FELA 2ZYPA 4HJYA 3OE6A 6LYZA 1LTMA 2Z2FA 1IR9A 2YBNA 2LYZA 4I7NA 4HP0A 1V7TA 1FLUA 2XTHA 3WVYA 1GXXA 3A67Y 4DKLA 1IR8A 223LA 4GN4A 207LA 1LSEA 3AGHA 5A3ZA 1QT3A 4LFPA 4ETAA 1FBIX 1G06A 1QTVA 1OVJA 1LMNA 4WG7A 3N9CA 1VEDA 1F10A 5LIOA 1LPYA 3HBEX 1GEVA 1QQYA 1GF7A 4N8ZA 3EBAB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L20 A;  2ZIK A;  2DQJ Y;  1D0L A;  4NGY A;  2MEI A;  2CWI A;  183L A;  1B6I A;  3CDO A;  3OK0 A;  5B05 A;  1L23 A;  2HUL A;  1L17 A;  1VDP A;  2B70 A;  4HTQ A;  1LHM A;  4BAD A;  3L64 A;  185L A;  3JR6 A;  3OE8 A;  1D0K A;  4HTK A;  2B6X A;  1CKG A;  4HJV A;  5EBH A;  2VB1 A;  4NHI A;  1L91 A;  4W94 A;  4NG8 A;  3HU9 A;  4H8X A;  1GE4 A;  1LHI A;  5KXN A;  4QY9 A;  2DQA A;  1L57 A;  2B6W A;  1XGT C;  4OW1 A;  3LHM A;  3C8S A;  1GFK A;  3TMX A;  1FLQ A;  3DMV A;  5JEN B;  2D4I A;  3A90 A;  3GUJ A;  1IP2 A;  1KIQ C;  1ZWN A;  142L A;  167L A;  1REY A;  4WM3 A;  3G3W A;  1L19 A;  3HTD A;  5KXW A;  5APE A;  2HEE A;  3GUM A;  1NHB A;  176L A;  2F32 A;  177L A;  4HPE A;  3SBA A;  1LHH A;  1YKY X;  4HSF A;  2W1M A;  2W1X A;  4NGL A;  1PZY A;  4GLA A;  4H90 A;  3M18 B;  4WO9 A;  1OQM A;  1OVK A;  2A7F A;  1BWI A;  189L A;  115L A;  259L A;  161L A;  1IWW A;  1GB3 A;  1G1V A;  3E3D A;  2ANX A;  103L A;  1CNS A;  1C6D A;  1L56 A;  3HT6 A;  4WLD A;  1CJ7 A;  1CUP A;  7LYZ A;  1L96 A;  1B0D A;  3HFM Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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