209LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 54
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 209lA00
173LA 1L46A 1LWGA 183LA 237LA 1KNIA 1L92A 1G0KA 1SSWA 1XJTA 1QTDA 1I6SA 162LA 4I7NA 1WTHA 2IGCA 185LA 146LA 1L32A 1OVJA 1ZYTA 189LA 157LA 1QT5A 4ZPUA 3DMXA 1OV7A 115LA 1C6LA 3C7YA 3ODUA 166LA 1G06A 225LA 4E97A 1L38A 3C8RA 3SBBC 1QUDA 2NTHA 3DMZA 1L21A 3OE6A 4ARQA 5I14A 2HUKA 181LA 1L58A 228LA 4I7TA 1L87A 1CX6A 1L55A 3LZMA 1EPYA 1C6BA 3C80A 1QUOA 2ANVA 4W58A 1L16A 191LA 1P56A 1OWYA 1QTZA 1L48A 1LI6A 211LA 1L60A 167LA 1L36A 2OEAX 4LDLA 3SN6R 1CX7A 1D3NA 1P37A 1T8AA 1LI3A 3HDEA 1L35A 152LA 1L68A 1G0PA 1L72A 2F47A 1PQKA 1ZWNA 230LA 3HTBA 258LA 1C65A 252LA 2B73A 1L00A 1QT8A 182LA 1C69A 1L29A 3HU9A 1LGUA 3DMVA 1L06A 4W56A 1L52A 1C6MA 3PBLA 2LZMA 3DN3A 1L82A 3HU8A 4AQNA 2RBNA 177LA 2RBQA 4YX7C 235LA 4ARPA 1L85A 4I7KA 2B72A 4ARJA 206LA 4ARMA 156LA 1C68A 1L95A 102LA 3C81A 1JTNA 4PJZA 261LA 4EKSA 180LA 4EKPA 137LA 1LLHA 1L13A 3OE9A 3HWLA 4YXAC 1LW9A 1PQIA 1L42A 1C6QA 3C7ZA 129LA 3SB5A 1L54A 1P64A 256LA 2B6ZA 1QSQA 3DN6A 3HUKA 1L33A 1SX2A 1L45A 217LA 2RAYX 1CVKA 3K2RA 1C60A 190LA 4I7JA 3HTDA 2Z6BA 1G0QA 188LA 149LA 148LE 3C82A 1C6HA 151LA 213LA 3GULA 2B6TA 1L50A 1L39A 1DYDA 1L08A 1L65A 1NHBA 139LA 1ZURA 4EPIA 1CV6A 1C6PA 1LYDA 1L17A 1CV1A 1DYAA 3HUAA 1KY0A 1C6EA 1L20A 1LYIA 1CV4A 4LDOA 1L03A 1QT4A 1L07A 1C6DA 212LA 1L73A 1CUPA 1DYEA 247LA 142LA 1LYEA 3GUNA 1D3MA 4PK0A 226LA 1CU5A 1TLAA 3L2XA 221LA 123LA 1L57A 1OV5A 170LA 224LA 164LA 4W52A 174LA 3EMLA 2RH1A 4W55A 184LA 1B6IA 1L63A 3JR6A 1KY1A 242LA 1CU0A 198LA 171LA 1G0LA 2OE4X 1P2RA 4LZMA 2RBRA 219LA 176LA 1P2LA 233LA 103LA 2Q9EA 3RUNA 165LA 2OU0X 1PQOA 1QS9A 1LPYA 2RB0X 1L51A 1L86A 1LYFA 1G1WA 4I7SA 197LA 1DYBA 1L26A 1LGXA 127LA 187LA 1QTHA 1T8GA 1C6JA 2OE7X 1L84A 4ARLA 4GBRB 1L31A 4IAPA 3UONA 150LA 1L77A 1LWKA 262LA 4EXMA 192LA 1P6YA 1L79A 3HT8A 2HULA 214LA 161LA 1L19A 1LI2A 196LA 1DYCA 3F8VA 1C6CA 1C6IA 1L30A 227LA 4I7PA 245LA 1PQJA 1C6NA 248LA 4W53A 1P36A 104LA 1L27A 250LA 1G0MA 138LA 222LA 141LA 4I7LA 257LA 2ANXA 1KW7A 3FA0A 1CU6A 1C6GA 112LA 168LA 1L70A 1L22A 1L53A 232LA 4ARQB 131LA 3F9LA 113LA 4W57A 255LA 4W51A 1L80A 114LA 1L37A 3OE8A 1L69A 159LA 2OU9A 1QT3A 2B6WA 144LA 3DN8A 2RB1X 2OU8A 125LA 1OVHA 3L64A 3PDSA 1QT7A 1CV5A 223LA 259LA 4S0WA 3GUIA 1D9WA 1OWZA 243LA 1L67A 1L81A 2RB2X 110LA 2OE9X 2HUMA 1C6TA 240LA 120LA 241LA 4EKRA 1KW5A 3NYAA 3SB8A 1L14A 119LA 4W54A 1D2WA 2CUUA 2F2QA 1C63A 3HH5A 218LA 2O7AA 1LYHA 1DYFA 1SSYA 2RBSA 1L01A 2RAZX 3SB6A 1L43A 253LA 199LA 155LA 4OO9A 3DN2A 1QTVA 1C66A 195LA 201LA 1CTWA 1L05A 1LGWA 6LZMA 1QS5A 3GUMA 1L94A 1QUGA 1L98A 1L71A 3G3XA 3DN0A 3V2YA 234LA 3HDFA 1D3FA 1OVKA 1SX7A 4ARMB 1L62A 3DN4A 1LYGA 4I7MA 1L44A 1L97A 3FADA 3GUOA 1OYUA 143LA 1L02A 3HH4A 1C6AA 2B74A 1P46A 2B70A 3GUJA 1CV3A 3HTGA 1L23A 260LA 2O79A 3HT6A 3VW7A 186LA 2QB0B 1L88A 4DJHA 3C8QA 205LA 216LA 3HTFA 169LA 2L78A 3DN1A 111LA 1L99A 1CV0A 3G3WA 1L04A 2RBOA 1QTCA 239LA 1L61A 160LA 2NTGA 3C7WA 145LA 175LA 163LA 1L15A 3HT9A 1L10A 1T97A 3V2WA 238LA 4EKQA 3OE0A 1JQUA 1L90A 1L59A 1L28A 3SB9A 1L34A 128LA 2B6YA 1T6HA 254LA 4K5YA 1L93A 3HUQA 2B6XA 1PQMA 1C62A 2RBPA 7LZMA 3DNAA 3G3VA 4I7QA 1L75A 2F32A 1L24A 5LZMA 1C6FA 178LA 1DYGA 126LA 1L74A 1L41A 200LA 3CDQA 4GRVA 107LA 2O4WA 1L0KA 1L11A 1CU2A 1L56A 1LYJA 3CDOA 1G07A 4I7RA 4YXCA 1L66A 1L25A 2OTYX 1D2YA 140LA 2B75A 130LA 231LA 249LA 1QSBA 1SWZA 3D4SA 1T8FA 3QAKA 3C8SA 147LA 3FI5A 3HT7A 3GUKA 122LA 3GUPA 1L0JA 1L18A 3SB7A 1QUHA 3HH3A 251LA 1KS3A 1QT6A 1CUQA 4I7OA 220LA 1C67A 4W59A 244LA 1L96A 229LA 1L76A 1D3JA 4EJ4A 4DKLA 2LCBA 1G1VA 1SWYA 3CDTA 3SBAA 1L91A 1XEPA 1CU3A 4EPFA 210LA 1P5CA 215LA 1QTBA 3DKEX 1L09A 1L49A 1XJUA 1C64A 1C6KA 1P3NA 1P7SA 246LA 1L89A 3C83A 4LDEA 109LA 3CDVA 2B7XA 1G0GA 1L40A 3NY8A 3NY9A 108LA 1L83A 1PQDA 2A4TA 2OTZX 1L12A 118LA 1C61A 3HH6A 3CDRA 172LA 209LA 1K28A 236LA 1G0JA 2Q9DA 1L64A 3RZEA 2QARC 1JTMA 4DAJA 1L47A 2LC9A 158LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L46A 1LWGA 183LA 1L92A 1QTDA 162LA 1LMTA 185LA 1ZYTA 2GV0A 5A3EA 5T3FA 2CGIA 115LA 1C6LA 3C7YA 1B5XA 3C8RA 3RW8A 2DQJY 1QUDA 3SBBC 4ARQA 2FBDA 181LA 4I7TA 4NSIA 1CX6A 1BWJA 1L55A 3LZMA 1GF9A 1NWGA 1HSWA 1GB7A 2YVBA 4WOAA 1IOCA 1WVUA 4MCKA 1P56A 1HEQA 2ZILA 1D9UA 1L60A 4C5FA 4LDLA 3SN6R 4BAPA 2HEAA 1HSXA 1GE1A 193LA 5LA5A 3HDEA 1L35A 1PQKA 1ZWNA 230LA 3AZ4A 3HTBA 1C65A 5B1GA 4WM3A 1OUJA 1L29A 1BB6A 1JUGA 3DMVA 5LIOA 4PRUA 5IHGA 1C6MA 1LZGA 1B7RA 5IDDA 1IWWA 1G7LC 1FLUA 1LSEA 4I7KA 2B72A 2NWDX 206LA 5I54A 3D3DA 156LA 1FBIX 3WPKA 1GD6A 5LAGA 1GBZA 4PJZA 1KIQC 4XJBA 4EKSA 137LA 1L13A 4J0LA 4WO9A 1KXXA 3DN6A 1YQVY 4XJDA 2I25L 217LA 2RAYX 1DKJA 1CVKA 2FYCA 2MEDA 3A91A 2Z6BA 5I4WA 2F2NA 2Z37A 4LT2A 3QE8A 5FEKA 1WQMA 1LMOA 2DQCY 1ZVYB 4NWHA 4WG7A 4NEBA 1L17A 1HMKA 4TTDA 4B49A 1LYYA 4NGYA 1GFHA 1QT4A 1TBYA 247LA 142LA 1GF5A 1LYEA 3M3UA 226LA 4WLTA 3L2XA 1GBXA 4WM5A 1IY3A 4YEOA 4HJZA 4FJRA 4WL6A 1ZV5L 1LSYA 4NGLA 184LA 1B6IA 3ATNA 3CT1A 1JIYA 3JR6A 1C43A 5L9JA 1LHJA 198LA 1G0LA 3A96A 1IWXA 5APFA 2RBRA 219LA 176LA 1P2LA 1GB5A 3RUNA 1LPYA 2BQLA 4H9FA 197LA 1DYBA 1L26A 5LVJA 208LA 2Z12A 4ARLA 1GBWA 1HC0A 1L31A 4IAPA 3WUAA 1UIBA 4EXMA 1P6YA 1GFJA 1L79A 214LA 161LA 2YBNA 3F6ZA 1LI2A 1DYCA 1GFTA 227LA 4I7PA 5DM9A 2YDGA 1LCNA 4RW1A 4LYMA 1L27A 2XJWA 1NF5A 1A2YC 1LZDA 135LA 4LGKA 257LA 1KW7A 1BB7A 1YAPA 4LYCA 168LA 1DI5A 4DDCA 4LFPA 1UIGA 1GDWA 2BQJA 2OU9A 223LA 259LA 4WO6A 1SLYA 1OWZA 4BS7A 3TXDA 1I56A 1LTMA 2RB2X 1GE4A 5FHWA 1NQIA 1GBSA 1LJJA 240LA 1KW5A 3NYAA 3ZEKA 119LA 1JHLA 3OJPA 4DQJA 6LYTA 2CUUA 2RBSA 4ETCA 1L01A 3SB6A 1B5YA 1F0WA 155LA 4OO9A 2HEEA 1UUZC 2H5ZA 1DKKA 1DI3A 1IOTA 1QUGA 3BKVA 2MECA 4B4JA 4HTKA 3DN0A 2B5ZA 1B7PA 1D3FA 4ARMB 4WM2A 1L62A 5JENB 4DYGA 4I7MA 4YOPA 1OYUA 1BHZA 3HH4A 4NWEA 2B74A 4NY5A 4RLMA 1L23A 1B7SA 260LA 3W6CA 4DJHA 205LA 3HTFA 1BB3A 169LA 5B59A 4H90A 239LA 1EQ4A 2Z38A 1L61A 3CQLA 160LA 1IR7A 3HT9A 2W1MA 1T97A 238LA 1REXA 1LZAA 2BQBA 1GB9A 1JQUA 3BKHA 2BQGA 1L28A 3SB9A 1IP1A 5LYTA 4K5YA 1YL0X 1PQMA 2BQAA 1L24A 5LZMA 1B7OA 4I0CA 1OUBA 126LA 4NSHA 4GRVA 1LYSA 107LA 4HJVA 1L11A 3ZVQB 1L56A 3QY4A 4I7RA 1L25A 1JTTL 2G4PA 1TEWA 3T36A 1YL1X 2B75A 2C8PA 1DQJC 1JISA 231LA 249LA 1YAQA 134LA 1XEIA 5B06A 3GUKA 122LA 1NDMC 5FELA 1QUHA 3A92A 1KS3A 1QT6A 3P66A 2CJLA 1JTPL 2D4IA 3WU9A 153LA 4QEQA 229LA 1L76A 1D3JA 2ZNWY 1G1VA 1JJ0A 4OOTA 4XADA 3SBAA 1L91A 1XEPA 4G4CA 2DQHY 1CU3A 1JPOA 1P5CA 4AXTA 1XGRC 2EPEA 4PPOA 3SP3A 1VFBC 5F9UA 1UIAA 4OWEA 1C64A 4QDNA 3C83A 1BWHA 109LA 1GAZA 2ZYCA 3NY8A 3QNGA 2A4TA 4XJIA 1C61A 4NGJA 2H9JA 3LN2A 1G0JA 1GHLA 2Q9DA 1JTMA 4DAJA 3TXJA 1L47A 4Z41A 4G9SA 1B5UA 1SSWA 3G3BB 3WMKA 4I7NA 2IGCA 1L32A 1UICA 1EQEA 1G7HC 3DMXA 4GLAA 1G06A 4LYZA 1LZRA 3AGHA 2HEFA 3AGGG 4N9RA 1J1PY 1UACY 2ZQ4A 1ZVHL 1PZYA 3C80A 2ANVA 2C8OA 1PS5A 4NHIA 191LA 3WXUA 1QTZA 1LI6A 211LA 167LA 1YAMA 5KKIA 2OEAX 1CX7A 1P37A 3G3AB 152LA 1L68A 252LA 2B73A 1QT8A 5LYZA 182LA 3KAMA 1LGUA 1UC0A 1L06A 5KXRA 1LJ3A 4GLVA 4NIJA 5KXZA 1L82A 5C6LA 177LA 1L85A 4X3BA 4UWVA 4WLDA 4ARMA 4MR1A 4LT0A 3RU5A 1C68A 3VWOA 1IOSA 1GF6A 3A94A 180LA 2EKSC 1LLHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L46 A;  1LWG A;  183L A;  1L92 A;  1QTD A;  162L A;  1LMT A;  185L A;  1ZYT A;  2GV0 A;  5A3E A;  5T3F A;  2CGI A;  115L A;  1C6L A;  3C7Y A;  1B5X A;  3C8R A;  3RW8 A;  2DQJ Y;  1QUD A;  3SBB C;  4ARQ A;  2FBD A;  181L A;  4I7T A;  4NSI A;  1CX6 A;  1BWJ A;  1L55 A;  3LZM A;  1GF9 A;  1NWG A;  1HSW A;  1GB7 A;  2YVB A;  4WOA A;  1IOC A;  1WVU A;  4MCK A;  1P56 A;  1HEQ A;  2ZIL A;  1D9U A;  1L60 A;  4C5F A;  4LDL A;  3SN6 R;  4BAP A;  2HEA A;  1HSX A;  1GE1 A;  193L A;  5LA5 A;  3HDE A;  1L35 A;  1PQK A;  1ZWN A;  230L A;  3AZ4 A;  3HTB A;  1C65 A;  5B1G A;  4WM3 A;  1OUJ A;  1L29 A;  1BB6 A;  1JUG A;  3DMV A;  5LIO A;  4PRU A;  5IHG A;  1C6M A;  1LZG A;  1B7R A;  5IDD A;  1IWW A;  1G7L C;  1FLU A;  1LSE A;  4I7K A;  2B72 A;  2NWD X;  206L A;  5I54 A;  3D3D A;  156L A;  1FBI X;  3WPK A;  1GD6 A;  5LAG A;  1GBZ A;  4PJZ A;  1KIQ C;  4XJB A;  4EKS A;  137L A;  1L13 A;  4J0L A;  4WO9 A;  1KXX A;  3DN6 A;  1YQV Y;  4XJD A;  2I25 L;  217L A;  2RAY X;  1DKJ A;  1CVK A;  2FYC A;  2MED A;  3A91 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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