210LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 161
sequence length 161
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 210lA00
1L48A 3HUAA 1L11A 156LA 3CDOA 1P3NA 3VW7A 159LA 1G06A 2L78A 3NYAA 213LA 4W52A 3L64A 1QTDA 254LA 1T8AA 1P2RA 218LA 3HUQA 3NY8A 230LA 1D3NA 1LI3A 1L61A 1CV3A 2B6ZA 1L90A 4W53A 223LA 1D3JA 2HUKA 3HH5A 1L73A 255LA 1L75A 2RBRA 1C64A 4I7TA 1L36A 3K2RA 3UONA 259LA 212LA 1C6EA 119LA 3C81A 4W55A 3OE6A 144LA 236LA 142LA 7LZMA 1P36A 4IAPA 1L29A 1L88A 1C6BA 1L64A 1L46A 1L42A 2OU0X 222LA 214LA 4E97A 1L20A 4GRVA 2NTHA 1L92A 239LA 2ANVA 2OU9A 188LA 3DMZA 4DKLA 1L28A 4I7NA 3QAKA 1G0GA 1L55A 205LA 160LA 1L53A 4ARJA 1LYJA 1SSYA 200LA 1CV0A 209LA 4W59A 2RAYX 130LA 1L59A 1L97A 1CU2A 235LA 3GUOA 1L94A 1P7SA 2O79A 1G0PA 1LYDA 187LA 166LA 3HDFA 3SBAA 1L51A 2F47A 1KNIA 3CDTA 1CU3A 1CU6A 2NTGA 152LA 1C6TA 6LZMA 4OO9A 190LA 1L06A 1LLHA 2O7AA 2RB1X 1SX7A 1L16A 251LA 1CX7A 4I7SA 1L15A 104LA 155LA 3HT6A 1L87A 185LA 242LA 3OE8A 1C6NA 169LA 1PQJA 4I7QA 186LA 1ZWNA 176LA 4I7JA 3DNAA 1L65A 260LA 1L58A 108LA 1D3FA 3C7WA 1QUDA 3RUNA 1C6KA 1PQIA 2RBSA 4EKSA 196LA 1L30A 198LA 2RBOA 2B74A 126LA 1DYEA 3RZEA 246LA 1L68A 1L93A 1L40A 1L26A 112LA 1OYUA 1L63A 3HTDA 1P56A 2RB2X 3G3WA 4EKQA 2OEAX 2OU8A 1LGUA 1SX2A 2B73A 1C67A 2B6WA 2LCBA 3GUPA 3C7YA 127LA 1LI2A 137LA 1JTMA 4I7LA 1OVKA 199LA 2B7XA 1C6LA 247LA 2RBNA 1L85A 1L76A 4K5YA 192LA 1G0LA 2B6TA 1L91A 3GUJA 1T8FA 1QUHA 1L10A 3HH4A 221LA 195LA 3ODUA 1SSWA 1ZYTA 3C8QA 161LA 1L62A 2RBPA 4ARQA 1QSBA 1G07A 115LA 139LA 1L77A 1L19A 3SB5A 2B70A 1C6GA 1DYAA 1L95A 210LA 2F32A 122LA 244LA 3CDVA 1KS3A 1C6PA 1PQMA 167LA 2F2QA 1C6CA 1L34A 2OTZX 1KY1A 1G0QA 4YXAC 2OE7X 3C80A 3F8VA 3FADA 2A4TA 1L25A 1G0MA 2B6YA 3CDQA 1JTNA 2IGCA 3GUKA 3DMVA 3HWLA 109LA 3GUMA 238LA 1XJTA 147LA 4EKRA 1T8GA 1G0JA 3HTGA 4EKPA 1XEPA 4EPFA 1LYIA 3C83A 3C82A 1L52A 1L71A 1L38A 197LA 2Z6BA 1L69A 1I6SA 1KW5A 1L08A 3G3VA 1L44A 2HUMA 3DN3A 1L32A 1PQOA 1LPYA 1P5CA 168LA 140LA 1L21A 114LA 4I7PA 1QTHA 240LA 248LA 228LA 4DAJA 1L18A 129LA 131LA 2OTYX 1L23A 1C69A 1G0KA 1C6IA 175LA 4ARLA 173LA 1L74A 1CU0A 145LA 258LA 1L99A 1L45A 172LA 1JQUA 1OVHA 1C68A 4LZMA 215LA 177LA 3DKEX 1G1WA 1L82A 4W54A 216LA 3SB6A 250LA 1LYEA 3HT8A 1SWYA 4I7KA 1QTCA 5I14A 5LZMA 3PBLA 3GULA 1QT4A 1QS9A 1QT5A 3DN1A 1L56A 149LA 1L79A 225LA 103LA 2B75A 123LA 4GBRB 245LA 1OWZA 3F9LA 201LA 191LA 163LA 4ZPUA 211LA 3L2XA 1L50A 1D2YA 1C61A 1L47A 1NHBA 2LC9A 2QB0B 143LA 1QTBA 1L84A 3DN0A 3HTFA 4YXCA 4I7OA 1D2WA 3HU8A 4LDEA 1L03A 1L0JA 4PJZA 1L31A 1CU5A 1LGXA 3GUNA 180LA 4PK0A 1L80A 4I7MA 1L86A 1L96A 1L83A 252LA 3HH3A 1C6QA 1QT3A 3SB7A 1DYFA 1OVJA 2LZMA 4I7RA 217LA 206LA 1CV5A 1QTVA 3HU9A 4EPIA 3GUIA 4YX7C 3V2YA 3SB9A 4ARPA 171LA 1L60A 157LA 1L67A 1LYGA 257LA 3HDEA 3SN6R 1D3MA 1C65A 3DN6A 1L0KA 1L22A 1QT8A 3C8SA 1PQKA 1L07A 1P6YA 1QUGA 237LA 1L70A 2O4WA 3OE0A 1B6IA 3DN4A 3NY9A 3JR6A 1L43A 243LA 1L41A 128LA 1QT7A 3PDSA 1L27A 118LA 1QSQA 1LWKA 241LA 107LA 1L81A 1P64A 4ARMA 4ARQB 3SBBC 1QTZA 2Q9DA 113LA 1CV4A 2B6XA 2B72A 3C7ZA 226LA 1C6DA 1CUPA 1L04A 1C6AA 125LA 2RH1A 184LA 1CV6A 1L33A 165LA 4ARMB 111LA 233LA 2OE9X 1PQDA 178LA 1KW7A 1LW9A 1DYGA 1LI6A 2ANXA 4W56A 4W58A 3DN2A 3V2WA 1G1VA 1L72A 3CDRA 4W57A 231LA 1L66A 4S0WA 256LA 1WTHA 2Q9EA 1L14A 1DYDA 261LA 4EJ4A 1L49A 1P37A 3G3XA 4AQNA 2OE4X 3C8RA 3FA0A 148LE 1CX6A 3D4SA 1L00A 229LA 1EPYA 2RB0X 3OE9A 1L57A 224LA 110LA 3HT7A 1L12A 1LGWA 1LYFA 1L35A 138LA 1ZURA 3HT9A 262LA 150LA 1L02A 3DN8A 1DYCA 1L24A 162LA 4LDLA 3FI5A 1L01A 4LDOA 1T6HA 1KY0A 3HTBA 3EMLA 1C6JA 2QARC 2CUUA 219LA 146LA 1QT6A 1K28A 174LA 232LA 1L98A 1C63A 1OV5A 4DJHA 1DYBA 3HH6A 1SWZA 1L09A 1TLAA 1C6FA 3LZMA 1CTWA 170LA 182LA 220LA 1P46A 1QS5A 1T97A 1L05A 4W51A 181LA 4EXMA 1OV7A 3HUKA 1C60A 1L89A 151LA 1CVKA 1LWGA 164LA 249LA 1D9WA 1C62A 158LA 1QUOA 1C66A 2HULA 141LA 227LA 1L13A 1OWYA 1L37A 1XJUA 1LYHA 1L39A 234LA 3DMXA 1C6HA 102LA 253LA 1P2LA 1C6MA 120LA 189LA 1CV1A 1CUQA 3SB8A 1L54A 2RAZX 183LA 1L17A 2RBQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RSCA 2ZYCA 3HUAA 1L11A 5DN5A 4I8SA 4E3UA 4RDSA 2L78A 1GEVA 3NYAA 1YQVY 2BAAA 1J1PY 254LA 1T8AA 2DQHY 218LA 1LHLA 3NY8A 230LA 1LI3A 2F2NA 1FKQA 3ATNA 3HH5A 1L73A 255LA 3WL2A 4N9RA 2RBRA 2XQOA 1IIZA 3A92A 1C6EA 1XEIA 3C81A 4W55A 2CDSA 4OWBA 7LZMA 3W6CA 1UIAA 3LYMA 1L88A 1L42A 1QDRA 1LYSA 2A7FA 1GDWA 1F6SA 2NTHA 3DMZA 1G0GA 1L53A 2D4KA 4H8ZA 209LA 1B5WA 4CHXA 4W59A 2CWIA 4B1AA 1IWTA 5LIOA 1CU2A 2W1LA 5E9RA 235LA 3GUOA 1T6VL 5LAGA 1GEZA 1HMLA 2BQEA 1LYDA 4WOAA 1L51A 4TUNA 152LA 4GLVA 1GD6A 5FHWA 4OO9A 1L06A 5T3FA 4NHTA 4TX7A 2LYOA 4I7SA 251LA 155LA 2MEIA 185LA 3W6EA 1D9UA 1B9OA 1SQ2L 4LT3A 1ZWNA 1L65A 260LA 1IORA 1OUJA 1C6KA 2WARA 3AW7A 1CJ6A 1NBZC 1JJ1A 4WMGA 3WULA 1ZMYL 1GF0A 3IJVA 1JPOA 1L26A 2HECA 112LA 2Z2FA 1F6RA 1P56A 4WL7A 4EKQA 4Z98A 1SX2A 2B73A 4ANRA 1AT5A 5LAFA 3GUPA 1HELA 4HJYA 127LA 3TMVA 4I7LA 1GE0A 1TAYA 1DZBX 3TXBA 1BVXA 1LHMA 2BQKA 4MCKA 4DD7A 1C6LA 247LA 1L85A 192LA 1LMQA 2B6TA 1L91A 1TBYA 3GUJA 4FJRA 3ULRA 1CJ7A 5ILFA 4H8YA 4Z41A 4ETCA 1L77A 1L19A 5IELA 2YVBA 3WU7A 167LA 1GFHA 1HSXA 1C6CA 1NBYC 4N1EI 2OTZX 1GFEA 1GBXA 4YXAC 3C80A 4IJ4A 1LMTA 1L25A 5LVGA 1HEOA 1OUIA 3AZ7A 1LSDA 1IX0A 2EQLA 3GUMA 147LA 1C7PA 4PRQA 1LJFA 4EKRA 3RT5X 4EKPA 1XEPA 1J1XY 1L52A 1L71A 5KXLA 2FYDA 2I26L 1LZAA 4PHIA 1L08A 1IVMA 1PQOA 1YROA 140LA 1QTHA 3AZ6A 7LYZA 2OTYX 1L23A 4GN5C 173LA 258LA 1L45A 2X0AA 4HPEA 2LZTA 1G1WA 1L82A 2ZIJA 3OJPA 1LMNA 4I7KA 1REXA 5LZMA 1BB4A 3PBLA 4HPIA 1QT4A 1QS9A 3DN1A 1IC7Y 1B5YA 225LA 1JKCA 4WM4A 123LA 5D5CA 2HEDA 1DQJC 1IWUA 3L2XA 3N9AA 2DQEY 2LC9A 2QB0B 143LA 3RNXA 1GF8A 1GF3A 1B7NA 4WM3A 4PJZA 1LSMA 4H9CA 1T3PA 2XBRA 5KXWA 3ATOA 5C6IA 1C43A 4DQ7A 1L83A 3WU8A 1D0LA 4DYGA 1GF5A 252LA 1QT3A 5KKJA 3SB7A 1HMKA 4I7RA 2BQMA 3LYZA 4WM6A 1LZ1A 1GF7A 2BLXA 4ARPA 171LA 1L60A 257LA 4J7VA 1C65A 1JKBA 3DN6A 1CKCA 1G7MC 1L07A 1GBYA 1GFKA 2AUBA 1LZ8A 1FLWA 4P2EA 1B6IA 1QTKA 5JENB 1LWKA 1P64A 1YAMA 3AJNA 113LA 1WQNA 1C6DA 1C6AA 5B07A 4GN4A 2RH1A 1VDQA 3LN2A 2I25L 3TXEA 1GB9A 1GBOA 5FDJA 111LA 2OE9X 1KW7A 1IP7A 1IEEA 2ANXA 2BQAA 3V2WA 1DKKA 4W57A 2BQJA 4B4EA 1JISA 4S0WA 4AXTA 1DI3A 1HERA 2D6BA 1P37A 3C8RA 1GXXA 3FA0A 3HBHA 148LE 1CX6A 1L00A 2RB0X 4NGLA 3OE9A 2YBHA 1GB7A 1GHLA 2YBJA 2LHMA 1L35A 138LA 5KKIA 1CKGA 1GB2A 1UICA 3WPLA 1DYCA 4YF2A 1IWWA 162LA 2YBMA 1L01A 1T6HA 1KY0A 4TWSA 1QT6A 4NG1A 1LSBA 1XSFA 1SWZA 1C6FA 220LA 170LA 182LA 1G7JC 1GF4A 1QS5A 1UIHA 4NGZA 1NF5A 193LA 2G4NA 1GFUA 4WLDA 151LA 1LWGA 1GB8A 1OP9B 2HULA 158LA 3AW6A 1LZYA 2EPEA 4L41A 3A67Y 1LSEA 1P2LA 1C6MA 1HC0A 2ZNWY 3CT1A 1D6QA 1L48A 4H91A 3HFMY 156LA 3CDOA 1P3NA 3D9AC 3VW7A 4KPMA 4NGOA 1A4VA 4W52A 1LHKA 4XJHA 1GPQC 5DN4A 5F16A 208LA 1GFJA 1P2RA 1KIPC 1LZ9A 1GWDA 4WO9A 1LJ3A 1CV3A 1KXYA 4O34A 4XJDA 4LGKA 5LA5A 1C64A 1HEWA 3W6BA 259LA 4NGWA 1QQYA 3OE6A 3ZVQB 1L46A 3J4GA 214LA 4E97A 4GRVA 239LA 2ANVA 2OU9A 188LA 1REMA 2Z2EA 2HUBA 4XJGA 5LA8A 3CQLA 1LYJA 200LA 4AGAA 5I54A 2RAYX 1L59A 2Z19A 187LA 1B7LA 5EBHA 1JTPL 4GCDA 3CDTA 1XGUC 1CU6A 1YKZX 6LZMA 1LMPA 3WPJA 1OUBA 1LLHA 1GE3A 1IOCA 1UC0A 2ZILA 2MEFA 1NDGC 5KXPA 1LZGA 1PQJA 3HBEX 4I7JA 3DNAA 1L58A 108LA 1UIBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RSC A;  2ZYC A;  3HUA A;  1L11 A;  5DN5 A;  4I8S A;  4E3U A;  4RDS A;  2L78 A;  1GEV A;  3NYA A;  1YQV Y;  2BAA A;  1J1P Y;  254L A;  1T8A A;  2DQH Y;  218L A;  1LHL A;  3NY8 A;  230L A;  1LI3 A;  2F2N A;  1FKQ A;  3ATN A;  3HH5 A;  1L73 A;  255L A;  3WL2 A;  4N9R A;  2RBR A;  2XQO A;  1IIZ A;  3A92 A;  1C6E A;  1XEI A;  3C81 A;  4W55 A;  2CDS A;  4OWB A;  7LZM A;  3W6C A;  1UIA A;  3LYM A;  1L88 A;  1L42 A;  1QDR A;  1LYS A;  2A7F A;  1GDW A;  1F6S A;  2NTH A;  3DMZ A;  1G0G A;  1L53 A;  2D4K A;  4H8Z A;  209L A;  1B5W A;  4CHX A;  4W59 A;  2CWI A;  4B1A A;  1IWT A;  5LIO A;  1CU2 A;  2W1L A;  5E9R A;  235L A;  3GUO A;  1T6V L;  5LAG A;  1GEZ A;  1HML A;  2BQE A;  1LYD A;  4WOA A;  1L51 A;  4TUN A;  152L A;  4GLV A;  1GD6 A;  5FHW A;  4OO9 A;  1L06 A;  5T3F A;  4NHT A;  4TX7 A;  2LYO A;  4I7S A;  251L A;  155L A;  2MEI A;  185L A;  3W6E A;  1D9U A;  1B9O A;  1SQ2 L;  4LT3 A;  1ZWN A;  1L65 A;  260L A;  1IOR A;  1OUJ A;  1C6K A;  2WAR A;  3AW7 A;  1CJ6 A;  1NBZ C;  1JJ1 A;  4WMG A;  3WUL A; 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