210LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 161
sequence length 161
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 210lA00
4EKPA 4I7LA 192LA 1DYEA 1C60A 1L49A 185LA 245LA 2OE9X 1T8AA 1SX2A 1L84A 1KNIA 1XEPA 241LA 1D2WA 1L57A 141LA 171LA 3DN6A 3HTDA 3C83A 2B6WA 2ANVA 4EKQA 3HH6A 1T6HA 1CV1A 165LA 3GUMA 155LA 162LA 183LA 1L35A 4LDLA 3NY9A 1QUHA 2B6TA 2RBQA 2OU8A 1B6IA 1L53A 1L83A 1L87A 1L36A 1JTMA 1CU0A 2HULA 1L88A 1C69A 1L54A 255LA 4YXAC 3GULA 1L95A 1L66A 4E97A 1P37A 3QAKA 221LA 1LI6A 1K28A 1I6SA 213LA 1P2LA 4W52A 1L65A 156LA 189LA 2RBSA 254LA 1OV5A 1L23A 1SSWA 4GBRB 4ARQB 2B6YA 1C6LA 1PQIA 137LA 2RB2X 1L06A 1LYJA 1L76A 206LA 4I7OA 1C6QA 2A4TA 1CTWA 3DN2A 212LA 2RAYX 2B6ZA 4EKRA 261LA 1LYHA 2Z6BA 3HTFA 1L26A 1L52A 1DYGA 5LZMA 3SN6R 3HT8A 170LA 1P2RA 1T97A 1D3JA 1L15A 1C6CA 201LA 1SX7A 4I7RA 131LA 1L0JA 3UONA 169LA 4ARQA 1L97A 2B6XA 3OE0A 1QT5A 1G06A 1C63A 217LA 146LA 139LA 4W57A 1CVKA 1L42A 1C62A 190LA 1L28A 251LA 1LWKA 1QSBA 4EXMA 1L10A 2QB0B 244LA 181LA 130LA 1P46A 3HTGA 240LA 4DAJA 1CV3A 1L41A 2QARC 1OVHA 3HH5A 3HUAA 1L75A 4LDOA 3C8QA 1CUQA 4DKLA 3SB5A 1C6IA 259LA 3HWLA 1C6EA 1QTCA 1L82A 1DYBA 3GUNA 1OV7A 3GUPA 209LA 2Q9EA 239LA 167LA 4PJZA 1SWYA 4PK0A 243LA 1L64A 112LA 118LA 172LA 1C6JA 1C6NA 1C6FA 205LA 2OU0X 1SSYA 3HH4A 144LA 1OYUA 151LA 1LI3A 1LGUA 3L2XA 1P36A 4GRVA 1D3NA 4I7TA 5I14A 1L61A 4ZPUA 103LA 140LA 1WTHA 3SB8A 4DJHA 1XJUA 3OE9A 1QT8A 1OWYA 191LA 3HDEA 2OE4X 142LA 3G3XA 1L69A 249LA 2NTHA 157LA 1C6PA 1D2YA 248LA 225LA 1OVJA 1D9WA 4I7KA 3CDVA 1CX6A 1L02A 4S0WA 4ARPA 1L99A 1DYAA 2IGCA 1L22A 3GUIA 1JTNA 2OTZX 102LA 1D3FA 1QUDA 1P7SA 2RH1A 1L17A 145LA 3JR6A 3RUNA 176LA 1QTVA 107LA 4I7PA 1OVKA 4W51A 1L92A 197LA 1LW9A 210LA 2F47A 3OE8A 3D4SA 119LA 4I7SA 1C6AA 2OE7X 1L58A 1C67A 1L19A 1DYDA 3ODUA 3SB7A 4EJ4A 1C6DA 233LA 1L13A 3V2WA 1L27A 1L24A 4I7MA 3HUKA 1L03A 1L72A 143LA 3C8RA 216LA 3DN0A 1QUOA 4EPIA 1L96A 1G1WA 1DYCA 1L09A 1L47A 224LA 2OTYX 226LA 1QUGA 1G0LA 1L90A 1L31A 1QTHA 258LA 4LDEA 1P3NA 231LA 1L81A 1L12A 1P5CA 3HT7A 188LA 161LA 3CDRA 3CDQA 1C6GA 4I7NA 1PQDA 1L14A 4ARLA 178LA 166LA 247LA 2F2QA 3SB9A 1KW7A 3V2YA 1PQKA 1LYEA 1KY0A 152LA 125LA 147LA 1PQMA 1L60A 1L01A 228LA 1L50A 200LA 3DMVA 2ANXA 2B72A 1L0KA 1C6HA 182LA 114LA 1L18A 1PQJA 1L40A 1L86A 1L98A 3FI5A 1L63A 1L05A 1L93A 1LGWA 2B70A 2F32A 1CV6A 1SWZA 3K2RA 195LA 1L07A 1QT6A 1G0QA 3C7YA 242LA 1NHBA 1G1VA 1T8GA 2RBPA 3FADA 3DKEX 3HTBA 3GUJA 3HU9A 4W56A 1L11A 2O4WA 1G0PA 108LA 3HT6A 109LA 3HT9A 1CU5A 3LZMA 1QTDA 1L74A 122LA 1L29A 1P64A 234LA 2NTGA 250LA 177LA 1G0GA 1QSQA 1QT7A 1T8FA 1ZWNA 3EMLA 4ARMB 1L68A 227LA 1C6BA 1LI2A 1LYDA 1QTBA 230LA 1L08A 1L71A 4W58A 1L46A 3HU8A 4AQNA 262LA 113LA 1L70A 1KY1A 3SB6A 174LA 219LA 1L91A 1PQOA 3SBBC 3C7WA 2LZMA 229LA 1CU2A 1XJTA 1DYFA 3CDOA 4ARMA 246LA 3HUQA 236LA 3DN1A 4ARJA 1G07A 1L04A 3G3WA 123LA 214LA 215LA 1G0JA 164LA 1CX7A 3L64A 115LA 2RBNA 173LA 3DMZA 120LA 196LA 1CV5A 110LA 2Q9DA 1CV0A 2RB1X 3DN3A 3C82A 1L30A 1L62A 1L73A 1CV4A 3C8SA 1P56A 4LZMA 1C6MA 252LA 256LA 2B73A 4YX7C 4IAPA 1L44A 1G0MA 235LA 160LA 1C65A 6LZMA 1QS9A 257LA 3NYAA 3F8VA 1L25A 1L89A 2CUUA 3GUOA 3C80A 111LA 220LA 3DMXA 2LCBA 1TLAA 1L67A 4W59A 223LA 2RBRA 1QS5A 1L37A 2LC9A 4YXCA 1L56A 129LA 3DN8A 1L85A 4K5YA 4I7JA 2O7AA 175LA 211LA 2RBOA 1L33A 1QTZA 1L38A 1L20A 4W53A 199LA 1L34A 126LA 2RB0X 3C7ZA 1ZYTA 222LA 1C61A 4EKSA 1L39A 253LA 4OO9A 1C68A 2OU9A 1D3MA 1CUPA 1LWGA 1OWZA 3CDTA 158LA 1QT3A 1L32A 3GUKA 1L51A 1L59A 4W54A 1L48A 3HH3A 1C6TA 3PDSA 1C64A 4EPFA 127LA 1L79A 159LA 1JQUA 1CU3A 1ZURA 3SBAA 149LA 1L55A 3C81A 1P6YA 218LA 1LGXA 186LA 2OEAX 1L45A 1CU6A 2O79A 4W55A 2HUMA 2B74A 128LA 3DNAA 148LE 1L21A 1EPYA 3PBLA 138LA 2HUKA 184LA 180LA 1L00A 1L94A 168LA 1LYFA 3HDFA 1C6KA 3RZEA 3NY8A 1L80A 260LA 2RAZX 2B7XA 104LA 4I7QA 3OE6A 1L77A 2L78A 1KW5A 1L43A 238LA 198LA 3G3VA 1QT4A 1LYGA 163LA 1KS3A 187LA 1C66A 1L16A 1LLHA 237LA 2B75A 3DN4A 3F9LA 7LZMA 1LPYA 3VW7A 3FA0A 150LA 1G0KA 1LYIA 232LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WL6A 4H8ZA 4I7LA 1LSBA 1YQVY 2YBMA 1BVXA 185LA 3RNXA 245LA 2OE9X 1SX2A 1QSWA 2HEDA 1LSNA 1XEPA 1LHJA 1D2WA 1GXXA 1GFRA 1L57A 4EKQA 1C43A 1T6HA 4I0CA 1LPIA 165LA 1GB3A 162LA 183LA 3A94A 2RBQA 2OU8A 5L3HA 1LZNA 4PPOA 5F14A 1JTMA 1CU0A 4DD2A 1L54A 1P37A 3QAKA 2BQMA 1HEPA 1IR9A 1KIQC 2FBBA 3WL2A 3WPLA 3OJPA 2BQHA 4NSIA 3W6AA 2ZYCA 1L06A 4I7OA 3GXKA 1C6QA 1YANA 4OOTA 1UIBA 4RW2A 2B6ZA 1GF8A 4N8ZA 2Z6BA 1EL1A 1QIOA 4N0JA 3SN6R 4HPIA 5LZMA 170LA 1W08A 169LA 1L97A 2CGIA 3LYZA 2B6XA 1CNSA 4XJGA 1G06A 2BAAA 2ZWBA 1YAOA 1XEIA 139LA 1IWWA 190LA 4YOPA 4EXMA 4NGJA 1P46A 240LA 4CFPA 4UWVA 2QARC 4XJHA 1LSCA 1T6VL 1RE2A 4OWEA 5IHGA 4TUNA 4G4BA 3TXDA 2YBNA 4J0LA 1QTCA 4ET8A 1L82A 3GUNA 3AGHA 2BQGA 1SWYA 3IWRA 243LA 2D91A 2FBDA 112LA 118LA 4NHPA 2OU0X 1SSYA 151LA 4TX7A 1JJ3A 5I14A 1L61A 3OE9A 4NGZA 3P68A 1NF5A 3ULRA 3G3XA 5HNCA 3WPJA 1IP2A 2NTHA 1C6PA 4PJ2C 3A92A 1OVJA 1D9WA 1LZGA 4I7KA 4M6DA 1IP6A 3A6BY 4S0WA 1LYYA 4IJ4A 1JTNA 2OTZX 1D3FA 1P7SA 1GBYA 1P2CC 2DQHY 3N9EA 1L17A 145LA 3JR6A 3RUNA 3EBAB 107LA 1GF0A 1DQJC 1DKJA 1UIFA 5D5FA 210LA 2I26L 1JKDA 2F4AA 3OE8A 1UICA 1HELA 2OE7X 1GFKA 1ZV5L 1OQMA 1IX0A 2ZILA 1L13A 4I7MA 1JSFA 4HTKA 4NHQA 4EPIA 1G1WA 5EBHA 1L47A 4NGLA 224LA 3M18B 1L90A 258LA 1LHIA 2N5ZA 1DI3A 2Z38A 1FKQA 3RZ4A 1QDRA 5KKIA 1GF7A 5AMYA 3SB9A 4HPEA 1PQKA 1LAAA 1PQMA 4WM6A 1L01A 1GD6A 1LSZA 1B7MA 4LZTA 2B72A 1C6HA 114LA 1L18A 1AZFA 1FLQA 4GCBA 3W3EA 3A3RX 1V7SA 5KJ9A 3K2RA 1QT6A 3P66A 1NHBA 4YM8A 1T8GA 3FADA 1IO5A 3W6FA 4ZIXA 2A7DA 4NHSA 2MEFA 1J1OY 1G0GA 1QT7A 1T8FA 4NGVA 4ARMB 3P64A 1C08C 4LYZA 1J1PY 1I1ZA 1XGRC 230LA 1DI4A 4PRQA 1LMPA 1HHLA 113LA 3SB6A 2GV0A 5LAFA 1LMQA 5KXNA 2H9JA 4YEOA 1XEJA 3WH1A 4QDNA 1QUSA 1CU2A 1QDTA 3CDOA 2Z2EA 3VWOA 236LA 3WXUA 1GE0A 1G07A 4DD7A 3G3WA 1GB7A 4WLYA 1G0JA 2WARA 3D3DA 2H5ZA 5C6JA 4LYMA 1Z55A 1L73A 1CV4A 1C46A 4RLNA 3TMVA 1P56A 1W6ZA 252LA 5A3EA 2B73A 4YX7C 1FN5A 5APDA 1G0MA 1XEKA 1LSEA 3SP3A 6LZMA 1VDQA 3CSZA 3C80A 3AZ6A 5HNLA 1LJIA 220LA 3DMXA 1JKCA 4KL7A 2BQCA 4R0FA 2RBRA 1FLYA 3W6CA 3K3TA 1L37A 2LC9A 3P4ZA 1GHLA 4H94A 5LYMA 4NG8A 1HSXA 1L20A 1LJHA 1UA6Y 2DQAA 1FDLY 3RW8A 4EKSA 2XTHA 4Z98A 1L39A 253LA 1LZ1A 3CQLA 2OU9A 2Z12A 1LWGA 3LHMA 1UCOA 4HSFA 3GUKA 3HBEX 3WW6A 4W54A 4XJIA 4TWSA 3T6UA 3A8ZA 1C6TA 5F9UA 1B7NA 1L79A 5LXWA 4WO6A 4HV2A 3TXEA 3AW6A 1GFAA 5M1YA 135LA 1OUAA 4GCEA 4W55A 1CJ9A 1VATA 138LA 1YL0X 2C8OA 4WL7A 180LA 1L94A 2LZ2A 168LA 1LYFA 4N9RA 4B4JA 1GB8A 1UIDA 2BQDA 3HBDA 104LA 1LJKA 1L77A 1L43A 1G7LC 163LA 3DN4A 4PGJB 7LZMA 4OWBA 4DYGA 2Z37A 3WU8A 1LSMA 1INUA 4NGWA 1C7PA 5KXSA 1L49A 1KXYA 3EO5A 3LN2A 4BS7A 1LHMA 171LA 1GBOA 1UACY 3DN6A 2B6WA 4X3BA 3GUMA 5LAGA 1L35A 4LDLA 1QUHA 1VEDA 2B6TA 2PC2A 3ATOA 1L83A 1L87A 1LSPA 3AGIA 4YXAC 1B5WA 2ZIKA 1T3PA 4E97A 221LA 1B7QA 4NGIA 1I6SA 2IHLA 1GXV2 1I56A 2RBSA 4BAPA 1BQLY 1OV5A 1SSWA 1F10A 4ARQB 3A90A 4BADA 137LA 1IY4A 2RB2X 1WQPA 1B7RA 1OUJA 1LSYA 1C45A 1GFUA 4EKRA 2W1MA 3HTFA 1WTNA 3ATNA 3WUMA 3A67Y 1P2RA 1XGQC 1LSAA 201LA 4I7RA 2Z18A 1NHEA 1SX7A 1FBIX 1IC5Y 1XGUC 4H9FA 1QT5A 4A7DA 1B5UA 146LA 5I54A 3QE8A 1C62A 1REXA 1UBZA 2DQIY 4DT3A 5E9RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4WL6 A;  4H8Z A;  4I7L A;  1LSB A;  1YQV Y;  2YBM A;  1BVX A;  185L A;  3RNX A;  245L A;  2OE9 X;  1SX2 A;  1QSW A;  2HED A;  1LSN A;  1XEP A;  1LHJ A;  1D2W A;  1GXX A;  1GFR A;  1L57 A;  4EKQ A;  1C43 A;  1T6H A;  4I0C A;  1LPI A;  165L A;  1GB3 A;  162L A;  183L A;  3A94 A;  2RBQ A;  2OU8 A;  5L3H A;  1LZN A;  4PPO A;  5F14 A;  1JTM A;  1CU0 A;  4DD2 A;  1L54 A;  1P37 A;  3QAK A;  2BQM A;  1HEP A;  1IR9 A;  1KIQ C;  2FBB A;  3WL2 A;  3WPL A;  3OJP A;  2BQH A;  4NSI A;  3W6A A;  2ZYC A;  1L06 A;  4I7O A;  3GXK A;  1C6Q A;  1YAN A;  4OOT A;  1UIB A;  4RW2 A;  2B6Z A;  1GF8 A;  4N8Z A;  2Z6B A;  1EL1 A;  1QIO A;  4N0J A;  3SN6 R;  4HPI A;  5LZM A;  170L A;  1W08 A;  169L A;  1L97 A;  2CGI A;  3LYZ A;  2B6X A;  1CNS A;  4XJG A;  1G06 A;  2BAA A;  2ZWB A;  1YAO A;  1XEI A;  139L A;  1IWW A;  190L A;  4YOP A;  4EXM A;  4NGJ A;  1P46 A;  240L A;  4CFP A;  4UWV A;  2QAR C;  4XJH A;  1LSC A;  1T6V L;  1RE2 A;  4OWE A;  5IHG A;  4TUN A;  4G4B A;  3TXD A;  2YBN A;  4J0L A;  1QTC A;  4ET8 A;  1L82 A; 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