210LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 161
sequence length 161
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 210lA00
1CU2A 1LWGA 243LA 2RBQA 4S0WA 2A4TA 2HUMA 3VW7A 1JTNA 1QSBA 1L99A 1QUGA 192LA 1QT4A 4GBRB 3C7ZA 1LI6A 252LA 4I7LA 1G0MA 2RBRA 1LGXA 3G3WA 3JR6A 4I7JA 2O7AA 4LDEA 217LA 223LA 3HH6A 156LA 125LA 3C80A 1LYFA 1C60A 1L35A 1L13A 233LA 3CDQA 1L66A 150LA 1L85A 3PBLA 1D3MA 1L48A 3NY8A 166LA 258LA 3GUPA 4I7RA 1C6LA 3DMXA 3HWLA 1L22A 230LA 238LA 4I7KA 1P46A 1L70A 216LA 1L87A 1LI2A 3G3VA 3D4SA 1B6IA 186LA 1L62A 1QT5A 198LA 1QSQA 1LYJA 1CV1A 131LA 206LA 3OE8A 152LA 3CDOA 1QT8A 1P36A 1XEPA 1DYDA 4W54A 2OE4X 1LPYA 1P7SA 175LA 2QARC 1L72A 2B6TA 1KW5A 129LA 1CV4A 1P2RA 1PQDA 212LA 3C81A 1L01A 1L75A 4ARMB 1L05A 2B75A 249LA 1OWYA 1L40A 170LA 1C6KA 2F47A 3HU8A 2B7XA 260LA 112LA 2O79A 201LA 2OTZX 1L83A 1L59A 177LA 1KNIA 108LA 1L10A 221LA 2RB0X 1L68A 5I14A 176LA 183LA 1G0KA 146LA 1CU6A 123LA 3DMVA 3HDEA 253LA 4ARMA 3L64A 1QUDA 3OE6A 3HUQA 1L94A 4AQNA 1C6FA 245LA 1L30A 3FA0A 1L04A 1L65A 1EPYA 178LA 1L96A 1L84A 1L47A 2OE7X 130LA 4EPIA 1P3NA 1P64A 1L86A 1LYHA 3QAKA 214LA 3UONA 4DAJA 1QS5A 234LA 1L42A 1LYIA 1L0KA 1L16A 163LA 188LA 1OV5A 4I7PA 3FADA 3HU9A 3HT9A 1DYFA 2RBNA 1L19A 224LA 191LA 114LA 2RBOA 104LA 4YX7C 237LA 1L45A 3PDSA 215LA 3CDRA 3SN6R 4I7MA 1C6QA 3SBBC 1L98A 3HH4A 4ARPA 1C6NA 1C6HA 1PQJA 1C6DA 1CV3A 3GULA 6LZMA 161LA 173LA 1OVKA 3NYAA 155LA 1L82A 1XJTA 1L63A 3HTGA 3DN3A 1QTDA 255LA 3RUNA 1L23A 2OU8A 2RB1X 1SWYA 1LI3A 1ZWNA 259LA 1D2WA 197LA 1QUHA 2RH1A 195LA 2OEAX 2B6ZA 1XJUA 2QB0B 1C68A 127LA 4YXCA 1L50A 1T97A 109LA 3G3XA 1L77A 3C8SA 158LA 1CX6A 1QTCA 1L41A 1L90A 1C65A 3DNAA 1L02A 227LA 1L49A 1L88A 1D3NA 2LC9A 144LA 1T8AA 2IGCA 137LA 242LA 1T8GA 180LA 3DN2A 4ARJA 4ARLA 1CU0A 2OTYX 1CTWA 1L52A 3CDVA 1L44A 1LYDA 4EJ4A 1QTVA 164LA 1C6PA 182LA 1G0JA 3C8RA 162LA 149LA 196LA 1L32A 1T8FA 1SWZA 244LA 1L21A 219LA 262LA 2F32A 3V2YA 115LA 1D3JA 1PQKA 2OU9A 228LA 4I7QA 1ZYTA 2L78A 3DN1A 239LA 128LA 4ARQB 189LA 1QTHA 107LA 1L51A 1C6EA 1QTZA 1L91A 3HT7A 147LA 1CV6A 1L60A 2NTHA 1L93A 3HDFA 2OE9X 1P6YA 3OE9A 1WTHA 4W57A 1L81A 1OVJA 1PQOA 3SB7A 3ODUA 190LA 1L39A 110LA 3NY9A 4ARQA 1L24A 1L27A 1C6AA 1C6CA 3SBAA 254LA 1L56A 2Q9EA 1P2LA 1JTMA 169LA 1L06A 1QUOA 4I7NA 151LA 1C66A 3HTDA 1C69A 1L36A 2RBSA 2B6XA 1G1VA 1CV5A 2LCBA 210LA 3EMLA 3SB8A 246LA 1I6SA 1L17A 1L46A 218LA 3C8QA 2LZMA 1L12A 1L33A 2HUKA 3DN8A 141LA 1L76A 3GUNA 2OU0X 1OWZA 145LA 1C6JA 143LA 200LA 2Z6BA 102LA 4W58A 4EKQA 1CX7A 1LGWA 174LA 1L43A 1L00A 229LA 3L2XA 1L31A 1PQMA 171LA 1D2YA 1G0LA 251LA 2CUUA 4EKSA 4I7OA 1JQUA 1C61A 1L25A 1L34A 1L79A 236LA 2ANXA 3GUOA 3C7WA 1G1WA 1L74A 225LA 2HULA 232LA 4EKRA 4GRVA 4LDOA 3C7YA 1L54A 1TLAA 213LA 103LA 3DN6A 3HUKA 1L57A 1QT6A 1C6MA 7LZMA 172LA 1L0JA 4DKLA 1L38A 157LA 1DYBA 3DN0A 2B6WA 1G07A 1CVKA 1SX2A 3RZEA 142LA 3DKEX 3HH3A 1SX7A 1K28A 231LA 250LA 4LZMA 1LW9A 1L73A 2RB2X 4YXAC 4DJHA 2B6YA 220LA 2B73A 165LA 1KY1A 1P37A 1DYEA 1L53A 1KS3A 248LA 247LA 4EPFA 4I7TA 184LA 160LA 4PK0A 1L92A 122LA 3LZMA 222LA 1L61A 235LA 199LA 2F2QA 1OVHA 1L11A 211LA 3C83A 257LA 3C82A 111LA 138LA 3HH5A 1OYUA 1LYEA 2NTGA 4W53A 1C62A 3HTFA 185LA 1LGUA 4W52A 3V2WA 1C64A 1L07A 1OV7A 119LA 1L67A 1QT7A 2B70A 4EXMA 2B74A 1L14A 205LA 1L09A 1CUPA 1DYCA 209LA 4W56A 1L95A 1LLHA 181LA 3K2RA 1L03A 241LA 1SSWA 139LA 1L29A 4W51A 3GUIA 1QT3A 240LA 1D9WA 3SB5A 1P56A 1CU3A 4I7SA 118LA 1LYGA 1CV0A 1G06A 1C6IA 1L15A 159LA 1G0GA 1L55A 1L64A 1L08A 2O4WA 1DYAA 4PJZA 3HUAA 1NHBA 1KY0A 1CU5A 1L18A 1DYGA 3SB6A 3DN4A 1C6TA 5LZMA 3GUJA 3GUMA 1LWKA 1L28A 2RAYX 4W55A 261LA 4LDLA 1L20A 3F9LA 168LA 4W59A 1L58A 4OO9A 3DMZA 226LA 113LA 2Q9DA 2B72A 1C63A 1C67A 1CUQA 1T6HA 140LA 1L89A 256LA 1L69A 120LA 187LA 1QTBA 3OE0A 4EKPA 1C6BA 3SB9A 148LE 1SSYA 1QS9A 3CDTA 3HTBA 2RBPA 3HT8A 1PQIA 3HT6A 4ZPUA 4IAPA 1L26A 1L80A 1ZURA 167LA 1G0PA 2ANVA 1L71A 1C6GA 4K5YA 3GUKA 1KW7A 126LA 2RAZX 3F8VA 1D3FA 1L97A 1G0QA 4E97A 3FI5A 1P5CA 1L37A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4S0WA 3RU5A 4CJ2A 3VW7A 1JTNA 2IHLA 2MEAA 4NGWA 4DD2A 3QY4A 3C7ZA 4I7LA 2RBRA 5KXSA 2D91A 1RFPA 217LA 223LA 3HH6A 4XJGA 2D4KA 2EQLA 3A90A 1L35A 3G3BB 3F6ZA 1LZDA 4YOPA 3N9EA 258LA 1VDSA 1C6LA 2MEFA 1YAOA 230LA 238LA 1OP9B 216LA 1LZBA 1OQMA 1LI2A 1UIBA 4H91A 198LA 1B7RA 3CDOA 2BQFA 3J6KA 4TTDA 2OE4X 4H8YA 2QARC 1IWXA 1HELA 5APFA 5LYMA 3A6CY 1F6RA 4Z46A 4DDAA 1DXJA 249LA 1OWYA 4DD7A 2DKVA 1BB6A 1LZ5A 2BQBA 1C6KA 2F47A 3WXUA 1UIHA 260LA 112LA 2I6ZA 1L83A 5HQ1A 108LA 221LA 2RB0X 5I14A 5E4PA 1DI5A 5DLAA 4H9FA 5LA8A 4ZEEA 1GFEA 1EPYA 178LA 4G4HA 130LA 5EBHA 4NHIA 1GEZA 3QNGA 3UONA 3T6UA 4DAJA 3LYMA 1L42A 1L0KA 1L16A 1DYFA 3AYQA 1FDLY 1LPIA 104LA 1GE1A 215LA 4I7MA 4ARPA 2Z39A 1IEEA 1C6DA 1J1PY 3GULA 3NYAA 173LA 3M18B 155LA 4WO6A 1HENA 1KIQC 2IFFY 4WL7A 2ZIKA 3W6CA 1ZWNA 1REMA 1L50A 5F16A 5LA5A 3DNAA 1JTPL 1UBZA 2LC9A 1T8AA 137LA 1LZ1A 1GB2A 3DN2A 2VB1A 2OTYX 1CTWA 1LHJA 1GFGA 4EJ4A 2BQCA 4DQ5A 3CSQA 1GB0A 3WMKA 3WUMA 4NHTA 4EMNA 2C8PA 115LA 4H90A 4HTQA 4WM6A 189LA 1L51A 1C6EA 1QTZA 1PS5A 147LA 3WVYA 3TMUA 4NGVA 4OWAA 1L81A 1L39A 3NY9A 208LA 1L24A 1ALCA 1J1OY 1LSMA 2CWIA 5C6LA 1HEPA 1L56A 1BHZA 1DKJA 3TXJA 4NGKA 1JTMA 4GN4A 3ATNA 5LYZA 2LYMA 4I7NA 1GWDA 151LA 1QDTA 4ETDA 1BQLY 1TBYA 1G1VA 9LYZA 1WQOA 3EMLA 3SB8A 1I6SA 4WLTA 2BQIA 194LA 1NQIA 1L46A 3C8QA 2LZMA 5L3HA 1JKAA 1L33A 2HUKA 1JWRA 1OWZA 4KXIA 1BWJA 2FYCA 200LA 4C5FA 102LA 2BQOA 1LGWA 1L43A 1J1XY 4FDYA 1L00A 1JEFA 2B5ZA 4II8A 1GF0A 4EKSA 1JQUA 3GUOA 1B5UA 1SQ2L 4W94A 4OW1A 4EKRA 3C7YA 1OUFA 1TLAA 3SP3A 172LA 1GFHA 3EXDA 4I8SA 1CNSA 1B7MA 142LA 3DKEX 3HH3A 4H92A 1B0DA 3HBEX 4YXAC 4Z98A 220LA 165LA 1KY1A 2BQAA 4PHIA 1REYA 2YBLA 3CB7A 2G4NA 1DYEA 1KS3A 4WL6A 1LMCA 2ZYCA 4PK0A 4NIJA 122LA 1OUEA 3G3AB 5HLLA 3A6BY 3C83A 4C3WA 257LA 1BB3A 4O34A 3C82A 4B4EA 111LA 138LA 2NTGA 1C62A 3CQLA 4IASA 3HTFA 4NG1A 2DQHY 3V2WA 5T3FA 4GCEA 1QT7A 1XSFA 1REZA 1L09A 5APCA 209LA 4W56A 5I4WA 3AZ5A 153LA 3N9AA 139LA 1LHIA 4B49A 3AGHA 3SB5A 1PZYA 3WU7A 3WULA 2GV0A 1JTOL 1CV0A 1G06A 5FHWA 1L15A 1G0GA 1JITA 1WQRA 2I25L 5L9JA 1GB7A 3CT5A 1AT6A 5LZMA 3GUJA 2BLYA 3FE0A 1IWVA 1H6MA 1L20A 3F9LA 1GB3A 1L58A 3DMZA 226LA 1Z55A 1RCMA 3GXKA 140LA 256LA 1IP3A 1L69A 120LA 4EKPA 2YBIA 4OOOA 2DQCY 148LE 3WU8A 3E3DA 3CDTA 1LZNA 3EMSA 1JJ0A 4IAPA 4NFVA 4ETBA 1CJ8A 4DYGA 1L80A 1C6GA 3WXTA 126LA 1G0QA 4G4BA 4WM3A 5DM9A 243LA 1QSBA 4DT3A 1QUGA 5B05A 2A7DA 1HSXA 1LZAA 1QT4A 1FN5A 3B72A 252LA 3W6AA 1G0MA 1JISA 4G9SA 1LGXA 1IP2A 4DQJA 4E3UA 4NHQA 3W6BA 125LA 3C80A 1C60A 2BQNA 2W1XA 3PBLA 3NY8A 166LA 4LYOA 4HJVA 4YEMA 1LMQA 4IJ4A 1LHKA 4I7KA 1P46A 3LYZA 2W1MA 2MEBA 3AW7A 4H9IA 3G3VA 1EL1A 1ZMYL 1FLUA 2MECA 3D4SA 1B6IA 1LJ4A 206LA 1W6ZA 3A95A 1P36A 1VDTA 1XEPA 1DYDA 2HEBA 1L72A 1LMAA 2B6TA 1KW5A 1CV4A 1P2RA 4NGJA 1UIDA 3C81A 1L75A 3LN2A 3VWOA 1C08C 2O79A 1LSCA 5KXWA 201LA 1HHLA 4ML7A 4LYBA 1TAYA 1QTKA 1XGPC 2D6BA 2BQDA 1INUA 3DMVA 4N0JA 1BB7A 4ARMA 3ULRA 1B9OA 4AQNA 1C6FA 1L30A 1L04A 5KXXA 1L47A 1OUAA 1REXA 2OE7X 3QAKA 3TMWA 4H9AA 4QY9A 1QS5A 1LYIA 4I0CA 1OV5A 4QDNA 3FADA 4ZFPA 4XYYA 1L19A 5I4XA 224LA 4PRUA 4HPEA 1GAZA 237LA 2BQKA 1B7PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4S0W A;  3RU5 A;  4CJ2 A;  3VW7 A;  1JTN A;  2IHL A;  2MEA A;  4NGW A;  4DD2 A;  3QY4 A;  3C7Z A;  4I7L A;  2RBR A;  5KXS A;  2D91 A;  1RFP A;  217L A;  223L A;  3HH6 A;  4XJG A;  2D4K A;  2EQL A;  3A90 A;  1L35 A;  3G3B B;  3F6Z A;  1LZD A;  4YOP A;  3N9E A;  258L A;  1VDS A;  1C6L A;  2MEF A;  1YAO A;  230L A;  238L A;  1OP9 B;  216L A;  1LZB A;  1OQM A;  1LI2 A;  1UIB A;  4H91 A;  198L A;  1B7R A;  3CDO A;  2BQF A;  3J6K A;  4TTD A;  2OE4 X;  4H8Y A;  2QAR C;  1IWX A;  1HEL A;  5APF A;  5LYM A;  3A6C Y;  1F6R A;  4Z46 A;  4DDA A;  1DXJ A;  249L A;  1OWY A;  4DD7 A;  2DKV A;  1BB6 A;  1LZ5 A;  2BQB A;  1C6K A;  2F47 A;  3WXU A;  1UIH A;  260L A;  112L A;  2I6Z A;  1L83 A;  5HQ1 A;  108L A;  221L A;  2RB0 X;  5I14 A;  5E4P A;  1DI5 A;  5DLA A;  4H9F A;  5LA8 A;  4ZEE A;  1GFE A;  1EPY A;  178L A;  4G4H A;  130L A;  5EBH A;  4NHI A;  1GEZ A;  3QNG A;  3UON A;  3T6U A;  4DAJ A;  3LYM A;  1L42 A;  1L0K A;  1L16 A;  1DYF A;  3AYQ A;  1FDL Y;  1LPI A;  104L A;  1GE1 A;  215L A;  4I7M A;  4ARP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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