211LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGEATGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 211lA00
104LA 1D3FA 2O4WA 260LA 3C8RA 1L17A 4I7SA 1CVKA 1L39A 4I7JA 4W59A 1P5CA 3PDSA 3EMLA 244LA 2RBPA 1CV0A 3NY9A 3DKEX 1CU2A 209LA 3CDOA 1G1WA 2RBNA 3GUIA 152LA 3HH6A 115LA 1DYAA 1C65A 3C8SA 1PQDA 2IGCA 125LA 3C8QA 1WTHA 1KY1A 1QUDA 3RZEA 139LA 1DYFA 1L0KA 158LA 226LA 262LA 4DKLA 1L88A 3SB6A 1C6TA 237LA 160LA 107LA 185LA 3C82A 221LA 172LA 4EKSA 168LA 3SB7A 4E97A 1L12A 1P7SA 4DJHA 2QB0B 3HDEA 1C62A 186LA 1L41A 163LA 211LA 4ARPA 3V2YA 1L05A 113LA 1L09A 157LA 1L19A 3HH3A 1ZWNA 217LA 1LI6A 1LYEA 251LA 1PQMA 3DN8A 1L95A 1XEPA 176LA 2OU8A 1LPYA 1ZYTA 4EKRA 3GUJA 205LA 1L10A 1L40A 1CU0A 4ARMB 1CV3A 1L62A 2B6TA 110LA 138LA 3HWLA 4DAJA 189LA 3SB8A 1P46A 231LA 1PQOA 4YX7C 250LA 2CUUA 1C6NA 1LW9A 169LA 4LZMA 4EJ4A 3HUKA 4AQNA 1L53A 3L2XA 3UONA 3FI5A 4W58A 3C81A 4EKQA 1DYBA 216LA 1L44A 1CV4A 3HU8A 1LGWA 1L90A 1L31A 1SX2A 2HULA 2HUMA 2OE7X 1C69A 3HH5A 255LA 1L93A 2Q9DA 1L74A 198LA 2RBQA 1B6IA 1D3JA 1C6MA 1L85A 1G0MA 1L97A 2OE9X 1D9WA 1G07A 1L02A 214LA 1L06A 3DMVA 1L08A 200LA 238LA 1DYDA 1CU5A 1L82A 4I7NA 2B6WA 2OTZX 1L43A 1P36A 2O7AA 144LA 1KW7A 240LA 1L49A 145LA 3FADA 1PQJA 3G3VA 4W55A 162LA 165LA 1L81A 1P64A 2RBOA 215LA 1L87A 1XJTA 2ANVA 123LA 141LA 4IAPA 3L64A 1C6KA 258LA 1QT6A 3DMZA 3DN0A 1L21A 151LA 1L75A 1QTCA 3D4SA 1CV6A 1L57A 3DN6A 241LA 1C6IA 1L77A 1L52A 1L26A 3HTDA 191LA 3HTGA 1L01A 1QTZA 120LA 1L59A 1L0JA 1LYDA 257LA 131LA 197LA 126LA 3OE9A 247LA 2B75A 2B72A 4I7QA 173LA 196LA 1L65A 1QT7A 3JR6A 4EKPA 259LA 180LA 1L48A 1L25A 1CUPA 2RAYX 1C6DA 227LA 174LA 1L14A 1L42A 1L32A 1KNIA 146LA 187LA 1G0GA 2OTYX 212LA 1L63A 1NHBA 1SSWA 1L04A 1G1VA 1G0QA 1CX7A 1C63A 2B73A 1L66A 3DNAA 3HT7A 1LYJA 3ODUA 1C67A 2F2QA 230LA 142LA 1QT4A 3F8VA 1P2LA 2Q9EA 2L78A 1KY0A 1L67A 140LA 1CU3A 2RB0X 4W56A 224LA 1JTMA 245LA 1L69A 128LA 2NTGA 3V2WA 1LWGA 225LA 3HT6A 1P37A 1DYEA 1P3NA 3CDVA 1L16A 4I7LA 4W52A 156LA 3GUOA 3HUQA 1CU6A 1G0PA 2LCBA 3G3WA 1LYIA 1PQIA 143LA 4EPFA 3HU9A 147LA 4I7OA 190LA 3OE0A 1C6GA 223LA 4I7MA 111LA 1JQUA 1D2WA 1L13A 1L94A 1OWYA 155LA 1CV5A 1SSYA 4GRVA 1L70A 1L11A 3PBLA 1L00A 5LZMA 232LA 3DN3A 4K5YA 4ARQA 178LA 2RBRA 242LA 2QARC 1T8GA 3F9LA 3HH4A 3HT8A 3CDTA 184LA 1C60A 3C7ZA 159LA 243LA 3CDRA 222LA 188LA 103LA 254LA 4YXCA 1C6CA 1L68A 234LA 1L30A 1T6HA 1L80A 1L96A 1L61A 3OE8A 3SB9A 1L28A 182LA 1LI2A 1L38A 130LA 1OYUA 3SN6R 1G0JA 3NY8A 1OVJA 1L60A 1SWZA 1L36A 3HTFA 1LGXA 137LA 1T8FA 1C6JA 1D2YA 1L86A 1C64A 210LA 1L83A 2B6YA 228LA 1L23A 3DMXA 1LI3A 2RAZX 1QUGA 3GUNA 2HUKA 108LA 1L76A 127LA 2RB2X 1G0KA 3DN4A 1L99A 181LA 1ZURA 1SX7A 119LA 1C68A 1QTHA 3C83A 2F47A 4LDEA 4W57A 2OEAX 3HDFA 2O79A 3GUMA 1L84A 1CV1A 150LA 1C66A 219LA 1QT5A 1L33A 1L54A 3HT9A 1L92A 1L46A 236LA 1QUHA 1L22A 1L98A 2B74A 1OV5A 1CX6A 1QTDA 3RUNA 183LA 102LA 2LC9A 1L20A 3FA0A 114LA 2B7XA 2RH1A 3C7WA 4W53A 4ZPUA 249LA 4I7RA 4ARMA 1C6LA 3DN1A 1C61A 2LZMA 3SBBC 1LWKA 220LA 1QT8A 4S0WA 3VW7A 1OWZA 233LA 239LA 129LA 1L64A 2OU0X 2Z6BA 1SWYA 1I6SA 1L24A 1OVHA 7LZMA 1L50A 3LZMA 1C6QA 1L34A 1EPYA 199LA 2A4TA 1L35A 1L56A 4GBRB 4PK0A 4W54A 1T8AA 3K2RA 1OV7A 4ARLA 229LA 118LA 3HUAA 252LA 1L45A 1T97A 1DYCA 3CDQA 1QS5A 4EXMA 149LA 161LA 2ANXA 4I7TA 2F32A 1LGUA 3NYAA 248LA 3GUKA 3C7YA 2B6XA 1L91A 1JTNA 261LA 1LYHA 1QTVA 2OU9A 1L29A 3C80A 3DN2A 4W51A 166LA 2NTHA 2OE4X 256LA 4LDLA 1L89A 1XJUA 1P2RA 5I14A 213LA 1C6HA 1L27A 1QUOA 1QT3A 109LA 4I7KA 171LA 192LA 1L37A 112LA 195LA 164LA 175LA 1L71A 2RBSA 3GULA 1D3MA 3QAKA 170LA 1P56A 206LA 253LA 235LA 1DYGA 218LA 1QTBA 4ARJA 3SB5A 1P6YA 2RB1X 1C6EA 3HTBA 1L73A 6LZMA 1L07A 4EPIA 2B70A 1L15A 1QS9A 1C6BA 3SBAA 3GUPA 167LA 1L03A 1L55A 4PJZA 1D3NA 1QSQA 1C6FA 1OVKA 1G0LA 1CTWA 1C6AA 1L58A 2B6ZA 1L79A 4LDOA 1K28A 3G3XA 1CUQA 1TLAA 1G06A 1L51A 4I7PA 4YXAC 1L47A 148LE 1LYFA 4OO9A 1KW5A 1LYGA 3OE6A 246LA 177LA 1KS3A 1C6PA 1PQKA 122LA 1L72A 4ARQB 1L18A 1QSBA 201LA 1LLHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WPLA 1LZ4A 2ZWBA 3C8RA 1L17A 2I6ZA 1XGRC 3PDSA 1D0LA 1CU2A 4XN6A 2Z2EA 3FI7A 1T3PA 1WQMA 1B7QA 4HJZA 1CKHA 3WXTA 3A91A 1DYAA 1LCNA 2IGCA 4DT3A 4YEOA 1LZ5A 2Z39A 1LYYA 5HQ1A 5EBHA 5KKJA 237LA 160LA 3C82A 1I56A 3CSRA 1FKVA 1CKGA 4NSGA 168LA 4RDSA 5LIOA 1KXXA 1C62A 4H94A 3AGIA 4ARPA 113LA 4N5RA 157LA 1L19A 4WM3A 1PQMA 1XEPA 176LA 1G7JC 1BHZA 2Z2FA 3EMSA 205LA 4C5FA 4RLNA 3RU5A 1L62A 2B6TA 1GF5A 4IATA 231LA 3ATNA 4YX7C 4NHSA 4WM4A 169LA 1FBIX 2F4AA 4LZMA 4EJ4A 3L2XA 3UONA 4W58A 2X0AA 1GF0A 1QDTA 1CV4A 5FELA 1F6RA 2OE7X 1QTEA 2XBRA 5IELA 1L74A 1IC7Y 4TUNA 3QY4A 198LA 4WL6A 1LJFA 1DKJA 1IVMA 1L85A 1GDWA 4NGLA 5LVGA 4RW2A 1EQ4A 2D4JA 2HECA 1L08A 1CU5A 2MECA 1L82A 3A93A 154LA 4BADA 1L43A 144LA 1F0WA 1PQJA 3G3VA 1XEJA 2HEEA 4H9BA 4QGZA 1L87A 2MEGA 2ANVA 4QDNA 4BS7A 4IAPA 5B59A 258LA 1HEPA 1L75A 5M1YA 1IOTA 2YSSC 3DN6A 4R6CA 3WU9A 4WMGA 2DKVA 4B4JA 5F9UA 5L3IA 5FCPA 1L0JA 1HEWA 131LA 2I25L 1GFEA 1IR7A 2B75A 2Q0MX 173LA 1QT7A 1GEZA 259LA 1GBSA 1CUPA 1C6DA 4M4OA 174LA 1L14A 1UUZC 2BQDA 1L42A 1GF3A 1RFPA 187LA 212LA 1LSZA 1NHBA 2BQNA 1SSWA 1CX7A 1C63A 1NF5A 1GFUA 3ODUA 4OWEA 142LA 3A95A 4NGYA 1P2LA 3IWRA 4B4EA 2L78A 1L67A 5KXZA 1CU3A 1L69A 2NTGA 3A3QA 3HT6A 1LSYA 1P37A 2ZYPA 3CDVA 4I7LA 4W52A 1KIPC 3HUQA 3J4GA 1B5UA 143LA 1OUBA 3AJNA 3HU9A 4LYTA 4GCBA 3B6LA 1F6SA 4I7OA 190LA 223LA 3J6KA 1IP2A 5F81A 1D2WA 2MEIA 1F10A 1GF6A 2BQFA 1GB7A 232LA 3DN3A 4GCFA 1XGPC 3VWOA 4WO9A 4ARQA 3HH4A 3G3AB 1XEKA 3CDTA 184LA 3CQLA 3C7ZA 159LA 1YAQA 3CDRA 1JTPL 1IR9A 2LYZA 103LA 4XJFA 3W6DA 254LA 1B0DA 1C43A 1JJ3A 1T6HA 1HMLA 2N5ZA 1L96A 3SB9A 4LYOA 3HBDA 3WU7A 3AGHA 1HENA 1GD6A 4X3BA 3WH1A 137LA 3ZEKA 1G7IC 4I8SA 5KY1A 210LA 1GBYA 228LA 5LXWA 3GUNA 2HUKA 1QTKA 1A4VA 4EOFA 1ZVYB 1DI4A 2YBNA 2BQLA 5B1GA 119LA 5HNLA 4W57A 2BQEA 3W6EA 4G4BA 1CV1A 1QT5A 1L33A 4H9CA 4DD3A 1L46A 1LZBA 4PRQA 236LA 9LYZA 1TDYA 1QTDA 3CT0A 102LA 2LC9A 1VFBC 2DQGY 1IO5A 114LA 2B7XA 4ZPUA 4I7RA 1C6LA 3DN1A 220LA 1LZCA 4GN4A 1LJGA 239LA 4WM1A 1L64A 2OU0X 1FDLY 1I6SA 1L24A 4C3WA 5LVKA 1L50A 3LZMA 2YBLA 2A4TA 1L56A 1FN5A 4G49A 1T8AA 229LA 3HUAA 1DXJA 1EQEA 1LZTA 4WOAA 161LA 3BKHA 4I7TA 2F32A 4HP0A 1LSGA 2YDGA 3CSZA 1V7SA 2BQKA 1GFKA 2F4GA 1BQLY 1JTTL 1JTNA 4B49A 4ET9A 4E3UA 4QEQA 3DN2A 4Z41A 1JKBA 1L89A 5C6JA 1GB8A 1OUJA 1B5VA 4H9IA 3B0KA 5I14A 1GE4A 1NDMC 4XJIA 4KXIA 4H9AA 5F9XA 171LA 1RJCB 175LA 2RBSA 1LJKA 3GULA 3WVXA 1YILA 3QAKA 1P56A 253LA 235LA 4WM5A 1NKHA 4H9HA 1C6EA 6LZMA 4EPIA 3AW7A 4ET8A 2Z12A 1L15A 2ZQ4A 3SBAA 167LA 1CKDA 1AZFA 1QSQA 2B6ZA 1L79A 4LDOA 4OWBA 1QSAA 1LSEA 1GEVA 1GAYA 2CGIA 3B72A 1UIFA 5B06A 2H5ZA 5LA5A 1G06A 1O23A 2MEAA 1C45A 2LYMA 2BQAA 4TSBA 2O4WA 5DLAA 2HEBA 4NGKA 1MELL 3EMLA 244LA 2RBPA 3NY9A 4W94A 209LA 4J1AA 4XADA 3P4ZA 5I4WA 1IC5Y 3GUIA 152LA 5KXOA 115LA 1A2YC 1PQDA 1WTHA 1QUDA 3RZEA 1DYFA 1JPOA 1JIYA 3SB6A 1C6TA 1HELA 172LA 4CFOA 4EKSA 5KXTA 5C6LA 133LA 132LA 5D5CA 1CJ7A 2QB0B 2LYOA 4H8XA 5KXKA 1JWRA 4H92A 4OWCA 4Z3MA 3V2YA 1L09A 1ZWNA 251LA 4ETBA 1L95A 4M6DA 1B9OA 2OU8A 1IWUA 194LA 4EKRA 3GUJA 1OUCA 2LZ2A 3TXFA 1JITA 1C10A 4ARMB 3BKVA 1KIRC 1LZYA 3W3EA 3W6AA 4DAJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WPL A;  1LZ4 A;  2ZWB A;  3C8R A;  1L17 A;  2I6Z A;  1XGR C;  3PDS A;  1D0L A;  1CU2 A;  4XN6 A;  2Z2E A;  3FI7 A;  1T3P A;  1WQM A;  1B7Q A;  4HJZ A;  1CKH A;  3WXT A;  3A91 A;  1DYA A;  1LCN A;  2IGC A;  4DT3 A;  4YEO A;  1LZ5 A;  2Z39 A;  1LYY A;  5HQ1 A;  5EBH A;  5KKJ A;  237L A;  160L A;  3C82 A;  1I56 A;  3CSR A;  1FKV A;  1CKG A;  4NSG A;  168L A;  4RDS A;  5LIO A;  1KXX A;  1C62 A;  4H94 A;  3AGI A;  4ARP A;  113L A;  4N5R A;  157L A;  1L19 A;  4WM3 A;  1PQM A;  1XEP A;  176L A;  1G7J C;  1BHZ A;  2Z2F A;  3EMS A;  205L A;  4C5F A;  4RLN A;  3RU5 A;  1L62 A;  2B6T A;  1GF5 A;  4IAT A;  231L A;  3ATN A;  4YX7 C;  4NHS A;  4WM4 A;  169L A;  1FBI X;  2F4A A;  4LZM A;  4EJ4 A;  3L2X A;  3UON A;  4W58 A;  2X0A A;  1GF0 A;  1QDT A;  1CV4 A;  5FEL A;  1F6R A;  2OE7 X;  1QTE A;  2XBR A;  5IEL A;  1L74 A;  1IC7 Y;  4TUN A;  3QY4 A;  198L A;  4WL6 A;  1LJF A;  1DKJ A;  1IVM A;  1L85 A;  1GDW A;  4NGL A;  5LVG A;  4RW2 A;  1EQ4 A;  2D4J A;  2HEC A;  1L08 A;  1CU5 A;  2MEC A;  1L82 A;  3A93 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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