211LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGEATGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 211lA00
2OE4X 146LA 1P64A 1CV4A 107LA 1L30A 1QUGA 4LDOA 1LWGA 1G0MA 1CU2A 4I7TA 235LA 4I7SA 1L35A 1L31A 2LCBA 258LA 1L74A 1PQDA 231LA 1ZYTA 2RH1A 1QT5A 246LA 1C6NA 3QAKA 109LA 4W58A 1QTHA 3V2WA 216LA 103LA 1WTHA 4LDLA 3GUJA 1OWYA 127LA 217LA 3HTBA 1L63A 1L82A 1L75A 1P37A 1L36A 1SSWA 1L71A 1L25A 1L0JA 180LA 1L29A 1G06A 1C66A 1CU0A 245LA 1L76A 1CU5A 1C64A 4ZPUA 137LA 3DNAA 4I7QA 2RBOA 189LA 1L91A 2LC9A 3VW7A 1L64A 1L97A 177LA 156LA 1C61A 1QT8A 1L70A 212LA 131LA 3SN6R 1L61A 1LGXA 1OVHA 2NTHA 1L84A 3C8QA 3C80A 4LZMA 129LA 1D3NA 223LA 3HTFA 3SB6A 4EXMA 1KW7A 1C6EA 1L56A 175LA 4K5YA 1P5CA 148LE 2RAZX 161LA 254LA 1SX7A 1L24A 1L14A 140LA 1D2YA 176LA 1C6MA 1C6JA 1L54A 1L33A 3F8VA 1L08A 1G0KA 123LA 1LI2A 1QUHA 172LA 4ARMA 4ARPA 4DKLA 249LA 3HUQA 4I7OA 1L32A 4AQNA 1C6CA 3K2RA 1OVJA 220LA 7LZMA 2Q9DA 149LA 1L41A 1OYUA 3OE0A 3HH6A 1P36A 162LA 1CV3A 3OE6A 3CDQA 1LYFA 2Q9EA 111LA 2RB1X 1L52A 196LA 1KY1A 3GUMA 1L21A 3HH4A 171LA 191LA 2RAYX 3HU8A 1SX2A 1LGUA 1P56A 3DN3A 1QUOA 2OE9X 1L19A 2F32A 2OE7X 1D3FA 1L05A 112LA 3D4SA 113LA 1C67A 1CU6A 1L47A 1L04A 1PQJA 3LZMA 110LA 1CTWA 2B6YA 151LA 1D9WA 1L20A 184LA 3CDVA 1KS3A 2OU9A 3DN1A 115LA 4W52A 2HUMA 2RBQA 1CX6A 4EKSA 1L95A 213LA 3RUNA 1L57A 4OO9A 1LYEA 4GBRB 1L45A 3NYAA 1G0PA 1C6BA 1L46A 3UONA 3C7WA 3GUIA 1C6PA 4W51A 1L94A 1L62A 1L40A 1L23A 3HDFA 2B74A 1L17A 2A4TA 222LA 3L64A 4W53A 126LA 2B73A 190LA 3JR6A 230LA 1CV5A 159LA 3GUKA 1G0GA 1L16A 1L77A 1C68A 1L58A 4YXAC 4I7RA 3HUAA 1LW9A 6LZMA 2NTGA 4PJZA 1DYEA 1L50A 169LA 1L73A 2B6XA 234LA 1G07A 211LA 3FADA 4W54A 4EKPA 2LZMA 1C63A 3DN4A 1C6AA 1LLHA 1L98A 4ARLA 3DN0A 3F9LA 1L22A 1L59A 1L87A 1LWKA 2B6ZA 1G1WA 4ARJA 1L49A 227LA 122LA 4ARMB 1PQMA 199LA 157LA 3RZEA 1T97A 2B75A 2Z6BA 1C6DA 3C81A 1L96A 1P2LA 1L02A 160LA 1L10A 1C6QA 3V2YA 233LA 5LZMA 167LA 1L0KA 1LPYA 4GRVA 2OU8A 3GUOA 229LA 3C8RA 1L92A 2O7AA 1L60A 1JTMA 1L06A 210LA 165LA 1CV6A 3ODUA 1PQIA 1L37A 1C60A 1QSBA 1L93A 2RBPA 1OV7A 2HULA 141LA 241LA 2IGCA 1ZURA 3HUKA 1L51A 1P7SA 1I6SA 1L69A 164LA 3HT8A 226LA 228LA 3DN2A 3G3XA 1L44A 2B70A 3HH5A 2ANXA 225LA 1L86A 3HH3A 1G0QA 152LA 1C62A 1L15A 1P3NA 1L99A 1QT4A 2ANVA 1EPYA 206LA 4I7PA 250LA 3HT7A 3SB7A 1LYIA 143LA 3GUNA 3DMVA 1P6YA 1QUDA 1C6LA 1LYDA 1L83A 3GULA 4W57A 4E97A 1L80A 1L34A 2B6WA 4W55A 188LA 185LA 1L55A 1QS9A 1L85A 182LA 1CUQA 3OE8A 1JTNA 1L90A 4EKQA 3HT9A 1CUPA 1LYJA 4IAPA 125LA 219LA 4EJ4A 2HUKA 2RB2X 1L79A 260LA 4EKRA 128LA 1L01A 1L43A 214LA 3CDRA 1L67A 1B6IA 3HTDA 4ARQA 4W59A 2OEAX 1CV0A 1T6HA 3FA0A 1OV5A 3HWLA 1L07A 104LA 1C65A 1DYBA 2CUUA 1D3MA 257LA 3DN6A 130LA 218LA 2RB0X 3G3WA 145LA 1D3JA 1KY0A 1L28A 3SBAA 4DAJA 1OWZA 243LA 3C83A 168LA 3CDOA 3L2XA 3EMLA 197LA 3FI5A 3C8SA 1L12A 170LA 181LA 3PDSA 1C6HA 2F2QA 1QT3A 239LA 1DYCA 2OTYX 183LA 1L42A 209LA 1LGWA 138LA 1L81A 4W56A 3DKEX 1L18A 224LA 3HDEA 4I7NA 2B7XA 1C6KA 1KW5A 174LA 1C6FA 2B6TA 139LA 3GUPA 198LA 1L39A 240LA 3HTGA 244LA 3G3VA 4I7MA 150LA 158LA 1L66A 2L78A 1G0JA 1QTVA 237LA 255LA 253LA 119LA 1C6GA 1OVKA 3SBBC 1T8GA 1LI3A 1CV1A 1P46A 2QB0B 114LA 192LA 1CU3A 1L48A 1CX7A 155LA 1XJUA 242LA 186LA 259LA 1L53A 1L65A 3DMZA 232LA 1L38A 142LA 1QS5A 4EPFA 1L09A 1PQKA 3HT6A 1P2RA 1LYHA 4PK0A 3C7YA 262LA 2RBSA 1SWYA 3C7ZA 3SB8A 144LA 2O4WA 247LA 3DN8A 1L27A 4ARQB 1NHBA 1LI6A 215LA 3OE9A 1SSYA 1XEPA 2F47A 3PBLA 2OTZX 1C6TA 1L88A 248LA 4EPIA 221LA 187LA 1PQOA 163LA 205LA 3NY9A 1QTCA 1T8FA 1C69A 4I7JA 4S0WA 1G1VA 5I14A 195LA 1D2WA 256LA 1KNIA 1L03A 1G0LA 1QTZA 118LA 1DYDA 1ZWNA 3HU9A 1L26A 3SB9A 1QTBA 1K28A 1DYAA 120LA 1L89A 2QARC 1TLAA 1L68A 1LYGA 1QT6A 1T8AA 236LA 201LA 3DMXA 1L72A 261LA 1CVKA 4LDEA 2RBNA 3NY8A 2O79A 1QT7A 4I7KA 108LA 200LA 251LA 3CDTA 147LA 1DYFA 3SB5A 238LA 178LA 1L00A 3C82A 2B72A 4YXCA 4I7LA 1C6IA 1DYGA 1QSQA 1JQUA 166LA 1SWZA 252LA 173LA 1XJTA 1L11A 2OU0X 4YX7C 1QTDA 102LA 1L13A 4DJHA 2RBRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OE4X 1GFRA 3B0IA 3T36A 1LTMA 1TAYA 1IOQA 1PQDA 1YIKA 1HENA 109LA 2MEAA 3T6UA 3V2WA 4N1EI 4CGEA 3LN2A 4TX7A 5LXWA 5J7CA 3GUJA 2D4JA 3W3EA 127LA 5IHGA 1L82A 1P37A 4H9EA 1DPXA 4GCFA 1OUFA 2W1LA 2B5ZA 1LSEA 1FLWA 1C66A 245LA 5C6JA 4UWVA 4B49A 1B7LA 189LA 1JKCA 1LZ9A 1QT8A 212LA 131LA 1B7NA 2G4QA 5F9UA 4NWEA 3HTFA 1D3NA 1KW7A 4PRQA 5T3FA 5ILCA 4K5YA 5B59A 2RAZX 161LA 1SX7A 1CKHA 1LJ4A 1KXXA 3WH1A 140LA 176LA 4CFOA 1IC7Y 2HUBA 3F8VA 3N9CA 4ARPA 4DKLA 2FYCA 1L32A 4AQNA 5D5FA 7LZMA 2Q9DA 1WQQA 149LA 3OE0A 1YANA 1P36A 1CV3A 2Q9EA 4GLAA 1WQPA 1INUA 1JISA 3WW5A 1XGRC 1JHLA 1SX2A 3HU8A 1P56A 1BWIA 2H9JA 1L05A 1UICA 3LZMA 1L04A 1PQJA 1CTWA 1I20A 1L20A 1GXXA 1NDGC 115LA 5I4YA 1LSGA 4YF2A 1L95A 2MEIA 4OO9A 1LYEA 3AJNA 4WO9A 3NYAA 3QNGA 1L46A 3C7WA 3GUIA 5I4WA 1LZAA 222LA 1IR9A 3TXEA 1EQ4A 1OUGA 1NWGA 1L58A 5KXOA 4I7RA 3TXHA 3HUAA 4AGAA 1LZGA 1UC0A 2NTGA 4G4HA 1L50A 2B6XA 2BLXA 2F4AA 1C6AA 1GFVA 1CKFA 4NSIA 1LSNA 5F16A 2BQOA 3G3BB 3RNXA 1G1WA 1L49A 227LA 4ARMB 3BKVA 1VATA 1EQ5A 3RZEA 3KAMA 2B75A 1A2YC 2F2NA 3FE0A 4GN4A 3V2YA 2Z19A 3J6KA 4Z46A 1A4VA 5HNLA 1HERA 3LZTA 1L93A 2ZQ3A 2RBPA 1WQRA 4DQ5A 8LYZA 4DYGA 3HUKA 4NGVA 1I6SA 208LA 3HT8A 1V7SA 3DN2A 5LVKA 1L44A 3HH5A 4TWSA 133LA 1OUBA 5DN4A 4IASA 1T3PA 1TDYA 1L99A 206LA 250LA 1QDTA 5ILFA 3HT7A 4XADA 1GE1A 4YM8A 1LZRA 4NGWA 1DZBX 1L80A 1OUJA 4LFXA 1L85A 1CUPA 2EQLA 125LA 1LSPA 2YDGA 1L79A 2YSSC 6LYTA 2XQOA 1GAYA 1L01A 3HTDA 4H94A 1LZEA 3HFMY 4PRUA 1CV0A 2C8OA 1C43A 1NBYC 4EMNA 1GE0A 1LSMA 1L07A 2HU1A 1UCOA 1YAQA 130LA 1GD6A 1UA6Y 1OUDA 1LZNA 145LA 4ETEA 1L28A 4WM3A 1JTTL 3SBAA 3WXTA 1OWZA 3CDOA 197LA 3FI5A 1L12A 3AW7A 1LMPA 2F2QA 4DDBA 1QIOA 1YQVY 2D91A 1LYYA 4B1AA 4H8YA 5KXZA 4J7VA 3TXDA 1YAMA 5A3EA 4C3WA 4H9HA 5K7OA 1UUZC 2B6TA 1DKKA 3GUPA 244LA 4I7MA 150LA 1JKBA 2IHLA 1GHLA 253LA 119LA 5L3IA 1OVKA 1LI3A 1CV1A 3CT5A 1LZSA 5FDJA 1IVMA 3TXJA 1Z55A 193LA 1CKDA 1GFEA 259LA 4OWCA 3IJVA 142LA 4EPFA 3RU5A 3WVXA 1LYHA 2A7DA 3ZEKA 5DM9A 2RBSA 1NMMA 3C7ZA 3SB8A 3DN8A 1IIZA 3AB6A 3OJPA 5KKJA 2OTZX 3B6LA 3N9EA 4HJVA 1QTCA 1T8FA 1XGUC 4H9IA 3TMXA 1VDTA 4XYYA 5FHWA 3A3RX 195LA 256LA 1LPIA 1F6RA 1JKAA 118LA 1DI4A 1ZWNA 1LSBA 1J1XY 1DYAA 1RJCB 4HV1A 1GFTA 2F30A 1LSFA 1GEZA 1LYGA 1QT6A 1T8AA 236LA 4WLYA 3DMXA 261LA 3WW6A 1KIPC 4NGLA 4YOPA 200LA 4OWBA 3CDTA 5DLAA 178LA 5F9XA 1L00A 4YXCA 1JQUA 166LA 4PPOA 1C7PA 1RCMA 3P65A 1IWZA 1L13A 4NWHA 4N5RA 1BQLY 2RBRA 4RLNA 2CGIA 1B5UA 1JPOA 1L30A 1QUGA 1V7TA 4LDOA 1LMCA 1DI3A 1LMTA 1CU2A 4I7TA 1L31A 1LHJA 2HU3A 231LA 2RH1A 1QT5A 2X0AA 246LA 3OK0A 1XEJA 1QTHA 4NGKA 2VB1A 103LA 1CKGA 2BQKA 1IORA 4WG1A 5LYMA 3HTBA 1L75A 5KXRA 2MEGA 1SSWA 1GF4A 1GE3A 1G06A 2D4IA 4WM2A 1E8LA 3ATOA 3TXIA 4H9BA 1HMKA 1L91A 5IELA 2LC9A 2ZYCA 1LJHA 1C61A 4DWXA 1LZ6A 1LGXA 4LZMA 4HV2A 223LA 1IP1A 4H90A 1C6EA 1HEOA 2WARA 4XJHA 1YAPA 3W6DA 1IP3A 2Z2EA 1L33A 123LA 1LI2A 1QUHA 1HEPA 1FLQA 4HSFA 3A6CY 1FKVA 1OYUA 2YBHA 5FSTA 4J1BA 3OE6A 1LYFA 5I53A 111LA 2IFFY 3W6BA 1L52A 196LA 1I1ZA 1KY1A 4TSCA 1L21A 4OOTA 1MELL 4NSJA 3DN3A 1QUOA 1LSCA 4LYBA 2OE7X 5F81A 1D3FA 3D4SA 113LA 1C67A 1L47A 2B6YA 151LA 1D9WA 4HTQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OE4 X;  1GFR A;  3B0I A;  3T36 A;  1LTM A;  1TAY A;  1IOQ A;  1PQD A;  1YIK A;  1HEN A;  109L A;  2MEA A;  3T6U A;  3V2W A;  4N1E I;  4CGE A;  3LN2 A;  4TX7 A;  5LXW A;  5J7C A;  3GUJ A;  2D4J A;  3W3E A;  127L A;  5IHG A;  1L82 A;  1P37 A;  4H9E A;  1DPX A;  4GCF A;  1OUF A;  2W1L A;  2B5Z A;  1LSE A;  1FLW A;  1C66 A;  245L A;  5C6J A;  4UWV A;  4B49 A;  1B7L A;  189L A;  1JKC A;  1LZ9 A;  1QT8 A;  212L A;  131L A;  1B7N A;  2G4Q A;  5F9U A;  4NWE A;  3HTF A;  1D3N A;  1KW7 A;  4PRQ A;  5T3F A;  5ILC A;  4K5Y A;  5B59 A;  2RAZ X;  161L A;  1SX7 A;  1CKH A;  1LJ4 A;  1KXX A;  3WH1 A;  140L A;  176L A;  4CFO A;  1IC7 Y;  2HUB A;  3F8V A;  3N9C A;  4ARP A;  4DKL A;  2FYC A;  1L32 A;  4AQN A;  5D5F A;  7LZM A;  2Q9D A;  1WQQ A;  149L A;  3OE0 A;  1YAN A;  1P36 A;  1CV3 A;  2Q9E A;  4GLA A;  1WQP A;  1INU A;  1JIS A;  3WW5 A;  1XGR C;  1JHL A;  1SX2 A;  3HU8 A;  1P56 A;  1BWI A;  2H9J A;  1L05 A;  1UIC A;  3LZM A;  1L04 A;  1PQJ A;  1CTW A;  1I20 A;  1L20 A;  1GXX A;  1NDG C;  115L A;  5I4Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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