211LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGEATGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 211lA00
4LDEA 4DKLA 232LA 104LA 2O7AA 4I7TA 3RUNA 1C6PA 4I7OA 1LWGA 3CDOA 1QT8A 1L39A 120LA 1L90A 1LYDA 1QUGA 2A4TA 1L94A 1CU2A 1C6TA 1L60A 146LA 1KY1A 1CUPA 1G1WA 3SBBC 2B70A 4PK0A 1PQKA 102LA 4LDOA 1KW7A 4W57A 1G0QA 128LA 3HU8A 143LA 1L65A 181LA 2HULA 240LA 209LA 3HT7A 1JTMA 2B72A 171LA 1L88A 1QT3A 1L08A 1CU0A 115LA 1QT7A 1C66A 3HH3A 3C8SA 1XJTA 1L97A 3VW7A 110LA 1WTHA 1L17A 3GUOA 1I6SA 3SB8A 1D2YA 1K28A 195LA 1LYIA 1LYEA 2OU8A 1L46A 1OVKA 3GUMA 1T8GA 2OU9A 1L96A 157LA 1L19A 4I7MA 1LI3A 3NYAA 2O79A 4YXCA 235LA 4W51A 1CU5A 1L74A 4LZMA 234LA 3FADA 243LA 1CV5A 221LA 1L75A 1PQIA 1SWZA 1G0JA 2RBNA 3C8QA 1L85A 1C64A 1L12A 1L43A 1QT4A 1T8FA 1LGUA 1C63A 1L67A 172LA 3DN2A 3DN4A 2OTYX 1L15A 162LA 1KS3A 165LA 225LA 2O4WA 1QS5A 231LA 2OE7X 3C82A 2RB0X 3PBLA 1L86A 1L04A 1L21A 3DMVA 2F32A 185LA 1L25A 205LA 4EPFA 2RH1A 3HT6A 1D9WA 1C61A 1C6NA 248LA 1DYBA 3NY9A 1C6LA 242LA 1L71A 1L82A 3DN3A 188LA 175LA 1L35A 1QSBA 1ZWNA 1L72A 239LA 1PQOA 1CX6A 108LA 123LA 1L48A 3DMXA 1D3MA 1G0LA 4PJZA 2B6XA 1G0PA 2F47A 1L42A 233LA 3L64A 1C6IA 1OWYA 1L02A 3SN6R 3V2WA 4DJHA 1L24A 259LA 1LGWA 4EXMA 3HTDA 226LA 4EKRA 192LA 1QTVA 1OV5A 258LA 2NTHA 1L70A 252LA 210LA 1CV3A 214LA 1QTBA 230LA 3DNAA 190LA 1C6BA 3LZMA 3HU9A 1L20A 170LA 3HUAA 229LA 1L18A 4W53A 1LWKA 3HH4A 147LA 1L80A 189LA 111LA 2RAZX 2F2QA 1L89A 1L06A 1L14A 1ZURA 160LA 1P56A 183LA 1L91A 1C6FA 200LA 1L27A 262LA 2B6TA 3DN6A 4YXAC 1L64A 1T8AA 4K5YA 4W52A 1L58A 1P6YA 1L23A 113LA 1P46A 3CDVA 127LA 1OVHA 4EKPA 1G0MA 3HTBA 3HH6A 1T6HA 216LA 1C60A 1L07A 1C6CA 169LA 3NY8A 1L28A 144LA 1L45A 2B73A 3D4SA 129LA 4OO9A 3HDFA 1C6HA 238LA 2OE9X 241LA 2RBSA 1L77A 3C83A 1L66A 1L41A 1KNIA 1L38A 224LA 163LA 1L79A 1LYFA 222LA 140LA 1L54A 251LA 2B75A 3OE8A 3K2RA 4IAPA 1L16A 1SWYA 1DYCA 1L11A 2RBQA 1L59A 2CUUA 164LA 2QARC 1L93A 158LA 1XJUA 150LA 1LI6A 1QT6A 220LA 1P2RA 4I7LA 4ARJA 182LA 1DYEA 1CU6A 3L2XA 2B6WA 4YX7C 1C6KA 3SBAA 206LA 3OE6A 3SB5A 3HUKA 215LA 4ARQA 5LZMA 3CDRA 1L53A 5I14A 4ARLA 1C68A 1LYJA 1L84A 1D3FA 186LA 256LA 3GUNA 246LA 177LA 4I7JA 2RBPA 4EKQA 2LCBA 1CV1A 2OU0X 122LA 3SB7A 3HUQA 4I7QA 3G3VA 2HUMA 2B7XA 2RBRA 1L40A 1QSQA 4I7RA 3DMZA 4E97A 1L0KA 196LA 3DN1A 1PQMA 3QAKA 1SSYA 1CV4A 201LA 2ANXA 1OVJA 247LA 2OEAX 155LA 2LC9A 3C81A 141LA 254LA 3C80A 2Q9DA 3DKEX 4I7SA 1KY0A 3RZEA 199LA 2LZMA 103LA 114LA 3HT8A 4W54A 4W56A 191LA 3OE0A 4GBRB 1JQUA 1QTCA 3DN0A 244LA 1SX7A 1L99A 3F9LA 1LLHA 1LPYA 1OYUA 1QTHA 3DN8A 249LA 261LA 1CVKA 3CDTA 3UONA 1C62A 3G3WA 237LA 1L47A 142LA 3GULA 1LI2A 4EPIA 1DYFA 2B6YA 4ARQB 167LA 1C6AA 211LA 219LA 3JR6A 1L09A 2B74A 1C69A 1EPYA 1CTWA 255LA 250LA 3C7YA 1L33A 212LA 1CU3A 2HUKA 217LA 1C6JA 1L36A 3HH5A 2IGCA 3C7WA 3SB6A 174LA 176LA 126LA 253LA 1QT5A 2B6ZA 1L55A 145LA 118LA 2RB1X 2RBOA 151LA 1C6EA 1L57A 180LA 2QB0B 4ARMA 1P36A 227LA 1L37A 3HTGA 1CUQA 131LA 161LA 3FA0A 1G1VA 1L49A 1L92A 173LA 2OTZX 1L51A 159LA 3GUKA 6LZMA 2RB2X 1G06A 1QTZA 4EJ4A 3ODUA 2Z6BA 3FI5A 4W55A 1C6MA 166LA 3SB9A 4I7NA 1L98A 198LA 3C8RA 3CDQA 1L56A 1CV0A 3GUPA 112LA 213LA 3HT9A 4ZPUA 4GRVA 3HTFA 1L01A 1ZYTA 1LYHA 1L44A 107LA 138LA 1L10A 1QUDA 178LA 1C6GA 1DYAA 1OV7A 1QUOA 245LA 3G3XA 1L32A 4W59A 1LGXA 1D3NA 1L29A 1L63A 3F8VA 1P37A 1L22A 1L83A 1L73A 1PQDA 3EMLA 1XEPA 2L78A 152LA 1CX7A 1L05A 257LA 260LA 1L69A 1JTNA 2RAYX 1D2WA 156LA 1C6DA 1SX2A 1L0JA 228LA 218LA 1P5CA 1L68A 1PQJA 4AQNA 197LA 1NHBA 109LA 1L13A 130LA 3C7ZA 4I7KA 1L62A 1L81A 2NTGA 1SSWA 1DYGA 1L31A 187LA 1QUHA 1P64A 119LA 139LA 1TLAA 1QS9A 4ARMB 3V2YA 223LA 3PDSA 2OE4X 1G0GA 1LW9A 1CV6A 4ARPA 3HWLA 1L61A 1D3JA 2ANVA 4W58A 7LZMA 1T97A 1L34A 168LA 4I7PA 1DYDA 3OE9A 1C67A 1P7SA 4LDLA 236LA 1G07A 1L26A 1L87A 1L76A 1C65A 1L52A 1G0KA 1L00A 1KW5A 137LA 1B6IA 1L03A 149LA 1C6QA 3HDEA 4EKSA 1P3NA 1P2LA 1L95A 1LYGA 1QTDA 148LE 1L50A 125LA 184LA 4DAJA 4S0WA 3GUIA 1OWZA 1L30A 2Q9EA 3GUJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5D5FA 9LYZA 104LA 1QSWA 4I7TA 4I7OA 2YBJA 2PC2A 3CDOA 1MELL 3WYHA 2A4TA 1INUA 1B7RA 1L60A 1KY1A 3WVXA 4LYMA 1CUPA 1G1WA 3SBBC 1DI4A 5HNLA 1PQKA 1WQRA 3AGIA 4NG1A 1H87A 2HULA 1LMNA 5KKJA 240LA 3T6UA 1IY4A 1UIGA 4DDCA 1HEWA 3HT7A 5I5QA 2BQAA 4ZFPA 2B72A 1L88A 1QT7A 3HH3A 1LKRA 4NG8A 1B5WA 4LYCA 1WQNA 1WTHA 1LJEA 1J1PY 1K28A 1CJ8A 195LA 1LZ9A 1UIAA 2HEAA 1YAOA 2OU8A 3GUMA 1L96A 1L19A 2HEFA 1P2CC 3NYAA 4YXCA 4W51A 4TWSA 243LA 1L75A 1YAQA 1G0JA 2RBNA 4Z3MA 2HTXA 5FSTA 3C8QA 1L85A 1Z55A 1L43A 4GLVA 2ZNXY 1LGUA 1C63A 3N9AA 1HC0A 1GBXA 3P66A 4OWEA 2OTYX 1UICA 1L15A 162LA 1IX0A 225LA 4B49A 4LZTA 1BWHA 1GBWA 1L04A 2F32A 1JTPL 1L25A 1CJ9A 1TAYA 3W6FA 1HSXA 1IVMA 248LA 2BQIA 2F2NA 242LA 1I56A 3J4GA 188LA 1L35A 5L3IA 3P65A 4CFPA 1IOCA 3M18B 2FBDA 2W1LA 1L48A 5KKIA 4ETEA 3TMUA 4PJZA 2B6XA 2DQAA 1ZV5L 1L42A 1UIHA 1BB6A 3SN6R 2ZIJA 4RDSA 1L24A 2EIZC 4EKRA 1QTVA 1OV5A 258LA 4GCDA 1QTBA 230LA 3DNAA 3A94A 3LZMA 5B59A 3HU9A 1REXA 4LYOA 4C5FA 4NHSA 1LJNA 5DLAA 1LWKA 3HH4A 147LA 4KXIA 2BQGA 5KXNA 4B4IA 3ZVQB 1YAPA 1T6VL 4EMNA 3OJPA 2B6TA 3DN6A 134LA 4K5YA 3GXRA 4H9BA 1L07A 4NY5A 1OUEA 3NY8A 3W6BA 1GD6A 4NGZA 144LA 1GAZA 1FN5A 1GFGA 1C46A 3LYMA 2N5ZA 4OO9A 1E8LA 1B5VA 241LA 1L77A 3C83A 1L66A 1L41A 5KXZA 224LA 1LYFA 2B75A 3OE8A 4IAPA 1NWGA 2VB1A 1SLYA 164LA 1L93A 1GFRA 135LA 1GXV2 3A92A 1FLUA 4ARJA 1DYEA 3L2XA 1GB0A 5A3ZA 1GDXA 1GPQC 1LZYA 3SB5A 1ZVHL 4ARQA 1YROA 1LJ3A 1WVUA 3CDRA 1L53A 3AYQA 5I14A 4ARLA 2CGIA 1C68A 1L84A 1D3FA 5EBHA 1GFVA 3RU5A 4DC4A 3WL2A 3TXBA 4UWVA 4EKQA 1CV1A 4N0JA 3HUQA 1GDWA 1GB5A 1GB9A 3CT0A 1LHHA 4I7RA 4NFVA 3WXUA 1PS5A 2Q0MX 4WM2A 1GF5A 2LZ2A 4E97A 1DPXA 1PQMA 1XEKA 201LA 1YKZX 1UIEA 2YBLA 2BQKA 3EBAB 5LVHA 254LA 1JKAA 1OUAA 3DKEX 3RZEA 5KY1A 2ZNWY 2DQFC 1XEIA 1C43A 4YF2A 1LLHA 4AXTA 3CSQA 249LA 3CDTA 3TXEA 3UONA 4W96A 194LA 2ZQ3A 4LFPA 1L47A 142LA 4HJZA 4WM1A 4H8ZA 1JTOL 5LIOA 2DQEY 2B6YA 1W08A 211LA 3IJVA 3WUMA 1C69A 2BQNA 153LA 250LA 3C7YA 1L33A 1LYYA 3RZ4A 5II3A 1CU3A 4ANRA 2YBHA 2F4GA 4LT3A 2YBNA 2IGCA 2B6ZA 118LA 151LA 2G4QA 2QB0B 227LA 161LA 4YEOA 1L92A 3W3EA 1DI5A 2OTZX 3GUKA 159LA 6LZMA 3A96A 5LVGA 4WM4A 2Z6BA 4W55A 2F4AA 4I7NA 4G9SA 4N1CC 3TMXA 112LA 4ZPUA 1IP4A 1LMQA 1CKFA 107LA 5J7CA 1QUOA 2I25L 1LGXA 4FDYA 1OUHA 2MEDA 5KXTA 5HMJA 3TMWA 1L22A 1L83A 2D4KA 1L73A 1PQDA 1LMOA 2XBSA 1HENA 2XJWA 3EMLA 1XEPA 257LA 4IJ4A 2RAYX 3HBDA 4XN6A 1LJFA 2ZWBA 1IOSA 3WPLA 4QY9A 218LA 1PQJA 4M4OA 5I4WA 1LHLA 5LVJA 4DT3A 2LYOA 4GN5C 2H9KA 1WQMA 4G4BA 1LJGA 2DQGY 1DYGA 2G4NA 119LA 2BQFA 4PJ2C 1GXXA 4H8YA 4XYYA 4YEMA 1FLWA 1QUTA 1DKJA 2OE4X 2MEEA 1G0GA 1LW9A 1CV6A 1UIFA 3HWLA 3HFMY 3LZTA 4ARPA 4DYGA 1LZ5A 3LZ2A 5KXMA 1WQPA 2ANVA 4W58A 1HEQA 3OK0A 1IC4Y 4OWAA 4WO6A 1J1OY 1V7TA 1L87A 3LYZA 3AZ7A 4DWXA 1L03A 1C6QA 1DXJA 4WM5A 4EKSA 1L50A 4S0WA 5HNCA 4KPMA 1OWZA 5LYMA 5IDDA 2W1YA 3RUNA 1C6PA 1L39A 120LA 3RW8A 1L90A 4N1EI 1QUGA 1QDRA 1L94A 4DD1A 1JKBA 3WU9A 1C08C 5DN5A 4GCBA 1LJHA 4NHQA 4PK0A 5IELA 4NWHA 102LA 1UA6Y 4MCKA 1LZTA 1JKDA 1G7MC 4W57A 1G0QA 4XENA 128LA 2CDSA 2HEDA 4NIJA 1QT3A 4X3BA 1XJTA 1CKHA 110LA 1B5XA 1YKXX 1JTTL 1B5ZA 2CJLA 3GUOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5D5F A;  9LYZ A;  104L A;  1QSW A;  4I7T A;  4I7O A;  2YBJ A;  2PC2 A;  3CDO A;  1MEL L;  3WYH A;  2A4T A;  1INU A;  1B7R A;  1L60 A;  1KY1 A;  3WVX A;  4LYM A;  1CUP A;  1G1W A;  3SBB C;  1DI4 A;  5HNL A;  1PQK A;  1WQR A;  3AGI A;  4NG1 A;  1H87 A;  2HUL A;  1LMN A;  5KKJ A;  240L A;  3T6U A;  1IY4 A;  1UIG A;  4DDC A;  1HEW A;  3HT7 A;  5I5Q A;  2BQA A;  4ZFP A;  2B72 A;  1L88 A;  1QT7 A;  3HH3 A;  1LKR A;  4NG8 A;  1B5W A;  4LYC A;  1WQN A;  1WTH A;  1LJE A;  1J1P Y;  1K28 A;  1CJ8 A;  195L A;  1LZ9 A;  1UIA A;  2HEA A;  1YAO A;  2OU8 A;  3GUM A;  1L96 A;  1L19 A;  2HEF A;  1P2C C;  3NYA A;  4YXC A;  4W51 A;  4TWS A;  243L A;  1L75 A;  1YAQ A;  1G0J A;  2RBN A;  4Z3M A;  2HTX A;  5FST A;  3C8Q A;  1L85 A;  1Z55 A;  1L43 A;  4GLV A;  2ZNX Y;  1LGU A;  1C63 A;  3N9A A;  1HC0 A;  1GBX A;  3P66 A;  4OWE A;  2OTY X;  1UIC A;  1L15 A;  162L A;  1IX0 A;  225L A;  4B49 A;  4LZT A;  1BWH A;  1GBW A;  1L04 A;  2F32 A;  1JTP L;  1L25 A;  1CJ9 A;  1TAY A;  3W6F A;  1HSX A;  1IVM A;  248L A;  2BQI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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