212LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
168
structure length
168
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLAAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 168
sequence length 168
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 212lA00
3K2RA 1L47A 1L65A 4W54A 2OE9X 1L92A 109LA 2B6WA 1CUQA 1L06A 2RBOA 3HH3A 4W53A 1C6BA 1XJUA 1C6LA 1KW5A 3EMLA 3HUKA 131LA 1C66A 1LYIA 2QARC 243LA 3PBLA 240LA 137LA 3OE8A 1QT3A 1QT8A 1OVKA 3CDQA 1I6SA 150LA 4EKSA 1L98A 1P2LA 1L11A 113LA 1L42A 225LA 3DN2A 1QS9A 186LA 1SX7A 1L39A 1L90A 1T8FA 1SWZA 1TLAA 1C60A 3OE9A 168LA 1L10A 1L63A 4EKRA 1L62A 2QB0B 4EKQA 1SX2A 3GUOA 170LA 161LA 3C80A 1L09A 1LI6A 1T97A 152LA 4GRVA 1CX6A 258LA 1JTMA 262LA 4S0WA 3DN3A 2B6TA 1L24A 1KW7A 2O79A 248LA 2B7XA 1L68A 1L19A 159LA 1L84A 1SSYA 4W58A 3F9LA 1G0GA 3HTFA 4PK0A 3L2XA 111LA 210LA 252LA 218LA 224LA 253LA 227LA 1L99A 1L74A 3DN0A 3HT8A 4W51A 1C64A 2LC9A 3OE6A 1QT5A 167LA 1T8AA 199LA 126LA 4I7RA 4YXAC 1LGXA 4I7TA 1D3FA 3GUMA 127LA 3C8SA 1DYFA 1DYGA 1PQIA 255LA 1G0JA 1C6KA 3JR6A 2RBSA 112LA 2OTZX 1L13A 1LYEA 1G0MA 171LA 1L55A 4AQNA 4GBRB 4ARPA 2F32A 1D3JA 1C6TA 254LA 3C81A 3DMZA 1DYBA 4ARMB 147LA 2Z6BA 1D2WA 3DN8A 1L28A 2LZMA 1QT4A 185LA 7LZMA 1C62A 172LA 118LA 1XJTA 2NTHA 3GUPA 1PQMA 247LA 1L57A 4W56A 149LA 244LA 4EJ4A 1G1WA 3GUKA 196LA 1QS5A 1QUDA 4W57A 1L41A 4EPIA 1L37A 2B70A 145LA 1L51A 103LA 2B6YA 3SB6A 235LA 234LA 1CU0A 2RBQA 151LA 1L71A 4EKPA 1C6JA 1C6DA 4LDEA 231LA 1P36A 226LA 1L12A 4I7QA 1LW9A 3CDRA 1L46A 1PQOA 3F8VA 1L79A 1KY0A 195LA 233LA 259LA 166LA 242LA 1L97A 1PQJA 1L16A 3HDFA 1L38A 238LA 2OEAX 237LA 1CV4A 1G0LA 1T6HA 4ARQB 173LA 4YX7C 1L45A 217LA 142LA 1L36A 1L44A 230LA 3HUAA 3QAKA 1P3NA 220LA 1LYDA 128LA 2OU0X 4I7SA 1C6FA 1JQUA 1CV1A 1C6CA 1L93A 2RAZX 157LA 236LA 1LYHA 1L76A 2IGCA 4K5YA 1LI2A 1L82A 3DN4A 1QTCA 1L60A 205LA 1L02A 2A4TA 3HH4A 1DYCA 114LA 229LA 4ZPUA 1C68A 3HT7A 3HTDA 1QTDA 3HT9A 1L20A 4OO9A 3HU8A 249LA 1L86A 206LA 2B74A 3SB7A 1L0KA 174LA 3RUNA 1CX7A 1DYDA 1L32A 1OYUA 245LA 3C8QA 1C65A 4I7PA 140LA 1L21A 1L67A 1CU6A 1QTZA 1QTHA 4LDLA 3LZMA 2RBNA 1L94A 2RB2X 1LWGA 3CDTA 1L14A 1C61A 1L03A 1P56A 4EPFA 1L64A 104LA 2Q9EA 1G1VA 1L34A 4LZMA 2B6ZA 2B6XA 3V2WA 1D9WA 1P5CA 1L75A 1L95A 143LA 261LA 1L72A 191LA 1L49A 3NYAA 1OWYA 1L66A 3D4SA 188LA 1L31A 4W55A 3GUNA 130LA 3HWLA 1OVHA 1L96A 3HH6A 3DMVA 1C6HA 3GULA 2RBPA 1CU2A 2RH1A 102LA 1LYFA 4I7OA 1C6NA 4DJHA 189LA 2O7AA 260LA 2OU8A 1G06A 181LA 1ZWNA 3PDSA 1C63A 3C7ZA 239LA 1L58A 3DN1A 1QUOA 209LA 3HUQA 3CDVA 1C67A 2LCBA 4DAJA 228LA 256LA 3DKEX 2HULA 182LA 1L91A 4I7KA 4I7NA 1OVJA 197LA 2CUUA 187LA 4LDOA 1JTNA 183LA 1LGUA 1P46A 1P6YA 3HU9A 1CV0A 1QT6A 6LZMA 2OE4X 125LA 1C6MA 1C6AA 1L70A 1L53A 1QTBA 2OE7X 1QTVA 1L33A 3HTBA 1ZYTA 246LA 190LA 4E97A 169LA 1LWKA 1DYEA 4EXMA 3OE0A 180LA 1L05A 3DMXA 1C6PA 155LA 3DNAA 3FADA 3HT6A 3SN6R 5LZMA 214LA 1OV7A 1CU5A 1P64A 1D3MA 3DN6A 1L17A 3ODUA 1L35A 1L87A 115LA 4YXCA 119LA 164LA 1L22A 1T8GA 3L64A 4I7LA 198LA 4I7MA 1CUPA 3VW7A 250LA 122LA 1P2RA 1L29A 1LPYA 1L77A 1C6IA 1L0JA 1L15A 1DYAA 2B72A 156LA 3G3XA 1L27A 123LA 4DKLA 219LA 1G0KA 3C8RA 1SSWA 3GUJA 2HUMA 3G3WA 222LA 146LA 1QSQA 1L48A 1K28A 3G3VA 1XEPA 3SB9A 138LA 1L01A 2RBRA 3HTGA 175LA 162LA 2F47A 1B6IA 1KY1A 1L50A 201LA 4PJZA 3SB5A 107LA 2HUKA 2NTGA 1L54A 176LA 1L80A 3GUIA 2L78A 177LA 3UONA 3SB8A 1C6GA 1KS3A 4W59A 1LYGA 257LA 3RZEA 1NHBA 160LA 1L40A 2O4WA 1L73A 1P37A 3C7YA 1CU3A 1L43A 1C69A 163LA 3C82A 1QUGA 1L88A 1CV5A 1CTWA 1L07A 1L61A 2RB1X 2RAYX 212LA 4IAPA 1G0PA 165LA 1L04A 2F2QA 3HDEA 223LA 178LA 1L59A 1L69A 2OTYX 1CVKA 215LA 129LA 2B75A 184LA 3C83A 192LA 148LE 1PQKA 241LA 1L26A 1L08A 108LA 2B73A 3V2YA 4ARMA 1SWYA 1C6QA 1ZURA 1L18A 1D3NA 232LA 3SBBC 1QUHA 2ANVA 1OV5A 1L56A 2ANXA 1D2YA 2RB0X 1P7SA 1L89A 1QSBA 110LA 211LA 213LA 1KNIA 3NY9A 1LLHA 200LA 1L23A 1EPYA 5I14A 120LA 4I7JA 1L00A 1L85A 3C7WA 216LA 139LA 1QT7A 4W52A 3HH5A 221LA 1LGWA 3FI5A 3FA0A 4ARJA 3CDOA 1L25A 1L52A 1LI3A 144LA 3SBAA 1OWZA 1L83A 2Q9DA 1LYJA 2OU9A 251LA 1WTHA 1L81A 4ARLA 1G0QA 3NY8A 141LA 1G07A 1C6EA 4ARQA 1CV3A 1L30A 1CV6A 158LA 1PQDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YKYX 2XBSA 4CHXA 3W6AA 4E3UA 1XJUA 3W6EA 3J4GA 1C66A 4ETEA 1LSDA 4DD7A 2QARC 4XJBA 4NGKA 2DQGY 3AYQA 137LA 5KXYA 4N8ZA 2HEAA 1I6SA 1L42A 2ZYCA 4TTDA 5HNLA 225LA 1QS9A 1JISA 1SX7A 1LJJA 1NDGC 1L39A 2ZILA 168LA 2MECA 1L10A 4H9AA 4HTQA 2QB0B 3GXKA 4EKQA 4CFPA 1RJCB 170LA 3C80A 4TSCA 152LA 2H9KA 4DD3A 2CWIA 8LYZA 4S0WA 3QE8A 1INUA 4PPOA 3DN3A 5KKIA 194LA 2O79A 2F4GA 3T6UA 1RE2A 4DDCA 3WU7A 1P2CC 3CT0A 2EIZC 159LA 4W58A 1O23A 3F9LA 1G0GA 2FBDA 5L3HA 3L2XA 3A95A 3P68A 2BQEA 218LA 1RI8B 1IOQA 2HECA 3DN0A 167LA 4WLDA 126LA 2DQHY 3GUMA 4PJ2C 4XJFA 4OWBA 1FBIX 2YVBA 1ZV5L 1MELL 2HUBA 4GBRB 254LA 3C81A 5T3FA 1YANA 1L28A 1LCNA 185LA 5D5FA 1OUDA 3J6KA 118LA 1PQMA 4H9IA 247LA 4NWEA 1RFPA 149LA 4DDAA 1QS5A 4EPIA 4Z46A 1T6VL 1D0LA 235LA 1LJNA 1LMAA 151LA 133LA 4YOPA 4AXTA 1JJ1A 4LDEA 226LA 3A8ZA 3AZ4A 2BQOA 4G4CA 4TWSA 4TUNA 3F8VA 4HTNA 5D5CA 238LA 4NGVA 3OK0A 1TDYA 2XBRA 5AMYA 1JUGA 4YX7C 217LA 142LA 3WPJA 3RU5A 1L44A 2YDGA 1DKKA 208LA 1LYDA 4I7SA 1C6FA 1BHZA 1JQUA 1CV1A 135LA 1C6CA 1GFUA 1L93A 1AZFA 2RAZX 2MEIA 1LJEA 3AGIA 1HEWA 205LA 5HNCA 1IWZA 2A4TA 3HH4A 114LA 1C68A 1IP2A 3HT9A 3LZTA 3LYMA 3WU9A 1GB5A 3SB7A 3WW5A 1LZCA 1GE2A 3RUNA 1DYDA 2LHMA 1L21A 1CU6A 1LZSA 1QTHA 2RB2X 3CDTA 3A67Y 1L34A 1IP6A 3IWRA 2B6ZA 5KKJA 1D9WA 5EBHA 1P5CA 1L75A 1L72A 3AGGG 5F16A 1XSFA 3NYAA 1JKAA 188LA 1GFHA 1OVHA 4DD9A 2G4QA 102LA 3TMUA 1LJFA 2BQLA 1C6NA 1LTMA 1BVXA 2O7AA 2OU8A 3CQLA 1VDPA 3PDSA 1C63A 239LA 1L58A 5LYZA 209LA 3WMKA 3KAMA 4KT3A 2HULA 4I7KA 4ZIXA 5L3IA 2CUUA 1LGUA 1P46A 1P6YA 4NGOA 1C6MA 1C6AA 1QTBA 246LA 190LA 1DYEA 1LZ8A 4I0CA 4EXMA 1L05A 1C6PA 3DNAA 214LA 5LA8A 1L87A 115LA 2BQFA 5I4XA 4DDBA 5LVHA 1T8GA 3L64A 4I7LA 153LA 1C6IA 3WVYA 1IP4A 4HJZA 2B72A 3TXKA 3P64A 219LA 3M18B 1IO5A 193LA 3W6DA 5APFA 1HEQA 3GUJA 1QSQA 1LZTA 3E3DA 1XEPA 3SB9A 138LA 1JKDA 1LSFA 2BQCA 5KXRA 4PJZA 1GD6A 3SB5A 1D9UA 2Y8PA 3TMWA 1TEWA 3D3DA 4TX7A 3SB8A 1KS3A 4W59A 4RW2A 160LA 2O4WA 4ETAA 1C69A 1EL1A 1GXXA 5ILCA 1L88A 1L61A 4J1AA 2I6ZA 5B06A 1GF0A 212LA 2D4KA 4UWVA 1L04A 178LA 2OTYX 2B75A 3C83A 3WL2A 192LA 2B73A 4AGAA 1GDXA 232LA 2I25L 1LSGA 4WM6A 3W3EA 1HSWA 5FCPA 4GN5C 1CKFA 4G4HA 1LLHA 5LA5A 1L23A 207LA 1OUAA 3TXFA 3B0KA 2EQLA 4WL6A 1IR7A 1IOTA 120LA 4KPMA 4LZTA 1BWHA 3ULRA 1GE0A 1LSBA 216LA 1FLYA 4UWUA 1QQYA 3CDOA 1CNSA 1L52A 4ZFPA 144LA 3N9CA 1LYJA 251LA 1LZYA 1J1XY 1HENA 1LMQA 141LA 3TXHA 1C6EA 4ARQA 1CV3A 1L30A 1GHLA 1L65A 4CFOA 4WM2A 1L92A 2W1MA 3SP3A 2RBOA 1JHLA 1IC7Y 3WYHA 5DLAA 1C6LA 3EMLA 131LA 4LT0A 5KXNA 1JKBA 243LA 2DQCY 1QT3A 1HMLA 2YBMA 150LA 1UUZC 3WXUA 1GFKA 4GCCA 5E4PA 1BB5A 1LZ1A 2AUBA 4D9ZA 1L90A 1YKXX 3OJPA 1HEMA 3AZ5A 4DD0A 1L63A 2YBNA 1YL0X 5I4WA 3GUOA 4WOAA 3LYZA 1IWXA 1HFYA 3A3RX 2FBBA 258LA 3A94A 4LYBA 1QTKA 1UA6Y 2B6TA 3T36A 5B05A 4G49A 2B7XA 2ZNXY 1L84A 1SSYA 3HTFA 1H87A 4NSHA 252LA 4H92A 1VDQA 1AT5A 1GB8A 1B7RA 1L99A 4W51A 1DI5A 1GB6A 2LC9A 4ANRA 1HHLA 1WTMA 199LA 4I7RA 4YXAC 2Z37A 3WXTA 3W6BA 4LT1A 3JR6A 1A2YC 1GBXA 112LA 2OTZX 1L13A 5KXXA 5KXKA 4AQNA 1XEJA 2XTHA 4NIJA 3LZ2A 4NHQA 2DQIY 1QTEA 3F6ZA 5DN5A 3MGWA 1I20A 3A34A 1D2WA 3DN8A 3TXEA 1C62A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1YKY X;  2XBS A;  4CHX A;  3W6A A;  4E3U A;  1XJU A;  3W6E A;  3J4G A;  1C66 A;  4ETE A;  1LSD A;  4DD7 A;  2QAR C;  4XJB A;  4NGK A;  2DQG Y;  3AYQ A;  137L A;  5KXY A;  4N8Z A;  2HEA A;  1I6S A;  1L42 A;  2ZYC A;  4TTD A;  5HNL A;  225L A;  1QS9 A;  1JIS A;  1SX7 A;  1LJJ A;  1NDG C;  1L39 A;  2ZIL A;  168L A;  2MEC A;  1L10 A;  4H9A A;  4HTQ A;  2QB0 B;  3GXK A;  4EKQ A;  4CFP A;  1RJC B;  170L A;  3C80 A;  4TSC A;  152L A;  2H9K A;  4DD3 A;  2CWI A;  8LYZ A;  4S0W A;  3QE8 A;  1INU A;  4PPO A;  3DN3 A;  5KKI A;  194L A;  2O79 A;  2F4G A;  3T6U A;  1RE2 A;  4DDC A;  3WU7 A;  1P2C C;  3CT0 A;  2EIZ C;  159L A;  4W58 A;  1O23 A;  3F9L A;  1G0G A;  2FBD A;  5L3H A;  3L2X A;  3A95 A;  3P68 A;  2BQE A;  218L A;  1RI8 B;  1IOQ A;  2HEC A;  3DN0 A;  167L A;  4WLD A;  126L A;  2DQH Y;  3GUM A;  4PJ2 C;  4XJF A;  4OWB A;  1FBI X;  2YVB A;  1ZV5 L;  1MEL L;  2HUB A;  4GBR B;  254L A;  3C81 A;  5T3F A;  1YAN A;  1L28 A;  1LCN A;  185L A;  5D5F A;  1OUD A;  3J6K A;  118L A;  1PQM A;  4H9I A;  247L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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