212LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 61
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
168
structure length
168
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLAAAA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH6 (108-113)AH4 (83-90)AH7 (115-123)AH8 (126-134)TIV3 (161-164)AH10 (143-155)AH2 (39-50)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 61
structure length 168
sequence length 168
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 212lA00
4LZMA 1DYFA 1QS9A 1P46A 4GRVA 2Q9EA 104LA 1L02A 1L36A 1L30A 211LA 1LYGA 3HU9A 2RBQA 2OTZX 149LA 3FA0A 3D4SA 186LA 210LA 1L54A 3DMZA 161LA 256LA 217LA 1L35A 1L71A 1L99A 4E97A 1D3NA 1L90A 1CX7A 1PQOA 4ARPA 169LA 1L64A 1G0LA 4ZPUA 4I7RA 3GULA 4EJ4A 1CUQA 237LA 1P36A 1C66A 2B70A 1CX6A 198LA 2RB1X 110LA 3UONA 1L52A 3FADA 1D3JA 1OVKA 159LA 1LYHA 112LA 1L98A 2LC9A 1KS3A 1WTHA 145LA 4DKLA 103LA 4EPFA 1L51A 1G1WA 4EKQA 1G06A 4W51A 2F2QA 3HUKA 4DAJA 1LI3A 142LA 131LA 4I7NA 1L11A 4PJZA 3C80A 1L26A 1D2WA 1L04A 1TLAA 1L47A 148LE 2B74A 158LA 1D3MA 3HTBA 109LA 3GUOA 172LA 1JTNA 1L33A 1L28A 1C68A 1L22A 1QUHA 1SX7A 222LA 3HTGA 1B6IA 1L38A 1L15A 230LA 232LA 3F9LA 1L93A 1L83A 2QARC 2HUKA 1C6CA 183LA 3FI5A 1DYBA 253LA 2RBNA 260LA 3ODUA 171LA 3HTDA 1L56A 200LA 118LA 1T6HA 3DKEX 1CV4A 1PQIA 1QTDA 2L78A 1C6TA 2ANXA 1L76A 1L67A 1C6JA 1QUDA 2RB2X 3PBLA 4PK0A 1L10A 4W53A 4IAPA 3C8QA 1QS5A 261LA 1LWGA 1C6MA 1C65A 175LA 1QTHA 1T8FA 1KNIA 1LGWA 102LA 1C64A 3G3WA 205LA 223LA 1CU6A 251LA 1G0QA 4W59A 3CDVA 233LA 1L25A 1OWYA 2QB0B 4ARQA 2O79A 1C69A 156LA 2RBRA 215LA 137LA 6LZMA 3DN8A 1L82A 139LA 1L07A 129LA 1XJUA 1CTWA 150LA 2OE9X 4LDLA 3NY9A 1C6NA 114LA 1OV5A 4I7QA 1L03A 166LA 2B75A 3C7WA 4DJHA 1L87A 1QUOA 1ZWNA 3C83A 1C6FA 157LA 1EPYA 1L24A 1P7SA 3SB8A 1L0JA 3HUAA 1L81A 4W56A 1L34A 228LA 191LA 3HT8A 2OE7X 2OU9A 3GUNA 190LA 144LA 1C6LA 140LA 1L12A 1L16A 3V2YA 243LA 162LA 1LYIA 1KY1A 1L48A 3C81A 2B6TA 1LYFA 244LA 255LA 1C67A 3OE0A 1L94A 1C6QA 1CUPA 1SSWA 1XJTA 3OE8A 1P64A 2B73A 3SBBC 3GUMA 1QTVA 239LA 3VW7A 2Q9DA 4W55A 2OTYX 1L06A 1L53A 3DN0A 2F47A 1CU2A 3SB9A 3NYAA 1L08A 3EMLA 1QTZA 1D3FA 2LCBA 4I7MA 1T8AA 170LA 4EKSA 2B6ZA 1QT3A 4EKRA 1L63A 1ZURA 1DYAA 235LA 1P56A 123LA 3RZEA 3HT7A 3G3VA 3GUKA 1CVKA 3OE6A 1L0KA 176LA 3HH6A 165LA 3SB5A 5I14A 1P2RA 1L75A 1T8GA 3NY8A 182LA 3DN3A 3C8RA 2RB0X 3GUJA 1L77A 3GUPA 3CDOA 1L66A 2NTGA 3HDFA 3OE9A 3C7ZA 2RBOA 238LA 220LA 1CV3A 209LA 225LA 234LA 2RBPA 3HH5A 3HTFA 4W52A 1L41A 1PQJA 3JR6A 1LYEA 2RBSA 1LYDA 3SN6R 174LA 1QT5A 1DYCA 213LA 1CV6A 1L20A 1P5CA 1LGUA 3HH4A 1SSYA 173LA 1L27A 229LA 177LA 1QSBA 1C62A 1L55A 3F8VA 241LA 3CDQA 218LA 180LA 3HWLA 3HH3A 245LA 4GBRB 4EPIA 3GUIA 1K28A 160LA 1C6PA 4I7TA 1C6KA 2F32A 1KW7A 196LA 3DNAA 1L74A 4LDOA 1C63A 3V2WA 1LWKA 2O4WA 2RAYX 2O7AA 1QT4A 2OU8A 4ARMB 1L50A 1OVHA 181LA 1P37A 1PQDA 1XEPA 1LW9A 214LA 2HULA 168LA 155LA 254LA 4EXMA 4W54A 113LA 188LA 167LA 5LZMA 242LA 7LZMA 1G1VA 4I7OA 146LA 3LZMA 4AQNA 1L19A 4YX7C 4ARLA 236LA 1L18A 3SBAA 252LA 3C82A 122LA 1L68A 227LA 2ANVA 1T97A 2OE4X 3SB7A 262LA 1L96A 3L64A 3DMVA 4ARJA 3HU8A 246LA 1L44A 187LA 1L09A 231LA 1L58A 4YXCA 4W58A 125LA 1C6GA 1G07A 1L73A 1L29A 1C6IA 2OEAX 248LA 2NTHA 128LA 1C6HA 1P6YA 1SX2A 1CV5A 1L60A 1L70A 2RH1A 1L84A 212LA 1C6AA 1L85A 3HUQA 119LA 1L89A 1L13A 1LGXA 1L62A 3L2XA 4ARQB 138LA 1G0JA 152LA 1L42A 1L59A 1JTMA 2B6YA 2B72A 2RAZX 185LA 4I7PA 1L14A 2LZMA 2B6WA 1C6DA 1L39A 1L72A 1LLHA 4LDEA 1KW5A 1CU0A 1QT6A 1OV7A 3PDSA 2Z6BA 1PQMA 1L00A 199LA 1G0PA 108LA 1JQUA 1QSQA 3HT6A 1L43A 240LA 1L79A 1L92A 120LA 1C6EA 1DYGA 1L40A 164LA 147LA 1G0KA 3K2RA 4ARMA 249LA 1L65A 3C7YA 1PQKA 3RUNA 1L49A 178LA 3DN4A 4W57A 1D2YA 1L95A 4I7SA 111LA 3DN2A 1L45A 151LA 3C8SA 1L88A 2OU0X 1OVJA 4YXAC 1L23A 195LA 259LA 1CU5A 3CDTA 1L46A 226LA 1L80A 130LA 2A4TA 1L97A 1G0GA 3DN1A 4I7KA 1L05A 4I7LA 189LA 1OYUA 1L37A 1SWYA 3HT9A 1L21A 3DN6A 1QTCA 4S0WA 4EKPA 1CV0A 192LA 247LA 3DMXA 163LA 1SWZA 1L69A 1I6SA 3G3XA 107LA 4K5YA 201LA 1QUGA 216LA 1C61A 3HDEA 1L91A 1L01A 1L57A 1OWZA 258LA 1QT8A 4I7JA 1QT7A 1LYJA 126LA 141LA 3SB6A 2IGCA 1ZYTA 3CDRA 3QAKA 1KY0A 250LA 1D9WA 1C6BA 224LA 1L86A 1CU3A 1LI2A 1CV1A 1DYDA 1L31A 1DYEA 1L32A 2B6XA 1L61A 219LA 2CUUA 184LA 221LA 1LPYA 2B7XA 1QTBA 1L17A 1LI6A 1C60A 115LA 197LA 206LA 1NHBA 257LA 1G0MA 2HUMA 143LA 4OO9A 1P2LA 1P3NA 127LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DD2A 1LMTA 1W08A 1L36A 4H8XA 211LA 4H92A 3HU9A 2OTZX 3TXGA 4FJRA 2C8PA 1L54A 1TAYA 3N9AA 161LA 256LA 1E8LA 1L99A 1D3NA 2Z39A 1C43A 3HBHA 4I7RA 4PGJB 1CUQA 4UWVA 2F30A 4HV1A 2B70A 5LVJA 4Z98A 4WM5A 1B5XA 4DDCA 4LT0A 2DQHY 5LAGA 112LA 1GB3A 4DKLA 1LKRA 2Z12A 103LA 1V7SA 3D3DA 4TUNA 1LZYA 4EKQA 1LSMA 1GF6A 4I7NA 1L47A 148LE 2B74A 158LA 1LSFA 109LA 3LHMA 1JTNA 1QUHA 1C68A 1L22A 3CSRA 3HTGA 2DQCY 3F9LA 1L83A 132LA 3AYQA 2QARC 4OW1A 2HUKA 1C6CA 5KXXA 5C6JA 4Z41A 1LHHA 1CKFA 1LHIA 1F6SA 1OUEA 4FDYA 4R6CA 2IFFY 1C6TA 2ANXA 3TXEA 1JHLA 1L10A 4IAPA 3N9EA 261LA 4WL6A 1C6MA 1C65A 1LMOA 1VFBC 102LA 4H9AA 1IWTA 1LAAA 2HEFA 251LA 1G0QA 3CDVA 1OWYA 1MLCE 2BQEA 1LSPA 1YANA 5DLAA 5KXPA 1HFXA 215LA 4OWCA 5J7CA 4WLTA 1LZRA 1WTNA 1LYYA 4WO6A 1GE3A 2BQBA 4N1EI 3WPKA 1B7PA 133LA 2BPUA 1GDXA 1L03A 166LA 3C7WA 4PRQA 4GCDA 1EPYA 1GFTA 4MSTA 4B49A 1GBSA 5KY1A 1L0JA 2IHLA 1L81A 4AXTA 191LA 3HT8A 3AGIA 1LZ4A 1B9OA 144LA 4GLAA 1LJ4A 1C6LA 1WVUA 140LA 1BB6A 162LA 4OOOA 3EBAB 3C81A 5A3EA 1D0LA 255LA 4DQJA 5L3IA 3QY4A 3OE8A 1P64A 2B73A 4I0CA 1JWRA 1LYOA 4ETCA 4W55A 3CSQA 2OTYX 3RT5X 1CU2A 1LZEA 3A6CY 1JSFA 1VDTA 3WVXA 1GB5A 4I7MA 1LYSA 1CNSA 1D6PA 1L63A 1JTTL 3HT7A 3GUKA 3HH6A 153LA 5I14A 1P2RA 5HQ1A 182LA 3GUPA 1N4FA 3ATNA 3CDOA 2YBIA 1B5YA 3OE9A 4B4IA 1CJ9A 1YROA 1HEQA 1CV3A 4W52A 3HH5A 4GCEA 1L41A 1LYEA 1GXV2 5E9RA 3SN6R 4H91A 1DPXA 1CV6A 1SSYA 1QDRA 4TTDA 241LA 2ZYPA 1G7IC 3CDQA 180LA 3WULA 3EMSA 3A96A 5LVKA 1K28A 4ZFPA 160LA 4CJ2A 4YM8A 2F32A 1LSZA 3WW6A 4GCBA 2FBBA 4LDOA 1C63A 1PZYA 1JUGA 3V2WA 5F16A 1LWKA 1GF8A 2O7AA 3TXFA 1OUJA 1B5ZA 4YEOA 1IP2A 113LA 188LA 3B0KA 4NHQA 3AZ6A 4KPMA 2ANVA 2LHMA 3J4GA 187LA 4WOAA 1GPQC 1H6MA 1D9UA 1L58A 4TSCA 4IATA 4XENA 5D5CA 2MEFA 3TXHA 248LA 4Z3MA 128LA 3CB7A 5LINA 1SX2A 2RH1A 4NGKA 1LHMA 4HTNA 1L62A 3L2XA 4ARQB 4DT3A 4ET9A 1HFZA 1L42A 4EMNA 4ML7A 4OOTA 2C8OA 1L14A 2B6WA 1GBYA 1QT6A 1PQMA 1L00A 199LA 3EXDA 1HMKA 5LYTA 1JIYA 1L43A 1L79A 1OP9B 193LA 1C08C 164LA 4ARMA 249LA 3C7YA 1IP6A 1VDSA 4W57A 4RLMA 1QUTA 1LZGA 1FLQA 1OUIA 1KXYA 1L23A 1OUCA 5KXNA 3CDTA 4NGOA 1L80A 4WL7A 2A4TA 1L97A 1OYUA 2Z2FA 1OUDA 3TXBA 3A93A 1L21A 1XEKA 247LA 4XJDA 1QUGA 1TDYA 5D5FA 1NHEA 1B7QA 3OJPA 1P2CC 1QT8A 4I7JA 1QT7A 1TEWA 5I4WA 4ETDA 126LA 2MEEA 3CDRA 1ZYTA 1BB4A 1KY0A 5KXKA 4C5FA 3FE0A 5F81A 1I1ZA 1REZA 224LA 1L86A 1DYDA 3LYZA 4J1AA 2CUUA 1QTEA 5I4YA 184LA 221LA 1XGTC 1YKYX 4R0FA 1LPYA 3B6LA 5KXTA 3WUAA 197LA 1C10A 1IWZA 1LKSA 1F0WA 4NGYA 1G0MA 4GN4A 2Y8PA 4OO9A 4DD9A 1LYGA 127LA 1LSAA 4LZMA 5KXYA 4GRVA 2Q9EA 2BQOA 2VB1A 1NBYC 208LA 1RE2A 3B72A 3D4SA 1JISA 210LA 1LJHA 4WM3A 5L3HA 1L90A 1CX7A 1PQOA 1HF4A 169LA 1C7PA 1UIGA 1CKCA 5B07A 5HLLA 2X0AA 2HEDA 1GFUA 3UONA 1LMCA 4DD1A 159LA 1GXXA 4YF2A 1QSWA 1L98A 2LC9A 1REYA 1LHKA 1WTHA 4BS7A 2XBRA 1IWVA 1G1WA 1G06A 1XGQC 3WU7A 2DBTA 4NG1A 4W51A 2F2QA 1LI3A 1IP7A 4PJZA 1NBZC 1GD6A 1HEPA 3EO5A 3HTBA 222LA 1L28A 1SX7A 3TXJA 4WLXA 1B6IA 1BWIA 1L15A 2BQDA 2XQOA 4KXIA 4B4EA 1KIPC 1YAPA 2RBNA 3ODUA 4RDSA 1L56A 200LA 1IR9A 1CV4A 4ANRA 1LJKA 2AUBA 4W96A 3HBEX 1GF4A 1QUDA 2RB2X 3PBLA 4PK0A 4W53A 4NGJA 1B7SA 1LMNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DD2 A;  1LMT A;  1W08 A;  1L36 A;  4H8X A;  211L A;  4H92 A;  3HU9 A;  2OTZ X;  3TXG A;  4FJR A;  2C8P A;  1L54 A;  1TAY A;  3N9A A;  161L A;  256L A;  1E8L A;  1L99 A;  1D3N A;  2Z39 A;  1C43 A;  3HBH A;  4I7R A;  4PGJ B;  1CUQ A;  4UWV A;  2F30 A;  4HV1 A;  2B70 A;  5LVJ A;  4Z98 A;  4WM5 A;  1B5X A;  4DDC A;  4LT0 A;  2DQH Y;  5LAG A;  112L A;  1GB3 A;  4DKL A;  1LKR A;  2Z12 A;  103L A;  1V7S A;  3D3D A;  4TUN A;  1LZY A;  4EKQ A;  1LSM A;  1GF6 A;  4I7N A;  1L47 A;  148L E;  2B74 A;  158L A;  1LSF A;  109L A;  3LHM A;  1JTN A;  1QUH A;  1C68 A;  1L22 A;  3CSR A;  3HTG A;  2DQC Y;  3F9L A;  1L83 A;  132L A;  3AYQ A;  2QAR C;  4OW1 A;  2HUK A;  1C6C A;  5KXX A;  5C6J A;  4Z41 A;  1LHH A;  1CKF A;  1LHI A;  1F6S A;  1OUE A;  4FDY A;  4R6C A;  2IFF Y;  1C6T A;  2ANX A;  3TXE A;  1JHL A;  1L10 A;  4IAP A;  3N9E A;  261L A;  4WL6 A;  1C6M A;  1C65 A;  1LMO A;  1VFB C;  102L A;  4H9A A;  1IWT A;  1LAA A;  2HEF A;  251L A;  1G0Q A;  3CDV A;  1OWY A;  1MLC E;  2BQE A;  1LSP A;  1YAN A;  5DLA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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