213LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNAQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 213lA00
1PQOA 3CDRA 1L23A 1L07A 2Q9EA 1XJTA 1CU6A 3SB6A 3GUNA 1L15A 1OVHA 152LA 192LA 3HT8A 2F47A 1G0GA 4GRVA 1SSYA 3FI5A 3GUJA 4AQNA 1LGXA 1L48A 253LA 1L0KA 3GULA 3PDSA 173LA 3L64A 3HUKA 4S0WA 3HH3A 3HUAA 1LYJA 225LA 260LA 161LA 223LA 1C6EA 185LA 3HU8A 1L81A 168LA 137LA 1L49A 1C60A 4ZPUA 219LA 191LA 244LA 1DYGA 3DNAA 2HUKA 4K5YA 1C6QA 1G0MA 205LA 3OE8A 1QT5A 1CX6A 4GBRB 3HTBA 4ARQA 1L79A 1L84A 4I7TA 2Q9DA 1L40A 1L59A 1L83A 1P56A 5I14A 1LGWA 103LA 166LA 1L29A 1L16A 2Z6BA 1CU2A 230LA 3DN6A 1CV6A 3HH6A 4EJ4A 1QTHA 1QS5A 4ARMB 2B75A 1L82A 1P3NA 250LA 216LA 150LA 240LA 1L58A 2QARC 1C61A 3C8RA 1L72A 1L56A 1L20A 1C6IA 1L50A 141LA 187LA 1L02A 246LA 2L78A 3G3XA 177LA 1L36A 1LYFA 1L28A 2LZMA 1D9WA 178LA 1OV5A 1OVKA 1C6FA 1C6MA 170LA 3FADA 1P6YA 3C82A 4I7JA 4EKRA 1DYFA 175LA 195LA 1L73A 1G0QA 1QUGA 3L2XA 2B6ZA 1DYDA 1L96A 1I6SA 3FA0A 7LZMA 1L08A 114LA 1C6PA 2B6TA 3SN6R 1L71A 1L76A 1D2WA 3HT6A 3DN4A 181LA 1SX7A 2OE9X 2RB1X 3DN0A 1ZWNA 3V2WA 1L26A 115LA 1L11A 3RUNA 214LA 3CDVA 218LA 1CUPA 1G0LA 1LLHA 3ODUA 145LA 4ARLA 224LA 174LA 1L74A 3GUKA 2RBPA 1L53A 111LA 163LA 1L22A 140LA 1C67A 1L18A 3SB5A 1L04A 2B72A 3C7WA 1QT6A 4OO9A 3DN3A 1JTMA 3HTGA 131LA 1C68A 1L39A 3K2RA 1CX7A 2RBQA 1CVKA 1LWKA 1L92A 108LA 1L69A 3C83A 1L97A 3OE0A 1CTWA 2NTGA 1L05A 4W58A 127LA 3SBBC 159LA 1G1WA 3DN8A 3HU9A 1L42A 1WTHA 2B73A 259LA 1C6BA 184LA 1JTNA 1LW9A 182LA 1SWZA 4LDOA 1L55A 4EXMA 1QTZA 1L75A 4W51A 1XJUA 123LA 3D4SA 1CU3A 3HH5A 2B74A 149LA 2OTYX 126LA 2A4TA 245LA 3OE9A 1DYAA 2RAYX 162LA 125LA 1D2YA 1CV4A 1L52A 1P7SA 1QT8A 2RH1A 4I7NA 1KY0A 4W54A 118LA 209LA 1L88A 2OU8A 1L68A 3SB7A 1P37A 4W53A 3VW7A 1OWZA 3EMLA 3C80A 5LZMA 2LC9A 1C65A 3GUPA 1L37A 3HWLA 4DJHA 151LA 2O4WA 138LA 1L30A 2LCBA 3G3WA 1C6GA 4ARPA 1C6TA 1G0JA 1D3JA 247LA 3JR6A 4I7MA 4EPIA 199LA 3GUMA 3GUOA 198LA 4IAPA 3DMVA 1ZURA 4I7SA 1L45A 104LA 1PQMA 1C6LA 1L21A 1CU0A 1T97A 235LA 188LA 128LA 228LA 1SWYA 102LA 3HTFA 1QS9A 1QUDA 2OE4X 1L47A 1L32A 1LYEA 1L66A 1T8AA 1PQJA 1KS3A 3NY9A 1L17A 3F8VA 1L41A 1P46A 1P36A 1C6DA 255LA 233LA 1QUHA 1L91A 1QTCA 2RB0X 1DYBA 1CUQA 2ANXA 1L85A 122LA 2B7XA 2B6YA 155LA 1T8GA 1L94A 3F9LA 1LYGA 1L19A 4ARMA 167LA 258LA 1C64A 1L33A 237LA 4W55A 165LA 1JQUA 1LI3A 1L03A 3SBAA 120LA 1L86A 234LA 3HT7A 147LA 200LA 4YXCA 1QTDA 239LA 1P5CA 1LYHA 3CDQA 4EKSA 217LA 3C7ZA 3SB8A 1CU5A 1G06A 3QAKA 1XEPA 4ARQB 148LE 1L14A 1QSBA 226LA 210LA 2B6XA 3CDOA 1SX2A 1L12A 1L67A 1QTBA 1CV3A 252LA 262LA 4YX7C 129LA 3UONA 1G07A 1C69A 1QT3A 2O79A 1LYDA 1B6IA 4E97A 3SB9A 1KNIA 3HUQA 4DKLA 222LA 1L25A 4I7LA 1PQIA 196LA 2CUUA 1L10A 1DYEA 1CV1A 3DMXA 212LA 1D3MA 2OEAX 4YXAC 3HT9A 236LA 2RB2X 2RBOA 2QB0B 3CDTA 1G0PA 1C62A 158LA 4LDEA 4ARJA 227LA 190LA 241LA 1ZYTA 1EPYA 3G3VA 1L00A 1G0KA 1D3FA 1L90A 1LI2A 3RZEA 2ANVA 1QT7A 186LA 3DKEX 1LWGA 3GUIA 1C6KA 1LYIA 1QT4A 1OWYA 1C66A 110LA 1L87A 3C8QA 142LA 249LA 1L13A 139LA 1PQKA 3C81A 1OVJA 172LA 231LA 171LA 1L98A 2OTZX 3PBLA 1CV0A 1QSQA 2HULA 2OU0X 3V2YA 1L57A 1L09A 1L80A 1QUOA 251LA 1L70A 2B6WA 3C7YA 4EKPA 2HUMA 6LZMA 1L77A 1L51A 4PJZA 215LA 1L06A 4PK0A 1L60A 146LA 1NHBA 157LA 1C6HA 180LA 213LA 3DMZA 3HH4A 197LA 1OV7A 4I7OA 201LA 4LZMA 2IGCA 3NY8A 2OE7X 1T8FA 4W59A 1L95A 1L31A 3DN2A 3HDEA 1OYUA 1P64A 176LA 1L38A 1L89A 1L99A 1TLAA 3HDFA 3C8SA 1PQDA 254LA 1T6HA 130LA 160LA 1L0JA 242LA 2RAZX 107LA 4W57A 1L63A 164LA 1L61A 1L93A 4LDLA 1DYCA 1G1VA 1KY1A 1P2RA 4DAJA 183LA 1C6JA 1C6CA 2RBNA 112LA 232LA 4I7RA 3HTDA 119LA 221LA 144LA 143LA 1SSWA 3NYAA 256LA 3OE6A 257LA 2NTHA 169LA 238LA 1L65A 113LA 1LGUA 2O7AA 1L01A 2RBSA 1KW5A 1L24A 4EPFA 1L64A 1L46A 2B70A 4I7PA 206LA 248LA 3DN1A 1L43A 2F2QA 1C6AA 1QTVA 4I7KA 2F32A 1K28A 1L54A 1D3NA 3LZMA 4EKQA 220LA 229LA 109LA 1CV5A 1C6NA 4W52A 1LI6A 1L35A 1L62A 4I7QA 2OU9A 156LA 211LA 1LPYA 1L34A 243LA 261LA 4W56A 1C63A 2RBRA 1L44A 1L27A 1P2LA 189LA 1KW7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q9EA 3SB6A 1D0KA 3GUNA 1G7JC 4WLYA 152LA 1LSMA 192LA 4HPIA 1B5VA 4PRUA 1QDRA 3FI5A 3B6LA 4AQNA 1LSPA 1L48A 4NWEA 1L0KA 3GULA 5KXPA 1WQQA 3PDSA 2D4IA 3HUKA 1BHZA 4S0WA 1B5XA 223LA 1QQYA 3ZVQB 185LA 3W6BA 154LA 5IELA 1L49A 191LA 5B06A 2HEAA 2HUKA 4GN5C 1LJ4A 1C6QA 1G0MA 205LA 1OUHA 2YBHA 3OE8A 4DD3A 1GF5A 5C6IA 4ARQA 4RLMA 1JEFA 3A3RX 3CQLA 4I7TA 1JISA 2Q9DA 5II3A 2D6BA 1L83A 2W1MA 4UWUA 1LSGA 1L29A 4XJFA 1CU2A 230LA 2BQOA 3DN6A 1CV6A 153LA 1DI4A 4ARMB 9LYZA 4N1EI 1L82A 1ALCA 4H9AA 1W08A 1L56A 1XGRC 1L02A 3G3XA 2BQAA 5KXTA 4IJ4A 1C6FA 3P66A 4ET9A 175LA 4NSGA 1UIGA 4DQJA 1L96A 4QGZA 3P64A 2XJWA 1L71A 1L76A 3DN4A 5B1GA 1SX7A 2OE9X 4OOOA 1IP6A 1L26A 2EPEA 218LA 2H9KA 4ANRA 1TDYA 1AZFA 224LA 3GUKA 5E4PA 1L53A 1LSCA 5KXZA 4NFVA 140LA 3E3DA 1L18A 3WL2A 1XGPC 4WG7A 3SB5A 4DYGA 3DN3A 4YENA 1GBOA 1D6QA 2MEAA 4B4IA 1HFXA 4XENA 4DQ5A 3OE0A 127LA 3SBBC 4DDBA 3OJPA 3DN8A 3HU9A 2B73A 259LA 1JTNA 1LW9A 3A92A 1IY3A 3A94A 4EXMA 1QTZA 4W96A 1XJUA 1BWIA 123LA 5A3ZA 1CU3A 2B74A 149LA 1GPQC 4ETBA 245LA 1IP4A 3WU9A 162LA 1JKCA 4WMGA 1HNLA 3CB7A 1NHEA 1L52A 1P7SA 4H91A 4I7NA 2G4QA 1HERA 5I4YA 4C3WA 4KPMA 3SB7A 4W53A 4IATA 4DD1A 1OWZA 2DQHY 2Q0MX 1C65A 1QTEA 1IWXA 4GCEA 2H9JA 4NHTA 1NMMA 3LYZA 4DJHA 151LA 3P4ZA 2LCBA 3W6FA 1C6GA 4R0FA 1OUBA 1G7HC 4NGKA 4I7MA 3HBDA 198LA 4LGKA 4IAPA 1L45A 2Z19A 5KXOA 135LA 4WL7A 1GE2A 1VDQA 228LA 1B5YA 1SWYA 1EQEA 5I5QA 3HTFA 3WUAA 5B59A 2HECA 5LVJA 1QS9A 1IOCA 4OW1A 2YDGA 1LCNA 4OOTA 1L66A 1GEZA 4XJBA 1PQJA 1KS3A 4NIJA 1P36A 1C6DA 1PZYA 5F14A 134LA 1QTCA 4H92A 4DDCA 1DYBA 4NEBA 122LA 1KXWA 3GXKA 2W1XA 3HFMY 1T8GA 2W1YA 5LINA 167LA 258LA 2W1LA 4N0JA 165LA 5KKIA 1LKSA 2DQGY 120LA 2BAAA 4BAFA 1IOQA 3A3QA 1UBZA 5L3IA 4MCKA 3TXKA 1LYHA 4HTKA 1UIAA 1VAUA 1O23A 1G06A 4ARQB 1QSBA 226LA 3CDOA 1SX2A 252LA 1CV3A 3UONA 3TXGA 1G07A 3A6CY 1QT3A 4O34A 1IR9A 2LZ2A 4HV2A 1HELA 4DKLA 1LSNA 4I7LA 1JJ0A 1LZGA 212LA 1CJ9A 3HT9A 2RB2X 3CDTA 4XADA 1C46A 193LA 1C62A 2DQFC 1ZYTA 4I8SA 1EPYA 1GB6A 1L90A 1LI2A 3TXEA 2ANVA 1OWYA 1L13A 1PQKA 231LA 1FLWA 171LA 1UUZC 2OTZX 3PBLA 1LZAA 2A7FA 1L80A 1L70A 3C7YA 1EQ5A 1HEQA 6LZMA 1LYOA 1FKVA 1LHHA 215LA 3LZ2A 5F9UA 3HH4A 197LA 3CSRA 180LA 1F0WA 1LSAA 4LZMA 1OUGA 2OE7X 3DN2A 1P64A 3J6KA 2IHLA 3C8SA 4LYCA 130LA 1CJ8A 3A8ZA 4DD2A 4ET8A 3A67Y 3A91A 1B5ZA 1L61A 5I4WA 1L93A 4LDLA 2BQKA 4DAJA 1C6JA 2MECA 4NSIA 3ATOA 4WG1A 4HPEA 1YAMA 2NWDX 144LA 1OUJA 1LGUA 2O7AA 1L01A 3LYTA 4D9ZA 1VFBC 1L46A 4I7PA 1YAOA 1UIDA 3HBHA 4HJYA 1RFPA 4I7KA 2F32A 1LZNA 220LA 3W6AA 1CV5A 1UA6Y 1L62A 156LA 4LYBA 1LPYA 3TMWA 1L27A 3AYQA 1L07A 3T6UA 1XJTA 1UICA 1VDTA 1YKYX 1OVHA 1LPIA 2I26L 4QEQA 3HT8A 2F47A 3N9EA 3J4GA 1HEWA 1TAYA 3L64A 1BVXA 3HH3A 4H9CA 1LYJA 1JKDA 161LA 3HU8A 168LA 137LA 4H9BA 5KXSA 1IO5A 244LA 1G7IC 1QUSA 1GFGA 1DYGA 1J1OY 1LMAA 1GFHA 3WULA 1QSWA 1JJ1A 4DQ7A 1JHLA 1PS5A 1P56A 1H87A 103LA 5L9JA 4ZEEA 1LHIA 5DL9A 5DM9A 3HH6A 4LYTA 3ATNA 4ETCA 3WW6A 2HEEA 1LSDA 250LA 216LA 150LA 4LT0A 1L58A 2QARC 4NHPA 1QSAA 3C8RA 4Z3MA 1E8LA 1B0DA 4GCCA 1L50A 141LA 246LA 177LA 5HNCA 1D9WA 3WPLA 1OVKA 5HMJA 1C6MA 1JJ3A 170LA 3IJUA 1FLUA 4EKRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Q9E A;  3SB6 A;  1D0K A;  3GUN A;  1G7J C;  4WLY A;  152L A;  1LSM A;  192L A;  4HPI A;  1B5V A;  4PRU A;  1QDR A;  3FI5 A;  3B6L A;  4AQN A;  1LSP A;  1L48 A;  4NWE A;  1L0K A;  3GUL A;  5KXP A;  1WQQ A;  3PDS A;  2D4I A;  3HUK A;  1BHZ A;  4S0W A;  1B5X A;  223L A;  1QQY A;  3ZVQ B;  185L A;  3W6B A;  154L A;  5IEL A;  1L49 A;  191L A;  5B06 A;  2HEA A;  2HUK A;  4GN5 C;  1LJ4 A;  1C6Q A;  1G0M A;  205L A;  1OUH A;  2YBH A;  3OE8 A;  4DD3 A;  1GF5 A;  5C6I A;  4ARQ A;  4RLM A;  1JEF A;  3A3R X;  3CQL A;  4I7T A;  1JIS A;  2Q9D A;  5II3 A;  2D6B A;  1L83 A;  2W1M A;  4UWU A;  1LSG A;  1L29 A;  4XJF A;  1CU2 A;  230L A;  2BQO A;  3DN6 A;  1CV6 A;  153L A;  1DI4 A;  4ARM B;  9LYZ A;  4N1E I;  1L82 A;  1ALC A;  4H9A A;  1W08 A;  1L56 A;  1XGR C;  1L02 A;  3G3X A;  2BQA A;  5KXT A;  4IJ4 A;  1C6F A;  3P66 A;  4ET9 A;  175L A;  4NSG A;  1UIG A;  4DQJ A;  1L96 A;  4QGZ A;  3P64 A;  2XJW A;  1L71 A;  1L76 A;  3DN4 A;  5B1G A;  1SX7 A;  2OE9 X;  4OOO A;  1IP6 A;  1L26 A;  2EPE A;  218L A;  2H9K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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