213LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 60
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNAQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)EMPTYS1 (14-20)TI'1 (54-57)S2 (24-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH6 (108-112)TI2 (81-84)AH9 (137-140)AH7 (115-123)TIV3 (112-115)AH8 (126-134)AH10 (143-155)TI1 (20-23)AH4 (84-90)TIV4 (140-143)3H1 (159-161)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 213lA00
1OV5A 1JTMA 238LA 1LYEA 1L95A 1L54A 2RB2X 4I7NA 3GUIA 2O4WA 1L94A 1L04A 245LA 1L37A 1LYDA 1L69A 1L34A 215LA 222LA 146LA 2RAYX 157LA 1SX7A 1C6BA 3C8QA 143LA 1CTWA 1L47A 1C6TA 1L50A 1G0LA 2CUUA 251LA 1L06A 2B6XA 1L12A 3NYAA 1P7SA 218LA 7LZMA 1L96A 4YXCA 1OVJA 173LA 1CU2A 2HULA 4ARLA 3SB6A 2F32A 1L85A 216LA 1QUHA 1C68A 1LYJA 4EPFA 4I7SA 167LA 1T97A 1L98A 3C8SA 1L89A 4ARQA 3RUNA 1QTDA 212LA 1L59A 150LA 244LA 3GULA 181LA 1QT5A 1L36A 1C6PA 1L14A 1QS5A 2Z6BA 1L76A 3HT9A 2Q9DA 175LA 213LA 145LA 3DN2A 1L90A 1L84A 2RB0X 3OE9A 3D4SA 1L66A 1DYBA 122LA 1L42A 1L77A 1CUPA 1L71A 1L39A 155LA 3LZMA 2NTHA 4ARMB 242LA 3HT8A 233LA 4AQNA 2B6TA 119LA 1XEPA 1QT8A 2B74A 1L58A 1C6NA 1CV5A 4EPIA 2RBRA 232LA 217LA 4W59A 3HH5A 1T8FA 4GBRB 1L20A 1L07A 163LA 1PQKA 2B6YA 1DYFA 1JQUA 1QSBA 4I7OA 1L67A 187LA 1C6GA 1C6JA 1L43A 3SB9A 1LGUA 4ARQB 4E97A 4EKPA 4EKSA 2RBQA 127LA 2IGCA 1CV6A 1QUOA 144LA 1C6FA 3PBLA 184LA 1L45A 1T8AA 2RAZX 4LDOA 226LA 262LA 1L26A 1L49A 1XJTA 3OE8A 4W52A 1C6AA 2Q9EA 3VW7A 2RBPA 149LA 1LWKA 115LA 253LA 1I6SA 1DYCA 191LA 2RBOA 1P37A 1D3MA 1L83A 4W56A 107LA 2B6ZA 1L17A 3SB7A 1L86A 2ANVA 1L62A 3GUNA 243LA 4YXAC 1P3NA 165LA 1QS9A 1LI6A 3OE0A 168LA 1L64A 1KS3A 1L41A 1LPYA 2OEAX 3EMLA 1ZWNA 1QTZA 1P64A 1SSWA 4I7JA 1G0QA 1L13A 3L64A 185LA 1DYEA 1L73A 1L74A 1P36A 1XJUA 4I7MA 3PDSA 1C60A 200LA 1L57A 1LGXA 2HUKA 1QT7A 1C6EA 156LA 171LA 1P6YA 4W54A 1L44A 126LA 1KW7A 3FA0A 129LA 1OWZA 174LA 1L22A 2RH1A 4PK0A 3HTDA 1L72A 161LA 1QTVA 1L24A 1L29A 205LA 259LA 3QAKA 110LA 1L28A 3DKEX 1OVKA 3HH6A 4YX7C 4EKRA 1D9WA 183LA 3C7ZA 3DMVA 142LA 1LYGA 2OTZX 1L82A 192LA 1L55A 1D2YA 237LA 3NY8A 1PQIA 4EJ4A 3SBBC 1QT6A 1CUQA 2O7AA 1OV7A 1G06A 1C67A 1L68A 1QUGA 1L0KA 2LC9A 1L92A 1LW9A 1WTHA 123LA 3DN0A 169LA 1SX2A 1KW5A 1QSQA 177LA 1QTHA 112LA 1L15A 4LDEA 176LA 4I7RA 166LA 234LA 261LA 4I7TA 4I7LA 1TLAA 1D3FA 1L63A 2OTYX 1QTCA 3HT7A 1P46A 3SN6R 4ARPA 3ODUA 1DYDA 3C82A 199LA 1OYUA 1C62A 3L2XA 1L56A 1OWYA 111LA 4DAJA 113LA 1C6QA 247LA 172LA 139LA 3DN1A 224LA 1L52A 1ZYTA 2OE4X 3GUOA 3NY9A 1L16A 241LA 2ANXA 1EPYA 201LA 1L18A 3C80A 3GUMA 1L08A 1L0JA 1L51A 1T6HA 140LA 1NHBA 227LA 1CU0A 3HDFA 4PJZA 1SWYA 1JTNA 2B6WA 3GUJA 1C66A 3HUKA 2B75A 5I14A 239LA 4DKLA 1L31A 211LA 2F47A 3V2WA 1D3NA 1CV3A 186LA 1PQOA 2B73A 3FADA 2OU9A 1L80A 1CVKA 1L21A 1L79A 4LZMA 1P2RA 3FI5A 1P5CA 1C63A 1L97A 248LA 256LA 3SBAA 3DMXA 102LA 114LA 190LA 2O79A 128LA 1G0MA 231LA 214LA 1L10A 3SB5A 118LA 3HH3A 4W51A 1LYIA 3C8RA 1C6LA 147LA 1L09A 1C6CA 4I7PA 1C6MA 141LA 1QTBA 1L61A 260LA 1L91A 2OE9X 1L70A 1L27A 223LA 235LA 1CU3A 1L88A 3GUPA 252LA 1P56A 3CDOA 2L78A 1QUDA 1QT3A 1G0KA 2QARC 229LA 4OO9A 162LA 131LA 3G3XA 137LA 1L11A 1CX7A 1C6HA 2RBSA 2B72A 1L99A 197LA 178LA 109LA 3RZEA 1P2LA 1SSYA 3CDTA 4ARMA 159LA 3C83A 188LA 3HTFA 1L46A 3DMZA 5LZMA 1L53A 108LA 130LA 3HU9A 1PQDA 4W58A 1LLHA 1C6DA 4IAPA 3F8VA 254LA 1L25A 1KY0A 1L65A 151LA 2B7XA 3DN3A 1CX6A 3HUQA 1OVHA 3CDRA 1ZURA 3JR6A 1C69A 236LA 1CU6A 1L38A 3OE6A 1B6IA 195LA 221LA 1CU5A 2HUMA 209LA 3HU8A 189LA 1C64A 196LA 3DN8A 1D3JA 2LCBA 2OU0X 3C7YA 3G3VA 3DN6A 4I7KA 1L05A 210LA 1G0GA 249LA 1PQJA 1CV0A 1C6KA 1KNIA 198LA 3V2YA 103LA 4ZPUA 1KY1A 1L75A 240LA 3HWLA 1LGWA 2OU8A 1L33A 1L48A 3CDQA 1L30A 1G07A 3HH4A 4DJHA 1L32A 1L40A 1QT4A 4EKQA 4GRVA 1G1WA 1K28A 1C65A 3HUAA 2LZMA 1T8GA 4LDLA 4ARJA 3K2RA 1LYFA 1G0PA 1L93A 2RB1X 3UONA 1C6IA 1L60A 1L19A 206LA 2NTGA 1DYAA 246LA 258LA 182LA 1L35A 3HTBA 2B70A 120LA 1LWGA 3SB8A 1L03A 170LA 1D2WA 220LA 148LE 1CV4A 1LYHA 2A4TA 3DNAA 1CV1A 1LI3A 4K5YA 2OE7X 180LA 1L02A 1L23A 104LA 1G1VA 2QB0B 1DYGA 2RBNA 4S0WA 228LA 160LA 3C81A 3HTGA 1PQMA 4EXMA 3CDVA 152LA 1L87A 164LA 230LA 4W55A 3DN4A 125LA 4W53A 6LZMA 2F2QA 3GUKA 257LA 3G3WA 3HT6A 4I7QA 1L01A 1L00A 1L81A 138LA 3F9LA 158LA 1LI2A 219LA 1C61A 1SWZA 3C7WA 3HDEA 255LA 4W57A 225LA 1G0JA 250LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IOCA 1L54A 208LA 245LA 5C6LA 1L37A 5KXNA 1L69A 3A34A 1VEDA 1C6BA 2G4QA 143LA 1B7RA 1L47A 1LZSA 4Z98A 4DD3A 1L50A 1MELL 1FKVA 1H87A 4DQ5A 3AGHA 1LSFA 1P7SA 2BQFA 1CU2A 2HULA 5C6IA 3SB6A 1N4FA 1J1PY 167LA 4EOFA 1B7MA 3EMSA 4ARQA 1QTDA 3N9AA 212LA 4H8YA 2W1MA 4NWEA 1GBOA 3AYQA 1LHMA 2DQGY 3D3DA 1L76A 1DPXA 1RE2A 1L84A 5LYZA 1L77A 1L39A 1W6ZA 2LYMA 3LZMA 1IP7A 4ARMB 3W6DA 2Z12A 4TWSA 1TCYA 1XEPA 5LXWA 1L58A 1CV5A 4H8ZA 1L20A 2I6ZA 4HTKA 4NWHA 3VWOA 4XN6A 4GN3A 1JQUA 4I7OA 3LYOA 4NGZA 1C6JA 1L43A 4NSIA 4J1BA 3SB9A 4EKSA 4NHQA 5B05A 1GWDA 4FJRA 3F6ZA 2YSSC 1QSAA 1VDSA 1QUOA 1C6FA 4QGZA 1AT5A 3PBLA 5LAFA 5L9JA 1VDTA 1IWYA 1BB4A 2RAZX 262LA 1L49A 3W6EA 1C6AA 1GBXA 1CKGA 4NY5A 4PRQA 1BHZA 1YKYX 115LA 1IOTA 1I6SA 1IVMA 1BWJA 1D3MA 2B6ZA 1L17A 3SB7A 4EMNA 2VB1A 3A67Y 243LA 2MEHA 2HECA 1GFHA 4H9HA 1QS9A 2BQHA 2AUBA 1KS3A 4DT3A 1ZWNA 4OWAA 3L64A 1L73A 1L74A 1LZ8A 1P36A 4NGOA 2F2NA 1NHEA 1C6EA 156LA 4TUNA 1P6YA 1QUTA 1L44A 126LA 3CT0A 3W6BA 129LA 2YBMA 1L22A 2RH1A 1B5WA 3HTDA 1L72A 4M6DA 1IWTA 161LA 4LYMA 1L29A 1IP3A 1HERA 1LYSA 5T3FA 4NGIA 2BQKA 1QDRA 4B1AA 1LZRA 1L82A 1L55A 1D2YA 3SBBC 1GBSA 1CUQA 1OV7A 1LZTA 1XEKA 1IWZA 1QUGA 1LW9A 169LA 1IEEA 1GFUA 1KW5A 1QTHA 2EIZC 112LA 2BQCA 176LA 3W3EA 1LSGA 5HQ1A 4TTDA 1GFKA 3OK0A 4ARPA 5KKIA 2IFFY 1YIKA 3C82A 1JUGA 4OW1A 1C62A 1OWYA 4DAJA 172LA 139LA 3DN1A 1IP2A 3A94A 1FLUA 3NY9A 1L0JA 1IC7Y 2Z2EA 1L51A 2ZWBA 5FEKA 4HJYA 1UICA 3GUJA 2B75A 5I14A 1D0KA 2XBSA 3HBDA 211LA 3V2WA 4IATA 1LZDA 4L41A 4BAPA 1PQOA 3FADA 2BAAA 1YAMA 5A3EA 5K7OA 4B4JA 1L21A 1EQ4A 1C63A 1LZ1A 190LA 4WM3A 135LA 2MEGA 4Z46A 1JEFA 3GXKA 1LZBA 4W51A 3C8RA 2MEAA 1YL1X 1C6CA 1LYZA 2DQIY 2H9KA 223LA 5I54A 4DYGA 1EQEA 1LMCA 1LMAA 3GUPA 3B6LA 3HFMY 1FLQA 2L78A 2GV0A 4OO9A 162LA 2C8OA 1C6HA 1LJEA 3WL2A 5DN4A 2HTXA 1OUJA 3CDTA 188LA 3AGGG 1JKAA 3HTFA 1REMA 4H93A 1PQDA 2BQNA 4W58A 5B06A 2BQBA 3BKHA 3DN3A 1CX6A 1C69A 4PPOA 2ZNXY 1JTTL 4WG7A 1BQLY 2HUMA 3CB7A 196LA 4YM8A 2OU0X 1JIYA 1MLCE 1LHLA 5I53A 4OOTA 2CJLA 210LA 1G0GA 1PQJA 1BB6A 1OUAA 4QDNA 3V2YA 3TMWA 4ZPUA 3M18B 1L75A 1GFVA 1YKZX 3HWLA 1IP1A 3WPJA 5KXTA 1GE4A 1L48A 1J1OY 4U3XB 3A90A 4DJHA 1HFXA 1QSWA 1LTMA 1YILA 1GFRA 4RLNA 1ZV5L 5I5QA 4R6CA 1C65A 1AM7A 5LINA 3UONA 1DYAA 1DPWA 4LYZA 3HTBA 120LA 1LYOA 4NGKA 220LA 1LMOA 1BGIA 1RI8B 3DNAA 1LZ9A 2F4AA 1CV1A 4G9SA 3LYTA 2OE7X 1L02A 1G1VA 3TXDA 5LYMA 1JTPL 2PC2A 228LA 3MGWA 5I4XA 4M4OA 1HFZA 1LJIA 4QEQA 4QY9A 3HTGA 4EXMA 4KL7A 4XYYA 1AZFA 4W55A 2W1YA 3DN4A 2BQMA 4DQJA 4KT3A 1GEVA 2YBHA 4N1CC 158LA 2HEAA 1C61A 1NBYC 3C7WA 2HU3A 5KXWA 4XADA 3HDEA 4W57A 4LFPA 5DLAA 5LVKA 250LA 193LA 4DD9A 238LA 3TXHA 1LYEA 2D4JA 4LT1A 4I7NA 1GB5A 1L94A 1E8LA 4DD2A 1LYDA 4NGLA 3WU9A 4ETCA 215LA 4CHXA 157LA 1SX7A 5JENB 3A93A 3C8QA 1INUA 3CT5A 4G4BA 3FE0A 2CUUA 4WL7A 2A7DA 1YL0X 1L12A 4NEBA 1OVJA 4XENA 4ARLA 1QUHA 1C68A 1WTMA 4I7SA 2Z19A 4GCBA 1LJJA 3C8SA 2ZNWY 1QTKA 4G49A 1ZMYL 3RUNA 4CFPA 3AZ5A 4NSJA 1L36A 1GF7A 1C6PA 1L14A 1QIOA 1QS5A 3CSQA 2Z6BA 3HT9A 175LA 145LA 3OE9A 4KXIA 1L42A 1CUPA 1WQQA 1LSPA 2NTHA 4O34A 1GF6A 242LA 3HT8A 233LA 2EKSC 4EPIA 2BQAA 3CQLA 4GBRB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IOC A;  1L54 A;  208L A;  245L A;  5C6L A;  1L37 A;  5KXN A;  1L69 A;  3A34 A;  1VED A;  1C6B A;  2G4Q A;  143L A;  1B7R A;  1L47 A;  1LZS A;  4Z98 A;  4DD3 A;  1L50 A;  1MEL L;  1FKV A;  1H87 A;  4DQ5 A;  3AGH A;  1LSF A;  1P7S A;  2BQF A;  1CU2 A;  2HUL A;  5C6I A;  3SB6 A;  1N4F A;  1J1P Y;  167L A;  4EOF A;  1B7M A;  3EMS A;  4ARQ A;  1QTD A;  3N9A A;  212L A;  4H8Y A;  2W1M A;  4NWE A;  1GBO A;  3AYQ A;  1LHM A;  2DQG Y;  3D3D A;  1L76 A;  1DPX A;  1RE2 A;  1L84 A;  5LYZ A;  1L77 A;  1L39 A;  1W6Z A;  2LYM A;  3LZM A;  1IP7 A;  4ARM B;  3W6D A;  2Z12 A;  4TWS A;  1TCY A;  1XEP A;  5LXW A;  1L58 A;  1CV5 A;  4H8Z A;  1L20 A;  2I6Z A;  4HTK A;  4NWH A;  3VWO A;  4XN6 A;  4GN3 A;  1JQU A;  4I7O A;  3LYO A;  4NGZ A;  1C6J A;  1L43 A;  4NSI A;  4J1B A;  3SB9 A;  4EKS A;  4NHQ A;  5B05 A;  1GWD A;  4FJR A;  3F6Z A;  2YSS C;  1QSA A;  1VDS A;  1QUO A;  1C6F A;  4QGZ A;  1AT5 A;  3PBL A;  5LAF A;  5L9J A;  1VDT A;  1IWY A;  1BB4 A;  2RAZ X;  262L A;  1L49 A;  3W6E A;  1C6A A;  1GBX A;  1CKG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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